3A3TA

The oxidoreductase nmdsba1 from n. meningitidis
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
193
structure length
193
Chain Sequence
b'DDDKAGLVEGQNYTVLANPIPQQQAGKVEVLEFFGYFCPHCAHLEPVLSKHAKSFKDDMYLRTEHVVWQKEMLTLARLAAAVDMAAADSKDVANSHIFDAMVNQKIKLQNPEVLKKWLGEQTAFDGKKVLAAYESPESQARADKMQELTETFQIDGTPTVIVGGKYKVEFADWESGMNTIDLLADKVREEQKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and function of the oxidoreductase DsbA1 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein DsbA
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule tags Oxidoreductase
total genus 73
structure length 193
sequence length 193
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2009-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13462 Thioredoxin_4 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3a3tA00
2H74A 4OFMA 1FB0A 4NXIA 5IMDA 3EMPA 3LSZA 2TIRA 1O6JA 3FZ5A 2B1KA 1SKSB 2V6OA 2GT6A 1K0OA 3WGXA 1MDKA 4N30A 1V57A 2VAFA 2YOIA 4F03A 1VF1A 2MMAA 18GSA 1MDJA 3KGKA 4JBBA 2GSQA 3ZIJA 3TKSC 4ZIJA 17GSA 3LFLA 5ECNB 3TUEA 3TKSE 3IAS2 4BL7A 3F6FA 4BA7A 2GSRA 3M9KA 4K7OA 3QAGA 1XWBA 4IQ1A 2H8LA 5IM9A 3VPTA 3QDNA 3KIJA 3ME7A 5IPGA 1T7PB 2WRTA 1SENA 2A2SA 1Q98A 3GH9A 3LYKA 2H01A 2AJQB 4RI7A 1G6YA 1OKDA 5IMVA 4ZB9A 3BJ5A 3GL3A 1GSFA 3UBLA 4JR6A 3ZITA 2H1AA 2OBKA 1Z3EA 1GSQA 2FUG2 2ZNMA 2LQQA 4EUYA 1PKWA 1UC7A 2VD0A 1X9SB 4ML1A 1GTAA 1TP9A 4EC0A 7GSSA 1VF4A 2XHFA 5DCGA 4MJCA 2XPEA 1OKTA 3KXOA 3KCMA 3FY7A 1GSYA 4GQCA 14GSA 3GFKA 1XIYA 2FCHA 4O5RA 1SK1A 4BVXA 1YZXA 1PKZA 1WP0A 4N0VA 4XRDA 2X8HA 5AISA 2IJYA 3EMXA 4NMUA 2PERA 2EC4A 3QMXA 4V1Ag 3IHQA 4DSSA 3IRAA 3M1GA 5JCWA 3EC3A 2PUKC 2CA8A 3HXSA 4DSQA 3L9VA 4ZL7A 2K8VA 1YKAA 