3AGHA

X-ray analysis of lysozyme in the presence of 200 mm arg
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-resolution X-ray analysis reveals binding of arginine to aromatic residues of lysozyme surface: implication of suppression of protein aggregation by arginine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3aghA00
5B59A 5D5FA 1LJ4A 5ILFA 4FDYA 2A7DA 4MCKA 1IR8A 1IWVA 2MECA 1ZMYL 3TMUA 4L41A 1B2KA 4LFXA 2NWDX 1NQIA 4B4EA 2G4QA 1FDLY 4ANRA 4GCBA 5F14A 2CGIA 3QNGA 1UIDA 4LFPA 154LA 1IR7A 3A95A 1LZ4A 1YL1X 1UUZC 4WO6A 1HEQA 1LMAA 2BLXA 1HSWA 5T3FA 3WYHA 4WLTA 1DKKA 1QDTA 1YKXX 1GDXA 2D6BA 5LYTA 1CJ7A 1CJ8A 1FN5A 1DPWA 1IO5A 4WM6A 4Z3MA 3BKVA 4HV2A 1EQ4A 4A7DA 4BAPA 1LSAA 1YANA 4GCFA 1GBWA 2YBHA 1LZBA 4MSTA 3BKHA 1DI4A 1UA6Y 3A93A 2W1YA 4CFOA 2F2NA 3TXBA 3AW6A 1GEVA 3N9CA 1LJIA 5DM9A 3WPJA 5E4PA 9LYZA 5I5QA 1D0MA 1HFYA 3EBAB 4HTQA 4NHIA 4DDBA 1JHLA 1GE0A 1LSPA 1JJ3A 1ZVYB 2HTXA 5FCPA 2BQOA 4LYCA 4WG7A 3ATNA 4PJ2C 1LHLA 4WM2A 4LT0A 4DDAA 4CGEA 1HERA 1H87A 1CJ6A 1TEWA 3A34A 3CT1A 1KIRC 3FI7A 3IWRA 3WMKA 4DDCA 1IWZA 1NMMA 3HBEX 1C46A 1LYSA 1YKZX 1J1XY 2Z37A 1IP4A 2XBRA 1REMA 2VB1A 1LSFA 1GFHA 3AB6A 1LJFA 4XADA 5LVHA 1IX0A 1IC7Y 4WOAA 3W3EA 1G7IC 1D0LA 3N9EA 4WLYA 4BS7A 3TMVA 1LZ5A 4GLAA 4NHTA 3EO5A 1SLYA 135LA 1CKGA 1UBZA 3TXFA 1HNLA 1C43A 1LYOA 2GV0A 2LYZA 2LYOA 5FSTA 1YKYX 4GLVA 4H93A 3TMXA 1XEIA 5KJ9A 5KXWA 2BQJA 4RLNA 3W6EA 1IC5Y 3SP3A 4UWNA 1YAOA 1GBSA 1IWYA 5J7CA 1GF4A 1WQOA 3HBHA 4GN3A 1IOSA 2DQCY 4H9CA 4HPEA 4XJHA 2A7FA 2EPEA 1MLCE 1REXA 2BQCA 5LA8A 1GHLA 1LJ3A 1D6QA 1FLQA 3HBDA 1XGQC 1G7LC 4PPOA 4RW1A 4DD1A 2PC2A 2Q0MX 5DN5A 5C6IA 1LOZA 4XJIA 5B06A 4DYGA 4NIJA 1NHEA 2FBBA 2YBIA 3W6BA 3LYOA 1BWIA 2BQHA 2BQEA 1B5YA 1LZAA 1WQQA 4LT2A 1IEEA 1HC0A 1LJJA 3FE0A 1LCNA 1IWXA 4NY5A 1IY3A 5E9RA 1GFTA 1T6VL 1IWTA 3A67Y 