3A09A

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with unsaturated trimannuronate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Sphingomonas sp. A1 alginate-binding protein AlgQ1 in complex with unsaturated trimannuronate
rcsb
source organism Sphingomonas
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
total genus 185
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A02
1LAHE 1P1WA 3MJNA 3A3UA 5H8QB 3TTLA 2OCUA 4XTCQ 4BLAA 2UXAA 1Q35A 3CG1A 3QUFA 3K4UA 4IB2A 3HHGA 2RCBA 4OMBA 2O51A 4LZ7A 4DLDA 4GFRA 3TTNA 5AA4B 3VXCA 1CB6A 4TQUQ 1ZIUA 2I0BA 1ZBMA 3M3FA 3DM0A 4GXAA 3IAZA 4DCYA 2XXXA 4H1XA 4ZEDA 5I84A 3FJMA 1MDQA 1SW4A 4KCDA 2RINA 1EZOA 1B7UA 1OVTA 1YPNA 2GRVA 3KN3A 2ZNUA 3L6HA 4GLIA 3QAXA 4IY5A 3N5LA 4X9TA 3MZ9A 4ZEFA 4QHQA 1IXGA 3TTKA 3T22A 3T9XB 4C0RA 4ND9A 5AA4A 3O6HA 3TUSA 1Z7ME 1N0TA 5L8DA 4NEDA 2F6PA 4ELQA 4Z7EA 1LLSA 4F1UA 2KLFA 4H8JA 5CMCA 3UK4A 1MDP1 2I49A 4NF8A 3IORA 2V3QA 1SW2A 1BTJA 4JB7A 5H8SA 4FATA 1QUKA 1MPDA 3T9UA 5IKBA 2QL3A 4XKQA 3K2DA 3OEMA 1D4NA 3KSJA 4OQOA 5I2KB 3VLVA 3S2VA 1IXIA 1Y9UA 1MH4A 1QULA 2H4IA 1EU8A 2D3IA 3ILUB 4I8CA 3MVXA 4JWOA 4F2QA 4PQJA 4YMBA 2DXYA 4LQ2A 1JVXA 1FW0A 1LAGE 3OO7A 4FECA 4ZEBA 1I69A 1AH5A 2XX9A 3G3HA 3THIA 4UACA 2XXRA 4BDMA 1TFDA 4O3CA 1SDXA 2Y7PA 4EQ7A 3TFLA 1MXWA 3CR9A 3IJOB 3OO6A 3U92A 3FXRA 4PE5B 1J1NA 1XVYA 1T0KA 1SW1A 3SEVA 1MG1A 4N13A 4K3FA 3PUVE 2P2AA 1NNTA 4ZECA 2QS1A 1NH7A 3H03A 3FVOA 5CMKA 1UIUA 3EHUA 4H67A 3MP1A 4LQ5A 1MY4A 1Q1KA 5H8NA 2ESNA 3O2AA 3GBBA 3TMGA 4EF2A 2B3BA 1MY3A 1S9TA 2HEUA 2I0CA 1LCTA 2QS4A 3A09A 4U22A 3RLFE 3ZS6A 4RJZA 3RN8A 3H06B 2Z8FA 1YCJA 2RF1A 1LFGA 5DEXB 3RTFB 3DP6A 1B3GA 1M5BA 2UVGA 3L6GA 4LZ8A 3QK6A 3U72A 3LUYA 4DZ1A 4R73A 4ZEIA 1MXUA 3U1OA 1LBBA 4OFLA 1OQHA 1M5DA 1UIVA 2X7PA 3IR1A 3S9EA 5HBCA 5I56B 2F7BA 4MBPA 3B7DA 1A99A 1R1NA 4BDLA 4YMAA 1BLFA 1JW5A 2Y7RA 1DMBA 2NOOA 3O66A 3PMWA 4QFLA 4TOZA 4ZZAA 4ELOA 