2G8WA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8wA00
4I2QA 1RT1A 3HPHA 5J1EA 3LDSA 2ATQA 3L3VA 3K59A 1JLGA 4DTPA 3NH0A 1Q8IA 5HLFA 5HRNA 4DTMA 3DLHA 1LAVA 3NF8A 1GOBA 1XC9A 3AO2A 3SI6A 2PY5A 1WSJA 2WONA 4OKEA 1KLMA 4CEDA 3L8BA 1KSPA 2GUIA 2HB5A 3WNEA 3OYAA 4Q0BA 4BDYA 1I3AA 1DLOA 4FJGA 1Q9XA 3I8DA 4FLXA 4PY5A 2G8FA 3PV8A 2F96A 3QEPA 4DSLA 4Z4EA 2RN2A 4EZ9A 4DSJA 4GMJB 3B6OA 3TAPA 4B9TA 2QK9A 4F3TA 4I7FA 2IC3A 3OYMA 4B8CA 4BDZA 1HNVA 1EETA 4AILC 4HCCA 4KRFA 1ITGA 4CGDA 4FM1A 3KK1A 1R0AA 4FJ8A 1TGOA 4B9LA 2BGGA 1WSGA 1TKXA 1UA0A 1U45A 2E6MA 3AVFA 4CFAA 1QSLA 1D9DA 1C0TA 2R7YA 4M45A 4FJ9A 3U3YA 3DLRA 4DU4A 4M3TA 4CJRA 4KTWA 4DQSA 4DS5A 1RBTA 1RDCA 3HT3A 2HNDA 5JS2A 4FLYA 4M3UA 1L3SA 3THVA 4CJ4A 1RDDA 2B5JA 2GV9A 1SL2A 4W5NA 4KFBA 1S5JA 1X9SA 3KK3A 4W5QA 1B9FA 3QESA 1EP4A 5E41A 2VG5A 3T1AA 3ULDA 4FJJA 2OZMA 4CEAA 4C8LA 3KTQA 1L3TA 1X9MA 1HJRA 4FJKA 1JL1A 1TL1A 4EP5A 3NF6A 3V9XA 3HO1A 1QE1A 3LAMA 3AA5X 4O55A 2Y1IA 3TI0A 4KTQA 2BDPA 1RBRA 4B9SA 4HTUA 4HVJA 3C6UA 3MECA 1BIZA 1YTUA 3VQQA 3KD5E 2YHAA 3OYIA 3QEIA 2D0CA 4BDPA 2ZQBA 3OJSA 3LZJA 1HYSA 1NK7A 3DLBA 3QNNA 3ASMA 4FLVA 3OYGA 2P51A 1HMVA 4CHOA 4YNQA 1NJWA 3M8RA 4N76A 4M42A 3OYFA 4C8NA 2ZD1A 2BANA 1IH7A 4NCGA 1WAJA 4FK2A 3K2PA 3RR7A 4DFMA 1WSIA 3CM5A 3L2VA 1HYVA 1YT3A 4UQGA 3DLEA 3OS2A 3AVAA 3SYZA 3KLFA 2Z1HA 4JRPA 4DTRA 4KREA 1S9GA 1S9EA 4I2PA 3VQ8A 4CF2A 4OPKA 4LSLA 4B8AB 3LANA 4IG0A 3FFIA 3T3FA 4IFVA 2O4IA 5JS1A 3SUNA 3DM2A 4DWIA 1A5XA 2IGIA 4ICLA 3OYLA 2HHWA 1WSHA 3PO5A 1FKOA 5J2NA 1VSJA 1SL1A 3VA3A 4FVMA 4CF1A 3S3MA 4CJKA 4IG3A 4OGEA 1SKSA 4CHNA 3ZSZA 3O3GA 4E7KA 1A5VA 5I3UA 4DQIA 2OPRA 3KIOA 3MXJA 1J53A 1NJYA 5DMRA 1D5AA 4F2RA 2X78A 3K5LA 3L2RA 3LPUA 1NK8A 2HVHA 1SV5A 1FK9A 3DOKA 4BE2A 4LD0A 1SKRA 1JLCA 4OKKA 2IDOA 4JLHA 1DTTA 4B9VA 2F8SA 1S1VA 4PWDA 3AVBA 2Y1JA 4OGCA 3L2QA 1LV5A 2OZSA 3V9UA 4KHQA 4K8XA 5DK5A 3PX0A 1RTIA 3PUFA 3ZSWA 3WNGA 5HP1A 4DSKA 4FJMA 4KV8A 4CJ3A 3EYZA 2JGUA 3VQBA 3LWMA 3NCIA 1I39A 3SQ0A 1RT5A 3RRHA 3NE6A 4J2DA 4Z0UA 3C6TA 4FYDA 3OS0A 3NH1A 