3F4TA 2VCXA 4KA0A 3EU3A 3M9JA 5HFKA 2TRCP 4TXOA 3GHAA 1FG4A 2H6ZA 1A24A 4CDOA 2IWTA 4KDUA 2BJXA 3SWLA 5IMCA 2HZEB 2KP1A 1XFLA 2YJ7A 2HRFA 1A2MA 3PGTA 5IQYA 3EWLA 3ZTLA 1K0DA 2PVOC 2G2QA 5CRGA 4TR4A 3MDKA 3VWXA 2RUEA 1PN9A 1V2AA 1R5PA 2E2MA 3FR9A 1A23A 3G7JA 3NIVA 2YCDA 1F9MA 2KHPA 3VWWA 2DC5A 3HVXA 1ON4A 1MD4A 2NBSA 4V2NA 5A5KA 5EPFA 3C8EA 3LGCA 3UVTA 2CVDA 3CRTA 3CXGA 1W89A 4J57E 3ERWA 1H4OA 1EEMA 1KNGA 4FH8A 3KMOA 3HJPA 2YWMA 3D21A 4AJ7A 3Q18A 4JR4A 1AUCA 3PINA 3M3MA 1OC3A 5CRHA 1WIKA 5DAKA 3H93A 3APSA 1YQ1A 1I5GA 3KP9A 1ZOFA 3D5JA 4WF4A 5F06A 3Q74A 3PH9A 4OCFA 4GSTA 1RK4A 2P0GA 2IMKA 4BWSA 4MJBA 2DJ0A 1QQ2A 1AQXA 2LJRA 3N5OA 1Z5YE 1AW9A 4PUAA 2P5RA 9GSSA 3R2QA 1QXHA 2C0GA 3LEFA 1AAZA 4H86A 2BMXA 4AJ6A 2FD3A 2HT9A 5HFIA 3QAVA 1KEBA 3CRUA 1CQGA 5ECPB 2FA4A 3MWHA 5CNWA 1TJDA 3VK9A 4TN8A 3DGQA 5HQPA 2WB9A 1EOHA 2DSAA 5KN3A 4MK3A 3KJYA 3EU4A 2YWIA 2GLRA 1G0TA 3Q19A 2F8AA 2JSZA 1SJZA 2N5BA 2IIYA 1FW1A 5COHA 2OE0A 3IK7A 4PNGA 1PGTA 4EDZA 2JZRA 1BX9A 3CTGA 3ZZXA 1F6MC 1RW1A 4FO5A 2VM2A 3ISOA 3LYPA 4GLTA 1K3LA 1YF0A 1X9MB 5IPHA 1SJ6A 1SKRB 2PN8A 2K9FA 1QGVA 2I1UA 4MH3A 3IV4A 3D4MA 4IHUA 2MMNA 3DVWA 4NWYA 5IMAA 2HNLA 3H8QA 3QFAC 2HI7A 4EKZA 4LLRA 2VL9A 2DIZA 2X99A 2MBTA 3VPQA 3TJKA 5FWGA 2M46A 2PBJA 4HEA2 2IMIA 5C04A 1B4QA 1TW9A 3A5WA 4F82A 3D4TA 8GSSA 2WULA 5GSSA 3F63A 2WJUA 2VLUA 5DJLA 2VL2C 4I8BA 3IAM2 4MP4A 4XS1A 3GURA 4HI7A 4GSSA 4DSSB 1GUKA 1OE8A 4HJ2A 2VIMA 3J7Yk 2PVQA 2NVLA 1FVKA 2AB6A 2C0DA 4EL1A 1A2LA 2VCWA 5JWQB 2H73A 4TXOB 1JFUA 4GF0A 3CTFA 2CQ9A 2GSTA 4ILFA 1S3CA 3CSHA 2C3QA 1ZCPA 2R2JA 2I81A 1U3IA 2CAQA 2R6KA 1O85A 2JZTA 2MZCA 4HUAA 2HZEA 1I9DA 3U6VA 2E7PA 2EIOA 1AXDA 2GZZA 1XBSA 4MF7A 2Z9SA 4N11A 1SL1B 5B6NA 1K0MA 