1GB5A 3CT0A 3LHMA 3WH1A 5FDJA 1HENA 2Z38A 1IWWA 3P65A 4WM5A 1OUJA 3IJVA 1LZTA 1IWUA 2YSSC 1B7SA 4XENA 1RJCB 2DBTA 4I0CA 2D91A 1YL0X 2CWIA 5APEA 2BQFA 1GFAA 1RCMA 3CB7A 133LA 3OK0A 4HJZA 1JTTL 4OWAA 4P2EA 5APCA 1JKAA 5KXMA 4Z46A 1LZ6A 1QIOA 2LHMA 1B5ZA 7LYZA 4MR1A 1F0WA 1JJ0A 4WL7A 1XSFA 6LYZA 1GF8A 1LZ8A 4U3XB 1VFBC 2MEBA 1LZYA 1GB8A 4H92A 1HSXA 1VDQA 2AUBA 5LVJA 4NGVA 1IIZA 1VDPA 2W1MA 4WMGA 4WO9A 4YEOA 5DLAA 4IJ4A 4GCEA 4DD0A 1LMQA 1B5XA 1DI5A 2ZYPA 4OOTA 4G9SA 2W1XA 5LAFA 1GFUA 1LTMA 1QDRA 1GFJA 1LKSA 2YBMA 1RFPA 4H9IA 1DPXA 3ZEKA 3WW5A 4EMNA 3AJNA 4H9AA 1DZBX 1T3PA 2EQLA 5HMJA 5C6LA 1ALCA 1GDWA 2YVBA 2G4PA 3G3AB 3LZTA 1YAQA 4AXTA 1AKIA 3F6ZA 1SQ2L 2H9KA 1LMNA 1OQMA 5F81A 3T6UA 4J7VA 1C08C 1YAMA 1LYYA 1KIPC 2X0AA 3B0KA 1GD6A 1GF9A 4DC4A 6LYTA 3TMWA 5A3EA 4B49A 2DQHY 1JKBA 1GFGA 1GWDA 5LINA 4ZEEA 3A8ZA 1FLUA 3WUNA 1GFRA 1O23A 1UIBA 1LSGA 1LAAA 2HEBA 3W6DA 5KKJA 1JISA 4NFVA 3LYMA 4OWBA 4DD7A 2FYCA 1BB6A 1BWJA 1F6RA 1GEZA 5HMVA 1W08A 2D4KA 1JIYA 4M6DA 1TCYA 1YROA 3ZVQB 4TWSA 2W1LA 3RZ4A 1CKCA 4XJBA 4LT1A 4HPIA 4W96A 1XGRC 3CSRA 5LXWA 4I8SA 1LJEA 1NDMC 1GAZA 4E3UA 1OUAA 1LSNA 4QY9A 1VATA 4X3BA 1GAYA 3WW6A 1HEWA 132LA 3P64A 5KXSA 1NKHA 4NSIA 3TXJA 4ETAA 134LA 3B0IA 4ETEA 5F9UA 4BAFA 2DQJY 3CT5A 4B0DA 3M3UA 1IP1A 1BB3A 1W6ZA 4DD2A 1BB5A 4N8ZA 4WL6A 1BB4A 1IP2A 1OUHA 194LA 153LA 1EQ5A 1JTPL 2Z2FA 3W6CA 5IELA 2WARA 4DT3A 1GFVA 1AZFA 1B7RA 1BGIA 1J1OY 1N4FA 1GF0A 1LKRA 1XEKA 3WXUA 5FHWA 4NGWA 3A96A 2MEIA 1VAUA 5KXTA 1LSEA 4J1AA 1LJNA 5KXLA 1B7PA 2LZTA 1J1PY 1UIEA 3WXTA 2DQDY 4BADA 1YILA 4H91A 1OUDA 1LZEA 4HP0A 5HQ1A 5KXRA 3WU7A 1MELL 1TAYA 1I1ZA 1TBYA 1XGPC 2BQIA 2HEFA 4G4HA 4OOOA 5A3ZA 1V7SA 3A6CY 1GFKA 5HNCA 4R6CA 1LSCA 3WPKA 1A2YC 3J4GA 1KXWA 4AGAA 1GB6A 5M1YA 4NGKA 1JKDA 1NDGC 5IDDA 3GXRA 1LZRA 4H94A 1HFXA 4KT3A 4HSFA 1JUGA 4UWUA 1LSMA 