The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Structures of tRNAs with an expanded anticodon loop in the decoding center of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N33 K; 2VQE K; 4B3T K; 4NXN K; 1XMQ K; 3T1Y K; 4JI8 K; 4B3R K; 4DR6 K; 4GKJ K; 4GKK K; 4JYA K; 4JI6 K; 2UXC K; 5LMU K; 1J5E K; 5AJ3 K; 5IT9 O; 4LF5 K; 3J81 O; 2UU9 K; 3T1H K; 2F4V K; 4LF9 K; 1IBK K; 1N34 K; 1HNW K; 4B3M K; 2UUB K; 4LF4 K; 4NXM K; 2ZM6 K; 4JI5 K; 4JI2 K; 2E5L K; 4DV6 K; 1HR0 K; 3J7A P; 4JI1 K; 4DV1 K; 4LFA K; 5A2Q O; 4DUY K; 1XNQ K; 2UXB K; 1IBL K; 3J80 O; 2HHH K; 4JI0 K; 2UUC K; 4X64 K; 1HNZ K; 4DV2 K; 4YY3 K; 4DUZ K; 4DR4 K; 4X65 K; 4JI4 K; 1HNX K; 4OX9 K; 4YHH K; 1N32 K; 4B3S K; 4LFC K; 4CW7 B; 4X62 K; 3J7Y P; 4DV3 K; 3OTO K; 4DV0 K; 4DR2 K; 4DR5 K; 4V19 S; 4DV7 K; 4LFB K; 5IWA K; 4KHP K; 4DR3 K; 4AQY K; 1XMO K; 1N36 K; 4CVN E; 4K0K K; 1FJG K; 5BR8 K; 5LL6 Z; 4LF6 K; 4DR1 K; 3JAM O; 4JV5 K; 4JI7 K; 4DV4 K; 1I94 K; 4LF8 K; 1XNR K; 2UXD K; 2UUA K; 5FLX O; 2VQF K; 4DV5 K; 4X66 K; 5LMN K; 1IBM K; 4DR7 K; 4JI3 K; 4LF7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RSE B; 3ZEU B; 5E26 A; 2G8U A; 1EWR A; 4BRG A; 4L3Q A; 2ITM A; 4BC2 A; 3HM8 A; 3RR8 A; 3G4S N; 1YXQ A; 3OJS A; 4CZK A; 1SL1 A; 4XH4 A; 3FGU A; 1V4S A; 4CFB A; 1ZXO A; 3H1V X; 3V9X A; 4PHT X; 1J5E K; 3W0L A; 4YOR A; 1D5A A; 2Q0U A; 1JKH A; 2P9K A; 3MEE A; 3JSM A; 3SQ1 A; 3SQ2 A; 1WSJ A; 4JLH A; 1TK8 A; 1HJR A; 4LH5 A; 2G8I A; 2D5R A; 3THW B; 4AHT A; 1NJI O; 3F5T A; 3DLE A; 2OCE A; 4M3X A; 1RTD A; 3TAM A; 2ZM6 K; 3J8A A; 4ILH A; 3U3G A; 1DKG D; 5M1P A; 3C94 A; 4ZHR A; 3CHW A; 1S9G A; 4JI2 K; 3SV4 A; 2E5L K; 1NK5 A; 2HVI A; 1QVG M; 2OPS A; 3FR0 A; 5T7B A; 1VQM N; 4JI1 K; 4L8R B; 3C0B A; 4HTU A; 3RR7 A; 3SPZ A; 5FRN A; 4A61 A; 3PX4 A; 3WNF A; 2VGN A; 3S41 A; 4IJN A; 3ZX3 A; 4YY3 K; 4IBN A; 4DR4 K; 4JI4 K; 3SI6 A; 1W9H A; 2FSK A; 3A5L C; 3QDK A; 2NRW A; 3CCJ N; 3TWH A; 4FVM A; 3TPQ A; 4CEE A; 3V4I A; 4FJ5 A; 1NK6 A; 4O4G A; 2D0C A; 5AQV A; 3PO5 A; 4E89 A; 3RRG A; 4IDK A; 5IWA K; 1BGX T; 1GLC G; 1XMO K; 1U6Z A; 5AQL A; 5GIP A; 1RT4 A; 2XY5 A; 5J1E A; 2P9S B; 3ZSY A; 3NVK A; 4JKH A; 3VER A; 1Q81 O; 4CHQ A; 3C65 A; 2PZS A; 1YJN N; 1MU2 A; 1WUA A; 4DTR A; 4Z94 A; 1EWQ A; 4Y1C A; 1IKY A; 5BRH A; 3ZSW A; 1KVA A; 1REV A; 3AO1 A; 3HOS A; 4LF7 K; 1T8E A; 4CHY A; 1DLO A; 1VQ4 N; 3IAY A; 1YF5 L; 3TI0 A; 3T69 A; 3LDP A; 1TYQ B; 1OVY A; 3P4I A; 1QS4 A; 4CFA A; 1SL2 A; 4HUG A; 2ZJR L; 4NLB A; 1HKG A; 4CZE A; 4EHT A; 4GKK K; 4I2Q A; 3O9U A; 4RG8 A; 3MN6 A; 1LWE A; 4B1V A; 4CGD A; 2OTJ N; 3V1Q A; 3L0Q A; 1NGE A; 1M1K O; 4CZI A; 1GLJ O; 1TL1 A; 2Y1I A; 3CET A; 1RDC A; 3E66 A; 4CEO A; 3EYZ A; 2F4V K; 4QS8 A; 2NZT A; 4KHW A; 5CY4 A; 2FXU A; 4AHS A; 3VOV A; 1FXX A; 3ASM A; 5CZ2 A; 3CFR A; 1S1X A; 2GEM A; 4FL9 A; 2IS3 A; 3HO1 A; 5K14 A; 4N76 A; 4FYD A; 2YHY A; 1E4G T; 3D2F A; 3CFP A; 4QOZ B; 5A2Q O; 3CQY A; 2A3Z A; 2UXB K; 3UE5 A; 4DF8 A; 3NMU A; 3KHY A; 2P9U B; 3VGL A; 4IOA L; 3CJ9 A; 4B8A B; 2F7T A; 1UWB A; 2HHU A; 2BH1 A; 3QEI A; 2HST A; 4B9Q A; 5JLF A; 1NJZ A; 5KQ8 A; 3DRR A; 1BI4 A; 4JKA A; 3WEE B; 4ELU A; 4BRM A; 3MN5 A; 3AVL A; 4EFH A; 3NE6 A; 2P9L B; 1NOZ A; 2E20 A; 1FW6 A; 3AVC A; 2HHS A; 4FLV A; 1QQO A; 4DTN A; 4IFE A; 4H5R A; 3MCP A; 1J5O A; 2YJF A; 4W5N A; 4CF8 A; 1XHX A; 3SLC A; 2GV9 A; 4CJU A; 4E3S A; 4FPB A; 2WUS A; 1I94 K; 1BIS A; 1C0G A; 5ELZ A; 5CHI A; 3WNE A; 5I3U A; 3TSU A; 3W3D A; 4FJI A; 3THX B; 1C1B A; 1F21 A; 4JI3 K; 4CHN A; 3CJ1 A; 4HCC A; 2ZF5 O; 4AHR A; 4DTM A; 3LAL A; 2P9I B; 1JLG A; 5J2Q A; 3CCQ N; 2HNY A; 4CJT A; 1WOQ A; 1XMQ K; 1ESV A; 1S3X A; 3AVN A; 1NJY A; 3LM2 A; 2YKM A; 3PX0 A; 5J2M A; 4BR9 A; 4E0D A; 1NKB A; 3K58 A; 3CPE A; 3IMX A; 2HBM A; 3VF6 A; 2AP1 A; 3VQE A; 4RTF D; 3ZET B; 1JJ2 M; 4FWK A; 1K6Y A; 2Q97 A; 3IS9 A; 4MO5 A; 4OGC A; 3RVC A; 4JEP A; 1HNW