2VRJA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with n-octyl-5- deoxy-6-oxa-n-(thio)carbamoylcalystegine
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
438
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular Basis for Beta-Glucosidase Inhibition by Ring-Modified Calystegine Analogues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 178
structure length 438
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vrjA00
3GH4A 1QI0A 1HJUA 1YHTA 1EDTA 2DQXA 1MQPA 1TZ7A 1V3MA 3BLPX 4FLRA 1XC6A 1B2YA 4PEEA 3WNMA 3OG2A 3ZIZA 2D3NA 2E9MA 4CD6A 3GH5A 1WCGA 4U5IA 2IUZA 1OIFA 3I3DA 4GZJA 4DUXA 3WEZA 3AHXA 4J3WA 1KQZA 2ZWYA 1UD2A 2G8ZA 4XB3A 2W62A 3OLGA 5AC5A 4UR9A 4QLJA 2X05A 1FH9A 1CXEA 1NP0A 4ZENA 2CPUA 2DT0A 1SYTA 5BCAA 3HN3A 2DSUA 3L4VA 2CNCA 2O9RA 3VDCA 3GNRA 3WFLA 3VM7A 1V0NA 1PX4A 1ESWA 2GUYA 4AD3A 5M3WA 1NM9A 4JKMA 1A3HA 2EPLX 3W28A 2W5FA 2WMIA 2TAAA 4YHGA 1OGBA 4TX6A 1SMDA 2J78A 3VIOA 3WIJA 2D20A 4PMYA 1U30A 3W26A 1HKJA 3VILA 3MV01 4HP5A 5D9PA 2ZWZA 1VFMA 2CIPA 4JKLA 5A2AA 1LWHA 2WSKA 4D6CA 4Q7NA 1R87A 3AMDA 2OWWA 4CN6A 2XYLA 5A6LA 1PEZA 2VVSA 1WDQA 2ZICA 3T0BA 3VIJA 3VIHA 3WDQA 4XV0A 3DYOA 4GI8A 1ISZA 2CYGA 4ATDA 4MNJA 3M46A 4U33A 1V0MA 2PWHA 1JZ8A 2Y5EA 1EO5A 3VD4A 2YL9A 3T08A 3FXYA 5EB8A 4Z2JA 1WAWA 1GQLA 4P8VA 1G1YA 4M24A 1F4AA 1B3XA 1W1VA 1JXJA 4B3KA 3W82A 3L4TA 3EDJA 2Y2WA 3UG5A 2GSJA 2X2YA 3TA9A 4AEEA 3FHQA 3VKKA 3TTYA 2FH8A 1V3LA 2UY2A 1FA2A 3L4WA 2GFTA 2O9PA 3AFBA 5GNYA 1WZLA 4H2CA 3ZJ7A 4JFTA 3M07A 1J9YA 4W89A 3WNKA 2DH3A 4AZGA 3WF1A 1E1EA 1UZ4A 3WF4A 3MSDA 4JAWA 1FH8A 1RP9A 1JZ4A 2W92A 1UZ1A 3PZIA 3GXIA 1A47A 4E4PA 1NH6A 5CZKA 4ACZB 2J7BA 5A8PA 2PBGA 1XSJA 3AMGA 3WDHA 1B3YA 3ARTA 1S46A 4AD0A 5M5DA 3WELA 5E70A 4W7VA 4X0VA 1UA3A 1G9HA 2XFFA 5I5RA 5D9OA 1PZ3A 2VCAA 3AROA 2G41A 1AQMA 1EO7A 1H0GA 3AMKA 2IXUA 5IDIA 2VC9A 4K68A 3VD5A 1ISXA 2W61A 2FHCA 1DWIM 4WSJA 3HMCA 3BCDA 1UOKA 4H8HA 3VOCA 5JUVA 2J74A 7CGTA 1GQJA 1KQYA 4M8UA 4PMRA 4UFMA 1E6XM 4QAWA 3K4DA 5A6JA 4W8AA 