4YF2A 2DKVA 5KXPA 3B72A 1JPOA 3K3TA 4HV1A 4ETCA 5I4XA 4ZFPA 4TX7A 2BQNA 2HEDA 4LGKA 4WM3A 1IR9A 3N9AA 4RW2A 5K7OA 2DQGY 3TXEA 1OUEA 1PS5A 2MEEA 5C6JA 4XN6A 4NHSA 2ZIKA 1V7TA 3E3DA 1QSAA 1JTOL 4OWEA 1LMPA 2BPUA 4QGZA 2IFFY 1E8LA 3LYTA 5F16A 5KXNA 1REYA 1UIFA 5I53A 5I4WA 5KXZA 1LSBA 4LYOA 2D4JA 2DQIY 1DKJA 4NG1A 1GBZA 1OUFA 2XJWA 1QUTA 1BHZA 1LHJA 3TXHA 1OUGA 1F6SA 4H8XA 1HHLA 1GBOA 1PZYA 2DQFC 4KL7A 1GB9A 4WG1A 4CJ2A 2MEFA 1OUIA 1BVKC 1KXYA 1LZNA 1HEOA 5ILCA 2BQAA 1GB2A 2IHLA 4N1CC 2MEAA 5KXXA 1JITA 1CJ9A 1VEDA 1JJ1A 1GB0A 2YBLA 3AGGG 5HNLA 1IVMA 4J0LA 5APDA 4LT3A 3AGIA 1LSZA 1B5VA 1D6PA 1JKCA 1GB7A 1UIHA 2ZILA 1XGTC 4GCCA 2BQDA 2D4IA 2RSCA 1B9OA 5EBHA 1ZVHL 1QSWA 3LYZA 1GF5A 3AW7A 4NSHA 5LYZA 1HEMA 1GBXA 3J6KA 4B4JA 4DD3A 4TUNA 4OWCA 4GN5C 3TXDA 2BAAA 2CJLA 1DQJC 2CDSA 4HTKA 4Z98A 5B07A 2Y8PA 4XYYA 5LVKA 193LA 2H5ZA 3KAMA 4G4CA 1LJHA 2Z12A 1JSEA 5F9XA 3MGWA 4NGJA 1IY4A 5KXYA 4H8ZA 1IP5A 1FLYA 1GE3A 4NSJA 3ULRA 3CQLA 1GB3A 5FEKA 3TXKA 1CKHA 1FKVA 1CKFA 3B6LA 3WU9A 1IP7A 208LA 4PHIA 3WULA 3A94A 4OWHA 4R0FA 1LJGA 1B7NA 1UACY 1YQVY 5LIOA 1RI8B 2HU1A 1LZGA 4QEQA 3AZ6A 1UCOA 3ZVQA 4NGYA 4NGOA 3A3RX 1GFEA 3LN2A 1HFZA 4WM4A 5IHGA 3RNXA 5L3IA 1GE1A 1DI3A 1G7HC 1LMCA 1HF4A 1UIGA 3A3QA 3AZ7A 2Z2EA 3P66A 1GXXA 2F4AA 1LJKA 1AT6A 1OP9B 1GF6A 1FKQA 5FELA 5KXKA 1UICA 4UWVA 3TXIA 1C7PA 2MEDA 1HELA 3G3BB 4NWHA 5B05A 5JENB 3GXKA 4C3WA 2BQLA 1C45A 1VDTA 2FYDA 5AMYA 5D5CA 4B4IA 4FJRA 5II3A 4XJGA 4N0JA 4LYTA 3WUMA 1FLWA 1GF3A 5KY1A 4H9BA 1TDYA 4WLDA 1B5UA 3A91A 1WTMA 3AGHA 4IATA 4KPMA 1C10A 3WVXA 3RW8A 1NBYC 4LYZA 1EL1A 1YIKA 4N9RA 4Z41A 2HECA 1F10A 3D9AC 1VDSA 4NHPA 5B1FA 1HMKA 4H8YA 4NGLA 1G7MC 4J1BA 5KKIA 3IJUA 1CNSA 5L3HA 1CKDA 3W6FA 1NF5A 1BB7A 1QQYA 2I6ZA 4TSBA 5LVIA 1LZDA 4OW1A 1B7LA 2I25L 2YBJA 4H1PA 4NHQA 1LZ1A 2ZQ3A 5B1GA 1GXV2 3WPLA 2C8OA 