3A09A

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with unsaturated trimannuronate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
b'REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Sphingomonas sp. A1 alginate-binding protein AlgQ1 in complex with unsaturated trimannuronate
rcsb
molecule keywords AlgQ1
source organism Sphingomonas
molecule tags Sugar binding protein
total genus 185
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A02
4MLVA 4BDNA 3PUXE 3TEPA 4IO5A 1H43A 1MDQA 4NMYA 5A5XB 3IL1B 5DTBA 3O9PA 3ZKLA 1B4HA 3TTKA 2I48A 5JK4A 3KN8A 4ZZAA 4ZEKA 2XX8A 4WXJA 1MXVA 4C1UA 1OIBA 2Q88A 3TAJA 3VV5A 3PPOA 4ESXA 1B3EA 5JEIA 3DLNA 5I56A 1SW1A 5I57A 2O68A 4H67A 1QW0A 4PFUA 4ELRA 5JTYA 3SERA 5I2KA 2GFEA 2Z8DA 3UA8A 2H25A 2R71A 3KEIA 5H8SA 2D3IA 1LBCA 1H45A 4X1DA 3S9LC 3OEMA 4OHNA 1USYE 1S9TA 5L9SA 1XOCA 1DMBA 3LBSA 2Z22A 3MAMA 2DOJA 1YPNA 1IXHA 1QUIA 4U1ZA 2F7CA 3HO7A 2B3FA 5DEXB 4EF2A 1B40A 1B46A 4U2RA 1MXYA 4WEDA 1MXZA 4WKMA 2ZXTA 4QSEA 3PMXA 1OQHA 3K4UA 4HTGA 3TTMA 3CG3A 3EPEA 1GTKA 2OBGA 4TQUQ 1FTMA 3VLWA 5I59B 2XX7A 3VXBA 5TP9A 4IGRA 3T66A 4H0WA 1Q35A 4NF6A 2DE4A 3HHGA 5L8DA 3IOVA 1N04A 1SI0A 4GVOA 3VE1B 4H8IA 4GFRA 4BDLA 2XXIA 2VOZA 2O1MA 4KYDA 3T9HB 2XHDA 1PBQA 2Q9TA 4ONYA 4FAJA 5IKBA 4DCYA 4F1VA 2ONKE 2F6PA 4ZE9A 4FORA 4GL8A 1L5TA 2X7QA 1PB7A 4KYEA 1LAXA 5TU0A 3IB2A 3CFXA 5CMBA 1PB9A 3S9NC 3PUVE 4LVQA 1AL3A 3UP9A 4H5FA 3LR1A 1MH3A 5DVIA 5KZTA 5CBRA 2VGQA 2Y7KA 4L17A 1ELJA 3KFMA 4M4GA 5ISUA 1D4NA 3KN7A 2O1LA 3H03A 2W7YA 5CBSA 1D9VA 2F8DA 1H76A 2DWJA 1I6QA 5FTHA 4O3CA 2V25A 4TLLB 4JWXA 5DEXA 3IO6A 2UVHA 4U1OA 3RTWB 1B5HA 1Y1ZA 3IJXB 4UACA 5H8FB 2Y7RA 3HPIA 4OESA 1TXFA 4PFTA 3CG1A 2X26A 4YB6A 3G3JA 