3RUMA 3G3GA 1A40A 4HW8A 4U1ZA 4ZEKA 5CM6A 1MXVA 2VGQA 2YJPA 3MW0A 1D9VA 1B40A 1IXCA 1MXXA 2AIXA 1URDA 2DWIA 3CI8A 1Y1MA 3QSLA 3FZVA 1US4A 1URSA 4G68C 4G77A 1B32A 2HQ0A 1R9QA 1UTHB 2PT1A 1N7WA 4JSDA 1US5A 4NTLA 5K2XA 3H6WA 2NXOA 3QXMA 1B05A 1H76A 2O1MA 1HSEA 2Y7KA 5TPAA 3Q26A 3CFLA 1MM7A 3IJXB 3MP6A 1RYOA 2O84X 2F7CA 1B46A 1II5A 2I3WA 2QRYA 3HO7A 4YKIA 2UVIA 2F6GA 3GZGA 1JVYA 3O29A 4NF8B 3TCHA 4QFOA 1WVJA 5I57B 5KCJA 2OWSA 1DTGA 2PT2A 3Q25A 1FQAA 2R71A 3CFZA 4Z0IA 4JWYA 4G68A 2HZLA 1NH8A 3TCGA 2AL4A 4OFOA 1LSTA 4YKJA 1B5IA 4G8NA 5ISUA 2F7AA 3BKIB 3P7IA 4PFWA 5DT6A 1B0LA 1TT1A 2XXUA 4R6KA 2Y84A 1A7LA 1Y3QA 2OZZA 2XXYA 4NMYA 4RNSA 4XKPA 2DXRA 4ZS9A 1MH3A 3BFUA 2DE4A 1SBPA 3IO6A 3TQWA 5JTYA 1Y3NA 3E13X 4P0IA 3QIMA 5AA2D 4UA8A 3O28A 3R6UA 2UYEA 5I59A 3H6UA 3LSLA 5KZTA 1AIVA 1S50A 3MWBA 4R75A 1MY1A 4C1UA 2ZNSA 2LAOA 2Z8EA 2Y7IA 3C34A 2AL5A 3I6VA 3M3LA 3SETA 3LBSA 3D4CA 5JK4A 1B51A 4KCCA 4NWCA 1P1UA 4TLMB 3OMBA 4N07A 3PD9A 3SEWA 2W7YA 1VSOA 3V83A 2FYIA 1XS5A 4GL8A 5H8FB 3SDFA 4EQBA 1N3XA 2DVCA 4F3BA 3UA8A 1PB9A 1NKXA 2I48A 3D4GA 4LA9A 4X48A 1NNKA 2P1SA 3FVNA 4NF5A 2VD2A 4YB7A 1PBPA 4EUOA 3T96B 3ECRA 2QSXA 4FAJA 4ZDMA 5L9MA 3KGCA 1B1HA 2O7IA 4IGTA 1YAEA 1SYHA 2DQVA 4HS7A 4RK9A 4WEPA 3VFJA 5FTHA 5CBSA 5H8HB 3CG3A 2O69A 4YZZA 3VDFA 3VVEA 2X26A 1ZU0A 4GRKA 3TELA 2GH9A 4RPOA 2QS2A 3FXQA 4P11A 3ZKLA 3T9HB 1B5HA 5DEXA 2QPQA 4OZ9A 1XOCA 4BDNA 1UTBA 1NNPA 3TKDA 2OWTA 1SD3A 1JNFA 3I5OA 3KG2A 3OOAA 3LR1A 4IGRA 1NNFA 1LAFE 3K1NA 1JW4A 2IEEA 4IO2A 4YAHX 4ZE8A 1LFHA 3R26A 2DOJA 5CBRA 3OELA 4R2BA 3FJ7A 3S4UA 5H8NB 1NFTA 3K6UA 1HSLA 3K6XA 5ELVA 4ESWA 1OMPA 4H0WA 1JEUA 3U93A 1FCKA 1I6QA 4U2RA 3VLUA 4HTGA 4QFNA 1AMFA 3FASA 2PVUA 2G93A 1A8EA 2RCAA 2D21A 2F5XA 1VFEA 3UGWA 4E0WA 4DXUA 4YB6A 3S9NC 1SQYA 4IY6A 3K01A 3TAJA 2UVHA 1O64A 5B7DA 1FTLA 5JEIA 2Q88A 3V89B 4GVOA 1Y4CA 1FQDA 1CE2A 1ZJLA 5J1DA 3BBRA 1QW0A 1D9YA 2G29A 3RGYA 3B6WA 1B4HA 2QMXA 