The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
PSHSGAAIFEKVSGIIAINEDVSPAELTWRSTDGDKVHTVVLSTIDKLQATPASSEKMMLRLIGKVDESKKRKDNEGNEVVPKPQRHMFSFNNRTVMDNIKMTLQQIISRYKDAD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Characterization of the Complex between the N-terminal Transactivation Domain of EKLF and the p62/Tfb1 subunit of TFIIH
rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae s288c
|
| molecule keywords |
RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
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| total genus |
24
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08567 | PH_TFIIH | TFIIH p62 subunit, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DXC A; 2DYN A; 1DRO A; 2I5F A; 3PVW A; 1RRP B; 2DX1 A; 5C5B A; 1PFJ A; 4A6F A; 3A8Q A; 4KHA A; 3G9W A; 1DDW A; 4HB4 B; 5JHG A; 1UPQ A; 2LKO A; 4K81 A; 1H10 A; 4KAX B; 3ML4 A; 4CYE A; 2LUL A; 3A8P A; 2W2X C; 1U5E A; 4EMO A; 3BIN A; 5CLL B; 3TW1 A; 4NY0 A; 2Y8G A; 3TO1 A; 2Z0O A; 1NTY A; 4EKU A; 4K2O A; 5D3W A; 5FI1 A; 1X11 A; 5KQ1 A; 1ZC4 B; 4KVG B; 1Z87 A; 3SYX A; 1OMW A; 1MKE A; 4HB0 B; 3MPX A; 2VKI A; 5JP4 A; 5LOP B; 2Y7B A; 1EAZ A; 1NTV A; 4F7G A; 5D3V A; 3SV1 A; 1XX0 A; 2AEH A; 1X86 A; 1J19 A; 4KHB B; 4Y94 A; 2IFS A; 4HAY B; 3O96 A; 1FHX A; 2K2U A; 2QKL A; 4Z2M B; 5C79 A; 4Z2N A; 3QBV B; 2HTH B; 2ZPY A; 1K5G B; 2G35 A; 1FGY A; 5J3Q A; 4HB3 B; 3NSU A; 2ROZ B; 1W1D A; 4HHV A; 1EGX A; 3ODW A; 1M7R A; 2CAY A; 2D9W A; 2EJ8 A; 3HK0 A; 3ZVR A; 2PZ1 A; 3AU5 A; 1UEF A; 3U7D A; 1PMS A; 1SGH A; 2YVC A; 2COA A; 3ZDT A; 2DHJ A; 2OTX A; 2P0F A; 1MAI A; 3QWM A; 1FGZ A; 4HB2 B; 4PQ0 A; 3OAN A; 1KZG A; 2Y8F A; 1ZC3 B; 1GC7 A; 5L81 A; 3AJ4 A; 2MFQ A; 3FM8 C; 1UNR A; 2P8V A; 2DFK A; 1W1H A; 2DKP A; 2UZR A; 1X05 A; 2Z0Q A; 1P6S A; 2X18 A; 3VIA A; 2DKQ A; 1DYN A; 2DHI A; 1BWN A; 1GG3 A; 1DBH A; 4HAX B; 1MK9 B; 1WVH A; 1N3H A; 4K2P A; 3SUZ A; 1BTK A; 5EFX A; 5D3X A; 5D27 A; 4CHM A; 2YT0 A; 3WYF B; 2NMB A; 2Q13 A; 4MT7 A; 