2O9TA

Beta-glucosidase b from bacillus polymyxa complexed with glucose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 163
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9tA00
4IPLA 4X0NA 4GXPA 4CKQA 4C7FA 4NRSA 2PWFA 2G3IA 4N42A 1E6XM 1I1WA 1I75A 1QBBA 3G6LA 1J12A 1PJ9A 5M3WA 3APGA 3EMQA 4PMYA 4TXEA 3RO8A 2DSVA 1M03A 1B3ZA 2WVTA 2E8ZA 1NOFA 2XG9A 1MQPA 5DT7A 5D9NA 1W3LA 1B3XA 3ECQA 1WO2A 2J7HA 3WH5A 2VVSA 5A8OA 1VEMA 4UQCA 4TTUA 1XSKA 4A3HA 1HN1A 4JFWA 1BSIA 3KL3A 3IAQA 5ABFA 2WB5A 2VL4A 4MB3A 3QR3A 2XVPA 2XM1A 1GW1A 2BY2A 3ALFA 1E5JA 1UHVA 4WJXA 1U30A 4AIUA 3LPFA 1QHZA 2YA0A 5I79A 3AHXA 3M46A 4MNJA 2ZXQA 3CHCA 2E9BA 1JGIA 2ZUMA 3W81A 1C8YA 2J4GA 3NYDA 1N82A 1UD4A 2ZXDA 3QOKA 3T2PA 1BAGA 2GJXA 3A4WA 2VMFA 3ARUA 3AIQA 2UY4A 1QOXA 5LA2A 2WWDA 3BSHA 1Q6GA 4TVCA 3CZEA 3HMCA 2D0GA 4AD1A 1EH9A 3PZ9A 3VDAA 3WNNA 1QI4A 1JFHA 1CDGA 3FXYA 2EPMX 3AFBA 3E1F1 4J3SA 4PMVA 1ZS2A 1A47A 2CERA 1MXGA 3AQUA 3CMJA 8A3HA 3NIYA 1V3HA 4EAMA 1DEDA 5A2CA 3IJ8A 5KZ6A 1W1YA 3VO0A 1QNRA 4ZEPA 4HA1A 4MNLA 2VZOA 2XHYA 3AIUA 1E4NA 4WSJA 3WD4A 1ZBKA 4H8UA 4MJ4A 1V02A 4JFSA 2XSAA 1W1VA 3K8MA 2E3ZA 4BQ5A 4DUVA 3ZMRA 4B15A 2D2OA 2VO5A 1E0VA 2W92A 5ABHA 3WD0A 3VMNA 3GBDA 3NJ3A 2X05A 4CN6A 3U5UA 2WAGA 1OWQA 1UKTA 4FF5A 3SCSA 3MMWA 3RILA 1LWJA 2ZIDA 1LL7A 1LL6A 1UOKA 1KXTA 1V6YA 4QCEA 1CLXA 3ZQ9A 5CG0A 2WMGA 3KZSA 1KWGA 4OKDA 1L8NA 2GVYA 5A8NA 2QMJA 1OGBA 1QI0A 1S46A 3OGSA 1RPKA 3UR8A 2GJRA 3PN8A 5I23A 1FFRA 2WHKA 4UQ9A 2JF6A 1KWKA 4D71A 1R7OA 3RDKA 4P7RA 3MUIA 2JEQA 1XC6A 2WKGA 4AEFA 3MS8A 3PTMA 5A95A 3W37A 5I3DA 3L4XA 5AY7A 4W8BA 3WDIA 4UFKA 5I6SA 4W5UA 1HP4A 1C90A 2D23A 2VI0A 2J7BA 4UCFA 3W82A 4OUEA 1LLOA 4UOZA 3WMBA 4GINA 3MU7A 3SUSA 5BXTA 3WDRA 2QV4A 1UQYA 