3AGIA

High resolution x-ray analysis of arg-lysozyme complex in the presence of 500 mm arg
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title High-resolution X-ray analysis reveals binding of arginine to aromatic residues of lysozyme surface: implication of suppression of protein aggregation by arginine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3agiA00
1OQMA 4NWEA 2W1YA 2ZWBA 1JPOA 4G4CA 3A91A 5LVJA 1ZVYB 4QGZA 1OUFA 4LGKA 1FKQA 1HFYA 1LSEA 1LSCA 1YL1X 1D0MA 4WM5A 1IWXA 1GBZA 2HEDA 3CSZA 4NG8A 4AXTA 5DL9A 4M4OA 4DD3A 1G7IC 4G4HA 2LZ2A 1LSNA 1FN5A 3ZVQA 1AZFA 1H87A 4OWAA 4HJZA 5T3FA 1BQLY 1WQOA 5F14A 1CJ8A 1LHIA 1G7JC 1HEWA 1LMNA 5APCA 4NFVA 4U3XB 1LHHA 3TXEA 4ZEEA 1XGRC 1IWYA 1LZ4A 1HERA 4R0FA 2HTXA 4GCDA 4LYOA 4NG1A 2D4KA 1CKHA 4HJVA 1B7PA 1ZMYL 1XFPL 4LT0A 5KY1A 2FBBA 1LJKA 2MEBA 2ZQ3A 4NGYA 4LYCA 4M6DA 2FYCA 4ET8A 2ZQ4A 2GV0A 1F0WA 5J7CA 1UIAA 1YKXX 1LZ8A 5KXWA 1JTOL 4RLMA 3WPLA 5LVHA 5A3EA 4DYGA 1IP2A 1LSPA 154LA 1GF4A 4WM3A 1JWRA 2ZILA 5KXXA 1FBIX 3CSQA 5FDJA 1KIRC 5HMVA 2XBRA 5LINA 4LYBA 4TUNA 4WO9A 1DQJC 1UIEA 4NHQA 4X3BA 1GB0A 1P2CC 4J1AA 4OWEA 1IWWA 2IHLA 1YAMA 1FKVA 4NGLA 2DQGY 4OWBA 1REMA 5F81A 3N9CA 2LYMA 1GFGA 1PZYA 3GXRA 4N0JA 2BQGA 4R6CA 3WW6A 1HMLA 5KXOA 3ZVQB 1KXYA 4WG1A 1LZNA 2DQHY 1A4VA 4RW1A 1HHLA 4TTDA 1GAYA 1B0DA 1XGQC 3LYOA 4N8ZA 3RU5A 4NHPA 1VAUA 1IWVA 4NWHA 2CDSA 3BKHA 1LMAA 1GFUA 1JHLA 1IP4A 1BGIA 2YBHA 4YEMA 1OP9B 1D6PA 4XYYA 1VDPA 4NSGA 1B5ZA 2BQBA 1GF6A 2BQOA 1LSYA 1BVKC 1GFTA 4P2EA 1NQIA 1HSWA 4IASA 5DN5A 4B4IA 1GFVA 1UA6Y 1EQEA 1YILA 1QQYA 1LJ4A 5FELA 2BLYA 4TSCA 4W96A 2HUBA 1ALCA 1FLUA 3CQLA 1LKSA 1CKFA 3A3QA 1OUCA 4DD9A 1YQVY 5APDA 1LZ6A 5B1FA 1IP3A 1RFPA 3TXJA 4H9CA 1LZAA 4H94A 1NKHA 4H9AA 4GN5C 4Z41A 1F6SA 4PGJB 1GAZA 1GBSA 1KIQC 4G9SA 3TMWA 1YL0X 4LZTA 4DDCA 1GBYA 4H91A 2D4JA 4LFXA 2YBNA 1LSDA 2Z2FA 1GB7A 4H9EA 5I54A 1DXJA 1OUDA 1LPIA 5IHGA 1GB5A 1JIYA 1B5YA 4II8A 5KXPA 1LZYA 1JISA 2YBJA 4Z98A 2DQEY 2BQFA 1AKIA 4H9HA 5AMYA 1V7SA 1NHEA 1LHMA 1LJJA 5KXSA 1JTTL 4WLXA 1ZVHL 5FSTA 3WUMA 1YKYX 3RZ4A 