2WC3A

Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-8-epi-castanospermine
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
444
structure length
442
Chain Sequence
NVKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 182
structure length 442
sequence length 444
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wc3A00
2CHNA 4NSBA 9CGTA 4AYSA 3VM5A 4MJ2A 1HJSA 1M53A 3KEHA 4GO9A 4AEFA 3CHFA 3IAQA 1GUVA 3FAWA 5IHSA 3AYSA 4B9YA 1XH1A 1PZ2A 3DHUA 2NT1A 1QBBA 2FGZA 3B9AA 3TONA 4R5EA 1XRVA 1ISZA 5ABEA 3N04A 1QW8A 4PMZA 3EYPA 3K4DA 3RM9A 4JKKA 2ZX8A 4AWEA 4PMUA 3VGFA 1CNVA 3RM8A 2YKKA 3OBAA 4GI6A 3TOPA 1W1YA 1KGUA 3WIJA 1JF5A 3WFZA 1GOOA 1NP2A 2CHOA 4CN1A 2X8RA 4F79A 3VX1A 4TVCA 3UERA 1VEMA 2EO7A 3AMGA 4YHEA 1UWUA 1PIGA 1W3HA 1R7OA 5CSUA 4HTYA 1HJVA 2IUZA 2XUCA 1HVQA 1CXKA 3W25A 5A6BA 1IZKA 3MV11 3EDJA 1I1XA 2J7DA 1E43A 4XZWA 1KXTA 1RPKA 5BRPA 1U30A 1ZBCA 3CHDA 3ARTA 2WKGA 3VGGA 4CD6A 1W2PA 3SCRA 8CGTA 1CGVA 1J0HA 2X2YA 4CCCA 1B3XA 2C7FA 1WO2A 5GNZA 3PZIA 1XCXA 2EXOA 2FHBA 1BGGA 1KR0A 1JZ7A 2DPEA 2WHLA 1HF6A 4RE3A 2VO5A 2XFFA 5FL0A 2JE8A 3ZJ6A 1TE1A 4LPCA 4YHGA 1C93A 1K9DA 3VIKA 3WH6A 4CU6A 2ZOXA 1WAWA 2ZXBA 1NH6A 3VX0A 4CCDA 4FLSA 1XH2A 4QCEA 1V6WA 2GDUA 2VT0A 3AIQA 1UYQA 1GW1A 4W89A 4DUXA 1H5VA 4CD4A 1NQ6A 2E9BA 3AZTA 1KFWA 3GNOA 2XTKA 2C0HA 3TA9A 3SUUA 3UG5A 2WC7A 4E4PA 5LYRA 2G3JA 3W37A 1G01A 4D6GA 4CU7A 1Q4NX 1V02E 2GJPA 2J78A 4XB3A 5HOSA 2XVGA 3TTOA 3L4UA 3WQVA 1BLIA 1CTNA 1UWIA 3D3AA 4J7RA 1GZJA 1HL8A 4C7DA 4AZCA 4HMDA 2QF8A 1UZ1A 1UWRA 1KB3A 3OLDA 2VCBA 2EPNA 3MU7A 3BAJA 3RO8A 1OM0A 3SCTA 4NRSA 4AW7A 2ZIDA 3F5LA 3QHOA 5JBFA 2EBNA 2VX6A 2ZX9A 1PX4A 3OGRA 1FP8A 2J77A 3RJYA 3VINA 1CGYA 3WNPA 2EPMX 1K6AA 4Z2GA 3L4VA 2CBIA 3WENA 1QVBA 2QPSA 4BF7A 4PMQA 