2G8UA

B. halodurans rnase h catalytic domain d132n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 36
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8uA00
5D3GA 3BDPA 2OPPA 4DFMA 4PWDA 1C1BA 2HB5A 4B9VA 5I3UA 4M42A 1CXUA 4DTUA 4KHYA 1B9FA 4DLEA 3LANA 3VQEA 2YNGA 1WSEA 1WAJA 1QSLA 3AVGA 1VK0A 1D5AA 4E1NA 1B9DA 4NYNA 3ALYA 1NK8A 3LZIA 3JYTA 4NCBA 4FW1A 4H8KA 3TAFA 4ZTFA 1HNVA 2HHXA 1QS4A 4E7KA 4B9UA 1KLMA 3AA2A 4RW7A 3VQ9A 4KI4A 1A5XA 3NGYA 4DMNA 3V4IA 1EP4A 2D5RA 4KTQA 4Z4GA 4IG0A 1RBVA 3LALA 3KK3A 4DTOA 1Q9YA 1KTQA 2XY8A 3SUNA 4C8KA 4AHTA 1NJWA 2Z1JA 2ATQA 2BDPA 1RBUA 2R7YA 4CF1A 3IRXA 4CK3A 4E7LA 4M3WA 4XIUA 3M8PA 3KLFA 2HHSA 3CFPA 4LSLA 5EU7A 4E1MA 4F3OA 1BHLA 4EP5A 3VQCA 3WNFA 3SNNA 3HSTB 4N76A 2KTQA 1ASWA 4B9LA 4CF2A 2Q3SA 2EX3A 3OYBA 1XI1A 1X9SA 1ZBUA 4CJQA 3L2UA 4M41A 2IDOA 4CEZA 1VSEA 4CHQA 2YNFA 3LPTA 1NJYA 4KKOA 4FLUA 3RRGA 1YVUA 4K8ZA 1HJRA 4W5RA 4DSFA 3U3YA 4CEAA 2HMIA 5HROA 3WNGA 3SZ2A 1Q8IA 1SV5A 2XHBA 4E3SA 4FJGA 3OYGA 3AVIA 1HPZA 2BE2A 5CZ1A 3NH1A 3RMCA 3SUOA 3DI6A 4IFVA 2G8KA 1C0UA 4KHSA 2P1JA 1JLGA 3AO1A 1BGXT 1ASVA 4FZZA 4ID1A 3AVNA 1VRTA 2GUIA 4DQRA 1UOCA 4ICLA 4G1QA 2FBYA 4PA1A 5HRRA 2ZQBA 3OYFA 3OJSA 2HVHA 2YHBA 4O44A 4QAGA 3LAKA 4CJ3A 1IKVA 3KK2A 3VQ6A 4ELTA 4IKFA 1GOCA 3H08A 4RW8A 4FM2A 4DQQA 2VWKA 1FK9A 3NGIA 1X1PA 1JLBA 1YTUA 4CF0A 4CFCA 2AJQA 1G15A 1F21A 1TKZA 3SJJA 4CEOA 4OGCA 3SQ2A 3KKSA 2F8TA 2O4IA 4KO0A 5HRNA 1NK6A 2YNHA 4AH9A 1I3AA 4DS4A 4DU4A 4DFKA 4FZYA 4W5NA 4JRPA 1C0MA 4OJRA 4DTMA 1EKEA 1WN7A 3ZT2A 4ELUA 3NBPA 2D0BA 1S1VA 1TL1A 3WNHA 1NK4A 1SKRA 3L2QA 1TKXA 4FJIA 4Q5VA 4OLBA 4CHOA 3SQ0A 3OVNA 4O4GA 1ZBHA 5CZ2A 1RTDA 4Z4IA 4NCGA 3CQ8A 1BL3A 4FLZA 2OPQA 1TK8A 3C94A 3VQPA 3V6DA 1UA1A 4B8CA 4OPKA 4DS5A 4AILC 2Y1IA 4FJ9A 4Z4EA 4EZ6A 2B4JA 3LP1A 5J2QA 1L3SA 3WNEA 2FBTA 1BQMA 4CF8A 2P51A 3LWLA 5FRMA 3AVAA 1U04A 4BWMA 1DTQA 3TANA 3OYJA 3AO2A 1ZBIA 3NF8A 3NF7A 4IFYA 4CJTA 2IC3A 3KTQA 3OYAA 4AHSA 2VG6A 1LWFA 1S9EA 3TAMA 3LDSA 4CFDA 3ZT0A 4M3TA 2HNDA 1FKPA 3HYFA 2DFEA 3TAPA 1VSJA 2E6MA 1D9DA 1EETA 3PUFA 1VSHA 2OZMA 