2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
1N8RO 5GAEP 3CC7N 1NJIO 1OVYA 5H1SQ 1VQPN 1VQLN 3I56N 1YJNN 4WCEL 4IO9L 1VQ9N 1KD1O 3PIOL 1Q82O 1VQ5N 3CC2N 5MLCQ 1K8AO 1S72N 3CCVN 3CF5L 1JJ2M 1W2BM 3PIPL 2OTLN 1VQMN 2QEXN 3CCLN 3CPWM 3CD6N 1YHQN 1VQON 3G6EN 4UY8O 3J7ZO 1KQSM 3I55N 1K9MO 5DM6L 3CCUN 5GADP 1K73O 1YIJN 1QVFM 1YI2N 1YJ9N 3CC4N 4WFBL 1M1KO 1Q81O 3CMEN 1VQ8N 1YITN 5DM7L 3G71N 5HL7L 3CCQN 5JVHL 1VQNN 3CCRN 4U67L 1Q86O 1YJWN 3CXCM 5JVGL 3CCSN 3OW2M 3CCMN 3CCJN 2ZJQL 1KC8O 3CCEN 1VQ7N 4WFAL 2QA4N 1VQ4N 3G4SN 2ZJRL 4WF9L 1VQKN 1Q7YO 2ZJPL 5GAGP 3CMAN 1VQ6N 1QVGM 2OTJN 4WFNL 1ILYA 3DLLL 4IOCL 5GAHP 4IOAL 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F5TA 1OH5A 4FVUA 4K25A 1NK0A 3CJAA 1RGIA 4ELUA 1OVYA 3MN5A 4B3RK 3F9MA 5CR4A 2GV9A 3D2FB 4DKWA 1X9MA 4M3ZA 2QWNA 3AO1A 3TANA 1RDUA 3PIOL 4DR7K 1ATRA 3C6TA 3M8SA 1CLQA 2Y1IA 3DMJA 3CF5L 4JKEA 3U4LA 1W2BM 5AQNA 4EHUA 3VQ6A 5LL6Z 4OPJA 4H0VB 1HYSA 4PUOA 1XI1A 1N34K 3KLGA 3EL2A 3FZMA 3K5OA 3T1HK 2X6NA 3MECA 2BH1A 4IXCA 4CGJA 2O8DA 4M63C 5M1KA 5CZ2A 4HCCA 4DU3A 1OVQA 1NGEA 2ETJA 4KRFA 2GWKA 3V9WA 1U48A 2FF3B 4DSFA 3IMXA 1Y64A 4KHNA 2NZTA 4CFAA 4LF7K 3EYZA 1P90A 1YUWA 4BRGA 4H5RA 1DLOA 5JVHL 4OO1J 3UKUB 1HJOA 4G1QA 1U49A 2P5OA 4CJKA 2G8HA 4RW7A 2P9SA 3VQ8A 2ZQBA 1YAGA 4FJ5A 3TTCA 2PY5A 4N47A 3ATUA 1QQCA 4O0IA 4E0DA 2QKKA 2HHSA 2A41A 3SI6A 2D0OA 1LAWA 5HRSA 1HNXK 1SL1A 2WC9A 4CHOA 1ZXOA 3HM9A 4WYBA 4GVEA 2HHTA 3RWUA 4I6MA 3SYZA 4AILC 1ILYA 3E01A 3LAKA 3BZKA 3VQEA 4DFPA 4YOXA 4BE1A 2QWRA 4YDUA 4LH5A 4DV3K 4JD2B 4E7JA 1BQMA 4DSIA 1J6ZA 4BDZA 2FBTA 4LF8K 4FOIA 2G8UA 2V7ZA 4KKOA 3C65A 3OS2A 3OYDA 3M3ZA 3BGRA 5EX5A 4HTLA 1BHLA 2E2QA 3OYAA 2A40A 5M1FA 2WUSA 3I8BA 1GLJO 3AA5X 1JJ2M 3GOIA 4KTWA 2O8FB 4JEPA 3LM2A 2P9UA 3SZ2A 2ZGZA 4X64K 5J2PA 3S9HA 3TTDA 3J7ZO 1JLFA 3EKUA 1WNSA 2NRZA 1RT6A 3HBTA 3I55N 4EZ9A 2AP1A 4IJNA 3FE1A 4JI1K 3KD5E 1K73O 5FRNA 3GE1A 1QVFM 4KHQA 3ZETA 4KI4A 2VG6A 1W0HA 3HYFA 3CMEN 3HVRA 2ZF5O 3B6OA 3AAPA 4PKHA 3ZSOA 3LDLA 5KRSA 1RT3A 4OJRA 