2RGMA

Rice bglu1 beta-glucosidase, a plant exoglucanase/beta-glucosidase
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into Rice BGlu1 beta-Glucosidase Oligosaccharide Hydrolysis and Transglycosylation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 192
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2rgmA00
5JBDA 4AYSA 4TXEA 4AD4A 1GHSA 1NWRA 4BF7A 1ZL1A 1QI2A 1DWHM 2BY2A 2DEPA 3OGVA 4RE3A 1KBKA 2AOSA 5LA0A 2DQXA 1XD1A 2JIEA 3CZEA 3QHNA 3BH4A 1EDQA 2ZX9A 3WNLA 4FK9A 4B9ZA 4J3SA 3CZJA 2B31A 3OLGA 4P7QA 3GXFA 4UOJA 3VM7A 1HKJA 4WIWA 3VVGA 1GPFA 3AOFA 5AYBA 1IT0A 1NQ6A 3MUIA 1ISXA 1MFUA 1OWQA 2XVLA 1E5JA 1UD2A 2HISA 2ZIDA 1MW0A 1UKPA 3WEOA 2HVMA 1CGTA 5JBFA 2XM1A 4AXNA 1KQZA 3KL5A 3VIJA 2WSKA 3VGDA 2JFEX 3AHXA 5FOOA 3L4YA 3OZPA 3CMJA 2VRKA 2Y5EA 7TAAA 4UFLA 4PRWA 3RCNA 5A8OA 4URIA 1CXHA 5ECUA 2X8RA 1E6ZA 3RPMA 4UQBA 3VUPA 2ZXAA 2WSPA 5AYIA 4ZXOA 3UESA 1KR0A 2YA1A 3W0KA 3PHAA 1HF6A 4KMQA 5EB8A 1E73M 3AMKA 1J9YA 2OYMA 1QVBA 4V28A 1UZ4A 1S46A 4HOZA 4J28A 1OM0A 1J0KA 2BFGA 5I0DA 4ZFMA 1HL9A 4CVWA 1GHRA 1JF6A 3W28A 3AMLA 2VCAA 4V2XA 3FHAA 1XYFA 1R7AA 3GNOA 1UYQA 1LL6A 3KZSA 4ACZB 4RE4A 5LYRA 2CCRA 4ZENA 3CUIA 2J7BA 4XB3A 1CXEA 1J18A 4KWUA 4B9YA 1MXGA 1TVPA 2A3CA 2YLAA 1JZ7A 4PMDA 4Z2KA 3NSMA 1BG4A 3WF3A 1UH3A 5KZ6A 1E6SM 1RP9A 4UQAA 1UKOA 3VD9A 1HJWA 4OKDA 1H09A 3ZIZA 4AIOA 2DT0A 4XX6A 1JDDA 1KXQA 2VVSA 1TG7A 2QF8A 2YLLA 1HJQA 1K6AA 1B3XA 3TONA 2PWDA 4CN4A 3ZR6A 1D3CA 2YA2A 1B90A 2EO7A 3WDPP 1EHAA 1W9DM 4HMCA 3PZ9A 4XV0A 4JIEA 4HOWA 1VRXA 2YJQA 2GK1B 2X0YA 4HP5A 1BHGA 1JD7A 3NIYA 1L0PA 2GJRA 2WCGA 1KXTA 4FLQA 2FDMA 3BAXA 3APGA 4W85A 1HJVA 3OB8A 4P8VA 3T2QA 4AD5A 4FLRA 3WQ6A 4CCDA 3WQVA 3WNKA 5F7UA 3J7HA 1O6IA 1A3HA 1VB9A 1BGGA 1J11A 1EQCA 4GO8A 3LPOA 1JNDA 2CKSA 2UY3A 1E6NA 1X6LA 5JBEA 1QNSA 1XCXA 1VBUA 3QGVA 3GYCA 1KQYA 1HT6A 5HXMA 4JKLA 5CZKA 1AVAA 1NP2A 1J01A 1SMDA 1H49A 4AISA 1VENA 2JF7A 4CD4A 3ZT6A 1VEPA 2YL5A 3MO4A 3WNPA 4LGXA 3MMWA 3WEMA 1CGWA 