2J7FA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with carboxylate- substituted glucoimidazole
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
435
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASERAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 435
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7fA00
1W9UA 3BAIA 1BQCA 2BVTA 1GOQA 2UWFA 2EQDA 3DC0A 4JCLA 5JUVA 3LPOA 1UR8A 1VEOA 1C8QA 1HP4A 2WCSA 3CGTA 1GQJA 1EQCA 2VZTA 1QI2A 4D71A 1SYTA 1AQHA 1UH4A 4CD5A 3AS3A 1WB0A 2WMJA 2DSWA 4GQQA 3RO8A 4BS0A 1HKMA 3F4VA 2WHLA 3ALGA 1B3WA 2YA1A 4CD6A 3GZAA 5IHRA 3CUJA 1EDGA 4HOZA 2PI6A 1GCYA 1HN1A 5CPSA 4D6JA 3MO4A 2YKKA 4EANA 5I0DA 4AZCB 1HL9A 5M03A 3U7VA 2JIEA 3UR8A 3AIVA 2E40A 3FY1A 4GZJA 1CXEA 3AMGA 5AC5A 4R27A 4XZWA 2NSXA 5JBFA 4NSBA 1UD4A 1VFMA 3WFLA 1DHKA 3VD5A 2VJXA 4W5UA 2PWDA 1W2VA 3APGA 1E56A 3SIMA 1E4IA 1JZ7A 1O7AA 2D0GA 1M53A 5HOSA 2WAGA 1NM9A 2OSXA 3K8MA 3SCUA 3AS2A 2XG9A 3WF4A 5ABHA 4M82A 5ABFA 1JYXA 1U30A 1QBAA 4M24A 1HKJA 5EBAA 3SUSA 1Q6CA 3DHUA 3EDKA 3CUIA 1D2KA 3GXFA 1V3IA 1VB9A 2ZX9A 3W24A 4AZ7A 2V3FA 3ZJKA 4Z2KA 1TFVA 2DGAA 1ZU8A 2ZUNA 3AQUA 1QW8A 2JEQA 4ML4A 3DECA 2FHBA 1VFFA 5FL0A 4UFKA 5A2CA 3SCWA 1PX4A 1GPFA 4AZ6A 2Z1KA 1G01A 1JXJA 3CPUA 4PMZA 4WKAA 2WYSA 4FF5A 2VRQA 1UR2A 4UFHA 4X0NA 4ACZA 3N11A 1KCLA 5FD0A 3K1DA 1OINA 2ZXBA 1UWIA 1KQYA 1US2A 1IZKA 2ZICA 2PC8A 1V6WA 3NCOA 1E70M 2WWCA 4GINA 2ZX7A 4DUXA 1CECA 5BXTA 2CBJA 4JZ5A 1VJZA 1FP8A 3WEZA 4J3SA 1OGGA 2XM1A 3GYCA 3EMQA 2YL6A 4CD7A 3SURA 4JKMA 2VQUA 3T0BA 4PMOA 2ZUSA 4AZHA 2DH2A 1WKYA 4IISA 4PEEA 4F8XA 2CCRA 3N12A 1RPKA 4PTVA 3WDPP 3PZOA 5FOOA 3PZVA 5A8PA 2D2OA 3DYPA 3PTQA 1R7AA 4PN2A 2X05A 5CLTA 1K9DA 2CYGA 2OWWA 3W29A 1RH9A 2G8ZA 2EPNA 3O9NA 3SEPA 1HVXA 1XCWA 