2WZEA 1EDGA 5CLWA 3WNOA 1WZMA 4FMVA 3AQUA 4XUYA 4PMVA 2ZUNA 1HJXA 5FL1A 5DT7A 2WZHA 3WMCA 1L8NA 3PTKA 2CBUA 3WF0A 3AMKA 1JDAA 3N9KA 5AC5A 1Y7VA 4FLOA 4TTGA 1V0NA 1W91A 3OLEA 1JYNA 2YJQA 2BXYA 3ARUA 4D6EA 5TD4A 5GQBA 4HMCA 1MQPA 1MXGA 1JAEA 2WLZA 2G3MA 4CU8A 3GH4A 1W1TA 2GK1B 3MUAA 4FLRA 1VIWA 4HZ7A 1WDQA 3QGVA 1BGAA 5D4YA 2GVYA 3FN9A 3B8SA 3VDHA 1B3ZA 3LPOA 1J10A 1VFFA 5F7UA 4IPNB 1TA3A 3ARZA 1HVXA 5FKYA 4TVUA 1W32A 4AZCB 2FHCA 2A3HA 4KRTA 5I23A 1BF2A 1PEZA 1IZJA 4UZSA 2ZWYA 3MO4A 3MMWA 3VDBA 4AIOA 1G94A 1W9UA 1CLXA 4C7FA 1G9HA 4WSJA 3ZSTA 1XSJA 2OSYA 4EE9A 3NJ3A 1VEPA 4N0RA 4U3CA 4HPHA 2XSBA 1NWSA 1JZ4A 2VCAA 4V28A 5JUVA 5A6SA 2YA1A 2O9TA 1ECEA 3ZMRA 3AHZA 1JAKA 2ZXQA 3BCDA 4H04A 4J27A 1HKKA 3WQ6A 4BQ2A 2GJRA 3AIUA 4H41A 1V6UA 1QBAA 1KCKA 1V3JA 1GOQA 2WXDM 2WBKA 4RL3A 1V6XA 2VC9A 1GORA 4JFVA 4M24A 3SCSA 4HU8A 2W66A 4PUEA 1OIFA 3VD5A 5I6SA 4JKLA 3VMNA 5IFTA 2UY2A 3UETA 4M29A 2DGAA 1C8YA 1QNOA 2TAAA 5D8ZA 3WBEA 3WNKA 3RDKA 4KWUA 1UD4A 1R86A 1E70M 4S3KA 1E4MM 3WH5A 4Z2LA 2F8QA 4CD7A 1KQYA 1V03A 3OG2A 4HA1A 2XG9A 2GUYA 2YL6A 4LYRA 2WB5A 2J4GA 1E6QM 2WVVA 2EQDA 1BSIA 2CBJA 1J18A 3K1DA 4W7UA 1LL7A 5CZKA 3BAYA 4FLQA 1C90A 4D72A 1EQCA 1NOUA 1W3KA 4R27A 1QI3A 2CETA 2OSWA 1VAHA 3QOKA 3B9DA 1UD3A 5HBFA 3TP4A 1TA3B 1E1FA 1BQCA 3VVGA 1ITXA 3NCOA 4D1JA 4PMDA 1UR2A 5BXPA 1TFVA 1HKJA 3MSDA 4X9YA 1MYRA 5BCAA 1QI2A 3A4WA 3WDRA 5A3HA 1GOIA 4Z2IA 3POCA 1E0WA 3WNLA 2YLLA 4UFJA 3SCPA 2XYLA 1W3JA 5IHRA 3L4TA 3VIOA 3W0KA 3N15A 2GSJA 3PZ9A 2WVTA 2WPGA 2BVDA 4JCLA 4W84A 3IK2A 4W88A 3W4RA 1XV8A 4NRRA 2DT1A 3AZRA 3MSGA 1WNOA 4PCTA 4JFWA 2Y5EA 2DIEA 1V0LA 4BS0A 4DUVA 1CXHA 4S3JA 4KGLA 4GXPA 2WM0A 3SCQA 5CGMA 1DWFM 4J3UA 4CN4A 4CD8A 1MW3A 4WKHA 1JD7A 1UZ4A 1OGSA 1V0KA 4FK9A 1PZ3A 4JHOA 2BS9A 