3THDA 2V38A 1BYBA 3OLDA 1ZJBA 1AQHA 2C0HA 4QLLA 2WVVB 1V6XA 1QOXA 5AY7A 4AZCB 4QCEA 3OLEA 3MUY1 4B3KA 3POCA 2A3HA 1FP9A 3ARYA 1ESWA 4ZEPA 4S3KA 1XV8A 5HNNA 4TX8A 2XGIA 1J10A 5GPRA 2BY1A 1V0LA 1NH6A 5D8WA 4W84A 4NRSA 1EXPA 4FF5A 2VR4A 1BPLB 3VMNA 1CTNA 4B16A 2WM0A 1PJ9A 5E9AA 2ZUMA 1K9TA 2WANA 5E09A 3SCTA 1B9ZA 3VD5A 1CGXA 1KGUA 3U7BA 2DSZA 2XVNA 4AZ7A 1V0KA 1KGWA 1UR8A 3VGGA 1C8QA 2D0GA 1E4NA 4MAZA 5A6KA 4JCLA 4OUEA 3OGRA 3N9KA 4OOUA 1JIBA 4F9DA 1QI4A 3IANA 3VIKA 4M80A 2W91A 4PTMA 1JI2A 4PMOA 1ZS2A 1GCYA 3LPFA 3ZSTA 4J3XA 1WDPA 2YL9A 1GW1A 4AD1A 5JUVA 2D0HA 1E55A 2EPLX 4P7NA 1E3ZA 1BLIA 4OOZA 3HU7A 4MTVA 1GOMA 3CZGA 3PZMA 2VOTA 4W87A 1QW8A 3VGEA 2FHFA 3KE0A 3GH5A 1Q6EA 1G01A 1QHOA 5A95A 1DWJM 5CSYA 1TA3B 1W1PA 3DC0A 2EPMX 1LL4A 2D1ZA 1E4IA 3WFZA 3S6TA 5FIPA 3A3HA 3MUZ1 3VMOA 2D23A 2VT0A 1CGYA 2NT1A 4HZ8A 2G8ZA 1CXLA 3BXWA 3W37A 1NOFA 1ISVA 2DDXA 4NF7A 1NM9A 4PSRA 3ARZA 4AEEA 3WH8A 2DH2A 2Y2WA 2JEQA 5FL1A 2IXVA 1E0VA 1UWRA 3UR7A 3PZIA 1WPCA 4MNMA 1OIFA 1TFVA 4P7RA 3MKKA 2J7DA 1HJUA 2D24A 1P6WA 4W7VA 3W82A 1JZ2A 1BFNA 3WH7A 1KCLA 3WF0A 4GQQA 1JZ6A 4Q22A 3WD0A 2ZX7A 4PMQA 2G3IA 4ATDA 1Q6FA 1E4LA 1JL8A 1UR0A 5A6BA 2E40A 2VI0A 2WMJA 3IAQA 5JIWA 3W6LA 4TOQA 3JUGA 2A3EA 4C7FA 3GH4A 4J3WA 1E40A 3PTMA 3AS3A 3N1AA 3WH5A 4X0NA 1LWJA 1J0JA 1WKYA 2Y8VA 2RGLA 2VURA 2YDRA 2PWFA 2O9OA 1EGZA 1OGBA 5I23A 1B3WA 3E1F1 3T0BA 2J7HA 4AZGA 1J0ZA 3AMCA 6CGTA 2JALA 3SCPA 3CUJA 4B3LA 8A3HA 1KR1A 1KXHA 1TVNA 2YBUA 3WL0A 2XVGA 4D6FA 5A94A 2J8FA 5LA2A 1BGAA 2FH8A 4D71A 1LL7A 4D6GA 3KWXA 1US2A 4ZXLA 5CSUA 5BRQA 2VZTA 2CNCA 1LG2A 2G3NA 2GDUA 2W67A 4BZYA 1M01A 4WSJA 3TA9A 1H3GA 3VDCA 4DUWA 2XSBA 5ABHA 1V02E 2J78A 3CHFA 1EQPA 4PUDA 3DHUA 4QCFA 3AZSA 1KGXA 1VFUA 2DGAA 1EO5A 3ZJ7A 2XFYA 3I3BA 1V3HA 3WUBA 2VTFA 2GVYA 3LPPA 3WF2A 3CUFA 4W86A 4U3CA 4HU8A 3VO0A 3G6LA 4DWSA 4CD5A 2WC4A 3EYPA 2E9LA 1JZ4A 3WD1A 5C71A 4D1JA 2GDVA 3F4VA 2WBKA 1ZBKA 2PBGA 3AISA 3AI0A 3K46A 3WQWA 1CNVA 2J79A 3N11A 1Q6DA 