1HNZK 3PX4A 3IRXA 2A1RA 3M5RA 3LP1A 3QINA 2YJEA 3MWPA 1ASUA 1SAZA 3KLEA 4E7KA 3OW2M 3KWGA 3ID8A 3QETA 3LM9A 3OJUA 3LDQA 4MLHA 4BRAA 4NCBA 2DTUA 2NRVA 5GIOA 4KAZA 2F9WA 5LJWA 4J2DA 2W41A 1TKZA 3ZSZA 1ATNA 3CYMA 4O8UA 1RNHA 4CFDA 4ELTA 5K14A 3E9LA 3DLBA 5LY3A 3DJCA 2RHKA 2YCHA 1LWEA 2BANA 2KZZA 3SPZA 3BP8A 4XEIA 1WAJA 2OANA 3TSQA 4IOAL 4WE1A 4BC3A 1OH8A 3AVAA 3OYMA 4KB1A 2OPPA 1WBBA 1Q18A 3SK3A 3OS1A 4FZZA 1SQKA 3QLHA 4DLEA 5BREA 3QEWA 4O8KA 1WOQA 2FXUA 3VEZA 1QTMA 1EXQA 3SMPA 2D4WA 3NVMA 3CCVN 1HNWK 1JLBA 1J5OA 4J8FA 3DLGA 3QNOA 4CJQA 4KB0A 2E6MA 3ZLJA 1YF5L 4JI2K 5BRDA 4CEOA 1VQON 2O8BB 4FO0A 5KGXA 5F1XA 4Q5VA 4NCGA 4NXMK 4K0KK 4CIGA 3D2EB 2PYJA 4WQ5A 3FFKB 4JI8K 1TL1A 3KLIA 4HCBA 4DQRA 2A3ZA 3ZSRA 4CERA 3OYEA 4FWPA 1RDCA 1IKVA 1NWKA 4FYDA 1RTHA 4WFBL 2F9TA 2YNIA 4CD3A 1TYQB 2P9LA 3O6WA 2D5RA 3ZEUA 4GMJB 4LF4K 3T7ZA 4BWJA 3MEGA 2YJFA 3O5BA 2IDOA 4BVPA 2OYQA 3R8EA 4QCLA 3M1FA 3M8RA 3CXCM 2QXLA 2ZJQL 5IT9O 1KC8O 3CCEN 2IVNA 2YNFA 4CGHA 4MO5A 5I9EB 3HL8A 3D45A 3QMLA 4CI6A 4DR4K 1DGKN 3P39A 1IG9A 3VGMA 1NGHA 1IKXA 4B1ZA 1T3VA 4OKJA 4B3MK 2XO7A 3TSPA 2F8SA 4B9VA 3SBGA 4CGDA 3J7YP 3JSMA 3C6UA 4FJNA 5EY4A 4DHYA 1RCHA 2XRIA 1LV5A 2UXBK 4E1MA 3T69A 1T6DA 4AF1A 1TUYA 1KRPA 2O8EB 3M8PA 2W6KA 4UQGA 4DTOA 1NJIO 4DUYK 1BOTO 2OCEA 1NK4A 4CJWA 5M1OA 1D4XA 1T44A 2QW9A 4JHDA 3ATVA 4EFHA 4RW6A 4KTZA 3UB5A 3UE5A 3V9ZA 3TTFA 5AQLA 4BRNA 4NCAA 3SUOA 3EKSA 3G25A 1K8AO 2O4IA 1Q8IA 3WXMB 1S6PA 3C6HA 3LP0A 4JI7K 4QOZB 3E1YA 1N32K 3MN6A 1NJZA 5ELZA 4B3OA 5DMRA 4UY8O 4EIAA 5E26A 3VEYA 4HTUA 3TPQA 2I7PA 1BCOA 1JXBA 4DWIA 1E4FT 1HQUA 4CBWA 1YVUA 4YFUA 4DQ8A 3ZCMA 2HW3A 1BU6O 5HRRA 4FWKA 4A59A 3TAPA 3KWIA 2NNWA 4BR4A 4W5OA 2XHBA 4CZIA 2PFUA 4AQYK 3HPGA 4IFYA 5C2DA 4H03B 1JL1A 3VGLA 1VSLA 4DB3A 4KHWA 2BDPA 4CF1A 4B9TA 3TAMA 4DQPA 4NXNK 4GV6A 3SCXA 1NM1A 5AQRA 4OPKA 4DTJA 3NH2A 3L2VA 3O3FA 5CYQA 2P9PA 3CCMN 4K8XA 1BI4B 3IAYA 3DM2A 3LL3A 1BA1A 3MCPA 3TABA 3SJJA 1S3XA 3KIOA 3NVKA 3O9RA 1Q7YO 4CFBA 2B5JA 2HBLA 1S1WA 3K59A 1N36K 4BWMA 3V9XA 3VQPA 