1EVH A; 5CLQ B; 2D9Z A; 4EJN A; 4HAW B; 2CRF A; 2LOZ A; 2J0M A; 1X1F A; 2DX5 A; 5JHH A; 1P5T A; 1U5D A; 1QQG A; 1XD4 A; 1NU2 A; 5FI0 A; 1KZ7 A; 3X23 A; 4GPT B; 4YON A; 3GYP A; 1E5W A; 2LOX A; 2J0J A; 3P6A A; 5JLJ B; 2CY4 A; 2OQB A; 3D8F A; 2GCJ A; 3KZ1 A; 3KRX A; 2D11 A; 1ZSQ A; 2FJL A; 1WGU A; 2QKM A; 3PSC A; 4HDQ A; 2RLO A; 3PVL A; 4TYZ A; 4CHJ A; 2P0H A; 3KRW A; 5DI9 B; 2M14 A; 1TQZ A; 5D3Y A; 1V5M A; 2Z0P A; 3KSY A; 2I1K A; 2EC1 A; 1XCG A; 4C0A A; 1U29 A; 1ZVR A; 4GMV A; 1XOD A; 3ODX A; 1V88 A; 2COF A; 4K17 A; 1AQC A; 3HW2 B; 1U27 A; 2MKR A; 4WVF B; 1OQN A; 1FB8 A; 2HE7 A; 4IFS A; 2LYD A; 2VRW B; 4P7I A; 3PG7 A; 4B6H A; 4GMX B; 2AL6 A; 4WSF A; 4IAP A; 2J59 M; 2YS3 A; 1NI2 A; 1ZM0 A; 1FHO A; 2XQN M; 1GC6 A; 3V5W A; 1XKE A; 1ISN A; 2ROV A; 4KHO A; 2IYB A; 2DA0 A; 1LB1 A; 1XR0 B; 2N0Y A; 4IOY X; 2EMS A; 1BAK A; 2MWN B; 3IVF A; 1AWE A; 1SHC A; 4HAT B; 3D8E A; 2KCJ A; 3TFM A; 1KI1 B; 2J0K A; 3F5R A; 1W1G A; 3DXD A; 4GXB A; 5C6R A; 2M38 A; 1B55 A; 1J0W A; 3HQC A; 3ODO A; 5C5B B; 4A6F B; 1BTN A; 5J3Y A; 3SO6 A; 1FAO A; 2YF0 A; 2GS0 A; 2R0D A; 1V61 A; 1I7A A; 4HDO A; 1U5G A; 2YRY A; 2VSZ A; 3UZT A; 2RSG A; 1PLS A; 5DH9 B; 2EMT A; 4HAU B; 1M7E A; 2YS1 A; 5KCV A; 3TCA A; 4DXA B; 2N23 A; 1DDM A; 2RUK B; 2CY5 A; 2GJY A; 2RGN B; 1LW3 A; 3DXE A; 2D10 A; 3GYO A; 2V76 A; 4F7U P; 3PEG A; 3QIJ A; 4MY6 A; 2I5C A; 3MDB C; 2P0D A; 3D8D A; 2D9Y A; 4H8S A; 1UPR A; 2KGX B; 4A5K A; 2MDX A; 2W2X D; 1TXD A; 3P7Z A; 1Y19 B; 4DX9 0; 4MK0 A; 1Y5O A; 1K5D B; 2ADZ A; 4YL8 A; 4A6H A; 3U8Z A; 3LJU X; 5HE2 A; 3CIK A; 5HE3 A; 4ZRJ A; 3WA0 A; 1WJM A; 1TJ6 A; 3F0W A; 3KY9 A; 2W2W A; 2D9V A; 1UNQ A; 5KQ4 A; 1MIZ B; 1P3R A; 2UZS A; 4TKN A; 1V5U A; 1WI1 A; 4GN1 A; 2H7D A; 1V5P A; 4ZRK A; 2H7E A; 4XWX A; 5GOW B; 1FHW A; 3M1I B; 1DDV A; 3ULC A; 2COD A; 3FSS A; 2DN6 A; 2BCJ A; 4F7H A; 2DHK A; 2K00 A; 1U5F A; 4NSW A; 3N7C A; 4DBB A; 3PZD A; 1EF1 A; 3T06 A; 2D2Q A; 5HE0 A; 2COC A; 2UVM A; 4BBK A; 5J3T A; 1X1G A; 5DIF B; 3FEH A; 4L6E