The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
74
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structure length |
74
|
Chain Sequence |
GSHMVNVLKGVLIECDPAMKQFLLYLDESNALGKKFIIQDIDDTHVFVIAELVNVLQERVGELMDQNAFSLTQK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure and Self-association Properties of the p8 TFIIH Subunit Responsible for Trichothiodystrophy
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit
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| total genus |
13
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06331 | Tfb5 | Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | TFB5-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DOM B; 1YDL A; 3DGP B; 2JNJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CLS A; 2XCP A; 3DFE A; 1OQ3 A; 3QSY B; 2I6W A; 3C19 A; 2ZH1 A; 5F9N A; 4DSL A; 2HMI A; 2D3U A; 2GVZ A; 2CAJ A; 1YJ9 S; 3ISN D; 4PUO A; 1PIE A; 1R7I A; 4FYD A; 2KVQ E; 4U8V A; 1UCN A; 3CDE A; 3EX7 B; 5KFR A; 1BXN A; 5E7O B; 4FPI A; 2AJF E; 2WVD A; 1NZA A; 2W7P A; 3IR7 B; 2UXC F; 3R7B B; 2GX8 A; 1RI7 A; 3KJV B; 5K9F A; 1UJ4 A; 2C1E B; 4EBE A; 4NLV A; 3NNA A; 5EWG A; 4I6A A; 2VON A; 3FMW A; 1I5O B; 5CZX A; 4FN5 A; 3N6N A; 4YHH J; 2XZT B; 3B4D A; 4U9R A; 1Q5V A; 1VBY A; 3ICL A; 1KNZ A; 4HTJ A; 5G4D A; 4ALZ A; 1DUR A; 2W4D A; 1PKU A; 4B3S J; 2XM3 A; 2RAQ A; 2F9J A; 1CJV A; 5IC6 B; 2LQB A; 3NMA A; 1FKO A; 5CZV A; 4TY8 B; 2AGQ A; 1I6J A; 2GQC A; 4IG0 A; 4QR2 A; 4DR2 J; 3K8V A; 3VV2 B; 4U6P A; 3RBE A; 2VPW B; 4EU0 A; 3UN5 A; 2HG4 A; 4WII A; 3F56 A; 3SSQ A; 4K7Q A; 5KFL A; 1NEE A; 3BN4 A; 4M8L A; 2WSF C; 2NPF A; 2MPU A; 1FHT A; 1J5O B; 1UJ6 A; 1IR0 A; 4FVC A; 3CC2 S; 2GIF A; 2RRA A; 1QD1 A; 3ZO7 A; 2RIL A; 1SL0 A; 2ZDO A; 1CLF A; 4ZN3 A; 2HBY B; 3M1V B; 1RDR A; 4DX7 A; 1KWM A; 3PX6 A; 2DPI A; 2FHM A; 3DM2 B; 