4LQ2A 4ZECA 2HAUA 3IJOB 1US4A 5CRYA 3MVXA 1RYOA 3E4RA 4MLQA 1NNKA 1NNFA 4X48A 3IOTA 3C33A 4R2BA 5I59A 1LFHA 2A5TB 2H99A 2V3TA 3GXAA 3K1PA 2G93A 1IEJA 1SI1A 3OO7A 2PMSA 5B7DA 3FXUA 1IXCA 3PUYE 1PBPA 3TTRA 2NUVA 3IR1A 2NOOA 4IB2A 1RYXA 2O84X 1SBPA 3MP1A 1AH5A 3O6HA 1NH8A 4EUOA 2DP8A 3FJGA 1UIVA 3IB1A 1M5BA 2DWIA 4FEBA 2THIA 1DPEA 2F97A 2RC7A 4R9FA 2ABHA 4YMBA 1I6AA 1QVSA 4N13A 1B1HA 3PUZE 1WDNA 3B6QA 3Q26A 3MPKA 4KI0E 4O3AA 3W15C 3TFLA 3B6TA 3Q25A 1B7HA 3QUFA 3MVWA 2F35A 2HEUA 1R1NA 2I0CA 3IOUA 4XXUA 1MPCA 2RCBA 1MY0A 4ELQA 2LAOA 2DWAA 2AL5A 1MXUA 1Y3PA 2KLFA 4P0GA 2DSFA 3PPRA 4BDRA 2ONRA 2O6AA 1B0HA 5ICQA 3C31A 2P2AA 4GQOA 3EHUA 4DCXA 1DSNA 3VVEA 1HSLA 1ZU0A 4R6YA 2OK2A 5H8FA 1Y20A 3TCGA 4M1VA 5CM6A 2I3VA 3RNNA 4KYSA 4LZ5A 4RY1A 3SEYA 1MY1A 2RC9A 3IK6B 2RF1A 1QKBA 3K01A 1MY2A 4LA9A 4ZZEA 3RT8A 1Z7NE 2D5WA 3UK4A 2A5TA 3DP4A 4YB5A 3Q29A 1ZKBA 1URGA 4GXSB 2RCAA 2QSXA 2QMWA 3P7IA 1NMUA 1Y3NA 1XVXA 3O2AA 1M5FA 1B3FA 3N6TA 2PT1A 3ILUB 3RY3A 2E0SA 4G68C 4QFPA 1Y4TA 1LLSA 1UTHB 4DDDA 2QPQA 4O3BA 4QFLA 3VLVA 5F1QA 3MPLA 2QRYA 4QF9A 2H98A 3MWBA 2V3QA 3ODBA 4HW8A 3MP8A 4NEDA 5AA1A 4ZEFA 3H06B 1D9YA 3MQ9A 2NXOA 1NKXA 3N6UA 3K0VA 3U94A 3QXMA 1P1UA 4ZDMA 3TMGA 1SD3A 1II5A 5H8QB 2P0SA 1UIUA 3V8XB 2X7PA 2GHBA 4UA8A 2RKMA 3K6UA 3GLBA 4G77A 1MM7A 2A5SA 4Z0IA 4Q5TA 1VE4A 3CFLA 1JVXA 5ICTA 4DXBA 1A40A 3ZSFA 3KOSA 3JYRA 2HZKA 2V93A 1JW5A 3T22A 3FV2A 1N84A 4TOZA 2I49A 1SVXB 4FJPA 3OELA 1ANFA 4QFKA 4GWOA 4F2OA 2QMXA 3Q27A 5BUUA 2REJA 4FATA 4FIMA 4OFLA 4KQPA 1FCKA 2HXWA 2F6GA 2H9BA 2Y7PA 1M5DA 2R6GE 3FZVA 4F3SA 3GZGA 4OENA 1IXGA 3E9XA 1JEVA 2CZLA 3IX1A 1B5JA 4JWYA 2ZYKA 4EQBA 3H6VA 3V83A 4BLAA 3DELB 1EH3A 5AE4A 3CVGA 1XT8A 1J1NA 2RC8A 2QL3A 1B58A 