A; 3PP2 A; 1IRS A; 2D9X A; 1MK7 B; 3RCP A; 1MPH A; 1WGQ A; 1FOE A; 3BJI A; 2DYQ A; 4WJ7 A; 5DHF B; 3A98 B; 2YSZ A; 4D0N B; 1WG7 A; 2YS5 A; 4DX8 A; 2RNR B; 1RJ2 A; 1MIX A; 5C16 A; 2KUP A; 1H4R A; 1WJ1 A; 2R09 A; 1QC6 A; 2ELA A; 2E2X A; 2GCL A; 2JP2 A; 3SNH A; 2RVB B; 2LG1 A; 5HE1 A; 3CXB B; 2L2I A; 3VOQ A; 1U2B A; 2NZ8 B; 4HAV B; 3TVV A; 2K2J A; 1OY2 A; 2DTC A; 2I1J A; 3PVU A; 2YT1 A; 4HAZ B; 2ELB A; 3AU4 A; 4GZU A; 2L1C A; 1V89 A; 5LON B; 1Q67 A; 4PNK A; 3ULB A; 1I2H A; 2DLW A; 2D4Q A; 4ZRI A; 1UNP A; 5DHA B; 4A6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DXC A; 2DYN A; 1DRO A; 5LG4 B; 2I5F A; 3PVW A; 1RRP B; 2DX1 A; 5C5B A; 2K49 A; 1PFJ A; 4A6F A; 3A8Q A; 4KHA A; 3G9W A; 1DDW A; 4HB4 B; 2KR0 A; 5JHG A; 1UPQ A; 2LKO A; 4K81 A; 1H10 A; 4KAX B; 3ML4 A; 4CYE A; 2LUL A; 3A8P A; 2W2X C; 1U5E A; 4EMO A; 4QJ5 B; 3BIN A; 5CLL B; 3TW1 A; 4NY0 A; 2Y8G A; 3TO1 A; 2Z0O A; 1NTY A; 4EKU A; 4K2O A; 5D3W A; 5FI1 A; 1X11 A; 5KQ1 A; 1ZC4 B; 4KVG B; 1Z87 A; 3SYX A; 1OMW A; 1MKE A; 4HB0 B; 3MPX A; 2VKI A; 5JP4 A; 5LOP B; 2Y7B A; 1EAZ A; 3OHM B; 2KIG A; 1NTV A; 4F7G A; 5D3V A; 3SV1 A; 1XX0 A; 4L1R A; 4QJ4 B; 2AEH A; 1X86 A; 1J19 A; 4KHB B; 4Y94 A; 2IFS A; 4HAY B; 3O96 A; 1FHX A; 2K2U A; 2QKL A; 4Z2M B; 5C79 A; 4Z2N A; 3QBV B; 2HTH B; 2ZPY A; 2Z14 A; 1K5G B; 2G35 A; 1FGY A; 5J3Q A; 4HB3 B; 3NSU A; 2ROZ B; 1W1D A; 3FVC A; 4CSQ A; 4HHV A; 1EGX A; 3ODW A; 1M7R A; 2CAY A; 2D9W A; 2EJ8 A; 3HK0 A; 3ZVR A; 2PZ1 A; 3AU5 A; 1UEF A; 3U7D A; 1PMS A; 1SGH A; 2YVC A; 3NWD A; 2COA A; 3ZDT A; 2DHJ A; 4DIX A; 2OTX A; 2P0F A; 1MAI A; 3QWM A; 1FGZ A; 4HB2 B; 4PQ0 A; 3OAN A; 1KZG A; 2Y8F A; 3NWA A; 1ZC3 B; 1GC7 A; 5L81 A; 3AJ4 A; 2MFQ A; 3FM8 C; 1UNR A; 2P8V A; 2DFK A; 1W1H A; 2DKP A; 2UZR A; 2YT2 A; 1X05 A; 2Z0Q A; 1P6S A; 2X18 A; 3VIA A; 2DKQ A; 1DYN A; 2DHI A; 1BWN A; 1GG3 A; 1DBH A; 4HAX B; 1MK9 B; 1WVH A; 1N3H A; 4K2P A; 3SUZ A; 1BTK A; 4GOU A; 5EFX A; 5D3X A; 5D27 A; 4CHM A; 2YT0 A; 3WYF B; 2NMB A; 2Q13 A; 4MT7 A; 