3A09A

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with unsaturated trimannuronate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Sphingomonas sp. A1 alginate-binding protein AlgQ1 in complex with unsaturated trimannuronate
rcsb
source organism Sphingomonas
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
total genus 185
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A02
5JK4A 3IJOB 4ELOA 3VLWA 4MLVA 2Z22A 3VXBA 1NH8A 4IY5A 4DXUA 1EH3A 2UVIA 2QSXA 3UIFA 2O51A 3H7MA 3PUYE 3VXCA 5F7VA 2VGQA 3O97A 3CFZA 2AL5A 2RF1A 4GVOA 4LZ8A 1YPNA 5I56B 1JVXA 2PT1A 3EHTA 1R9LA 4GFRA 5ICTA 1B52A 2XD3A 2Y7WA 4U2RA 5AA2A 3FJ7A 3UORA 4FE8A 3TELA 3V83A 3RTWB 3G3HA 1GTKA 1WVJA 1BKAA 4GOTA 1MY3A 1A7LA 1MS7A 1VE4A 2XXWA 4KQPA 4F39A 1POTA 1O64A 5FTIA 4ZE8A 3K0VA 2XX7A 5FHOA 3G3KA 3EF7A 1B58A 3IB1A 1QVSA 1TFDA 2O1LA 5DVIA 1Y3QA 1Y1ZA 3PPRA 4RK9A 5H8FB 3DP4A 3UP9A 4F31B 1MXWA 1QKBA 2GHBA 4LP2B 3H6VA 5ITPA 1AOVA 4UA8A 1JNFA 3MPKA 1MG1A 1SI1A 3SDFA 3K4UA 3CSGA 3TKDA 2DWJA 3G3FA 4TLLB 3IOWA 1P1WA 2QS1A 1B7UA 1SW2A 1SW4A 1HSEA 3DP8A 3FZVA 1A40A 3PMXA 4OERA 4F18A 1B40A 1I6BA 4OVJA 5I57A 5J1DA 2HEUA 3M8UA 4DCXA 1MY0A 3QYTA 4R6HA 3QUFA 4WKMA 3MVZA 3H6UA 4R74A 4ECFA 1LAXA 2P1SA 1LLSA 4Q30B 5K2XA 2HAUA 2E0SA 1B3FA 3C4MA 4FECA 4POXA 5HBCA 2QL3A 3UGWA 4KD5A 1DPPA 1P1NA 1RYXA 1VFDA 1ZIUA 3VVEA 1B0LA 1MQJA 1Y9UA 3KZGA 4IB2A 3W9VA 4BDRA 1PBPA 3CG1A 1DOTA 2Z8DA 5CMMA 5IKBA 4RK2A 1QUJA 3PMWA 4F19A 5FTHA 1B0HA 5DVFA 3RLFE 5A5XB 4ELQA 3KGCA 3KSJA 5CM6A 5HPQA 2H4IA 1JEVA 4TQUQ 5BUUA 4POWA 4Z7EA 4KCDA 3IO6A 1XOCA 5AA4B 1PDAA 2QS4A 2Y84A 4GLIA 2DQVA 2AIXA 1MM7A 3N5LA 1L5TA 1B4HA 2DP8A 3T93B 5AE4A 2QMXA 4BDOA 4WEDA 2F7CA 4EDPA 2G29A 3IOVA 