The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
336
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structure length |
321
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Chain Sequence |
QVLTAKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDLKLAKKAYHDPMLKLSIMTEQELNQIFGTLDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPILVGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFDLWNFLDIPRSRLVKYPLLLREILRHTPNDNPDQQHLEEAINIIQGIVAEINTKTGESECRYYKERLLYLEEGQKDSLIDSSRVLCCHGELKNNRGVKLHVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPVKDLTLEDLQDGEVRLGGSLAFSNNERVKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWLNCIRQAKE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Rho-specific guanine nucleotide-exchange factor Xpln
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
Rho guanine nucleotide exchange factor 3
|
| total genus |
115
|
| structure length |
321
|
| sequence length |
336
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-05-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00621 | RhoGEF | RhoGEF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Dbl Homology Domain; Chain A | Dbl homology (DH) domain | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TW1 A; 3SUZ A; 2Z0P A; 4A6F B; 4K2P A; 2W2X D; 2CAY A; 3MDB C; 3X23 A; 3BIN A; 4GMV A; 1XOD A; 4DXA B; 4K17 A; 2UVM A; 2DKP A; 3HQC A; 4KVG B; 1QC6 A; 2NMB A; 3PZD A; 4BBK A; 2GJY A; 1X1F A; 1FHO A; 2DHI A; 1WGU A; 3SV1 A; 2JP2 A; 5C5B A; 1EVH A; 2LOZ A; 2XQN M; 2YT1 A; 3ODW A; 1AQC A; 1RRP B; 2J0M A; 2L1C A; 2CY4 A; 5C79 A; 2DHJ A; 1FB8 A; 1OY2 A; 1X11 A; 4NY0 A; 1K5G B; 4HAT B; 2HE7 A; 1RJ2 A; 1P3R A; 2Y8F A; 1Y19 B; 2AL6 A; 1UNR A; 3PG7 A; 1MKE A; 2HTH B; 1UPR A; 5J3Q A; 3F5R A; 3ULB A; 2LKO A; 1BWN A; 4F7H A; 3CIK A; 4HB4 B; 1BY1 A; 4EKU A; 4CHM A; 1GG3 A; 3F0W A; 2EMS A; 2KCJ A; 2RSG A; 2ELA A; 4GXB A; 5JP4 A; 2NZ8 B; 1Z87 A; 2OQB A; 5HE0 A; 1H10 A; 2Y7B A; 1U5G A; 3GYO A; 1U2B A; 2MDX A; 1EF1 A; 2YS5 A; 1LW3 A; 3HW2 B; 2UZS A; 4A6H A; 1DYN A; 1WJ1 A; 5DIF B; 3SYX A; 1ZC3 B; 4MY6 A; 5C6R A; 4Y94 A; 4WJ7 A; 1U5F