3AGGG

X-ray analysis of lysozyme in the absence of arg
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution X-ray analysis reveals binding of arginine to aromatic residues of lysozyme surface: implication of suppression of protein aggregation by arginine
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
G PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3aggG00
1C10A 1PZYA 2EQLA 1GFKA 4BADA 3BKHA 5E9RA 1C46A 1VATA 5JENB 1O23A 2EKSC 4UWNA 5LAGA 4YM8A 2I26L 4WLXA 1D9UA 1TDYA 5B1GA 3WU7A 3WUAA 2YBJA 4EMNA 1LSAA 3CQLA 5IELA 1HEQA 3N9EA 1JISA 5LXWA 2D6BA 4NFVA 4DDAA 5HNCA 3A6CY 153LA 3M18B 1XEKA 1JWRA 4WG1A 4NGZA 1A4VA 5I4YA 1YILA 3A3RX 4XENA 4OW1A 4H93A 1LSZA 1V7TA 1UA6Y 3AGHA 1QDRA 1TBYA 4B4EA 1VDSA 4NGYA 2PC2A 6LYTA 5LYMA 2F2NA 4MSTA 5KXWA 1GBXA 1GE2A 1LZTA 2W1LA 1XGUC 3F6ZA 1LCNA 3K3TA 4WM3A 4LZTA 1JKDA 3WPJA 1DI3A 2Z12A 1CNSA 2G4QA 1LSDA 1CJ9A 5APCA 4DD0A 6LYZA 5M1YA 2MEGA 2LHMA 1WQMA 5K7OA 3A91A 1GFVA 3RZ4A 2HTXA 1LSYA 1IC7Y 132LA 5L9JA 1FLUA 3P66A 5HLLA 1YANA 1YL0X 2HEEA 1NBYC 1GFTA 1ALCA 1YKYX 2BQBA 4GLVA 3RNXA 4G4HA 4H1PA 1B5ZA 1WQQA 1IWYA 4LYMA 4RW2A 5DLAA 4ANRA 3LYZA 4XJIA 4WO9A 1GAZA 4LT2A 3W6EA 1OUHA 4WM6A 3WUNA 5LVHA 1REXA 2C8OA 2F4AA 4G4CA 2CDSA 1BB4A 2BQKA 4WLDA 5KKIA 1WQOA 1T3PA 4CFOA 1VDQA 4PJ2C 1D0MA 3CSQA 133LA 1IWVA 2D4IA 3W6BA 5B05A 4TSBA 1GFUA 1JTTL 3FE0A 4NGVA 1VEDA 4GCDA 1T6VL 1NQIA 2ZNXY 1JTOL 3TXJA 2IHLA 3WMKA 1FKVA 2Z19A 1XEIA 4ZEEA 9LYZA 5L3IA 3A6BY 3TXIA 1ZVYB 1IY4A 3T6UA 1CJ7A 1JEFA 4WL7A 2DQEY 1OUCA 4H8YA 2ZQ3A 5KXOA 4J0LA 4NWHA 2MEIA 2DQJY 1LZNA 5LVIA 1GXV2 2XBRA 3AZ7A 3D3DA 1VAUA 4TSCA 5KXPA 1JUGA 1W08A 5FHWA 1GB3A 4WLYA 4RDSA 2ZILA 5IHGA 1GF4A 4DD2A 2G4NA 3J6KA 1IC4Y 4TTDA 4NGWA 3ZVQB 1FLYA 1YL1X 1J1XY 3W6DA 1GF3A 2HU1A 4G49A 1GXXA 3HFMY 1CKDA 1B7SA 1LYSA 3P68A 1LHMA 1CJ8A 1LAAA 4XJHA 5LA8A 3TXDA 1KXXA 4GN3A 4TWSA 4DC4A 3T36A 1JHLA 4ETAA 2IFFY 2EIZC 1WVUA 2FYDA 3AW6A 4LYCA 1VDPA 4KL7A 5C6IA 4DWXA 3N9AA 5J7CA 2BQJA 4L41A 1QSAA 4XJFA 3AGIA 5KJ9A 1KXWA 1C45A 2ZQ4A 1IP4A 1AKIA 1LYZA 1RI8B 1YKXX 3KAMA 207LA 