2NP0 | Genus

Total Genus 418

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	418
sequence length	1290
structure length	1289
Chain Sequence	PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVKPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Botulinum neurotoxin type B
publication title	Structural basis of cell surface receptor recognition by botulinum neurotoxin B. pubmed doi rcsb
source organism	Mus musculus
total genus	418
structure length	1289
sequence length	1290
ec nomenclature	ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date	2006-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01742	Peptidase_M27	Clostridial neurotoxin zinc protease
A	PF07951	Toxin_R_bind_C	Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A	PF07952	Toxin_trans	Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A	PF07953	Toxin_R_bind_N	Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1120.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain	Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain	2np0A02
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	2np0A03
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	2np0A04
3.90.1240.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Zincin-like	Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like	2np0A01

4F34A 3USUB 3K1XA 4A7KA 2ENRA 1YVGA 3JRRA 1AVWB 2ZA9A 1I3HA 3AH2A 4L4HA 4Q9PA 1S0LA 1MS1A 3ZXFA 2OUJA 5IK4A 3WDWA 2W2DB 3LSDA 4R9AA 3INAA 3HALA 2GDFA 4Y1XA 1LU2A 5GZEA 3VKNA 1JYCA 2D6MA 2D7RA 4Q8KA 2AGSA 4YZ3A 5F8WA 1UAIA 4I96A 1LOBA 1AVUA 5SV8A 1APNA 1DQGA 3POYA 4FQ4A 3PG0A 3VWCA 2A8AA 1JY0A 5BQUA 2XB6C 3NF3A 3WZ1A 4BLJA 2BEBA 5FNXA 3HN1A 4A7YA 1FN0A 1JT5A 1ENRA 4I37A 3NV3A 5E8AA 1ONAA 2CWSA 4Y1UA 1Z7HA 1F9KA 3EF2A 1EVTA 5DUWA 1PUUB 2NN8A 2D7IA 3HMYA 3LLPA 3H0OA 4XHXA 4I3NA 3ZC8A 2ZGQA 3ZXGA 2DRZA 1LOFC 2ERMA 1II4A 1F5FA 2ZGTA 4KC3A 4J2YA 2AYHA 4D0ZA 1TIEA 4XHBA 5FZYA 3BODA 4ITCA 3TC2A 5GZDA 3PUBA 4L8QA 4DS0A 3AYDA 4OWLA 2A6YA 1CJPA 2FFVA 2VSEA 3ZYPA 3VKFC 4IZXA 1JQZA 1QDCA 4GOYA 2ISGA 2OVUA 3QLQA 4XFSA 2VH9A 3UL2A 5CNAA 4YW3A 4KEJA 4AVSA 2R16A 1DQ6A 4K21A 4FPFA 4HANA 2OW4A 2FHRA 1T9FA 3ZXLA 3VT2A 4D69A 