The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
127
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structure length |
109
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Chain Sequence |
ESPLHGTQNTINKRTQPTFGFTVNWKFSESTTVFTGQCFIDKEVLKTMWLLRSSVNDIGDDWKATRVGIMIFTRCSLTGKWTNDLGSNMTIGAVNSRGEFTGTYITAVT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Rational Modification of Ligand-Binding Preference of Avidin by Circular Permutation and Mutagenesis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CIRCULAR PERMUTANT OF AVIDIN
|
| molecule tags |
Biotin-binding protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
22
|
| structure length |
109
|
| sequence length |
127
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Avidin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YVB A; 1SWK A; 1LCW A; 1SWA A; 2IZD B; 5CSE A; 1SWR A; 1RXH A; 3FDC A; 2OF9 A; 1VWR B; 3RDQ A; 5K68 A; 1VWB B; 3T6L A; 3WZO A; 1NQM A; 1SLD B; 1LEL A; 4GJS A; 4IRW A; 3SZJ A; 1VWK B; 2A5B A; 2IZJ A; 4GGZ A; 1KL3 A; 4Z28 A; 1VWA B; 2IZK A; 1RXK A; 1SWQ A; 2OFB A; 2Y3E A; 4CPH A; 4CPI A; 1SWF A; 1VWC B; 2RTE B; 3RDU A; 4BX7 B; 3VHI A; 2C1S A; 1RSU B; 1LCV A; 5IRU A; 1VWP B; 2A5C A; 3MG5 A; 2QCB A; 5B5G A; 4OKA A; 1VWO B; 3RE5 A; 1SWN A; 5K67 A; 2F01 A; 3T6F A; 3SZI A; 4JNJ A; 1MEP A; 1SLE B; 1N43 A; 1KL4 A; 3T2X A; 3T2W A; 2IZC B; 4Z2O A; 1SRF A; 4I60 A; 1N9Y A; 1HXZ A; 4BCS A; 2RTK A; 4BX6 A; 1WBI A; 4Z2V A; 2CAM A; 1SWB A; 2AVI A; 2RTC B; 4Z27 A; 1LDQ A; 1VWE B; 1STS B; 2GH7 A; 2MF6 A; 1VWL B; 1RST B; 2RTJ A; 3VHM A; 1SWS A; 5L3Y A; 1VYO A; 3WZN A; 1N4J A; 1VWQ B; 1N9M A; 1NBX A; 3EW1 A; 3RE6 A; 3WZP A; 1DF8 A; 1SLG B; 4CPF A; 1NDJ A; 2FHL A; 2RTA A; 1SRJ A; 2RTB B; 2RTO B; 3EW2 A; 1KL5 A; 1AVD A; 1VWG B; 1MOY A; 2RTG B; 2UZ2 A; 4Y59 A; 2RTQ B; 2RTF B; 1VWI B; 4BX7 A; 1LUQ A; 1SWO A; 3RDS A; 3PK2 A; 1SLF B; 2RTD B; 3WYP A; 4Z2P A; 1IJ8 A; 3RY1 A; 1Y52 X; 4BBO A; 2IZH B; 2JGS A; 1PTS A; 1SWG A; 3RDX A; 2RTN B; 1VWD B; 2IZI A; 1HY2 A; 1MK5 A; 4GJV