2QK9A

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 18-mer rna/dna hybrid
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
SHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qk9A00
1J53A 3FFIA 4FJKA 4DTJA 2HHQA 3OJSA 4LD0A 4DTOA 2YNIA 4LSLA 2JGUA 3AA2A 3B6OA 1U4BA 1JLAA 4BE0A 3EYZA 3V9XA 5J2QA 1ASVA 2Z1IA 2IOCA 1QHTA 1Q9YA 1C1CA 2D0AA 3HT3A 4CJUA 3V81A 4CJSA 4CK1A 4LH4A 4ID5A 4K8ZA 2OA8A 3O3FA 4Z4EA 2HNYA 4Z4HA 4E3SA 4H4MA 3V9SA 4ICLA 4KTWA 4O0JA 4BDZA 2AJQA 3LZJA 2ATQA 3WNFA 1JL2A 3AO2A 1WN7A 4CEFA 4J2EA 3HJFA 4RW8A 2PYLA 1IO2A 4C8OA 4PUOA 1T05A 3CFPA 2D5RA 4W5OA 1BI4A 1NOZA 4B9LA 4OVLA 1HYZA 4KHWA 3H08A 2VG6A 1QS4A 4B8AB 3DM2A 4KHSA 2KFNA 1BQNA 3M8PA 1TK5A 1VRUA 4PQUA 3VQCA 4I9LA 2HHSA 4EP5A 4CF1A 3NDKA 1ZYQA 3LALA 2FBVA 1JL1A 3AO5A 3F73A 4KB0A 4CJQA 1NK0A 3VQDA 3LWLA 1TKXA 4DF4A 4FJ5A 4EZ9A 3OS0A 4FM0A 4CFBA 2BANA 5CZ2A 4DTNA 1UWBA 5HRPA 3RR7A 3QESA 1VSJA 1RTIA 3AV9A 3NFAA 4CEZA 4KO0A 4KTZA 3KIOA 3ZSQA 3D0PA 4RG8A 3L8BA 1RBTA 2VG7A 5SWMA 1KFSA 4E7KA 3C94A 4CFAA 1GOAA 3TARA 1QSYA 3DLGA 4FLXA 5C42A 1ASWA 1BCMA 1S1TA 3NGIA 4FK2A 4G1QA 1SKSA 3WNGA 3PX0A 4CGGA 2KFZA 1BGXT 1WSIA 3BGRA 4MQ3A 1S5JA 3ZSOA 3HM9A 4CK3A 4FM1A 2DY4A 2G8FA 4IFYA 4DLEA 4AHTA 4TSXA 3V9UA 3PUFA 4PWDA 1D5AA 2O4GA 3TAGA 4F8RA 4E7JA 1RNHA 4FLZA 3DYAA 3RRHA 5I3UA 3AVCA 4F2RA 4AILC 4NCAA 4Z4CA 4DTMA 1HQEA 1LWFA 4ELVA 4Y1DA 2HB5A 4KV8A 1NKEA 2HW3A 1SV5A 2OPPA 4MFBA 3ZSWA 4W5TA 1BHLA 3WNHA 3CYMA 3M8SA 1S6PA 3HVRA 3SNNA 5DK5A 3QERA 3AA3A 4QCLA 3D45A 2GV9A 3RRGA 4OJRA 3VQPA 5J1EA 3BDPA 1RILA 3E01A 5FDLA 4FZZA 1JXEA 1NJYA 3K2PA 3SUQA 1LW0A 4L8RB 4LY7A 1QQCA 3ZSRA 1TAQA 4DLGA 4DG1A 3HVTA 2OZSA 4CGIA 4CE9A 2GUIA 1L3UA 4OKJA 4FZXC 1RTJA 3CG7A 3JSMA 4XIUA 4DFKA 4M42A 2PZSA 1VSDA 1B92A 4NYNA 4PA1A 3VA3A 3OYBA 4DSIA 5FRMA 4Q0BA 2X78A 1T7PA 4J2AA 2HVHA 3NGYA 1ZBUA 1JXBA 2D0BA 3EZ5A 3SQ1A 1KSPA 1JLGA 2HHXA 3DI6A 1SKWA 1S1WA 2Z1HA 4OPJA 1JLQA 2DFEA 2E6LA 3ZCMA 5T7BA 1JLCA 1CXUA 2VG5A 3AVJA 2Z1JA 5K14A 3OYLA 4JRQA 1C1AA 1TGOA 3LPUA 3NF9A 1TV6A 2E6MA 3OJUA 3KLGA 1B9FA 2GBZA 1F21A 1SUQA 1WAFA 