A; 3PVL A; 3KRX A; 1KI1 B; 1N3H A; 2MFQ A; 5D3W A; 2RNR B; 1MIX A; 2CY5 A; 2LG1 A; 2VSZ A; 3U7D A; 2ROV A; 3N7C A; 1V5U A; 1DDM A; 3GYP A; 1B55 A; 4C0A A; 1PMS A; 1K5D B; 4GOU A; 2ADZ A; 5D3X A; 2RVB B; 4HAZ B; 2J0K A; 2AEH A; 1P6S A; 1EGX A; 1FGY A; 1NTY A; 2DFK A; 5JHH A; 1Y5O A; 1V89 A; 4KHA A; 3ZVR A; 4NSW A; 1FHW A; 1U29 A; 5L81 A; 3ODX A; 4WVF B; 3U8Z A; 3KRW A; 2D9Z A; 2DN6 A; 4HAW B; 1NU2 A; 2LOX A; 2P0H A; 5HE3 A; 2D2Q A; 4KHO A; 2L2I A; 1V88 A; 1WG7 A; 4DX8 A; 4YON A; 4YL8 A; 2N23 A; 4CYE A; 3DXD A; 5KQ1 A; 4ZRK A; 2DHK A; 1GC7 A; 1U5D A; 2IYB A; 2N0Y A; 1U5E A; 2E2X A; 3TVV A; 5FI1 A; 2M14 A; 1PFJ A; 4CHJ A; 1OMW A; 2D4Q A; 2LUL A; 3DXE A; 1M7E A; 2DKQ A; 5EFX A; 1V5M A; 2M38 A; 5JLJ B; 1ZC4 B; 2ZPY A; 1E5W A; 2COC A; 3QIJ A; 5J3Y A; 4HAV B; 3D8F A; 4TYZ A; 2EC1 A; 3GF9 A; 3JV3 A; 5CLL B; 3WA0 A; 5LOP B; 1FGZ A; 3LJU X; 4HAX B; 1UNP A; 1MIZ B; 1PLS A; 3RCP A; 1GC6 A; 2KUP A; 2DLW A; 3FSS A; 2FJL A; 2P0F A; 1W1G A; 3ULC A; 2Y8G A; 4ZRJ A; 1OQN A; 4GN1 A; 3P7Z A; 1UEF A; 1NTV A; 1X05 A; 1TQZ A; 2QKM A; 3A98 B; 4HB3 B; 3SO6 A; 2K2U A; 2OTX A; 5HE1 A; 2J59 M; 2Z0Q A; 4A5K A; 3OAN A; 5GOW B; 4A6F A; 3ODO A; 1X86 A; 1XX0 A; 1SGH A; 5C5B B; 2DYN A; 1Q67 A; 4K2O A; 1NI2 A; 3FM8 C; 2UZR A; 2P0D A; 2D9Y A; 1DDV A; 4HHV A; 1XD4 A; 2YS3 A; 2KR9 A; 4EJN A; 3D8E A; 1TXD A; 3NSU A; 3QBV B; 4HDO A; 2YT0 A; 3PVW A; 4DBB A; 5JHG A; 1LB1 A; 3PSC A; 1MAI A; 4P7I A; 1MK7 B; 4D0N B; 2R09 A; 1DBH A; 3HK0 A; 4HAY B; 4KHB B; 4Z2N A; 4HB0 B; 3WYF B; 1V5P A; 3A8P A; 5C16 A; 3G9W A; 2MKR A; 3ZDT A; 3AJ4 A; 5D3Y A; 2W2X C; 2DX1 A; 1QQG A; 1H4R A; 3VIA A; 4F7G A; 2DX5 A; 5CLQ B; 2KGX B; 2Z0O A; 3V5W A; 3KZ1 A; 3T06 A; 2DA0 A; 2ROZ B; 5D3V A; 4GMX B; 4XWX A; 3A8Q A; 4K81 A; 3KSY A; 1UNQ A; 4MK0 A; 2K00 A; 4EMO A; 4HAU B; 2H7E A; 5FI0 A; 1W1D A; 1I2H A; 2BCJ A; 2I1J A; 2I1K A; 1XR0 B; 4L6E A; 1W1H A; 1WJM A; 1UPQ A; 4B6H A; 3CXB B; 2Q13 A; 4IOY X; 2YRY A; 4A6K A; 2EJ8 A; 2YVC A; 1MPH A; 5KCV A; 2LYD A; 3QWM A; 1ISN A; 1MK9 B; 2D9V A; 1AWE A; 2I5F A; 4HB2 B; 1BAK A; 1ZM0 A; 3PEG A; 4IFS A; 2I5C A; 2H7D A; 2RGN B; 3O96 A; 1XKE A; 2X18 A; 4GYV