A; 3VHH A; 2C4I A; 4U46 A; 1VWN B; 2IZG B; 1NC9 A; 4GD9 A; 4EKV A; 1VWH B; 2Y32 A; 2RTP B; 4BJ8 A; 3VGW A; 1SWE A; 1SWP A; 1VWF B; 5IRW A; 1HXL A; 2RTH B; 2UYW A; 1VWJ B; 2WPU A; 2RTL A; 5CHK A; 4BX5 B; 3RY2 A; 1I9H A; 3MM0 A; 1RAV A; 1SWH A; 2IZE B; 4GGR A; 1SWD A; 1SWU A; 1VWM B; 4Y5D A; 4GGT A; 2IZA A; 1KFF A; 1STR B; 1SWT A; 4Z6J A; 1SWC A; 1NQN A; 4JO6 A; 1STP A; 3SZH A; 2FHN X; 1SRH A; 1HQQ A; 3WYQ A; 1MM9 A; 2OFA A; 2RTM A; 2IZF B; 4CPH B; 4DNE A; 4JHQ A; 1Y53 X; 3X00 A; 5IRA A; 4GDA A; 1AVE A; 5B5F A; 1SWJ A; 1SRG A; 4CPE A; 2G5L A; 1SWL A; 2BC3 A; 2C1Q A; 3WZQ A; 2RTI B; 5F2B A; 5JD2 A; 1LCZ A; 1N7Y A; 1SRE A; 2OF8 A; 4BX5 A; 2ZSC A; 1RXJ A; 2IZB A; 4BX6 B; 3RDM A; 1SRI A; 2A8G A; 2Y3F A; 2IZL B; 3RDO A; 2RTR B; 1Y55 X; 1LDO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XMC A; 2DM5 A; 3WJG A; 5K67 A; 1SWA A; 2GJ5 A; 3O19 A; 4ORW A; 3FDC A; 1RXH A; 1JV4 A; 2L67 A; 1VWR B; 2X45 A; 3V8U A; 2QOS C; 1I06 A; 2JU3 A; 3PED A; 1XCA A; 2RQ0 A; 1NQM A; 2X56 A; 4KH8 A; 1HN2 A; 4ALB A; 1O1V A; 4IRW A; 4EDE A; 1JZU A; 2G79 A; 4QYP A; 2W2B A; 1VWA B; 2IZK A; 2OFB A; 1GKA B; 2LKK A; 5EED A; 2AT6 X; 5B11 O; 3UEU A; 2RN4 A; 3D4R A; 2FLJ A; 3FEP A; 4YBU A; 1BSO A; 3I17 A; 1JMX A; 4CDF A; 3QQ2 A; 1LCV A; 3G7X A; 3OJY C; 2HMB A; 5FQ8 E; 3NBX X; 1YWB A; 1MVG A; 1VWO B; 4INN A; 4OKA A; 5D8J A; 5B27 A; 3CQN A; 1YWA A; 1P6P A; 3FEN A; 3RE5 A; 3CWK A; 3UEW A; 1MEP A; 1SLE B; 1FEN A; 1N43 A; 1YUP A; 1TOU A; 4CDD A; 4BX5 A; 4FGI B; 1EXS A; 3WVM A; 1ZNE A; 3NP1 A; 3S5X A; 2CM9 A; 3STK A; 4Z2V A; 1SY1 A; 4C5P A; 2N93 A; 1VWE B; 2HZR A; 3CBC A; 2AT8 X; 4GET A; 3P6E A; 4B55 A; 2RTJ A; 3NX1 A; 3VHM A; 3TZS A; 4FBR A; 5IRW A; 3HWD A; 1N9M A; 1I05 A; 1L6M A; 3WZP A; 1QG5 A; 1SLG B; 2OY8 A; 2W2A A; 4A1Y A; 1A3Y A; 2RTA A; 1JJX A; 1GT5 A; 1GT4 A; 2BS5 A; 1IFB A; 1SRJ A; 2CBS A; 2R56 A; 2RTO B; 5AJC A; 1X89 A; 2I5V O; 3TGC A; 4UU3 A; 2IFB A; 1MOY A; 2AMM X; 3UEV A; 2HKD A; 5L8O A; 1MX8 A; 2AT5 X; 2OFR X; 2RTF B; 1I04 A; 3BU9 A; 3CQR A; 3RDS A; 4BX7 A; 3PK2 A; 1SLF B; 