1KFWA 1PX8A 3GBEA 3SUUA 1FHLA 1TUXA 4PMYA 5IXEA 1XSIA 1WAWA 3SUTA 2WMKA 2G41A 2E8YA 2VL4A 2VX7A 3WF4A 2WMHA 4PMVA 1M04A 3K8KA 4QLKA 1H4PA 3VKKA 3TP4A 4MB4A 5IDIA 4HTYA 1OSEA 2D3LA 3G6MA 3O9NA 1MW3A 1UKQA 4H41A 2O9TA 1JAKA 3WSUA 4LYPA 1E0WA 3AS2A 3ALFA 4IM4A 3LPGA 2VCBA 1HN1A 1I1XA 2CBVA 2EJ1A 3F5LA 1FP8A 2BHUA 3T0DA 1A47A 3QOMA 2OYKA 3FNDA 1HP4A 5M03A 3PZTA 4H2CA 2O9RA 5LA1A 1XH2A 1BSIA 1E72M 3KEHA 3OGSA 3W27A 3UETA 4JKMA 1UD3A 1GQIA 1G0CA 1UR2A 1ZBWA 3CUGA 1ISWA 2E9MA 1R86A 5A8NA 4MDPA 2D22A 2PB1A 2D3NA 4EANA 1HL8A 2XYLA 1MFVA 3IK2A 4NSBA 2VRQA 4UFHA 3CTTA 4QFUA 3ZO9A 3EDFA 3NSNA 4HA4A 4MAVA 2XUCA 3HN3A 2DSWA 3WY1A 5HBFA 2VX5A 3KL3A 3WFLA 2BNJA 3U7VA 1FHDA 1QW9A 2XIIA 3FN9A 2E9BA 3BAKA 2CETA 1BF2A 3N13A 5BXSA 1MXDA 2OWCA 4ML4A 2ZUUA 3HMCA 1CWYA 3WBEA 4OBRA 1TCMA 2CYGA 4F66A 2G4FA 4PMRA 1GUVA 3MS8A 5EFFA 4WLCA 5BXPA 2ZUTA 4UZSA 2CEQA 1L8NA 4A3YA 1TZ7A 1V3JA 1E15A 2W4XA 3WUFA 1NWSA 3AIQA 4AIEA 1GOKA 4W5UA 3TTOA 1V0MA 3NDZA 2PBOA 1MQRA 2DPEA 4IUGA 1NWTA 1OGGA 2GJPA 4TVDA 1WDRA 1DWGM 3CO4A 3UG3A 2X09A 6TAAA 5DT5A 4UZUA 2XFRA 2GJXA 1XRVA 4NI3A 1JDAA 1NP0A 4A4AA 3FHQA 2WCAA 1VEMA 1RH9A 8CGTA 2OSXA 4Z2GA 1X6NA 4F9JA 2IXUA 2WHMA 3GXMA 1K9EA 2CBJA 3N04A 4UOQA 4W8BA 3RIKA 3UERA 4MADA 3SIMA 3VILA 1EHNA 3L4WA 3OZOA 1DTUA 3RJXA 5GQBA 5ABFB 5CLWA 4UOZA 3WUGA 3MV11 1E5NA 1LWHA 2AAAA 4UFKA 1XD0A 3K1DA 3GZAA 4WKHA 2CITA 3OLIA 3WMSA 1B3ZA 3WENA 4MJ4A 5HPOA 2VQTA 3WELA 4PCTA 3CZKA 2WKGA 2ZX5A 4CU6A 4Q7NA 1MW1A 1E71M 4CU8A 2XPKA 2TAAA 5CXPA 5BYWA 5CLTA 1LQ0A 1IZJA 4P7LA 1H41A 3NDYA 3VX1A 3W81A 3RO8A 2WXDM 4HMDA 2VZOA 4KGJA 1UA3A 3PZOA 2WWDA 4TVUA 4QP0A 4HPHA 1HKMA 2BVTA 2V5CA 3WF1A 5M3WA 1QI0A 3IAPA 3WDJA 4PN2A 1SR0A 4JFTA 1HKKA 5DEZA 3ZT5A 3EDDA 1DEDA 1W2PA 1C90A 1ECEA 1CENA 3B9EA 1CGUA 3T2OA 3OA5A 3CHEA 2DIEA 2OYLA 3WUEA 3BC9A 4Y7EA 1V08A 2Y8KA 3FW6A 3VD7A 5C70A 1OT2A 1DWAM 2CPUA 1G5AA 2WCSA 4OBSA 1W2VA 5A8QA 1ZB5A 3K8LA 1CBGA 4W7UA 5BRPA 1SFSA 2ZXQA 1R85A 3AZRA 2RGMA 1GOIA 1V02A 