A; 1BTK A; 1WI1 A; 3BJI A; 3TFM A; 3TO1 A; 2YF0 A; 3M1I B; 2DYQ A; 1DRO A; 1FAO A; 1KZ7 A; 1SHC A; 2DTC A; 2YS1 A; 3IVF A; 2COD A; 5DI9 B; 4IAP A; 2R0D A; 2J0J A; 2VKI A; 2W2W A; 3SNH A; 1IRS A; 3D8D A; 1ZSQ A; 2COF A; 2P8V A; 2D11 A; 1TJ6 A; 2D9W A; 3VOQ A; 4ZRI A; 1I7A A; 4HDQ A; 1M7R A; 4MT7 A; 2GCL A; 2PZ1 A; 2EMT A; 3TCA A; 1XCG A; 1ZVR A; 2QKL A; 4H8S A; 5DH9 B; 4PNK A; 3PVU A; 5J3T A; 2COA A; 1P5T A; 3UZT A; 3FEH A; 4TKN A; 2V76 A; 3AU4 A; 1WGQ A; 2GS0 A; 4GZU A; 5LON B; 2D9X A; 1EAZ A; 5DHA B; 2RUK B; 3PP2 A; 3P6A A; 1BTN A; 4WSF A; 5HE2 A; 1J0W A; 2ELB A; 5KQ4 A; 1J19 A; 4PQ0 A; 3KY9 A; 4GPT B; 2YSZ A; 1FHX A; 2VRW B; 2IFS A; 3DXC A; 4KAX B; 3MPX A; 1FOE A; 2RLO A; 1DDW A; 1F5X A; 2K2J A; 4Z2M B; 2MWN B; 1V61 A; 3EO2 A; 1KZG A; 4F7U P; 2CRF A; 2G35 A; 1U27 A; 4DX9 0; 3AU5 A; 5DHF B; 2D10 A; 5D27 A; 1X1G A; 1WVH A; 4D0O A; 2GCJ A; 3ML4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NWF A; 3TW1 A; 3SUZ A; 2Z0P A; 4A6F B; 4K2P A; 3U12 A; 2W2X D; 4L1R A; 2NBV A; 2CAY A; 3MDB C; 3X23 A; 4QJ3 B; 3BIN A; 4GMV A; 1XOD A; 4DXA B; 4K17 A; 2UVM A; 2DKP A; 3HQC A; 4KVG B; 1QC6 A; 2NMB A; 3PZD A; 4BBK A; 2GJY A; 1X1F A; 1FHO A; 4QJ4 B; 2DHI A; 1WGU A; 3SV1 A; 2JP2 A; 5C5B A; 1EVH A; 2LOZ A; 2XQN M; 2YT1 A; 3ODW A; 1AQC A; 5M4Y B; 1RRP B; 2J0M A; 2L1C A; 2CY4 A; 5C79 A; 2DHJ A; 1FB8 A; 1OY2 A; 4OSN A; 1X11 A; 4NY0 A; 1K5G B; 4HAT B; 2HE7 A; 1RJ2 A; 1P3R A; 2Y8F A; 1Y19 B; 2AL6 A; 1UNR A; 3PG7 A; 1MKE A; 2HTH B; 1UPR A; 5LG4 B; 5J3Q A; 3F5R A; 3ULB A; 2LKO A; 1BWN A; 4F7H A; 3CIK A; 4KHB A; 4HB4 B; 1BY1 A; 4EKU A; 4CHM A; 1GG3 A; 3F0W A; 2EMS A; 2KCJ A; 2RSG A; 3NWA A; 2ELA A; 1ZYI A; 2K49 A; 4GXB A; 5JP4 A; 2NZ8 B; 1Z87 A; 2OQB A; 4DIX A; 5HE0 A; 1H10 A; 2Y7B A; 1U5G A; 3GYO A; 1U2B A; 2MDX A; 1EF1 A; 2YS5 A; 1LW3 A; 3HW2 B; 2UZS A; 4A6H A; 1DYN A; 1WJ1 A; 2Z13 A; 5DIF B; 3SYX A; 1ZC3 B; 4MY6 A; 5C6R A; 4Y94 A; 4WJ7 A; 1U5F A; 3PVL A; 3KRX A; 1KI1 B; 1N3H A; 2MFQ A; 5D3W A; 2RNR B; 1MIX A; 3HSA A; 2CY5 A; 2LG1 A; 2VSZ A; 3U7D A; 2ROV A; 3N7C A; 1V5U A; 1DDM A; 3GYP A; 5I2M A; 1MI1 A; 1B55 A; 4C0A A; 1PMS A; 1K5D B; 4GOU