The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F9V A; 1NS3 A; 5H4I B; 4B76 A; 5ESB A; 4I33 A; 4RI0 A; 3PV2 A; 2OC7 A; 3SU1 A; 3RC6 A; 5GPI B; 3SV9 A; 3SU2 A; 1TYV A; 3SUE A; 5EQR A; 3RC4 A; 3SU0 A; 2F9U A; 2OC1 A; 4KH3 A; 2P59 A; 5ETX A; 4B73 A; 1DY8 A; 3M5N A; 3RC5 A; 1QA2 A; 3KEE A; 2V5I A; 2VFM A; 2A4Q A; 3OYP A; 1WXR A; 2XCF A; 2WV9 A; 4OM9 A; 1TYW A; 3KNX A; 1QQ1 A; 3TH0 A; 5GND A; 2K1Q A; 2FOM B; 1JXP A; 3EYD A; 5EPN A; 3M5M A; 2VFN A; 4TYD A; 2IOU G; 1N1L A; 3L6P A; 4WH6 A; 1RGQ A; 3PV5 A; 3P8O A; 3SU6 A; 5T1V A; 1A1R A; 2OIN A; 1QRB A; 3SV6 A; 2IJD 1; 4NWL A; 3O8B A; 4R8T B; 2O8M A; 3LKW A; 1W3C A; 4A1X A; 1QA1 A; 3LON A; 3SYJ A; 2VBC A; 3AK5 A; 1CU1 A; 5IDK A; 4A1T A; 5FPT A; 4I32 A; 4NWK A; 5B6L A; 2GVF A; 2XC1 A; 2OC0 A; 1TYX A; 3LOX A; 1TYU A; 3M5L A; 3SV7 A; 3SUF A; 1BT7 A; 4B75 A; 5GJ4 B; 3O8R A; 1DAB A; 5FPY A; 4I31 A; 4JMY A; 4WF8 A; 1DXW A; 1QRC A; 2FM2 A; 3H09 A; 4B74 A; 5FPS A; 1RTL A; 2XCN A; 2OK5 A; 3U1I B; 3ML3 A; 4KTC A; 2VFO A; 1QA3 A; 2A4G A; 4B6E A; 2OC8 A; 2FP7 B; 3OTP A; 3O8D A; 3SUD A; 1CLW A; 1TSP A; 2QV1 A; 3E90 B; 4K8B A; 3SU5 A; 4B71 A; 2XNI A; 3U1J B; 2YOL A; 2OBQ A; 2GGV B; 2OBO A; 2A4R A; 3M5O A; 4WH8 A; 5EPY A; 3SZE A; 4B6F A; 5EQQ A; 5EQS A; 3SU3 A; 2WZQ A; 3RIQ A; 2F4L A; 3SUG A; 1DY9 A; 1DXP A; 2VFP A; 2IJO B; 3KN2 A; 4M9F A; 2VFQ A; 4A1V A; 2WHX A; 4U01 A; 3SU4 A; 3O8C A; 3P8N A; 4A92 A; 3KF2 A; 3SV8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SQR A; 2ZKS A; 1HAG E; 2B0F A; 1VBL A; 1C5W B; 1YCP K; 1V2S T; 1TBZ H; 4O3T A; 1FNI A; 4UEH H; 3RU4 D; 8GCH F; 4OJP A; 1NFW A; 1AMH A; 2GDD A; 1WQS A; 1PPG E; 3UQV A; 1G36 A; 2XOK D; 1IDK A; 6GCH G; 3KEE A; 2V5I A; 4ISL A; 4Y6D A; 1G3E A; 1IQK A; 3M36 A; 2ZHF H; 4X1S U; 5PTP A; 4OM9 A; 1P8V C; 1PPC E; 4JYU H; 1D9I A; 1XXF A; 2B5T B; 3MH6 A; 2OP9 A; 3EYD A; 1C5P A; 3RXG A; 3Q76 A; 1GG6 B; 1K1P A; 