4ZEFA 4OFJA 4OMBA 3TTRA 3KN7A 5AA1A 2NWJA 1UTHB 2F78A 1SI0A 4DZ1A 5L9OA 4OYVA 2R71A 1N76A 4GL0A 2I49A 4R9GA 5TP9A 5CBRA 3QSLA 2V3QA 4EXLA 5FHNA 1WODA 3SEYA 2XXYA 3O28A 3HO7A 3D4GA 1MQHA 3C33A 3MZ1A 2H99A 1N7XA 4NWCA 2Q9TA 2XXQA 4PFTA 3KOSA 4RXLA 3U93A 3VVFA 5KCJB 4R9FA 2O6AA 1KWHA 4O3BA 3RY3A 4ELRA 1NL5A 3RGYA 1PB9A 1TXFA 5ELVA 4G68C 2DWIA 4O3CA 1IQ7A 2FNCA 4C0RA 3PD9A 3ILUB 3V89B 1OLAA 2D5WA 1GGGA 3FV2A 4K3FA 3RUMA 2ZNSA 4DXCA 1VSOA 1XC1A 3E13X 3B7DA 2I6EA 1BP5A 1A99A 1RYOA 1ZU0A 1FCKA 3ODBA 3Q27A 4OEUA 4G2ZA 1UIVA 1YAEA 4O3AA 1SBPA 3N6UA 4N13A 5CI5A 1PB8A 2ANJA 5I2NA 3FXUA 1Y3PA 2DXYA 2UXAA 2F6PA 2XXPA 4YB6A 2UVJA 4DLDA 5JTYA 1MRPA 3FUZA 1POY1 3TTMA 3OXNA 3U8QA 4MH5A 4ND9A 3CR9A 4G8NA 4Q0CA 3TZAA 3MP1A 4U1OA 4JSOA 1ZBMA 4BDMA 4ESXA 5JTYB 5I2KB 2GH9A 2QMWA 4IO5A 3MC2A 4IO6A 2O69A 1MY4A 1A55A 2QRYA 2F5XA 1Y20A 4JSDA 5EYFA 3T9HB 4EUOA 1NNPA 2Y7IA 3KJTA 3FIRA 1D9YA 1OLCA 1DPEA 3T9XB 3TDJA 3VDFA 4R72A 1IZ1A 1MPDA 2GHAA 1P1UA 2Q2CA 3VE1B 4LA9A 5I84A 3IOUA 1IXCA 1NNTA 1OMPA 4KPTA 3L6GA 5ITOA 4BDLA 4FATA 3N26A 3PPQA 4U1ZA 1IXIA 3TODA 1J1NA 2ZYNA 3C36A 1MXVA 3E3KA 3TEPA 5TU0A 2W7YA 3MZBA 4LATA 1OVBA 1TFAA 4G68B 4F1UA 5LOMA 1AL3A 4ZZEA 3P7IA 4HS7A 2A5TB 4RPNA 3IX1A 5DEXA 1MXYA 4PFUA 3MJNA 1R6ZA 1B4ZA 1O63A 1HSLA 4ZEKA 3UN6A 1GV8A 3T22A 5CMCA 2E1SA 3OOAA 3TAJA 1B05A 2PT2A 2RINA 3C35A 1BLFA 3PUWE 3QUJA 5EHSA 3CIJA 1B1XA 2I3VA 1SW1A 4OXVA 1LB8A 3T9VA 3EHSA 3K1NA 4I62A 1ANFA 1B32A 1IUDA 1MQDA 3S2VA 1LAGE 4FEBA 1SYHA 1N04A 2XXVA 2ZXTA 1US4A 2O7UA 3O66A 1LGBC 4IO3A 4NF4B 2H9BA 3IK6B 4KI0E 4NF8B 4ELPA 5I2NB 2I0BA 2XXXA 4R6KA 2Z23A 4ZE9A 1LFGA 2QS3A 3K6WA 4ONYA 3BFTA 4QHQA 4YU0A 1CB6A 4R6YA 1B6HA 5H8SA 1B3HA 3OO8A 3K01A 4U21A 