4E2OA 2DT0A 4FLSA 2W91A 3WDRA 2QV4A 4KWUA 1JFHA 3ZJ6A 2XVKA 4QCFA 1SR0A 4W7UA 4PSRA 3KWXA 2ZE0A 1X1NA 1QBBA 5IXEA 4N0RA 1OIMA 3JUGA 1EGZA 4HMDA 3NJ3A 2DSKA 4J3UA 4UTFA 3WQ4A 1WP6A 4OZOA 1JXKA 3WNMA 5BYWA 1PBGA 3B9EA 1CBGA 1AQMA 4U33A 1QNQA 2VO5A 2DH3A 3F5LA 1ISYA 3VINA 1E6RA 1I1XA 3WEMA 1GVIA 5M17A 1ISVA 1V6UA 2O9PA 4GI9A 1H0GA 2VRKA 3MSDA 1W2PA 4B15A 4RL3A 3A4XA 5A6BA 2O9RA 3AHZA 4ZENA 2VZVA 2Z1SA 2WHJA 5DT7A 4C7GA 1TUXA 1E40A 1BGAA 1UWRA 2VQTA 1H5VA 1VAHA 1V0MA 4P7OA 2VX7A 1G94A 2FGLA 5E70A 3SUWA 3L4VA 4UNIA 4TOQA 1GZJA 1MQRA 3PTKA 2TAAA 3OLGA 2J77A 1V02E 2A3EA 1TVPA 1B2YA 1E1FA 4GXPA 4EK7A 1BVZA 1JZ2A 2J7EA 7A3HA 1OGSA 1ODUA 4DUWA 2WPGA 5A95A 1PPIA 2V38A 3CUGA 4E8DA 4GZEA 3FHAA 1B9ZA 3WBAA 3AIUA 1L0PA 1W3HA 5BXPA 1BYBA 4MAZA 3FNDA 3TONA 3PZUA 1V3HA 3MU7A 5DO8A 2WB5A 3MUY1 2FDMA 2YDQA 1NOFA 1F4HA 1LF1A 1UKOA 4W8LA 1E0XA 3AS1A 3GH5A 4LYPA 3VPLA 3VD9A 3AMKA 1BYCA 1J0HA 1CGWA 3VO0A 1TA3A 3MV01 4DWSB 4AIUA 4MDOA 1ZJAA 2EXOA 5D9OA 4A3HA 4D1IA 2JFEX 4WJXA 4V2XA 1Q6DA 3I3DA 2WW5A 1Q6GA 3CHFA 2BVYA 4WSJA 1W3LA 4N42A 3KEHA 4M1RA 1JZ6A 4L4PA 4NZCA 5CSUA 3MV11 2EEXA 3WF3A 3WH6A 2YLLA 1W1PA 2ZOXA 1ZL1A 4J7RA 3VX0A 4CU6A 4OIFA 3BMWA 3K46A 1B30A 2F61A 3OZPA 1E43A 4W7WA 6TAAA 2RGLA 4MB3A 3WDIA 1DP0A 3ECQA 3VGBA 1HJXA 3J7HA 4XX6A 3W0KA 4FMVA 1BLIA 3GH7A 5A8QA 2VC9A 3WNNA 3DYOA 1OBAA 1J0JA 1IZJA 2ZUVA 3WH8A 5HBFA 3L4ZA 3WH9A 1QNPA 3AI0A 4WKFA 1OGBA 2YL8A 4PCSA 3VD3A 1MWOA 3AXIA 3RCNA 1E6NA 3WH5A 3N15A 2J62A 3UEQA 3K8KA 5CGMA 3EMCA 3ZOAA 2QLYA 1V6VA 3CHCA 1UR0A 3RM8A 3WNOA 1HJWA 4HZ6A 2J75A 3ARZA 5A8NA 1FFRA 1SMAA 2CKRA 3VD7A 3HN3A 1D3CA 4AD1A 2D0HA 3CZKA 3IJ7A 3GNOA 3VKKA 4LYRA 4DUVA 1NH6A 3WEOA 1MVYA 1P6WA 2WMGA 1WDQA 3VIPA 1WAWA 3G6LA 5D8ZA 3SCTA 2WHKA 1E73M 3BCDA 