3A3QA

Structure of n59d hen egg-white lysozyme in complex with (glcnac)3
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQIDSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Importance of the hydrogen bonding network including Asp52 for catalysis, as revealed by Asn59 mutant hen egg-white lysozymes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a3qA00
1GB0A 1IOCA 4OOOA 135LA 3ATOA 1LJNA 1NMMA 1T6VL 4HPIA 4ETBA 1VFBC 6LYZA 3TXIA 1LMAA 1SLYA 1Z55A 2DQFC 1IOQA 3AGIA 5LYZA 1BB4A 1W08A 4NHSA 4TUNA 3WPJA 1IWVA 1KIRC 5KXWA 2CDSA 1IC4Y 1CJ7A 4CGEA 2HEAA 2Z18A 1YANA 4IJ4A 1BWJA 1JUGA 2MEIA 1HFZA 1LZNA 1LAAA 4H9CA 1WQQA 4HTQA 1LSMA 4I0CA 1GB3A 1GDWA 4B0DA 4M6DA 1HMLA 2XJWA 5DN5A 4NHTA 1LJKA 4WG1A 1XGPC 5APCA 2W1LA 5L3IA 1GFUA 1D0KA 4TWSA 3TXBA 4ETDA 1GBZA 1KXXA 208LA 3QY4A 4DYGA 3TMWA 133LA 1AKIA 1LZTA 1GAZA 1LSGA 2BQAA 1DPXA 5KXLA 4ET8A 4RLNA 1OUBA 3A6BY 4QGZA 2LYMA 2C8OA 3B6LA 1NBYC 2HUBA 1VDQA 2BQEA 2G4PA 1UIFA 3TMVA 1GFRA 1QSWA 3WW6A 1UIAA 5ILCA 1CKFA 1QQYA 3A96A 1GBSA 2W1YA 1GE4A 2XBSA 1IR9A 4CHXA 4LYTA 1GFHA 4LT1A 4MCKA 4XADA 3AGHA 5IDDA 5KXMA 4W94A 1B7LA 4N9RA 4DD3A 1J1OY 2VB1A 2BAAA 4YEMA 1BGIA 1GHLA 2I26L 2MEBA 4H9HA 5FSTA 1IP3A 1OUJA 1LZ4A 1P2CC 2BQFA 5J7CA 3AZ5A 1OUIA 1UACY 2DQCY 5LXWA 1NDMC 1GF4A 5LVKA 1IP5A 4DD1A 5HMVA 1LSZA 1YKZX 5LVJA 3WU7A 4J1BA 1FLYA 1UICA 3B0KA 4H9AA 1B7MA 5KXKA 1JSEA 3OK0A 1GB6A 1YAMA 2CGIA 3WXUA 3ZVQA 1LZ8A 1XEKA 3CT5A 3D3DA 4B1AA 4CFOA 4NSJA 1GBWA 3M3UA 1QUTA 4ANRA 4DT3A 1OUHA 3P68A 3W6CA 2Q0MX 1LZEA 2DQHY 1GE0A 1LHIA 3A8ZA 1F0WA 1WQOA 4FJRA 4H92A 4NGJA 1IWYA 3MGWA 5F81A 3VWOA 1LYSA 1EQ5A 4WLXA 1YROA 3LN2A 3LYZA 1CJ8A 1OUAA 1HEPA 5FELA 1IOTA 1IWWA 1HMKA 4C3WA 1UCOA 4J7VA 4NGOA 1LZCA 1D0LA 1GB9A 4LYZA 2Z2FA 4PPOA 4RW2A 4ZEEA 3LZTA 4B49A 2PC2A 1WQRA 5F9XA 4H91A 1IY3A 2ZNXY 1TDYA 1IP2A 2ZWBA 4U3XB 1LZ5A 3ZVQB 1C43A 1PZYA 4WLTA 3T6UA 1YIKA 1QTKA 4NIJA 2HU1A 2Z2EA 2ZIJA 4NSIA 5I54A 2FBDA 5APDA 1DQJC 1TAYA 2RSCA 4WM1A 4BAFA 4HJZA 1DXJA 2EIZC 1CKDA 1FLQA 3CQLA 1LKSA 1LSNA 4UWVA 2HEFA 5DM9A 5B1FA 4QY9A 3FE0A 