A; 2ADZ A; 5D3X A; 2RVB B; 3DCX A; 4HAZ B; 4D6W A; 2J0K A; 2AEH A; 1P6S A; 1EGX A; 1FGY A; 1NTY A; 3A58 A; 2DFK A; 5JHH A; 1Y5O A; 1V89 A; 4KHA A; 3ZVR A; 4NSW A; 1FHW A; 1U29 A; 5L81 A; 3ODX A; 4WVF B; 2KR0 A; 3U8Z A; 5I2S A; 2Z4D A; 3KRW A; 2D9Z A; 2DN6 A; 4HAW B; 1NU2 A; 2LOX A; 2P0H A; 5HE3 A; 2D2Q A; 4KHO A; 2L2I A; 1V88 A; 1WG7 A; 4DX8 A; 4YON A; 4YL8 A; 4CSQ A; 2N23 A; 4CYE A; 3DXD A; 5KQ1 A; 4ZRK A; 2DHK A; 1GC7 A; 1U5D A; 2IYB A; 2N0Y A; 2FJU B; 3OHM B; 1U5E A; 2E2X A; 3TVV A; 2Z59 A; 5FI1 A; 2M14 A; 1PFJ A; 4CHJ A; 1OMW A; 2D4Q A; 2LUL A; 3DXE A; 1M7E A; 2DKQ A; 5EFX A; 1V5M A; 2M38 A; 5JLJ B; 1ZC4 B; 2ZPY A; 1E5W A; 2COC A; 3QIJ A; 5J3Y A; 4HAV B; 3D8F A; 4TYZ A; 2EC1 A; 3GF9 A; 3JV3 A; 5CLL B; 3WA0 A; 1T77 A; 5LOP B; 1FGZ A; 3LJU X; 4HAX B; 1UNP A; 1MIZ B; 1PLS A; 3RCP A; 1GC6 A; 2KUP A; 2DLW A; 2FJL A; 3FSS A; 2P0F A; 1W1G A; 2KIE A; 2Y8G A; 4ZRJ A; 3ULC A; 2GUM A; 1OQN A; 4GN1 A; 3P7Z A; 1UEF A; 1NTV A; 1X05 A; 1TQZ A; 2QKM A; 2Z14 A; 3A98 B; 4HB3 B; 3SO6 A; 2K2U A; 2KUQ A; 2OTX A; 5HE1 A; 2J59 M; 2Z0Q A; 4A5K A; 3OAN A; 5GOW B; 4A6F A; 3ODO A; 1X86 A; 1XX0 A; 1SGH A; 5C5B B; 2DYN A; 1Q67 A; 4K2O A; 1NI2 A; 3FM8 C; 2UZR A; 2K8E A; 2P0D A; 2D9Y A; 1DDV A; 4HHV A; 1XD4 A; 2YS3 A; 2KR9 A; 4EJN A; 3D8E A; 1TXD A; 3NSU A; 3QBV B; 4HDO A; 2YT0 A; 3PVW A; 4DBB A; 5JHG A; 1LB1 A; 3PSC A; 1MAI A; 4P7I A; 1MK7 B; 4D0N B; 2R09 A; 1DBH A; 3HK0 A; 4HAY B; 4KHB B; 4Z2N A; 4HB0 B; 3WYF B; 3NWD A; 1V5P A; 3A8P A; 5C16 A; 2R2Y A; 2MKR A; 3G9W A; 3ZDT A; 3AJ4 A; 5D3Y A; 2W2X C; 2DX1 A; 1QQG A; 3B77 A; 5IRS A; 3NW8 A; 1H4R A; 3VIA A; 4F7G A; 2DX5 A; 5CLQ B; 2KGX B; 2Z0O A; 3V5W A; 3KZ1 A; 3T06 A; 2DA0 A; 2ROZ B; 5D3V A; 4GMX B; 4XWX A; 3A8Q A; 4K81 A; 3KSY A; 1UNQ A; 4MK0 A; 2K00 A; 4EMO A; 4HAU B; 2H7E A; 4QJ5 B; 5FI0 A; 1W1D A; 1I2H A; 2BCJ A; 2I1J A; 2I1K A; 1XR0 B; 4L6E A; 1W1H A; 1WJM A; 1UPQ A; 4B6H A; 3CXB B; 2Q13 A; 4IOY X; 2YRY A; 4A6K A; 2EJ8 A; 2YVC A; 1MPH A; 2RRF A; 3HIE A; 5KCV A; 2LYD A; 3QWM A; 1ISN A; 1MK9 B; 2ZKM X; 2D9V A; 1AWE A; 2I5F A; 4HB2 B; 4GNK B; 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