K; 1KQS M; 3EKU A; 1SAZ A; 2UUB K; 1HQE A; 1RBU A; 1HPZ A; 3LDQ A; 3I8D A; 2A40 A; 3F9M A; 1RBR A; 4H5T A; 4EAH D; 5LJV A; 4FJ7 A; 4OVL A; 5BPL A; 2O8F A; 3KK3 A; 4FZY A; 3HPG A; 5EVZ A; 4DQ8 A; 4IOC L; 4OX9 K; 1VAZ A; 2KHO A; 1RT5 A; 4RW6 A; 5JIC A; 3M8R A; 4B3S K; 4WFA L; 3KLH A; 2E4L A; 4LFC K; 4CW7 B; 4MQ3 A; 3OTO K; 1ATN A; 3DYA A; 3TAR A; 2OPR A; 4DV7 K; 3D2E A; 4FJ9 A; 4LFB K; 1QZ5 A; 3GOI A; 4CGF A; 3VTH A; 5MLC Q; 1B9D A; 3OYD A; 5LJW A; 3E9L A; 5KI6 A; 1R59 O; 5F1X A; 4DQP A; 4J2A A; 4JV5 K; 4DTP A; 2Q3S A; 3SBT A; 1TKZ A; 4CZG A; 3ZT2 A; 5AZJ B; 3VF2 A; 3IRX A; 4CHP A; 4DTU A; 5HLF A; 1VSK A; 4KRE A; 3O4W A; 3G25 A; 4CGH A; 3TTC A; 3PIP L; 4LH4 A; 4DLE A; 1QSS A; 3ZEU A; 4B3T K; 3B6O A; 4H0X B; 4CIE A; 3NCI A; 4HCB A; 4NLC A; 4WQ4 A; 5DMR A; 3ZT1 A; 3OYJ A; 1YVN A; 4XEI A; 4RW7 A; 4DR6 K; 4OPA A; 3MAQ A; 4M7Y A; 5HRS A; 3OS0 A; 3EO3 A; 1U2V A; 5KTQ A; 3TAB A; 3ZT4 A; 1S22 A; 3O3G A; 1Q7Y O; 4BDP A; 4G1Q A; 3A5O C; 2P1J A; 2I7N A; 2PFU A; 4B9T A; 2OZM A; 3HVR A; 4IFV A; 1T6D A; 2O8B B; 3MX2 A; 3AVJ A; 1B9F A; 1RFQ A; 4JI5 K; 5SWM A; 3QFU A; 5C25 A; 2QWO A; 5KPR A; 3C6U A; 4DWI A; 3WNG A; 3CC4 N; 1KAY A; 3ID6 A; 3NGI A; 5AZI B; 4EP4 A; 1YIT N; 2FBT A; 4H5V A; 5BN8 A; 3OJU A; 4DTX A; 2Y1J A; 4PKI A; 4FXD A; 4DQI A; 3HL8 A; 4DUZ K; 5C2D A; 2NRH A; 3LDN A; 2W42 A; 2IDO A; 3NAE A; 3OYH A; 4DB3 A; 4JK7 A; 4FK2 A; 3IDH A; 3UKU B; 4X62 K; 1ZBI A; 3FZF A; 5AQF A; 5EX5 A; 1G15 A; 2YHA A; 4DR5 K; 3FZK A; 1T7P A; 3AO4 A; 1VQP N; 4FJK A; 1WSF A; 5CR4 A; 5AQP A; 2QEX N; 4HUE A; 1N36 K; 2DFE A; 4CVN E; 2P9S A; 4CZM A; 5HRO A; 1Q18 A; 4M63 C; 1S1V A; 1T3V A; 4CD1 A; 4C8M A; 3T19 A; 1IJJ A; 1NK9 A; 4OKK A; 4FZX C; 1CXU A; 4EIA A; 3NH1 A; 4LSN A; 2VQF K; 3DXM A; 5CE3 A; 4FLT A; 2FF3 B; 1QTM A; 2NRZ A; 5AQJ A; 2VWB A; 3QO9 A; 3SCX A; 4MDA A; 1S6P A; 1SKS A; 3GBT A; 2NRR A; 2QTD A; 4B1U B; 4CES A; 1QSY A; 2DTU A; 1ZBL A; 4J8F