1TAYA 1E8LA 1B5WA 1CKCA 4HPIA 3WPKA 1TEWA 5KXTA 4B49A 4YF2A 3LYMA 1LMCA 3ATOA 1D9UA 4H90A 5LYZA 1LMTA 2A7FA 1GPQC 1JKBA 5M1YA 2YBLA 2MEIA 1LZGA 1NMMA 1QUSA 1CJ7A 4XADA 4C5FA 4ET9A 4WL7A 1LJFA 1GE0A 1VDTA 4NGOA 3TXKA 3A8ZA 3G3AB 4B4JA 5LYMA 1C43A 1FLQA 4OOOA 4MCKA 5LA8A 1C08C 1IC7Y 5KJ9A 4HV2A 4NGZA 1YAPA 2I26L 4H9IA 3A94A 2HEFA 4FJRA 4GCFA 134LA 3QNGA 5I5QA 1UUZC 3B72A 1SQ2L 3LZTA 3CB7A 2YBMA 3AGGG 1OUIA 3A6CY 3RNXA 1GFAA 1MLCE 2BPUA 4H9BA 1GEVA 2FBDA 1EQ4A 1C7PA 1GHLA 1AT5A 1GEZA 1B5VA 5LVGA 1REYA 3AGIA 2CJLA 3B0KA 4N1EI 4MR1A 3ATNA 1IEEA 1WQQA 2YDGA 4CJ2A 1IY3A 5KXRA 4NSIA 3LN2A 1NF5A 2PC2A 4CFOA 4MSTA 4Z46A 4ML7A 2XBSA 2H9KA 1LSGA 4RDSA 3HBDA 4PRQA 2EKSC 1IIZA 1VDQA 3W6AA 1NDGC 1ZV5L 3BKVA 1YAQA 1LZ5A 1YKZX 1OUEA 3AZ4A 4DD2A 1B5XA 2DQCY 4WM2A 4WM1A 4J1BA 2G4PA 2W1LA 3WVYA 4I8SA 3W3EA 1CKGA 5DN4A 3N9AA 4UWUA 3WW5A 1BWJA 2RSCA 5E9RA 1HENA 1KIPC 1LMQA 1HEOA 1LCNA 1C45A 1OUGA 2BQLA 4E3UA 5LXWA 4GN3A 2MEFA 1CJ6A 1B9OA 1XGPC 1IWTA 4ETCA 5LVKA 2LYZA 4CHXA 5IDDA 3QY4A 2HU1A 4XENA 1IC5Y 2MEDA 5D5FA 3LYTA 4GCBA 4BAPA 3A34A 5KXKA 1HF4A 5B06A 5E4PA 3KAMA 1QDRA 3AW6A 3HBEX 1B7SA 2BQAA 1LSFA 1BB5A 1GD6A 1HEQA 2DQIY 2MEAA 2NWDX 1LZ1A 3CSRA 3GXKA 1WVVA 2B5ZA 3MGWA 1UACY 1IR8A 4GCCA 4WLYA 1T6VL 3TXHA 1UIDA 2YVBA 3W6EA 5HNCA 3TXDA 1O23A 1PS5A 1BB6A 2LHMA 2LYOA 3K3TA 6LYZA 4LT2A 3P65A 3F6ZA 4RW2A 5B05A 1VEDA 3EMSA 1HMKA 2F2NA 6LYTA 1JJ0A 4DT3A 2DBTA 4BS7A 1CNSA 4CGEA 1EQ5A 4PHIA 1BB3A 1YAOA 3WU7A 4NSHA 1IWUA 1IOQA 1RI8B 7LYZA 4XJGA 3WVXA 5EBHA 2D91A 3WXTA 1NWGA 4DDBA 4W94A 1IVMA 1JKCA 5DLAA 4FDYA 1HFXA 3A95A 4TWSA 4ZIXA 5II3A 4XN6A 1HNLA 2HEEA 3IJUA 3VWOA 3WL2A 3OK0A 1XEJA 5FHWA 153LA 3P64A 4G49A 2HU3A 5B07A 3ZEKA 3TMUA 4TX7A 3LHMA 1WTMA 2EIZC 1LYSA 4NIJA 5LVIA 1DKJA 1LSMA 2H5ZA 3W6CA 1JJ3A 2C8OA 4ETDA 4XJDA 4ETBA 4UWVA 1A2YC 4XJFA 1XGUC 4ZFPA 1J1PY 1QSWA 1UIHA 2FYDA 2XJWA 4OW1A 4H1PA 3OJPA 4RLNA 3T36A 1REXA 4A7DA 3P66A 1GDXA 2ZIKA 1DPWA 1NBZC 1KXXA 4NY5A 1JKAA 2Z37A 3ULRA 5B59A 1XSFA 1IOCA 3J6KA 3TXIA 1IC4Y 2G4QA 1DI4A 1KXWA 1LMPA 1LSBA 4H9FA 4OWHA 1GB8A 1LZEA 