2J9HA 1FOVA 2MYGA 1M99A 4X0XA 4G10A 4L8EA 4Z7XA 2N5FA 1T1VA 1W4VA 1VGLA 5H5SA 5GSTA 1DUGA 10GSA 3FZ4A 2O87A 2DJ2A 3SBCA 3EURA 3GUSA 1XWGA 2LEGA 3DMLA 4POLA 3ZL5A 2YV7A 2VUPA 4EO3A 2GTUA 3VFIA 5J9BA 3DVXA 3DKSA 1C72A 1YY7A 2WGRA 3UVHA 4OO4A 2CX4A 4HU9A 3FR6A 4PQ1A 1PA3A 2DLXA 1OAZA 2MMOA 2HLSA 4YAPA 4Q5RA 3GKMA 1BYEA 5ECHB 5B8AA 4LL4B 2C1YA 3IA1A 4V2MA 3L4NA 1WOUA 2WDUA 1GSUA 2VCQA 3O6TA 2LS5A 1K3YA 4ZB8A 1B9XC 2AUVA 3KMNA 4GXZA 5IMZA 3A2WA 1GSSA 4IP1A 2C0EA 3TOUA 4QL7A 1UA5A 5D96A 2JADA 1N8JA 3EE2A 4OMVA 4F2IA 1CQHA 4ZBBA 4TR1A 2FHEA 3VWVA 4WBRD 5G1LA 1K0BA 5ENUA 5A4VA 5B6MA 3GYKA 5B8BA 3ZFLA 4ECBA 2LRNA 1XWKA 5CRDA 5ELGA 3N9JA 2YZUA 4YAVA 1T3BA 2JU5A 1XW9A 4GQFA 1EV4A 1U6TA 4OD7A 2OADA 2LTKA 3GSSA 1T4ZA 1U88A 2CAIA 3L9SA 4KUNA 2R37A 3FYGA 2R3XA 3CSJA 2OKAA 3VI7A 1ZGNA 4OWYA 1YEXA 4GTUA 1GNEA 4I6XA 3H4KA 2EIRA 4AJ8A 4MH2A 2WZ9A 3L78A 2X8GA 3Q6OA 5LD0A 1OVNA 2L57A 1A0FA 2PMTA 2H1DA 4YH2A 1EP7A 4PUFC 3TOTA 3ERGA 1FB6A 1Y25A 4POKA 1M2AA 1BAYA 4FIWA 3F3QA 3TJGA 3HJOA 2B7JA 1RQMA 2PGTA 5AGYA 1MDIA 4L0WA 1TK5B 1TK8B 1EP8A 2LJAA 1BG5A 2RLIA 2CT6A 4KH7A 3BBYA 5KN1A 12GSA 3MAKA 5ECSA 4XIHA 1WE0A 4KCEA 3GSTA 2QKEA 1SL0B 4GRFA 3KTLA 2OE3A 3FHKA 3KH7A 4IW9A 2ON7A 4HDEA 4JE1A 3NOFA 3P8WA 3QFBC 3TKRA 4GCIA 4POBA 1QUWA 2ZUPA 2C3NA 1PL1A 3ZRDA 3LJRA 2ES7A 2ALBA 3HJMA 16GSA 3UJ1A 1BQ7A 1JZOA 1R7HA 6GSWA 6GSSA 1QK8A 2GQMA 3GTUA 4ZL9A 4WF5A 2GQKA 4K0NA 4QQ7A 3TRQA 4PX1A 5J3RA 4K6XA 1GUHA 4ZBAA 2H75A 4E8EA 1XVWA 3W8JA 4HQSA 2FGXA 1OC9A 2OJLA 3DIEA 1QFNA 5DDLA 3HVSA 2H70A 4KAEA 3US3A 1YF1A 1PRXA 3GIXA 4I2UA 1B48A 1SK2A 4LMVA 5F07A 2FWFA 4L5LA 1THOA 2ZCTA 5ID2B 1GLPA 2GS3A 4EE0A 2LNSA 3O76A 3I6AA 2CZ3A 1GH2A 4KSMA 2KOKA 3TRPA 1O7UA 4Q5QA 2GVPA 