5I4WA 1LMQA 4Z41A 2ZYPA 1JKAA 1JSFA 1KIPC 1REMA 1V7SA 2MEBA 3HBHA 4H8XA 5KXNA 5HMJA 4WM2A 1LHKA 1DZBX 1VDTA 3P64A 4FDYA 3WULA 4CJ2A 3LHMA 2A7FA 1TCYA 2MEAA 1GE0A 4IJ4A 1LJIA 3WVXA 2XJWA 1AZFA 2F4GA 1G7MC 4HPIA 4NGLA 3CT1A 5B1FA 4WLTA 3WH1A 5I54A 1IVMA 1G7HC 1NDMC 1LMPA 2YBHA 3RW8A 3ATNA 4X3BA 4B0DA 5ILCA 1A2YC 3AZ4A 1LZDA 1IWUA 4H94A 2YBLA 3GXRA 2BQCA 3SP3A 1HFXA 1OUGA 1CKCA 1PS5A 2BPUA 1BVKC 2LYZA 4HJVA 1YAOA 4Z3MA 4WG7A 1B7OA 5LVKA 1GF6A 3IJUA 2MEEA 2DQAA 2HEFA 1GFGA 2MEFA 3TXHA 4ETBA 5A3ZA 4XN6A 1DXJA 1LZ8A 1REZA 1HF4A 2DQIY 4WM5A 1KIRC 1IIZA 4R6CA 3EBAB 1VFBC 1BWIA 4NSJA 1YKZX 1LZRA 4II8A 2W1XA 2Z2EA 1TEWA 1EL1A 4PPOA 4ETEA 1KIQC 3AZ6A 1RFPA 4H92A 1GE4A 1GFRA 4OOOA 4U3XB 1LZ6A 1F10A 2MEDA 3AJNA 1UC0A 1IOTA 2D4KA 1GBZA 1W6ZA 1NBZC 1GAYA 1HERA 2CWIA 2FBDA 4AGAA 1LKRA 3G3BB 5LYZA 1LYOA 1B5YA 4LT0A 2BQOA 4OWBA 4RLMA 2NWDX 1FDLY 4H9AA 4NSIA 4QGZA 1LMNA 4B4IA 3WUMA 1B2KA 1IOQA 3P65A 3TMVA 1FBIX 1B7RA 1D0KA 4B4JA 5KXTA 2DQGY 5D5CA 1LJGA 2Z39A 3E3DA 3AYQA 4FJRA 3A34A 1GB7A 3EXDA 4WOAA 1WQPA 1YAPA 1LZ5A 1GF5A 1UCOA 4HSFA 1LMAA 1JKBA 3QNGA 4XJBA 3EMSA 3WXUA 1RE2A 2YSSC 1D6QA 3LYOA 4NSGA 2YBNA 5DN5A 1LSMA 1WVVA 1BWHA 1EQEA 1B7MA 1GFHA 2BQNA 2ZWBA 3A67Y 4XJGA 1DQJC 1H6MA 1YAMA 4HTNA 1CKGA 2BLYA 2DQCY 1LZYA 1D6PA 1QTEA 1D0LA 1NWGA 2LZTA 1LOZA 1QTKA 2ZIJA 4YEOA 5I5QA 1JJ3A 1UUZC 4NHPA 1LSNA 3A93A 3CSZA 4LT3A 4DD7A 4H90A 1B7LA 1BWJA 4QY9A 1LJ4A 4YF2A 4OWAA 4HJZA 1IOSA 3WW5A 1UIFA 2CJLA 2HEDA 1MLCE 4C5FA 1CKFA 1DPXA 3QY4A 4HTQA 4LYOA 5APFA 2ZNWY 1NF5A 3WPKA 1AT6A 1AM7A 1OUEA 2RSCA 4GCCA 3B6LA 5KXZA 4J1AA 4EOFA 4H8ZA 1LJHA 3A95A 1GPQC 2BQLA 1OUJA 1IEEA 4PGJB 2LYMA 4IASA 2HEBA 3TMXA 2D4JA 1GEVA 1HFYA 5HMVA 1YAQA 1GDWA 4NGKA 3TXEA 5KKJA 3HBDA 1LHLA 1EQ4A 1GFEA 1QQYA 1XEJA 193LA 4XADA 4H9FA 1IX0A 2Z38A 4W96A 3WXTA 1REYA 3WPLA 1LZSA 1P2CC 2BQEA 3B0KA 1GWDA 5DL9A 4WM1A 2BQIA 1B0DA 2YBIA 1GD6A 1H87A 1IO5A 5II3A 3TMWA 4M6DA 4PRQA 1HELA 1BGIA 2BQGA 4YENA 5KXRA 135LA 3WW6A 1IP6A 1LJJA 5LAFA 4G4BA 1IP1A 1LMCA 4H9HA 1GDXA 3IWRA 4NHIA 1HC0A 1EQ5A 4I0CA 1GHLA 4UWUA 3ZVQA 