3SCOA 1KB3A 6A3HA 1D2KA 3ZMRA 5IFTA 2ZXDA 1UKTA 4RE2A 5BXRA 2JE8A 4UFIA 3WKZA 4ACZA 1RPKA 3CLWA 3OBAA 3WL1A 1UG6A 4GZIA 3VNZA 1CDGA 2NT0A 1DHKA 3NCOA 3F5JA 1W91A 1H5VA 1WZLA 2QMKA 4GPNA 3ZJ8A 3B8SA 5M5DA 2XGBA 1C8YA 2WZEA 3IJ8A 3VDAA 2D20A 1UR4A 1EOMA 3O2LA 3WQ5A 1PIGA 5D9NA 3WBAA 4Z2LA 2GSJA 1GONA 3RJYA 1R7OA 2A3AA 2ESCA 2W5FA 3VGFA 5DMYA 1V0NA 1W3HA 4MB3A 4XZBA 2EEXA 2GK1A 3T2PA 1G1YA 3LMYA 1I75A 3PZNA 3W26A 1F4AA 1UR1A 3WMCA 4M56A 3AIEA 1DP0A 2CHNA 4EKJA 4PUEA 3CIVA 1LG1A 4GKLA 3VPLA 2WZIA 3L2LA 1AQ0A 1BVNP 5KEZA 4GZEA 1G9HA 4TX6A 3AXXA 1JNEA 4UQCA 2WNWA 4AZBA 2DT1A 3GNPA 3BMWA 3ARQA 1V3IA 1GVYA 1W9UA 4MNLA 1GOOA 4Z2HA 2WW5A 2BY3A 3M6DA 2WMFA 4QLJA 1HX0A 1IZKA 1JI1A 1JAEA 5DT7A 1W32A 2E3ZA 3AYSA 4WSKA 3VINA 3EDEA 3UG5A 1WZAA 1XSJA 1LF1A 2ZUNA 5HDRA 1MVYA 3ARSA 5A1AA 4YN5A 2A3BA 1EDTA 2ZWZA 3WDRA 2WVVA 1H11A 3PBGA 3SEPA 3TOPA 3GTNA 4AZCA 2FGLA 1LLOA 3AHYA 1CLXA 3VM5A 3CPUA 5E70A 3N17A 3GXIA 1LJYA 1VF8A 3AIBA 3WNOA 4M29A 2MANA 2W62A 2JF6A 4CN1A 2WYSA 3K4AA 1NWUA 5D9PA 1BTCA 4J3VA 2V3EA 5FD0A 3UG4A 2W63A 3GBDA 4MB5A 4PTXA 3EBVA 1ODUA 4Z2JA 4PTVA 4AZIA 3VGBA 3WNNA 4P8UA 5I78A 1B31A 3T08A 1AMYA 2CKRA 4WK9A 1OD8A 1JZ5A 2VX6A 3MU7A 5CG0A 1QNPA 3AIUA 3EDKA 4PSPA 1VEOA 2O9PA 4H7VA 2WMIA 1WDSA 3AFBA 1MWOA 1Q6GA 4AZHA 3ZM8A 5EBAA 1MQQA 7A3HA 4MNKA 3L4TA 1KCKA 3MSDA 1UR9A 5A2AA 3SUVA 5BXTA 3MSGA 2Y24A 4E8DA 2V3GA 4DWSC 1W3LA 1J0IA 4BQ4A 1QHZA 4AD0A 2CHOA 3SURA 2Z1KA 3WH6A 1JYXA 1UH2A 3RM4A 1V6UA 3AMGA 1JFHA 1XSKA 1BYAA 2BXYA 3L2MA 5DFAA 3AHZA 2VZSA 2OLHA 1IV8A 5GNZA 1VJZA 3BAIA 1TA3A 3VU2A 1JYVA 3BSGA 4H8VA 2XSAA 1FH8A 2E4TA 2BXZA 3ARPA 5TD4A 1EOKA 1H1NA 1WZKA 1M03A 3TTSA 2E8ZA 5CQ1A 1TMQA 2BHZA 4W8LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JBD A;  4AYS A;  4TXE A;  4AD4 A;  1GHS A;  1NWR A;  4BF7 A;  1ZL1 A;  1QI2 A;  1DWH M;  2BY2 A;  2DEP A;  3OGV A;  4RE3 A;  1KBK A;  2AOS A;  5LA0 A;  2DQX A;  1XD1 A;  2JIE A;  3CZE A;  3QHN A;  3BH4 A;  1EDQ A;  2ZX9 A;  