4GKXA 1NUNA 1PC8B 2JJ6A 1NXD1 1FGAA 1DZQA 3BA4A 3WCSA 3SH3A 3QYDA 2ZACA 1T3AA 1IKQA 1DHKB 4XBNA 1KDMA 4D0TA 5KXEA 1N3PA 3FLRA 2VXTI 2GNTA 2YROA 2KH2A 4EJ5A 4I4RA 1SBEA 1LHVA 4Y24A 1BLDA 2VU9A 2GMEA 1JLYA 3FLTA 4DENA 4WV8A 1AF9A 3RS6A 2ZGNA 2ZGOA 2HWAA 4XJ9A 1K5VA 1SR4C 3O0XA 1FATA 4QKSA 5F8YA 3W59A 2E53A 4IZEA 1LGCA 1HKNA 3FBYA 2Q9XA 1DQ1A 2E7QA 1BARA 4DCKC 4A7ZA 3BRFA 2IMAA 4Z9WB 4KBBA 3UD9A 1LEMA 1GICA 1OQLB 1T4QA 4WBCA 2R1BA 5FZZA 1V6UA 1BZWA 1CONA 1AXKA 2ZKNA 1S0GA 5T5PA 1N47A 3W9TA 2FFUA 2KKIA 4XJ8A 2DYCA 2P23A 1O4ZA 5GLWA 2A6WA 1W3AA 1ULDA 1DQOA 3BOKA 1H9WA 1LOGA 1TOOA 1LGBA 4H55A 2ZHNA 3ENRA 1YO8A 4XFTA 5DUVA 3LSEA 4UW4A 3FFZA 4OEEA 6I1BA 1FV2A 4PC4A 1KITA 1E0OA 1WW7A 4UW5A 2LIEA 5AVAA 1MC9A 3TAYA 1VLNA 3D3XA 2VSAA 3DEBA 4IONA 1UMZA 2ZGRA 2P2KA 5EHAA 2Q5TA 3V79C 1AJOA 2K8RA 1WD4A 3O4BA 1RY7A 2WKKA 3FIIA 3IM6A 1FX5A 3ILFA 3AKIA 2DREA 4OWKA 2AFGA 1MS8A 3QW6A 1W3GA 2DURA 2D43A 4QBCA 5EC5A 2P3KA 2G7QA 2R9KB 1GSLA 3FJCA 1DFCA 1MS3A 1DYPA 4YM2A 3BOPA 5BYNA 3A07A 1LOCA 4CJMA 1FMZA 3LTQA 3V0AA 4MYEA 4EKXB 4M3CA 1W6OA 3AXDA 4CZSA 2R1DA 2Y9GA 1HQWA 1W0OA 2CWMA 1G7YA 5T52A 2Z42A 4ASMB 1S0IA 2VW2A 2FO1A 3FIEA 3OJBA 3WDVA 3DDBA 1U0AA 3CRHA 2ZGLA 2DTWA 4OEGA 1JT4A 1UX6A 1RZOB 3WG2A 3A4UA 1XQNA 1LHUA 3BAVA 1FAYA 3SLIA 4XXAA 2EIGA 4H04A 2Y9WC 4ISRA 1V6JA 5IK7A 3BWIA 1ISWA 1A78A 1AFCA 2ZABA 4I4UA 3O12A 4FOYA 1N1YA 3O4OA 4ISQA 1OFSA 4YGEA 5KXCA 3O44A 2PHRA 1VCLA 3QR5A 2F8XC 1SR4A 3RMXA 5JLVA 4M3CB 3SNMA 3Q7WA 2MIBA 2G7KA 1UZYA 2G7PA 4IQPA 3SH4A 1SFYA 4NO4A 4I4OA 3OGFA 5DG2A 3AFKA 4YG3A 4AGGA 3N7JA 2ILPA 2CNAA 4KEIA 4C1WA 3APBA 2W39A 4TZDA 4OEFA 2EXHA 3ZSMA 1G82A 2KI4A 1DIWA 5EG6C 4M01A 2DUPA 2D23A 2Y9XE 1XYFA 4FPOB 4BMEA 4I4SA 1L2HA 5DZUA 1CE7B 2B7YA 2CYFA 2GNBA 4LBNA 3BAOA 1AJKA 4ENDA 1DJSB 4YW4A 3N7KA 5GAQA 4HJJA 4YOLA 5IK8A 3OPZA 4G6MA 5D61A 1SLBA 5T5JA 1LHWA 2YY1A 3D6EA 2PHFA 1H30A 1OQ1A 4YFZA 2QN4A 3IIRA 3QIXA 1V6VA 1X50A 1J0SA 2D24A 2TEPA 4R6UB 1YXWA 2ARBA 2C9AA 4OW4A 4GWNA 5HCFA 8I1BA 1VALA 2KI6B 1V6IA 2WRYA 2DVAA 3OJ2A 1JHNA 1Q8OA 4LBJA 3ILRA 5GLVA 1BJQA 2HW9A 3AKFA 4JRAA 1MZ5A 1UPSA 41BIA 2ZAAA 2R0FA 1GYKA 2E4MC 2D6LX 3VT1A 3C2UA 3HOMA 5HCBA 3WG4A 4LO7B 4AWDA 1WBAA 3UD7A 4ZLBB 2AUYA 