A; 3ZX2 A; 3PSI A; 2O8D B; 3LL3 A; 1SS6 A; 1VSE A; 4RWT A; 5AQO A; 2QK9 A; 4JNE A; 3VN5 A; 5EY4 A; 1HLU A; 5B8H A; 5BPN A; 3SAG A; 1L3U A; 3GDQ A; 3L3U A; 3BF1 A; 4HWI A; 3K59 A; 4CED A; 3C7N B; 1S1T A; 2FLO A; 3T1H K; 1KLN A; 3CER A; 3SJH A; 1X3M A; 2Q1N A; 2E2O A; 1CXQ A; 3P1G A; 4CBW A; 4BE0 A; 2A1R A; 4A2B A; 3I0S A; 4IKF A; 4FWL A; 3ZSR A; 1VQL N; 3OYL A; 5KGX A; 3P39 A; 1NK8 A; 1N8R O; 3LDS A; 3KK2 A; 3AVA A; 4CZH A; 3NVM A; 1S5J A; 3WXL A; 3K5O A; 1NGI A; 3THV A; 1YVU A; 4Z4G A; 3C6A A; 2Q31 A; 3O4Q A; 3FZH A; 3ZSO A; 4X64 K; 3MXI A; 1C0U A; 4BE2 A; 5GIN A; 1X9S A; 1KVB A; 3MEG A; 3LAK A; 4UY8 O; 4GW6 A; 5FPE A; 2DY4 A; 1NGF A; 3FLC O; 3S3N A; 4CF9 A; 4B9S A; 4DU3 A; 2Q36 A; 3BUZ B; 3THY B; 2P9L A; 3SPY A; 3JYT A; 3RMC A; 3D6R A; 2O8E A; 3OYA A; 4BWM A; 4M7X A; 5JVH L; 3VQQ A; 4K0K K; 2V51 B; 4H0Y B; 2JWL A; 3OYG A; 3MWP A; 2ZQB A; 4DSF A; 4CZJ A; 1RDA A; 2DFF A; 2F9T A; 1JXE A; 4U7B A; 3THX A; 2W6K A; 3NFA A; 3O08 A; 3MEC A; 3QB0 A; 5LMN K; 1C1A A; 3AVM A; 5KRS A; 3O1W A; 3JS6 A; 4JS5 A; 4CJQ A; 2PY5 A; 1Z05 A; 1DGK N; 3O5B A; 1T03 A; 4NXN K; 2WC9 A; 3NF9 A; 3Q7B A; 1TL3 A; 1QE1 A; 1KAZ A; 2J4R A; 3HJF A; 3LDL A; 1T44 A; 4IZ9 A; 4W5R A; 3CJC A; 4M3Y A; 3U8X A; 4CJL A; 1BCO A; 4IEI A; 4YDU C; 4JI6 K; 3WXI A; 4BDZ A; 4JKD A; 1KFS A; 2UXC K; 3DLB A; 4HVJ A; 2FC0 A; 4JHD B; 4I9L A; 3KLF A; 5BRD A; 2HHX A; 3ZET A; 4DQS A; 2I7P A; 1W7A A; 2KZZ A; 2UU9 K; 4H03 B; 3O4N A; 3O9R A; 3T1A A; 1GLA G; 4BRL A; 4M42 A; 3M8S A; 2W41 A; 3CYM A; 5BPM A; 4CCH A; 2FF6 A; 4QS9 A; 2ASO A; 3D45 A; 4WQ5 C; 3VEW A; 3WXK A; 3MXM A; 3VQP A; 2HHW A; 5GAE P; 1TK5 A; 2XY7 A; 4BC4 A; 4J2D A; 4CJF A; 2A1S A; 3SAH A; 3IG1 A; 1ASV A; 2NLX A; 4CK2 A; 3MN9 A; 4JD2 A; 4BG8 A; 2HHH K; 1HNZ K; 3TAP A; 4FJN A; 2BAN A; 2X74 A; 2Z1J A; 3SYZ A; 1SZ2 A; 4X65 K; 5ADX A; 3OYK A; 2P9P B; 1HQU A; 3L3V A; 2NRT A; 2D0B A; 1EXQ A; 4M41 A; 3K2P A; 2F96 A; 4H5W