1IX0A 4NWHA 1GFGA 1QUSA 4NWEA 4OOTA 1PS5A 1CNSA 5B06A 1LHKA 1BVKC 1H87A 4AXTA 2MEHA 1GEZA 4NEBA 1DI4A 4GCFA 1B7PA 1XGQC 1IY4A 1F6RA 1LMTA 3G3AB 194LA 1VDTA 1HSXA 4ETCA 1KIQC 1WVVA 5B1GA 4WM2A 1IO5A 2Y8PA 1DKJA 3N9AA 4NG8A 1FKVA 5I5QA 4WM6A 3LYOA 1BB6A 1I1ZA 4LZTA 4WO6A 2EKSC 4YENA 3B72A 4E3UA 1GEVA 2DBTA 1AT5A 3HBHA 1MELL 5LVIA 1C08C 1IIZA 2I25L 4H1PA 1NF5A 1BWHA 1LZ1A 1IWXA 3FI7A 5D5CA 1AT6A 1IC5Y 4NGLA 2DQEY 4G9SA 1CKHA 1AM7A 1LZ9A 1UIDA 1JKBA 3A67Y 4H94A 5KXTA 1TCYA 5KXOA 1IR8A 3RW8A 1OUGA 1BVXA 2BQKA 1ZVHL 2F30A 1GB5A 4GN3A 3EXDA 1G7MC 1HEOA 153LA 2HEDA 3E3DA 5LYMA 1F6SA 3WXTA 1IEEA 1EQ4A 1LZSA 4C5FA 4BS7A 1I56A 1LMQA 4DDCA 1B5UA 4XJDA 2NWDX 4HJVA 4B4EA 2D6BA 3TXFA 3CSQA 1GE3A 1VDSA 1IWUA 1XEIA 1NQIA 4LGKA 1RE2A 4YF2A 4PJ2C 4WO9A 5AMYA 4ET9A 2AUBA 2DQJY 5KKIA 2YBIA 1B7SA 1ZV5L 2DQIY 3GXKA 2Z19A 3WUMA 1BWIA 1GFAA 2ZYCA 2YBMA 1RI8B 4KXIA 4LYMA 1YKXX 5LA8A 1FLWA 1OQMA 1XSFA 3W6AA 1LSFA 1V7SA 5IELA 1GF5A 1XFPL 3P64A 4IASA 4LT0A 4OWAA 5HMJA 1NKHA 4WOAA 1GFJA 1RCMA 5II3A 1C46A 4NGYA 2BQDA 1JPOA 4WM5A 1ZVYB 2ZIKA 3W6BA 5LVHA 2HTXA 4R0FA 1HEWA 4WL7A 1XEJA 5JENB 4NGKA 4NSHA 5D5FA 1OUCA 4DDBA 3W3EA 7LYZA 2BQHA 4HP0A 1B5ZA 3QNGA 5KXRA 1V7TA 1G7LC 1QIOA 2CJLA 2GV0A 4QEQA 1D6PA 1B9OA 4RW1A 5FEKA 2F4GA 1LMPA 2DKVA 4N5RA 5KJ9A 1YL1X 4AGAA 1UA6Y 1LHLA 2BQCA 1GBXA 1LSAA 1REMA 4N0JA 1DPWA 1HHLA 3HBDA 1G7IC 1GF9A 3WYHA 1IP7A 1QDTA 1JTOL 2YBNA 3B0OA 3LHMA 2D4IA 1C45A 1TBYA 3WU8A 1B0DA 4A7DA 1LZDA 1HNLA 8LYZA 4G4HA 5K7OA 5M1YA 1I20A 3RT5X 1LOZA 1CKCA 1GBOA 1JSFA 3BKVA 4NHQA 3WULA 1LJEA 4N8ZA 3N9CA 2H9JA 1RFPA 3LZ2A 3OJPA 4B4IA 2W1XA 1YILA 4X3BA 1LZRA 1LJHA 1CKGA 1LZ6A 3RU5A 1HFYA 3M18B 1JTPL 2EPEA 4EOFA 1B5YA 2H9KA 1KIPC 2ZQ4A 1JJ1A 1LSYA 1LSBA 1QSAA 5LVGA 3J6KA 2CWIA 1HSWA 4RLMA 3CT0A 2HU3A 3A92A 5KXYA 4N1EI 5F9UA 5KY1A 1LHHA 1DKKA 5APEA 3WU9A 4KL7A 3WPLA 4DD2A 4WMGA 5E9RA 1JEFA 1IC7Y 3AGGG 3CSZA 3RZ4A 1QTEA 1NBZC 1HEMA 4WM3A 3SP3A 3WVXA 1LJFA 5HNLA 3A6CY 4HPEA 2D4KA 4TSCA 1LPIA 4Z46A 5L9JA 4IATA 154LA 1REZA 1G7JC 5DLAA 1C10A 4HV2A 4XYYA 3AW7A 1IR7A 5F14A 1LSPA 