3A09A

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with unsaturated trimannuronate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords AlgQ1
publication title Crystal structure of Sphingomonas sp. A1 alginate-binding protein AlgQ1 in complex with unsaturated trimannuronate
rcsb
source organism Sphingomonas
molecule tags Sugar binding protein
total genus 185
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A02
4ZZEA 3VFJA 5DEXA 2GH9A 3H4ZA 1O7TA 5ITPA 3AXFA 1AH5A 3MQ9A 2F35A 5H8SA 5KDTA 3CFLA 1QKAA 2Z8DA 4JXIA 1DTGA 2VOZA 1FQCA 3LR1A 4R75A 3O29A 2O7IA 4GIZA 4OERA 2ZMBA 3KJ7A 4G68C 1B2HA 4OFLA 4ELQA 4F1UA 1H3DA 3D4CA 5F7VA 3T22A 3H6TA 5EYFA 2FNCA 3OSRA 1L5TA 4R74A 4HW8A 2H9BA 5I2KB 5AA1A 4GVOA 3C35A 3QK6A 4OFJA 1P1OA 4RPOA 3KBRA 2QRYA 3FZVA 1NNKA 4LVQA 5K2XA 1ZTYA 3PUXE 3U93A 2OK2A 2E1SA 3ECRA 3O6IA 1LFHA 2OBGA 1HSJA 2Q2AA 2G93A 3EQ1A 2XD3A 3K01A 5TP9A 2G29A 3C32A 1PDAA 1MY3A 3WAEA 5H8QA 3M8UA 4QHQA 3SKPA 3IB2A 5BUUA 4OESA 3FD3A 2ONKE 3JYRA 1PC3A 2Y84A 3DP6A 3S9LC 1B3EA 1URSA 4FEBA 2XX9A 5IAIA 1D9VA 1P1WA 3N94A 4ELRA 4NTLA 1TFDA 2XXVA 3GBBA 3IL1B 3OO7A 4F29A 1MM6A 1B51A 1DMBA 4IO7A 3GBAA 3TTMA 5H8NA 5DEXB 3MZBA 3MVWA 1S9TA 2YPNA 3TCHA 3WAFA 2F34A 2IEEA 3S9EA 5KDTB 3FXQA 3PPOA 1LB8A 3VXBA 3KOTA 1SDXA 1Y1ZA 1OVTA 1TWYA 1B1HA 3TODA 4FAJA 1B58A 5CBRA 2QS2A 3FXRA 3T93B 2QS4A 3E4RA 4ND9A 2H5YA 4RJZA 3TTRA 4NEDA 3OSQA 3P7IA 1YCJA 3QAXA 1Y3NA 2I4CA 1GGGA 1FW0A 1SI1A 2OLBA 1II5A 4FJPA 1SW1A 3FIRA 4YMBA 3TCFA 1M5CA 3MP8A 1SI0A 2DWAA 3CRBA 3CR9A 3CG3A 4P0GA 1OVBA 4OZ9A 3VLUA 1I69A 3IOTA 1BTJA 3ODBA 3LSWA 3SEUA 5TP9B 3GXAA 3K1NA 1B9JA 1MXYA 3ZS6A 1RKMA 5H8QB 1QVSA 1LB9A 4IO4A 2DS9A 1JETA 4DIGA 4PQJA 3VVDA 2GRVA 2BJJX 2Y7WA 1NL5A 4G8NA 2D3IA 1MDQA 2AL5A 1Q35A 2O51A 3V83A 1USYH 3CFXA 1P99A 4ELPA 4E0WA 2QL3A 3MPKA 1MRPA 4NF4A 1MY2A 5L9OA 3CFZA 3MVXA 4LQ2A 2PX1A 4C1UA 3IX1A 2UVGA 4GF8A 5H8NB 2XHDA 2DE4A 1WDNA 5TPAA 3RY3A 