1P2K A; 1QHR B; 4UE7 H; 4MPW A; 4JZF H; 2C8Z B; 3E1X B; 3SU6 A; 3UR6 A; 4Y71 A; 5C2Z A; 1GVK B; 1GDQ A; 1TFX A; 1K1L A; 4JK5 A; 3OY5 U; 4XOJ A; 1SGI B; 5C5N A; 1CBW C; 1FV9 A; 1C2L A; 1Z6J H; 1T31 A; 1AU8 A; 2CJI A; 1P3C A; 4NK8 A; 2LNC A; 1FDP A; 1BRA A; 2HNT E; 5E0H A; 2ZFP H; 3B4N A; 2PTC E; 5I25 A; 4CRA A; 2GVF A; 2Z9L A; 4W8T A; 1E37 B; 2QF0 A; 1AD8 H; 1YWU A; 1GI4 A; 2ZDV H; 4ISN A; 4KGA A; 5DP3 A; 1K5C A; 3F0O A; 1FPH H; 3TGI E; 1TNH A; 1KIG H; 1RTF B; 1SGP E; 3SJ8 A; 1GI5 A; 4UFD H; 2WSS D; 4X2X A; 2ZPR A; 5E2P A; 3UQO A; 1QRC A; 3F0P A; 2GCT C; 4X8S H; 2F91 A; 1KXF A; 1K2I 1; 4W8R A; 1KXC A; 2CV3 A; 1O3K A; 1ZOM A; 1DPO A; 2OK5 A; 1AKS A; 2XBV A; 4H6T A; 4CH8 B; 3N6Z A; 1HJA B; 2OCV B; 1G37 A; 1CHG A; 1O3J A; 4FUH A; 1C5Z B; 5DNS A; 1LHC H; 2K0Q A; 3PWC A; 1AWF H; 3GDV A; 1TGS Z; 2GX4 A; 2F4L A; 1UTP A; 1W14 U; 1Y59 T; 2G55 A; 1GMH G; 1IHS H; 2AMQ A; 2NTQ A; 2FDA A; 4A1V A; 1IQN A; 3KYG A; 1O5E H; 3TLO A; 4ZAE A; 1COW D; 2ZA5 A; 3AW0 A; 2OTV A; 4XOP A; 4JRA C; 1IQF A; 2VNT A; 3EA9 A; 5C1U A; 1C1V H; 5BRR E; 2JIZ D; 1QGF A; 2QA9 E; 5DP8 A; 2ZEB A; 2BQ6 B; 2VIP A; 1SL3 A; 1HAH H; 1QNJ A; 2FLB H; 1EZG A; 2DE9 A; 1SGQ E; 3ZZA A; 4FOU C; 1ZRB A; 1RJX B; 1GHX H; 5HIZ A; 1HGT H; 2NZM A; 1H8E D; 2XC4 A; 1TMU H; 2FOF A; 4JZE H; 1TRN A; 1FMG A; 2FOB A; 3K9X B; 1G3D A; 1GBE A; 1TNJ A; 2EI6 A; 1CA8 B; 2THF B; 4NIX A; 1L1J A; 4XE4 A; 1P2M A; 1UTJ A; 3HGN A; 1V2L T; 2ODQ A; 4ASH A; 5EIY A; 1ACB E; 1W0K D; 4INL A; 2H9H A; 5F8X A; 3FZD A; 4AOR A; 1KTW A; 3W94 A; 1FON A; 2G52 A; 1O3B A; 2FYQ A; 3ZVG A; 1A5H A; 1E36 B; 1VCP A; 1SQA A; 2FYR A; 3BEF B; 4YCQ A; 4MNV A; 3SYJ A; 5C67 A; 4XOR A; 3QLP H; 1AVG H; 1HB0 B; 1C5M D; 3P8G A; 4I32 A; 3UFA A; 1O8J A; 2PSY A; 3E8L A; 3HGP A; 3UWJ H; 2J95 A; 3DCL A; 1UO6 A; 2HGT H; 1TYU A; 4XDE A; 3KID U; 5C1Y A; 3A89 A; 4RSP A; 1NBM D; 3GOV B; 3UNQ A; 3SOR A; 1EE6 A; 