The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
AIKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRCFYLFPGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Caspase-1
|
| total genus |
15
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-06-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SC1 B; 1RHU B; 1IBC B; 4ZVR B; 3IBC B; 3R7B B; 3D6M B; 3RJM B; 4ZVQ B; 3EDR B; 4ZVT B; 1F9E B; 3IBF B; 2QL5 B; 2QL9 B; 3R5J B; 1ICE B; 3GJS B; 1RHR B; 2CDR B; 5K20 B; 2CNL B; 3D6F B; 1I3O B; 3KJN B; 4DCO B; 2H4Y B; 1GFW B; 1SC3 B; 3R6G B; 2QLJ B; 4DCJ B; 2HBZ B; 2P2C B; 2CJX B; 1RWP B; 2H65 B; 3KJF B; 2QLF B; 2CNN B; 1RHJ B; 3QNW B; 3SIP B; 2C2Z B; 2C2M B; 2Y1L B; 1RWX B; 1RHK B; 3R7S B; 3NS7 B; 4ZVO B; 1BMQ B; 2C2O B; 2H54 B; 2HBY B; 3GJR B; 2H4W B; 3P45 B; 2QL7 B; 5IC4 B; 4ZVU B; 2C1E B; 2CJY B; 1RWN B; 4ZVS B; 3GJT B; 1PYO B; 2H48 B; 1NME B; 1RWV B; 2XYG B; 2Y0B B; 1RWO B; 5IC6 B; 2QLB B; 3R7N B; 2XZD B; 1RWK B; 2XYH B; 2H5I B; 1QTN B; 2HBR B; 1QDU B; 3R6L B; 1PAU B; 2FQQ B; 4DCP B; 3KJQ B; 1RHQ B; 1RHM B; 1RWM B; 2C2K B; 2DKO B; 4LSZ B; 3EDQ B; 2HBQ B; 3GJQ B; 3P4U B; 4JB8 B; 2XZT B; 1RE1 B; 2CNK B; 2H5J B; 4ZVP B; 2H51 B; 1I51 B; 1RWW B; 2CNO B; 2XYP B; 3D6H B; 1SC4 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OSC A; 4USJ C; 4CP5 A; 3MM6 A; 1S97 A; 4H54 A; 3CCJ S; 3EWG A; 3BYR A; 3UPF A; 2EWH A; 2HWT A; 4TQR A; 1QAJ A; 2MLX A; 4QYZ J; 3ZTP A; 3B78 A; 4TKT A; 2GVD A; 4OFZ A; 3AJ1 A; 2GHW A; 4UY8 5; 4K7Q A; 2PMH A; 4OYO A; 1SH0 A; 2PI4 A; 3L09 A; 2WSF C; 3GFY A; 3DRP B; 3BGU A; 4Y2I A; 2H4W B; 3CB4 A; 2DNZ A; 4DU8 A; 2AZ1 A; 4WFX A; 4AFF A; 3A8I A; 5A8K B; 5AE3 A; 2W9C A; 1LNQ A; 2HQG A; 4ES2 A; 4B9V A; 2R7V A; 5A6W A; 1XWL A; 3J7A N; 2F65 A; 1O0P A; 2A6O A; 3ZXW A; 2M0G B; 4NCG B; 2VG6 B; 2B5J A; 1VRT B; 3UQS A; 1RKJ A; 3BGL A; 4WE1 B; 2XHW A; 3ETM A; 2B9E A; 1N5Y B; 2FHO B; 3QT5 A; 2V6A A; 4ECT A; 2DH9 A; 3AXK A; 5DGA A; 3E2E A; 3K8V A; 3GG0 A; 2UUA J; 2JZ5 A; 1DAR A; 1AFI A; 2WSC C; 3ZC4 A; 2VIC A; 2W7O A; 4WYL A; 4K4W A; 5GAE U; 4DV2 J; 1SL1 A; 5E5N A; 2JSX A; 1L3V A; 1HNV B; 5C2G A; 3D9B A; 4B3T F; 4UOF A; 1S5Z A; 3HFV A; 1YHQ S; 