4ATLA 5EFFA 1M04A 3WH7A 4OOZA 4F9JA 3SIMA 1B3VA 1HJWA 1H4PA 4C7GA 1LL4A 1VJZA 3O6AA 1C7TA 1EH9A 4DM2A 2WMGA 4GI9A 3AFBA 3VIMA 2W92A 3WNNA 4J28A 3U7BA 1TUXA 4TUFA 2CEQA 1QNSA 5A2AA 3UESA 2VRQA 4H8UA 3TTQA 4W5UA 1SMDA 2J75A 4V27A 5ABFA 1ZJAA 1J0ZA 2VJXA 5I77A 1MW2A 3TTYA 3KL0A 1CENA 1W1PA 3BSGA 4CD5A 3APGA 3VUPA 3WN6A 4UQCA 5C70A 4AZGA 1MQQA 3GH5A 3CZLA 3WF2A 2JIWA 3HMCA 1SMAA 4F8XA 1HKIA 2V3DA 4TVDA 4TX8A 1BFNA 3A6OA 4UFMA 4GQRA 5A8OA 1J0KA 2Y8VA 2ZX7A 5E0CA 3CZ8A 2VR4A 1JL8A 1JZ3A 2WHKA 3CMJA 3AS3A 2WANA 1JIBA 1ISXA 3CZGA 2UY4A 3VU2A 4OBSA 4NF7A 4OUEA 2J8FA 2WKLA 5JIPA 1XYFA 5JBEA 1JNEA 4MNMA 4V2XA 1WZKA 1V02A 3VIHA 1UR9A 4ATDA 2WCGA 2Z1SA 3K46A 2DDXA 1VBRA 3EMZA 3BAIA 1CGUA 2CKRA 4UFIA 2J74A 2VUYA 4DWSD 3M07A 8A3HA 2VZTA 1E40A 3SUVA 1IV8A 4UOQA 1XSIA 2YOCA 5D9OA 2V38A 2XSAA 1B30A 2XVLA 2JF6A 4AD5A 4CVWA 1E6NA 5FD0A 1DTUA 5I3DA 3EMQA 5M17A 1KXHA 3CH9A 3FXYA 2E9LA 4AMCA 3S2CA 5HPCA 3VDCA 4PEEA 5HXMA 3AMLA 2W91A 4QFUA 5C8BB 4CCEA 4D71A 2CIPA 4W86A 5ABFB 1QW9A 3OGSA 1UKQA 5A95A 1KBBA 3WF4A 2X05A 5JIWA 2BFGA 1TCMA 4UOZA 1GOKA 3WDQA 1B31A 1JG9A 1WDPA 2FDMA 2WWDA 2ZUUA 2E8YA 1Q6GA 4WKFA 4MAVA 3PZVA 4P7LA 1XCWA 1UA3A 1B1YA 4PTVA 1RD6A 4Q7NA 4X0NA 3AYRA 4W85A 1AQ0A 3IJ9A 3UCQA 1C8QA 2WW5A 1E0VA 4W7VA 4ATWA 2O9OA 1KGWA 4GO8A 5A8NA 4P8UA 1LF1A 3DYMA 3NSXA 4HPGA 4AZHA 4UQDA 4D6DA 1JFHA 1FA2A 3CMGA 3QHNA 4JL1A 4OOUA 1JYVA 1WPCA 5LA1A 3VM7A 3PZGA 2BV9A 3NYDA 4P7OA 1BYCA 4GZIA 4OIFA 3WKZA 3WEMA 1CECA 4WF7A 5D9PA 2BXZA 1OWQA 1D3CA 1EO7A 4UR9A 2WC3A 3B9EA 3VIJA 3ZR6A 4PTMA 4HU0A 4GZEA 1LWJA 4GI8A 2JIEA 1KXVA 1WB0A 1JZ6A 3WDHA 5D9NA 4CUCA 1MXDA 4JCMA 3LMYA 3O2LA 1V0MA 4PBGA 2XGIA 1RP9A 2VI0A 1GONA 3NSNA 5I24A 3BCFA 1EQPA 2E8ZA 1B9ZA 1E15A 4PSRA 1GVYA 1UWSA 1OIMA 3CUFA 1UR8A 1P6WA 