4GRKA 3CFLA 5CRYA 5BWJA 3MVYA 3FVKA 1JW5A 4DCYA 1N84A 5KCJA 1IEJA 4OHNA 3VV5A 1MXZA 5CMKA 3KN8A 1OQHA 1XT8A 2P2AA 4F3BA 4AB6A 4JDFA 1BIYA 1URGA 3TCGA 1JQFA 4HCWA 3C31A 2GRVA 1R1NA 5AA2D 4GXSB 2PBWA 2PYYA 2V84A 4H8JA 4HCYA 2Q8JA 4YKPA 3PMVA 1P99A 3IB2A 4LZ5A 3C32A 4BLAA 4F1VA 3E4RA 4P0IA 1USYE 5L9SA 2XX8A 1ELJA 3FVGA 3OSRA 3I5OA 4ESWA 2F6GA 2HCAA 4MLQA 1VFEA 3BKIB 3OELA 1PEBA 4FIMA 1MY2A 1JETA 2HQ0A 3A3CA 2V3TA 1B5IA 3M3LA 3OENA 4NTLA 1LSTA 1P1QA 5L8DA 3T9UA 3B6QA 3RT6B 3Q26A 3ZSFA 2ALUA 2F7AA 2Z8EA 4X48A 3T96B 3TTNA 1B51A 1LCTA 2O84X 2XXRA 4RNSA 4EF1A 4ZECA 4DE8A 1FTMA 1TT1A 4PE5B 1S9TA 1QUIA 2OJTA 4MF3A 5H8NA 4G8MA 1VR5A 2WKYA 3ZS6A 1A8EA 1QULA 3K00A 4GF8A 4LZ7A 2A5TA 2Y7KA 3OO6A 5AA3A 1URSA 4GIZA 4RJZA 3KN3A 3JZJA 3TYHA 3LSFB 4Q5TA 3K02A 3KSXA 3MVWA 3MP6A 4PFYA 2I4BA 2H5YA 1M5EA 1H3DA 4YICA 4DXBA 1EZOA 5L9MA 1LAFE 3G3IA 4QRZA 3OEKA 1FTJA 3ZKLA 1NNFA 3H6TA 2KLFA 1FTLA 2XHDA 4OTEA 2O68A 4OESA 4R2FA 2V3UA 1EZPA 3LSWA 2HZLA 3BFUA 1Y4TA 4F3SA 2I0CA 3W15C 5ISUA 2IA4A 4G8HA 4JWXA 2NXOA 3EN3A 2I48A 3FATA 1UTHA 3TQWA 3CFXA 3H06B 3QXMA 4IGTA 4H67A 4JBZA 1B5HA 4LQ5A 2UVHA 3MWBA 4PQJA 2HZKA 3PGFA 4UACA 1LFHA 3TUSA 3H4ZA 4QFLA 1S7YA 3LR1A 1Q35A 4GL8A 1MQIA 2O7IA 1AH5A 3PUZE 1FQAA 2H25A 1AMFA 1D3KA 2UVGA 1UTBA 2X7QA 2YJPA 3CRBA 3QK6A 4Z0IA 5CBSA 5AA4A 2ZYOA 4WEPA 1UTBB 3H6WA 3O29A 3OSQA 3A3UA 1IXGA 2GFEA 3N94A 3ILTB 4JB7A 1MXUA 3GXAA 5FHMA 3FV1A 5A5XA 2DVCA 1I6QA 3MW0A 1B46A 1H43A 3W9WA 4XTCQ 5M2VA 3SERA 3DELB 1LCFA 4I8CA 2RC8A 5DEXB 2CMOA 3EHUA 3IL1B 1FQEA 3FGSA 4BDNA 4F29A 2RCBA 4G68A 1LFIA 2AYSA 1URDA 3MP8A 1F9BA 1MQGA 2NVUB 3S4UA 1XVXA 4G4PA 1XS5A 3E9XA 3TTLA 4YMAA 5I58A 1PB7A 3SETA 3U72A 4Q8RA 3TFLA 3WAFA 5I58B 4QSDA 