1SK0A 1M9BA 1J0FA 1EZKA 2L6DA 1UVZA 3QR6A 1TRVA 4NHZA 3GH6A 2PPTA 3APOA 5L71A 2DJJA 1T4YA 3HA9A 2VCZA 3LQ7A 4ULXA 19GSA 1VF2A 3HKRA 5DBQA 1LBKA 4BPYA 1K0CA 2A4VA 2CVKA 1M0UA 3EINA 3GKXA 5G2ZA 3V1WA 3A3TA 4PQIA 1MTCA 4G2EA 3UOMA 4ID0A 5D9TA 1GSEA 2VCVA 1EV9A 3IE3A 1GL8A 2JSYA 3GX0A 1DSBA 2YV9A 4TR1B 1O8WA 4BWQA 2H30A 4NAXA 4O32A 3HD5A 2I4AA 3P7XA 2DJ3A 4HOJA 3ZFBA 5JCGA 3GA4A 1ZL9A 2RIIA 3QD9A 2FWHA 3L9UA 3G9BA 4IBPA 1J9BA 2NTOA 1A0RP 3OR5A 4DSRA 4HS1A 3EVIA 1ML6A 1EEJA 5LNKe 1N2AA 3BCKA 2I9HA 1Y6EA 4NHWA 3GN3A 1FHEA 2X64A 2B6MA 3I69A 5EVOA 2QGVA 5EL8A 3TGZA 1XVQA 4Q5NA 4WETA 2B7KA 1V58A 2L5LA 5D93A 2P31A 1E2YA 5ECIB 4XS4A 2K18A 1KBNA 1U3AA 1AQVA 2V2GA 4DVCA 4XS6A 3ZMKA 1GWCA 3M0FA 4F0BA 1X5EA 2HSYA 2KP2A 3O3TA 1PSQA 3RBTA 3DYRA 3RAZA 3TDGA 1K0AA 2F3MA 1M2BA 1YJ6A 3APQA 1ST9A 3LWAA 2IL3A 1F3BA 2DMMA 1YDKA 2WS2A 4NV5A 5J4UA 2EIQA 3RPNA 4K0GA 1MEKA 4I97A 3FK8A 4KE3A 2ON5A 4K2DA 2B5XA 1PX6A 5HR2A 2L4CA 6GSUA 2NDOA 4LMWA 2J23A 5CP1A 3GNJA 2GT5A 4G9HA 4JZQA 5E4WA 3P90A 5H5RA 1M2DA 2M72A 2LRCA 3IR4A 4OCEA 3GL5A 1M9AA 2D2ZA 2E2GA 2JL4A 3IC4A 2F9SA 3D0ZA 1V9WA 4KW6A 3W6GA 3GTUB 4MF5A 3ZLPA 4PURA 1T8EB 1SJIA 3KTBA 1K0NA 4JU5A 4IJIA 2LRTA 2OA7A 4ZILA 2MBSA 5HR3A 2O8VB 4TR0A 2H71A 4JRRA 1OC9B 4XTSA 5AIXA 2LUSA 4IP6A 4LA1A 1MD3A 4POMA 2VO4A 1O73A 1R5AA 2HFDA 2C8UA 3VLNA 1A8YA 2YNXA 2GDRA 5H5QA 2FWGA 2FNOA 4XRAA 5HFGA 5KN0A 1VF3A 3WGEA 5INYA 3HY2A 3WYWA 1UN2A 2C3TA 4WR4A 3VURA 4MZWA 3C1SA 2V6KA 3HCZA 4HU7A 4KDXA 5ID2A 5F8BA 4JEDA 2HZFA 1JLVA 2PU9C 2KLXA 2H76A 2L6CA 1ZYEA 3ZVJD 4IKHA 3A2VA 1TRUA 1JZWA 3HYPA 2G0FA 4KGIA 4IN0A 2FA8A 2BTOT 4K1FA 4RI6A 5EY6A 3UMAA 1TXXA 3ED3A 5J9CA 4WKWA 4E8HA 5LCZA 2L4QA 2I3YA 5DALA 5AIVA 5HR1A 1KTEA 4V2LA 