2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
3C95A 3S3OA 1JXBA 4KREA 2O4GA 2Z1JA 4KTWA 1DTTA 2BE2A 2AJQA 2DTUA 4ICLA 3DOKA 4CHNA 4E7LA 3DOLA 4GVMA 4I9LA 5FDLA 4CFCA 2P51A 4BDZA 2QKBA 3B6OA 3MEEA 4RG8A 4W5QA 3OYAA 3K59A 3SV4A 3PO5A 4C8LA 3TI0A 4HCCA 4M42A 4BE1A 2A1RA 3LAMA 3C6UA 4C8MA 3M8SA 5CY4A 4DTNA 1REVA 4FJGA 2NUBA 4GW6A 4B8AB 4B9MA 4KTZA 4E19A 4CEAA 1BQNA 5HRSA 3ZSYA 4HTUA 1U47A 3VQPA 1NK4A 4ZTFA 4MQ3A 3ZT2A 4CERA 3NDKA 1RDCA 1TK5A 2P1JA 1NK0A 5KRSA 4HVJA 2IGIA 1LAVA 1JLFA 4AILC 4DSFA 1Q8IA 4BE2A 4DTRA 3CQ8A 3ZSVA 1VSLA 2RF2A 2P5GA 3VQ5A 4LY7A 5KI6A 4CGHA 3M8QA 5J2NA 4DFJA 1U48A 1FK9A 1WSHA 3MXJA 3LALA 4EP5A 4OJRA 3OJUA 1HPZA 1TK8A 3WNGA 4B9VA 1ASWA 4KI6A 3CM5A 4B08A 1RT6A 4DSIA 1XWLA 3CG7A 3DM2A 3P5JA 1SL1A 4DTMA 1FKPA 3AVNA 1QS4A 1NJWA 4CJRA 4BE0A 5SZTA 5EU7A 4CJPA 3WNEA 4I2PA 4FJIA 3ZT0A 1C1CA 1WN7A 1RTJA 3ZSRA 3U3YA 4O55A 1GOBA 1VSMA 4CJWA 2VG5A 4N56A 3QERA 3QEXA 5D3GA 4CGIA 4RW9A 3NH2A 3SQ0A 3V9SA 4J2AA 2HVHA 4YFUA 1RDBA 2FBVA 4HUGA 2F8TA 4CF1A 2LSNA 3QEVA 4M3RA 1Z25A 1TV6A 3HP6A 3HPHA 4QAGA 4E7HA 3SNNA 1EETA 4CK1A 1XI1A 1NJYA 2KFNA 4FZZA 5J2MA 3OYJA 3OY9A 1QSSA 4NCAA 2HHVA 2O4IA 3TAFA 4CJ4A 2OA8A 1VRUA 3ZT4A 3M8PA 1WAJA 4JRPA 3QINA 3SQ1A 3LAKA 2HHTA 1HYSA 3O3GA 3KLEA 1RNHA 4CJKA 3NF6A 1WNSA 3TABA 1TAQA 5CZ1A 4CE9A 4BDYA 3VA3A 1X9WA 1BQMA 1DTQA 3AVKA 5FRMA 3SUQA 1C1AA 1LAWA 3HVRA 4MFBA 4B3OA 3WNHA 5KTQA 4AHSA 4CEEA 3T1AA 4FLTA 1RBUA 5KGXA 1U4BA 3K5OA 4KHUA 1RDDA 3JYTA 3NE6A 3VQ8A 4OKJA 2HB5A 2IC3A 3T19A 5J2QA 1Q9XA 4AH9A 5T7BA 4H4MA 2X6NA 4OGEA 5HBMA 4E3SA 1IKVA 1C1BA 4DFPA 3DLKA 4RW4A 4CHYA 2PYJA 4B9SA 4KPYA 4E1MA 3TAQA 1BI4A 4DTUA 1BCMA 4RW8A 5C24A 2Y1JA 2DFFA 3PX0A 4FW2A 1HQEA 3ITHA 4KKOA 3DLBA 1ZBFA 4YNQA 1DLOA 5HRRA 4CHPA 1LV5A 1BI4B 4CJQA 1VSFA 5HP1A 3P1GA 1T8EA 2G8UA 4CJTA 4DSLA 3BGRA 4GMJB 3L2VA 4C8NA 3ULDA 1SKSA 1TK0A 4FJ7A 3C94A 1SUQA 1UA1A 4K8XA 4HUEA 1B9FA 3QIOA 2FBYA 3NH1A 3OYEA 4FXDA 2HW3A 1UOCA 3OS1A 3HVTA 3EY1A 5KRTA 4FLVA 1SL0A 4DSKA 3L2QA 3K5MA 2G8HA 2XRIA 3RTVA 5CZ2A 4OPKA 1S1TA 3V81A 