1JW1A 4F3PA 3DP4A 3SERA 1P1NA 4YICA 3R7XA 3HPIA 5A5XA 2V84A 2CZLA 3JYRA 4R9FA 3O97A 4U4SA 5TP9B 2WKYA 3OENA 1B7ZA 3OXNA 4FORA 1R9LA 2ZYMA 4KPTA 3N26A 3ODBA 1H3DA 1FTOA 2I4CA 3KFMA 3MBPA 4NWDA 5I59B 2PX1A 1B58A 3O6IA 1UTBB 5FHOA 1PDAA 1IEJA 2ZYOA 4U1OA 4GF8A 5TU0A 1P1QA 4KYEA 3CSGA 1IIWA 3KBRA 3M3KA 1QUIA 4I1DA 3E4RA 4PFYA 1DOTA 5BWJA 1H45A 1N84A 2E1SA 3O6GA 4H5GA 4LATA 3IB2A 2QS3A 2GHAA 3PPQA 3CRBA 3H4ZA 4OYVA 3TYHA 1ZKBA 2ZXTA 4XKNA 4F22A 3EHSA 4ISUA 4NF5B 2VOZA 4OXVA 1TFAA 1B3FA 3TEPA 3FD3A 1LFIA 4KFQA 4POWA 3TCFA 3PPNA 3VVFA 1ELJA 2NUVA 4QF9A 5H8FA 3LSWA 3U94A 1JETA 3TQLA 3BFTA 2GFEA 2F8DA 2ONKE 2I58A 3EN3A 4R72A 4PP0A 5H8QA 3W15C 3W9VA 3IL1B 4F31B 3G3JA 3W9WA 4AB6A 5KDTB 1Y20A 3MAMA 4NF4B 4YU0A 5AA2B 3S9LC 5HM4B 2H99A 3EHTA 4X1BA 1L5TA 3VLWA 2Q2CA 2Q9TA 5CRYA 1ZMGA 1GVCA 4KYSA 4NF4A 1Y1ZA 2O7UA 2FA7A 2Q2AA 3IOVA 2OLBA 3KOTA 1IITA 4IO3A 4OTEA 5ITOA 1UQWA 1MM6A 4OERA 1PC3A 3CVGA 4ZZEA 1B1XA 4KI0E 4OETA 2XXQA 2HAUA 2RC8A 3PD8A 4OHNA 3SKPA 3KEIA 2V3UA 5M2VA 5JTYB 4OEVA 4KYDA 4QFKA 4LZ5A 4RY1A 3PMXA 4ECFA 3G3KA 3KN8A 2DWJA 3VXBA 3OO9A 3EF7A 5B70A 3MC2A 5AA2A 3PUZE 3PGFA 1NL5A 2M8CA 4G4PA 3A3CA 3SESA 4F2OA 1MXYA 1DSNA 1O63A 3PPPA 3PV0E 1B52A 1MRPA 3FXUA 4GQOA 1GGGA 4THIA 5L9OA 4G68B 3PMVA 1B9JA 1VE4A 4KQPA 4M4GA 3RQTA 4MLQA 3N94A 1OVBA 3PPRA 4IO6A 1MQDA 5ITPA 2XXPA 4MF3A 4PFTA 3OSRA 5AA1A 1IUDA 5LOMA 1POY1 2XD2A 3GBAA 1Y3PA 4IO7A 1AL3A 2RC7A 3RTWB 1FQEA 3MZBA 3UP9A 4Q0CA 2UYFA 2D5WA 2VD3A 4HCWA 5TP9A 5HPQA 2H9BA 4X1DA 5DVJA 3TTRA 5A5XB 1URGA 3KOSA 2OK2A 4XXUA 5DVFA 4H6DA 2GHBA 1AOVA 4C1TA 1N76A 4R2FA 5I2NB 2ONRA 3EPEA 1TWYA 3EQ1A 3C9HA 3O9PA 2XXIA 3Q29A 1XHYA 3I3VA 3MUQA 3RT8A 1NMUA 4M1VA 4P0GA 4RK2A 2Q89A 4L17A 2XX7A 2O6AA 4Q8RA 1WDNA 2B65A 4OFJA 3RNNA 4F18A 3H3GA 4RA1A 2OJTA 3CIJA 3RY3A 1M5CA 3RT6B 2RC9A 3N6UA 4I62A 3Q28A 5I56A 5IAIA 4GWOA 1BIYA 1EH3A 1WODA 2H98A 4BDOA 4RPNA 4OEUA 3GLBA 4NE4A 1USYE 2A5SA 3HV1A 2O68A 