2RM5A 3DD3A 3U5RE 2AAWA 2B5EA 4CW9A 2VL3A 2L5OA 1X5CA 4OFNA 20GSA 1XWCA 1T00A 1JHBA 4F0CA 3RHCA 1Q4JA 4MZCA 2IN3A 4V1Ap 6GSTA 5E59A 3MSZA 5DCHA 5C00A 4MA9A 2LQOA 3TRXA 2HXKA 4Q5FA 3H79A 3QAWA 1BEDA 1NHYA 1WWJA 3CYNA 3FRCA 4D73B 3ERFA 5D9VA 6GSVA 4AGSA 4ZBDA 4ISDA 5J5NA 2A2RA 3GMFA 3UAPA 1K3OA 1PMTA 1Z6MA 1TU8A 3QCPA 2DBCA 1X9WB 3GV1A 4PQHA 4YQMA 1HYUA 5IOXA 1XPVA 2V41A 4MPGA 3GRXA 3GKNA 4IQAA 3RDWA 3DRNA 4MCUA 2VLTA 4BVYA 1PQNA 4NV2A 2LJKA 3IBHA 4N0ZA 4DEJA 2WFCA 5CYYA 4KDYA 5JWRB 1BJXA 3ME8A 1NHOA 4ZB6A 5GZZB 4XCSA 5IOWA 4XS4B 1ERVA 1G7EA 2C80A 3C1RA 3JCML 1V40A 3KM6A 4PXOA 3DEXA 1XOBA 1U87A 2CV4A 4F9ZA 2YN1A 3M8NA 1XCCA 1M7TA 5DVBA 2O89A 3TKSA 4YQUA 2RUFA 1HQOA 3IDVA 1OYJA 4ML6A 2V32A 1ZMAA 2XPDA 3VWUA 4KB3A 5AN1A 5GAND 2H1BA 4HZ4A 2YJHA 1HNAA 4J2FA 3WT2A 5ABRA 2CX3A 3KZQA 1XZOA 1AIUA 2N5AA 1GUMA 1ABAA 2FY6A 2HE3A 2O85A 2AYTA 5CREA 4IS0A 4EVMA 4OFTA 2R5GA 4RQXA 5D9XA 1ZYQB 5IMFA 2H19A 1ERTA 5ECOB 4MABA 1GTIA 3WGDA 2VCTA 2CZ2A 2X8CA 1IYIA 2K8SA 4EDYA 1NW2A 2M80A 3I9V2 2YP6A 3GX8A 1FAAA 3DXBA 1QMVA 4G19A 2H6XA 4IJ3A 1F2EA 1ACVA 4MDCA 6GSYA 2GZYA 3D6IA 2E0QA 3F0IA 5FT3A 1AC1A 2QC7A 4K7NA 1YKCA 1S3AA 3ZREA 5CO3A 1Z7RA 4HZ2A 4QL9A 5F05A 3UBKA 3QPMA 1DE1A 2K6VA 1F37A 1PL2A 4WEYA 3WT1A 4MMMA 1B8XA 3TJJA 1NSWA 4RQRA 1ZZYA 2OACA 2XC2A 5FHIA 2C4JA 3E0UA 1EWXA 3AY8A 1EOGA 5ECQB 3HZ4A 1TU7A 1X5DA 3H1NA 1OE7A 1HD2A 4RUVA 5IIZA 1THXA 5A4WA 3PR8A 1SYRA 2RM6A 3CBUA 3IK9A 3QOUA 4MF6A 1XWAA 4NPBA 1FVJA 2VD1A 3HZ8A 4ECIA 1TK0B 5DALB 4EF0A 2YPMA 3I43A 1SD9A 6GSXA 4ECCA 3L0HA 5D9WA 2H0GA 5ELAA 4P3YB 3FZAA 2NPBA 3TKQA 3TJBA 2WCIA 2IFQB 3TJFA 4HJMA 1FO5A 2L59A 1JLWA 3A2XA 4TR3A 3TB2A 4PGTA 4FYCA 4O92A 1SKWB 1JZRA 3LG6A 2H0HA 1ERWA 3K8NA 2FWEA 