4NF5A 3MW0A 3VE1B 5AA2A 3K02A 5DVJA 1A54A 2I4BA 1IXCA 3C31A 1ZKBA 1Y1MA 2HEUA 1MG1A 1VSOA 2KLFA 3QUJA 2OCUA 1ZBMA 1US5A 4JWOA 2DOJA 5BWJA 4QSCA 5AA2D 1JVXA 2AL4A 1I6BA 3UGWA 4EXKA 3TKDA 1LAGE 1MQJA 4UA8A 3PUZE 1NMUA 3A3UA 3IO4A 4ELOA 2XX8A 1MH4A 2NVUB 2H99A 4ZEDA 3IJXB 2QMWA 4I62A 4AB6A 1SQYA 2YJPA 2H25A 3A09A 1MY1A 4EXLA 3C9HA 1MXVA 3EHUA 3C4MA 2ONSA 5FHNA 1SD3A 3H6WA 3SEYA 2A5SA 3N26A 2X7PA 4JBZA 5KCJA 4XKQA 2Q2CA 2Q88A 4LQ5A 4OYVA 1BKAA 4MH5A 5HBCA 3N6TA 1HSLA 2E0SA 1OLCA 2I49A 3KSJA 3UK4A 2F5XA 2HXWA 3UA8A 3O97A 3IORA 2UVJA 4ZS9A 4RXLA 3VLVA 1DOTA 1F9BA 1LAFE 1MXWA 1B4ZA 1DTZA 4G2ZA 4ISUA 1SW2A 2XXHA 5EHSA 4OMBA 1NNTA 4QSEA 2HAUA 2OZZA 2F6PA 4NF4B 5CBSA 1B0HA 4PFTA 4OQOA 1VR5A 4POWA 5I2KA 2R9JA 2B65A 1RYOA 3SEWA 4ZZAA 3OO6A 5TPAB 1SW5A 2LAOA 3U72A 4ONYA 4NF5B 2RC7A 1PEBA 5AA2B 4QFNA 3QUFA 2XD2A 4ZE9A 1FTOA 2XXWA 2RINA 3EN3A 1EZPA 1Y9UA 2R71A 4C1TA 3BFTA 4LZ7A 3PMVA 4F1YA 4ZEIA 4G68A 4EDPA 3G3FA 4P0IA 3T9XB 2HZKA 4KR5A 4LP2B 1ZU0A 3I5OA 3O66A 4N6PA 1HSEA 4GOTA 3MPLA 4H6DA 3D4GA 3CG1A 1KWHA 3DP8A 3PPRA 1B6HA 4OWDA 1IIWA 1P1QA 4O3AA 5LOMA 1NNFA 1A8EA 3KG2A 5AE4A 5H8FB 3T66A 4X9TA 3U8QA 3V89B 4WXJA 4ECFA 4NE4A 1B5IA 1N84A 4G4PA 1B5HA 3LC8A 3O6HA 4YB5A 1LBBA 5KCJB 1P1NA 1IEJA 3G3KA 3RT6B 3ILTB 3MUQA 4X1BA 1YTVA 5DVFA 3H6VA 3LSLA 4DLDA 2DSFA 1US4A 2HCAA 3VXCA 4FECA 3PU5A 2OWSA 4LATA 2I0CA 2HAVA 3M3FA 2NOOA 4R73A 4WEDA 5EHMA 4H5FA 4U2RA 1WODA 1Y3QA 3Q26A 3IAZA 1JQFA 4YAHX 1SYHA 1B5JA 2RCAA 3Q28A 4NF6A 1B3LA 3FJGA 3HV1A 4JSOA 1S7YA 5M2VA 1MM7A 4BDQA 1JW1A 4FEDA 4O3CA 4F2OA 4IGTA 1R9QA 4EQBA 3HHGA 5L9MA 1XC1A 4OXVA 4GFRA 1TXFA 1ZJLA 3C34A 1N76A 4MF3A 4ZEFA 2XXPA 2I48A 4H0WA 4G68B 2DVCA 4JWXA 4OVJA 5FTHA 3FV1A 2RKMA 1JEUA 5TU0A 4G77A 3UORA 3KN8A 3B6WA 4YB6A 1XHYA 4EF1A 2Y7IA 2ZNTA 3TQLA 3H3GA 1RYXA 4IO5A 2DXYA 3HO7A 3VDFA 4FORA 4H65A 2O7UA 3HPIA 3RTFB 1LFIA 4HCYA 4U21A 4DDDA 4F3SA 4FE8A 2O69A 2QMXA 3IB1A 3W9VA 2PT2A 4RPNA 3ZKKA 