2L78A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2l78A00
1C68A 1XJTA 1JTNA 4ZPUA 1L39A 1G1WA 4EKPA 1L68A 259LA 1P37A 2LC9A 2RBNA 2RAYX 4EJ4A 2HUKA 1L43A 1L07A 1C63A 1C6FA 129LA 1L17A 1L12A 3CDQA 1LYDA 1L44A 248LA 1L95A 3DMVA 1L10A 1PQIA 1QTHA 2B72A 1L60A 5I14A 3SBAA 258LA 1QUDA 1OWZA 1C6EA 1PQDA 2B7XA 260LA 1KY1A 3C80A 1ZURA 2NTHA 255LA 236LA 1D3JA 1CTWA 1L34A 2RB0X 2QARC 238LA 1L22A 1I6SA 4I7NA 253LA 3FADA 191LA 201LA 2B6XA 229LA 7LZMA 216LA 2NTGA 3DN8A 228LA 4EKQA 251LA 3HU9A 1L01A 1D3MA 1DYEA 1C6JA 1L04A 4I7SA 1L47A 181LA 3GUKA 1L24A 1C6IA 4DKLA 4YX7C 2QB0B 165LA 107LA 3HH3A 1G0PA 1C66A 3SN6R 1C64A 1JTMA 1OWYA 1L62A 1L28A 1L20A 4EXMA 4W52A 2RB2X 108LA 209LA 4YXAC 239LA 1C6GA 3DN6A 1L37A 4W59A 2OE4X 4W51A 110LA 1L27A 1L79A 169LA 3DNAA 1QSQA 1C65A 3RZEA 1C6DA 1L74A 1P46A 254LA 2F32A 1C6CA 1G0GA 151LA 1QT6A 3HH4A 3F8VA 138LA 1OV7A 232LA 2A4TA 3HTFA 128LA 3PDSA 164LA 4W58A 1QTZA 174LA 231LA 250LA 1L57A 3VW7A 1SX2A 3GUOA 4IAPA 1G1VA 4S0WA 206LA 1L02A 3NY9A 4LDOA 3SB8A 1CU3A 3F9LA 1L06A 1QTVA 3HTGA 1G0JA 1L41A 3SB7A 1L88A 3HUKA 166LA 3C82A 1P64A 1L31A 152LA 3C7WA 240LA 1G0LA 210LA 3OE0A 3K2RA 3C81A 2RBOA 3SB9A 1L32A 187LA 1P36A 4ARLA 4EKRA 1L72A 3D4SA 1C69A 144LA 1G0KA 1L21A 1C6HA 4I7PA 4YXCA 3GUIA 2OTYX 1L19A 242LA 2HUMA 141LA 127LA 262LA 3L64A 185LA 4I7RA 178LA 4PJZA 1L83A 4PK0A 221LA 1L86A 1L51A 1DYCA 115LA 119LA 3HU8A 3HH6A 2OEAX 1DYFA 1CX7A 1C6QA 1L13A 177LA 2OU0X 3GUNA 261LA 219LA 215LA 1QTCA 130LA 143LA 188LA 1L00A 2HULA 4LDLA 1KY0A 156LA 1LGXA 257LA 3NY8A 2O4WA 1L26A 1L0JA 195LA 1L16A 183LA 1L93A 1CV0A 3HT7A 1CUQA 104LA 1L64A 3HTDA 205LA 1L73A 1SX7A 1T6HA 2F47A 145LA 184LA 1G07A 1G06A 2OE7X 4GBRB 1C6BA 1L56A 4I7TA 1T8FA 3CDVA 4ARMB 149LA 1L75A 199LA 3HWLA 3GUJA 1D9WA 230LA 3DN2A 2LZMA 3HUQA 1L98A 3HT6A 1L23A 1XJUA 125LA 1LI6A 1QUOA 2B70A 1OYUA 1L49A 4I7JA 197LA 4ARQB 1L50A 3DN3A 192LA 1QT5A 3JR6A 1P7SA 1L77A 4LZMA 4K5YA 1L61A 1L14A 3QAKA 1LLHA 1L25A 1EPYA 237LA 1L69A 1PQKA 3HDFA 2OE9X 1LYGA 1L55A 3SBBC 3G3WA 1CV3A 252LA 139LA 1CVKA 