4AF2A 2H6YA 1O8XA 4LL1B 1NM3A 2B3SA 3UEMA 2F8FA 4KNDA 5DQYA 1DBYA 4O7HA 4K8MA 5JCUA 2H1GA 2DJ1A 2GGTA 3MNGA 5ECLB 3ZMLA 4D73A 1GULA 1SD8A 4KCAA 4KX4A 1YEPA 3C7MA 5DJMA 4ZL8A 4X1UA 2VOCA 4HQZA 5GAPD 1HNCA 2VLVA 3F9UA 2REMA 1R4WA 2FLSA 3KEBA 4K9ZA 2AHEA 2LNTA 3BOAA 1H75A 1F3AA 5G5FA 2YZHA 1IYHA 3G7YA 2QSIA 4KSOA 2HRNA 3HHVA 11GSA 3LORA 3F8UA 1VRSD 1A2JA 5D73A 1O81A 1USBA 3S9FA 5J41A 3KH9A 3WD6A 5ECRB 1B4PA 2IPAA 1WJKA 4MPFA 4I2TA 1XW6A 1GRXA 1DE2A 1URMA 2LKUA 5G5EA 3HDCA 3F4RA 4MJEA 1B9YC 2DMLA 4MLYA 1GTBA 2CVBA 3ZYWA 4ZXGA 1X0RA 2DJKA 3W8SA 2TRXA 1LJRA 2HYXA 2DIYA 2KUCA 2MMZA 2LV3A 5G31A 2C0FA 1GLQA 2JACA 2IMDA 1GP1A 1S3DA 3NZNA 4WXTA 1ERUA 2B5YA 5A4UA 4CHSA 3F6DA 3BD2A 1PD21 4L0UA 3IXRA 3VI5A 2YWOA 5B7CA 5ECMB 1TRWA 4PNFA 1GNWA 2IMFA 1V98A 3BCIA 4FYUA 3D22A 4K7IA 4TKYA 4IGJA 1G6WA 2PWJA 5CAXA 1TRSA 3KD0A 5JWOB 3TKPA 1J08A 3FKFA 3DWVA 1ILOA 4EXJA 3FEUA 1Z6NA 1XW5A 1EGRA 4MZBA 4IELA 13GSA 3UIWA 1PX7A 2AV4A 1TI1A 1GSDA 5G1KA 4GSNA 1XOAA 4OO5A 1TTZA 2H72A 4IVFA 3KP8A 3ZIVA 3LXTA 2GZPA 2R4VA 3RHBA 1GTUA 2VL2A 1XXUA 2H0IA 4WR5A 2VM1A 2IMEA 2GQLA 4FYBA 1TI3A 4X43A 3P2AA 4TOPA 1SL2B 1R26A 4XHMA 5IO0A 4TVEA 3HVVA 1EGOA 2HSHA 2JZSA 3F4SA 3C73A 2H66A 4ECJA 4MJAA 4L5OA 5HR0A 3FZ9A 4TRXA 4ACSA 2F51A 5F0GA 3IPZA 1A8LA 1TDIA 1SU9A 3CMIA 22GSA 3UARA 2P5QA 4GWRA 3EYTA 2OE1A 2XBQA 3GKKA 2B1LA 1Z7PA 5D8IA 2YANA 4J56E 5G30A 3C71A 4TW5A 2YWNA 1SYXA 3LXZA 3F3RA 3FW2A 5IO2A 3E9JB 1AQWA 1LU4A 2OBIA 1WMJA 5DAKB 3TCOA 1G7OA 2O7KA 2IFQA 1Z9HA 3G7IA 1WPIA 5CRWA 1TOFA 5KEJA 3J7Yb 3RPPA 3ZVJA 4YQVA 5KN2A 1E6BA 3UL3A 2GSSA 2XBIA 5ECKB 4N10A 3E3EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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