3AVJA 4EZ6A 2DTUA 1RDBA 3SCXA 1C6VA 3QIOA 3O3HA 1T03A 3CM6A 1O1WA 1XHXA 4RW4A 3OYEA 1SL0A 4DLEA 3SPZA 2YV0X 1UOCA 2HHSA 5CY4A 4M41A 3NAEA 2FBTA 3TABA 1D9FA 4CHPA 1KCFA 2FBYA 2VWJA 3M8QA 4CFCA 4CK1A 5C25A 1ASWA 4BE1A 1NOYA 4ID1A 4WE1A 4DSIA 4E0DA 3OYCA 4FJNA 4ZHRA 4HCBA 3DYAA 2BE2A 3OYDA 1VK0A 3VQEA 4B9MA 2W42A 3DOLA 3V1RA 2DFFA 2XY5A 1CZ9A 1W0HA 4BWMA 4ID5A 3O3FA 1JLAA 3ZT2A 1T05A 3KD1E 2HHQA 3OS1A 3G0ZA 4DTSA 1TKDA 1IKXA 3PX4A 3QEVA 1EKEA 5CYQA 3ALYA 4J2BA 4FLTA 4DTOA 3NGZA 1TK5A 4F2SA 2NUBA 5HRPA 3LP1A 4Q5VA 3AVMA 4CF0A 4M3WA 1VSFA 3EY1A 4B08A 3SPYA 1KVCA 1VSKA 3AA2A 2RF2A 1HPZA 2QKKA 3V1OA 4LH5A 1KFSA 3AO5A 2IS3A 3VQDA 3TWHA 5FDLA 2ITGA 5KI6A 3U6FA 1L3UA 2G8UA 4O4GA 4QCLA 3E01A 3NF9A 1A5WA 4GW6A 3V9SA 3AVHA 2HNYA 3LWLA 5HROA 2G8WA 3O4QA 1C0UA 4EP4A 1J9AA 1HQUA 1VSMA 3SQ4A 1Q9YA 4KB0A 2FBVA 4O0IA 3EZ5A 3AO3A 1VSHA 4B3OA 2XRIA 2QKBA 3DLGA 2I5JA 4CERA 3VQ4A 1N5YA 1T7PA 1KFDA 1S1UA 2JLEA 3I0RA 3M8PA 4OKJA 3BGRA 1W9HA 3CQ8A 2XY7A 4NCBA 3CYMA 2PYJA 4FK0A 4CGJA 4FW1A 1ZBLA 4PUOA 1RDAA 1RT4A 1NK0A 3IAYA 4CGHA 4IFYA 2G8KA 4Z4HA 4AHSA 3KLEA 4DU3A 3S3OA 4CGIA 1RILA 4OJRA 4KB1A 1DTQA 2F8TA 3TANA 2HHUA 3VQPA 1VSEA 3V9WA 5KRTA 4CIGA 4F4KA 4IKFA 4J2EA 5FRMA 4FLZA 4CJWA 3DRPA 4DFJA 2G8HA 1TAQA 4OLBA 3DRSA 3QO9A 1QSSA 3QLHA 1QTMA 4FJIA 4N56A 4FCYA 1WAFA 5I42A 1CLQA 4CJLA 4KI6A 2IAJA 4O5BA 1FXXA 1RBSA 5C24A 3WNHA 1B9DA 3OYHA 2KZMA 2HVIA 1HNIA 4DS4A 1J54A 1GOCA 3G10A 1NK6A 2PZSA 1F21A 1BCMA 4ELVA 3RTVA 1X1PA 4L8RB 4FXDA 2YNIA 1C1CA 3HPGA 3SQ2A 4CGGA 4BWJA 2EX3A 3AVLA 4E7HA 4FZYA 3RWUA 2OPSA 5SWMA 2HHTA 1S1XA 1XHZA 1K6YA 1NKEA 2KFZA 2DFEA 3RR8A 1SKWA 4CFDA 1U48A 3PX6A 4CHYA 1C0MA 3ISNC 4CFBA 3NGIA 3OYBA 4E89A 4H4OA 1U4BA 1RCHA 2O4GA 3TR8A 4HUEA 1KLNA 2OYQA 4J2AA 4I9QA 3I0SA 3QINA 1JLEA 1IKYA 1EXQA 3V6DA 4HHTA 4FM0A 1RTJA 4RW7A 4AH9A 1RT3A 3LALA 3T19A 3BDPA 4FK4A 3ZSYA 5SZTA 3KJVA 4FJ5A 4W5TA 4FLUA 3ZSQA 4F3OA 3O4NA 3OVNA 1VSIA 4OLAA 2OA8A 1WSFA 1D8YA 1BL3A 3QIPA 3AVKA 3ZCMA 1TKZA 2FC0A 3CFPA 1WLJA 4C8OA 3HP9A 1G15A 3OY9A 4W5RA 4FJ7A 4BACA 