2BQCA 2LZTA 5F16A 5FCPA 1INUA 1LYZA 207LA 3WULA 1G7MC 5I4YA 3LZ2A 4PJ2C 4C3WA 4HSFA 3AZ7A 1LZSA 1DKKA 2XTHA 5KKJA 4HV1A 2EPEA 2F30A 1XEIA 3B0IA 3AB6A 1OUAA 3M3UA 5D5CA 1B7QA 3D3DA 4GLAA 1GFRA 1JITA 2MEHA 2WARA 1LZDA 2ZNXY 3P4ZA 1UCOA 5LIOA 1F10A 1J1XY 1GXXA 3QE8A 2AUBA 2DQFC 3EXDA 1LYYA 3M18B 1GFHA 1G7HC 4ETAA 5FEKA 4GN4A 4KXIA 135LA 1HELA 1LZ9A 2F4GA 4NSJA 4WLTA 4KT3A 4O34A 3WU9A 1GWDA 4XJBA 1LSZA 1WQRA 1LHJA 1OUBA 208LA 1GB9A 4HTKA 5LYTA 3G3BB 4LT3A 5ILFA 1FDLY 1TBYA 1GXV2 2MECA 1QTEA 1LHKA 3FI7A 4NEBA 1RE2A 4QEQA 5B1GA 5HMJA 5I4WA 1HFZA 1NBYC 1C46A 1VDSA 3A93A 3IWRA 2C8PA 4J7VA 1F6RA 4KPMA 2Z12A 4XJIA 5JENB 2HECA 4WM4A 2I6ZA 1D6QA 4OWCA 3W6FA 2ZIJA 2ZYPA 1SLYA 1AT6A 1G7LC 1HSXA 3T6UA 3WH1A 2DKVA 4L41A 1LOZA 4OOTA 2CGIA 1QDTA 1WVUA 2EQLA 8LYZA 1FLWA 4YENA 3W6DA 5KKIA 3W6BA 4CFPA 1LJNA 5APFA 4QDNA 1LJEA 4BAFA 1RJCB 1IP6A 1HEPA 1IP7A 4NHSA 3WPJA 1IOSA 4YM8A 1UICA 1LJIA 1LZCA 4NHIA 1B2KA 1LAAA 2ZNWY 1I56A 4DD7A 5IELA 4LYMA 1IO5A 4N5RA 3WYHA 2W1MA 1YIKA 1WQMA 5KXNA 2Y8PA 4N9RA 5LA5A 1LJGA 2DQJY 4TSBA 1GBXA 2DQAA 1B5UA 1YROA 4H8ZA 5C6IA 1GE1A 1DPXA 1Z55A 4QY9A 5HQ1A 2Z39A 3A6BY 1VATA 1GE2A 2BQIA 1GB2A 4BADA 2BQMA 1BWHA 1LJ3A 1I20A 4IATA 4EMNA 1CJ9A 4WOAA 5KXZA 1GBWA 1JEFA 1GF9A 2DQDY 2HEAA 3P68A 4HTQA 4DWXA 5K7OA 4PPOA 1IOTA 1OUJA 4WLDA 3TXGA 4LFPA 1IX0A 2I25L 1XGTC 2BQHA 4NGIA 3TMXA 4WMGA 1B7LA 4YEOA 2BQJA 4D9ZA 1JKDA 1LZRA 5F9XA 1I1ZA 3A96A 1MELL 5KXMA 1YANA 5L3HA 5ILCA 1OUHA 3A67Y 2ZYCA 4H93A 4N1CC 1IR9A 3WXUA 3EBAB 5I53A 1JJ1A 4IJ4A 1LMOA 4DD1A 5C6LA 4ETEA 1BVXA 3D9AC 2D4IA 1WTNA 5KXYA 3WUNA 3A92A 1REZA 3IJVA 3TMVA 3AJNA 5APEA 4Z3MA 1B7NA 2Z2EA 3AGHA 1JSFA 2Q0MX 1LZBA 1RCMA 194LA 4NGJA 1GDWA 4AGAA 4EOFA 9LYZA 5KXLA 1UBZA 3B0OA 2MEGA 4GCEA 5A3ZA 1GF7A 1D0KA 1XEKA 3CT0A 4XJHA 5LAGA 4YOPA 1UIGA 3WUAA 4NGKA 5I4XA 5L3IA 4HJYA 1IWZA 2W1XA 3N9EA 4WG7A 1GB6A 1GE4A 1W6ZA 1BB7A 2MEEA 4WL6A 2BLXA 2BQNA 1UC0A 2VB1A 4H92A 2YBIA 1LTMA 3AW7A 1LKRA 1GBOA 1LHLA 4WO6A 1B7OA 1JUGA 2X0AA 2Z38A 3CT5A 3TXBA 3E3DA 4LYTA 2HEBA 1B7MA 1T3PA 4NGVA 1GFJA 3CT1A 2BQDA 1BHZA 