2X2YA 1UR8A 2OYKA 3WEOA 3WQ6A 2WSPA 3M7SA 1W1PA 2O9TA 2PBGA 2C8NA 3ZSSA 5C70A 2CESA 5FIPA 4PMXA 2WBKA 1ZL1A 3NCOA 2J7DA 1WDRA 5E09A 1I1XA 1KXHA 5E6YA 4W7WA 3WDJA 4HP5A 1E43A 1HIZA 2VCBA 2X1IA 1TVPA 5IFTA 4AY1A 4DM1A 3WMSA 3O6AA 2DSUA 1TUXA 1HL8A 1K9DA 2A3CA 5HPCA 5EFFA 4PMNA 5EMYA 2DSWA 3VX1A 2EPLX 2NT0A 1U33A 3OGRA 4W85A 4PMDA 1K6AA 1TA3B 4AEEA 3VIOA 2NT1A 1LG1A 4AZ5A 2VC9A 2HISA 1MYRA 2WLYA 4XZBA 3MUY1 2OLHA 2ZXBA 3T0AA 4QLLA 5BROA 5CPTA 1Q6CA 2D3LA 3OB8A 4P8XA 4W8LA 5BXPA 1UD8A 2V38A 3UG3A 2WMFA 1AQHA 4P8VA 2YL9A 1JAEA 4EANA 3PHAA 3ARWA 5ABGA 1ISWA 3ZOAA 1F4HA 4E8DA 2UY5A 4L4PA 4MAZA 3VIKA 4UQDA 5I78A 3A3HA 3GYCA 1IV8A 3UR7A 3SIMA 1HL9A 4GZIA 1QVBA 4W5ZA 3T09A 3W27A 2EO7A 3T08A 4ML4A 4UTFA 1JZ2A 1GOIA 4D6CA 1CLVA 3VD9A 4HZ7A 4R27A 2J7CA 2ZWZA 2J78A 3VPLA 1CGXA 1TVNA 4MNKA 1SMDA 1L0PA 4P8WA 1M7XA 1V03A 1UG6A 3AHYA 3PZMA 1UH3A 3WEMA 3VD4A 2ZICA 1OCQA 5GNXA 2FHBA 3S2CA 4Z2LA 1NWRA 3AYSA 4S3KA 3T0DA 1EO5A 1QHPA 3AHZA 1E6PA 1JZ3A 2DIEA 4KRTA 5CZKA 4PN2A 3ZO9A 2V3FA 1EA9C 1E6RA 1PIFA 3ZM8A 1J0YA 1R85A 3EDEA 2ZWYA 1HJVA 1MFUA 1WZKA 2PI6A 3FAWA 2ZUTA 2PWGA 3MO4A 4HMCA 5LA1A 1NOWA 3N9KA 4M81A 1RP8A 3UETA 7A3HA 2XVNA 4AZCB 1V02E 3AMDA 1X1NA 6A3HA 4UOJA 3AMCA 1R86A 3CZJA 4J3TA 2J8FA 4U3CA 1J01A 1KBKA 1VJZA 2YDSA 3OZPA 2DT3A 3BAXA 2BVDA 2WVVB 3RM8A 2XVGA 3W4RA 1BTCA 3SCPA 1R7AA 1V3IA 4BZYA 3CHEA 1RH9A 4RE4A 4OOUA 3NSXA 3VKKA 4V28A 1BHGA 2GUYA 4UOQA 2ZX9A 5DFAA 1GPFA 2DIJA 1F4AA 4AZ6A 3VNYA 3WD2A 4LPCA 3WNMA 3AIVA 1Y7VA 2WCSA 1J9YA 4PMZA 1UD6A 4OOZA 3W53A 1MQRA 2J75A 4M24A 3VINA 1BLIA 3GTNA 1BQCA 4WKHA 1W9BM 1XSIA 2O9PA 4HOWA 2BV9A 2E9MA 1HJQA 1AQ0A 1K9TA 4E4PA 3WENA 1JL8A 3EDFA 1HVQA 5JIWA 3DYOA 4AD5A 4HZ6A 1JYNA 3OGVA 4GZEA 5E9AA 1UWIA 4BA0A 