3KWXA 4PCSA 2D0FA 1M7XA 1JGIA 4AXNA 3T0AA 2EPLX 2JFEX 4GIAA 1JXJA 2CCRA 1ESWA 2XWEA 2WCSA 3VD7A 1JNDA 3ZQ9A 1K9TA 1CXIA 1XHGA 1XC6A 2VTFA 1NP0A 3PTQA 2VRJA 3M7SA 1HJQA 1VF8A 1TZ7A 2GFTA 1W9VA 3WUGA 2CERA 1RH9A 3WL1A 1FOBA 3I3EA 1H49A 1ISVA 1UWTA 1W3LA 4P7QA 2W61A 2WVUA 3AMCA 3CO4A 2XWDA 2ZUWA 2GK1A 2QPUA 2IXUA 4UQEA 2DEPA 1DWAM 4J3WA 2WC4A 3ZR5A 1KQZA 2WZIA 4L4PA 1S46A 1PAMA 1ZU8A 3VD4A 1WE5A 4PN2A 1D7FA 5E6ZA 5FOOA 3AMDA 1EHAA 1UR1A 3W24A 3VGHA 5E09A 3QR3A 4M56A 3VIGA 1H0GA 4EKJA 4U3AA 5FIPA 5LA2A 3ECQA 4Z2KA 2UY3A 5JBDA 3AHTA 4RE2A 2ZUVA 1EDQA 2JALA 2PWFA 1WZAA 4U2ZA 1UQZA 2W5FA 3HU7A 4AY1A 4HA3A 4H2CA 1ZBKA 4AEEA 3WQ4A 3BAKA 1CWYA 1WKYA 2QMJA 3KL5A 2VR5A 1XYZA 5DEZA 3VD3A 3VMPA 2PI6A 4ZE4A 1TVPA 1OGBA 2Y4SA 4UCFA 3POHA 5A6KA 1O7AA 3WD1A 3BAXA 4P8XA 5AYIA 3FAXA 4X0VA 4AZIA 1J11A 4IM4A 5D9MA 1PIFA 3GNRA 3W27A 1SR0A 1NWRA 2D2OA 2YA2A 4D1IA 4IPLA 2VOTA 1PX3A 4RE4A 1TVNA 1C91A 1VEOA 1W1VA 3PTMA 3G6MA 4KRUA 5IXEA 2DQXA 2BY3A 2VL4A 1CGXA 4BZYA 2YIHA 1BPLB 1CGWA 3AROA 5A2BA 1XH0A 4PSPA 3OGVA 3RILA 1UOKA 2ESCA 4YN5A 3VIFA 1EDTA 2EPKX 2Y2WA 3N12A 3T0DA 2YA0A 5I78A 1A3HA 2BVYA 1H1NA 3WF3A 3VNYA 2RGLA 5CPTA 2J7CA 4MADA 5A94A 4H8HA 5FCZA 3DHPA 3SCUA 4J3SA 4MNLA 1LG1A 3T09A 2YL8A 2ZWZA 3L2MA 3AHVA 1GHRA 3WD0A 2A3EA 3PZUA 3AIVA 3LPGA 1GNXA 3ZO9A 4BCEA 1QI0A 4TXEA 1MWOA 1DEDA 1BYDA 3T0BA 3F5KA 1KCLA 1QI5A 3MUIA 2A3BA 3WH9A 4F66A 5EMYA 5BROA 2BHYA 3RMEA 4HA4A 4TTUA 4PMNA 1BG9A 7TAAA 2DT0A 5EFDA 3ARVA 4XV0A 1JD9A 4WSKA 3RM4A 4DUWA 2VCCA 1ISYA 5GNYA 1Q6EA 3WDIA 4MB4A 1PBGA 3GDBA 1E3XA 3UEQA 1CEOA 3WMBA 2EPOA 4PUDA 3M46A 1JI2A 4QAWA 4GPNA 5CPSA 5AYBA 4M80A 4UZUA 1NWTA 1QNPA 2ZUMA 1MQRA 3WD3A 2V3GA 2G41A 3ARYA 3AZSA 1VJSA 3MUY1 1UD8A 2BNJA 3BAWA 2WVSA 3CUIA 1GQIA 2J7HA 4M1RA 3A4XA 3IJ7A 