The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
238
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structure length |
230
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Chain Sequence |
VAGDAIVSFQDVFFTTPRGRYDIDIYKNSIRLRGKTYEYKLQHRQIQRIVSLPKADDIHHMMVMAIEPPLRQGQTTYPFLVLQFQKDEETEVQLNLEDEDYEENYKDKLKKQYDAKTHIVLSHVLKGLTDRRVIVPGEYKSKYDQCAVSCSFKANEGYLYPLDNAFFFLTKPTLYIPFSDVSMVNISRRTFDLEVVLRSNRGSTTFANISKEEQQLLEQFLKSKNLRVKN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of the yFACT Pob3-M Domain, Its Interaction with the DNA Replication Factor RPA, and a Potential Role in Nucleosome Deposition.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Replication
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Hypothetical 63.0 kDa protein in DAK1-ORC1 intergenic region
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| total genus |
51
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| structure length |
230
|
| sequence length |
238
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-03-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08512 | Rtt106 | Histone chaperone Rttp106-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | PH-domain like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DXC A; 2DYN A; 1DRO A; 2I5F A; 3PVW A; 1RRP B; 2DX1 A; 5C5B A; 1PFJ A; 4A6F A; 3A8Q A; 4KHA A; 3G9W A; 1DDW A; 4HB4 B; 5JHG A; 1UPQ A; 2LKO A; 4K81 A; 1H10 A; 4KAX B; 3ML4 A; 4CYE A; 2LUL A; 3A8P A; 2W2X C; 1U5E A; 4EMO A; 3BIN A; 5CLL B; 3TW1 A; 4NY0 A; 2Y8G A; 3TO1 A; 2Z0O A; 1NTY A; 4EKU A; 4K2O A; 5D3W A; 5FI1 A; 1X11 A; 5KQ1 A; 1ZC4 B; 4KVG B; 1Z87 A; 3SYX A; 1OMW A; 1MKE A; 4HB0 B; 3MPX A; 2VKI A; 5JP4 A; 5LOP B; 2Y7B A; 1EAZ A; 1NTV A; 4F7G A; 5D3V A; 3SV1 A; 1XX0 A; 2AEH A; 1X86 A; 1J19 A; 4KHB B; 4Y94 A; 2IFS A; 4HAY B; 3O96 A; 1FHX A; 2K2U A; 2QKL A; 4Z2M B; 5C79 A; 4Z2N A; 3QBV B; 2HTH B; 2ZPY A; 1K5G B; 2G35 A; 1FGY A; 5J3Q A; 4HB3 B; 3NSU A; 2ROZ B; 1W1D A; 4HHV A; 1EGX A; 3ODW A; 1M7R A; 2CAY A; 2D9W A; 2EJ8 A; 3HK0 A; 3ZVR A; 2PZ1 A; 3AU5 A; 1UEF A; 3U7D A; 1PMS A; 1SGH A; 2YVC A; 2COA A; 3ZDT A; 2DHJ A; 2OTX A; 2P0F A; 1MAI A; 3QWM A; 1FGZ A; 4HB2 B; 4PQ0 A; 3OAN A; 1KZG A; 2Y8F A; 1ZC3 B; 1GC7 A; 5L81 A; 3AJ4 A; 2MFQ A; 3FM8 C; 1UNR A; 2P8V A; 2DFK A; 1W1H A; 2DKP A; 2UZR A; 1X05 A; 2Z0Q A; 1P6S A; 2X18 A; 3VIA A; 2DKQ A; 1DYN A; 2DHI A; 1BWN A; 1GG3 A; 1DBH A; 4HAX B; 1MK9 B; 1WVH A; 1N3H A; 4K2P A; 3SUZ A; 1BTK A; 5EFX A; 5D3X A; 5D27 A; 4CHM A; 2YT0 A; 3WYF B; 2NMB A; 2Q13 A; 4MT7 A; 1EVH A; 5CLQ B; 2D9Z A; 4EJN A; 4HAW B; 2CRF A; 2LOZ A; 2J0M A; 1X1F A; 2DX5 A; 5JHH A; 1P5T A; 1U5D A; 1QQG A; 1XD4 A; 1NU2 A; 5FI0 A; 1KZ7 A; 3X23 A; 4GPT B; 4YON A; 3GYP A; 1E5W A; 2LOX A; 2J0J A; 3P6A A; 5JLJ B; 2CY4 A; 2OQB A; 3D8F A; 2GCJ A; 3KZ1 A; 3KRX A; 2D11 A; 1ZSQ A; 2FJL A; 1WGU A; 2QKM A; 3PSC A; 4HDQ A; 2RLO A; 3PVL A; 4TYZ A; 4CHJ A; 2P0H A; 3KRW A; 5DI9 B; 2M14 A; 1TQZ A; 5D3Y A; 1V5M A; 2Z0P A; 3KSY A; 2I1K A; 2EC1 A; 1XCG A; 4C0A A; 1U29 A; 1ZVR A; 4GMV A; 1XOD A; 3ODX A; 1V88 A; 2COF A; 4K17 A; 1AQC A; 3HW2 B; 1U27 A; 2MKR A; 4WVF B; 1OQN A; 1FB8 A; 2HE7 A; 4IFS A; 2LYD A; 2VRW B; 4P7I A; 3PG7 A; 4B6H A; 4GMX B; 2AL6 A; 4WSF A; 4IAP A; 2J59 M; 2YS3 A; 1NI2 A; 1ZM0 A; 1FHO A; 2XQN M; 1GC6 A; 3V5W A; 1XKE A; 1ISN A; 2ROV A; 4KHO A; 2IYB A; 2DA0 A; 1LB1 A; 1XR0 B; 2N0Y A; 4IOY X; 2EMS A; 1BAK A; 2MWN B; 3IVF A; 1AWE A; 1SHC A; 4HAT B; 3D8E A; 2KCJ A; 3TFM A; 1KI1 B; 2J0K A; 3F5R A; 1W1G A; 3DXD A; 4GXB A; 5C6R A; 2M38 A; 1B55 A; 1J0W A; 3HQC A; 3ODO A; 5C5B B; 4A6F B; 1BTN A; 5J3Y A; 3SO6 A; 1FAO A; 2YF0 A; 2GS0 A; 2R0D A; 1V61 A; 1I7A A; 4HDO A; 1U5G A; 2YRY A; 2VSZ A; 3UZT A; 2RSG A; 1PLS A; 5DH9 B; 2EMT A; 4HAU B; 1M7E A; 2YS1 A; 5KCV A; 3TCA A; 4DXA B; 2N23 A; 1DDM A; 2RUK B; 2CY5 A; 2GJY A; 2RGN B; 1LW3 A; 3DXE A; 2D10 A; 3GYO A; 2V76 A; 4F7U P; 3PEG A; 3QIJ A; 4MY6 A; 2I5C A; 3MDB C; 2P0D A; 3D8D A; 2D9Y A; 4H8S A; 1UPR A; 2KGX B; 4A5K A; 2MDX A; 2W2X D; 1TXD A; 3P7Z A; 1Y19 B; 4DX9 0; 4MK0 A; 1Y5O A; 1K5D B; 2ADZ A; 4YL8 A; 4A6H A; 3U8Z A; 3LJU X; 5HE2 A; 3CIK A; 5HE3 A; 4ZRJ A; 3WA0 A; 1WJM A; 1TJ6 A; 3F0W A; 3KY9 A; 2W2W A; 2D9V A; 1UNQ A; 5KQ4 A; 1MIZ B; 1P3R A; 2UZS A; 4TKN A; 1V5U A; 1WI1 A; 4GN1 