1D0LA 4HTNA 1IR7A 1GF0A 1BWIA 1IP5A 2Z18A 2BAAA 4UWNA 2CWIA 1UIBA 4DD0A 1GF8A 1NDMC 4J0LA 2IFFY 4LT1A 3SP3A 3RT5X 1GFKA 5F9UA 4NGWA 1GF3A 4G4BA 1JTPL 3LYZA 5HNLA 1HEMA 2YSSC 1LJHA 4NHTA 4DC4A 133LA 1TCYA 1LYOA 1W08A 5DM9A 1IP1A 1H6MA 2D6BA 4H8YA 4HPEA 4B1AA 3AYQA 1GFEA 1TDYA 5L9JA 1N4FA 1DZBX 1GE3A 5LAFA 1HC0A 1LSAA 1GF5A 4PRUA 3WMKA 193LA 3FE0A 2BQEA 3J4GA 3HFMY 3A3RX 4B0DA 1QSAA 2A7DA 1VFBC 1AM7A 1C10A 2BQKA 4DDAA 4LYZA 4ANRA 3AZ6A 1B7RA 1V7TA 4WM6A 2Z19A 1LZTA 1UIFA 1JSEA 2G4NA 3EO5A 1QTKA 4HP0A 1GB3A 1BB4A 1J1OY 1DI5A 3A90A 5C6JA 1WQNA 4H8XA 3RW8A 132LA 4I0CA 3WU8A 3AZ5A 4KL7A 1CKDA 3B6LA 4B4EA 2H9JA 2F4AA 1QIOA 1QUTA 2N5ZA 1EL1A 3HBHA 1IY4A 5HLLA 1IORA 3TXFA 4GLVA 1DI3A 1FLYA 1WQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQMA 4NWEA 1L96A 2ZWBA 1ZVYB 1FKQA 252LA 1YL1X 4WM5A 1IWXA 1GBZA 2HEDA 3CSZA 4M4OA 131LA 2LZ2A 1LSNA 2Q9EA 4HJZA 1BQLY 1LHIA 138LA 1G7JC 163LA 1LMNA 4NFVA 4ZEEA 198LA 1C68A 1LZ4A 1L31A 4NG1A 4ARMA 1XFPL 4M6DA 2FYCA 4I7PA 1L01A 1D2YA 1F0WA 1UIAA 1TLAA 1LZ8A 5KXWA 5A3EA 239LA 1IP2A 129LA 5KXXA 3DN8A 1FBIX 5FDJA 1KIRC 2XBRA 4TUNA 4NHQA 3G3XA 1P2CC 1FKVA 4NGLA 2DQGY 4OWBA 109LA 1KXYA 4WG1A 2DQHY 4ARLA 1C6PA 1HHLA 4DQJA 4NHPA 1L50A 4YEMA 1OP9B 1G07A 3HH3A 1BVKC 1GFTA 1HSWA 4IASA 1UA6Y 1C6HA 1YILA 1CU0A 152LA 1FLUA 3CQLA 1LKSA 1CKFA 1OUCA 1C62A 1CV3A 1IP3A 1RFPA 215LA 4H9CA 4H9AA 1NKHA 1GAZA 1GBSA 1YL0X 1L57A 4LZTA 1C6KA 4H91A 2D4JA 199LA 1GB7A 5I54A 1OUDA 3FA0A 1JIYA 2Z6BA 1LZYA 1CV5A 3C8QA 1JISA 1G0JA 2BQFA 1AKIA 4H9HA 125LA 4W58A 1JTTL 4WLXA 5FSTA 1L91A 3G3VA 1L93A 147LA 4EKSA 3WPKA 1TEWA 1CUQA 4B49A 3LYMA 1LMCA 2OE7X 3SBAA 1D9UA 1LMTA 2A7FA 1C6IA 1CJ7A 4PK0A 237LA 4XADA 4I7RA 4C5FA 4ET9A 4WL7A 1LJFA 3G3AB 192LA 1C43A 4LDLA 4OOOA 3F8VA 4MCKA 155LA 4HV2A 4FJRA 134LA 1LYDA 5I5QA 3LZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OQM A;  4NWE A;  2W1Y A;  2ZWB A;  1JPO A;  4G4C A;  3A91 A;  5LVJ A;  1ZVY B;  4QGZ A;  1OUF A;  4LGK A;  1FKQ A;  1HFY A;  1LSE A;  1LSC A;  1YL1 X;  1D0M A;  4WM5 A;  1IWX A;  1GBZ A;  