1NWGA 2BLXA 1GF3A 3TXGA 1GB7A 3TXJA 1DI5A 4NGVA 2A7FA 4WLYA 1UBZA 132LA 1AZFA 3WUAA 5B07A 2ZILA 1JTTL 1B5XA 3TMXA 5HNCA 2LHMA 1B7RA 3GXRA 1B5VA 1JKDA 1QDRA 3WH1A 1C7PA 4H93A 5C6LA 4TSBA 1WTMA 3TXKA 4DD0A 3EO5A 1IP4A 9LYZA 2LYOA 4LFXA 1JWRA 1JHLA 3WL2A 1LSEA 1VAUA 4MSTA 2G4QA 1LSDA 4LFPA 4PHIA 3A94A 4XJFA 1LHMA 4P2EA 1REXA 5F16A 4ZFPA 2F2NA 5HLLA 3AJNA 4HSFA 5A3ZA 1B2KA 5DN4A 5FDJA 1WQNA 3ULRA 3LYTA 1OUFA 2FYDA 1F10A 1UIBA 1W6ZA 3F6ZA 4GLVA 4LYBA 1LYZA 3P65A 3A90A 4II8A 2YSSC 4HJYA 4W96A 5A3EA 5KXNA 2MECA 1OUEA 4KPMA 1UUZC 5KXZA 4CFPA 1GAYA 2YBHA 1LMOA 4H9EA 1XGTC 4PRUA 1LTMA 4Z98A 3WPKA 5APFA 3W6DA 1JKAA 5I4WA 4BAPA 1GE2A 4J1AA 1LJJA 4DD7A 2HECA 1LZGA 2ZNWY 1KXYA 1VATA 2W1MA 4UWNA 4NGIA 4I8SA 1GFVA 1HELA 4ETEA 2ZQ3A 4GCEA 1D9UA 2Z39A 1LJ4A 4LT2A 1LZBA 4YEOA 1LKRA 3A34A 3AB6A 4DC4A 1IWTA 3T36A 3A3QA 4N1CC 2IFFY 1BHZA 4HTKA 5KXXA 1B7NA 4GCDA 1HEQA 5I4YA 207LA 4H90A 2A7DA 2LZTA 2HEBA 1REYA 4H8ZA 5KXPA 4D9ZA 1BQLY 1XGUC 1VDPA 4GN4A 4H8XA 4XN6A 4DD9A 3N9EA 4H9BA 3A91A 4ETAA 4CJ2A 1EL1A 1FKQA 1GXV2 5LIOA 3CT1A 1IWZA 2BQMA 2DQDY 2X0AA 2BQOA 1LYYA 4NHPA 2XBRA 1HC0A 3J4GA 4WLDA 1YL0X 5B59A 1LJIA 3AYQA 4OWEA 4WL6A 1D6QA 1LJ3A 5C6IA 1LMCA 3W6EA 2YVBA 4XJBA 4Z3MA 2BQJA 1KXWA 1DI3A 1NHEA 1BB5A 4M4OA 2XTHA 1E8LA 2WARA 3D9AC 4BADA 2YBJA 3A95A 1YAPA 5L3HA 1T3PA 5DL9A 2G4NA 1BB7A 3AZ6A 3WMKA 4RDSA 5C6JA 1GFKA 1RJCB 3WUNA 1YAQA 1YKYX 1FN5A 2BQIA 2MEGA 4G4BA 4H8YA 5E4PA 4NY5A 5LINA 2BQGA 1WQMA 3CB7A 2LZ2A 3IJVA 5LA5A 1GF8A 5B05A 4XENA 4HTNA 1LMNA 1CJ9A 1JKCA 3P4ZA 4PGJB 3AZ4A 6LYTA 3AW6A 4MR1A 1B5WA 4DDAA 3HFMY 4GN5C 1J1XY 1LHJA 1GBYA 4WG7A 1NDGC 5I4XA 2FBBA 2Z37A 2D4JA 1A4VA 3CSRA 1GPQC 1LJGA 4ML7A 1JIYA 1G7HC 1GF6A 1UC0A 3WVYA 2BQLA 4WM4A 193LA 3BKHA 1HF4A 3G3BB 1IVMA 1JJ3A 2D91A 4J0LA 4NHIA 5ILFA 3QE8A 4ZIXA 1INUA 3P66A 1GDXA 1FLUA 4DWXA 4LYCA 1B7OA 1IOSA 1WVUA 5FCPA 1OP9B 3EMSA 1MLCE 1FDLY 5EBHA 4TTDA 1LYOA 3A3RX 5LAFA 1GFTA 1EQEA 3IWRA 2BQBA 1DZBX 5LYTA 4XJIA 4G49A 4GLAA 1BB3A 4NGZA 1GB2A 4NG1A 1UIHA 1WTNA 4GCCA 1HERA 2YDGA 2I6ZA 4QDNA 1GF0A 2MEDA 4OWBA 1LSCA 