A; 2H7D A; 1V5P A; 4ZRK A; 2H7E A; 4XWX A; 5GOW B; 1FHW A; 3M1I B; 1DDV A; 3ULC A; 2COD A; 3FSS A; 2DN6 A; 2BCJ A; 4F7H A; 2DHK A; 2K00 A; 1U5F A; 4NSW A; 3N7C A; 4DBB A; 3PZD A; 1EF1 A; 3T06 A; 2D2Q A; 5HE0 A; 2COC A; 2UVM A; 4BBK A; 5J3T A; 1X1G A; 5DIF B; 3FEH A; 4L6E A; 3PP2 A; 1IRS A; 2D9X A; 1MK7 B; 3RCP A; 1MPH A; 1WGQ A; 1FOE A; 3BJI A; 2DYQ A; 4WJ7 A; 5DHF B; 3A98 B; 2YSZ A; 4D0N B; 1WG7 A; 2YS5 A; 4DX8 A; 2RNR B; 1RJ2 A; 1MIX A; 5C16 A; 2KUP A; 1H4R A; 1WJ1 A; 2R09 A; 1QC6 A; 2ELA A; 2E2X A; 2GCL A; 2JP2 A; 3SNH A; 2RVB B; 2LG1 A; 5HE1 A; 3CXB B; 2L2I A; 3VOQ A; 1U2B A; 2NZ8 B; 4HAV B; 3TVV A; 2K2J A; 1OY2 A; 2DTC A; 2I1J A; 3PVU A; 2YT1 A; 4HAZ B; 2ELB A; 3AU4 A; 4GZU A; 2L1C A; 1V89 A; 5LON B; 1Q67 A; 4PNK A; 3ULB A; 1I2H A; 2DLW A; 2D4Q A; 4ZRI A; 1UNP A; 5DHA B; 4A6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DXC A; 2DYN A; 1DRO A; 5LG4 B; 2I5F A; 3PVW A; 1RRP B; 2DX1 A; 5C5B A; 2K49 A; 1PFJ A; 4A6F A; 3A8Q A; 4KHA A; 3G9W A; 1DDW A; 4HB4 B; 2KR0 A; 5JHG A; 1UPQ A; 2LKO A; 4K81 A; 1H10 A; 4KAX B; 3ML4 A; 4CYE A; 2LUL A; 3A8P A; 2W2X C; 1U5E A; 4EMO A; 4QJ5 B; 3BIN A; 5CLL B; 3TW1 A; 4NY0 A; 2Y8G A; 3TO1 A; 2Z0O A; 1NTY A; 4EKU A; 4K2O A; 5D3W A; 5FI1 A; 1X11 A; 5KQ1 A; 1ZC4 B; 4KVG B; 1Z87 A; 3SYX A; 1OMW A; 1MKE A; 4HB0 B; 3MPX A; 2VKI A; 5JP4 A; 5LOP B; 2Y7B A; 1EAZ A; 3OHM B; 2KIG A; 1NTV A; 4F7G A; 5D3V A; 3SV1 A; 1XX0 A; 4L1R A; 4QJ4 B; 2AEH A; 1X86 A; 1J19 A; 4KHB B; 4Y94 A; 2IFS A; 4HAY B; 3O96 A; 1FHX A; 2K2U A; 2QKL A; 4Z2M B; 5C79 A; 4Z2N A; 3QBV B; 2HTH B; 2ZPY A; 2Z14 A; 1K5G B; 2G35 A; 1FGY A; 5J3Q A; 4HB3 B; 3NSU A; 2ROZ B; 1W1D A; 3FVC A; 4CSQ A; 4HHV A; 1EGX A; 3ODW A; 1M7R A; 2CAY A; 2D9W A; 2EJ8 A; 3HK0 A; 3ZVR A; 2PZ1 A; 3AU5 A; 1UEF A; 3U7D A; 1PMS A; 1SGH A; 2YVC A; 3NWD A; 2COA A; 3ZDT A; 2DHJ A; 4DIX A; 2OTX A; 2P0F A; 1MAI A; 3QWM A; 1FGZ A; 4HB2 B; 4PQ0 A; 3OAN A; 1KZG A; 2Y8F A; 3NWA A; 1ZC3 B; 1GC7 A; 5L81 A; 3AJ4 A; 2MFQ A; 3FM8 C; 1UNR A; 2P8V A; 2DFK A; 1W1H A; 2DKP A; 2UZR A; 2YT2 A; 1X05 A; 2Z0Q A; 1P6S A; 2X18 A; 3VIA A; 2DKQ A; 1DYN A; 2DHI A; 1BWN A; 1GG3 A; 1DBH A; 