3RW6 A; 4RNH A; 2QLJ B; 1G2E A; 3HFZ B; 2HLT A; 5E33 A; 1RHR B; 3RR7 A; 1WG1 A; 2Q3P A; 3IS9 B; 4A4J A; 3GIL A; 3DLK A; 1Q8I A; 4NLQ A; 1AYE A; 2JFK A; 1EP4 B; 1TV6 A; 4NCG B; 1FJ7 A; 4ED1 A; 2AJ2 A; 1M90 T; 2HQD A; 2FB0 A; 2IVM A; 2O67 A; 2V4J B; 3OHA A; 1T3O A; 3MM5 A; 2DHH A; 4OYP A; 3J7A N; 1L3S A; 1HI0 P; 1AUD A; 4DN9 A; 3QJP A; 5KFG A; 1NB2 A; 3Q8R B; 3TAN A; 1T9U A; 1HD1 A; 1LWX A; 3H7H B; 3OL8 A; 3W5X A; 4ILM A; 5HP1 B; 1OY8 A; 3HKW A; 4RO0 A; 5HMY A; 2YH0 A; 3PJW A; 3M32 A; 4UY8 5; 4ZIW A; 3IRX A; 4F7V A; 5HO4 A; 4YHH F; 4L74 A; 5FD1 A; 3SQO P; 3ZZR A; 1GQE A; 5EX3 A; 4CLT A; 3PW0 A; 1JLB B; 1S6P B; 4ZCM A; 4JI1 J; 2CAD A; 2W4P A; 4MK7 A; 4RUH A; 4B3S F; 1RAC B; 2DH7 A; 2IDE A; 4LF7 J; 5IQ6 A; 5J1P A; 2AP6 A; 3CPW R; 2JVO A; 4P7T A; 4PPZ A; 4U7U K; 3DHW C; 4C0O C; 4B3O B; 3VR1 A; 2CDQ A; 4N77 A; 1IQT A; 5SZT A; 2F4V F; 4M5D A; 4PXB A; 4PXD A; 1U1M A; 1FJC A; 4NZ7 A; 3U02 A; 1ZZF A; 3BGL A; 3B78 A; 2ZVI A; 5HAT A; 2UP1 A; 3IM8 A; 1GMW D; 3EYZ A; 1HQU B; 1MWQ A; 4IOC Q; 2X3D A; 1BQM B; 4G65 A; 4TQS A; 2PA8 D; 1KTV A; 3TAR A; 3IGN A; 1Y7P A; 1T03 A; 3CCM S; 3CDB A; 3UR0 A; 2BQU A; 1ZA2 B; 4LVN P; 1F3F A; 4DCP B; 3F0N A; 2DIS A; 3QIP A; 2VF3 A; 4JB8 B; 4UQG A; 3GFX A; 4KHP J; 2E7V A; 3KK1 A; 5LSL A; 2IA0 A; 3FZB A; 3EDR B; 4Y0F A; 2FYX A; 1RTI B; 8AT1 B; 1DY3 A; 2A18 A; 1FXR A; 1NDL A; 4ECV A; 2R8K A; 1X4H A; 1S0O A; 2FTR A; 4LF8 J; 1REV A; 2VH7 A; 4CH0 S; 3MCS A; 3MMJ A; 4C11 B; 4F2S A; 5J2M B; 1DBD A; 2D3O 1; 1UW9 A; 2ZH4 A; 1X4B A; 3I4H X; 2DNK A; 2FHK A; 2Z2Y B; 3QRP A; 4NLD A; 2HQF A; 1G6B A; 3K89 A; 1NJY A; 4DL3 A; 3N79 A; 3X1L B; 3VQT A; 2YX4 A; 2Y8W A; 1RHK B; 2AYB A; 1HWI A; 4YR2 A; 3DRY A; 5L1J A; 1KDN A; 1RWX B; 2WSE C; 3M05 A; 1JKH B; 2Y1R I; 3NAH A; 2KM8 C; 2KT3 A; 3BDP A; 3RAX A; 3VWS A; 4DHV A; 1Q16 B; 1ZBT A; 3CDW A; 4JI1 F; 1KFD