1EVH A; 5CLQ B; 2D9Z A; 4EJN A; 4HAW B; 2CRF A; 2LOZ A; 2J0M A; 1X1F A; 5I2M A; 2DX5 A; 5JHH A; 2Z59 A; 1P5T A; 1U5D A; 1QQG A; 1XD4 A; 1NU2 A; 5FI0 A; 1KZ7 A; 3X23 A; 4GPT B; 4YON A; 3GYP A; 1E5W A; 2LOX A; 2J0J A; 3P6A A; 5JLJ B; 2CY4 A; 2OQB A; 3D8F A; 2K8E A; 2GCJ A; 3KZ1 A; 3KRX A; 2D11 A; 1ZSQ A; 2FJL A; 1ZYI A; 1WGU A; 2QKM A; 3PSC A; 4HDQ A; 2RLO A; 3PVL A; 4TYZ A; 4CHJ A; 2P0H A; 3KRW A; 5DI9 B; 2M14 A; 1TQZ A; 5D3Y A; 1V5M A; 2Z0P A; 3KSY A; 2I1K A; 2EC1 A; 1XCG A; 5M4Y B; 4C0A A; 1U29 A; 1ZVR A; 4GMV A; 1XOD A; 3ODX A; 3NW8 A; 1V88 A; 2COF A; 4K17 A; 2ZKM X; 1AQC A; 3HW2 B; 1U27 A; 2Z4D A; 2MKR A; 4WVF B; 1OQN A; 1FB8 A; 2HE7 A; 4IFS A; 2LYD A; 2VRW B; 4P7I A; 3PG7 A; 4B6H A; 4GMX B; 2AL6 A; 4WSF A; 4IAP A; 2J59 M; 2YS3 A; 1NI2 A; 1ZM0 A; 1FHO A; 2XQN M; 1GC6 A; 3V5W A; 1XKE A; 1ISN A; 2ROV A; 4KHO A; 2IYB A; 4GNK B; 2DA0 A; 1LB1 A; 1XR0 B; 4KHB A; 2N0Y A; 2GUM A; 4IOY X; 2EMS A; 1BAK A; 2MWN B; 3IVF A; 1AWE A; 3B77 A; 1SHC A; 4HAT B; 3D8E A; 2KCJ A; 3TFM A; 1KI1 B; 2J0K A; 3F5R A; 1W1G A; 3DXD A; 4GXB A; 5C6R A; 2M38 A; 1B55 A; 1J0W A; 3HQC A; 3ODO A; 5C5B B; 4A6F B; 1BTN A; 5J3Y A; 3SO6 A; 1FAO A; 2YF0 A; 2KUQ A; 2GS0 A; 2R0D A; 1V61 A; 4HSI A; 3HIE A; 1I7A A; 4HDO A; 1U5G A; 2YRY A; 2VSZ A; 3UZT A; 2RSG A; 1PLS A; 5DH9 B; 2EMT A; 4HAU B; 1M7E A; 2YS1 A; 5KCV A; 3TCA A; 4DXA B; 2N23 A; 1DDM A; 2RUK B; 3DXE A; 2CY5 A; 2GJY A; 2RGN B; 1LW3 A; 2D10 A; 3GYO A; 2FJU B; 2V76 A; 4F7U P; 3PEG A; 3QIJ A; 4MY6 A; 2I5C A; 4QXA B; 3MDB C; 2P0D A; 3D8D A; 2D9Y A; 4H8S A; 1UPR A; 2KGX B; 4A5K A; 2MDX A; 2W2X D; 1TXD A; 3P7Z A; 1Y19 B; 4DX9 0; 4MK0 A; 1Y5O A; 1K5D B; 2ADZ A; 4YL8 A; 4A6H A; 3U8Z A; 3LJU X; 5HE2 A; 3CIK A; 3DCX A; 5HE3 A; 4ZRJ A; 3WA0 A; 1MI1 A; 1WJM A; 1TJ6 A; 3F0W A; 3KY9 A; 3NWF A; 2R2Y A; 2W2W A; 2D9V A; 1UNQ A; 5KQ4 A; 1T77 A; 2Z13 A; 1MIZ B; 1P3R A; 2UZS A; 5IRS A; 4TKN A; 2NBV A; 1V5U A; 1WI1 A; 4GN1 A; 2H7D A; 1V5P A; 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