4M3UA 3SQ4A 5DK5A 3HT3A 3AVAA 3VQEA 1KVAA 4FJ5A 4QOZB 2HHWA 1TKTA 1X9MA 3SI6A 2JLEA 4E7IA 4IG3A 4KRFA 2VWKA 3AO2A 2HHUA 1TGOA 3CFOA 4FW1A 3TAMA 4CFDA 3AVFA 1CZBA 2QK9A 2IS3A 2RKIA 4CGJA 4DU1A 1S5JA 3OYKA 3S3NA 3OYMA 2F96A 3NBPA 3KLGA 1NKCA 1HJRA 3NHGA 4ELTA 4NYFA 3G0ZA 3L2WA 2RPIA 4IG0A 3CFPA 5E41A 4RW6A 4LSLA 4DTOA 4CEBA 4HUFA 1KCFA 4FJMA 4B9LA 3SYZA 2OZMA 1HNVA 2HNDA 4KO0A 3H08A 4CJ5A 4N47A 4HCBA 4DMNA 4CHZA 3SUOA 1YTAA 2I5JA 4E7KA 1WSIA 4TSXA 4NYNA 4ELVA 4N41A 3SUPA 4Z4IA 1JKHA 4C8OA 4E89A 2HVIA 4CGGA 5JS2A 1RBSA 3LDSA 2BGGA 1T7PA 4M45A 4ID1A 4DF8A 3MXIA 3KLIA 4CGFA 4OGCA 3U6FA 5C25A 1N6QA 2JGUA 2KZMA 2Y1IA 4CEZA 1CXQA 4FM0A 1NK9A 3QEIA 1J53A 1JL1A 3E01A 4KTQA 4O5BA 5J2PA 1CXUA 1L3SA 4OKEA 4FJ8A 2B6AA 3V9WA 1NK8A 5CYMA 4IFVA 1A5WA 2OPPA 3ZCMA 4AHVA 3NCIA 3T3FA 1EXQA 4AHRA 3LPUA 3TR8A 2XY5A 2E6MA 1YT3A 1JLQA 2YNGA 4OKKA 3PV8A 3D45A 1QTMA 2HMIA 2IOCA 3LP0A 4CEFA 4HHTA 1Q9YA 1ZBLA 3ALYA 1QQCA 1TAUA 3WNFA 4DTXA 3RMCA 4E1NA 2GV9A 4EZ9A 4DSJA 3DRRA 3KLFA 2XHBA 4FLYA 3VQCA 1CLQA 1RCHA 1KVBA 1L3UA 3KK1A 3HXMA 3G10A 4KHWA 3VN5A 2YNFA 4H4OA 4IKFA 3DRSA 3VQQA 2G8KA 3O4QA 1RTHA 3F73A 4J2BA 4FLUA 4BWJA 1Z26A 3VQAA 2G8FA 1N5YA 3AVLA 4B9UA 3VQDA 3KIOA 1S1WA 4Q5VA 5CYQA 4DU4A 1RT3A 2YHBA 1IO2A 5HRNA 3HO1A 4LH5A 1FXXA 1ITGA 1D5AA 2Z1HA 3V1OA 1NKBA 1VSHA 1O1WA 2YKNA 4Z4GA 2D0AA 4JS4A 1HMVA 4JRQA 4I9QA 5JS1A 4FJ9A 1TL3A 3THVA 4DF4A 2WONA 3QNOA 1JLEA 1TKZA 1VK0A 2VWJA 2YKMA 1HNIA 3LP1A 1Y97A 4BWMA 3O3HA 3I0RA 3EYZA 5HROA 3RR8A 4KHNA 3ISNC 2OPSA 4Z0UA 2XY7A 3L2UA 4J2EA 2HHQA 1LW0A 4CJSA 1RT1A 4CEOA 1RT5A 1WSEA 3QIPA 1TL1A 4O44A 4ELUA 2X74A 1LWEA 4JS5A 3MXMA 3FFIA 4CF2A 3HJFA 2G8VA 2WOMA 1LW2A 4AHCA 1VSJA 4N5SA 3TAEA 1XHZA 4FCYA 2PYLA 2DY4A 3VQ9A 3D0PA 2ZE2A 2ETJA 4OVLA 1KFSA 4W5OA 1S6QA 1WAFA 3VQ6A 5HLFA 1HRHA 4M41A 1B92A 1WSFA 4DTPA 4F4KA 4CK3A 4I7FA 3DMJA 3HL8A 3O4NA 1FKOA 3LP3A 3OVNA 1JXEA 1KSPA 3KK2A 2Q3SA 3A2FA 4RW7A 4M3ZA 3M8RA 1BCOA 1QHTA 2G8IA 1S9EA 4AHTA 1K6YA 4DTSA 3LPTA 3LWMA 3HP9A 4KFBA 1JL2A 1X9SA 1NOYA 1QSLA 4B9NA 3LWLA 3RR7A 