4F18A 4R9GA 4GLIA 4XTCQ 3H7MA 3L6GA 1LAXA 3MP1A 3LSFB 4BDOA 3K2DA 2UVIA 4G8HA 1QKBA 4U1OA 4POXA 1BIYA 4AQ4A 3LUYA 4WKMA 5ICQA 1O63A 4DCXA 1IXGA 2ZNSA 1D4NA 1LBCA 4R2BA 1DPPA 4JB7A 4JDFA 4NF6B 1VE4A 5KZTA 2GHBA 2Q89A 1EU8A 3E9XA 3PPPA 3MAMA 3N5LA 1GTKA 3K0VA 3T9VA 1H45A 2ANJA 4IO3A 4L17A 2R6GE 2HQ0A 1B0LA 4U4XA 4QFLA 4X1DA 3MZ1A 2NWJA 1MPDA 3VLWA 5L8DA 2XXIA 4EUOA 2CZLA 2I0BA 1N0TA 2XXUA 3K6WA 2PVUA 3CI8A 5AA4A 2Z22A 4QFPA 2V25A 2REJA 4OENA 4YKJA 4PFYA 4BDRA 1UIVA 3OELA 2ZYKA 4U22A 2XXTA 1BP5A 3O28A 3IOVA 1N3XA 4PFUA 2THIA 3H06B 2RC8A 2V3UA 1LLSA 4KI0E 4PETA 3T9HB 1VFDA 3TTKA 4YB7A 5HM4B 3CIJA 2DP8A 3TELA 2PT1A 2F8DA 4P11A 4DCYA 1CB6A 4THIA 1IQ7A 1OLAA 3DELB 2B3FA 1XT8A 5I2NA 2DYXA 4ZECA 1N7XA 2FYIA 4F3BA 2V3QA 3K1MA 3LSXA 3KZGA 4OFOA 4ZDMA 3U94A 5J1DA 2Y7PA 1Y3PA 2FA7A 3RN8A 5ITOA 1MS7A 2VD2A 2DWIA 5K2YA 4F19A 3IOUA 3RTWB 5B7DA 1B4HA 1B1XA 4ZEKA 5ELVA 2X7QA 3IJOB 4F2QA 4AB5A 4LUBA 1PB9A 1LFGA 5H8FA 3KSXA 1AIVA 4ZE8A 3EHSA 1Z7ME 5CMKA 1UTBA 4I9DA 1QW0A 3UP9A 3RUMA 4KQPA 1M5EA 1A7LA 2O6AA 1MDP1 4Q8RA 2CMOA 3OENA 4NF8A 4H8IA 5JTYA 2NUVA 3QIMA 1P1UA 3KN3A 1GVCA 3RGYA 3C33A 2VGQA 3KJTA 5AA4B 1A40A 1J1NA 3FGSA 2A5TA 5I84A 1UTHA 1BLFA 2O68A 3TPAA 2O1LA 3LBSA 3IB0A 2PBWA 1MQDA 3KN7A 3L6HA 3TCGA 3PUVE 4ZEBA 1I6QA 5DYHA 1S50A 4HCWA 3PUYE 3DLNA 4QSDA 1DPEA 4GRKA 1FQFA 3Q29A 4IY5A 3Q25A 4RK9A 3VVEA 1FQAA 1Y4CA 4YZZA 4H1XA 1H43A 4RK2A 5I2NB 3OOAA 3TEPA 3PPNA 3GLBA 5CMMA 2XXRA 3PGFA 4F1VA 1URDA 3CVGA 3EHTA 3K00A 2Z23A 1FQDA 3T96B 2XXYA 1ZMGA 2F36A 5CC2A 1MPCA 2VHAA 3MVZA 3MBPA 4H8JA 3S2VA 4BDMA 1AMFA 2W7YA 1B7ZA 1FQEA 3FJMA 3M3LA 1QULA 1JW4A 1Z7NE 2GHAA 4YMAA 1ELJA 4Q0CA 3M3KA 4FATA 4R2FA 2V84A 3E13X 5A5XB 1UIUA 3TDJA 2F97A 3O2AA 1NFTA 2Y7RA 4IO2A 3FXUA 3VV5A 2IA4A 2OWTA 4ESXA 3R6UA 3FATA 4XKPA 2VD3A 2ZYMA 4C0RA 1B3HA 3H6UA 2HFBA 3U92A 4XXUA 3EF7A 2F78A 3CSGA 3S9MC 1UTBB 3SETA 4Z7EA 4IB2A 1MXZA 1B7HA 3PMXA 1FTJA 2QSXA 1YPNA 1ZLQA 2VP1A 