The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
156
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structure length |
156
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Chain Sequence |
LSVNVNRSVMDQFYRYKMPRLIAKVEGKGNGIKTVIVNMVDVAKALNRPPTYPTKYFGCELGAQTQFDVKNDRYIVNGSHEANKLQDMLDGFIKKFVLCPECENPETDLHVNPKKQTIGNSCKACGYRGMLDTHHKLCTFILKNPPENSDSGTGKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the eukaryotic initiation factor (eIF) 5 reveals a fold common to several translation factors
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Translation
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Eukaryotic translation initiation factor 5
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| total genus |
18
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01873 | eIF-5_eIF-2B | Domain found in IF2B/IF5 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Defensin A-like | Translation initiation factor 2 beta, aIF2beta, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E9H A; 2G2K A; 1K8B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KV0 A; 3HSC A; 3CD6 Z; 3CME 1; 3CPW Z; 5EX5 A; 2LI7 A; 1VQ4 1; 2KYQ A; 3GTK I; 3I55 Z; 2W04 A; 2KJA A; 1AHO A; 5AQX A; 5AQK A; 3GKU A; 3D2F A; 2QRC B; 4DK1 A; 5FPN A; 1USP A; 3GTM I; 3NFZ A; 5A2Q b; 1I2V A; 2BJO A; 5IP7 I; 1NE5 A; 2B68 A; 2E8A A; 3QML A; 5C3E I; 3CME Z; 1KAZ A; 1VQ9 1; 3CC7 1; 1VQ4 Z; 3CCL Z; 3HKZ A; 1K73 2; 1WCM I; 3GTP I; 5AQO A; 2E2I I; 1OZZ A; 1BMR A; 1VQ6 Z; 3NDI A; 3HOX I; 3CQX A; 4MD9 A; 2JA5 I; 1Q86 1; 1WW9 A; 4NBC A; 4UAE F; 4A3B I; 4KYP A; 4A3K I; 4GNI A; 2QWR A; 2OTL 1; 1VQ9 Z; 3CC7 Z; 3D2E B; 4MH4 A; 2JR6 A; 4H5V A; 2ZAE B; 3J80 f; 1Y1W I; 1NGF A; 4HE7 A; 2D56 A; 1VQ5 1; 1DQ7 A; 1VQL 1; 3FKI I; 1TWC I; 2M8B B; 4MD8 A; 3M3Y I; 3CCV 1; 2OTL Z; 2M48 A; 2B3C A; 2VUG A; 1NGB A; 1I2U A; 5FPE A; 