1HRHA 1D9DA 2YV0X 4OKKA 3KD1E 4OPKA 4KKOA 2ETJA 4CJTA 4JS5A 1XC9A 2XHBA 3VQBA 3AVIA 3OVNA 2XO7A 1LAWA 4DQQA 4C8NA 3TAPA 2XY6A 4FLTA 1HYVA 5FRNA 4IBNA 2QXFA 2YHBA 4HTUA 3SUPA 4B9VA 2YKNA 1VSLA 3QO9A 2PY5A 4B3OA 1KLNA 4KI6A 2O4IA 4ZTJA 2QK9A 5KRSA 2IC3A 4AHUA 4O44A 1TKDA 4Y1CA 1CXQA 3PX6A 1HQUA 4B8CA 4DFPA 4B9TA 2A1RA 4BDPA 3VQ5A 4F3TA 3AVHA 4FZYA 5C24A 1Z26A 3OY9A 4KAZA 1LW2A 1Z25A 4CESA 2FBYA 3O3GA 4E0DA 3UIQA 4NCGA 5EU7A 4HVJA 3ISNC 2E4LA 3M8RA 4OGCA 2ITGA 4YNQA 4NYFA 4FJIA 1VSHA 4FJ7A 4FK0A 5JS1A 1XWLA 3KTQA 1KRPA 4M45A 3G0ZA 3MEDA 3QEIA 3K57A 5J2PA 2A1SA 5HROA 3SJJA 3KLIA 3L2VA 3U6FA 3ZSYA 1C0UA 5FROA 4J2BA 3ZT3A 1ZBIA 4N47A 1IKVA 4H8KA 4CHOA 3LPTA 3K5OA 4C8LA 2BDPA 1TK0A 1FK9A 3LZIA 4FJ8A 3MECA 3VQ7A 4LH5A 5KGXA 1NK4A 1RTDA 4M3UA 2G8KA 4CEBA 1N5YA 1A5WA 1HMVA 4BACA 3OYAA 5HRNA 3ALYA 1VSFA 4B9UA 4R5PA 4RW9A 2IAJA 3OS2A 2BGGA 3L2UA 2HHTA 4ELUA 4CFDA 3CM5A 1VRTA 3JYTA 3QEVA 2OYQA 3QINA 3O4QA 4KHNA 4E7LA 4W5NA 4FJ9A 3HP9A 1O1WA 2KW4A 3CFRA 1RT4A 4BE2A 4FJXA 5CZ1A 2OPQA 4RW6A 2B4JA 1WSHA 5KI6A 4ZTFA 3SQ2A 1WLJA 2WOMA 2HNDA 4FK4A 4Z4GA 3O3HA 3TWHA 3TAMA 1BI4B 4CJ3A 1JKHA 4E1MA 3ZT1A 3RMBA 3SQ0A 3T19A 1T03A 1KFDA 1U48A 2JLEA 4JRPA 1S9GA 2HVIA 3L3UA 3HO1A 2Z1GA 4CJEA 3OYJA 3AVLA 3DRSA 2DFHA 4B9MA 2ZQBA 4E7HA 4DSFA 1U45A 1HNVA 2OZMA 4DQIA 4F3OA 4KTQA 4CF2A 2X74A 2R7YA 2OPRA 1U04A 2F96A 4I2PA 4E89A 1YVUA 3DRRA 4DQSA 1N6QA 5C25A 1CLQA 3I8DA 4DU1A 2EHGA 3CQ8A 1RCHA 1S1UA 1HJRA 4Q5VA 1XHXA 3TANA 3U3YA 1D9FA 2OPSA 4DWIA 3IAYA 1NK9A 4FVMA 5CYQA 3ZT0A 1LWCA 3MXJA 3K5MA 5HRSA 3P5JA 1T8EA 2RF2A 3L2WA 3NF8A 4DU4A 3SYZA 3AVGA 3PY8A 3CM6A 1IKYA 3MXMA 1ZBHA 4KI4A 4HUFA 1W9HA 4CJ4A 1KVAA 4W5QA 1RTHA 1SL1A 2YNGA 2P5OA 4N76A 3SPZA 3VQQA 4O4GA 1JLBA 1FKPA 3VA0A 4DTUA 3SQ4A 1UOCA 3KK1A 1ZBLA 2P5GA 3ZT4A 4FJNA 3QETA 3DLEA 4O55A 2VWJA 3LAMA 3AVNA 3IG1A 3V4IA 4CEOA 5HBMA 4DS4A 1TKTA 5SZTA 1EXQA 1ZBFA 1NK8A 1IG9A 3MEEA 3PO4A 1G15A 4CHQA 5HP1A 1EX4A 3OYHA 1NK7A 1BQMA 1GOCA 1XHZA 3P1GA 4FLVA 1Q8IA 1X9MA 1YTAA 4CHZA 3K59A 3KLEA 3ZSXA 2NUBA 3QEXA 3U3GA 3NBPA 1BIUA 1X9WA 3RWUA 4OLAA 3LP3A 