A; 2OD6 A; 2DCU B; 3SMZ A; 2V34 A; 2EEY A; 2B9Y A; 2VOO A; 2F8M A; 3KJN B; 1VQM S; 3CIM A; 3MWB A; 2DY9 A; 4NI2 A; 2I5J B; 3H5Y A; 2RIJ A; 1N54 B; 5MLC V; 3D0H E; 1PC4 A; 5D0G A; 5KOW A; 1F2G A; 1JK9 B; 4GRS A; 3SEO A; 1CJK B; 1JMT A; 2WOM B; 2BAN A; 5LJ3 Y; 2DRA A; 3PM9 A; 2V50 A; 1KEK A; 4RW7 B; 1XN9 A; 2V5H G; 1Q86 T; 2HND A; 4JI8 F; 1HNV A; 5KFV A; 5E0O A; 2ZHB A; 4OHV A; 4DF4 A; 3DRR B; 4I2Q A; 3I4P A; 5KFS A; 3J81 U; 4DLG A; 5GAE I; 2BJ1 A; 5CH7 B; 1FKP A; 2KT2 A; 4CO1 A; 1SJR A; 1N48 A; 3MMA A; 2O5D A; 4UTG A; 4Y2C A; 2BDP A; 1CQN A; 1U2F A; 2B5J A; 4C3M A; 3CMA S; 1GMW A; 2B9E A; 3ILO A; 3AHP A; 4KHP F; 2QA2 A; 4WFY A; 2AKW B; 2JX2 A; 2M88 A; 2RF2 A; 4C98 A; 4CIO A; 3OT9 A; 3WQP A; 1HBO A; 3ENA A; 4OYA A; 4NCB A; 2MQP A; 4LBP A; 2VPZ B; 2EC0 A; 3CWJ A; 5DM7 Q; 3CD5 A; 2QSF A; 4KV8 B; 1IWA A; 5KG6 A; 2WRM A; 2YKM A; 2QLB B; 3ZFV A; 4IDK B; 4NLU A; 1OSC A; 2EG2 A; 2W2M P; 4LF8 F; 2OPS A; 3KK2 B; 2BVZ A; 2D9P A; 1H6K X; 2HIY A; 1S1V A; 5D4L A; 4QBU A; 1X5T A; 3OQ2 A; 2LDI A; 1VHI A; 5KG7 A; 1NPK A; 2Q66 A; 5KFB A; 2ROG A; 4J9V A; 4XIU A; 3W2W B; 2RS8 A; 2HW3 A; 1KHV A; 4YR0 A; 3C3L A; 3DKD A; 2MHE A; 3PHT A; 2VAS A; 2F3J A; 3EVW A; 4W98 A; 1DZ5 A; 1LWC B; 3TJA A; 4LF9 J; 3NBP B; 2M9K A; 3I5B A; 1XR6 A; 5CD4 A; 1X4E A; 5D4O A; 4YB1 P; 2CJX B; 4OJ3 A; 3C6U A; 3RBD A; 1RTD B; 2EFQ A; 3HX9 A; 4EYH B; 1WOS A; 3OXL A; 5IT9 Y; 3G6E S; 1IKW B; 2UZA A; 3RZA A; 1CJU A; 2GMJ A; 4N41 A; 3I0R B; 5E3R A; 1ITP A; 2MKY A; 3TI0 A; 1TAQ A; 1ICE B; 4Y6I A; 1BQN A; 2OML A; 4LQ9 A; 3PIO Q; 3V4I B; 1IKX A; 4WPA A; 4F2R A; 1U1L A; 4C9D A; 3MR3 A; 1S1U A; 4UUX A; 4DR5 J; 3PW2 A; 1RTJ B; 4EI2 A; 3PX4 A; 4QJV A; 1R8P A; 2YWK A; 1FDN A; 2HQG A; 2DR7 A; 4CO4 A; 1LOU A; 2OI2 A; 1LQ9 A; 3RTV A; 5E41 A; 1JLQ B; 2F40 A; 4ZVQ B; 2WCX A; 2RNE A; 1HAR A; 1JQG A; 1Y3J A; 2XS5 A; 