4NF8B 4I8CA 3FUZA 4DXBA 5JTYB 1QUKA 4DZ1A 4PFWA 2QJEA 3OEKA 5CI5A 4NMYA 2A5TB 3S9NC 1UTHB 4PP0A 3U1OA 3FVGA 3O9PA 1B05A 3TYHA 2WKYA 1JNFA 2OJTA 5DTBA 3FV2A 2I3VA 3OXNA 4XIGQ 1CE2A 3OO9A 1EH3A 1Y4TA 3JV9A 3TTLA 4N07A 1SBPA 4N13A 4U23A 1IITA 4GL0A 1ANFA 2DQVA 4OETA 3G3IA 5CMBA 3TUSA 2P1SA 2P2AA 4GWOA 3MC2A 2D5WA 4R6KA 3SEXA 2O84X 4H5GA 3BKIB 1SYIA 3TZAA 3K6XA 3FVKA 1VFEA 3SESA 3IR1A 5JEIA 1JEVA 5I56A 3I3VA 3W9WA 4YKPA 2PMSA 3MJNA 5IKBA 1FTMA 1FCKA 1URGA 4DXUA 4MLVA 1WVJA 3K1PA 1NKXA 1GV8A 3HCQA 4XKNA 3N6UA 1MQHA 1IUDA 3K4UA 3UIFA 3PD9A 1OMPA 1PB8A 3KFMA 3FJ7A 4OHNA 3B6TA 3KEIA 1ATGA 2QPQA 3OO8A 3TMGA 1TFAA 3FVOA 1QUJA 2M8CA 4G8MA 1R9LA 4H67A 3BBRA 4TLLB 4RYAA 1NH7A 3V8XB 3QSLA 3I6VA 1A8FA 3A3CA 4QFKA 2H4IA 2QS3A 2V93A 1D3KA 3USDA 1MY4A 1B32A 3ZSFA 5AA3A 3T9UA 1R6ZA 4I1DA 1XS5A 3DM0A 4KCDA 1AOVA 2ZNUA 4RA1A 1UQWA 4GD5A 4U4SA 1POTA 4OEVA 1B46A 3QYTA 3CSBA 5I57A 5CRYA 1I6AA 5JK4A 1B7UA 1A55A 3SDFA 5CMCA 1LCTA 4GL8A 4Z0IA 4HS7A 4LA9A 3HN0A 2DWHA 1T0KA 1MQGA 4GXAA 2B3BA 2UYEA 4JSDA 2UXAA 4KFQA 2F7BA 3PV0E 4BDNA 3MVYA 4KYEA 1XVXA 4R6YA 2F7CA 3B7DA 5I56B 3IK6B 1YAEA 4KD5A 2XX7A 3B6QA 2DE3A 1IXIA 3THIA 1EZOA 4QRZA 4IO6A 2V3TA 1B3FA 3K6VA 4F22A 1LGBC 1D9YA 4EQ9A 1SW4A 3OMBA 5HPQA 1DSNA 4MFIA 1B3GA 1ZIUA 3PUWE 4U1ZA 4LZ8A 4EF2A 4OTEA 4GQOA 3TAJA 1LAHE 5ISUA 3MZ9A 4Q5TA 3IOWA 1IZ1A 4R6HA 2DXRA 4KYSA 1IXHA 3W15C 2XXQA 2I6EA 2YLNA 4F31B 2ESNA 5CM6A 3V5AA 1PBQA 4ESWA 3RT8A 1OIBA 4E0XA 3H03A 3TQWA 3G7WA 4BDLA 1FTLA 3C36A 5H8HA 2RF1A 4TOZA 4FIMA 2Y7KA 2RC9A 1SVXB 2F6GA 3G3HA 4YKIA 2I3WA 2UYFA 4WEPA 5L9SA 3OD7A 2DE2A 4R72A 5I57B 1Q1KA 5I58A 1XOCA 4M1VA 4PE5B 5A5XA 1N04A 3QXMA 1H44A 4JWYA 1B52A 4M4GA 1OQHA 4X48A 3SERA 3R7XA 2Q9TA 2D21A 3TTNA 4KCCA 1MXXA 4BLAA 4K3FA 2F7AA 4XKRA 3MWBA 3KOSA 4F3GA 2PYYA 4NWDA 4Q30B 3RPWA 4KHZE 1AL3A 2RCBA 4NWCA 1R1NA 2QS1A 3PPQA 2GFEA 2NXOA 2HZLA 5FHMA 5FTIA 4O3BA 3E3KA 2DWJA 2REGA 3HSTA 5I59A 1NNPA 2ZYNA 4MBPA 