A; 3AY9 A; 3L8B A; 5F2R A; 4BRI A; 4KBO A; 5C2F A; 2BUP A; 4DR2 K; 2HB5 A; 3AGR A; 2EWS A; 1ILY A; 5GAG P; 3D0P A; 3QNN A; 3SQ4 A; 1RBV A; 3I0R A; 4FJL A; 5C10 A; 1VSL A; 4C8L A; 1WAJ A; 1IG8 A; 3DMJ A; 1VQ9 N; 3ULE A; 3U9Z A; 3VEY A; 4YOT A; 3NF8 A; 1QQM A; 5AQK A; 4LF8 K; 5AQT A; 1C0T A; 1W97 L; 5AQI A; 4CJE A; 4QAG A; 2QWP A; 3HM9 A; 4ELT A; 4KHY A; 2GWJ A; 2BE2 A; 1S1W A; 3ZT3 A; 3I33 A; 3EY1 A; 5TKY A; 5AQZ A; 2KFZ A; 2PYL A; 2BGG A; 4XH1 A; 4W5O A; 2FSN A; 3MDQ A; 2XY8 A; 4M3W A; 1C0M A; 4DS4 A; 4DFM A; 3AAR A; 1HRH A; 3AAP A; 2VWJ A; 5I9E B; 3V9U A; 1KVC A; 4DSK A; 4B3R K; 1Q86 O; 1D9F A; 1RGI A; 1E3M A; 3ALY A; 3KK7 A; 4LD0 A; 2QWM A; 4GV6 A; 5F0X A; 3M8P A; 4WE1 A; 2GWK A; 3OYC A; 4H0O A; 3K5L A; 1X9J A; 4OKJ A; 3P31 A; 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4FJG A; 4CEF A; 2PBD A; 2IVN A; 1WN7 A; 2V7Y A; 2QW9 A; 2HBL A; 4JKG B; 1HJO A; 3O6W A; 3C95 A; 2YI1 A; 4RW8 A; 3CXC M; 5AQG A; 4CJW A; 3ZCM A; 4DSJ A; 1ASW A; 4CEA A; 4MLH A; 4PQU A; 2NUB A; 4J2E A; 2HBK A; 4K25 A; 1KTQ A; 3CCS N; 2QXF A; 3OYB A; 3PV8 A; 4I2P A; 2D0A A; 4DV2 K; 4O0I A; 4IEE A; 1WSE A; 4PY5 A; 3VQ4 A; 2HF3 A; 2F8S A; 1QQC A; 4BVP A; 4JK9 A; 2G8W A; 1NGJ A; 4DQQ A; 1U48 A; 1NG9 A; 3BEX A; 3QEV A; 4HUF A; 4LSL A; 4M3T A; 1MWK A; 4O8K A; 1BG3 A; 1NJX A; 4KHP K; 3AVG A; 4YOY A; 4A5B A; 5BR8 K; 2IAJ A; 1YAG A; 3TAN A; 4N56 A; 4BVO A; 3NDK A; 4PUO A; 4JI7 K; 2P9N B; 1U45 A; 2ZD1 A; 2GUI A; 3JXU A; 4OO1 J; 2O8C A; 1L3S A; 1RDW X; 3TAQ A; 5KRT A; 2X78 A; 4CF1 A; 5FPM A; 2B5J A; 3VET A; 3AAQ A; 3G0Z A; 1C6V A; 3QET A; 1RT1 A; 3CIP A; 4I7F A; 1VSH A; 2QKK A; 1RNH A; 4B1Y B; 1NGD A; 4B9L A; 4BR7 A; 2P9K B; 2OPP A; 4EHU A; 5AQM A; 3WT0 A; 2RPI A; 1BO5 O; 1ATS A; 3CC2 N; 1ZBF A; 2QKB A; 3AVB A; 1TKD A; 4EP5 A; 4FOE A; 2Z1H A; 2Q2R A; 1LWC A; 3VGM A; 4Y0W A; 1LW0 A; 4DU4 A; 1BA1 A; 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