2W63A 1NP2A 2Y2WA 2YL5A 1CGYA 3W81A 3NSMA 1A3HA 3T0AA 3KZSA 1J9YA 1VJSA 2VCAA 2GVYA 5I5RA 5A94A 4CN1A 7CGTA 2OYKA 4EE9A 4TVUA 3SCQA 1UH3A 2FH6A 3WQWA 4MPKA 1E5JA 1R8LA 2HISA 2J7GA 4XB3A 3MUIA 3AZTA 3TTSA 2CETA 3ZR6A 2A3BA 4M81A 2WXDM 3AMLA 3M46A 5CG0A 7TAAA 1E6XM 1G1YA 1GOKA 3PBGA 1ITXA 1DWHM 3ARPA 2AOSA 2ESCA 4B16A 5A3HA 1BF2A 1OT1A 1W9XA 2CESA 3ZSTA 3BAJA 4AZCA 3VIGA 4CU8A 2BS9A 3PZIA 5DT5A 4GI8A 1H1NA 4U2YA 3T08A 4CCDA 3E1F1 5JBEA 5BRQA 2ZWZA 1UA3A 3WDJA 2XWDA 1H41A 5ABEA 1QNRA 2XGBA 4BF7A 4AISA 1VEPA 2WMFA 3GDBA 2G3IA 3UG3A 1HT6A 3WNKA 3THCA 3WELA 1M01A 1UKTA 1NARA 2WVSA 5KEZA 4CCCA 4A4AA 1J18A 1OCQA 1HJUA 1ITCA 1OSEA 3EDFA 4JFSA 2O9TA 2CERA 1BG4A 3OG2A 2WC7A 3W53A 4Y7EA 8A3HA 1E0WA 4WF7A 1NOWA 2D0FA 2Y4SA 5E6YA 3GM8A 3N9KA 4BA0A 4OOZA 4PUEA 3UERA 3AIBA 2WZIA 1V0NA 1ISWA 5EFDA 3QHMA 3F5KA 4CN6A 4H41A 2W66A 2VMFA 3BLKA 2XHYA 1DWGM 4UQEA 1R86A 3CMGA 3ZJ7A 4X0VA 4E8CA 2YL9A 2XIIA 4AD2A 3VGHA 4Z2JA 5HPOA 1CLXA 2C8NA 1CYGA 1JG9A 1XSJA 3B9AA 3OLDA 4HA3A 2VCBA 3SCSA 1UZ1A 2PWGA 1EA9C 4OBRA 1EOMA 1I1WA 4HOXA 1HL8A 4S3KA 1CZ1A 4NRSA 2AMGA 5ABGA 1W9VA 1L8NA 3WD0A 1KXVA 4AZIA 4HMCA 1FH8A 3ZSSA 4TUFA 4CU7A 3ZIZA 4MJ2A 1N82A 1V3JA 4XV0A 4Q7NA 3K4AA 3I3EA 3VDAA 1GONA 4MNMA 3TOPA 4HMEA 1BHGA 4P8XA 5IHSA 4D6GA 2JALA 2WK2A 2GK1B 2OSWA 4QFUA 4YHGA 2YBTA 4WIWA 4AMCA 1V3MA 4JFWA 4WK9A 1OM0A 3QGVA 4PMYA 5IFTA 3BAKA 3ZM8A 4EKJA 1MW3A 1CPUA 2XFYA 1FOBA 1GUVA 2OYMA 2G3JA 2VL4A 3NDYA 5CGTA 3OLEA 3K4DA 3W37A 1UR4A 4UQCA 2CXGA 2WANA 4MNKA 3UR7A 5BXSA 2DIEA 1PIGA 1XD1A 3OB8A 1XCXA 1K9FA 2WLZA 3AMCA 1VENA 1W1YA 5ECUA 1BGGA 3LPGA 1SFSA 1NWTA 1J0KA 3QOMA 5IFPA 3WL0A 1TR1A 2WZHA 1UKQA 3L2MA 4PTXA 1JYNA 4RE4A 1H11A 1VBUA 2GJPA 2XSAA 3SUVA 5A6KA 5I79A 2CBUA 1GOMA 2VX6A 2OWCA 3VDBA 5GNZA 