1H6MA 4YOPA 1LZYA 3TXEA 1FBIX 1GXXA 2Z38A 4OWHA 4EMNA 2H5ZA 3TXDA 1GF7A 134LA 4NFVA 5HQ1A 3ZEKA 1UIGA 4GCBA 5IHGA 4O34A 3TMUA 5LAGA 1GD6A 1SQ2L 1LZAA 2LYZA 2YBLA 1IORA 1D0MA 2BPUA 2B5ZA 4H9FA 4UWUA 1WQPA 3KAMA 4OWCA 1UIEA 4XJHA 2DQGY 2EQLA 2F4AA 1O23A 2MEEA 5FHWA 2Z12A 3AZ7A 2FYCA 5I53A 1LCNA 5KKJA 1OUDA 4HV1A 3TXHA 3W6FA 2BQNA 5T3FA 1YAOA 4XJGA 2N5ZA 1ZMYL 1JJ0A 2MEFA 3K3TA 1J1PY 1GFEA 1VEDA 3IJUA 4OW1A 4TX7A 3EBAB 1HENA 4FDYA 4G4CA 1GE1A 4LT3A 1JITA 3HBEX 1CJ6A 4NSGA 2BLYA 2IHLA 3WW5A 1IP6A 4B4JA 1A2YC 4LYOA 3RNXA 1TEWA 2MEAA 2DQAA 4H9IA 2ZYPA 3LYMA 1IP1A 1B7QA 1ALCA 4R6CA 2C8PA 3A93A 1N4FA 3ATNA 4Z41A 1GWDA 3B0IA 4YM8A 1YQVY 1XGRC 2HEEA 5KXSA 4NGWA 1JISA 4L41A 4KT3A 1HFXA 4PRQA 1GB8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB0A 1IOCA 1DYAA 3ATOA 3TXIA 222LA 1W08A 4TUNA 4EKSA 3WPJA 1C67A 1HFZA 1LSMA 4B0DA 1HMLA 210LA 5APCA 2W1LA 1GFUA 1QUHA 1L32A 3QAKA 1L27A 1ZURA 3TMWA 189LA 1L58A 5KXLA 1L07A 4I7LA 4RLNA 3A6BY 4QGZA 2LYMA 3B6LA 226LA 3OE8A 1VDQA 3TMVA 1GFRA 1L66A 1LYDA 1C6QA 1IR9A 1GFHA 3AGHA 5IDDA 229LA 1B7LA 1J1OY 2MEBA 5FSTA 1L70A 1LZ4A 2DQCY 5LXWA 1GF4A 1IP5A 5HMVA 1YKZX 4H9AA 3HT9A 5KXKA 205LA 3ZVQA 1QTVA 102LA 4ANRA 4DT3A 2Q0MX 1GE0A 1LHIA 1LYSA 1QT5A 3LYZA 1UCOA 4J7VA 1LZCA 2Z2FA 3LZTA 2PC2A 1IP2A 3SB6A 1LZ5A 4W58A 4WLTA 2HU1A 3DN2A 3SB8A 3FI5A 1CVKA 1OV7A 2CUUA 1CKDA 3FE0A 1G07A 3FA0A 1QUSA 2B72A 1CNSA 5B06A 3L64A 3K2RA 1H87A 1GEZA 223LA 4NEBA 1C6HA 1L60A 1VDTA 1HSXA 5B1GA 1BB6A 4WO6A 4YENA 1QUOA 1L11A 2I25L 4H1PA 1LZ1A 1IWXA 3FI7A 146LA 4G9SA 191LA 2Q9DA 1JKBA 1HEOA 153LA 5LYMA 1F6SA 1LZSA 4DDCA 1I56A 1B5UA 4XJDA 1D9WA 4HJVA 126LA 1T97A 1XEIA 1IWUA 4YF2A 5AMYA 4ET9A 1L40A 2YBIA 3WUMA 214LA 182LA 1YKXX 1XSFA 1LSFA 1LYFA 5II3A 2BQDA 1ZVYB 4R0FA 1HEWA 1XEJA 1C6NA 1G0MA 1OUCA 2NTHA 145LA 7LYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB0 A;  1IOC A;  4OOO A;  135L A;  3ATO A;  1LJN A;  1NMM A;  1T6V L;  4HPI A;  4ETB A;  1VFB C;  6LYZ A;  3TXI A;  1LMA A;  1SLY A;  1Z55 A;  2DQF C;  1IOQ A;  3AGI A;  5LYZ A;  1BB4 A;  