4KXIA 5B59A 1LZAA 3ULRA 4C3WA 1LZ4A 1LZ1A 4NHTA 3CT0A 5E4PA 1UIHA 2LZ2A 3HBEX 1IR8A 1LHHA 4OWHA 1F0WA 1UIEA 1IWTA 1BB7A 1LJ3A 1LHJA 1XGTC 3D9AC 4LYBA 1GB0A 1F6SA 4GCEA 2BQDA 1GBSA 2XTHA 1I56A 4BS7A 1GBYA 4GCFA 3B0OA 5L3HA 4NWEA 1XFPL 5APDA 3TXBA 1ZVHL 4I8SA 3OJPA 1GF7A 1IP5A 1LZEA 4GLAA 4ET9A 1OUAA 4NG1A 1IR7A 4CHXA 154LA 1QIOA 4LT1A 4RW1A 2ZIKA 5F81A 4M4OA 4HP0A 1OP9B 3CSRA 4OOTA 1GB9A 2A7DA 1BQLY 1RCMA 5FCPA 1LMTA 2W1YA 1AT5A 1UACY 2ZYCA 3AB6A 4R0FA 2DBTA 1LMOA 1OUFA 5DN4A 4A7DA 1BB5A 4CFPA 4ETDA 5KXSA 1QUTA 3LZ2A 1GB2A 4HV1A 1XSFA 3WU8A 4LFPA 5ILFA 1GF8A 1OQMA 1E8LA 5LINA 4B49A 1FN5A 3OK0A 1QSWA 1GB5A 1B5VA 2N5ZA 2H9JA 4KT3A 1J1PY 1QDTA 1LSCA 4NEBA 3ZEKA 4ET8A 5HQ1A 2BAAA 1IY3A 1DKJA 2Q0MX 1LHIA 2YDGA 1IP7A 1UIGA 1OUIA 4NY5A 4PRUA 2B5ZA 4Z46A 1Z55A 3EO5A 4WM4A 4XYYA 1YIKA 2FYCA 4AXTA 5KXLA 5C6LA 4P2EA 1LSPA 8LYZA 1OUDA 2HECA 3LYMA 1GFJA 2BQMA 1UIBA 1HMLA 1HSXA 1YQVY 4TUNA 1GFAA 4DDBA 4N1EI 5I53A 1JKCA 4H9CA 1IC5Y 1BB3A 1IP3A 1WQRA 1LKSA 3W6CA 1LSGA 1CJ6A 1I20A 1WTMA 1XGQC 2D91A 4Z98A 5B07A 5HNLA 5LIOA 4YEMA 1HSWA 1WTNA 5F16A 1B5WA 2Z37A 1LYYA 4LYTA 1IOCA 4LYZA 4RLNA 4J7VA 4B1AA 3A3QA 4WL6A 1IWZA 2YBMA 4DT3A 1INUA 5KXMA 4DD1A 3A96A 3G3AB 2Y8PA 2FBBA 1FKQA 1GEZA 2H5ZA 2HU3A 3GXKA 5LVGA 3CT5A 1HENA 1JSEA 4KPMA 4WMGA 1DI5A 1GF9A 4NG8A 3LYTA 1B5UA 1B7PA 3P4ZA 1MELL 1XGPC 1GB8A 4OWEA 4PHIA 4DYGA 1SLYA 1NDGC 1GB6A 3AZ5A 3TMUA 5KXXA 3AGGG 2W1MA 1JPOA 1HEOA 1HFZA 4W94A 1LJNA 4DD3A 1JIYA 5C6JA 1I1ZA 3VWOA 1HEMA 1LJEA 5FSTA 1BHZA 3ATOA 3QE8A 2YVBA 3W6FA 4ZFPA 4BAFA 2CGIA 4G9SA 4GN4A 1DKKA 3TXFA 3M3UA 1IP2A 1JITA 1FLQA 4DD9A 1JTPL 1CKHA 3B72A 194LA 1G7LC 1GBWA 4OWCA 3WYHA 1DI4A 2BQAA 2DKVA 4HJYA 1B7NA 3A92A 3RT5X 1HEWA 1WQNA 4QDNA 134LA 1IORA 5LYTA 4J1BA 2C8PA 3TXKA 2AUBA 3TXGA 1UIDA 4H91A 4N8ZA 3A90A 4H9EA 1BB6A 1LSEA 3B0IA 4H9IA 3FI7A 2BQFA 2WARA 2Z18A 3J4GA 2XBSA 4HTKA 1LZGA 2BQHA 1ZMYL 3IJVA 4TX7A 4XJDA 4ETCA 4NGJA 5I4XA 3BKVA 3WL2A 5KY1A 1SQ2L 3CB7A 5B06A 1GE1A 4NGOA 5T3FA 5KXKA 1HHLA 4NHQA 1C43A 4HPEA 4D9ZA 1LZCA 2MECA 1LJFA 2MEHA 3AW7A 1UICA 1LPIA 1HMKA 