4QLLA 1B90A 4AZIA 2W67A 1IZKA 2ZE0A 2DPEA 2AAAA 1GORA 1JZ2A 5CLWA 3UETA 1UKTA 3A47A 5FOOA 2DDXA 2WWCA 4MAVA 4CGTA 2DGAA 2J4GA 3IK2A 3NJ3A 2PC8A 3U57A 1MXGA 2XGBA 3RDKA 2QV4A 2GK1B 3VGHA 1QW8A 3BMWA 5JIPA 3CHDA 4S3KA 1UKOA 3MUIA 2EPOA 3PBGA 3WDJA 4CU6A 1HP4A 3UG4A 2MANA 4RL3A 3RM8A 2QMKA 1UR8A 1VIWA 4ACZA 1ZL1A 1EGZA 3VU2A 1DWJM 3A4XA 2G3IA 3GXFA 2WANA 5BRPA 1D3CA 2XIIA 1BAGA 2ZX8A 2ZXDA 1SR0A 4IPLA 1B9ZA 3WUGA 2FHBA 3UR8A 4AZHA 2DSWA 4EANA 1NARA 1E4NA 1HP5A 2VZVA 4B15A 1XCXA 3AS2A 5TD4A 3VGBA 1W9UA 3POHA 4UFKA 2V5CA 1UD5A 3ZMRA 4E2OA 4A4AA 2PWGA 2CEQA 2EBNA 3TONA 3U7VA 1J0ZA 2ZXBA 5CPQA 4WKAA 1ZJBA 1K9TA 1CXLA 1CGUA 1U2YA 4AD2A 5ABEA 2WZHA 3AIVA 3BXWA 1KR0A 2W63A 4V2XA 1BYCA 4UFHA 4YN5A 1H49A 4C7DA 1W9PA 3ALGA 1BFNA 2GK1A 4CU8A 3VX1A 1GOIA 1FHDA 3S6TA 2BVDA 2CKRA 3IJ9A 1JYVA 3PZQA 1U33A 2DSVA 2XIBA 1JFXA 5CQ1A 1V0KA 1V3JA 1WDRA 2WHJA 4PTVA 4PTXA 3PZNA 1GVIA 2E8YA 5HBFA 2G3NA 2J62A 3D3AA 1J18A 3AIRA 2WBKA 4A3HA 1BYDA 2AMGA 3S2CA 5IFTA 3ARUA 1DWGM 1US2A 3AHVA 4WKHA 2OSWA 5BXRA 5I6SA 3ARZA 1GQKA 1NOUA 3T09A 2EJ1A 3VO0A 1JIBA 5JBEA 5A2BA 3L4ZA 4F79A 2NW0A 2J25A 1GJWA 4NRSA 3M6DA 4S3JA 2CETA 2WMJA 4PMUA 4OJYA 3B9DA 4MNLA 4ATWA 2E3ZA 4HOWA 4TX8A 2JEPA 5I3DA 1K6AA 4IUGA 3BCFA 1KCKA 1DHKA 2WPGA 3WL0A 5BYWA 4CVWA 1QHZA 2YL6A 1JDAA 3OLDA 4MB4A 4Y7EA 4P7LA 3SIMA 4LGXA 1IT0A 4JCLA 4QP0A 2WAGA 3ECQA 3VNZA 1FP8A 1H2JA 5HOSA 1OIMA 4B9YA 3U5UA 4W84A 1E40A 3THCA 2BXYA 3BSGA 3WH8A 1E43A 2EPNA 1D2KA 3AS3A 1E6SM 4D72A 1BQCA 4RE4A 5LYRA 2J47A 3WF0A 5BXTA 1EQCA 5EMYA 4CD7A 1CLXA 1HL8A 3A3HA 5I0DA 4KRTA 4QFUA 1MW3A 1HJQA 4PMOA 3ARRA 1OBAA 2VUYA 5FD0A 1QBBA 4FF5A 1I1XA 2X09A 5D8WA 4HZ6A 4Z2HA 5AYBA 2VX5A 1JNDA 1V3HA 1E55A 3VIFA 2D3LA 4U2ZA 3WMBA 1NOFA 1WPCA 1JZ3A 3WF3A 4YPJA 2V3FA 3EDDA 3MMDA 2CHNA 3ZT5A 2D23A 2WWDA 3MANA 4P7NA 2YL8A 1PJ9A 2BVYA 4FK9A 3GBDA 2O9TA 3KE0A 1H0IA 2CBVA 2C0HA 2OYMA 4JFSA 4W5ZA 3MMWA 1IZJA 4JCMA 4EK7A 4UQEA 5GNXA 3VMPA 3AXXA 1NP2A 1TR1A 5I79A 5D8ZA 1B31A 4MB3A 1BGGA 1C92A 1UKQA 2WK2A 3WH7A 