4NEBA 3LZ2A 4QDNA 1WVUA 4LYBA 4H9HA 1B7QA 1WQPA 2HUBA 1QTKA 1AM7A 1A4VA 5DN4A 5KXOA 1GF7A 1NBZC 2ZQ4A 1LHMA 4DWXA 1REZA 3OJPA 1EQEA 8LYZA 4KXIA 2HEEA 4WLXA 1ZV5L 3D3DA 1IC4Y 5DL9A 2LYMA 3A90A 3EXDA 1WQNA 4LYMA 1JSFA 1IOTA 1HEPA 4RDSA 1LZ9A 1WTNA 1P2CC 2ZWBA 4II8A 1LZSA 5LAGA 2ZYCA 2DQEY 2XTHA 1XFPL 2ZIJA 4G49A 5APFA 3A92A 1D9UA 1IP6A 2YDGA 3AZ4A 5L9JA 2Z19A 2LZ2A 3B0OA 2HEAA 1INUA 1WQMA 2ZNXY 1BWHA 3ATOA 4C5FA 4TTDA 3WU8A 1NWGA 1IOCA 4N5RA 2EKSC 4XJDA 2Z18A 1DXJA 1LHKA 4H9FA 3RU5A 5HLLA 1LYZA 1LSDA 5I54A 4M4OA 1BVXA 1KIQC 3EMSA 1OUBA 3WL2A 4WM1A 5LYMA 1YAPA 4W94A 1LZCA 1UC0A 1WQRA 4HJYA 4ETDA 2EIZC 3VWOA 2BQKA 2BQBA 3M18B 1JEFA 5I4YA 4GN4A 1LHHA 3CSZA 4NGIA 4YEMA 2F4GA 4PGJB 1B0DA 4YOPA 3T36A 1QTEA 1XGUC 3TXGA 2BQMA 2BQGA 207LA 4NGZA 1GE2A 1HMLA 1GBYA 3RT5X 4CHXA 1BQLY 4ETBA 1LPIA 2G4NA 1IORA 3AZ5A 3QE8A 4G4BA 1LHIA 1LSYA 1RE2A 2N5ZA 2F30A 3AYQA 4LZTA 4GCDA 4YENA 4CFPA 4NWEA 5LVGA 1JWRA 2FBDA 5LA5A 4ET9A 3QY4A 3CSQA 2C8PA 4RLMA 4XJFA 2HU3A 1H6MA 4B1AA 4H9EA 1D0KA 4N1EI 4TSCA 3WUAA 4O34A 3W6AA 4ZIXA 1XEJA 1UIAA 4NSGA 4H90A 2MEGA 4DD9A 1G7JC 1LMTA 2YBNA 2B5ZA 4PRQA 1AT5A 4IASA 4ET8A 3P68A 4PRUA 3A6BY 3WVYA 1FBIX 1GE4A 2ZNWY 4D9ZA 2I26L 1WVVA 1QUSA 4YM8A 1B7OA 3HFMY 1KXXA 1IOQA 2MEHA 1I20A 2XBSA 4EOFA 4HTNA 4ML7A 1LMOA 4HJVA 1OUCA 1B5WA 1Z55A 1B7MA 1GPQC 1I56A 2H9JA 3P4ZA 2Z39A 2BLYA 4NG8A 1IP3A 2DQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ILFA 3C82A 1IWVA 3TMUA 4B4EA 3HT8A 4LFPA 148LE 1IR7A 3OE6A 4WO6A 119LA 1KNIA 1LMAA 5T3FA 3WYHA 4WLTA 1QDTA 4S0WA 5LYTA 130LA 2Q9DA 1DPWA 1T6HA 4BAPA 181LA 1LZBA 2RBOA 219LA 1L07A 1LWKA 3N9CA 3WPJA 1P46A 9LYZA 4HTQA 4DDBA 1P36A 1KW5A 3CDVA 4LYCA 1L30A 1CUPA 3CDOA 1HERA 3WMKA 4DDCA 1KIRC 3IWRA 1L42A 2Z37A 180LA 1J1XY 4W52A 4ARPA 3N9EA 177LA 3TMVA 1L0JA 1LYOA 3SB7A 1L98A 2BQJA 2B6XA 4RLNA 3W6EA 