4CJLA 4NYNA 3O80A 2I7NA 4OPHA 2FSNA 3AVLA 3V1OA 3WQTA 4FSVA 5CHIA 4YOUA 5D3GA 5GAEP 1KLMA 5E41A 3VQ4A 5AZIA 3P83D 3BDPA 1NGAA 1K8KA 4C8MA 3CC7N 3HRGA 3V9UA 3HOSA 3C7NA 3JXUA 1TUUA 3KHYA 1Q9YA 3VF6A 1QSYA 3BF1A 1VQPN 2KKZA 4CJ3A 4KHPK 3Q7BA 3KKRA 4IZ9A 4W5QA 2P1JA 3WEEA 3ZSYA 3AARA 3AVGA 5FDLA 1IKWA 2IIRA 3CG7A 1NGDA 3C94A 1E4GT 1FJGK 4H5WA 3U9DA 4LH4A 3OYLA 3KZBA 3QICA 5SZTA 3GBTA 1BWFO 4DV7K 2VYPA 1P8ZA 4RTFD 3FZLA 2DFHA 1X9SA 3IG1A 1WSFA 1ATSA 4PL7A 1HR0K 2YHXA 3R6MA 3MEDA 3OYNA 5GINA 4Z4GA 2WOMA 1K9MO 3HO1A 3ULEB 4DTMA 3C95A 4V19S 1JCFA 1SV5A 1XHZA 3S3MA 2G8KA 3S41A 4OLAA 1MA9B 1NK6A 5F2RA 3WT0A 3D2FA 2A1SA 1D9FA 3W3DA 3LZIA 4DFJA 5FRMA 2OPRA 3I8DA 1YITN 2HHQA 1L5UA 3SUNA 5FPMA 2HVHA 4Z4HA 5KGWA 3SLCA 4LFCK 4FM1A 4XH5A 1U45A 3QO9A 4IKFA 2NRWA 3QDKA 3LAMA 3BY5A 1NK9A 4CJVA 2HSTA 2V7YA 3P5JA 3RRGA 2X6SA 2E1YA 4JKAA 1D5AA 3D7EO 1JCGA 4E7LA 3CMAN 3WNHA 4FOEA 3ZT4A 4E3SA 5LMNK 1VQ6N 4BVOA 3TI0A 3DYAA 4WFNL 2B4JA 3CERA 3O4QA 2IVPA 1SZ2A 4M3UA 1CXQA 3UKUA 2UXCK 4LSLA 3QFPA 1CZAN 3AVCA 3VTIA 3J7AP 3DLEA 5J2NA 1GLDG 3EZWA 1DTQA 1KAXA 4YOYA 3VERA 2PZSA 3RMAA 1VSMA 3S3NA 4PY5A 2E20A 4C8KA 4JRQA 1O13A 1S22A 2KZMA 3F2KA 4CK2A 5EU7A 5C25A 4CZEA 2OZMA 3VF4A 3CQXA 4CHPA 5C24A 4DR3K 2QKBA 4PKIA 5F0XA 4BRPA 4DFKA 3TU5A 3ISNC 3THYB 3KK3A 3H1VX 2HBMA 5AQPA 4QS8A 4M7XA 5JICA 4M3XA 1NKBA 4FJJA 3MEEA 3ENBA 4PL8A 1NGCA 3DWLA 3F73A 2JWLA 4M3TA 1XUPO 2UYTA 4DFMA 1X9JA 4JD2A 4DG1A 3ZSVA 3OTOK 3CQYA 2QTDA 4AHSA 2HMPA 4JS4A 3HI0A 4CGIA 4FWNA 1GOCA 4NB4A 4U7BA 2F8TA 3DRSA 3U6FA 1FKOA 1TK5A 3H3NO 3E9OA 1ZBLA 4M7YA 4BG8A 4YDUC 3VN5A 3OS0A 5AFUH 4CJ7A 5AQIA 3G71N 4JKBA 1C0TA 3ZT2A 2ATQA 2O8FA 1TKTA 1N33K 1WSGA 3I0RA 4JI0K 1QHTA 2Q1NA 4BRKA 1YJWN 3O3GA 2PYLA 3AA3A 3TAFA 1QZ6A 1UWBA 5AFUA 4OKKA 4DTNA 4H0PA 2I5JA 4I7FA 1LWCA 4B9MA 3O9TA 2O8CB 1Z25A 2KTQA 3OYJA 3ZX0A 4CZFA 1K6YA 1SL2A 1NBWA 2ASPA 2YHBA 1WN7A 3CFPA 1QVGM 3ENHA 4F2SA 1S9GA 3SQ2A 2VG7A 3EEQA 4BRQA 3QIOA 2DFEA 4DR2K 4FJIA 1UAXA 1MWMA 3CFRA 5AQUA 4GVMA 3AY9A 3JAMO 4FLUA 4I9QA 4ILJA 