2HED A;  3CSZ A;  4NG8 A;  4AXT A;  5DL9 A;  4M4O A;  4DD3 A;  1G7I C;  4G4H A;  2LZ2 A;  1LSN A;  1FN5 A;  3ZVQ A;  1AZF A;  1H87 A;  4OWA A;  4HJZ A;  5T3F A;  1BQL Y;  1WQO A;  5F14 A;  1CJ8 A;  1LHI A;  1G7J C;  1HEW A;  1LMN A;  5APC A;  4NFV A;  4U3X B;  1LHH A;  3TXE A;  4ZEE A;  1XGR C;  1IWY A;  1LZ4 A;  1HER A;  4R0F A;  2HTX A;  4GCD A;  4LYO A;  4NG1 A;  2D4K A;  1CKH A;  4HJV A;  1B7P A;  1ZMY L;  1XFP L;  4LT0 A;  5KY1 A;  2FBB A;  1LJK A;  2MEB A;  2ZQ3 A;  4NGY A;  4LYC A;  4M6D A;  2FYC A;  4ET8 A;  2ZQ4 A;  2GV0 A;  1F0W A;  5J7C A;  1UIA A;  1YKX X;  1LZ8 A;  5KXW A;  1JTO L;  4RLM A;  3WPL A;  5LVH A;  5A3E A;  4DYG A;  1IP2 A;  1LSP A;  154L A;  1GF4 A;  4WM3 A;  1JWR A;  2ZIL A;  5KXX A;  1FBI X;  3CSQ A;  5FDJ A;  1KIR C;  5HMV A;  2XBR A;  5LIN A;  4LYB A;  4TUN A;  4WO9 A;  1DQJ C; 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 1W6Z A;  1BB7 A;  2MEE A;  4WL6 A;  2BLX A;  2BQN A;  1UC0 A;  2VB1 A;  4H92 A;  2YBI A;  1LTM A;  3AW7 A;  1LKR A;  1GBO A;  1LHL A;  4WO6 A;  1B7O A;  1JUG A;  2X0A A;  2Z38 A;  3CT5 A;  3TXB A;  3E3D A;  4LYT A;  2HEB A;  1B7M A;  1T3P A;  4NGV A;  1GFJ A;  3CT1 A;  2BQD A;  1BHZ A;  1D0L A;  4HTN A;  1IR7 A;  1GF0 A;  1BWI A;  1IP5 A;  2Z18 A;  2BAA A;  4UWN A;  2CWI A;  1UIB A;  4DD0 A;  1GF8 A;  1NDM C;  4J0L A;  2IFF Y;  4LT1 A;  3SP3 A;  3RT5 X;  1GFK A;  5F9U A;  4NGW A;  1GF3 A;  4G4B A;  1JTP L;  3LYZ A;  5HNL A;  1HEM A;  2YSS C;  1LJH A;  4NHT A;  4DC4 A;  133L A;  1TCY A;  1LYO A;  1W08 A;  5DM9 A;  1IP1 A;  1H6M A;  2D6B A;  4H8Y A;  4HPE A;  4B1A A;  3AYQ A;  1GFE A;  1TDY A;  5L9J A;  1N4F A;  1DZB X;  1GE3 A;  5LAF A;  1HC0 A;  1LSA A;  1GF5 A;  4PRU A;  3WMK A;  193L A;  3FE0 A;  2BQE A;  3J4G A;  3HFM Y;  3A3R X;  4B0D A;  1QSA A;  2A7D A;  1VFB C;  1AM7 A;  1C10 A;  2BQK A;  4DDA A;  4LYZ A;  4ANR A;  3AZ6 A;  1B7R A;  1V7T A;  4WM6 A;  2Z19 A;  1LZT A;  1UIF A;  1JSE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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