2VW1A 3CA0A 1UN1A 1Q03A 3R4SA 1JT3A 1LHNA 3QIZA 3CU1B 4XDQA 5BP5C 4PF5A 4I2SA 3PVOA 1LENA 1ZM1A 4LBQA 3O3QA 3C8BA 2ARXA 4C1XA 4FOQA 1WW5A 2HWMA 2Q3NB 1M2TB 3NJ5A 1OKQA 5E88A 3NWKA 4ATFA 1V6NA 3WUDA 4JAWA 1ZN3A 3O5SA 5IK5A 1XG6A 1QKQA 4I8MA 2WBCA 1BQPA 3AZZA 3BIWE 2DVGA 1BFCA 2L5XA 4G9MA 3O49A 4GOVA 5KXBA 3BAQA 1S0BA 1ABRB 4FPKA 1MS5A 3BA5A 4USOA 1S1AA 2DVFA 3QW5A 4AN6A 5BQMA 4DQAA 3VEQA 2FDBM 1DQ5A 2UU8A 1GZCA 3POKA 1YBIA 5BOWA 1SCRA 2ZMLA 4QC4A 4FPHA 3T8SA 1IILA 4P9WA 4ZFYB 4YZ1A 1KNMA 3F62B 3MPPG 1S0EA 5BXPA 7I1BA 1W6MA 4LBQB 2V5YA 3B00A 1ISYA 1GZ9A 1TTUA 1R8NA 1V6MA 4ZA3B 1DZDA 3ZC9A 1MACA 1TEIA 5GLZA 3O0WA 3A0NA 4Q26A 2IMCA 2CL2A 2P34A 1IRPA 4LO1A 3M3EA 2A75A 1LODA 1SBDA 1JYIA 1Q04A 1MZ6A 4Y20A 2WT1A 5DZFA 1S0JA 3POWA 1QDOA 4GALA 2ESUA 2R0HA 1RG8A 2ERFA 4AVVA 3CA6A 4Y22A 4J2KA 5BQMB 5F5QA 3VT0A 4X37A 3TB0A 1YI7A 4FP2A 1ISXA 3A0KA 9ILBA 4LBKA 3QW7A 3FJFA 4OUJA 4FPJA 4BOWA 3AZYA 2A6ZA 2D3SA 1K5UA 4DPNA 2X2TA 1JOJA 1W6MB 1W3FA 2NYYA 4I1BA 2D20A 1G9DA 3AZXA 3NV4A 2ISHA 2AR6A 3O4DA 1EV2A 3IM7A 2JE9A 1BXHA 4F83A 2FPQA 4KTXA 2ZHMA 3DDAA 3UJQA 3FJBA 4I6IA 4Z8BA 1RIRA 3AZVA 4YW2A 1YRZA 4Q2FA 2GN3A 5BVPI 4FQZA 1GGPB 3CRGA 3S8KA 4JP0A 3RRDA 2E4MA 3WDUA 2UUSA 4AN7B 1IS4A 2XHLA 2V73A 2XOAA 4Y20B 3MW4A 3WO4A 1V6KA 1ZL5A 3ZURA 4CTEA 2D6OX 4PCRA 5EYYA 5GM0A 1SLAA 3I2AA 1PWAA 4FPCA 3PHZA 1CVNA 4Y22B 4PQ9A 1N1SA 1N4KA 5CA6A 4D8HA 3ZUQA 5DSSB 2E7TA 4EL4A 3IKWA 1RITA 2RHPA 3FJ9A 1ISVA 3Q9OA 2NM1A 3FUQA 2BFHA 1ENQA 2FMDA 4XOGA 3B3QE 3DS9A 2ZGKA 3SISA 1WW6A 5EWSA 3ILAA 1T3CA 3OJMA 3MW3A 3AP6A 3IPVA 5DUUA 5T5LA 3WOGA 1YTOA 3WA1A 1YF8B 1C4RA 2AXMA 1GZWA 2DUQA 2AQZA 3FJHA 5DG1A 3WMVA 1WW4A 5L73A 1IJTA 4CRQA 3UDAA 2PHUA 3CA4A 4X38A 3O0VA 1Y7BA 3WDTA 1UZZA 2XHLB 2HYKA 4WVVA 3RTIB 4GWMA 1S0CA 5KXDA 4EFRA 1ZL6A 1JW6A 2UWCA 4I7IA 3AZWA 1HWNB 1HCDA 1FNYA 3BA7A 5DUYA 3N7MA 4LBLA 1DFQA 2YZ4A 2PHTA 1UKGA 2BEAA 4R9BA 1Q8SA 1PZ7A 5H9SA 3WDXA 3BB2A 1IOAA 2ZBJA 2QN0A 1DBNA 1LOFA 1BA7A 3IPVB 3HSMA 3DGTA 1G9FA 4XTMA 4WZFA 2DUOA 1N1TA 3FJDA 5I1BA 1KRIA 4FVVA 3AX4A 1RINA 3ZXEA 2J3PA 4Y1ZA 1AXZA 5F90A 1H9PA 3QJ0A 2Z49A 4BMBA 3BTAA 1HIBA 4U2AA 4LO2C 4KEKA 1BKZA 1NLSA 3DUIA 4UW6A 3N3HA 1DQ2A 1HWPB 3L2YA 4ZGRB 4P0LA 