3CDTA 2CUUA 186LA 4I7QA 103LA 1L63A 2Z6BA 112LA 180LA 1KNIA 246LA 2B75A 158LA 1L54A 1DYDA 2RBSA 3ODUA 155LA 3EMLA 1TLAA 1L53A 168LA 1PQOA 213LA 1L89A 1L33A 2LCBA 3C83A 2B74A 4ARMA 3DN4A 1L97A 4LDEA 225LA 1T8GA 4E97A 4EPFA 3G3XA 123LA 1SSWA 126LA 2IGCA 1LWGA 235LA 3HT9A 1LI3A 3FA0A 1DYGA 159LA 1C6PA 3V2YA 175LA 1G0MA 1C6TA 1L65A 198LA 1P2LA 4DAJA 1P3NA 1DYBA 1CU2A 1L18A 2RBRA 211LA 4ARQA 2B6TA 223LA 102LA 1LWKA 217LA 113LA 1L87A 161LA 2B6WA 1L90A 245LA 244LA 4AQNA 2B73A 3CDOA 4GRVA 3GUPA 4W53A 1OVHA 140LA 147LA 176LA 1L38A 1NHBA 190LA 1ZYTA 1LGWA 4I7LA 3GUMA 1LI2A 118LA 150LA 172LA 1T97A 1LGUA 1L52A 2L78A 224LA 1L08A 4OO9A 3SB6A 137LA 170LA 1OV5A 1XEPA 2OTZX 3V2WA 189LA 1B6IA 1L82A 2Q9DA 2B6ZA 1QS5A 3G3VA 160LA 1L76A 1WTHA 3DMZA 3OE6A 3OE9A 212LA 247LA 1C6MA 1ZWNA 1CV4A 1D2WA 142LA 1L96A 1OVKA 1CV6A 220LA 1C67A 1C60A 1SWZA 4I7MA 1QTDA 1L03A 1DYAA 1L99A 3C7YA 3RUNA 1D3FA 3GULA 173LA 1L11A 1P2RA 3C8RA 1D2YA 2ANVA 2OU9A 1QSBA 4W57A 1L84A 122LA 2Q9EA 1LYHA 1CU0A 1SSYA 1OVJA 1P6YA 1KS3A 1QUHA 1LYIA 4W55A 2O7AA 1C6NA 1LPYA 1L85A 114LA 3NYAA 3OE8A 146LA 1L48A 2RH1A 4I7OA 1QT4A 1KW5A 3LZMA 167LA 2RBQA 1C6KA 3C8SA 1L05A 214LA 3DKEX 2O79A 3PBLA 1C61A 1G0QA 1QTBA 1LYEA 3HUAA 2RAZX 4EPIA 1L80A 222LA 1L70A 1L45A 3DN0A 256LA 1L91A 3C7ZA 3SB5A 4EKSA 3FI5A 1L36A 3L2XA 1QT7A 1D3NA 1SWYA 1CX6A 171LA 1L30A 1L94A 1QUGA 241LA 234LA 2RB1X 109LA 3DN1A 1LYJA 4ARPA 1C6LA 200LA 196LA 233LA 1CV1A 2OU8A 1L29A 3HDEA 5LZMA 4DJHA 162LA 3UONA 3DMXA 157LA 182LA 3CDRA 1QT3A 1P5CA 4W54A 4W56A 4I7KA 1L35A 1PQMA 1T8AA 1L92A 1L15A 1L67A 1CUPA 1L40A 1L46A 1C6AA 3HT8A 1L09A 163LA 243LA 1L59A 1QT8A 1K28A 3HH5A 1CU6A 218LA 1L0KA 1CV5A 1QS9A 1LYFA 227LA 120LA 1LW9A 1C62A 1JQUA 3C8QA 131LA 148LE 226LA 2ANXA 249LA 2RBPA 3HTBA 2B6YA 1L66A 1L58A 2F2QA 111LA 1L81A 1KW7A 1L71A 1L42A 4ARJA 1CU5A 1PQJA 6LZMA 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C68A 4LT0A 1KIRC 1L39A 2HTXA 2W1XA 3W6CA 1GBSA 259LA 3G3AB 2RAYX 1IOTA 4J1BA 3LHMA 4ET9A 1F10A 1C63A 2HUBA 4NGWA 3AGHA 3ATOA 4DWXA 1L60A 