2WLYA 1JI2A 1WP6A 4J28A 2NSXA 5A8OA 1QI4A 1JG9A 2E0PA 1LQ0A 1EIBA 2V38A 2J7HA 4DWSB 1CEOA 1JZ7A 2BFGA 1J11A 2QLYA 1OCQA 3AMCA 1V3KA 4TOQA 4AD4A 2UWFA 2CITA 1TMQA 4U5KA 4HA1A 3BSHA 3GYCA 4F9DA 3WNLA 3NSXA 1PPIA 1Q6GA 1BTCA 1CGWA 5BWFA 2FH6A 4EE9A 1W9BM 1ITXA 3K1DA 3TTOA 3M7SA 4F8XA 2A3EA 1K9FA 1CNVA 2FDMA 2F2HA 1UH4A 3AXIA 1K9DA 5A94A 3W6LA 2ZX5A 1C93A 1WB0A 4H8VA 1TFVA 2WHKA 5A6KA 2Z1KA 1H4PA 3NIYA 2VRQA 2VZTA 2WW5A 4HMEA 4Z2IA 3RIKA 1UWRA 1DTUA 1E9LA 3SCSA 4TVCA 3OLIA 4U2YA 1EA9C 3NSMA 3VM5A 4BQ4A 1V6YA 3AJ7A 5FIPA 3AIBA 3VVGA 4FMVA 4OBRA 3AS0A 2JALA 2BS9A 1BG4A 3RM4A 4WSKA 3TTQA 4DWSA 1BSIA 1W9XA 3T2OA 1CXKA 4AXNA 1I1WA 4M1RA 4AD5A 3GH7A 3EBVA 1LG1A 4GZEA 2BV9A 1UWQA 3L4UA 4JL2A 1E5NA 1QI3A 1M03A 1DWFM 1ISYA 1CBGA 1MWOA 3OZOA 3MKKA 1MQQA 4GO8A 4W88A 4GZIA 1B1YA 2WHLA 2VRKA 1JI1A 1KXVA 3WNNA 3OZPA 1DWHM 2CXGA 2WVTA 3ARYA 2WVSA 2BY2A 1E73M 4P8WA 1JL8A 1H3GA 2WB5A 3AXHA 5I23A 3VIMA 4AWEA 3DHPA 2VQTA 4AD1A 3VGEA 3F5KA 3B9EA 4W87A 1DWAM 3BAWA 1XSKA 1J0HA 3WQ8A 3WBAA 1ZBCA 3UESA 3LMYA 2ZXQA 2V3EA 3RO8A 2PWEA 1H09A 5M17A 4V28A 3T2QA 4AIUA 3WQ5A 1C7SA 1VFUA 2PBOA 1KWKA 2A3BA 1E56A 1HL9A 3W37A 2WCAA 3ALFA 4GPNA 1KCLA 1EQPA 1CENA 5GQBA 1RH9A 1CLVA 3WH9A 4AYSA 3SCVA 4WKFA 3WQWA 1E0WA 1LLOA 1H1NA 1HF6A 3WNPA 4WJXA 3B9AA 4XZWA 4J3XA 1W2PA 1PX8A 4ZE5A 1WZKA 4OZOA 1VFOA 5HXMA 2YBTA 2XJ7A 4E8DA 1FOBA 1UWIA 2XVLA 2BY0A 2PB1A 3ARXA 4C7FA 4L4PA 2VCBA 1UYQA 2ZUMA 4ZXOA 1Z32X 3GNPA 3EMQA 5A1AA 1F4HA 2J7CA 2W4XA 1TVPA 3VD9A 1V6UA 5A95A 2VZUA 1QNSA 1XCWA 5GPRA 3WD1A 1XH2A 2ZUUA 3DYPA 3W81A 4HPHA 4UOZA 3VDBA 3BC9A 1XSIA 1M7XA 1UR2A 1QHOA 4J3TA 4LQ1A 1E6PA 5A8MA 3QGVA 3NUKA 4W8BA 2BHZA 2CBUA 4CVUA 1QPKA 5DT7A 1W32A 3ZT6A 4CN4A 1OD0A 3GXMA 3UERA 4BCEA 4ZE4A 2XG9A 2XVPA 4RE2A 1KFWA 4MDOA 5DT5A 2F61A 1UR4A 1W9DM 2JEQA 1TUXA 2J7FA 2XPKA 4NRRA 3ARVA 3GZAA 1K9EA 3WD4A 2ESCA 2J79A 1EH9A 3RJXA 3BGAA 1G0CA 1X1NA 2BHUA 2X8RA 3RJYA 1UR9A 3QR3A 4KGLA 5HPCA 3SCQA 2XTKA 2B31A 2VURA 2YA2A 5LA0A 4M56A 3ARSA 4XZBA 1E3XA 3CH9A 3KL3A 