5AQY A; 1CN2 A; 1B7D A; 1YJW 1; 2R92 I; 4E30 A; 3S17 I; 1VQ5 Z; 2QXL A; 5AQS A; 3I07 A; 3VB9 A; 3NDJ A; 3CCQ Z; 2F4O A; 4UAF E; 1KRL A; 3CCV Z; 1DKG D; 1HJO A; 1RQF A; 1SEG A; 4Y7N I; 3G71 1; 3FZL A; 3LDO A; 1GPS A; 1ZB9 A; 1NP6 A; 3CMA 1; 4H5N A; 2N2Q A; 5FPM A; 1YJW Z; 4XX2 A; 5FLX b; 4MON A; 2BRZ A; 5A2Q f; 3IFU A; 1S3X A; 3I4N I; 1WJ2 A; 1LQH A; 5FLM I; 3IUC A; 5AQJ A; 1SFO I; 3CCR Z; 3S2H I; 3G71 Z; 3C7N B; 2N69 A; 5AQR A; 3CCM Z; 1VNB A; 2NY8 X; 3G6E Z; 3CMA Z; 1L4V A; 5C4X I; 1YUA A; 2JIQ A; 1K8A 2; 2KBH A; 1QQO A; 3H0G I; 3CXC Z; 2I3C A; 3LUS A; 2JMO A; 4A3F I; 4NOZ A; 4HGZ A; 5AQT A; 2VPW A; 1X3Z A; 2JDQ D; 3ESW A; 2GTI A; 1FH3 A; 5AQM A; 3MZL B; 1ATS A; 4HGY A; 1Y1V S; 2QR1 B; 1HX1 A; 3PO3 I; 4FSV A; 1ML8 A; 2LFU A; 5CM2 M; 4A3D I; 3EER A; 2YC1 C; 1WMT A; 2V45 A; 1NPI A; 2KHO A; 3LDP A; 1K9M 2; 3D9X A; 1ZUT A; 1S7M A; 2G2K A; 1M1K 2; 4HWI A; 3FZH A; 1TWA I; 2J6A A; 3HOZ I; 1BA1 A; 1QVG Z; 1BA0 A; 4E2Y A; 5C4J I; 4E33 A; 1I6H I; 3M3Z A; 2QWO A; 3J81 b; 3I56 1; 3H3V J; 1KAX A; 1PX9 A; 2YEO A; 1Q81 1; 1S72 1; 5AR0 A; 3CCS 1; 2VY6 A; 2QW9 A; 2NAP A; 4RVH A; 1WII A; 1JJ2 Y; 3S14 I; 2EGT A; 3FE1 A; 1CHZ A; 2O53 A; 3CCU Z; 5D1P A; 3LDL A; 3D2L A; 3KIH A; 1OMY A; 5T6B A; 1Y8C A; 1T1T A; 5D1O A; 2B63 I; 3FQQ A; 2E0H A; 2NVT I; 1K83 I; 2E2J I; 2LY6 A; 5AQW A; 3PO3 S; 1S72 Z; 1RO0 A; 4RV9 A; 2NVY I; 3FQM A; 4CL1 A; 4A3C I; 2VPX A; 5FLX f; 3KOW A; 3P5J B; 1SN1 A; 2I61 A; 4CQK A; 2KGQ A; 1W2B Y; 2RIQ A; 1JZA A; 2Y0S A; 4HH4 A; 2YIP A; 2PMZ A; 4BXX I; 4H5T A; 2Q4Z A; 3GCF A; 3D2F B; 3CCJ 1; 1YI2 1; 3GTG I; 1YJN 1; 5AQN A; 1KD1 2; 3NH5 A; 3KIF A; 2RBL A; 5AQI A; 2JNY A; 3M4O I; 2QWL A; 2V3V A; 3ATU A; 5T67 A; 1Q86 2; 2O4H A; 1NJI 2; 1SNB A; 4EWC A; 1VQP 1; 2OOY B; 5BN8 A; 3I4M I; 4E32 A; 1KQS Y; 2Q51 A; 2E3F A; 3CCJ Z; 3OW2 Y; 3F3P C; 1YI2 Z; 1JXC A; 1YJN Z; 1BK8 A; 1VQK 1; 3VMG A; 5AQP