2HNY B; 4DFJ A; 1APS A; 3OUY A; 3V6D A; 5KFW A; 1T9V A; 3HPO A; 3KK1 A; 2IYG A; 3CUL A; 2HS4 A; 4UF4 A; 2DR6 A; 2QA2 A; 1P8G A; 2ZNZ A; 5E0O A; 1GXT A; 2IHR 1; 1Q78 A; 4WIQ A; 4C0H A; 5IT9 Y; 4P9S A; 3C6U B; 1KP6 A; 1UPP A; 2WBM A; 2IJR A; 2LU2 A; 4NEY A; 3TUZ C; 2AT1 B; 4B3S F; 3B4M A; 1VFJ A; 2R8G A; 4CQ1 A; 2WCX A; 1ZM3 A; 3QGI A; 2KU7 A; 2HFS A; 4DR2 J; 2DNO A; 4Z37 A; 5AT1 B; 1SC1 B; 3TEH B; 2XNR A; 4ZJO A; 4J9V A; 4B9N A; 2VFU A; 3BRE A; 3H0P A; 4ZIW A; 1GX6 A; 5BR8 J; 3ILJ A; 3G4S S; 1NND A; 1Q8I A; 2ILZ A; 3OL7 A; 3OTE A; 3CD0 A; 1ITP A; 2OEJ A; 3DOL B; 3CVK A; 1IKV A; 2FJE B; 2X1A A; 2WVC A; 3UN2 A; 5K8P A; 1KSP A; 4B3O B; 4MYT A; 4B3M F; 3PKM A; 2B7C B; 5LXR A; 1XNR F; 3QO9 B; 4O0I A; 4K4T A; 2CVE A; 3G96 A; 1S9G A; 2B4P A; 4Y2C A; 3WC2 A; 2ZH6 A; 3CDB A; 2XCP A; 2FPH X; 3IAM 9; 4DQP A; 2HSE B; 1TTH B; 3QJP A; 3IG1 A; 4ZCK A; 4NMX A; 3QWU A; 2M88 A; 4DUT A; 3LWM A; 2WHO A; 3M05 A; 3I5B A; 3Q8S B; 5D8H B; 1GT8 A; 2GMJ A; 1DY3 A; 1RHM B; 3US5 A; 1NXI A; 2BZ2 A; 4I69 A; 3GJQ B; 1WEX A; 3W66 A; 5HK4 A; 2QA1 A; 1IKW A; 1EET B; 1F6T A; 2QC3 A; 2PEH A; 2RHQ B; 5KFD A; 4W98 A; 3MM9 A; 1KTQ A; 4DR7 J; 2Y8Y A; 3HKW A; 2C28 A; 3MR2 A; 2A6M A; 2LCW A; 5B0F A; 4AL5 A; 3D6F B; 2CQ4 A; 4P2F A; 1YTY A; 2Z8Q A; 4LFA F; 4KGM A; 5ETN A; 4IQM A; 1SUQ A; 3QAE A; 4DWI A; 4PKD B; 1LQ9 A; 3BGF A; 3BR9 A; 4EYI B; 2XUL A; 4USW A; 2HND B; 2CG8 A; 2HPU A; 2GIQ A; 4JI0 J; 2P6T A; 4OZ0 A; 3HKZ D; 2CZV C; 1UVK A; 2RE1 A; 3GIM A; 3TX0 A; 1CJK B; 2QLB B; 3P3D A; 2UP1 A; 2W25 A; 3X1L B; 2HLU A; 2V8P A; 2X7I A; 4KYZ A; 4K4U A; 4DLE A; 1AUS L; 5K8M A; 3VAI A; 2JEF A; 2HZV A; 3R5D A; 3BS9 A; 2OKQ A; 1K47 A; 1CG2 A; 4YQW A; 2ZH9 A; 2RVJ A; 2HRT A; 2VOD A; 1PC5 A; 1J27 A; 3KHG A; 1UW4 A; 4EEY A; 1FRM A; 3MPW A; 3TZW A; 2EFQ A; 1S79 A; 1HNI A; 2VL1 A; 2QEX S; 5A6P A; 1U2F A; 1JLA A; 2P9E A; 3TR5 A; 2OLW A; 1NH8 A; 4DFK A; 2BAN B; 3PR4 A; 1RAO A; 3QSI A; 5KT5 A; 3LAN A; 3ZZY A; 2NYH A; 4IG3 A; 1DBD A; 4NYO A; 3H40 A; 3OTC A; 1T9T A; 5H1S V; 3OR2 B; 2XSJ A; 3OL8 A; 3DLB A; 1ZYQ A; 2ROE A; 4DPT A; 3Q0A A; 3S7R A; 3I55 S; 2XYG B; 2Y0S D; 4O4G A; 4F04 B; 1HWJ A; 1SBR A; 3J7Z T; 3U02 A; 4JI6 