3WNL A;  4FK9 A;  4B9Z A;  4J3S A;  3CZJ A;  2B31 A;  3OLG A;  4P7Q A;  3GXF A;  4UOJ A;  3VM7 A;  1HKJ A;  4WIW A;  3VVG A;  1GPF A;  3AOF A;  5AYB A;  1IT0 A;  1NQ6 A;  3MUI A;  1ISX A;  1MFU A;  1OWQ A;  2XVL A;  1E5J A;  1UD2 A;  2HIS A;  2ZID A;  1MW0 A;  1UKP A;  3WEO A;  2HVM A;  1CGT A;  5JBF A;  2XM1 A;  4AXN A;  1KQZ A;  3KL5 A;  3VIJ A;  2WSK A;  3VGD A;  2JFE X;  3AHX A;  5FOO A;  3L4Y A;  3OZP A;  3CMJ A;  2VRK A;  2Y5E A;  7TAA A;  4UFL A;  4PRW A;  3RCN A;  5A8O A;  4URI A;  1CXH A;  5ECU A;  2X8R A;  1E6Z A;  3RPM A;  4UQB A;  3VUP A;  2ZXA A;  2WSP A;  5AYI A;  4ZXO A;  3UES A;  1KR0 A;  2YA1 A;  3W0K A;  3PHA A;  1HF6 A;  4KMQ A;  5EB8 A;  1E73 M;  3AMK A;  1J9Y A;  2OYM A;  1QVB A;  4V28 A;  1UZ4 A;  1S46 A;  4HOZ A;  4J28 A;  1OM0 A;  1J0K A;  2BFG A;  5I0D A;  4ZFM A;  1HL9 A;  4CVW A;  1GHR A;  1JF6 A;  3W28 A;  3AML A;  2VCA A;  4V2X A;  3FHA A;  1XYF A;  1R7A A;  3GNO A;  1UYQ A;  1LL6 A;  3KZS A;  4ACZ B;  4RE4 A;  5LYR A;  2CCR A;  4ZEN A;  3CUI A;  2J7B A;  4XB3 A;  1CXE A;  1J18 A;  4KWU A;  4B9Y A;  1MXG A;  1TVP A;  2A3C A;  2YLA A;  1JZ7 A;  4PMD A;  4Z2K A;  3NSM A;  1BG4 A;  3WF3 A;  1UH3 A;  5KZ6 A;  1E6S M;  1RP9 A;  4UQA A;  1UKO A;  3VD9 A;  1HJW A;  4OKD A;  1H09 A;  3ZIZ A;  4AIO A;  2DT0 A;  4XX6 A;  1JDD A;  1KXQ A;  2VVS A;  1TG7 A;  2QF8 A;  2YLL A;  1HJQ A;  1K6A A;  1B3X A;  3TON A;  2PWD A;  4CN4 A;  3ZR6 A;  1D3C A;  2YA2 A;  1B90 A;  2EO7 A;  3WDP P;  1EHA A;  1W9D M;  4HMC A;  3PZ9 A;  4XV0 A;  4JIE A;  4HOW A;  1VRX A;  2YJQ A;  2GK1 B;  2X0Y A;  4HP5 A;  1BHG A;  1JD7 A;  3NIY A;  1L0P A;  2GJR A;  2WCG A;  1KXT A;  4FLQ A;  2FDM A;  3BAX A;  3APG A;  4W85 A;  1HJV A;  3OB8 A;  4P8V A;  3T2Q A;  4AD5 A;  4FLR A;  3WQ6 A;  4CCD A;  3WQV A;  3WNK A;  5F7U A;  3J7H A;  1O6I A;  1A3H A;  1VB9 A;  1BGG A;  1J11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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