4F2SA 4FXDA 5JS2A 3I0RA 3S3MA 2KFNA 4NCAA 3CFRA 1FXXA 4CJPA 2RKIA 3KIOA 2YKMA 4DTPA 2VG5A 4C8MA 4K8XA 1QSYA 1RDDA 2HNYA 4O55A 4CGFA 4ELVA 3EZ5A 2HHUA 3TR8A 1T7PA 4AHCA 1RT6A 4Y1CA 3QO9A 1RBSA 4FJLA 3O4NA 3KKRA 2DFHA 2G8UA 3T19A 3AVJA 3DOKA 4CFAA 3A2FA 1WSFA 4FLTA 3V9SA 1RNHA 4FK4A 1LW0A 4FLWA 4PQUA 1RDBA 3V9XA 4HTUA 1KLNA 1YT3A 3V81A 3SQ1A 4CJ5A 3HP6A 4KHQA 3OYIA 1ZBLA 3QNOA 1C1CA 2A1RA 3ZSQA 4LD0A 4YFUA 1ITGA 2FBVA 4M45A 4DSEA 1L3TA 1QE1A 1D9FA 4IDKA 3MECA 4OKKA 1S1UA 1IH7A 4O0IA 1TK0A 1KRPA 3RR7A 4E7JA 1SKSA 4C8LA 4FJHA 3QINA 1GOBA 4L8RB 2D0CA 2ZE2A 1LWCA 4FZXC 4J2DA 4FK0A 3V1RA 4E89A 1S6PA 4LH5A 4B9MA 4KPYA 4IG3A 2W42A 3QEPA 3DRSA 5KRSA 2G8VA 2RN2A 3ASMA 3MXJA 3SUQA 4QOZB 4Z0UA 1A5WA 4CJKA 3PY8A 3IG1A 1VSIA 3HPHA 1WSGA 1Q9XA 1XC9A 3K5OA 3NDKA 1S1TA 4KI6A 3D0PA 3K5MA 4BDZA 4DF8A 5J2PA 1N6QA 3D45A 4RW9A 3TAQA 2F8SA 4B9NA 5KGWA 3KLEA 4DQSA 3G0ZA 4CHZA 3OY9A 2JGUA 4OKEA 4FJXA 5HLFA 2QKBA 4NYFA 4CFBA 2X78A 4CJUA 4CGJA 3DLGA 4M3RA 4DG1A 4JS5A 3VA3A 1JXEA 3ZSWA 3OS0A 3I0SA 4OKJA 3V9ZA 4JRQA 1ZYQA 4CIGA 4CCHA 4CEQA 4M3UA 4Z4FA 3ZSVA 1DTTA 2LSNA 3QLHA 4I2QA 4I7FA 2HVIA 3PO4A 3S9HA 3HO1A 2OA8A 4E19A 4DTRA 2VG7A 1S6QA 3L8BA 2WONA 4GVMA 3RMDA 3JSMA 3DM2A 4H4MA 3RMAA 4N41A 1U47A 1KCFA 3VQ4A 1KFSA 1LAWA 3T1AA 3MXMA 2YV0X 1UAXA 2Z1IA 3AVCA 3OYEA 3TARA 2ITGA 3THVA 1XHZA 2DFFA 1T8EA 3ZT3A 5CY4A 3L2WA 4CJRA 3L3UA 4E7IA 1RT5A 3QIOA 2P5OA 2XO7A 4C8NA 2HHWA 3ZCMA 4CERA 3NF6A 3SI6A 1LAVA 4DFPA 3LPUA 2IS3A 2B5JA 1WNSA 2FC0A 1I39A 3NGZA 1N5YA 3QETA 2OPRA 4Z4HA 1CXQA 1RT1A 4DU3A 3NHGA 2JLEA 1FKOA 4DQIA 2HHQA 3C6TA 3P5JA 2ZD1A 3TABA 4CIEA 3L2RA 4N47A 3RRHA 1NOZA 4DFJA 1BI4A 5I42A 1GOAA 4FJ7A 1EX4A 1TV6A 1IKXA 4HUEA 1NKEA 3V9WA 3OYDA 1QTMA 4F2RA 1RT4A 3HL8A 4DSJA 1KVCA 1RT2A 2O4GA 4YNQA 4AHUA 2XY7A 1NOYA 1NK7A 1VSKA 3FFIA 1RTJA 3OJUA 3QEVA 1RTIA 1JL1A 4LY7A 1LV5A 2YKNA 4OVLA 1HYVA 1MU2A 3P83D 5K14A 3U3GA 4CJ4A 5E41A 3KLHA 2X6NA 2FBXA 4O0JA 3PV8A 4CE9A 1SL1A 1NK9A 1UA0A 4CGGA 4BDPA 4CHYA 2NUBA 1HNIA 3V1QA 4EP4A 1IKYA 1JLAA 3QEIA 1BISA 1D8YA 3DRRA 4F3TA 1J54A 1WLJA 4CGDA 2B6AA 