3SBAA 1QUDA 1C6EA 4LT2A 4NGYA 1D3JA 2QARC 1L22A 1I6SA 4I7NA 3WW5A 5LINA 3FADA 201LA 1GB5A 2B5ZA 7LZMA 216LA 4GLVA 251LA 2YBHA 1L01A 1LMOA 4OWEA 2A7FA 3A94A 1B5ZA 1C6JA 4I7SA 4LYTA 1L24A 4DKLA 2QB0B 2YBIA 1C64A 1I1ZA 1LZ6A 2DQHY 3RZ4A 1NHEA 1JTMA 4GCEA 1GF5A 4LYCA 2DQEY 1LYOA 1L20A 2BQBA 4EXMA 3DN6A 4GCBA 3TXBA 110LA 169LA 1OUIA 1AT6A 1C65A 3RZEA 1SQ2L 1JJ0A 4B49A 1G0GA 1BB3A 4B4IA 1UACY 138LA 2A4TA 3HTFA 4ZIXA 5APDA 1LZBA 1NQIA 1QTZA 1GDWA 174LA 1XGRC 4HP0A 1G1VA 4S0WA 3SB8A 1CU3A 2HU3A 2Z39A 1J1OY 5B05A 2D4IA 1GB7A 3A8ZA 1BVKC 240LA 1B7OA 210LA 207LA 1JTTL 1GD6A 1GFGA 1LZTA 1LSCA 1GF7A 5C6IA 4IASA 2C8PA 4I7PA 1C6HA 2OTYX 4IJ4A 4PPOA 1DI5A 4G49A 2IHLA 262LA 2CWIA 1L83A 1LSYA 1AM7A 1HENA 4DDCA 119LA 2OEAX 1C6QA 215LA 143LA 1HELA 4H9FA 1HF4A 5KXWA 156LA 1TEWA 2O4WA 3AZ5A 1L0JA 3TXDA 4BAFA 4IATA 104LA 4NG8A 1JKCA 4II8A 1OUEA 205LA 1GBXA 1LSFA 145LA 4HJYA 184LA 1UA6Y 1JKBA 4GBRB 4L41A 4I7TA 1T8FA 3CDVA 1QDRA 1LJHA 4CJ2A 5EBHA 3GUJA 1QIOA 3HUQA 5C6JA 6LYZA 5HNLA 1VDSA 1GB9A 4H9BA 3WULA 3N9CA 4KXIA 4NGIA 2BQLA 1QUOA 2X0AA 1IWZA 197LA 4I7JA 4ARQB 1QUSA 2VB1A 1QT5A 1RCMA 3P4ZA 1GF3A 1LJ3A 1P7SA 4LZMA 5I4YA 1V7SA 4RDSA 1L61A 1L14A 4WM2A 1LMNA 1L25A 5I4WA 3TXHA 1LZYA 3B0KA 1XGPC 1PQKA 1LHJA 4MCKA 4N8ZA 4XJBA 1L55A 1LAAA 5B1FA 1CV3A 2HEDA 2LZTA 1LOZA 3CDTA 1GFAA 1QUTA 4I7QA 103LA 1L63A 4W96A 4XJIA 112LA 1KNIA 246LA 1DYDA 3CT1A 1BB7A 1TLAA 1YANA 1B5VA 1L53A 5F81A 5FSTA 5KXRA 1BB6A 2B74A 5I54A 4XADA 4M6DA 4EPFA 1YKZX 5F14A 2IGCA 1JTPL 3B6LA 1LSNA 5APFA 175LA 1C6TA 198LA 1CU2A 1AT5A 5LVKA 4ARQA 1HSXA 1YAOA 4U3XB 1L87A 2YVBA 1GB8A 2B6WA 1GHLA 245LA 1TDYA 1WTMA 3CDOA 4LFPA 4GRVA 1I20A 1C45A 147LA 4WM4A 1JIYA 1L38A 1O23A 1ZYTA 4I7LA 4EMNA 150LA 1HHLA 1WQMA 2MEHA 5DLAA 1GEZA 3SB6A 1GF8A 5I53A 1JSEA 1OV5A 3CT5A 1B6IA 1L82A 2MEDA 3WPLA 160LA 212LA 2BQNA 4DD9A 1ZMYL 3WU7A 4WO9A 1FLUA 3LYOA 2D4KA 1L96A 1LZGA 4I7MA 1F0WA 2W1YA 1L99A 3RUNA 1D3FA 3ZEKA 5A3ZA 1L84A 122LA 5B59A 4DD2A 1UIGA 1CU0A 5LA5A 1SSYA 1OVJA 1LYIA 4W55A 2O7AA 1LZRA 4ANRA 1C6NA 1J1PY 5M1YA 5L3IA 5APEA 