J; 3P8B B; 5FDL B; 4Y2M A; 1SJR A; 2RT3 A; 3Q23 A; 5LJ5 Y; 3U1M A; 4IKA A; 5KFE A; 2PFD A; 4HTI A; 2XMV A; 2ZC4 A; 4Y3C A; 1Q4R A; 4NLD A; 5KFP A; 2J0S D; 2C2R A; 4JYA F; 5A76 A; 1UJ5 A; 2YH0 A; 2DNM A; 3UR0 A; 3ETO A; 2XYP B; 2ERR A; 1IR0 A; 3T1H F; 1CQN A; 3HSG A; 4ZVQ B; 1JIH A; 2YKM A; 4FVM A; 4NWB A; 3R5J B; 4A47 A; 3JQK A; 5EX3 A; 5KFH A; 1S1W A; 4ECR A; 1X60 A; 4KH0 B; 3B6B A; 4WZM A; 2YVS A; 3AAW B; 3I9Z A; 4P75 A; 1WKL A; 4F26 A; 1PBA A; 2ZH1 A; 4QOT A; 5AXK A; 3V81 B; 2YNF B; 2W2O P; 5GAH U; 1SC6 A; 4ILR A; 1Y7P A; 3PJ9 A; 1R0B G; 2U2F A; 1YRT A; 3KJV A; 4FF4 A; 2H5E A; 1K0T A; 5C2C A; 3PDN A; 2VON A; 1CJU A; 3FMW A; 4M5N A; 1I94 J; 3PW2 A; 4ED1 A; 1HQU A; 4IH6 A; 5GAE I; 3A3P B; 4BCA A; 1OQ6 A; 1Q95 G; 2BKO A; 3ZTR A; 2MLY A; 3POT B; 3QFW A; 2IM1 A; 2ZDO A; 2XZT B; 3KKF A; 3VAL A; 2C22 A; 3D1Q A; 2KXF A; 2WW8 A; 3PRV A; 2EKN A; 1OPI A; 4RWW A; 3HSJ A; 2R2R A; 2ZZM A; 2DYA A; 4MFB A; 5C24 A; 5E33 A; 2B4V A; 3PIO Q; 3K17 A; 4I2Q B; 1MNE A; 3RBX A; 1XMQ F; 1RA7 A; 2UUB J; 1OY8 A; 3OTD A; 3FRZ A; 2V50 A; 4J7C A; 1FD2 A; 4DPX A; 3IM9 A; 2R2U A; 3GR0 A; 1RHK B; 3J80 Y; 4QW8 A; 4AL6 A; 3CCM S; 4OMF G; 3C16 A; 2Q79 A; 3ENQ A; 1UTA A; 2GHP A; 1XIQ A; 4HHH A; 1EIY B; 3B82 A; 1TMJ A; 3CF5 Q; 2KN4 A; 4CO4 A; 3IXQ A; 2J7K A; 3RW6 A; 5D3G B; 4CWB A; 2C3O A; 4YS2 A; 1SL2 A; 2FUG 9; 2BE7 D; 3M8P B; 1JJC B; 4MJK A; 1SXL A; 1BC6 A; 3HFZ B; 3D1O A; 4QPX A; 5GAG I; 1IVZ A; 1RT2 A; 1H7W A; 5HMZ A; 4KKO B; 2E29 A; 4C8N A; 2PN6 A; 1V9O A; 2F4F A; 4X4S A; 5LMU F; 2VFS A; 4ED3 A; 5I3Q A; 1ZM9 A; 1YBT A; 4ES1 A; 3N6M A; 1CC8 A; 4EI2 A; 1VQK S; 2P6S A; 1BQM B; 4LBH A; 3H25 A; 4IQX A; 4GMK A; 4RNH A; 4ID8 A; 2HBZ B; 2ROG A; 5K5M A; 3FKB A; 3ZTQ A; 5GMD A; 2ZZT A; 3ENV A; 2BE2 A; 1VDH A; 3JB9 k; 3OV7 A; 6FD1 A; 2K3K A; 1LOU A; 1RGV A; 2NR0 A; 3K58 A; 3HF5 A; 1RJJ A; 3JTP A; 3LTO A; 4KTQ A; 2DB1 A; 4H4O B; 4JV2 A; 5H9E J; 4LFB F; 1WF0 A; 3CD5 A; 2VG7 A; 2UXB J; 3OTO F; 5L8R C; 2HFU A; 3KG4 A; 2BDP A; 2HHP A; 3LP1 B; 2DO0 A; 5GVQ A; 1R6Y A; 2V5H G; 3HHL B; 2QYC A; 4WU3 A; 1C0U A; 2RF2 A; 2UUT A; 3M8W A; 4NA1 A; 3LOU A; 3MM5 B; 4ALZ A; 3QYY A; 5DDP C; 1K0V A; 3JAM U; 2B0G A; 