2EPEA 5FEKA 1IWWA 4MCKA 1UIAA 5DM9A 1LSFA 3LZTA 2I6ZA 4N1CC 1JJ0A 1LZBA 1NMMA 4NHSA 4QEQA 2Z2FA 3MGWA 4N5RA 1IWXA 1B9OA 1B5XA 1GBOA 1LZ9A 1JJ1A 1NHEA 1B7QA 2LYOA 2VB1A 4LGKA 4BAPA 1C7PA 1HEPA 3W6AA 3A8ZA 5A3EA 1LSBA 5FELA 1RJCB 2X0AA 1GF0A 5IDDA 1FLWA 4WO6A 3A94A 4MR1A 4HV2A 5APEA 4ZIXA 2HEAA 2BLXA 4CGEA 1GE3A 1BVXA 2DQDY 4GCBA 4DDCA 1IR9A 7LYZA 1NKHA 1QUSA 1UBZA 2G4PA 4IATA 4UWVA 5F14A 1G7JC 4YOPA 1DPWA 2F30A 4LFXA 1OUBA 1J1OY 4N9RA 2HUBA 4GN5C 1HNLA 4NSHA 5KXYA 3RU5A 4NIJA 5AMYA 4H9BA 4N0JA 4O34A 3W3EA 1TAYA 3N9CA 5LA5A 5D5FA 3WVYA 2DQHY 1ZV5L 3LN2A 4ML7A 5F9XA 5LVJA 2DQFC 2GV0A 2H9KA 1XGRC 1F6RA 1KXYA 1YROA 5F9UA 4NGIA 5EBHA 1C08C 4E3UA 1N4FA 2I25L 1G7IC 1LTMA 1LJKA 208LA 3WU9A 5FDJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L44A 3OE0A 1QUGA 3PBLA 2EKSC 4WLXA 3FA0A 3WUAA 3CQLA 1HEQA 1OV5A 5LXWA 1JISA 1L69A 2D6BA 4DDAA 153LA 176LA 1V7TA 1UA6Y 2PC2A 2W1LA 120LA 1JKDA 3WPJA 1DI3A 2Z12A 167LA 3HU8A 1CJ9A 6LYZA 1WQMA 5K7OA 1L67A 5L9JA 1QTZA 1GFTA 4GLVA 4G4HA 4H1PA 3HT7A 1CV0A 1L50A 1GAZA 1L20A 2F4AA 1T3PA 230LA 3CSQA 1LGWA 2ZNXY 3TXJA 3WMKA 2IHLA 9LYZA 2RBNA 3A6BY 1ZVYB 1CJ7A 4WL7A 1OUCA 4W57A 4H8YA 4J0LA 4NWHA 2RB0X 4TSCA 1JUGA 1W08A 1P2RA 2ZILA 5IHGA 3C7ZA 1GF3A 2B73A 4G49A 3HFMY 3P68A 2F32A 1LYIA 1P36A 1L01A 1KXXA 2IFFY 3AW6A 1WVUA 4DWXA 3N9AA 3AGIA 5KJ9A 3SB5A 1C45A 240LA 3C8QA 1KIPC 3HH6A 3LHMA 1KS3A 1OWYA 1GE0A 1LJIA 1AZFA 2HUKA 3CT1A 1G7HC 1NDMC 4B0DA 1A2YC 3AZ4A 4H94A 3C8RA 1HFXA 1OUGA 1CKCA 3DN2A 2BPUA 2LYZA 1YAOA 5LVKA 3GUPA 3IJUA 4I7KA 3TXHA 1KIRC 4R6CA 1VFBC 4NSJA 4ZPUA 1LZRA 1T97A 2W1XA 104LA 1EL1A 1TEWA 4PPOA 1C6DA 1L53A 1LZ6A 3AJNA 2D4KA 1GBZA 1W6ZA 1GAYA 1HERA 2FBDA 3G3BB 1L82A 258LA 5I14A 2NWDX 3HTFA 2CUUA 4B4JA 1D0KA 5KXTA 1L97A 5D5CA 4EKRA 3A34A 3EXDA 178LA 221LA 201LA 1L79A 1D3JA 1D6QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C10 A;  1PZY A;  2EQL A;  1GFK A;  4BAD A;  3BKH A;  5E9R A;  1C46 A;  1VAT A;  5JEN B;  1O23 A;  2EKS C;  4UWN A;  5LAG A;  4YM8 A;  2I26 L;  4WLX A;  1D9U A;  1TDY A;  5B1G A;  3WU7 A;  