3UEQA 3ZJ6A 2WVUA 3WH8A 5A8MA 4BQ3A 3AXHA 5GPRA 3LPGA 1EQPA 4BCEA 5IHRA 3LMYA 4B9YA 3VGFA 4PTXA 2WCGA 3PZNA 4JCLA 4D6IA 1OIFA 2XJ7A 4DWSA 2DT0A 3DHUA 3OG2A 3CUIA 1V6WA 4MTVA 2YLLA 2ZX5A 2J77A 4W87A 3TP4A 1XCWA 5D8WA 1AMYA 3CBWA 2YL8A 3CZ8A 3SCTA 4PUDA 1O6IA 1ZJAA 2VTFA 5M5DA 2VZTA 1PZ3A 3PTKA 3TTYA 1FHDA 4MB1A 1H09A 4UQEA 4PMUA 4WIWA 5A6AA 5ABEA 2XFYA 5DMYA 5JBFA 4M56A 1GJWA 5CXPA 3U5YA 4URIA 1SFSA 1FFQA 1WP6A 4D1JA 3EMZA 4ATLA 4M82A 4J3UA 1UKOA 1CPUA 4KGLA 3SURA 3WNKA 4JKMA 4U2YA 3ARVA 5D9MA 2CIPA 1UR4A 1V3LA 3PZVA 2VQTA 2IXUA 2WMIA 3L2MA 3WDQA 1PEZA 2J8GA 4CU6A 3RJXA 1JZ5A 3QOMA 4JL1A 1KCLA 3W6LA 4Z2JA 3TOPA 3BMWA 2WHLA 2D0FA 4ZE4A 2W62A 2JIWA 2BNJA 3I3DA 2XIIA 4KMQA 1LJYA 1OGSA 4XZWA 3WNLA 5GNYA 3WBEA 2ZOXA 3CHDA 3CHFA 4U5IA 5BCAA 1CZ1A 3A6OA 4JFTA 2VRQA 1E72M 2DT1A 2XFFA 4J3XA 3AS1A 5CLTA 1H0IA 4D6EA 3PZUA 2EEXA 1CXLA 2BXYA 3GXIA 5BXRA 2MANA 3L4ZA 3QHOA 2VZUA 3MSDA 2WSKA 2FH6A 4AD0A 3L4WA 1UWUA 3UESA 2OSXA 4W93A 3SEPA 3AISA 3TONA 1EGZA 3WQVA 1GOKA 3N04A 1J10A 3K8LA 3OBAA 4UFMA 1CGWA 2ZXAA 1V0LA 1PBGA 3PZTA 2YJQA 5DF0A 4TTGA 3GNRA 1GZJA 3A47A 2CNCA 1SYTA 1CGUA 1OT1A 1W9XA 3MMUA 1LF1A 1PZ2A 2CYGA 4GI6A 5CGMA 1W32A 4Z2GA 2OSYA 1D3CA 2ZUVA 3WEZA 4HOXA 1LL4A 2D1ZA 4WF7A 2YL6A 3ARYA 1UQZA 4M80A 1D2KA 4D6GA 4PRWA 1TZ7A 3A4XA 1CXKA 4H41A 2QF8A 1JNDA 1HKIA 1AVAA 3CUFA 1JG9A 1WZMA 2FGZA 2V5DA 3OLGA 1W9UA 1H41A 2CBIA 4JL2A 4CCCA 1VAHA 1UYQA 2D24A 1E1FA 1KCKA 4PTMA 1FH9A 4X9YA 2XVLA 1GHRA 5M17A 1Q6DA 3RJYA 1OIMA 4AD3A 1V6XA 3BAJA 1HJSA 4W7VA 4QCFA 4GI9A 5FKYA 1QI5A 2D22A 1V0KA 2DPEA 3RM4A 3IJ7A 2CBUA 4P8UA 4UNIA 2PWEA 6CGTA 3VOCA 1ZBCA 1BG4A 1FP9A 1QPKA 3O9NA 1UR9A 3VMPA 4H8VA 1E4IA 3ZIZA 5JBEA 4WK9A 1OM0A 2CETA 1IZKA 1ZJBA 4NZCA 4KWUA 3GH4A 1ESWA 