1IZ1A 4G8HA 1SYIA 4JSOA 4NF6A 3ZSFA 3FV2A 3V5AA 5DVIA 1RYXA 2F34A 3UORA 5FTIA 2ONSA 1JEVA 2UVJA 2DP8A 3HCQA 1SI1A 3T9VA 1MQGA 4BDRA 3FV1A 1S7YA 1B0HA 2HZKA 3G3FA 3HHFA 3G7WA 4O3BA 1MS7A 2ANJA 1F9BA 1MQJA 5EYFA 5DTBA 3SEYA 2ABHA 1DPEA 1D3KA 1A55A 3AXFA 3G3IA 2ZMBA 4FEDA 1B5JA 4R74A 5H8HA 3K0VA 1N04A 3MPKA 4QSEA 4JDFA 1B3LA 3E9XA 4JWXA 4LP2B 4U23A 5FHNA 3TTMA 3MVZA 4DE8A 2F36A 3FVGA 4OVJA 4PFUA 1KWHA 3TODA 3U8QA 4R6YA 3USDA 2XXHA 2VP1A 3S9MC 1XT8A 2HCAA 1B7HA 2QMWA 3E3KA 2PBWA 2FNCA 4GOTA 2I6EA 3WAEA 3ZKKA 1MQIA 1B6HA 2F97A 2HXWA 1P1OA 3FGSA 3FJGA 4DXCA 1EZPA 1SI0A 4IO4A 1DPPA 4HCYA 4DCXA 4XIGQ 3T66A 4FJPA 3C33A 1QKAA 3SEUA 2QJEA 4KR5A 1O7TA 3ILTB 3QYTA 3KJTA 3LSFB 2I3VA 4F1YA 2XXVA 1DTZA 3GXAA 3FATA 1FTJA 1QKBA 1OLAA 3C36A 4LUBA 4EDPA 5I2KA 2DE3A 4GL0A 4MLVA 1HSJA 2REJA 3C31A 4E0XA 5KDTA 2DWHA 1N7XA 1MQHA 1QJMA 2DYXA 2XHDA 3DELB 4FIMA 4U4XA 5K2YA 1BP5A 4EXKA 1FTKA 1PEBA 3MZ1A 5CMMA 1H44A 4R6HA 3KN7A 2DVZA 5CMBA 2REGA 3DLNA 4FE8A 4LONB 4QRZA 1B2HA 3KSXA 3PU5A 3VE1B 2V93A 2XX8A 4G8MA 4F39A 4POXA 2B3FA 2DSFA 4QFPA 2IA4A 4GIZA 1LBCA 2F35A 2V25A 3B6QA 5EHSA 4G2ZA 5I2NA 3JV9A 5EHMA 3F11A 3T93B 3VV5A 4GXSB 3MQ9A 2ZYKA 2Y7WA 2R9JA 4H8IA 1Z7NE 2O1LA 2DWAA 3VVDA 2PYYA 1MPBA 2OBGA 3OO8A 4ELPA 3IK6B 1I6BA 2XXTA 4XKRA 4N6PA 3K6VA 4R9GA 5L9SA 5KCJB 3IOWA 5I57A 4EXLA 3C32A 3H6VA 4NF6B 4ESXA 3K02A 3LSXA 3OSQA 1VR5A 4YB5A 2Z23A 4WKMA 1MY2A 3N6TA 2NVUB 3OD7A 2ZNTA 3K00A 5TPAB 1N3WA 3MVYA 3C4MA 2RKMA 2HAVA 3IOTA 3H6TA 1M5EA 3PPOA 4Q5TA 1IQ7A 1P99A 2PMSA 4ELRA 1UTHA 1POTA 5BUUA 4QSDA 1ATGA 1A8FA 4RXLA 3C35A 1ZLQA 1H43A 2I4BA 3M8UA 4ONYA 4AB5A 2A5TA 3H7MA 5F7VA 2BJJX 1ZTYA 2Q8JA 2VHAA 3DP8A 4H5FA 3FUZA 3IOUA 3V8XB 4F3GA 5AA3A 1LGBC 1TXFA 5I58B 2F78A 2ALUA 3QUJA 3TPAA 1A54A 2E0SA 4OESA 4U21A 1B4ZA 4YKPA 3FVKA 3MPLA 4YKKA 4O3AA 3CSBA 1MXZA 4QSCA 5ICTA 1PB8A 4JBZA 1XC1A 2THIA 1GV8A 2YPNA 3CFXA 4Q30B 5DYHA 1GTKA 1SW5A 4MH5A 4BDQA 4DIGA 2H5YA 