1S1TA 3AVCA 4PA1A 1RT7A 3P1GA 1LWFA 4CECA 1TL3A 3K58A 3LAKA 3UIQA 4CK2A 4F8RA 1RT6A 2YKMA 1QQCA 1IKWA 1HYZA 2YNHA 3AVIA 3CFOA 4AHUA 4E7IA 1KTQA 3K5OA 3SUPA 3MEDA 4OPJA 5KGWA 3A2FA 4RG8A 2G8VA 2G8IA 2LSNA 2PYLA 1U49A 3PO4A 1NK4A 1BI4B 3QEWA 4I9LA 1BQNA 1ASUA 3NDKA 4IBNA 1KRPA 3QETA 3LP0A 1IKVA 4E19A 1QS4A 3ZT4A 4Z4CA 4HUFA 1JLQA 4DQRA 4N5SA 3TAQA 4LSNA 3VQAA 3ZSVA 3HYFA 5KTQA 1REVA 4CJVA 1XWLA 3AA4A 2P1JA 5CZ1A 3U3GA 3SQ1A 1VRUA 4CJ5A 4E1MA 2KW4A 3KLHA 3V9ZA 1ZYQA 3RRGA 4M3RA 1Z26A 2D0BA 3AA3A 1LW0A 3VQ5A 3B6PA 5KGXA 3SZ2A 3C95A 3HPOA 1JLFA 4BE0A 1S6PA 3OYJA 4RW9A 1QSYA 3HVRA 1TAUA 4CESA 4ZTJA 3P5JA 4AHCA 2D0AA 2ETJA 1J5OA 4KHYA 5HBMA 1BCOA 3KK2A 4MQ3A 5CYMA 4KHUA 2HHVA 1BIUA 4O44A 1X9WA 3OYKA 3L2WA 3DRRA 1NJZA 3CFRA 4DG1A 1TK8A 3AO1A 2XO7A 3NHGA 1JLBA 4C8KA 1EX4A 3ZT1A 4CJFA 4FM2A 1HQEA 4FJXA 4CJUA 1RT2A 3TAMA 4TSXA 4CEOA 4W5OA 3S9HA 2KFNA 2OPQA 3VQ6A 1UA1A 4XIUA 3AVGA 4RW6A 3VN5A 4CJQA 3OJUA 1RTDA 2P5GA 2XY6A 4NYNA 3SNNA 4FJLA 2XHBA 3AO4A 3ZSXA 3HXMA 1BHLA 2QXFA 1MU2A 4DFPA 5J2MA 3NFAA 2P5OA 3ZSRA 3K5MA 3VQ7A 1RBVA 3HM9A 2YNGA 3D0PA 4DTNA 4CJEA 4CHZA 2A1SA 1FKPA 3ITHA 4OVLA 4KHNA 1WN7A 2YKNA 1NK5A 5J2PA 3ZT3A 4CJPA 1CXUA 4E1NA 2HNZA 4QOZB 2E4LA 3DI6A 4NYFA 4CIFA 4KKOA 4NCAA 1KVAA 3IRXA 1RBUA 3MAQA 1GOAA 4DMNA 1C1AA 3AV9A 3TARA 5CZ2A 1IO2A 3P83D 3QEXA 4GVMA 4DF8A 3D45A 1YVUA 3NF7A 3TAGA 4M3ZA 3JSMA 3DMJA 4G1QA 3VQ9A 2DY4A 4FW2A 3OYNA 4E7JA 3TAFA 4LH4A 3SJJA 2D5RA 4CEQA 3C94A 3NGYA 2VG7A 4CEZA 2IOCA 2RKIA 4CGFA 1L3VA 2HMIA 4DTXA 4H8KA 3JYTA 1Y97A 4FLWA 1Z25A 4K8ZA 3HK2A 1CZBA 4Z4GA 1TV6A 3MEEA 4LY7A 5EU7A 1B92A 1ZBUA 4AHTA 4AHRA 4CEFA 5HRSA 3F9KA 4DF4A 1NK9A 4DSEA 4KTZA 1S1WA 3M8SA 4CJTA 2B4JA 3HP6A 3WNFA 4R5PA 4IDKA 4DQPA 2AJQA 4Y1CA 1UAXA 1SUQA 3LP2A 1T8EA 3MXMA 1WSEA 1JL2A 3H08A 3IG1A 3L3UA 4DU1A 1LW2A 1QHTA 3VQCA 3NH2A 2EHGA 4JRQA 1NJXA 2WOMA 4KAZA 5J2QA 4B9UA 1S6QA 3KLGA 4KHSA 4ZTFA 1BISA 3NBPA 3TAEA 1UWBA 4FZXC 2X6SA 3K57A 4CIEA 3RMBA 4YFUA 1NKCA 2KQ2A 2Z1JA 1C1BA 4HUGA 1JXBA 4PQUA 1BQMA 3HJFA 3V1QA 3SV4A 4ELUA 1TVRA 3RMCA 