3R05A 3WO2A 2M49A 1AXMA 4X3AA 1XTGA 4I4XA 4GA9A 1IHKA 2DTYA 1G9AA 3I4IA 2ZR1B 1QQLA 4M3CE 4BLIA 5DVHA 5T55A 1G86A 3C9ZA 1LTEA 4G1RA 2VW0A 4LBMA 4YW5A 2ZQNA 2DWRA 1SLTA 1KJRA 4OWJA 4GXLA 2AAIB 2SLIA 5JOWA 4P9YA 4HR6C 2D1ZA 3I8TA 2DVDA 2DRYA 2XG3A 1F82A 2D3RA 1MVEA 4G6JA 3RSJA 3Q7YA 3ZUSA 1QOSA 3WV6A 4M00A 1Q56A 3CQAA 1YYNA 1Q8VA 3N36A 1CR7A 1VIWB 2GO2A 5JOYA 3ZXKA 1ILR1 4GAIA 3FUOA 5DZEA 3V0AB 1G9CA 1PUMB 1W6OB 3AP4A 2WLQA 1FV3A 1GV9A 1WCSA 1F31A 3POSA 1ONKB 3C88A 1C1LA 4AGVA 3IN9A 1NZKA 2JKBA 2MLLB 2G7NA 1VAMA 1QNYA 2EXJA 1TP0A 3UJOA 1LOAA 3MEPA 2A6XA 3JUTA 4JC1A 1HLCA 1ZA4A 1ULCA 1YIFA 1N3QA 5F8SA 2YV8A 2D6NA 4XIKA 4ZOTA 4J23B 3AJ6A 3MW2A 1M16A 3KM5A 3H6RA 1CPMA 3OGGA 4QBVA 5GJ6A 2NTDA 4M3CF 3WG3A 3V65A 3JU9A 1QOOA 2PHWA 3FJIA 1Z2VA 3S8JA 2EALA 3P6IA 3WNXA 1W6NA 3SITA 1KJLA 3AKHA 1WD3A 1WLDA 5GLTA 3WCRA 4XMAA 2Z48A 3AJZA 5FRAA 1KDKA 3C8AA 1ULFA 2A5ZA 1ENSA 1FWVA 5DUXA 3WINC 2BQPA 5CB7A 4FPGA 3PVNA 5T54A 2K43A 4XKIA 3WLUA 4ELCA 1AX1A 3WG1A 4YFWA 1W6QA 1QXMA 2NMNA 2W52A 5D63A 1QNWA 1Z78A 2R49A 1LHOA 1V6WA 5GZGA 5H9RA 2A97A 5F9TA 2DV9A 1Z0HA 1MS4A 3RQ0A 1BFGA 3I2XA 2D7FA 4GP0A 2LALA 2DS0A 3ZVXA 1IS6A 2WSUA 2DU0A 3CA3A 1E1HA 3H6RB 3BAGA 4QD2C 3FLPA 4FOVA 3N35A 2MC2A 1G8WA 2A3XA 2VLCA 4YM3A 4LO2A 2ETFA 3C89A 3DSEA 1PZ8A 3GALA 2GN7A 3ZSKA 1S0FA 1W6NB 1QGLA 1Q1UA 3NBCA 1IS5A 4DFSA 21BIA 2F2FC 1GBGA 1HWMB 4ZKTB 5CBLA 4Y1VA 3E8LC 3VUOA 3V0BA 5BXRA 3U4XA 3ZXDA 4BM8A 1IOBA 5FZUA 4PBOA 2ZHKA 5FNWA 4EEEB 2ZZJA 2P3IA 1QMJA 5LK5A 2JDZA 3JUUA 2X2SA 1N1VA 1W6QB 2G4IA 2A70A 1SZ6B 5JMCA 1ISZA 1DYKA 4QO3A 1BLAA 3GNEA 4Q8LA 4X39A 4K20A 4XXPA 1FMMS 4XBQA 4Y1YA 2PHXA 1WBLA 4ZBVB 4HEVA 5T50A 4JCKA 4K1ZA 4XJZA 4FPYA 1AVXB 2JECA 2ES3A 3UK9A 1O4YA 2HZ9A 1ZKWA 4EFPA 3P53A 2WT2A 3OBTA 1LJ7A 4DRVA 2D22A 2P3JA 3CA5A 3FGMA 5JOZA 4YW1A 4ZFUB 4L4IA 3BRDA 1DZCA 3NV1A 4WVWA 3O4CA 5E24E 3V0BB 2AH2A 2ZMNA 3VKLA 4RA0A 3WDYA 1CN1A 5JOXA 2GMMA 3QW8A 1R8OA 3IMNA 1ITBA 3RTJB 4LBQD 2NVHA 1JTCA 1JXNA 2DU1A 1AX2A 1SCSA 2ZGUA 1GLHA 3OJVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2NP0A

Total Genus

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Chain Sequence

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