2OYQA 4E7JA 1NK7A 3PX6A 1GOAA 3NF8A 3NGYA 1BIZA 2KQ2A 1EP4A 4DFMA 3KD5E 2BANA 2D0BA 3OYFA 4Z4FA 1G15A 1ZBHA 4ZHRA 1EKEA 3AVJA 4FLWA 4PWDA 1J54A 4ID5A 2HNYA 3DLEA 2F8SA 1YVUA 3QEPA 1BISA 4CJUA 4PY5A 1ZYQA 3DLGA 3AVHA 4CJEA 4CF0A 4IFYA 4CGDA 2D0CA 3K5LA 2QXFA 1A5XA 3DRPA 4DQIA 3O3FA 1KFDA 4J2DA 3VA0A 1I39A 1SKWA 4DWIA 4CEQA 3HPGA 4DFKA 1KVCA 1BGXT 4F3OA 1R0AA 3ZT3A 1XC9A 1RBTA 3CM6A 2QKKA 4FK0A 4FLZA 3NH0A 1QSYA 4DLGA 1L5UA 4W5NA 1W9HA 1J9AA 4XIUA 3AVGA 5I3UA 3KTQA 3RWUA 3P83D 4Z4EA 1VSKA 3JSMA 2KTQA 4FJNA 1IH7A 4F3TA 3NGIA 2OPQA 3K58A 4BACA 3OS0A 2X6SA 4E0DA 2E6LA 3PX4A 3OYBA 2YHAA 3OS2A 1WSJA 2P5OA 1ASUA 4BDPA 3ZSXA 3S3MA 1IKYA 1HQUA 1KTQA 4FVMA 4CCHA 3CYMA 3QO9A 1WLJA 5K14A 2D5RA 3L8BA 4W5RA 3V9UA 1D8YA 2B5JA 1TKDA 5FRNA 1VSIA 3MEGA 1KLNA 2DFHA 2FBTA 3SJJA 3ZSZA 3ZT1A 4CECA 4L8RB 1IKWA 3AVMA 1JLGA 4CHOA 3KD1E 4CIFA 4CEDA 1GOCA 3K5NA 3I0SA 3AVBA 3AA3A 4IBNA 4FJHA 4CF9A 3OYDA 4FM2A 3TWHA 4CK2A 1D9FA 3DI6A 4B8CA 4AHUA 2BDPA 3IS9A 4JLHA 5DMRA 2VG7A 3OYHA 3QNNA 2PY5A 3QESA 1L3TA 3IG1A 4Y1DA 4LH4A 4DS5A 1SKRA 4FM1A 4F8RA 1W0HA 2RN2A 2YNIA 3ASMA 3ZSOA 3EZ5A 4LD0A 1LWCA 3QETA 4NCGA 4M3TA 3RMBA 4FYDA 1S6PA 1TKXA 3CFRA 3RMAA 1J5OA 3L2RA 3AO4A 4N76A 3OYLA 3U3GA 3SV3A 3TANA 2R7YA 3NF9A 1CZ9A 3AA2A 3L3UA 3MECA 4Y1CA 1NK6A 2PZSA 4KHSA 1ZBIA 1C0MA 1IKXA 3HK2A 3PO4A 4IDKA 4CHQA 4W5TA 4C8KA 1RBVA 4LSNA 3IAYA 4KI4A 4H8KA 2OZSA 2Z1GA 1B9DA 4EZ6A 3C6TA 4DSEA 1I3AA 3B6PA 4Z4HA 3TARA 1NJXA 3NAEA 1S1XA 4FJKA 4F2SA 4DQSA 1RBRA 3S9HA 3VQ7A 4CJLA 1C0TA 2IDOA 2Z1IA 4DQRA 1TVRA 3AA4A 4WE1A 1VSEA 3ZSQA 1VSDA 3AV9A 3DYAA 4CFAA 1RT4A 1RTIA 2ZQBA 2FC0A 3LP2A 1S9GA 5I42A 3DLHA 4PUOA 3NF7A 4PA1A 1XHXA 2XY6A 3KKSA 2HHSA 1UWBA 5KGWA 4CESA 3VQBA 1BIUA 1SV5A 1X1PA 1KRPA 2KFZA 1NKEA 2W42A 3IRXA 4FK4A 2ZD1A 4CIEA 3AA5X 4OPJA 1S1UA 4DU3A 4FJLA 3AVCA 2VG6A 1U45A 1RT2A 3ZSWA 4NCBA 1UAXA 3HPOA 1BHLA 5FROA 1BL3A 3V1RA 4DLEA 2A1SA 4CJ3A 3SPZA 3TAPA 4ZTJA 3TAGA 3L3VA 2YNHA 1T05A 2IAJA 3DLRA 3OJSA 4M3XA 4Z4CA 4CJFA 2FBXA 2E4LA 4KHQA 1RILA 3F9KA 1EX4A 3LZIA 1QE1A 2B4JA 