1M5BA 1OQGA 1NH8A 3FVNA 3SEVA 2AIXA 5F1QA 1MXUA 3KGCA 2P0SA 3UN6A 4EQ7A 4YICA 1POY1 4F3PA 4DE8A 1XVYA 3OEMA 4OEUA 1JW5A 5B70A 3ILUB 1FTKA 3EPEA 1LSTA 1USYE 1Y20A 2UVHA 1M5DA 3ZKLA 2I58A 3G3JA 4LONB 5FHOA 3ONMA 2Z8FA 2ZYOA 3RQTA 1MH3A 4DXCA 1LCFA 4F39A 1H76A 2AYSA 1PB7A 1MY0A 5H8HB 3HHFA 1N7WA 2O1MA 5DT6A 3DP4A 4IY6A 3K6UA 3RNNA 4RNSA 2ZXTA 4HTGA 1M5FA 2H98A 1GR2A 3PMWA 1MQIA 2XXXA 2Q8JA 3RLFE 3PD8A 4IGRA 2DVZA 1EZ9A 1O64A 4LZ5A 4YKKA 5I58B 4UACA 1FQBA 5ICTA 1JVYA 4RY1A 2ONRA 3MP6A 3VVFA 4TLMB 1B40A 3G3GA 1QUIA 3S4UA 1A99A 4MLQA 4YU0A 3FASA 3GZGA 4R9FA 2ALUA 2Z8EA 3BFUA 4GXSB 5DVIA 3IO6A 2X26A 3O6GA 1TT1A 4KPTA 4TQUQ 1QJMA 3JZJA 1MPBA 3Q27A 2ABHA 1PBPA 3F11A 4QF9A 4KYDA 1N3WA 3R26A 5I59B 3TFLA 4QFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NV7A 4ZZEA 3VFJA 5DEXA 2GH9A 3H4ZA 1O7TA 5ITPA 3AXFA 1AH5A 3MQ9A 2F35A 5H8SA 5KDTA 3CFLA 1QKAA 2Z8DA 4JXIA 1DTGA 2VOZA 1FQCA 3LR1A 4R75A 3O29A 2O7IA 4GIZA 4OERA 2ZMBA 4P1EA 3KJ7A 4G68C 1B2HA 4OFLA 2CEYA 4ELQA 1NV4A 4F1UA 1H3DA 4GBVA 3B8BA 5IZ3A 3D4CA 5F7VA 3T22A 3H6TA 5EYFA 1NV6A 2FNCA 3OSRA 1L5TA 4R74A 4HW8A 2H9BA 5I2KB 5AA1A 5A5LA 2KQZA 4GVOA 3C35A 3QK6A 4P8BA 4OFJA 4JVDA 1P1OA 4RPOA 3KBRA 2QRYA 3FZVA 1NNKA 4LVQA 5K2XA 1ZTYA 5IZ1A 3PUXE 3U93A 2PFZA 2OK2A 2E1SA 3ECRA 3O6IA 1LFHA 2OBGA 1HSJA 2Q2AA 4P9KA 2G93A 3EQ1A 2XD3A 2Y5LA 3K01A 4O7IA 5TP9A 2G29A 3C32A 1PDAA 1MY3A 4N15A 3WAEA 5H8QA 2PCRA 3M8UA 4MAGA 4QHQA 3SKPA 3IB2A 5BUUA 4NAPA 4H45A 4N8YA 4OESA 3FD3A 2ONKE 3JYRA 1PC3A 2Y84A 3DP6A 3S9LC 1B3EA 1URSA 4FEBA 2XX9A 5IAIA 3MSTA 1D9VA 4XF5A 1P1WA 3N94A 4ELRA 4NTLA 5LTCA 1TFDA 2XXVA 3GBBA 3IL1B 3OO7A 4F29A 1YYZA 1MM6A 1B51A 1DMBA 4IO7A 3GBAA 3TTMA 5H8NA 1FBCA 5DEXB 3MZBA 3MVWA 1S9TA 2YPNA 3TCHA 3WAFA 2F34A 2IEEA 4NQ8A 3S9EA 5KDTB 3FXQA 3PPOA 2MKZA 4JVIA 1LB8A 3VXBA 3KOTA 4N4UA 1SDXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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