2RTD B; 3CR6 A; 4DQ3 A; 1DV9 A; 3D9W A; 1IJ8 A; 3BU1 A; 4IAW A; 3RY1 A; 5EPQ A; 1Y52 X; 2OL6 O; 1G5W A; 3B2I A; 4ORX A; 2AKQ A; 1PTS A; 1SWG A; 3RDX A; 3APV A; 4LKT A; 2ZAI A; 1OEJ A; 4FQB B; 4GE1 A; 4GH7 A; 2BT9 A; 1SXY A; 5HZ9 A; 1ERB A; 4ES7 A; 1MDC A; 2C4I A; 1BBP A; 4U46 A; 2P8G A; 2IZG B; 4YGG A; 1FDQ A; 1X8P A; 3AUM O; 4EKV A; 1OPA A; 2NP1 A; 1LIF A; 2Y32 A; 3H3I A; 1HMR A; 3VGW A; 2R73 A; 2R74 A; 1VWF B; 3ZW2 A; 2RTH B; 4CSB A; 3ZZV A; 3RY2 A; 4RUU A; 4ZHC A; 3FYF A; 4AW8 A; 3MM0 A; 5HA0 A; 3PPT A; 4U8U M; 1ML7 A; 3P6C A; 4XMG A; 3B2L A; 3VG3 A; 5EEE A; 2OY1 O; 3FEK A; 1FJ1 E; 1SWU A; 4GGT A; 3F9D A; 4TJZ A; 4EQA C; 3CMP A; 2WR6 A; 3STM X; 1SWC A; 4ZH6 A; 4Y0S A; 4AZN A; 3B2K A; 3BSZ E; 4FBV A; 3WJF A; 3T1D A; 4Y0R A; 4ID2 A; 1KZW A; 4BQU A; 1GT1 A; 4O4S A; 5BVS A; 1W4T A; 2OFA A; 2IZF B; 4OMX A; 4CPH B; 4QGV A; 4IAB A; 4JHQ A; 1Y53 X; 2YMS A; 4O4X A; 4O3Z A; 1UYO X; 3HOL A; 5IRA A; 5D45 A; 1AVE A; 2L68 A; 5H9N A; 4MVK A; 4N7D A; 3F8A A; 2OVA A; 3FLL A; 1SRG A; 4QZU A; 1XKI A; 3PH6 A; 2JU8 A; 1T68 X; 3WZQ A; 2RTI B; 1BRQ A; 2Q4N A; 2F09 A; 1AB0 A; 2XST A; 4ALO A; 1CRB A; 1KGL A; 3EYC A; 4ZHF A; 3P6G A; 1DF3 A; 5BYP A; 4ON1 A; 4BX6 B; 1LIC A; 2QO6 A; 3KFI A; 5LJG A; 3RDM A; 2JW1 A; 2X34 A; 5F1E A; 4YMY A; 2AH7 X; 3SLO A; 1Y55 X; 1ZND A; 3HOE A; 1LKE A; 5F6Z A; 4ZR2 A; 4I9R A; 1LCW A; 3PQS A; 3PDF A; 2AT0 X; 4O3Y A; 2HLV A; 1A2D A; 5KIC A; 3DSZ A; 3HWG A; 3SOT A; 2JU7 A; 3T6L A; 3JSQ A; 4OEM A; 4D6B A; 1LEL A; 4GU8 A; 4A1H A; 3SZJ A; 1VWK B; 1ZRY A; 2A5B A; 4Z28 A; 1KL3 A; 1GX3 A; 2ALL X; 4JGL A; 2BLG A; 3AKM A; 4OS8 A; 4XME A; 5HA1 A; 3WOV A; 5L8N A; 5B2A O; 1RXK A; 1SWQ A; 1DZM A; 3U9P C; 4CPI A; 1SWF A; 3RDU A; 1CJ5 A; 3LTW A; 3NQ9 A; 1S7D A; 2C1S A; 1RSU B; 1YP6 A; 1TVQ A; 2BSZ A; 3EBW A; 3MG5 A; 2QCB A; 4I9S A; 2OL7 A; 2M4L A; 3AKN A; 3T6F A; 1SWN A; 5IO7 A; 4MIS A; 3QKG A; 1HQP A; 2ACO A; 4HPB A; 2OY7 A; 1JBH A; 4TKH A; 4AZO A; 4Z2O A; 1RLB E; 1DZP A; 2ANS A; 3PQU A; 1N9Y A; 4I60 A; 5H8T A; 1CBR A; 3EMM A; 5AEO A; 5KID A; 1PMP A; 