1RT6A 2YKMA 3ITHA 4DTXA 5DMRA 3SPYA 1RDCA 1WSGA 4Z4FA 1WNSA 3QLHA 3AO1A 3NH2A 2P51A 5CYMA 4BDYA 3TAFA 2G8WA 3OYFA 4DQRA 5CY4A 1W0HA 2YNHA 2Y1IA 4CIFA 1FXXA 2G8HA 2XY5A 5KRTA 3OYDA 3QIOA 4CERA 2IGIA 2X6NA 4HUGA 1JLFA 4CHPA 1NOYA 3KKSA 3ZSZA 3NF7A 3S9HA 1D8YA 1KLMA 1TKZA 1NJXA 5KGWA 3G10A 1IKXA 4AHVA 4FM2A 4CEQA 4M3RA 4FLUA 3LAKA 1CZ9A 4DU3A 4CGJA 4CHNA 5E41A 1RDBA 2Y1JA 1LAVA 3ULDA 4KFBA 4E19A 1HNIA 1IKWA 1C0TA 3I0RA 1YTUA 1SL2A 4HCCA 3KK2A 1X1PA 4YFUA 3K5LA 3PV8A 3ZSVA 1NKCA 1A5XA 3HPGA 4B9NA 3MXIA 2Q3SA 3PO5A 2RN2A 3DOLA 3I0SA 1NK6A 4KB1A 1RBSA 2FC0A 1SL0A 3V6DA 4M3ZA 2BE2A 3C6TA 3TAQA 4CGFA 3SV3A 2XY7A 3NE6A 3RMDA 1L3VA 2G8VA 3HYFA 1RT1A 3L3VA 4C8MA 4KPYA 4Z0UA 3QEWA 4CF9A 1QTMA 3C95A 3DMJA 1QSSA 3SV4A 4M41A 1NJWA 3QEPA 3EY1A 3S3MA 1RDDA 4FW1A 1VSEA 4CIGA 4DSEA 4GVMA 1VK0A 1VSKA 1DTTA 4E1NA 1FKOA 1WSEA 3KLFA 1JLEA 2YNFA 3P83D 1UA1A 1S1VA 3DLHA 3KD5E 4IFVA 3NGZA 3V1QA 3V1RA 3LANA 3SZ2A 4CFCA 1NKBA 4N56A 1XI1A 4IDKA 1U49A 1B9DA 3QNOA 4K8XA 3VQ4A 3LWMA 3NH1A 4I7FA 1UA0A 4WE1A 3F9KA 4AHCA 3KJVA 3AA5X 4FYDA 4FLWA 1A5VA 1EP4A 1KTQA 1X9SA 4IKFA 4KHUA 4FXDA 2HHVA 2RKIA 3AVBA 4CJLA 1LV5A 4KHYA 4QAGA 1R0AA 3SUNA 2EX3A 4O0IA 4CGHA 4KREA 3NCIA 4CEAA 2D0CA 4FLYA 3TR8A 2G8IA 2F8SA 3VQ8A 3MEGA 3HXMA 1J54A 2DFFA 2RPIA 3IS9A 2KZZA 3NF6A 1L3SA 1KVCA 3QIPA 4I9QA 4GW6A 3TI0A 4N41A 4M3YA 2KQ2A 3MAQA 1TAUA 1BL3A 3VQ6A 4CJ5A 4ZHRA 3RTVA 4CECA 4CF0A 3T3FA 3S3NA 1I3AA 3DLRA 2HMIA 4I2QA 2FBXA 4DFJA 1QSLA 1BISA 3LP2A 3SCXA 4CJKA 2HHWA 1LWEA 3OS1A 1CZBA 2VWKA 3B6PA 2HHUA 4EP4A 4M3XA 1WSJA 1EKEA 1VSIA 3A2FA 5HLFA 4H4OA 3DLKA 4E7IA 1L5UA 4FJMA 1S9EA 4CJVA 3AA4A 4CEEA 3ZT2A 4N5SA 4J2DA 4F2SA 1TK8A 1J5OA 3AVFA 1IH7A 1ITGA 3ASMA 3WNEA 3TAEA 4PY5A 4B08A 1QE1A 4DMNA 1J9AA 1BIZA 3VQEA 3L2QA 3LDSA 1RDAA 3VN5A 3QNNA 4RW7A 2XRIA 1Q9XA 2KTQA 4OGEA 4NCBA 1MU2A 2P1JA 2IDOA 4AHSA 4Z4IA 3NAEA 4KRFA 3V9ZA 2IS3A 1U47A 3K5NA 3HL8A 1UAXA 2G8UA 4HCBA 1S1XA 4CGDA 3THVA 1RT5A 4CJWA 4CJPA 3K58A 4FJJA 2B6AA 1EETA 1K6YA 1REVA 2W42A 2KZMA 4DFMA 4C8KA 1YT3A 3V9WA 5J2MA 4CHYA 1RT3A 1BCOA 4ID1A 3V1OA 2ZD1A 3KLHA 