4EF1A 4MFIA 2Z22A 3IO4A 3IX1A 3HSTA 4F19A 1QUJA 1FTMA 5ICQA 1RKMA 1Y4TA 1XVXA 3PUYE 4JXIA 3TZAA 1OLCA 1SVXB 4DXBA 4EQ9A 3HN0A 1FQCA 1FQFA 1BKAA 1OIBA 1PB7A 4H65A 1M5FA 1MPCA 1ANFA 4IO5A 2H25A 2X7QA 5F1QA 1PBQA 4WEDA 1I6AA 2YLNA 3B6TA 3IB1A 4AQ4A 4KHZE 3IB0A 3WAFA 3K6WA 3Q27A 1USYH 1LB9A 4I9DA 2R6GE 1LCFA 1B3HA 1QVSA 2CMOA 1LAXA 3MP8A 3MVWA 4LVQA 3SEXA 4F3SA 5AE4A 3PUXE 2ZYNA 2P0SA 4WXJA 5I58A 1MY0A 1R6ZA 1JQFA 4FEBA 4TLLB 4OENA 2Z8DA 5FHMA 3UIFA 3FIRA 3RPWA 5CC2A 3UN6A 3KJ7A 3JZJA 5CI5A 4ZE9A 2HFBA 3K1PA 3LC8A 2A5TB 4KD5A 3K1MA 1FQBA 3PUWE 1VFDA 1OQGA 4F29A 2DE2A 3OEKA 4F1VA 4PETA 3KZGA 1EZ9A 3TDJA 1LB8A 2DS9A 2AYSA 2XD3A 4GD5A 4DDDA 2V3TA 1GR2A 2XXWA 1YTVA 4OWDA 1B3EA 3ONMA 1IXHA 4RYAA 2NWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAHE 1P1WA 3TTLA 5ISUA 1Q35A 3CG1A 3QUFA 2RCBA 4LZ7A 4GFRA 3TTNA 2I0BA 1EZOA 5EQAA 1B7UA 1YPNA 4MNCA 4N17A 3MZ9A 1IXGA 4ND9A 5AA4A 4NEDA 4HXVA 4Z7EA 4H8JA 5CMCA 1BTJA 4FATA 1MPDA 4XKQA 3K2DA 2P3NA 3S2VA 1QULA 2D3IA 4JWOA 4YMBA 4PQJA 2DXYA 4LQ2A 1JVXA 1FW0A 3OO7A 4FECA 1FSAA 5DW8A 4UACA 4BDMA 1TFDA 1MXWA 1FTAA 3IJOB 3U92A 4GWZA 1T0KA 1SW1A 4ZECA 4K3FA 3H03A 3FVOA 2ESNA 2ZZXA 2WYKA 2HEUA 1MY3A 3RLFE 3ZS6A 2Z8FA 2RF1A 3DP6A 1B3GA 1M5BA 3U72A 4DZ1A 4OFLA 5I3SA 3S9EA 5I56B 3B7DA 1BLFA 1DMBA 2NOOA 4TOZA 4ELOA 4MEVA 4U1ZA 5CM6A 3MSTA 1B40A 2DWIA 4G77A 3FZVA 1R9QA 1UTHB 4JSDA 3H6WA 2NXOA 1B05A 3MP6A 1RYOA 2I3WA 4NX1A 2F6GA 2WBBA 1JVYA 3TCHA 2QVRA 5KCJA 2FIEA 2OWSA 2PT2A 3D1RA 4JWYA 2HZLA 1NH8A 4OFOA 4G8NA 2F7AA 4DI4B 1NUWA 4NMYA 2DXRA 1IMFA 1SBPA 3IO6A 3TQWA 2UYEA 1DK4A 2ZNSA 5F24A 5JK4A 3LBSA 1B51A 5H8FB 4EQBA 2DVCA 3NOHA 2Q74A 2I48A 2P1SA 4NF5A 4YB7A 1YAEA 4WEPA 5FTHA 3VDFA 1ZU0A 4GRKA 3SZPA 3TELA 3ZKLA 2XWVA 2QPQA 2XWKA 2OWTA 5I5PA 3OOAA 3V8XB 2IEEA 3FJ7A 5H8NB 3K6UA 1HSLA 4ESWA 2FHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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