1G1X A; 5AT1 B; 4LSL A; 4M1K A; 4NA2 A; 1U45 A; 4FP9 A; 3SCJ E; 5HI7 A; 3KLH A; 1ZAV A; 3OFG A; 1R3N A; 1R43 A; 2JVR A; 4N8O A; 4DXL A; 2B0G A; 2NXJ A; 2OFG X; 4P10 A; 1C1C B; 3FJ2 A; 1R0A A; 5J2P B; 3ELH A; 4Q0B A; 3EGV A; 5AE3 A; 3KG0 A; 1CEZ A; 3N9U C; 2VG7 A; 1M1K T; 3J81 j; 2LEA A; 3BQ1 A; 3US5 A; 1V5I B; 2ABY A; 1IUJ A; 2AD9 A; 3QGG A; 1VQ6 S; 4NLX A; 4ZA1 A; 3ZZ0 A; 2DK2 A; 2H4W B; 4NLS A; 3H5U A; 4UOF A; 1UA1 A; 1EKR A; 1BUX A; 3VF0 B; 5F3Z A; 3ITH A; 4FNH A; 5L38 A; 5DLG A; 1JLC B; 2XWY A; 1GFW B; 4CO0 A; 2DNG A; 2BOA A; 1NKB A; 3PEH A; 4B08 A; 2CQ0 A; 4L3K A; 2PC6 A; 1RLC L; 3J7Z 5; 1RHJ B; 1XK8 A; 2RT3 A; 4R8U A; 4HHH A; 5GAD U; 3PYG A; 3OV7 A; 2C42 A; 4CWB A; 5EUH A; 3H59 A; 1A6L A; 5C42 A; 2KB2 A; 3M2V B; 2UU9 J; 2N3L A; 2RHS B; 4DR5 F; 2B8Q A; 2QLX A; 3BKU A; 3MUT P; 2OJ3 A; 3QT6 A; 2BE9 B; 1SH2 A; 4LF6 J; 1HR0 J; 1WF2 A; 2BKO A; 2DR5 A; 1CS4 B; 3GG0 A; 1X8D A; 2V8P A; 1O6X A; 3QJL A; 4TU9 A; 1CG2 A; 1RIS A; 4ERD A; 2KJV A; 1WEZ A; 4HDG A; 2QFI A; 2QYG A; 3D0I E; 3NCQ A; 2FVS A; 1RAE B; 5A8K B; 1T7P A; 1U09 A; 5LL6 d; 4RW6 A; 3MF5 A; 1J5E J; 1VS3 A; 5FDL A; 3LH2 S; 1SH3 A; 1N6Q B; 3EWG A; 5KFM A; 2KVI A; 3W5Y A; 3EGW B; 2GVD B; 2CZV C; 2QE5 A; 3CIZ A; 1YJN S; 2CQC A; 5KFP A; 5IT9 U; 1KC8 T; 4ICL B; 2VV5 A; 3W2V B; 1CUL A; 3HVA A; 2BUN A; 2KU7 A; 2D7S A; 2VBY A; 3GJS B; 4JOU A; 3GV5 B; 1JWW A; 5B7W A; 3QO9 B; 5E3Q A; 5B0G A; 2HHH J; 2O01 C; 4OLO A; 2CPE A; 4LRA A; 5HAO A; 2BQR A; 3G2X A; 1UZD A; 2M2B A; 1QVG R; 4ZK7 M; 2CVI A; 3MM6 B; 4WKY A; 2COL A; 2CJ9 A; 1X4A A; 3DN9 A; 4RW4 A; 1M5V C; 3POT B; 3DRP A; 4NLT A; 3MUR P; 3D6M B; 3VZI A; 3AQO A; 2WW8 A; 1URN A; 2WBR A; 5L39 A; 2XMT A; 2FZC B; 3EMT A; 5F8N A; 3MGJ A; 3RAQ A; 4KO0 A; 2YWG A; 3GMG A; 1FX2 A; 4QZV B; 1J27 A; 4ECQ A; 5L8R C; 3WBZ A; 1FFS B; 1C0U A; 3C46 A; 2ZWO A; 2GW8 A; 2UU9 