4R2BA 1UIUA 1TWYA 1QKAA 2HXWA 2I3WA 2QPQA 3MUQA 4I1DA 2REGA 1EU8A 1MH4A 4RY1A 2AL4A 1ZMGA 3K1PA 4ISUA 4N6PA 2ONRA 3FASA 1NH7A 3PPOA 2V93A 4H0WA 2FYIA 1NMUA 1ZKBA 4HW8A 1MPCA 1RKMA 3CI8A 4IO2A 1B5JA 3ECRA 4U23A 3HSTA 1AIVA 5F1QA 4XKRA 3DP6A 2HFBA 4X9TA 5IAIA 3B6WA 3FD3A 2OWSA 3DLNA 1SW5A 1YTVA 1B2HA 4LVQA 4NF4A 1GR2A 3B6TA 4GWOA 4OZ9A 1LBCA 2XXUA 1I69A 3PV0E 1DMBA 4M4GA 4NF6A 3PPNA 1NNKA 1USYH 4LUBA 5KDTB 3S9EA 4X1BA 2OCUA 1FTKA 1PBQA 1S50A 4EQBA 2B65A 1JW4A 1II5A 3U92A 3THIA 1NKXA 1MDP1 4JWYA 5CC2A 3KEIA 2Q88A 4X1DA 5CMBA 5JEIA 4YKKA 1JVYA 1DTZA 2A5SA 4YB5A 1P1OA 3FXRA 1T0KA 3IB0A 2OBGA 3IR1A 5KZTA 5AA2B 2DSFA 3T66A 5KDTA 4AQ4A 4N07A 1Y3NA 2ESNA 4KYEA 5H8HA 3RQTA 2G93A 1MDQA 2D3IA 2YLNA 3O2AA 4YKJA 1OVTA 4RYAA 4BDQA 3PU5A 1MM6A 3KBRA 4F2OA 1R9QA 3MAMA 4MFIA 3C9HA 2F34A 3TPAA 2HAVA 1FQFA 3HHGA 1B7HA 4YB7A 3HHFA 2XX9A 2RC7A 2OLBA 2V25A 3JV9A 3I6VA 3IJXB 3K6XA 2B3BA 3OO9A 1B9JA 5DT6A 2RKMA 2PVUA 3OD7A 2NUVA 1I6AA 3KJ7A 3PD8A 3FJMA 4AB5A 3S9LC 2I4CA 4R75A 5I2KA 1D4NA 3PUXE 1H76A 2LAOA 4IGRA 3GZGA 3KFMA 4F3GA 4EQ9A 3DM0A 4NE4A 2REJA 3L6HA 3ONMA 4EQ7A 3S9NC 5K2YA 2VP1A 4H5GA 3I3VA 1JW1A 4OFOA 3HV1A 5I59B 2QS2A 4ZS9A 5TPAB 4ZEBA 3R7XA 3QAXA 1XHYA 3R26A 2UYEA 3MZ9A 2M8CA 3U94A 4OENA 4XXUA 1MH3A 3CSBA 5DYHA 1MY1A 3SEVA 2Y7RA 1EZ9A 1Z7ME 3FXQA 4L17A 1IIWA 1BTJA 4F1YA 4PFWA 1B7ZA 3IO4A 4NF6B 2DS9A 4NF5B 2DXRA 3C34A 3K6UA 3N6TA 4MBPA 3RT8A 1YCJA 3F11A 3K6VA 4H6DA 4F2QA 4FAJA 5I56A 1MPBA 1N3XA 3IAZA 4H65A 3U1OA 1IITA 4YZZA 1QUKA 2Q2AA 2ONSA 1N3WA 2UYFA 4QSCA 2F35A 2CZLA 2OK2A 4HTGA 4KFQA 4NWDA 3LUYA 4E0WA 2VHAA 5B7DA 1A54A 4QFPA 2B3FA 2IEEA 3HN0A 4FORA 4R73A 3EQ1A 4IO7A 3TQLA 4F22A 1M5CA 1MXXA 4U4XA 4PP0A 2BJJX 4M1VA 3H3GA 