1W0HA 5CYQA 5J1EA 3KD5E 3LP3A 4HUFA 2IGIA 3EYZA 1A5VA 3NE6A 4AHVA 1NKCA 3F9KA 3ITHA 3SPYA 3KK1A 4DQPA 2E4LA 2PYJA 4C8OA 1BCMA 3ISNC 4BACA 4CJVA 1HYSA 4KB0A 4CK1A 1RCHA 4B8AB 4CGIA 2D0AA 4N5SA 2IOCA 4CEEA 3PX0A 3DYAA 4CHPA 4DSKA 1RDAA 4LH4A 4FM0A 4FJMA 3QIPA 4RG8A 1U48A 3SV3A 3TWHA 1SUQA 3VQ5A 2EHGA 4KTZA 1VRUA 3OYKA 4GMJB 4J2AA 4CEFA 4M3YA 2PY5A 3RR8A 3MEEA 4F8RA 1YTAA 4UQGA 3AV9A 2XRIA 3OYHA 3PX4A 4BE2A 4CJWA 4DSIA 3RWUA 5KRTA 2ETJA 4HHTA 3M8SA 3O3GA 3HT3A 3CM6A 4H4OA 3AVBA 3KJVA 3MEDA 4FK2A 2KFZA 4W5TA 2HW3A 1RBTA 2G8HA 2G8WA 5HRSA 1RBRA 3DRPA 3VQAA 1Y97A 3AO5A 2KZZA 2BGGA 3HPGA 4RW4A 3NCIA 2XY6A 4BWJA 3M8QA 1RTHA 3DLKA 3QEXA 1C6VA 3SCXA 4HUGA 1IO2A 3K2PA 2VWJA 1QQCA 5FROA 1S5JA 3HPOA 1TVRA 4KAZA 2GV9A 3L2VA 1RILA 4FM1A 3CYMA 1JLCA 3PO5A 3T3FA 1S1WA 4FLVA 2E6LA 4W5OA 1KVAA 1VSMA 3MAQA 2KW4A 1IG9A 4DTJA 2GBZA 4CF9A 1U45A 1JLFA 4B3OA 3OYMA 3HK2A 1J9AA 2DTUA 3O3FA 1CZ9A 4KREA 4PY5A 4JLHA 2Y1JA 3UIQA 3ULDA 4HCCA 1RT3A 3KLIA 5KGXA 2RPIA 5DMRA 3NH0A 2P5GA 4ZHRA 4FCYA 4E0DA 2HHVA 3U6FA 4OGEA 4FJ8A 2BANA 3O4QA 1K6YA 1IKWA 1VSDA 2HNZA 3DMJA 1VSFA 3M8RA 3AVFA 1SKWA 1TGOA 1SL0A 3AVHA 3L3VA 5HRPA 4MQ3A 1NKBA 1TK5A 2IAJA 1C0TA 4B08A 4DTXA 1JL2A 5SWMA 4PUOA 4DSLA 1WAFA 1BQNA 3HVRA 3HVTA 3LWMA 1O1WA 4WE1A 4F4KA 1CLQA 1Z26A 2X74A 5C42A 3BGRA 1KVBA 4LSNA 1CZBA 3HM9A 1EXQA 3B6OA 4CJLA 4KFBA 3MXIA 4CESA 3LP0A 4FLXA 1TAUA 3C95A 3KD1E 3G10A 3DLBA 1R0AA 4RW6A 3VQDA 4FJKA 3LZJA 3K5NA 3K59A 1QHTA 1TKDA 1B92A 3LAMA 1SL2A 1J53A 1KFDA 2OPSA 4M3ZA 4DTSA 4KHWA 1JKHA 1X9MA 4JS4A 4MFBA 3TAGA 3HXMA 3SQ4A 4KTWA 4BE0A 5FRNA 5J2MA 4DU1A 4TSXA 3I8DA 3EY1A 2XY5A 3B6PA 2OZSA 4J2EA 2QK9A 5C24A 1T03A 1RDCA 3P1GA 3ZT4A 4R5PA 4B9SA 3ZSOA 1NJZA 3VN5A 5FDLA 3S3NA 5KTQA 3AO4A 1BI4B 4Z4CA 1DLOA 2WOMA 3ZT1A 1L5UA 3TI0A 2G8FA 1TL3A 3ZSRA 2QXFA 1W9HA 2Z1GA 3CG7A 3AA3A 5J2NA 2Z1HA 1XWLA 3K58A 4HCBA 1UWBA 1NJXA 3AO3A 4I9LA 1C1AA 1HQUA 4CGHA 4IBNA 3SYZA 3VA0A 5KI6A 1ZBFA 4W5QA 3NH2A 4CEDA 3OS2A 1REVA 3PX6A 4O5BA 1HRHA 3S3OA 5HP1A 1L3VA 1BCOA 3IS9A 3ZSYA 3OYCA 1JLQA 4FVMA 2KQ2A 3SUPA 1KSPA 3HJFA 1RT7A 