F; 3OSN A; 2W9C A; 3R5A A; 1KP6 A; 1RE1 B; 3CO0 P; 4N7T A; 4WYW A; 5B0D A; 2QL5 B; 3M6X A; 3W8P A; 4WFZ A; 4N56 A; 4K4T A; 1PYT A; 3KLE B; 4LF6 F; 1HR0 F; 2VFT A; 1O5J A; 4YDD B; 3W63 A; 2EWH A; 2RKI B; 2ZWP A; 2JL9 A; 3ENQ A; 1U25 A; 1ZA1 B; 3T1Y J; 1QTM A; 3HVR A; 2RUS A; 2AJ0 A; 3T5L A; 3UD4 P; 1PG5 B; 4A8W A; 2HS4 A; 1JJ2 R; 5J2N A; 4ID5 B; 1J5E F; 5EDW A; 5F8L A; 4F3Q A; 5DS7 A; 5KT6 A; 2CQ2 A; 2VC1 A; 5F8I A; 3NP5 A; 2CUY A; 4A8M P; 5K8M A; 4TVA B; 1S5Z A; 4WU2 A; 4GVB B; 1IWG A; 3MAH A; 2DNL A; 3SIP B; 4EWT A; 1VQ7 S; 2H4Y B; 4M94 A; 4TY9 A; 1Y00 A; 5B0B A; 3OUY A; 4LF4 J; 2HQC A; 4GVL A; 3CUN A; 2DPJ A; 2DIU A; 2VFR A; 3VVU A; 4ZHR A; 4I6Y A; 2BE2 B; 4PRF A; 3MPV A; 2KZZ A; 3QQC D; 4GKJ J; 3GCX P; 3H5S A; 2HBQ B; 2QO3 A; 2W8K A; 1VK3 A; 3TZX A; 2MXY A; 4MIB A; 4K5R A; 2NUH A; 3QMQ A; 2HHH F; 5H1S V; 2UV8 A; 2RDJ A; 3UVJ B; 2C22 A; 1N56 A; 2J7U A; 2YBV A; 4CM2 A; 1NAQ A; 1YSJ A; 3MAA A; 2MGZ B; 2BAB A; 1ARO P; 4V19 X; 1VLO A; 4EGL A; 3VAI A; 4LSN B; 4OZJ A; 3HFV A; 3Q8Q B; 2D3O R; 4ZPW R; 1Y5I B; 1HL6 A; 2A2C A; 1W2B R; 2XWX A; 4R5P A; 2HMI B; 2D41 A; 1FE0 A; 3PRD A; 1C1B B; 4PUO B; 4U67 Q; 5J2Q B; 1S9G A; 4BWJ A; 1FVQ A; 4OQJ A; 1KHW A; 1WNE A; 1JLA B; 1WKJ A; 4IH6 A; 3M2U A; 3KG4 A; 5IV4 A; 2VKZ G; 2MKI A; 2FGO A; 4AE5 A; 4BS2 A; 1IQZ A; 3RBZ A; 1M5K C; 3UCZ P; 2IAJ A; 4FF2 A; 1PYS B; 2IVY A; 1YJR A; 2QX0 A; 3N4W A; 1CSJ A; 5A8R A; 2VD3 A; 3BRE A; 3C15 A; 3TAM A; 4I68 A; 4LMZ A; 1FXD A; 4URQ U; 1BWV A; 1RTH A; 2W2P P; 4NRU A; 2LXI A; 1FER A; 4DMZ A; 4FYX B; 4MFB B; 2JLG A; 3IA0 A; 2IMW P; 1KON A; 3O3L A; 1Y3K A; 3HPO A; 4ZLP A; 4CTA A; 4HLB A; 4QYR A; 3T1Y F; 4WK3 A; 4OV6 A; 2ZHA A; 1S57 A; 1NK0 A; 4I4B A; 1V3Z A; 1YZ7 A; 1W26 A; 2UVV A; 1RU2 A; 3I9V 9; 5DRK A; 2MQL A; 2KYX A; 3HJV A; 3GYG A; 5ITH A; 4QWC A; 4I2P B; 1FKO B; 4USU A; 4ELU A; 