4UWNA 1L58A 1L49A 1GBSA 107LA 2EPEA 1MLCE 1REXA 2LCBA 5LA8A 1GHLA 1LJ3A 1FLQA 192LA 4DD1A 2Q0MX 1NHEA 2FBBA 215LA 1L69A 1LZAA 1G1WA 3HDEA 1LJJA 3FE0A 1GFTA 1QS5A 1C6MA 3WH1A 5FDJA 184LA 1L36A 1IWUA 2YSSC 2Z6BA 2CWIA 3CB7A 5APCA 1JKAA 5KXMA 4LDEA 111LA 4Z46A 1QIOA 6LYZA 1GF8A 1LZYA 3NY9A 2AUBA 4NGVA 1IIZA 1D2YA 4YXCA 4GCEA 169LA 1LTMA 1LKSA 3ZEKA 1DZBX 2EQLA 2RAZX 1DYFA 3F9LA 1L15A 246LA 3G3AB 4AXTA 1G1VA 173LA 4J7VA 4DQ7A 2OE9X 1CV1A 1JKBA 1GWDA 3GULA 113LA 1JTMA 2HEBA 3W6DA 3LYMA 1NHBA 2FYCA 1BWJA 1F6RA 1YROA 4TWSA 224LA 4W96A 1LI6A 4I8SA 4E3UA 4EKSA 4QY9A 1VATA 1QUDA 3PBLA 2DQJY 1BB3A 4DD2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B59 A;  5D5F A;  1LJ4 A;  5ILF A;  4FDY A;  2A7D A;  4MCK A;  1IR8 A;  1IWV A;  2MEC A;  1ZMY L;  3TMU A;  4L41 A;  1B2K A;  4LFX A;  2NWD X;  1NQI A;  4B4E A;  2G4Q A;  1FDL Y;  4ANR A;  4GCB A;  5F14 A;  2CGI A;  3QNG A;  1UID A;  4LFP A;  154L A;  1IR7 A;  3A95 A;  1LZ4 A;  1YL1 X;  1UUZ C;  4WO6 A;  1HEQ A;  1LMA A;  2BLX A;  1HSW A;  5T3F A;  3WYH A;  4WLT A;  1DKK A;  1QDT A;  1YKX X;  1GDX A;  2D6B A;  5LYT A;  1CJ7 A;  1CJ8 A;  1FN5 A;  1DPW A;  1IO5 A;  4WM6 A;  4Z3M A;  3BKV A;  4HV2 A;  1EQ4 A;  4A7D A;  4BAP A;  1LSA A;  1YAN A;  4GCF A;  1GBW A;  2YBH A;  1LZB A;  4MST A;  3BKH A;  1DI4 A;  1UA6 Y;  3A93 A;  2W1Y A;  4CFO A;  2F2N A;  3TXB A;  3AW6 A;  1GEV A;  3N9C A;  1LJI A;  5DM9 A;  3WPJ A;  5E4P A;  9LYZ A;  5I5Q A;  1D0M A;  1HFY A;  3EBA B;  4HTQ A;  4NHI A;  4DDB A;  1JHL A;  1GE0 A;  1LSP A;  1JJ3 A;  1ZVY B;  2HTX A;  5FCP A;  2BQO A;  4LYC A;  4WG7 A;  3ATN A;  4PJ2 C;  1LHL A;  4WM2 A;  4LT0 A;  4DDA A;  4CGE A;  1HER A;  1H87 A;  1CJ6 A;  1TEW A;  3A34 A;  3CT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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