4OBSA 2J7GA 3QHMA 3U7BA 2Z1SA 4D6JA 1CXHA 5M03A 3SCWA 2YOCA 2FGZA 1GZJA 2XM2A 1VAHA 2YIHA 1IV8A 2DIEA 1W3JA 4DM1A 3QOKA 1HVXA 4OOZA 3WH5A 2E9BA 2EXOA 1JGIA 4BQ5A 4OIFA 2RGMA 1C3FA 1XYZA 2XVKA 2VQUA 2VNCA 3GNOA 3TP4A 1J12A 1E6RA 3VIKA 1VF8A 2O9OA 3WDRA 1E0VA 2WMHA 4JHOA 4PUEA 3K8KA 1JD9A 3WD2A 4MPKA 3POCA 3CZGA 2D24A 1CIUA 1CXIA 2F8QA 3KL5A 3IANA 4GQRA 3AIEA 1CZ1A 1M53A 3WQ4A 1EDGA 1GONA 2VR4A 3APGA 4ATLA 5E0CA 5AC4A 2J7DA 1L8NA 3EMZA 1Q6FA 1UH3A 5EFFA 6TAAA 3CBWA 2ZXAA 1Q4NX 1W91A 3AIQA 3F5JA 3KZSA 5E09A 1VEOA 2WVUA 4UZUA 4WK9A 4M29A 3LPPA 2V5DA 2DT3A 5A8NA 3WL1A 4J3VA 4KRUA 3AYRA 4PMVA 2GJXB 3N04A 3RPMA 2OYLA 3VIIA 1MFUA 5HDRA 4NI3A 1MW1A 4AY1A 3I3EA 3VMOA 1CDGA 1NQ6A 2JF6A 3WH6A 1E4LA 1BF2A 3SCRA 3WUEA 4UFLA 4J3UA 3CGTA 3FAWA 5CXPA 4AZ7A 2VX7A 4GQQA 1MW0A 2YDRA 3GDBA 4UQBA 1C8YA 1FHLA 2G4FA 4HOZA 1QOXA 4MNMA 3OGRA 1MXDA 1ISVA 3AIWA 2XFYA 1V6WA 3N13A 3AYSA 3BAXA 3T0DA 4GINA 1MVYA 2A3CA 3SURA 4PMQA 3RMEA 3NDYA 1UR0A 1C8QA 3WD0A 1CECA 1TVNA 1HKKA 3K8LA 1JF5A 1WO2A 1HKIA 5BROA 2WBGA 3WMCA 3OGVA 2XM1A 2VVNA 4R5EA 3QHNA 3T0AA 4WF7A 3PZTA 3K8MA 1HVQA 2DSKA 1CGVA 1TA3B 5JIWA 2EPKX 1E3ZA 3AQUA 1KGUA 1HKMA 2VCCA 3VIPA 3CMGA 2QPUA 1UD4A 3NCOA 1UD6A 4QCFA 3J7HA 3WQVA 1JXKA 2G3JA 3O2LA 4HTYA 5A6MA 1AVAA 1Q6EA 2GJXA 4DUVA 4JFWA 4XX6A 1E5JA 1UA7A 4E8CA 4GO9A 5C71A 1JD7A 1US3A 4GI9A 4CD5A 1UWTA 1XD0A 3EDFA 3WMSA 2JE8A 3BAJA 3WEOA 2ZX9A 1KR1A 1KXTA 3WENA 2VOTA 5GNZA 2GJRA 5I77A 3LPOA 1V02E 5BRQA 7TAAA 4D1IA 1HJVA 2WCSA 3SEPA 5D9MA 3WSUA 3IJ7A 3CIVA 1GQIA 4CCEA 4JL1A 4MJ2A 4AZ5A 4PYSA 4DWSC 1HXJA 3ZR5A 3BAIA 4MJ4A 1V0LA 1W1YA 3SUSA 4BA0A 3ZSSA 1WE5A 1UKPA 4GKLA 4CKQA 5ABGA 5E6YA 5JBDA 1W1PA 1BGAA 4BQ2A 2FGLA 4LPCA 1XYFA 1FFRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GH4 A;  1QI0 A;  1HJU A;  1YHT A;  1EDT A;  2DQX A;  1MQP A;  1TZ7 A;  1V3M A;  3BLP X;  4FLR A;  1XC6 A;  1B2Y A;  4PEE A;  3WNM A;  3OG2 A;  3ZIZ A;  2D3N A;  2E9M A;  4CD6 A;  3GH5 A;  1WCG A;  4U5I A;  2IUZ A;  1OIF A;  3I3D A;  4GZJ A;  