1NP0A 4Z2LA 5CPTA 2XIBA 3WL1A 4OUEA 1E6SM 2EO7A 5JIPA 4H7VA 3ZJ8A 4J3WA 1KXTA 5GNXA 3B9DA 3AZRA 1W1VA 1JDCA 4QP0A 3UG5A 3TP4A 4GIAA 3ZMRA 4W88A 1NWSA 2EPMX 4PUDA 4QCEA 4AD4A 1GORA 1QI0A 5FKYA 2BY3A 2WWDA 2VNCA 4ZFMA 3SCNA 2YBUA 2DIJA 1WDSA 2D1ZA 1GOOA 2GSJA 1AQ0A 1JGIA 3VIIA 2J8FA 3T2PA 4JAWA 1DEDA 1MW0A 5I77A 3T2QA 1V02A 1R87A 2PWFA 3ZQ9A 1BYDA 4DM1A 1KFWA 4PMDA 1OT2A 2WSPA 2BV9A 3W28A 4UOZA 1LLOA 5A6AA 3GNPA 3CHDA 1E1EA 3S6TA 5D9MA 4DWSA 2J7CA 4UQBA 3MMWA 2JIWA 3L4XA 1K6AA 1EHAA 5JBDA 3WDHA 1QNOA 4F9JA 1QHPA 3TA9A 4AC1X 2J78A 4GI6A 5DF0A 2E8YA 4OKDA 1HP5A 1PX8A 3VGGA 3CMJA 3CUHA 4D1JA 2BY1A 3ZR5A 3RIKA 3L4YA 2V3GA 4V28A 3WUFA 2VX5A 3AFBA 4HP5A 5E6ZA 1B3ZA 1QI4A 1JIBA 4GO9A 2X0YA 1W9BM 2A3HA 2WVTA 1JZ5A 1QI5A 2PWHA 2CEQA 1CLVA 4U3CA 1GOWA 2CHOA 3AHVA 4CD4A 2QPSA 1E55A 4F66A 2J7FA 1ZB5A 1EO7A 2BHUA 3EDDA 1FHDA 1B0IA 2VTFA 1NOUA 5F7UA 2ZWYA 4HPGA 1E15A 1EH9A 2YDSA 4IPLA 1UUQA 3VIJA 1JAEA 3HJEA 5IDIA 4D6EA 5BCAA 3A6OA 3OIHA 2GFTA 4PMUA 3MSGA 3U57A 4UFLA 3OGVA 2XVLA 5DMYA 4K68A 4KGJA 3OA5A 3BAYA 2WMIB 4BQ5A 4Z2HA 1GW1A 3UETA 3CBWA 5LA1A 1X6NA 1E6QM 1EIBA 4YHEA 1UQYA 1DWAM 2UY2A 1VFOA 2YA2A 1KBBA 4AZGA 1E6PA 5I3DA 2WCAA 1WE5A 1WZKA 2O9OA 2G41A 3AJ7A 2FGZA 3AHTA 3N13A 3VDHA 3FHQA 4B9ZA 1KB3A 3ARRA 1JYWA 3F5JA 1LL4A 2YDRA 3PZNA 1Y7VA 2PWEA 3CUFA 4GO8A 1ZBWA 1GHSA 3IK2A 4MADA 1HF6A 1UHVA 1DWFM 2PB1A 4QLKA 3KL0A 5HPCA 1I75A 1UWTA 1BYAA 3VTRA 4AD5A 3W6MA 1UQZA 1WZLA 3OBAA 2VT0A 3AIWA 3CTTA 3NIYA 3VIMA 4AIEA 2XM2A 1XYZA 4J3VA 2RGMA 3WFZA 1HJQA 1LWJA 2BVDA 4YN5A 4PRWA 6A3HA 1D7FA 4AD3A 1US3A 3PHAA 4U2ZA 3NUKA 3BGAA 1MXDA 1TVNA 3W27A 4JIEA 2E3ZA 2J7DA 1UZ4A 4W8BA 2WVVB 2VVNA 2VZSA 2ZUUA 1CGXA 4JFVA 1PZ3A 3T0DA 4LPCA 3WMCA 2OLHA 4ZE5A 4FLQA 5EFFA 5AY7A 1CDGA 3ARVA 