1IWWA 146LA 2RH1A 4H8YA 4NY5A 1REYA 1LZDA 1KW5A 4LFXA 1C6KA 214LA 1LCNA 5LYMA 1G0QA 5D5CA 4WM6A 1L80A 1L70A 4WMGA 3W6AA 2NWDX 1EQ5A 4EKSA 3FI5A 1B0DA 208LA 1IP1A 3TXEA 109LA 1LYJA 2DQDY 4ARPA 4QEQA 4CFPA 1CV1A 3AW7A 4N5RA 1HEQA 3HDEA 4LZTA 4W56A 1L35A 4NHTA 1LMPA 4WOAA 3A93A 133LA 2DQAA 1K28A 1LZAA 3GXRA 4DQJA 1B9OA 1L0KA 1LYFA 120LA 4GCFA 1D9UA 5APCA 1E8LA 1DKJA 131LA 2ANXA 4HPEA 2B6YA 4DQ5A 3BKVA 111LA 1QTKA 4XYYA 3D3DA 1KW7A 1L71A 2MEAA 1GE1A 1GFVA 1J1XY 1P56A 1L56A 2EIZC 3WU9A 4ZPUA 1A2YC 2LC9A 3ULRA 2HUKA 4H9CA 3P68A 4ZEEA 1L07A 1XEJA 1HFXA 4WM5A 3CDQA 5ILFA 248LA 3A67Y 1QTHA 5I14A 2LYOA 4I8SA 4NHPA 2BPUA 4OOTA 2HECA 3TXKA 1PQDA 1KY1A 3A90A 3TXFA 4HJZA 238LA 4HPIA 2FYCA 2ZQ3A 132LA 3FI7A 229LA 4NWEA 3DN8A 2F4AA 3HU9A 4YEMA 4H9HA 6LYTA 1L47A 181LA 3E3DA 3GUKA 1F6SA 1C6IA 4RLNA 4H92A 3ATNA 4QDNA 3HH3A 2XQOA 4DD7A 1GDXA 4H91A 1RE2A 2RB2X 1C6GA 4WL6A 1B7LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C68 A;  4LT0 A;  1KIR C;  1L39 A;  2HTX A;  2W1X A;  3W6C A;  1GBS A;  259L A;  3G3A B;  2RAY X;  1IOT A;  4J1B A;  3LHM A;  4ET9 A;  1F10 A;  1C63 A;  2HUB A;  4NGW A;  3AGH A;  3ATO A;  4DWX A;  1L60 A;  3SBA A;  1QUD A;  1C6E A;  4LT2 A;  4NGY A;  1D3J A;  2QAR C;  1L22 A;  1I6S A;  4I7N A;  3WW5 A;  5LIN A;  3FAD A;  201L A;  1GB5 A;  2B5Z A;  7LZM A;  216L A;  4GLV A;  251L A;  2YBH A;  1L01 A;  1LMO A;  4OWE A;  2A7F A;  3A94 A;  1B5Z A;  1C6J A;  4I7S A;  4LYT A;  1L24 A;  4DKL A;  2QB0 B;  2YBI A;  1C64 A;  1I1Z A;  1LZ6 A;  2DQH Y;  3RZ4 A;  1NHE A;  1JTM A;  4GCE A;  1GF5 A;  4LYC A;  2DQE Y;  1LYO A;  1L20 A;  2BQB A;  4EXM A;  3DN6 A;  4GCB A;  3TXB A;  110L A;  169L A;  1OUI A;  1AT6 A;  1C65 A;  3RZE A;  1SQ2 L;  1JJ0 A;  4B49 A;  1G0G A;  1BB3 A;  4B4I A;  1UAC Y;  138L A;  2A4T A;  3HTF A;  4ZIX A;  5APD A;  1LZB A;  1NQI A;  1QTZ A;  1GDW A;  174L A;  1XGR C;  4HP0 A;  1G1V A;  4S0W A;  3SB8 A;  1CU3 A;  2HU3 A;  2Z39 A;  1J1O Y;  5B05 A;  2D4I A;  1GB7 A;  3A8Z A;  1BVK C; 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