2W4XA 4LYPA 1W9VA 1CXFA 4LQ1A 3FHQA 1VF8A 2VRKA 2QPUA 3PBGA 5IHSA 4L4OA 3ARTA 3WQ8A 3L4UA 4PMRA 3GH7A 4KGJA 5A8QA 3W24A 3JUGA 1KXQA 4UZUA 4ZXOA 9CGTA 5HDRA 1FH7A 1WPCA 4ZFMA 1XCXA 2V3GA 3VIGA 1BGGA 1E5NA 4GIAA 1QHOA 3FHAA 4JZ5A 3VDBA 1KGWA 4MJ2A 2D3NA 1FH8A 4NF7A 4TVDA 4CD7A 2J7GA 1NP0A 4JFVA 2JFEX 1JZ7A 4D6FA 1G9HA 2XGBA 4H8HA 1TFVA 1KR1A 1GNXA 1CBGA 4AXNA 1XD0A 2BHUA 3VD5A 1CGTA 1W2PA 4CN4A 3PZOA 4PCSA 2IUZA 5CSUA 5E70A 4HU8A 1UUQA 1BF2A 5FL0A 1VFOA 4MADA 4E8CA 1OINA 5FL1A 3ARPA 2GK1A 1WB0A 4OBRA 4B3KA 1BGAA 4YHGA 5I24A 2DH2A 2Y8KA 3CTTA 4ACZB 2XYLA 1C7SA 3KL5A 3F5LA 5A3HA 5A1AA 2WZIA 1EHAA 1HJWA 1KGXA 4F66A 1E3ZA 2V3DA 5FD0A 1VFFA 1TMQA 4PYSA 3WL1A 2BHZA 3WN6A 2YIHA 5A6LA 4CU8A 2WKLA 1ISVA 4P7NA 2XFRA 4JCMA 1E56A 2WMIB 1W91A 3EMCA 3II1A 4LGXA 5C71A 5A6SA 4OZOA 1HP5A 2J47A 1HKMA 1JDDA 2X0YA 3CUJA 2G8ZA 3I3BA 3WD3A 3AIBA 1UH2A 1CIUA 2PBOA 3GXMA 2C0HA 4RE2A 4YHEA 1DTUA 2CXGA 3KL0A 5FOOA 1MWOA 3MV11 4GKLA 3T0BA 3WF4A 3GBEA 4XUYA 2OWCA 2DT2A 2ZUSA 1KXVA 3VNZA 5BWFA 5GQBA 5HXMA 3CUGA 4QDMA 2Z1KA 4ZENA 2PF0A 5FCZA 1V6UA 4MAVA 3WQWA 2CITA 2FDMA 2EJ1A 3ZJ8A 1VRXA 2G4FA 3VGDA 4BQ4A 1KFWA 4U3AA 7TAAA 3HJEA 3N12A 3VDHA 1UR1A 1J0HA 3AJ7A 4EK7A 2WMKA 5A6JA 2WZEA 3TTSA 3UG4A 1E6ZA 2YDQA 1B9ZA 1JXJA 4WKFA 1JD7A 3BCFA 3THDA 2F8QA 1PX3A 3WF0A 1KQYA 4FLQA 5ABFB 3GDBA 2QPSA 2Y4SA 4LYRA 1VBUA 3WQ4A 4C7GA 1UR0A 1VENA 1NWSA 4RL3A 2XGIA 1UH4A 3SUVA 1ISXA 4EE9A 3UCQA 1E9LA 1E6SM 4BS0A 3SCQA 5HBFA 3AIEA 2G3NA 4D1IA 5TD4A 3BAKA 1ECEA 1OB0A 1GHSA 2AOSA 1ODZA 2GJXB 2WZHA 2QMKA 2ZUNA 1OSEA 3VM7A 3WUGA 1NH6A 2J62A 2YKKA 3T2QA 1UWTA 4W7UA 2W5FA 3ZR5A 2XTKA 1J0ZA 3VVGA 1XV8A 1UWRA 4Q22A 1CEOA 4NRRA 1DP0A 2VCCA 4JIEA 2PWDA 2A3BA 4C7DA 2VX7A 5CJ5A 3CZKA 4DUWA 1PPIA 