3K8LA 1ZS2A 2BHYA 2BFGA 4H8UA 4AXNA 2VI0A 3WQ5A 3ALFA 3MKKA 1CGUA 2ZX8A 4GQRA 2IXVA 2D24A 4YPJA 5CSYA 4P7LA 1HKKA 2F8QA 2WHMA 3WQ8A 1ZJBA 3MUAA 2Q8XA 3KE0A 4BQ3A 5CPQA 4HPHA 2WVUA 2V5CA 1BPLB 4XZBA 4B3KA 4Z2IA 1Z32X 4LQ1A 4D72A 1CGVA 2ZUMA 3RJXA 1C90A 4IM4A 4UR9A 5LA2A 4C7DA 3M7SA 5D9PA 1E0VA 1EQPA 3WMSA 4MDPA 3HMCA 1VRXA 3VX1A 3WBEA 3M07A 3CH9A 4J3TA 4KMQA 3VIKA 1HNYA 1ZBKA 5A6BD 5A6LA 2DSVA 2GDUA 2XVGA 3GTNA 1W3JA 2VZOA 1UKPA 4PMRA 1EDQA 2CITA 3WD4A 1YHTA 2WKLA 1EO5A 2WKGA 4W84A 3AMDA 2G4FA 1WZMA 1NWRA 3AHXA 2PF0A 4D6DA 3NYDA 3PZTA 3LPFA 4ZE4A 1R7OA 1ESWA 2Y8VA 2EPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W9U A;  3BAI A;  1BQC A;  2BVT A;  1GOQ A;  2UWF A;  2EQD A;  3DC0 A;  4JCL A;  5JUV A;  3LPO A;  1UR8 A;  1VEO A;  1C8Q A;  1HP4 A;  2WCS A;  3CGT A;  1GQJ A;  1EQC A;  2VZT A;  1QI2 A;  4D71 A;  1SYT A;  1AQH A;  1UH4 A;  4CD5 A;  3AS3 A;  1WB0 A;  2WMJ A;  2DSW A;  4GQQ A;  3RO8 A;  4BS0 A;  1HKM A;  3F4V A;  2WHL A;  3ALG A;  1B3W A;  2YA1 A;  4CD6 A;  3GZA A;  5IHR A;  3CUJ A;  1EDG A;  4HOZ A;  2PI6 A;  1GCY A;  1HN1 A;  5CPS A;  4D6J A;  3MO4 A;  2YKK A;  4EAN A;  5I0D A;  4AZC B;  1HL9 A;  5M03 A;  3U7V A;  2JIE A;  3UR8 A;  3AIV A;  2E40 A;  3FY1 A;  4GZJ A;  1CXE A;  3AMG A;  5AC5 A;  4R27 A;  4XZW A;  2NSX A;  5JBF A;  4NSB A;  1UD4 A;  1VFM A;  3WFL A;  1DHK A;  3VD5 A;  2VJX A;  4W5U A;  2PWD A;  1W2V A;  3APG A;  1E56 A;  3SIM A;  1E4I A;  1JZ7 A;  1O7A A;  2D0G A;  1M53 A;  5HOS A;  2WAG A;  1NM9 A;  2OSX A;  3K8M A;  3SCU A;  3AS2 A;  2XG9 A;  3WF4 A;  5ABH A;  4M82 A;  5ABF A;  1JYX A;  1U30 A;  1QBA A;  4M24 A;  1HKJ A;  5EBA A;  3SUS A;  1Q6C A;  3DHU A;  3EDK A;  3CUI A; 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