1T03A 1RTDA 1C0UA 4FJXA 3K2PA 1JLAA 4R5PA 2GBZA 1SL2A 3MAQA 3RRGA 4F2RA 3SPYA 2HNZA 1VRTA 4O0IA 1A5VA 3MEDA 2G8WA 4EP4A 2XY8A 3KKRA 3NGZA 4DQPA 1ASVA 1D9DA 4DS4A 1S1VA 1LWFA 1NK5A 1MU2A 4CIGA 3SZ2A 1NJZA 3BDPA 5C42A 3PY8A 4M3WA 4KHYA 4OLBA 2DFEA 1WSGA 4QCLA 1F21A 1NOZA 2ITGA 3OYNA 4DQQA 1YTUA 5J1EA 4FK2A 3OYCA 3HYFA 1HYZA 3KJVA 4Q0BA 2EHGA 3V1QA 3RRHA 1JLCA 3V4IA 4B9TA 4FZYA 3VQ4A 4FJJA 3PUFA 4O4GA 3QEWA 3OYIA 3V6DA 1C6VA 3HSTB 3QLHA 4CFBA 3KLHA 4KAZA 3V9ZA 3NFAA 2HHXA 3HM9A 1IG9A 5SWMA 4CJVA 2EX3A 3SUNA 4FLXA 1UA0A 1HYVA 3K57A 3SQ2A 3AO1A 4G1QA 3LZJA 5HRPA 4KB0A 1L3VA 1KLMA 2OPRA 1U49A 3LANA 1RDAA 1ZBUA 3AVIA 4UQGA 2X78A 1U04A 2ATQA 2YV0X 2GUIA 2XO7A 4M3YA 3AO5A 4DG1A 3OYGA 3V9XA 1JLBA 4O0JA 4FZXC 1RT7A 3RMDA 2KZZA 4OLAA 4CF8A 3UIQA 4K8ZA 4PQUA 3AO3A 3I8DA 3KK3A 4DTJA 3SCXA 4KB1A 4I2QA 2KW4A 4KV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LDNA 1VQ7N 1IG8A 3IUCA 2DTUA 4J8FA 3R8EA 1N36K 5EY4A 2VWBA 1QQNA 3B6OA 4RG8A 4W5QA 4M42A 3TI0A 4BE1A 1W2BM 1KAYA 2NUBA 2V7YA 1U47A 3VQPA 1NK4A 1NGBA 1TK5A 1QVGM 4CZMA 1NK0A 5KRSA 5M1OA 4HVJA 4AILC 2QWMA 3CQ8A 4F9OA 2FXUA 4CGHA 5KI6A 3O8MA 3N4PA 3MXJA 3DJCA 3GBTA 3OJUA 3M6GA 3WNGA 3CM5A 1VQLN 4DSIA 3U8XA 3G71N 3DM2A 3QBXA 3VTIA 4DTMA 2P9IA 4IO8A 1NGJA 5SZTA 4DV3K 4GNIA 1RTJA 4RWTA 2P9IB 3ZSRA 2VGMA 2ZWHA 4UY8O 3WXMB 4CJWA 2E20A 2VG5A 5D3GA 4CGIA 4H0XB 4RW9A 3WT0A 3SQ0A 4J2AA 2HVHA 1RDBA 2F8TA 4M3RA 1TV6A 3SNNA 1WB9A 2KFNA 3ID6A 4WQ4A 3WUHA 4IOAL 5CR4A 1QSSA 4NCAA 2OTLN 1BWFO 2O4IA 1VQNN 2HHTA 3Q7CA 1HYSA 3CCRN 3KK7A 3LDLA 1Q7YO 4JI7K 4BDYA 3WXJA 4BRAA 2HBMA 2VYPA 4BY9C 3SUQA 3WQTA 4CZHA 3WNHA 3SJHA 4CEEA 3KHYA 4HWIA 1U4BA 3JYTA 3NE6A 3SAHA 3VQ8A 3HOSA 2X6NA 4OO1J 2PYJA 4RW4A 3EE8A 5DM7L 1S72N 1BCMA 5C24A 3PX0A 3DLBA 1HQEA 3ITHA 4FPAA 1ZBFA 3ZEUA 1T8EA 2G8UA 3P1GA 5FPEA 3BGRA 1NJIO 3FGUA 3FR0A 4DR1K 3K9JA 3ZEUB 4CZKA 4DUYK 4HUEA 3N4QA 3OYEA 4JAXA 5AQUA 3EY1A 2V7ZA 4NLBA 4FLVA 1VAZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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