3RMDA 1JXEA 3DLKA 5D3GA 2Z1GA 3KLIA 4M3YA 3MXIA 2KZZA 3KKSA 3CG7A 4CF9A 3SUQA 1BGXT 2VWKA 1RTHA 4MFBA 2ZE2A 3HVTA 4DLGA 4N47A 3QNOA 3IS9A 4CK3A 4DSFA 3VA0A 3F73A 1BI4A 5FROA 3PY8A 4FZZA 4Z4FA 3LPTA 1VRTA 3LP3A 1IG9A 4KHWA 4DFKA 3LZIA 1NOZA 1WNSA 2GBZA 3KKRA 4CF8A 3S3NA 4ELTA 1ASVA 1U47A 3V81A 2YHBA 2X6NA 4DQQA 5FRNA 2OPPA 3ZSOA 3HL8A 1RNHA 1TKTA 5KRSA 2KTQA 3K5NA 1CXQA 5HRRA 3SUOA 1NKBA 2FBXA 4Z4IA 4RW8A 4KPYA 3AVNA 3ZT0A 1XI1A 2HW3A 2DFHA 1KVBA 1N6QA 1JKHA 2RPIA 3MEGA 4N41A 4AHVA 4CEEA 4CEBA 3HSTB 4JS5A 4JS4A 1HRHA 5K14A 4CHQA 1VSLA 3SV3A 2B6AA 4FJHA 4KI4A 1U04A 1ZBFA 2X74A 4DTJA 4E3SA 4CCHA 2YNFA 1L5UA 1YTAA 3L2UA 4M3XA 2VG6A 3V4IA 4CE9A 2A1RA 4DTUA 1TK0A 3QERA 1ZBHA 4B9NA 1VSDA 3RMAA 4KO0A 1ZBIA 2HHXA 4H4MA 1LWCA 4CJSA 1LWEA 2Z1IA 5C42A 1LAWA 2Q3SA 2E6LA 2XY8A 4Y1DA 5T7BA 4O0JA 4QAGA 4E7LA 4C8MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTPA 4CZIA 5J1EA 3L3VA 3K59A 2DPNA 5ADXA 4CZJA 3H46O 1Q8IA 1WUAA 3VF4A 1NG9A 1M90O 3CC7N 3NF8A 4C1NK 3BZCA 3MWTA 3AO2A 1ZC6A 5AQUA 4CEDA 4Q0BA 3WNEA 3A5MC 4BDYA 1I3AA 2UUBK 2G8FA 3N4QA 3QICA 5EVZA 3QEPA 5JLHA 4DSJA 4DV4K 3CHWA 4JKGA 2IC3A 4BDZA 1VQLN 3CQYA 4KRFA 4CGDA 4FM1A 3KK1A 4B9LA 5MLCQ 3H3OB 2KKZA 2BGGA 3F2KA 1K73O 2BH1A 4CFAA 4JI3K 1C0TA 4FJ9A 3H1VX 3K9JA 4DS5A 1NLVA 1RBTA 1RDCA 3HI0A 5JS2A 1NGFA 4M3UA 2QM1A 3I56N 1VQ4N 3KZBA 4BR5A 3HRGA 1B9FA 1EP4A 3PIOL 3T1AA 2QWQA 3AGRA 5JICA 3U9ZA 1L3TA 1TL1A 1KAZA 3LAMA 4OO1J 1RBRA 4FWOA 4HTUA 4GKJK 1BIZA 3VQQA 3OYIA 2D0CA 5BPNA 1NK7A 1QVGM 3DLBA 3JAMO 2YHWA 4N76A 5H1SQ 1HMVA 1NJWA 4C8NA 4WCEL 1IH7A 5BN9A 4DFMA 4EIAA 1NWKA 3L2VA 1YT3A 4UQGA 5LL6Z 3OS2A 3D2FA 3AVAA 3SYZA 3KLFA 5AZJB 3BUZB 1P90A 1S9GA 5BRDA 4IOCL 4CF2A 4B8AB 4BRNA 3J81O 4IG0A 1WBBA 3FFIA 4BRIA 1ATNA 4IFVA 5TKYA 3EE8A 5JS1A 4AQYK 4CZLA 1A5XA 4CF1A 4CJKA 3O3GA 1C0GA 1A5VA 4JI7K 2OPRA 1J53A 4ISFA 3VERA 2CGLA 4BE2A 4LD0A 3R3LA 4OKKA 4B9VA 1S1VA 1QQMA 2W6KA 3THXA 1W2BM 3ZSWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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