4F8R A; 1TR0 A; 3IG1 A; 4H4K A; 2VG5 B; 1T11 A; 3DOL A; 4IG0 B; 2AGP A; 2YXL A; 2DH9 A; 2HNZ A; 1LWF A; 2J0X A; 1WD6 A; 4LF4 F; 4B02 A; 5HQL A; 3T5K A; 3RB6 A; 3FQL A; 4KKO A; 4K50 A; 4HTI A; 5J1E A; 4NA1 A; 3CNQ P; 3FSI A; 1H72 C; 4F4K A; 1GTE A; 2R7Q A; 5I3P A; 1S12 A; 5DG9 A; 4C2M A; 1SV5 B; 4DZD A; 3DYA B; 2D9O A; 4E2F B; 2CJK A; 2JEG A; 5U47 A; 2E1R A; 4GKK J; 4M5L A; 5KFW A; 3M4X A; 3UWT A; 3B54 A; 4NA3 A; 4ZN1 A; 1JX4 A; 2CDR B; 3QPI A; 1GX5 A; 4NYO A; 5C24 B; 4A8S A; 2ZC3 A; 4HEA 9; 1VQ9 S; 3AY0 A; 5ETL A; 3CCV S; 1TZ0 A; 1HLW A; 5CA5 A; 3DLK B; 4U96 A; 3P49 B; 4K4Z A; 4Z2X A; 3I55 S; 4F26 A; 1XWL A; 2V69 A; 4DFM A; 3DRX A; 4U8Y A; 2BJE A; 2Q6B A; 3LO3 A; 4B9V A; 3MM5 B; 4O44 A; 2DR8 A; 5ETS A; 5KFC A; 1N0U A; 3I6P A; 3R2C J; 4CZC A; 3PJ9 A; 3TQE A; 1LW2 A; 3UDL A; 4OYM A; 3JSR A; 1IBL J; 2BW2 A; 2HNY B; 5CAA A; 2H48 B; 2V67 A; 4RKU C; 4UZB A; 1RQ0 A; 1TL3 B; 2EKN A; 3PO5 A; 2R2T A; 2GO9 A; 1SKU B; 2KDO A; 2MQN A; 1Q79 A; 2CZ4 A; 1TL5 A; 3NOG A; 4XPE A; 4ZKA A; 2ZBP A; 2PN6 A; 2DNQ A; 3OXF A; 3W65 A; 1OMS A; 2KKH A; 2MHN A; 3MEK A; 2LEC A; 3CW2 C; 3KLG B; 4ECY A; 3AOC A; 2CYY A; 2OEJ A; 3MM8 A; 1KN6 A; 1ZPW X; 3CJ5 A; 2DNN A; 1UFW A; 3ET6 A; 3THV A; 3PXG a; 2ILY A; 4HKQ A; 1HMV B; 1TL1 A; 1WI6 A; 5K14 A; 3ZZU A; 5DG8 A; 2FVP A; 4EFA C; 2OHD A; 1J5O A; 2X51 A; 3NNH A; 3HK2 A; 2FPH X; 4IRC A; 4L75 A; 2CQD A; 2PGC A; 4JI0 J; 4DLE A; 3GZ7 A; 3QT7 A; 4ELT A; 3M1V A; 1H2U X; 2QSW A; 5D4N A; 5ETN A; 3DM2 A; 1TU0 B; 2AQ4 A; 3BGO P; 1NUE A; 1NND A; 3GPA A; 4ZVF A; 1BLU A; 2VQE J; 1UP1 A; 4ZPD A; 2NQP A; 1NME B; 1P9Q C; 4NOH A; 3M9O B; 1LNQ A; 1UZH A; 4J9N A; 2CNN B; 5BR8 J; 1LXJ A; 2DEI A; 1EP4 A; 2MTL A; 1FJG J; 2VJV A; 2IC3 B; 3GFH A; 4NCG A; 4HHJ A; 1BE4 A; 4GKK F; 3H90 A; 4V1A k; 2V4J A; 2BKP A; 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