A; 3JAM f; 4X6A I; 3GTJ I; 2HF1 A; 2WB1 A; 3D2E A; 3KOX A; 4UAD E; 5IT9 b; 3BK3 C; 1T7E A; 5BPN A; 2JIP A; 4MRI A; 1VQP Z; 1QVF Z; 3HOY I; 1GPT A; 3SF4 D; 2YAD A; 3J81 f; 2NVX I; 2DE5 A; 5BN9 A; 1T7A A; 1YUK A; 1VQK Z; 3QWU A; 2GMO A; 1VQL Z; 3LDQ A; 1TWF I; 1Y1V I; 1LQQ A; 1QXF A; 2ATB A; 2JS4 A; 3MON A; 1VQO 1; 4A3M I; 2JA8 I; 2YIL A; 4UJ0 A; 2KSK A; 2KBK A; 1N4N A; 5F0X A; 3IX0 A; 3IF8 A; 1VQ8 1; 2MN5 A; 4E2Z A; 3QFU A; 3VMI A; 1HPM A; 1RO4 A; 1ICA A; 1NRA A; 3R2V A; 4AYB A; 4H5R A; 1LQI A; 1KC8 2; 1Q7Y 2; 2WAQ A; 2E88 A; 2QLV B; 3KC6 A; 2VPY A; 1YIJ 1; 3GL1 A; 1NUI A; 1JWH C; 1B3C A; 3F3F C; 1BCG A; 1P00 A; 1N8R 1; 1VQ8 Z; 1TWG I; 5FPD A; 1VQM 1; 5T64 A; 1YHQ 1; 3CPW Y; 1L1O C; 1VQ7 1; 2NVQ I; 4NBB A; 5EVZ A; 2F4M A; 2QWN A; 1JKZ A; 1AYJ A; 2AKL A; 3CW4 A; 1JZB A; 2MZ0 A; 1DJT A; 1ATR A; 3C7N A; 1N2F A; 1R9T I; 2LJM A; 2QWP A; 2QRD B; 3GTO I; 3S1R I; 3A8Y A; 2JA7 I; 4Y52 I; 2VF1 A; 1ZFU A; 2OOX B; 2YBR C; 3QI7 A; 2RT9 A; 3GTL I; 1WT7 A; 2GTH A; 1VQM Z; 1YHQ Z; 3JAM b; 3E7R L; 1AA6 A; 4NBD A; 4RVF A; 3BG0 B; 1K8A 1; 1RLY A; 2QEX 1; 4H5W A; 2K3R A; 5F1X A; 1YUW A; 3S2D I; 5IT9 f; 4NFR A; 2LEX A; 3S1M I; 2GL1 A; 2E9H A; 3LDN A; 2V8J A; 2PK7 A; 2QWM A; 3RZD I; 3L6Q A; 3E7U X; 1M90 1; 3G4S 1; 4E31 A; 4BY1 I; 1PFT A; 3RZO I; 1Q81 2; 4S1T A; 4A3G I; 1YJ9 1; 2HU9 A; 4BBS I; 3L56 A; 2QEX Z; 1K9M 1; 1Q82 1; 1ZH1 A; 3HOU I; 1NH5 A; 4TNU A; 3GDQ A; 5AQU A; 3S1N I; 1ZB8 A; 3CC4 1; 2RHB A; 3KOZ A; 1NRB A; 5C44 I; 2LY5 A; 5IP9 I; 3KP1 A; 2AYD A; 1QQN A; 2QA4 1; 3CD6 1; 3I56 Z; 3I33 A; 4A3I I; 4DGL A; 3CCS Z; 3FZF A; 4MD7 A; 3TE5 B; 1SIW A; 2N66 A; 2DE6 A; 1QQM A; 1NGG A; 3Q87 A; 2SN3 A; 5KK4 A; 1X0T A; 3CC4 Z; 2N2R A; 2V7Z A; 1I3Q I; 3BG1 B; 2E7Z A; 4NBF A; 1VQN 1; 2QA4 Z; 2W03 A; 1USP B; 1FDO A; 4NH1 C; 5AQL A; 3CCL 1; 4NBH A; 4NB8 A; 2LJ7 A; 3FZM A; 5F2R A; 1VQ6 1; 1MYN A; 2JA6 I; 2LN8 A; 