4ZJ0 A; 1O8V A; 1S44 A; 1SY0 A; 3JQO A; 1LF7 A; 1SWB A; 4Z27 A; 2X55 A; 4NP1 A; 2Z4I A; 3P6F A; 1PBO A; 3BDR A; 1STS B; 2HYS A; 2MF6 A; 1ALB A; 1EPA A; 1RST B; 1UZ2 X; 4Y0Q A; 3D95 A; 2MM3 A; 5D4A A; 4I3B A; 1E00 A; 2CBR A; 2GTL M; 3EW1 A; 4NNT A; 3KVN A; 4Y0P A; 1DF8 A; 1OBU A; 4YGH A; 4PJ2 A; 1YWD A; 4IB8 A; 1URE A; 2FHL A; 2QO4 A; 3KFF A; 1EPB A; 1KT4 A; 4A60 A; 1PM1 X; 2FWV A; 1O1U A; 1ZNH A; 3EW2 A; 1LID A; 1H91 A; 2QM9 A; 2RTQ B; 1LUQ A; 1SWO A; 4GZV A; 4IB6 A; 4WFU A; 3WYP A; 5K06 A; 4WHI A; 4AZQ A; 1MX7 A; 4XMF A; 5LJC A; 1B8E A; 2KTS A; 2WUT A; 5C0N A; 2JGS A; 2E4J A; 4MVE A; 3O22 A; 4KC8 A; 2AL0 X; 3MBT A; 4BOE A; 4CV7 A; 2A3F X; 1MK5 A; 3JS1 A; 3WJB A; 5HTE A; 3D97 A; 5JR8 A; 1GT3 A; 4PSQ A; 2OY5 O; 1S2P A; 1KQX A; 1VYF A; 2VFC A; 4NYR A; 1VWN B; 2PY1 A; 4DQ4 A; 3DTQ A; 1VWH B; 4ORU A; 3FIQ A; 4BJ8 A; 3PH5 A; 5LJK A; 5B3M O; 2OVS A; 3K3L A; 2WPU A; 1VWJ B; 1W5R A; 2RTL A; 5CHK A; 1I78 A; 1I9H A; 2A13 A; 4DCB A; 3C78 X; 1GX9 A; 3APX A; 4QGW A; 2GTF X; 1SWH A; 1A18 A; 2IZE B; 2X32 A; 4NLJ A; 4O4U A; 4O4O A; 2NND A; 3WJD A; 1ICM A; 1I4U A; 1WUB A; 4YGZ A; 4MIR A; 1SWT A; 4TNN A; 3VG7 A; 2LA7 A; 4YCE A; 2KTD A; 5D48 A; 1QAB E; 2FHN X; 2JOZ A; 4L3R A; 1HQQ A; 2Q9S A; 3WYQ A; 4U8U O; 2AF5 A; 1IIU A; 1MM9 A; 5L8I A; 3FID A; 1OSP O; 1GXA A; 1LFO A; 2OVD A; 2FRS A; 1Z24 A; 3VG2 A; 5HWZ A; 1JMZ A; 2BHV A; 3KFH A; 4O3W A; 3ZW0 A; 1JJU A; 2CM4 A; 1SWJ A; 4LZV A; 2G5L A; 2WQ9 A; 2LBA A; 2X46 A; 4NV7 A; 4ODD A; 2VFB A; 4QAE A; 1X8Q A; 2BC3 A; 2FR2 A; 3FA7 A; 1DC9 A; 1SY3 A; 4OS0 A; 1RBP A; 1UYN X; 5JD2 A; 2BS6 A; 3PEC A; 1N7Y A; 1SRE A; 2OF8 A; 2OL8 O; 2QOM A; 3RBY A; 2LFO A; 3WJC A; 3S60 A; 4AZR A; 1ICN A; 1E2T A; 1QFV A; 1EAL A; 2EU7 X; 4OS3 A; 1OPB A; 4BCS A; 2RTR B; 3IA8 A; 1LDO A; 4YVB A; 1TXL A; 3I0A A; 3PP6 A; 3Q6L A; 1BEB A; 1DZJ A; 1N0S A; 2F73 A; 2IZD B; 3WXQ A; 4IB9 A; 5FEN A; 2A0A A; 5DPQ A; 3FW5 A; 3RDQ A; 5K68 A; 4TKB A; 1VWB B; 4ZHH A; 4IAX A; 1QY1 A; 5B29 A; 5LJE A; 2LB6 A; 2X8F A; 4COT A; 1SLD B; 3OE3 A; 3Q34 A; 4ZFX A; 2IZJ A; 