4DS5A 3OYCA 1S6QA 1I39A 3NH0A 1KVBA 1RT7A 5JS2A 3S3OA 1SKRA 1TVRA 3AVAA 1RBVA 3VQAA 3LP0A 4DQPA 4HUEA 3AO4A 1WSFA 4O5BA 4FCYA 3AVKA 3DRPA 3RMCA 1NJZA 2F8TA 4CF8A 4DSJA 3SUOA 3C6UA 3AVMA 1DLOA 3KKRA 4CEDA 2QKKA 3OYKA 4FW2A 4UQGA 3OYIA 3TABA 4KHQA 1KCFA 4IG0A 2I5JA 1GOBA 3L2RA 4M3TA 1WAJA 2ZE2A 3DOKA 3OYNA 3PX4A 1RT2A 4M3WA 4OKEA 4JS4A 4CJRA 1DTQA 4ELTA 2YHAA 4OLBA 4EZ6A 4CIEA 3VQ9A 4DSLA 2B5JA 3HPOA 3HSTB 1VSMA 3AO3A 4DSKA 2X6SA 2HNZA 4B9SA 4HHTA 4CK2A 3HPHA 4W5RA 1NK5A 3KK3A 5J2NA 2LSNA 4DTSA 4CCHA 1L3TA 1Y97A 5KTQA 1C0MA 4F4KA 1RBUA 3HP6A 2QKBA 4AH9A 4RW4A 4FJLA 1TL3A 3SI6A 4QOZB 5HRRA 3NHGA 4DTRA 2FBTA 2XY8A 5D3GA 1C1BA 3IRXA 4JLHA 4CJFA 4DF8A 3CFOA 4FJHA 1HYSA 1TL1A 3LP1A 4LSNA 4BWJA 3O4NA 3RMAA 2PYJA 2DTUA 1C6VA 1RBRA 3M8QA 4GMJB 4BWMA 3OYMA 3T1AA 4DTPA 3HK2A 3DLBA 4FJGA 4AHRA 3RR8A 4IG3A 3OYGA 4BE1A 3OYEA 1ASUA 2WONA 5I42A 1HPZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O80A 4DTJA 2KLAA 2WBNA 4CZHA 4LSLA 2JGUA 3B6OA 1U4BA 2Q97A 3EYZA 5J2QA 5M1KA 1ASVA 2IOCA 3P39A 1C1CA 2D0AA 3C65A 4CJ7A 3HT3A 1NGDA 3G71N 4K8ZA 4ID5A 4NO7A 4WCEL 1U6ZA 4BRLA 3MN9A 4O0JA 5AQIA 4ISEA 4JI7K 2PYLA 3CIPA 3CQXA 4BRKA 3CFPA 2NRRA 1BI4A 5BR8K 3H08A 2A5XA 1QS4A 2ZWHA 3CD6N 5BREA 1JL1A 3QB0A 4KH5A 3H3OB 4CI6A 1QQMA 2JWLA 4CFBA 2QI2A 3SBTA 5HRPA 4GNIA 4KTZA 4L3QA 4C1NK 3C94A 1HKBA 1QZ6A 3L0QA 2A6AA 5C42A 1FJGK 4G1QA 1SKSA 3PX0A 1T44A 3E66A 1DGKN 5AQVA 4FWLA 2G8FA 4AHTA 5HL7L 4E1JA 3PUFA 4FWMA 3TAGA 4E7JA 1RNHA 3DYAA 4X65K 4FWOA 3ZEUB 5C2DA 2VQFK 3HVRA 1BHLA 3WNHA 3SNNA 5DK5A 4I6MB 3RRGA 2P9KA 4J8FA 4OJRA 3VQPA 3B8AX 4FWRA 3HOSA 1JXEA 5LJWA 3ZX0A 4L8RB 2NRWA 3A5MC 1OVQA 4OKJA 3CC7N 1M1KO 1VSDA 1B92A 1N8RO 4Q0BA 1WB9A 3CERA 2X78A 3THXB 1JXBA 3EZ5A 1JLGA 2HHXA 4CBWA 4OPJA 1CXUA 2Z1JA 4JKFA 1TV6A 3OJUA 1SUQA 4BC4A 4OKKA 4GKJK 2D1KA 3KD1E 5M1PA 4OPKA 4CJTA 1RFQA 3NMUA 4DQQA 2O8DB 1HPMA 3TAPA 2XY6A 4IBNA 1VSLA 2PY5A 4A57A 2W6KA 4KI6A 2O4IA 2QWRA 3BEXA 2QK9A 2VGMA 3FE1A 1CXQA 3PX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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