3AA5X

A52f e.coli rnase hi
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAFIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa5X00
4CJ3A 3QNOA 1RTIA 2Q3SA 5KGWA 3TAEA 2YKMA 3AVNA 1KFSA 4KPYA 3AO4A 3LZJA 3LZIA 2GBZA 4IBNA 4IG3A 4E89A 3KK3A 3I0SA 3DRRA 4E7HA 4N76A 3S3MA 4AILC 1HYZA 3NDKA 3QERA 1SKRA 1UWBA 3JYTA 1LWFA 3LALA 2VG5A 2WONA 3U3YA 1UA0A 4CE9A 1NK8A 3MAQA 3SV4A 4IDKA 3THVA 4CGFA 3SQ1A 4KB0A 1S1XA 3MXJA 4CK2A 4EP4A 4CHQA 4DS4A 3NH1A 1UAXA 2OPQA 3PUFA 4RW7A 1XC9A 3OYEA 4ELUA 3S3OA 4FM0A 1T7PA 3BGRA 3OYKA 3QEXA 1FKOA 3PX0A 1LAWA 2YHAA 3VA3A 4M3WA 5EU7A 3KLGA 3F73A 1HNIA 4FLUA 4CF1A 2QKBA 2HNYA 2G8HA 1WLJA 4M45A 3HT3A 3TAGA 4JS5A 3NF6A 4CJEA 3RWUA 3AVAA 2Y1IA 4XIUA 3RR7A 1O1WA 1SUQA 5JS2A 4CK3A 4FJ7A 2YHBA 2B4JA 3HK2A 4MFBA 1QE1A 4CECA 3LP0A 2D0BA 2ZD1A 1TKZA 1B92A 3NH2A 4OGCA 1CLQA 2VWKA 1EXQA 2GUIA 3SQ0A 1XWLA 4OGEA 4DG1A 3OYLA 2HHVA 4C8OA 4RW6A 4FLTA 1U49A 3ZSWA 4E7KA 4EZ9A 1J9AA 2VWJA 4CIEA 4DF8A 1RBRA 2X6NA 5K14A 4CFBA 4IFYA 2PYLA 3ZSZA 2ZE2A 5J2MA 4Z4GA 3K5NA 4CGJA 1RBVA 3MXIA 1JLFA 2A1RA 4OPJA 4FJ8A 1TL1A 4LH4A 3NFAA 3VQ4A 4DFPA 3P1GA 3JSMA 4MQ3A 2Z1GA 4BE1A 3AVLA 3M8QA 4J2EA 3L2RA 2HNDA 1TL3A 3SUOA 1NJZA 2D0AA 1L3TA 2WOMA 4H8KA 4GVMA 3C94A 4FK4A 1S5JA 3NE6A 3VQCA 3C6TA 3PO4A 1B9DA 5SZTA 4FJ9A 4CJLA 3TAFA 4FJGA 4DSKA 4CGGA 2DY4A 1U4BA 4DQPA 4FJHA 4FCYA 4CEQA 3L8BA 3QEPA 2G8IA 5CYQA 2P5GA 1KVCA 4E7LA 4BDPA 3ALYA 3K2PA 1KSPA 2X74A 4F3TA 3HVRA 3PX4A 1C1AA 2FBYA 3VQAA 1WSIA 4OVLA 1BQMA 3L2WA 1J5OA 2HNZA 4IKFA 1EX4A 2I5JA 3VQ8A 3LDSA 1EP4A 2QK9A 3HJFA 1DTQA 3SQ4A 4I2PA 1T8EA 2OPSA 4CHZA 3TI0A 1QSSA 4BE0A 1NJWA 4YNQA 3ZSRA 3OY9A 4CJFA 3LPTA 1NK6A 3TARA 1RT5A 4KHSA 3BDPA 3C6UA 1BHLA 2A1SA 3CG7A 5FRMA 1S1WA 4ICLA 4CJWA 5HRSA 5J2NA 3RMDA 3AO3A 1GOCA 4RW8A 5KI6A 4FLWA 2YNFA 3ISNC 3U3GA 1RBTA 2KZMA 1IKXA 4FW1A 3MEEA 4CJUA 1IO2A 1S1UA 3G0ZA 3AVIA 3L3UA 3M8PA 2XHBA 2EX3A 1NK4A 4AH9A 1NKBA 3A2FA 3KLEA 3LAMA 1NJXA 4W5OA 5C25A 3AA4A 1RT3A 4FLYA 3WNGA 4I2QA 3KJVA 4KHNA 2X6SA 1C6VA 4DLEA 4NCGA 4B8AB 4DQRA 2Z1JA 3O3GA 3RMAA 3V9WA 2HHSA 1LW0A 