4FLWA 1NU0A 4FJHA 5A2QO 3QB0A 5BRHA 5CE3A 4YOVA 2OA8A 4DSJA 1HMVA 3F9KA 1LWFA 3DOKA 3TAEA 4C1NI 4OLBA 4FWMA 2D0CA 4DSKA 2UUBK 2HMIA 3NHGA 1QQOA 3L2WA 2FBXA 3OYFA 2YNGA 4CEAA 1MWKA 4YOWA 1TK0A 4KH4A 4BE0A 4WQ4A 3THVA 1S9EA 5AQGA 3EO3A 3HP9A 4FWSA 1L3SA 1KCFA 1V4TA 4BRIA 4I9LA 4F8RA 4CJSA 3HSCA 1XC9A 4L8RB 5KRTA 4DTPA 4CHNA 4EZ6A 5BRFA 1NGJA 3CHWA 3AV9A 5AQWA 4IEIA 3WXLA 1TL3A 1WSHA 2IVOA 4KTQA 3CM6A 3NF6A 3HPHA 5C0YA 3LALA 1N5YA 4DTRA 1S1XA 1ASVA 3RMCA 3MN9A 1CXUA 1Q86O 3V6DA 4W5NA 3H6EA 4I2PA 4K8ZA 2O8BA 3H45C 2G8FA 5AQZA 3CQ8A 4AHTA 2NRRA 1SKRA 3D2EA 2O8DB 1RT5A 4CZLA 4C8LA 2PBDA 1VSDA 2P5GA 1RTIA 4CJ4A 4ILGB 3L2RA 2WBNA 2BE2A 3ZX3A 1LAVA 4Z94A 1NGGA 4A2AA 4WQ5C 4CF8A 2HNYA 1RBSA 4N41A 1TYQA 4JNEA 3DLRA 1OH7A 4FJGA 4LF9K 5GAHP 3H08A 3EZ5A 4KV8A 4FJ8A 3A5MC 2XY6A 1IBLK 1TK8A 3L2QA 2YI1A 4NLCA 1VHXA 2P9SB 3MN7A 3FR0A 4CK1A 5H1SQ 1ZBHA 5HRNA 5E84A 3AGRA 1WB9A 3UKRA 1DTTA 2V52B 2BGGA 2P9NB 2OZSA 1RT4A 2O4GA 3O08A 4O4GA 4YORA 4CECA 1VQ9N 1TKXA 2VQEK 4FK2A 1MDUB 4BDPA 1GOBA 1W97L 4DSLA 4AM6A 3PX6A 1GLBG 5EOYA 3DXMB 1BL3A 4JK9A 4FVMA 1HJRA 1S1TA 4FK4A 3G10A 2D1KA 1C1AA 1HPZA 4ISGA 4ZHRA 3ZT0A 3SAGA 2O8EA 3ASMA 4FLYA 1EX4A 5DM6L 3CCUN 2WFBA 5GADP 4KFBA 4JI5K 4OPAA 3RMDA 2G8VA 3CJ7A 1QQNA 4OGEA 5FPEA 1HKBA 3QFUA 2CGJA 3JS6A 4HUFA 5AQVA 1C0MA 2JWKA 4LSNA 3NH0A 1VSIA 3AVFA 3IS9A 1QSSA 1R0AA 4B3TK 2B6AA 3U8XA 1X9WA 4FCYA 4FL9A 2D0PA 4H0TB 4O0JA 4B9LA 3A0IX 3PY8A 1IJJA 1J9AA 5AQKA 3O9QA 1RTJA 4CF9A 3CCJN 4K41A 4C23A 3HJFA 1VQ7N 1VQ4N 4ZTFA 1RT1A 1UA0A 3VEVA 1U04A 3BF3A 3M6GA 3P4IA 4QAGA 4BR5A 3VQ7A 4O44A 1JLCA 4IFEA 4O5BA 5KTQA 3ZETB 5CYMA 3S3OA 5AZJB 2QWQA 2OTJN 5C15A 3ITHA 4Z4FA 3DXKA 4DTUA 4JKDA 4B9NA 1KVAA 3T19A 1I3AA 3ZX2A 3U9ZA 4KREA 1I39A 3K9KA 4DR6K 2QXFA 4E1NA 1IV0A 4KHYA 4DV1K 1BI4A 3OBWA 4H5NA 3DI6A 1BA0A 2HBJA 3R3LA 4RW9A 1QSLA 4TSXA 1U2VA 3GDQA 4EP5A 4CJTA 3ALYA 3LDPA 2UUAK 2QEXN 2GUPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N8R O;  5GAE P;  3CC7 N;  1NJI O;  1OVY A;  5H1S Q;  1VQP N;  1VQL N;  3I56 