3JYRA 1FQBA 2Y7PA 3G3GA 3HCQA 3Q29A 2XXIA 3SEXA 4NF8A 3ZKKA 2O1MA 2F8DA 3VLUA 5H8QA 2VD2A 3SEUA 3OO7A 1Y4CA 5DTBA 3HPIA 3UA8A 4TLMB 5TP9B 4KR5A 1FQCA 2ABHA 1A8FA 1LAHE 1ATGA 2VD3A 1LB9A 1FQDA 3GLBA 3FVOA 4ZEDA 5B70A 3QIMA 4IO4A 3Q25A 4OWDA 3TMGA 3V8XB 4KHZE 4OFLA 2F36A 2RCAA 4JXIA 3MPLA 5EHMA 3EPEA 4U4SA 4LONB 1ZTYA 3OEMA 4YKIA 4QFNA 1CE2A 2VOZA 3A09A 2FA7A 4KCCA 4QSEA 3RN8A 4H5FA 5I59A 1M5DA 3LBSA 2PMSA 2XXHA 3Q28A 1B3EA 1SQYA 2R6GE 3BBRA 3H03A 2ZYKA 3O6GA 1O7TA 3WAEA 4ZDMA 4ZEIA 3VLVA 1IXHA 3UK4A 3GBAA 4KYDA 2I58A 4C1TA 3S9MC 3MVXA 4GXAA 4FJPA 3IORA 1UQWA 2OWTA 1JEUA 1HSJA 2ZNUA 3G3JA 4NEDA 4XKQA 4XKPA 2X26A 3RPWA 5HM4B 4I9DA 1H44A 4RA1A 2DOJA 4XKNA 4GQOA 3K2DA 1M5FA 2NOOA 4QFOA 2ONKE 3G7WA 4JWOA 2XD2A 1US5A 4G77A 3M3KA 4H8IA 4KYSA 1B3LA 3R6UA 4TOZA 3K1MA 2PX1A 3SKPA 4YMBA 3PUVE 3PPPA 2DE4A 5H8HB 4NMYA 1H45A 4NF5A 4P0GA 5ICQA 3FJGA 2ZMBA 2X7PA 3MQ9A 3TCHA 2XXTA 1Z7NE 3AXFA 4P11A 2ZYMA 4OETA 5H8FA 2DWAA 2ZNTA 3D4CA 2H98A 4ZZAA 4FEDA 1ZLQA 2YPNA 4GD5A 4OQOA 4EXKA 5H8NB 1FW0A 1Q1KA 1ZJLA 1SYIA 1LBBA 4XIGQ 1PC3A 2RC9A 2F7BA 1N7WA 2THIA 4PETA 3TTKA 3VVDA 2QJEA 3RTFB 3VFJA 3O6IA 4H1XA 4OEVA 3M3FA 4THIA 3MBPA 4QF9A 1SDXA 3FVNA 3KG2A 1XVYA 3O6HA 4F3PA 1OIBA 1OQGA 1DTGA 3O9PA 3SEWA 3SESA 2R9JA 3RNNA 2DYXA 3TCFA 1B3GA 1B1HA 2OZZA 4WXJA 3LC8A 1N0TA 4E0XA 4U22A 4DDDA 3LSLA 4IY6A 1FTOA 3CG3A 4LQ2A 5TPAA 1D9VA 3OMBA 4DIGA 2DWHA 1DSNA 5DVJA 4RPOA 2D21A 1QJMA 4EF2A 1Y1MA 5H8QB 3KOTA 3USDA 4YAHX 4C1UA 5I57B 1M5BA 3V5AA 2P0SA 2Z8FA 4QFKA 3GBBA 3CVGA 1SVXB 3IOTA 1GVCA 2Q89A 3LSXA 1SD3A 1QW0A 2F97A 2DE2A 2DE3A 1NFTA 2DVZA 1WDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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