4IO6A 1UTHA 4XIGQ 3EN3A 1A99A 4ELPA 2FA7A 1B4ZA 3ILTB 1B51A 1QJMA 4RA1A 3K2DA 3USDA 2DQVA 3CRBA 3F11A 1MQJA 4X1BA 4F22A 1LFGA 3TQWA 1P1NA 3H6TA 1LSTA 3MZBA 3KJ7A 4ECFA 1EZOA 1QUKA 3PGFA 1MY3A 2Z8FA 3QAXA 1SW2A 1EU8A 3HN0A 4EQ7A 1MG1A 4F19A 1N0TA 2XXWA 2I3WA 5H8QA 3H4ZA 3B6WA 3PV0E 4LZ8A 4XTCQ 3TYHA 3IORA 4EQ9A 4XKRA 1HSEA 1XC1A 4QSCA 4OVJA 1TWYA 2UYFA 2I6EA 2O69A 3OMBA 5CMMA 4RPOA 2GRVA 1NFTA 2PVUA 5HM4B 5HPQA 1TT1A 3I3VA 3T9XB 1VFEA 1US5A 3FJ7A 1QKAA 3C9HA 3IB0A 5M2VA 1B9JA 3CR9A 4DXUA 4OWDA 1XHYA 3OD7A 1DPPA 1F9BA 4NF4B 3OO8A 1NNTA 3QYTA 1AOVA 3S9EA 3EQ1A 1FTLA 3RUMA 1POY1 4RPNA 3PMVA 4LONB 5L9MA 4N6PA 3L6GA 1SDXA 3K00A 1VFDA 3C36A 3EF7A 4G68B 1A55A 4AQ4A 1NL5A 5KDTA 5I58B 1B1XA 4KCDA 3G3HA 4THIA 1B32A 4XKPA 4YKKA 4OZ9A 1B3GA 2OLBA 3R6UA 4OFJA 4IO2A 5KCJB 3FVNA 3AXFA 4R6KA 2XXVA 4G4PA 2UVIA 1O7TA 4C0RA 4RYAA 1PDAA 3N5LA 4Z7EA 4F29A 4DXCA 3H7MA 1P1QA 2CMOA 1MQHA 1H3DA 1MPDA 1VR5A 1SW5A 4JXIA 3C4MA 3I5OA 2DE2A 4YKJA 3O28A 1SW4A 4KPTA 4OMBA 2UYEA 1P1OA 2DE3A 3B7DA 3BBRA 4H65A 2XD3A 3OSRA 4LP2B 1JNFA 5TPAB 3FD3A 4XKNA 2H4IA 3ECRA 2Q2CA 3TTNA 2WKYA 2ZYOA 4LUBA 4F2QA 3K1NA 3SKPA 1IZ1A 4U22A 5CMKA 1OVBA 2FYIA 4PFWA 3UGWA 3G3FA 3N94A 3T96B 3V5AA 1WVJA 3FXRA 1OLCA 3OENA 4KHZE 3SEUA 2F7AA 1SQYA 2UXAA 4IO3A 1P1WA 4NF4A 3S2VA 2OZZA 2DS9A 2VHAA 4YMAA 3JZJA 5F7VA 5ITOA 2VD2A 4ZEIA 3TCFA 1OLAA 3W9VA 3MVYA 3FVKA 5B70A 1CB6A 4G68A 4QHQA 5I58A 1P99A 2V3UA 3S4UA 4ZS9A 3UIFA 3HV1A 1MPBA 3S9MC 2GH9A 2IEEA 1TFAA 1LB9A 2ANJA 3MVZA 1BLFA 1S7YA 3QK6A 5KCJA 4H5GA 1BKAA 4DZ1A 2UVGA 2PBWA 1ZBMA 1FTKA 5CMCA 5ELVA 3G3IA 1H44A 3GBBA 3N26A 1B7UA 2I4BA 3KZGA 4GRKA 4X9TA 1USYH 3FATA 1N7WA 3LSXA 1B52A 1GGGA 1ZJLA 4MFIA 2Q89A 5I84A 1A8FA 3OOAA 4OERA 3LUYA 3K02A 