3S1Q I; 2OZK A; 5BPM A; 4RS4 A; 1YIT 1; 2MBK A; 1I6G A; 1ZVG A; 1FDI A; 2V8I A; 1POI A; 1VQN Z; 1UGL A; 1MR4 A; 3TDH B; 1K73 1; 3MZK B; 4AB0 A; 1P9N A; 2A7T A; 4NB9 A; 2ASC A; 1QF8 A; 1KD1 1; 1QYP A; 5AN9 F; 3HOW I; 3PO2 I; 3CCE 1; 1NGJ A; 3T4N B; 2JUB A; 1NGA A; 5AQF A; 1VNA A; 1XRS B; 2LIY A; 1YIT Z; 2K5R A; 1WZN A; 1NJI 1; 3CXC Y; 4IO8 A; 3D6W A; 5LL6 f; 4QTT A; 2KPI A; 4QTU A; 3GTQ I; 2R93 I; 5AQZ A; 1NGE A; 1TFI A; 1ZYV A; 1JJ2 Z; 3KVG A; 2OTJ 1; 1RNI A; 2KBJ A; 3NH8 A; 3FZK A; 3CCE Z; 2QKD A; 1PE4 A; 1BRZ A; 2LT8 A; 2IZ4 A; 1DL6 A; 3ATV A; 3JXU A; 3EED A; 1NGH A; 1Z01 A; 3CQZ I; 3CCQ 1; 2E2H I; 4AAZ A; 1C55 A; 1WWN A; 3GTM S; 2NY9 X; 4NBA A; 1Z02 A; 2RPR A; 3CC2 1; 1QVG Y; 2JIO A; 4A3J I; 2QWQ A; 1Z03 A; 2OTJ Z; 4NBE A; 3KHW A; 2P3Y A; 2YU9 I; 1X3W A; 4A3E I; 1C56 A; 4FL9 A; 1W2B Z; 1VQO Z; 1I50 I; 2VPZ A; 3VMH A; 1LQL A; 3VTN A; 4A93 I; 2LR3 A; 2VUM I; 5AQQ A; 2DE7 A; 3CCR 1; 3CC2 Z; 5CY0 A; 2IV2 X; 3CCM 1; 1N8R 2; 1ZU3 A; 5EXW A; 3G6E 1; 2V8K A; 2LKB A; 2R7Z I; 3L4I A; 2QRE B; 3HOV I; 3IR7 A; 2R6M A; 1KC8 1; 1Q7Y 1; 2KPY A; 1YIJ Z; 3PSM A; 5AQG A; 1KQS Z; 1VLA A; 4RVD A; 1PTX A; 3QFP A; 3AY9 A; 3OW2 Z; 5AQV A; 3KOY A; 1P0A A; 1VQ7 Z; 1ZYW A; 2H85 A; 2GU2 A; 1TI5 A; 4E2X A; 1T0Z A; 4E2W A; 1NGD A; 1NGI A; 1ZVE A; 1RO2 A; 4AEI A; 4A3L I; 4RVG A; 2E3G A; 3NH4 A; 5EY4 A; 2PM9 A; 2P28 A; 4MXU A; 1M90 2; 2E2F A; 2JIM A; 3GKQ A; 3J80 b; 2IZ3 A; 4BBR I; 5AQH A; 1M1K 1; 3S15 I; 1Q82 2; 1NGC A; 4V1D C; 4NBG A; 3CCU 1; 4HHF A; 1TWH I; 3G4S Z; 1T7B A; 1K8B A; 2M6N A; 4BY7 I; 4KBO A; 1BUP A; 5BPL A; 2KI7 B; 3I55 1; 2YIO A; 1QVF Y; 1KAY A; 4DQY B; 2JIR A; 1YJ9 Z; 1I6F A; 3KP0 A; 2K35 A; 2BUP A; 3K7A I; 3J7A 4; 1Q16 A; 5D1O B; 3U50 C; 3S16 I; 1SN4 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3CD6 Z; 3CME 1; 3CPW Z; 1VQ4 1; 3GTK I; 3I55 Z; 2W04 A; 2QRC B; 4DK1 A; 1USP A; 3GTM I; 3NFZ A; 5A2Q b; 2BJO A; 5IP7 I; 5C3E I; 3CME Z; 1VQ9 1; 3CC7 1; 1VQ4 Z; 3CCL Z; 3HKZ A; 1K73 2; 1WCM I; 3GTP I; 2E2I I; 1VQ6 Z; 3NDI A; 3HOX I; 4MD9 A; 2JA5 I; 1Q86 1; 1WW9 A; 4NBC A; 4A3B I; 4A3K I; 2OTL 1; 1VQ9 Z; 3CC7 Z; 4MH4 A; 2JR6 A; 2ZAE B; 3J80 f; 1Y1W I; 1VQ5 1; 1VQL 1; 3FKI I; 1TWC I; 4MD8 A; 3M3Y I; 3CCV 1; 2OTL Z; 2M48 A; 2VUG A; 1YJW 1; 2R92 I; 4E30 A; 3S17 I; 1VQ5 Z; 3I07 A; 3VB9 A; 3NDJ A; 3CCQ Z; 2F4O A; 1KRL A; 3CCV Z; 1RQF A; 4Y7N I; 3G71 1; 1ZB9 A; 1NP6 A; 3CMA 1; 1YJW Z; 4XX2 A; 5FLX b; 4MON A; 5A2Q f; 3IFU A; 3I4N I; 5FLM I; 1SFO I; 3CCR Z; 3S2H I; 3G71 Z; 3CCM Z; 3G6E Z; 3CMA Z; 5C4X I; 1YUA A; 1K8A 2; 3H0G I; 3CXC Z; 2I3C A; 3LUS A; 2JMO A; 4A3F I; 4NOZ A; 4HGZ A; 1X3Z A; 3ESW A; 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1Q7Y 2; 2WAQ A; 2QLV B; 1YIJ 1; 1NUI A; 1JWH C; 3F3F C; 1N8R 1; 1VQ8 Z; 1TWG I; 1VQM 1; 5T64 A; 1YHQ 1; 3CPW Y; 1L1O C; 1VQ7 1; 2NVQ I; 4NBB A; 2F4M A; 2AKL A; 1N2F A; 1R9T I; 2QRD B; 3GTO I; 3S1R I; 2JA7 I; 4Y52 I; 2VF1 A; 2OOX B; 2RT9 A; 3GTL I; 2GTH A; 1VQM Z; 1YHQ Z; 3JAM b; 4NBD A; 4RVF A; 3BG0 B; 1K8A 1; 1RLY A; 2QEX 1; 2K3R A; 3S2D I; 5IT9 f; 4NFR A; 3S1M I; 2E9H A; 2V8J A; 2PK7 A; 3RZD I; 1M90 1; 3G4S 1; 4E31 A; 4BY1 I; 1PFT A; 3RZO I; 1Q81 2; 4S1T A; 4A3G I; 1YJ9 1; 2HU9 A; 4BBS I; 2QEX Z; 1K9M 1; 1Q82 1; 1ZH1 A; 3HOU I; 4TNU A; 3S1N I; 1ZB8 A; 3CC4 1; 2RHB A; 5C44 I; 5IP9 I; 2QA4 1; 3CD6 1; 3I56 Z; 4A3I I; 4DGL A; 3CCS Z; 4MD7 A; 3TE5 B; 2DE6 A; 3Q87 A; 1X0T A; 3CC4 Z; 1I3Q I; 3BG1 B; 4NBF A; 1VQN 1; 2QA4 Z; 2W03 A; 1USP B; 4NH1 C; 3CCL 1; 4NBH A; 4NB8 A; 1VQ6 1; 2JA6 I; 3S1Q I; 2OZK A; 4RS4 A; 1YIT 1; 2V8I A; 1VQN Z; 3TDH B; 1K73 1; 3MZK B; 1P9N A; 4NB9 A; 1QF8 A; 1KD1 1; 1QYP A; 5AN9 F; 3HOW I; 3PO2 I; 3CCE 1; 3T4N B; 2JUB A; 2LIY A; 1YIT Z; 2K5R A; 1NJI 1; 3CXC Y; 3D6W A; 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