1W08 A;  4NHS A;  4TUN A;  3WPJ A;  1IWV A;  1KIR C;  5KXW A;  2CDS A;  1IC4 Y;  1CJ7 A;  4CGE A;  2HEA A;  2Z18 A;  1YAN A;  4IJ4 A;  1BWJ A;  1JUG A;  2MEI A;  1HFZ A;  1LZN A;  1LAA A;  4H9C A;  1WQQ A;  4HTQ A;  1LSM A;  4I0C A;  1GB3 A;  1GDW A;  4B0D A;  4M6D A;  1HML A;  2XJW A;  5DN5 A;  4NHT A;  1LJK A;  4WG1 A;  1XGP C;  5APC A;  2W1L A;  5L3I A;  1GFU A;  1D0K A;  4TWS A;  3TXB A;  4ETD A;  1GBZ A;  1KXX A;  208L A;  3QY4 A;  4DYG A;  3TMW A;  133L A;  1AKI A;  1LZT A;  1GAZ A;  1LSG A;  2BQA A;  1DPX A;  5KXL A;  4ET8 A;  4RLN A;  1OUB A;  3A6B Y;  4QGZ A;  2LYM A;  2C8O A;  3B6L A;  1NBY C;  2HUB A;  1VDQ A;  2BQE A;  2G4P A;  1UIF A;  3TMV A;  1GFR A;  1QSW A;  3WW6 A;  1UIA A;  5ILC A;  1CKF A;  1QQY A;  3A96 A;  1GBS A;  2W1Y A;  1GE4 A;  2XBS A;  1IR9 A;  4CHX A;  4LYT A;  1GFH A;  4LT1 A; 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 3EMS A;  1MLC E;  1FDL Y;  5EBH A;  4TTD A;  1LYO A;  3A3R X;  5LAF A;  1GFT A;  1EQE A;  3IWR A;  2BQB A;  1DZB X;  5LYT A;  4XJI A;  4G49 A;  4GLA A;  1BB3 A;  4NGZ A;  1GB2 A;  4NG1 A;  1UIH A;  1WTN A;  4GCC A;  1HER A;  2YDG A;  2I6Z A;  4QDN A;  1GF0 A;  2MED A;  4OWB A;  1LSC A;  1H6M A;  4YOP A;  1LZY A;  3TXE A;  1FBI X;  1GXX A;  2Z38 A;  4OWH A;  4EMN A;  2H5Z A;  3TXD A;  1GF7 A;  134L A;  4NFV A;  5HQ1 A;  3ZEK A;  1UIG A;  4GCB A;  5IHG A;  4O34 A;  3TMU A;  5LAG A;  1GD6 A;  1SQ2 L;  1LZA A;  2LYZ A;  2YBL A;  1IOR A;  1D0M A;  2BPU A;  2B5Z A;  4H9F A;  4UWU A;  1WQP A;  3KAM A;  4OWC A;  1UIE A;  4XJH A;  2DQG Y;  2EQL A;  2F4A A;  1O23 A;  2MEE A;  5FHW A;  2Z12 A;  3AZ7 A;  2FYC A;  5I53 A;  1LCN A;  5KKJ A;  1OUD A;  4HV1 A;  3TXH A;  3W6F A;  2BQN A;  5T3F A;  1YAO A;  4XJG A;  2N5Z A;  1ZMY L;  1JJ0 A;  2MEF A;  3K3T A;  1J1P Y;  1GFE A;  1VED A;  3IJU A;  4OW1 A;  4TX7 A;  3EBA B;  1HEN A;  4FDY A;  4G4C A;  1GE1 A;  4LT3 A;  1JIT A;  3HBE X;  1CJ6 A;  4NSG A;  2BLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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