2KW4A 3AA5X 4OLAA 2Z1HA 2IC3A 4HUEA 3NHGA 2YNHA 4G1QA 5DMRA 4B9MA 4DTRA 4W5RA 4M3YA 4OKEA 3HP6A 5J1EA 4CEZA 4DWIA 1TK8A 4UQGA 2HHWA 1VSFA 4DSEA 1SL0A 4B3OA 4W5NA 3OS0A 2G8WA 4PWDA 2YNGA 1TKXA 3FFIA 4F2RA 2NUBA 4BWJA 3VQQA 1BIUA 3QEVA 4JRPA 4I9LA 3WNHA 3VN5A 4GW6A 3OS1A 1JXBA 2IAJA 4DTSA 4PQUA 2HHQA 1TV6A 3P83D 5KGXA 3QESA 1JLQA 3AVMA 3LWMA 3OYNA 4ELTA 4FYDA 4CJVA 3AVBA 3AVFA 3ZSXA 2R7YA 3DYAA 1ITGA 3DMJA 3IS9A 3ZT1A 4F2SA 4O55A 1NJYA 4ID5A 3TAQA 3HXMA 3AO5A 4JS4A 1GOAA 1Q9YA 1T03A 1JKHA 1WSGA 1A5VA 1BISA 1JXEA 2ATQA 2E6LA 4LSLA 4B08A 4CEAA 3K57A 4O0IA 3K58A 1SL1A 1KRPA 2JLEA 3MECA 4DU1A 2HVIA 4C8MA 4NCAA 3S3NA 3HP9A 3O3FA 4Z4EA 3HPOA 3AVKA 4WE1A 5I42A 1KCFA 3QIPA 4CGIA 4DTMA 2OPPA 3U6FA 1KLMA 1ZYQA 4OKJA 4CCHA 4M3UA 4F4KA 1TK5A 1U45A 3D45A 3RR8A 1VRTA 3DRSA 3SV3A 2O4IA 1C0UA 1RTHA 3TAMA 3ULDA 1L5UA 4N41A 3OS2A 1VSKA 4AHCA 3SJJA 1U47A 3LP3A 4KTZA 2KQ2A 1FK9A 1YT3A 1TK0A 2OPRA 5KRTA 2B6AA 5HBMA 1G15A 2G8KA 1S6PA 3ASMA 4DQIA 4M3TA 1ASWA 1J53A 3O4NA 2QKKA 3IRXA 2Y1JA 1BGXT 4FZYA 1QSLA 4LH5A 4KO0A 4NYFA 3OYJA 1VSDA 2PZSA 1EETA 4CJPA 3L2VA 1XHZA 1TKDA 2BGGA 2F8SA 4Y1DA 1KFDA 1WSHA 4KKOA 4ZTJA 2OA8A 2YKNA 4DQSA 1RNHA 2IOCA 1ZBIA 1KVBA 3K5OA 3OYMA 4DTJA 1NK7A 3DLHA 2HW3A 4CJTA 4KHUA 3NAEA 2HHUA 3VQBA 1CXQA 2DFHA 1CZBA 1RDAA 4EZ6A 1RT2A 1IKYA 1CZ9A 4E7JA 1D9DA 3DLKA 4CEDA 4FJMA 3ZSYA 1FKPA 1D8YA 1QQCA 4L8RB 1VRUA 3MEDA 2PY5A 3EZ5A 3CM5A 4W5QA 3K59A 2W42A 1SV5A 1L3SA 2HVHA 4BACA 3SPZA 3H08A 2P51A 3KK2A 3VQ7A 1NK0A 1ZBHA 1WSJA 2VG6A 3V1RA 5SWMA 3RRHA 3TABA 4B9SA 4LY7A 3VQ6A 1DLOA 3M8RA 4OPKA 1U04A 4FJ5A 2B5JA 1C0MA 1RBSA 3L2QA 4FZXC 3RRGA 4KAZA 1DTTA 2ITGA 1IKVA 3VA0A 3QIOA 3CQ8A 3L3VA 3TWHA 4CHPA 4BDZA 3LP1A 2HMIA 3E01A 3VQDA 4EP5A 1S9GA 1QSYA 4DFJA 4B9UA 4FZZA 3EYZA 4OKKA 4Q5VA 1TAQA 2YNIA 1C1CA 4BE2A 4H4OA 1BIZA 2ZQBA 3CFOA 3MXMA 4FJJA 3O3HA 4AHRA 1BCOA 5C24A 4N56A 4DQQA 3AVCA 2E4LA 1NKEA 1HRHA 2DFFA 3B6OA 1WAJA 3KD1E 1N5YA 1J54A 4KTQA 2KFZA 1Y97A 2G8UA 2FBTA 3S9HA 4CEEA 4CERA 2BE2A 3HPGA 2XY7A 2QXFA 3SZ2A 3QINA 1RTJA 4K8ZA 4FXDA 1C1BA 3DOKA 4E1MA 4CHNA 