4HAX B; 1MK9 B; 1WVH A; 1N3H A; 4K2P A; 3SUZ A; 1BTK A; 4GOU A; 5EFX A; 5D3X A; 5D27 A; 4CHM A; 2YT0 A; 3WYF B; 2NMB A; 2Q13 A; 4MT7 A; 1EVH A; 5CLQ B; 2D9Z A; 4EJN A; 4HAW B; 2CRF A; 2LOZ A; 2J0M A; 1X1F A; 5I2M A; 2DX5 A; 5JHH A; 2Z59 A; 1P5T A; 1U5D A; 1QQG A; 1XD4 A; 1NU2 A; 5FI0 A; 1KZ7 A; 3X23 A; 4GPT B; 4YON A; 3GYP A; 1E5W A; 2LOX A; 2J0J A; 3P6A A; 5JLJ B; 2CY4 A; 2OQB A; 3D8F A; 2K8E A; 2GCJ A; 3KZ1 A; 3KRX A; 2D11 A; 1ZSQ A; 2FJL A; 1ZYI A; 1WGU A; 2QKM A; 3PSC A; 4HDQ A; 2RLO A; 3PVL A; 4TYZ A; 4CHJ A; 2P0H A; 3KRW A; 5DI9 B; 2M14 A; 1TQZ A; 5D3Y A; 1V5M A; 2Z0P A; 3KSY A; 2I1K A; 2EC1 A; 1XCG A; 5M4Y B; 4C0A A; 1U29 A; 1ZVR A; 4GMV A; 1XOD A; 3ODX A; 3NW8 A; 1V88 A; 2COF A; 4K17 A; 2ZKM X; 1AQC A; 3HW2 B; 1U27 A; 2Z4D A; 2MKR A; 4WVF B; 1OQN A; 1FB8 A; 2HE7 A; 4IFS A; 2LYD A; 2VRW B; 4P7I A; 3PG7 A; 4B6H A; 4GMX B; 2AL6 A; 4WSF A; 4IAP A; 2J59 M; 2YS3 A; 1NI2 A; 1ZM0 A; 1FHO A; 2XQN M; 1GC6 A; 3V5W A; 1XKE A; 1ISN A; 2ROV A; 4KHO A; 2IYB A; 4GNK B; 2DA0 A; 1LB1 A; 1XR0 B; 4KHB A; 2N0Y A; 2GUM A; 4IOY X; 2EMS A; 1BAK A; 2MWN B; 3IVF A; 1AWE A; 3B77 A; 1SHC A; 4HAT B; 3D8E A; 2KCJ A; 3TFM A; 1KI1 B; 2J0K A; 3F5R A; 1W1G A; 3DXD A; 4GXB A; 5C6R A; 2M38 A; 1B55 A; 1J0W A; 3HQC A; 3ODO A; 5C5B B; 4A6F B; 1BTN A; 5J3Y A; 3SO6 A; 1FAO A; 2YF0 A; 2KUQ A; 2GS0 A; 2R0D A; 1V61 A; 4HSI A; 3HIE A; 1I7A A; 4HDO A; 1U5G A; 2YRY A; 2VSZ A; 3UZT A; 2RSG A; 1PLS A; 5DH9 B; 2EMT A; 4HAU B; 1M7E A; 2YS1 A; 5KCV A; 3TCA A; 4DXA B; 2N23 A; 1DDM A; 2RUK B; 3DXE A; 2CY5 A; 2GJY A; 2RGN B; 1LW3 A; 2D10 A; 3GYO A; 2FJU B; 2V76 A; 4F7U P; 3PEG A; 3QIJ A; 4MY6 A; 2I5C A; 4QXA B; 3MDB C; 2P0D A; 3D8D A; 2D9Y A; 4H8S A; 1UPR A; 2KGX B; 4A5K A; 2MDX A; 2W2X D; 1TXD A; 3P7Z A; 1Y19 B; 4DX9 0; 4MK0 A; 1Y5O A; 1K5D B; 2ADZ A; 4YL8 A; 4A6H A; 3U8Z A; 3LJU X; 5HE2 A; 3CIK A; 3DCX A; 5HE3 A; 4ZRJ A; 3WA0 A; 1MI1 A; 1WJM A; 1TJ6 A; 3F0W A; 3KY9 A; 3NWF A; 2R2Y A; 2W2W A; 2D9V A; 1UNQ A; 5KQ4 A; 1T77 A; 2Z13 A; 1MIZ B; 1P3R A; 2UZS A; 5IRS A; 4TKN A; 2NBV A; 1V5U A; 1WI1 A; 4GN1 A; 2H7D A; 1V5P A; 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