3FNDA 4WKAA 4BQ2A 4JKLA 2BFGA 4N0RA 1JYWA 3POHA 4D6HA 1W9DM 3SCVA 8CGTA 4UFIA 5LYRA 3AXIA 1CNVA 1VEOA 2VQUA 1VEPA 3CZLA 2XWDA 1C8QA 3WY1A 1OD0A 1UWQA 1WAWA 1W9PA 1TCMA 2VZVA 3HU7A 2W91A 1JF5A 3S6TA 3IJ9A 3VD7A 1VBRA 4ZXLA 3EDJA 1CXHA 4PUEA 1P6WA 5EFDA 2VCAA 3DECA 1CXEA 2E9LA 4J3VA 1NOUA 1V3KA 3RPMA 3GNPA 1KBBA 4P7LA 2BHYA 3KWXA 4HA3A 1EO7A 2EBNA 2XM2A 4ZE5A 3AZRA 3CLWA 3MANA 5BRQA 2TAAA 2Y24A 2YDRA 4U5KA 2WM0A 4J7RA 2FHFA 1KQZA 1V6VA 2VX5A 3IK2A 4GQRA 4UR9A 4J28A 4E2OA 2VJXA 3K46A 4F8XA 2E8YA 4MB5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IPL A;  4X0N A;  4GXP A;  4CKQ A;  4C7F A;  4NRS A;  2PWF A;  2G3I A;  4N42 A;  1E6X M;  1I1W A;  1I75 A;  1QBB A;  3G6L A;  1J12 A;  1PJ9 A;  5M3W A;  3APG A;  3EMQ A;  4PMY A;  4TXE A;  3RO8 A;  2DSV A;  1M03 A;  1B3Z A;  2WVT A;  2E8Z A;  1NOF A;  2XG9 A;  1MQP A;  5DT7 A;  5D9N A;  1W3L A;  1B3X A;  3ECQ A;  1WO2 A;  2J7H A;  3WH5 A;  2VVS A;  5A8O A;  1VEM A;  4UQC A;  4TTU A;  1XSK A;  4A3H A;  1HN1 A;  4JFW A;  1BSI A;  3KL3 A;  3IAQ A;  5ABF A;  2WB5 A;  2VL4 A;  4MB3 A;  3QR3 A;  2XVP A;  2XM1 A;  1GW1 A;  2BY2 A;  3ALF A;  1E5J A;  1UHV A;  4WJX A;  1U30 A;  4AIU A;  3LPF A;  1QHZ A;  2YA0 A;  5I79 A;  3AHX A;  3M46 A;  4MNJ A;  2ZXQ A;  3CHC A;  2E9B A;  1JGI A;  2ZUM A;  3W81 A;  1C8Y A;  2J4G A;  3NYD A;  1N82 A;  1UD4 A;  2ZXD A;  3QOK A;  3T2P A;  1BAG A;  2GJX A;  3A4W A;  2VMF A;  3ARU A;  3AIQ A;  2UY4 A;  1QOX A;  5LA2 A;  2WWD A;  3BSH A;  1Q6G A;  4TVC A;  3CZE A;  3HMC A;  2D0G A;  4AD1 A;  1EH9 A;  3PZ9 A;  3VDA A;  3WNN A;  1QI4 A;  1JFH A;  1CDG A;  3FXY A;  2EPM X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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