3RMCA 4M42A 3KLFA 4LSNA 3KLIA 1BCMA 4CIGA 3AVJA 3SCXA 3DLGA 3OYFA 1VSLA 5D3GA 3IG1A 5HRPA 2EHGA 3QETA 4DU3A 3WNFA 1T05A 2FBXA 3AO1A 1REVA 1NK5A 5KTQA 1ZBUA 2KZZA 3PV8A 4M3RA 1JLGA 2XO7A 4DLGA 5JS1A 3KLHA 2GV9A 2RF2A 3QNNA 4JRQA 3NCIA 4ZTFA 1BL3A 3DLBA 3M8SA 3RMBA 2IGIA 4NCBA 2BDPA 3QO9A 1VK0A 2IDOA 2VG7A 1NKCA 4B9NA 1ASUA 3OJUA 4CF8A 1ZBFA 4TSXA 4RW4A 4CHOA 1SKSA 4IG0A 4C8KA 4KB1A 2D5RA 3V4IA 5HROA 3NF8A 4DS5A 4B9TA 1IKWA 2OYQA 3DM2A 1WAFA 4KREA 4FLZA 4FK2A 3AO2A 1WSEA 3V9UA 3ZSOA 1XI1A 4DFKA 4W5TA 3V1OA 1QHTA 1VSEA 1X9SA 1S1TA 3V1QA 3TR8A 2P1JA 1BI4B 1A5XA 1LAVA 1RBUA 3LPUA 4FJNA 4PY5A 5J2PA 1Q8IA 4CEFA 4KI4A 1ASVA 1RT1A 4R5PA 4E3SA 1Z26A 1JLEA 3SPYA 1RDCA 4CFCA 4C8NA 1L3VA 1K6YA 3F9KA 4AHTA 4CFAA 3V6DA 4RW9A 4LD0A 3SQ2A 3SI6A 1SL2A 1RDDA 3VQ5A 4PA1A 4CJKA 3OYGA 5HLFA 4I9QA 4O44A 1S1VA 3DLRA 4KV8A 4B9VA 1WSFA 4B8CA 3RTVA 4ID1A 4CGDA 3SYZA 4DSLA 1Z25A 4CJQA 4E19A 3EY1A 4KFBA 3ZT3A 4QAGA 4F3OA 4QCLA 3P5JA 2O4GA 1YTAA 2JGUA 4KRFA 4Q0BA 1TVRA 2FBVA 1VSIA 4JLHA 1HYVA 5DK5A 3LWLA 3CYMA 4FM1A 4DTXA 3V81A 1KVAA 2XY5A 2XY6A 2KFNA 2G8VA 1I3AA 3OYHA 1N6QA 1WN7A 4DU4A 1KLNA 4KHWA 4DSJA 2IS3A 2BANA 4DFMA 1TGOA 4KHYA 5FDLA 3NGZA 1HQUA 3VQ9A 3DOLA 3MEGA 4CF0A 4ZHRA 3OJSA 4BDYA 4DF4A 3LP2A 3SUQA 3OYAA 3I0RA 4FVMA 1L3UA 1I39A 4CGHA 3SUPA 4AHSA 1S9EA 4B9LA 1NK9A 1KTQA 3NF9A 3V9ZA 4ELVA 4N47A 3TANA 1FXXA 4N5SA 3OYCA 3SUNA 2F96A 3NBPA 1LV5A 4YFUA 3QEWA 1JL2A 5FRNA 3CFPA 2E6MA 4KI6A 4E0DA 1HJRA 4I7FA 5J2QA 2X78A 3D0PA 3HL8A 3OYBA 3LANA 1D9FA 2RN2A 4DTPA 4QOZB 1WNSA 4IFVA 5T7BA 3CM6A 1CXUA 4O4GA 3VQPA 1NOYA 4HUFA 1W0HA 4CK1A 3HPHA 4Z0UA 3ZSVA 1X9MA 1RT4A 3OYDA 1VSHA 2HB5A 4FLVA 2OZMA 1JLCA 4M3XA 3HO1A 3PX6A 2PYJA 1HQEA 4CJRA 3DRPA 3AA2A 3V9SA 3AVGA 4O5BA 1D5AA 3QEIA 4CFDA 3AA3A 3KKSA 1LW2A 1VSMA 4DTUA 1YVUA 4Y1CA 4CJSA 4DTNA 5FROA 1BQNA 1TKTA 1SKWA 4DTOA 4FJKA 3B6PA 1GOBA 3KIOA 3KTQA 4OJRA 5CZ2A 3HVTA 3ZSQA 3ZT4A 1HYSA 1TAUA 1HNVA 4CESA 4O0JA 4NYNA 3KD5E 3O4QA 1B9FA 2XY8A 4GMJB 3K5LA 1RT6A 1U48A 2F8TA 1YTUA 2HHTA 4HCBA 2DFEA 3KK1A 4FJXA 4HHTA 1UOCA 4AHVA 2XRIA 3PY8A 