4DWIA 4FJ5A 3NAEA 2OYQA 3RTVA 2X6SA 1U49A 1BIUA 1T05A 2HHTA 4CEBA 4E7HA 1S1XA 3KLGA 4CJFA 4BDYA 1Z25A 4ID5A 3QESA 2G8IA 3DLRA 1S9GA 4FJJA 4KRFA 3DLEA 3F73A 3DOLA 1TAQA 4DLGA 4DF4A 5DK5A 4CJSA 5HBMA 4BE1A 3SV4A 4CK2A 4FLYA 3OYNA 1NK5A 1TKTA 3NFAA 4CHNA 1LWEA 4CIFA 5T7BA 1X9WA 2DY4A 3CM5A 3K5LA 4KB1A 3AA4A 3AVLA 4DTNA 4EZ9A 5JS1A 2PYLA 2RF2A 4J2BA 3HP9A 3V1OA 3VQ8A 2F96A 4AHRA 3K57A 3C6UA 5SZTA 3MEGA 4OPJA 4M3XA 3E01A 1WSHA 1NK0A 2QKKA 3AVKA 3DLHA 1QSSA 1HYZA 4CJEA 3ZSZA 4B9TA 4KHNA 3SPZA 3RMBA 3OYLA 5CYMA 3CFOA 3VQQA 2YNIA 1WSIA 4FW2A 4Y1DA 2YHAA 3AA5X 3NF9A 3V9UA 4FJNA 1HQEA 4Q0BA 1JLEA 3VQ7A 5C25A 3VQBA 3OS1A 1ASUA 4ZTJA 1VSLA 1BIZA 4QCLA 4CECA 4HVJA 3LP2A 3QERA 4N56A 3QEWA 1HMVA 3IAYA 2I5JA 4OLAA 3QNNA 3ZSXA 4KHUA 3TAEA 1J5OA 2PZSA 1L3UA 4FYDA 4I2PA 1WSJA 2A1SA 3AVMA 3O3HA 1U4BA 1JXBA 2KZMA 4GW6A 4I9QA 4KV8A 1XHXA 1LW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC4N 4PWDA 1C0FA 1QZ6A 4NO7A 4RCHA 4JI8K 4BG8A 3CF5L 1YJWN 1WAJA 1Z05A 1VK0A 2P9NB 1B9DA 4NYNA 3ALYA 2HHXA 3TAFA 4H8KA 4ZTFA 1HNVA 4B9UA 1KLMA 3VQ9A 1A5XA 3NGYA 1HNZK 4KTQA 3KK3A 4DTOA 4I6MA 1NJWA 2ATQA 4PKGA 4DR5K 5C2DA 3K0SA 3KLFA 3E66A 3CFPA 3JS6A 4A5BA 4FL9A 4N76A 3D2FA 4WCEL 1SQKA 4B1UB 4K25A 2YHYA 5C10A 4KKOA 4FLUA 3RRGA 3DXMA 4DSFA 4CEAA 2HMIA 2ZM6K 3WNGA 4WF9L 3ZEUA 1HPZA 4K43A 5CZ1A 1C0UA 4NXNK 1VQ4N 2YX6A 2WTUA 1M90O 1W2BM 4JK7A 1UOCA 3OYFA 4DQRA 2ZQBA 2YHBA 2YCHA 3H08A 2VWKA 1FK9A 1X3NA 3GDQA 2A3ZA 4O8UA 3BEXA 3B8AX 4BG9A 2O8CB 5MLCQ 3MN5A 1QZ5A 2NRZA 3AARA 4DFKA 4FZYA 4B9QA 4U67L 4DTMA 3O9SA 1EKEA 3UB5A 1S1VA 1TL1A 3L2QA 1TKXA 2E8AA 4FWOA 3SQ0A 1S3XA 5KPTA 3CQ8A 3C94A 4FWRA 3V6DA 4FJ9A 4B8CA 4DS5A 3H3NO 3WNEA 5GIPA 4CF8A 4BR9A 4F9OA 1U04A 2E5LK 3NF7A 4CJTA 2VG6A 1LWFA 1S9EA 3TAMA 3ZX2A 3LDSA 3PUFA 1VSHA 4F2SA 4WQ5A 2KFNA 4NCAA 4YOUA 3T1HK 3CFRA 1N33K 1FJGK 4PKHA 4BR0A 3KIOA 2YKMA 3G71N 2D1KA 4C8MA 4O55A 4CGFA 4ELVA 2HHUA 1LCUA 4Y1CA 5FPMA 4FJLA 3O4NA 2DFHA 1BA0A 3T19A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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