3C34A 4OFOA 5EHSA 3PPPA 4YKIA 4FE8A 1BIYA 2OCUA 1Q1KA 4ISUA 3CSGA 3M3KA 3LSWA 3ZS6A 5TPAA 2RINA 4H1XA 3I6VA 3TTLA 4R75A 3FXQA 2ZMBA 1N76A 3FIRA 4R9GA 1JW4A 1FTJA 3SESA 3RGYA 2QS1A 3OO6A 1B3HA 3T9UA 1O63A 1JVYA 3DP8A 2DXYA 3HCQA 4H6DA 3MZ1A 4EDPA 1A54A 1ZTYA 1CE2A 4F3GA 5EYFA 4FEDA 5K2XA 4ELOA 3KJTA 4Q0CA 4POXA 3TDJA 1LCTA 3K1MA 4P11A 3CSBA 4NF5B 4Q8RA 4WEPA 1XS5A 1OQGA 1GR2A 4HCWA 4OQOA 5BWJA 3H6WA 1JQFA 4NWDA 3VXCA 3KBRA 3QIMA 3O6IA 2AYSA 4GLIA 3VFJA 3PD9A 3VLUA 1B7ZA 2YJPA 2ONSA 3U72A 5HBCA 4DE8A 2R9JA 2ZYMA 2XXPA 3O66A 3KN3A 2FNCA 4QRZA 3FJMA 2IA4A 2F5XA 1FQEA 3CI8A 2HFBA 1O64A 3RT6B 1FQAA 3K6WA 2QS4A 5FHOA 1D3KA 1B0LA 1Y3QA 2ZYNA 3A09A 1EZPA 1M5CA 5CI5A 3HHFA 4KFQA 4PFYA 3E13X 3RN8A 4YZZA 4IY5A 1MM6A 2AL4A 4R6HA 3TELA 3KGCA 3TUSA 1B2HA 4BDQA 5AA2B 3R7XA 3RLFE 3PU5A 2NVUB 4AB6A 2GHAA 4C1TA 1N3XA 4QSDA 5KDTB 1JW1A 1MRPA 4PETA 3SEVA 2YPNA 1A8EA 4R74A 1URSA 4EXKA 1EZ9A 3PPQA 1FQBA 3G3KA 3C32A 4F1YA 4ND9A 2F7BA 3KSXA 4KD5A 1N3WA 2O51A 2ZNUA 1LFIA 1B3LA 3VVFA 3ONMA 2BJJX 2O7UA 4I9DA 4LZ7A 2G29A 3SEXA 4TLMB 4OXVA 4NF5A 4G2ZA 2ESNA 4JB7A 4NE4A 4YAHX 2P1SA 4DLDA 4ZE8A 3M3FA 1URDA 1I69A 4POWA 3T93B 1LGBC 4RNSA 1OVTA 4F1UA 5J1DA 2XXYA 2OJTA 1SYIA 4OEVA 4EF1A 3RPWA 3GBAA 4YKPA 4G8HA 4IO4A 4YU0A 1WODA 2PX1A 2F34A 5DVFA 4XKQA 3KSJA 3MW0A 2XXTA 1R9QA 2F36A 3SDFA 1NH7A 1MXWA 3DM0A 4N07A 3VVDA 2VD3A 4JSDA 4HCYA 1PB8A 2HCAA 4F18A 4QFNA 4KR5A 3TKDA 3TODA 4IGTA 5IAIA 5AA4B 3M3LA 4H8JA 3LC8A 5DT6A 5AA2A 4JBZA 3WAFA 4BDOA 5A5XA 1SYHA 3PMWA 2XX9A 5DVJA 4F3PA 2Z23A 1IITA 3KG2A 1JEUA 3TCHA 1UTBB 3ZKKA 4NTLA 1AMFA 3FASA 4YB7A 4EXLA 4JWOA 1PC3A 4JDFA 2Q2AA 4RK2A 3H3GA 4I8CA 5LOMA 1ZMGA 3VDFA 3SETA 2OWSA 4U21A 4HS7A 2DYXA 3MUQA 3V89B 5H8NB 4GOTA 