2RS2 A; 5KG1 A; 4IO1 A; 5LJ3 Y; 1NLK L; 3H5S A; 3OSP A; 4YHH F; 2V2K A; 4LRD A; 1ZBT A; 4YOE A; 4C8K A; 4AYB D; 1NM2 A; 1IWA A; 4GC7 A; 4PWU A; 4RW7 B; 3LGN A; 1F60 B; 2UXC J; 2I6W A; 4GKJ J; 5HJX A; 2ZH5 A; 4CO1 A; 2DGQ A; 3DDN A; 3KUG A; 1JJ2 R; 2E5G A; 1FWL A; 1H6K X; 2JL9 A; 4QWC A; 1TL1 B; 3SXL A; 4ES3 A; 5KG7 A; 4P73 A; 1KTV A; 2YPZ A; 3SI8 A; 1RTI B; 4ZPW R; 2VQF J; 1U2C A; 3QGP A; 1VOM A; 1UWA A; 3NEK A; 2FVS A; 2OUG A; 2QSF A; 2QTW A; 3CCZ A; 5DRK A; 1E6Y B; 3KJQ B; 1R0C B; 3KXD A; 3FFI A; 2EK6 A; 1NK9 A; 3HI9 A; 3OT9 A; 3VGV A; 2WOM B; 3EDQ B; 2HMI A; 2X3D A; 2PMZ D; 1NB7 A; 3G82 B; 2KH9 A; 1PGZ A; 1I51 B; 2QA4 G; 4PXC A; 1RT1 B; 5DG8 A; 2LEP A; 3BQ2 A; 3DLE A; 2KKH A; 4MIW A; 4NL5 A; 2V2V A; 3CJ3 A; 1UJ6 A; 1P9Q C; 2OD4 A; 2V9W A; 1WNE A; 3DLK A; 2Z2L A; 4RW8 B; 4B08 A; 4A4J A; 1D8Y A; 3JXO A; 1Q0N A; 3KLG B; 1LW0 A; 2FDN A; 3L95 X; 5MLC V; 1N34 F; 3LP0 B; 3C6T A; 3W5Y A; 3ZZU A; 3M8Z A; 4L75 A; 4WZQ A; 4LIW A; 2DNP A; 1HQE B; 5ETO A; 4NRU A; 4QWB A; 4CI0 B; 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4EZ6 A; 1U8S A; 3MOZ A; 1QD1 A; 3HFK A; 5HQ8 A; 1OY6 A; 2E9Z A; 1YJV A; 2J5A A; 3FNN A; 4Q2M A; 2K1R B; 2L9W A; 3SEO A; 3JTO A; 2DNY A; 5JJB A; 1M1G A; 4NYP A; 2F8H A; 1U1L A; 5L38 A; 2YNH B; 3QGH A; 3EGV A; 4ZDN A; 5HQL A; 1FE4 A; 2E9T A; 2MZT A; 3MEG B; 2IBK A; 1EZZ B; 3AD7 C; 4LBP A; 2AJQ A; 2LVW A; 1C1C B; 2ASY A; 1JXE A; 2MQO A; 1TK5 A; 3UN5 A; 4ZVU B; 3JYT B; 1T03 B; 1WF1 A; 1J5O A; 4X4T A; 5LOQ A; 3DLL Q; 2DGT A; 3MAQ A; 3CIM A; 2P8I A; 1UVI A; 4M5D B; 3TJA A; 3DYA A; 2YNG A; 3BO2 A; 4DV7 J; 2HUR A; 1X4B A; 4NI2 B; 2YTC A; 1R8C A; 1Z1Z A; 5I42 B; 3CC7 S; 4RPF A; 2HHS A; 4IG0 B; 5FJ4 A; 3CD6 S; 2VFR A; 1C0T B; 1HNX F; 1LW2 A; 2AJF E; 2BQU A; 4D3H A; 4DV3 F; 3PCO B; 5G4D A; 1JX4 A; 4U8V A; 4R8U A; 4DV6 J; 3HVR A; 5IQ6 A; 2AGQ A; 1CPZ A; 4U67 Q; 1FXR A; 5HBM A; 4H4K A; 3NP5 A; 1CVJ A; 1BHN A; 2AGO A; 4TY8 B; 3QWP A; 4NLO A; 3QRR A; 5E3Q A; 2AIR B; 2VG5 B; 2PE8 A; 4A8W A; 4OX8 A; 2B8P A; 4WFA Q; 3HHD A; 4ZHR B; 4X66 J; 3THT A; 3EIC A; 4GC6 A; 1O5J A; 2IVM A; 5CXT A; 2HS3 A; 3K5P A; 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