N;  1YJN N;  4WCE L;  4IO9 L;  1VQ9 N;  1KD1 O;  3PIO L;  1Q82 O;  1VQ5 N;  3CC2 N;  5MLC Q;  1K8A O;  1S72 N;  3CCV N;  3CF5 L;  1JJ2 M;  1W2B M;  3PIP L;  2OTL N;  1VQM N;  2QEX N;  3CCL N;  3CPW M;  3CD6 N;  1YHQ N;  1VQO N;  3G6E N;  4UY8 O;  3J7Z O;  1KQS M;  3I55 N;  1K9M O;  5DM6 L;  3CCU N;  5GAD P;  1K73 O;  1YIJ N;  1QVF M;  1YI2 N;  1YJ9 N;  3CC4 N;  4WFB L;  1M1K O;  1Q81 O;  3CME N;  1VQ8 N;  1YIT N;  5DM7 L;  3G71 N;  5HL7 L;  3CCQ N;  5JVH L;  1VQN N;  3CCR N;  4U67 L;  1Q86 O;  1YJW N;  3CXC M;  5JVG L;  3CCS N;  3OW2 M;  3CCM N;  3CCJ N;  2ZJQ L;  1KC8 O;  3CCE N;  1VQ7 N;  4WFA L;  2QA4 N;  1VQ4 N;  3G4S N;  2ZJR L;  4WF9 L;  1VQK N;  1Q7Y O;  2ZJP L;  5GAG P;  3CMA N;  1VQ6 N;  1QVG M;  2OTJ N;  4WFN L;  1ILY A;  3DLL L;  4IOC L;  5GAH P;  4IOA L;  1M90 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F5T A;  1OH5 A;  4FVU A;  4K25 A;  1NK0 A;  3CJA A;  1RGI A;  4ELU A;  1OVY A;  3MN5 A;  4B3R K;  3F9M A;  5CR4 A;  2GV9 A;  3D2F B;  4DKW A;  1X9M A;  4M3Z A;  2QWN A;  3AO1 A;  3TAN A;  1RDU A;  3PIO L;  4DR7 K;  1ATR A;  3C6T A;  3M8S A;  1CLQ A;  2Y1I A;  3DMJ A;  3CF5 L;  4JKE A;  3U4L A;  1W2B M;  5AQN A;  4EHU A;  3VQ6 A;  5LL6 Z;  4OPJ A;  4H0V B;  1HYS A;  4PUO A;  1XI1 A;  1N34 K;  3KLG A;  3EL2 A;  3FZM A;  3K5O A;  3T1H K;  2X6N A;  3MEC A;  2BH1 A;  4IXC A;  4CGJ A;  2O8D A;  4M63 C;  5M1K A;  5CZ2 A;  4HCC A;  4DU3 A;  1OVQ A;  1NGE A;  2ETJ A;  4KRF A;  2GWK A;  3V9W A;  1U48 A;  2FF3 B;  4DSF A;  3IMX A;  1Y64 A;  4KHN A;  2NZT A;  4CFA A;  4LF7 K;  3EYZ A;  1P90 A;  1YUW A;  4BRG A;  4H5R A;  1DLO A;  5JVH L;  4OO1 J;  3UKU B;  1HJO A;  4G1Q A;  1U49 A;  2P5O A;  4CJK A;  2G8H A;  4RW7 A;  2P9S A;  3VQ8 A;  2ZQB A;  1YAG A;  4FJ5 A;  3TTC A;  2PY5 A;  4N47 A;  3ATU A;  1QQC A;  4O0I A;  4E0D A;  2QKK A;  2HHS A;  2A41 A;  3SI6 A;  2D0O A;  1LAW A;  5HRS A;  1HNX K;  1SL1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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