4DUX A;  3WEZ A;  3AHX A;  4J3W A;  1KQZ A;  2ZWY A;  1UD2 A;  2G8Z A;  4XB3 A;  2W62 A;  3OLG A;  5AC5 A;  4UR9 A;  4QLJ A;  2X05 A;  1FH9 A;  1CXE A;  1NP0 A;  4ZEN A;  2CPU A;  2DT0 A;  1SYT A;  5BCA A;  3HN3 A;  2DSU A;  3L4V A;  2CNC A;  2O9R A;  3VDC A;  3GNR A;  3WFL A;  3VM7 A;  1V0N A;  1PX4 A;  1ESW A;  2GUY A;  4AD3 A;  5M3W A;  1NM9 A;  4JKM A;  1A3H A;  2EPL X;  3W28 A;  2W5F A;  2WMI A;  2TAA A;  4YHG A;  1OGB A;  4TX6 A;  1SMD A;  2J78 A;  3VIO A;  3WIJ A;  2D20 A;  4PMY A;  1U30 A;  3W26 A;  1HKJ A;  3VIL A;  3MV0 1;  4HP5 A;  5D9P A;  2ZWZ A;  1VFM A;  2CIP A;  4JKL A;  5A2A A;  1LWH A;  2WSK A;  4D6C A;  4Q7N A;  1R87 A;  3AMD A;  2OWW A;  4CN6 A;  2XYL A;  5A6L A;  1PEZ A;  2VVS A;  1WDQ A;  2ZIC A;  3T0B A;  3VIJ A;  3VIH A;  3WDQ A; 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 1ISX A;  2W61 A;  2FHC A;  1DWI M;  4WSJ A;  3HMC A;  3BCD A;  1UOK A;  4H8H A;  3VOC A;  5JUV A;  2J74 A;  7CGT A;  1GQJ A;  1KQY A;  4M8U A;  4PMR A;  4UFM A;  1E6X M;  4QAW A;  3K4D A;  5A6J A;  4W8A A;  4QLL A;  1B90 A;  4AZI A;  2W67 A;  1IZK A;  2ZE0 A;  2DPE A;  2AAA A;  1GOR A;  1JZ2 A;  5CLW A;  3UET A;  1UKT A;  3A47 A;  5FOO A;  2DDX A;  2WWC A;  4MAV A;  4CGT A;  2DGA A;  2J4G A;  3IK2 A;  3NJ3 A;  2PC8 A;  3U57 A;  1MXG A;  2XGB A;  3RDK A;  2QV4 A;  2GK1 B;  3VGH A;  1QW8 A;  3BMW A;  5JIP A;  3CHD A;  4S3K A;  1UKO A;  3MUI A;  2EPO A;  3PBG A;  3WDJ A;  4CU6 A;  1HP4 A;  3UG4 A;  2MAN A;  4RL3 A;  3RM8 A;  2QMK A;  1UR8 A;  1VIW A;  4ACZ A;  1ZL1 A;  1EGZ A;  3VU2 A;  1DWJ M;  3A4X A;  2G3I A;  3GXF A;  2WAN A;  5BRP A;  1D3C A;  2XII A;  1BAG A;  2ZX8 A;  2ZXD A;  1SR0 A;  4IPL A;  1B9Z A;  3WUG A;  2FHB A;  3UR8 A;  4AZH A;  2DSW A;  4EAN A;  1NAR A;  1E4N A;  1HP5 A;  2VZV A;  4B15 A;  1XCX A;  3AS2 A;  5TD4 A;  3VGB A;  1W9U A;  3POH A;  4UFK A;  2V5C A;  1UD5 A;  3ZMR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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