3E3KA 2Y84A 3UORA 3JV9A 4OTEA 3TQLA 1N7XA 4FECA 1LAHE 2XXQA 4DIGA 4ESWA 3KOTA 4K3FA 2VP1A 3TZAA 1OMPA 2D21A 3FGSA 1NNPA 4G8MA 3EHSA 1PEBA 3FVGA 2XXRA 4IY6A 3TPAA 1T0KA 3M8UA 2REGA 4E0WA 3LSFB 4OYVA 1DTGA 2XXUA 1MDP1 1UQWA 1LAGE 4I62A 4E0XA 1B6HA 4R72A 3U92A 3G3GA 1ZLQA 3UN6A 3HSTA 1ZIUA 4NF8B 3FUZA 4OEUA 1LBBA 5DYHA 2DWHA 3IOWA 1I6BA 2H5YA 4LQ5A 1FW0A 1Y1MA 1GVCA 2QS3A 1YTVA 4MBPA 3DP6A 5AA4A 3QSLA 3A3CA 4I1DA 2I58A 4PP0A 2UVJA 2YLNA 3O97A 4Q30B 3MBPA 3CFZA 1YAEA 1MH4A 5AA2D 3MJNA 2Y7WA 1QUJA 1QULA 1IQ7A 2E1SA 3SEWA 5AA3A 2B65A 4MH5A 1Y4CA 3OEKA 4KCCA 4PQJA 1UTBA 1MY4A 2ALUA 2V84A 4GXAA 4ZEBA 3R26A 1MQDA 4GD5A 4G8NA 5FTIA 3U8QA 3BFTA 2DVZA 3LSLA 1M5EA 4GL0A 2ZNTA 4GIZA 3U1OA 1A7LA 1R6ZA 3D4GA 5L9OA 4U4SA 5H8NA 1IIWA 1S50A 1IUDA 3PPNA 4RXLA 3K6XA 1LB8A 2DVCA 5H8HB 3BKIB 1R9LA 3CIJA 2M8CA 5I2NB 3MZ9A 2O7IA 3O29A 5FHNA 2PT2A 1LCFA 5CC2A 1RKMA 3QUJA 3THIA 4MF3A 2HQ0A 3PUWE 3U93A 1AIVA 5EHMA 1POTA 1FTOA 1TFDA 3MP6A 2Q8JA 2F78A 4R73A 1YCJA 3IO4A 1Y9UA 4OETA 3OO9A 1BP5A 4NF8A 3G7WA 4F31B 4BDMA 4R2FA 4F39A 2XXHA 3MC2A 4F3BA 1MQIA 1HSJA 1BTJA 5I56B 3FVOA 5I57B 3OSQA 5JTYB 4PE5B 4GF8A 2NWJA 5I2KB 5ITPA 1IXIA 3WAEA 2ZNSA 1JETA 4LATA 2Z8EA 1B5IA 4IO7A 3K6VA 3Q28A 1LAFE 2AIXA 3L6HA 2PYYA 4U4XA 4YICA 1MXXA 1FQCA 1ATGA 4JSOA 1XVYA 3FV1A 3D4CA 2HZLA 3H6UA 2B3BA 3C35A 3A3UA 3W9WA 4P0IA 1B05A 3EHTA 4QFOA 2Y7IA 4NWCA 4U23A 1FQDA 3T9VA 1VSOA 4RK9A 3IAZA 1KWHA 3PD8A 2DXRA 1GV8A 5FHMA 2HAVA 1MS7A 3RQTA 2I0BA 1Z7ME 5H8HA 2XXXA 2I4CA 3OXNA 4RJZA 5I2NA 2XD2A 4AB5A 2QS2A 5K2YA 3O6GA 2OWTA 1FQFA 5TP9B 1DOTA 3BFUA 1DTZA 4ZEDA 1MQGA 3RTFB 4NF6B 2QJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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