3WUA A;  2YBJ A;  4EMN A;  1LSA A;  3CQL A;  5IEL A;  1HEQ A;  3N9E A;  1JIS A;  5LXW A;  2D6B A;  4NFV A;  4DDA A;  5HNC A;  3A6C Y;  153L A;  3M18 B;  1XEK A;  1JWR A;  4WG1 A;  4NGZ A;  1A4V A;  5I4Y A;  1YIL A;  3A3R X;  4XEN A;  4OW1 A;  4H93 A;  1LSZ A;  1V7T A;  1UA6 Y;  3AGH A;  1QDR A;  1TBY A;  4B4E A;  1VDS A;  4NGY A;  2PC2 A;  6LYT A;  5LYM A;  2F2N A;  4MST A;  5KXW A;  1GBX A;  1GE2 A;  1LZT A;  2W1L A;  1XGU C;  3F6Z A;  1LCN A;  3K3T A;  4WM3 A;  4LZT A;  1JKD A;  3WPJ A;  1DI3 A;  2Z12 A;  1CNS A;  2G4Q A;  1LSD A;  1CJ9 A;  5APC A;  4DD0 A;  6LYZ A;  5M1Y A;  2MEG A;  2LHM A;  1WQM A;  5K7O A;  3A91 A;  1GFV A;  3RZ4 A;  2HTX A;  1LSY A;  1IC7 Y;  132L A;  5L9J A;  1FLU A;  3P66 A;  5HLL A;  1YAN A;  1YL0 X;  2HEE A;  1NBY C;  1GFT A;  1ALC A;  1YKY X;  2BQB A;  4GLV A;  3RNX A;  4G4H A; 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 1LZG A;  2BQH A;  1ZMY L;  3IJV A;  4TX7 A;  4XJD A;  4ETC A;  4NGJ A;  5I4X A;  3BKV A;  3WL2 A;  5KY1 A;  1SQ2 L;  3CB7 A;  5B06 A;  1GE1 A;  4NGO A;  5T3F A;  5KXK A;  1HHL A;  4NHQ A;  1C43 A;  4HPE A;  4D9Z A;  1LZC A;  2MEC A;  1LJF A;  2MEH A;  3AW7 A;  1UIC A;  1LPI A;  1HMK A;  2EPE A;  5FEK A;  1IWW A;  4MCK A;  1UIA A;  5DM9 A;  1LSF A;  3LZT A;  2I6Z A;  4N1C C;  1JJ0 A;  1LZB A;  1NMM A;  4NHS A;  4QEQ A;  2Z2F A;  3MGW A;  4N5R A;  1IWX A;  1B9O A;  1B5X A;  1GBO A;  1LZ9 A;  1JJ1 A;  1NHE A;  1B7Q A;  2LYO A;  2VB1 A;  4LGK A;  4BAP A;  1C7P A;  1HEP A;  3W6A A;  3A8Z A;  5A3E A;  1LSB A;  5FEL A;  1RJC B;  2X0A A;  1GF0 A;  5IDD A;  1FLW A;  4WO6 A;  3A94 A;  4MR1 A;  4HV2 A;  5APE A;  4ZIX A;  2HEA A;  2BLX A;  4CGE A;  1GE3 A;  1BVX A;  2DQD Y;  4GCB A;  4DDC A;  1IR9 A;  7LYZ A;  1NKH A;  1QUS A;  1UBZ A;  2G4P A;  4IAT A;  4UWV A;  5F14 A;  1G7J C;  4YOP A;  1DPW A;  2F30 A;  4LFX A;  1OUB A;  1J1O Y;  4N9R A;  2HUB A;  4GN5 C;  1HNL A;  4NSH A;  5KXY A;  3RU5 A;  4NIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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