4YKO A; 3IFB A; 1QFT A; 4U9C A; 4GRJ A; 1K24 A; 3TGB A; 2DJG A; 1B0O A; 2Y3E A; 2X8S A; 2FTB A; 2RTE B; 5HAE A; 4BX7 B; 3FA8 A; 4YCH A; 3VE2 A; 2A2U A; 4I95 A; 3VHI A; 1BSQ A; 3N91 A; 5B5G A; 3NPO A; 4I3C A; 3F6Z B; 1YIV A; 4WFV A; 3STN A; 2XKL A; 4ORS A; 2W2F A; 4GNW A; 1KL4 A; 2ASN X; 3CKG A; 4EXZ A; 4UU2 A; 3EC5 A; 4OMW A; 2OZQ A; 3RSW A; 2X8T A; 1Y9T A; 5AJB A; 5LJB A; 5HTD A; 2RTK A; 4TQ2 A; 3ZW0 B; 1HBP A; 1WBI A; 1X8U A; 2WEW A; 4GUZ A; 5F58 A; 2CAM A; 4I3D A; 5KHP A; 2IZL B; 4HFO A; 3VE1 A; 2GH7 A; 4M6S A; 1VWL B; 5L3Y A; 1SWS A; 4YDB A; 1VYO A; 1KQW A; 1E5P A; 3RE6 A; 4CPF A; 1NDJ A; 5IO5 A; 5H9K A; 4IBA A; 2RCQ A; 1A57 A; 2ZAG A; 3U03 A; 1HMS A; 1PBY A; 4YFR A; 4HPA A; 1FEM A; 1AVD A; 1VWG B; 4Y59 A; 2UZ2 A; 1OBQ A; 4ZGF A; 4TKJ A; 5DG4 A; 1VWI B; 1Y9L A; 2MWH A; 3AEH A; 1EIO A; 4HWM A; 4Z2P A; 2Z4H A; 3E3C A; 1G85 A; 5IO6 A; 2CZT A; 3OBL A; 5HCE C; 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3MX7 A; 2FR3 A; 1HMT A; 2MO5 A; 5H9A A; 4I6S A; 3VU1 A; 1AQB A; 2Y3F A; 4GK9 A; 1EII A; 1DFV A; 1JYD A; 3U0D A; 1SWK A; 1QWD A; 3SLJ A; 1E06 A; 5HCD C; 1SA8 A; 3HWE A; 4ARH A; 5CSE A; 1SWR A; 5FAZ A; 4QZT A; 4EFG A; 5AQ6 A; 5HCC C; 2OF9 A; 4YH0 A; 3CKF A; 2JN3 A; 1ADL A; 4ML7 B; 1MUP A; 3S26 A; 3FA6 A; 1IW2 A; 4ORR A; 1K3B A; 3FR4 A; 4MEE A; 3WZO A; 2FS6 A; 3FR2 A; 4LZU A; 5EDB A; 4GJS A; 2WWP A; 4RUN A; 4GGZ A; 3BX7 A; 2OFM X; 3GAQ A; 4KC7 A; 1AEL A; 3OD9 A; 1LNM A; 1ZNL A; 3L4R A; 4CPH A; 3VG4 A; 2I5Z O; 3B2J A; 1EI5 A; 1G74 A; 1VWC B; 5IRU A; 2JMB A; 1VWP B; 2A5C A; 4GDZ A; 3VPJ E; 1KT5 A; 2YG2 A; 3KFG A; 3RWX A; 1BJ7 A; 4GKC A; 4LQZ A; 2F01 A; 4U8U N; 3SZI A; 2Q2P A; 4JNJ A; 3T2W A; 3T2X A; 1ZNG A; 3ZUI A; 3MVF A; 2IZC B; 5F6B A; 3LV4 A; 1G7N A; 1CBQ A; 1SRF A; 4YFP A; 2RA6 A; 1HXZ A; 3SLT A; 4NV8 A; 4OEL A; 4XMD A; 4ORY A; 5H9L A; 4BX6 A; 3KZA A; 4ZCB A; 3ZW1 A; 1U17 A; 1BM5 A; 4FBO A; 4ZGU A; 3WJE A; 2RTC B; 2AVI A; 2FT9 A; 4MVI A; 1KT7 A; 2KD2 A; 4IB7 A; 3TGA A; 1LDQ A; 4WBK A; 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