5I79A 1LQ0A 4ZXOA 4W5ZA 1XD1A 4PMYA 2BY1A 2DSVA 3EBVA 1E6ZA 1PX8A 1E4NA 2VZSA 3VKKA 1R8LA 3AJ7A 1ODZA 3OIHA 3GBEA 3GXIA 1E4LA 1MFUA 5DT5A 2BY0A 5CXPA 1WP6A 2J7EA 2J79A 3AS0A 3ALGA 3GBDA 4DM1A 2W63A 3N18A 1GOMA 1DWIM 3CZKA 2BY2A 2QHAA 4EK7A 5A69A 1V6VA 2QMKA 4PMOA 3KE0A 4OJYA 1RP8A 4AIUA 2V5CA 2PWGA 1JZ5A 3I3BA 3OA5A 1L0PA 2JF7A 4ZEPA 5DO8A 3WSUA 3E1F1 4ACYA 1B2YA 4UFLA 3W53A 1W9BM 3WUEA 1E71M 1FH9A 3SCOA 2BHUA 5A6JA 4M81A 1WZLA 1J0YA 1JF6A 1KXQA 1JYXA 3U5UA 1CZ1A 5EB8A 3PZOA 2ZXAA 3VPLA 4KH2A 1QHPA 4W93A 2E0PA 1VENA 1ZB5A 2ZUTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CHN A;  4NSB A;  9CGT A;  4AYS A;  3VM5 A;  4MJ2 A;  1HJS A;  1M53 A;  3KEH A;  4GO9 A;  4AEF A;  3CHF A;  3IAQ A;  1GUV A;  3FAW A;  5IHS A;  3AYS A;  4B9Y A;  1XH1 A;  1PZ2 A;  3DHU A;  2NT1 A;  1QBB A;  2FGZ A;  3B9A A;  3TON A;  4R5E A;  1XRV A;  1ISZ A;  5ABE A;  3N04 A;  1QW8 A;  4PMZ A;  3EYP A;  3K4D A;  3RM9 A;  4JKK A;  2ZX8 A;  4AWE A;  4PMU A;  3VGF A;  1CNV A;  3RM8 A;  2YKK A;  3OBA A;  4GI6 A;  3TOP A;  1W1Y A;  1KGU A;  3WIJ A;  1JF5 A;  3WFZ A;  1GOO A;  1NP2 A;  2CHO A;  4CN1 A;  2X8R A;  4F79 A;  3VX1 A;  4TVC A;  3UER A;  1VEM A;  2EO7 A;  3AMG A;  4YHE A;  1UWU A;  1PIG A;  1W3H A;  1R7O A;  5CSU A;  4HTY A;  1HJV A;  2IUZ A;  2XUC A;  1HVQ A;  1CXK A;  3W25 A;  5A6B A;  1IZK A;  3MV1 1;  3EDJ A;  1I1X A;  2J7D A;  1E43 A;  4XZW A;  1KXT A;  1RPK A;  5BRP A;  1U30 A;  1ZBC A;  3CHD A;  3ART A;  2WKG A;  3VGG A;  4CD6 A;  1W2P A;  3SCR A;  8CGT A;  1CGV A;  1J0H A;  2X2Y A;  4CCC A;  1B3X A;  2C7F A;  1WO2 A;  5GNZ A;  3PZI A;  1XCX A;  2EXO A;  2FHB A;  1BGG A;  1KR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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