1ZBLA 4DMNA 4K8XA 4H4MA 4J2AA 3DLEA 3ITHA 4BWMA 2D0CA 3OVNA 5E41A 3L2UA 4PUOA 1W9HA 4Z4IA 1RTDA 4E1NA 3PO5A 1LWEA 4C8LA 4F8RA 1JLBA 3K5MA 1RILA 4HCCA 3T1AA 1X1PA 2FC0A 5C42A 4Z4FA 4E7IA 1RDBA 2HHXA 4J2DA 3I8DA 3NGIA 3TAPA 4DSFA 4CJ5A 3OYIA 3LAKA 4HTUA 4FJLA 1IG9A 1NOZA 2KTQA 2Z1IA 1RT7A 3ZT0A 4KHQA 1A5WA 4FJIA 3V9XA 2DTUA 4CEBA 2AJQA 4FLXA 5CY4A 3T19A 4M3ZA 5HRNA 1BI4A 3KKRA 3ZT2A 4HVJA 2YV0X 3CFRA 3NGYA 1JLAA 4AHUA 4CJ4A 3AV9A 5CYMA 3HM9A 4OLBA 1HPZA 3UIQA 4CF9A 4HUGA 5CZ1A 4M41A 1F21A 3WNEA 3QLHA 2OZSA 5HRRA 3G10A 3IAYA 3VQEA 1VSJA 3NH0A 4KTWA 3T3FA 2RKIA 1R0AA 3ZCMA 3AVHA 2LSNA 4FM2A 1RCHA 2ETJA 1XHXA 5KRSA 4RG8A 1UA1A 1EKEA 4CEOA 5I3UA 4FW2A 4Z4HA 1MU2A 4Z4CA 3SNNA 1Q9XA 1S6QA 1X9WA 3NF7A 3HYFA 4CF2A 1JL1A 1C0TA 1HMVA 4DSIA 3HSTB 2P5OA 1QS4A 1IH7A 5HP1A 4J2BA 4CHYA 1QTMA 3C95A 2G8FA 1LWCA 2RPIA 4FK0A 4CIFA 3DI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y64A 3QNOA 4J8FA 5B8HA 4JK8A 3E1YA 1KFSA 3VEVA 4GNIA 4E7HA 4N76A 1XC3A 3CJ9A 4AILC 4DS4A 3C7NB 1XC9A 3IDHA 3PUFA 2OPQA 3JXUA 3QEXA 2IIRA 3F73A 3O9UA 3O6WA 4CF1A 3GL1A 2OANA 4FL9A 3RWUA 3HTVA 3AVAA 2Y1IA 4XIUA 1OH5A 1SUQA 3IMXA 4FJ7A 1HX1A 3EE8A 5AQLA 3LP0A 1TKZA 3NH2A 4JD2A 3C65A 4WF9L 5F2RA 2E2QA 4C8OA 1TYQB 1K8KA 2Q97A 3ZSWA 1V4TA 4DF8A 2X6NA 5K14A 1TUUA 1NGFA 2PBDA 3ZSZA 3THYA 4Z4GA 3K5NA 4CGJA 1RBVA 1NMNA 2E2PA 4OPJA 1C0FA 4LH4A 3VQ4A 4Z94A 3H45C 4BGBA 5LJVA 1TL3A 3SUOA 3C94A 1S5JA 1Q7YO 4O5FA 3C6TA 4AQYK 4CGGA 3L8BA 3P38A 2X74A 2W6KA 1OKJA 4ISEA 5FPNA 4EHTA 1WSIA 3G71N 3M6GA 4B3SK 4BRAA 2HNZA 2VQEK 4IKFA 1KXPA 3LDSA 2YJEA 4YHHK 1GLAG 1GLCG 4NLBA 3TI0A 1NJWA 4OPHA 2HMPA 3LPTA 4KHSA 5AQFA 2A1SA 1D9FA 2AA4A 4FLWA 1H1VA 2YNFA 3U3GA 3T7ZA 2ZGZA 4FW1A 2KZMA 3L3UA 3HRGA 1NKBA 1NJXA 1VQMN 4AH9A 3KLEA 2FF3B 3O9RA 4BG8A 1MDUB 3CJ7A 3O08A 2Z1JA 1LW0A 4IO9L 2ZJRL 3NHGA 5AFUA 5CE3A 1NJIO 2HHHK 2J4RA 4OKEA 3O1BA 4CEZA 4DWIA 3MWPA 1VSFA 3TTDA 1ILYA 3OS0A 2E88A 1XQSC 3FFIA 4BWJA 4JRPA 4I9LA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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