1DAB A; 1PQ5 A; 2ZQ2 A; 3OU0 A; 3VB4 A; 2PEC A; 4I31 A; 1DXW A; 5LPE A; 1LHG H; 1IQE A; 4UFF H; 5FPS A; 1MQ6 A; 4A7I B; 2UVE A; 1IA5 A; 1CHO G; 4U49 A; 3I77 A; 3VB7 A; 4XNF A; 4E06 H; 1NC6 A; 1A5I A; 2W7S A; 8KME 2; 1KCC A; 5HM2 A; 2B9L A; 4B1T A; 5T6D A; 1CLW A; 5EXN A; 3BF6 H; 4XLH A; 1H8D H; 3VFE A; 1D6R A; 4AB8 A; 4CHA B; 2XBX A; 5JMC B; 3GCH B; 1C2J A; 3CEN A; 4YTA A; 4Z6A H; 3SUG A; 1XX9 A; 1BQY A; 3ATW A; 4W8Q A; 4GSO A; 1GVZ A; 1ELV A; 2GT7 A; 3URC A; 2PYG A; 2FX6 A; 5EW1 H; 1ZML A; 4K1T A; 1O3D A; 3P8F A; 3RXS A; 1YPL H; 4CRC A; 2M2A A; 4ZHL U; 1T8N A; 4GPG A; 3M7T A; 1AZZ A; 2GCH G; 3SJ9 A; 3P70 B; 2KCA A; 3A8A A; 1VKY A; 3SI3 H; 5LH8 A; 3PET A; 1OWH A; 4YZU A; 2BD7 A; 3RC4 A; 4QT8 C; 3NRL A; 3BSQ A; 3LGW A; 3ATL A; 3EE7 A; 2QC2 A; 4IS5 A; 4B73 A; 1UK2 A; 1O8L A; 4TWW A; 2PKS C; 2BDG A; 2I6Q A; 2ZQ1 A; 3K2U A; 1Z1I A; 1N6Y A; 3GIS B; 1O8G A; 4O9V A; 4YO9 A; 3RUO A; 1QQ1 A; 3T5F H; 1HLT H; 2G5N A; 2NSP A; 3BV9 B; 4YLU A; 3TVJ B; 1K1N A; 2DE8 A; 4V02 C; 2BDH A; 1JXP A; 4GAW A; 5TJX A; 2BM7 A; 4AN7 A; 4O03 A; 4OS2 A; 1M9U A; 4MLF B; 2VVU A; 2V3O H; 1XG2 A; 3DT0 H; 1QRB A; 5FX6 A; 4FVB A; 1SR5 C; 2G81 E; 1KDQ B; 4EST E; 1N8O C; 2FS9 A; 5A8Z A; 1HIA A; 2ZZU H; 3SQV A; 2STA E; 1PLU A; 3NB2 A; 2W3I A; 3GY8 A; 2AEI H; 2BHG A; 5A0A E; 2FMJ A; 2I6S A; 4AFQ A; 2VBC A; 2AFQ B; 1NO9 H; 1GMD F; 2A32 A; 2KR7 A; 4UD9 H; 5E0J A; 2VBE A; 1FY5 A; 2HRV A; 4NWK A; 1WOF A; 4X6P A; 3PRB A; 3TNT A; 2Y5F A; 4NGA H; 1T8M A; 2UUK B; 1MTN B; 2BD3 A; 1XM1 A; 4VGC C; 5BPE A; 3QUM P; 1P09 A; 3N7D A; 4I8L A; 1ZTJ A; 1FY3 A; 3BG4 B; 4TY6 A; 1V2U T; 2BLO A; 3GY3 A; 2FI3 E; 4AC9 A; 2NTP A; 1BN8 A; 5J4Q A; 4K69 A; 4ZKN U; 4CRD A; 1C1M A; 1P3E A; 3QGN B; 3LMW A; 3L3T A; 1O2I A; 1O2V A; 2BX4 A; 2VIO A; 4XN3 A; 4DG4 A; 2F83 A; 5DP4 A; 4TT3 D; 3RML H; 1XVM A; 1RMG A; 2CMY A; 1F5L A; 2C90 B; 2QV1 A; 3DHK H; 1AO5 A; 2FX4 A; 4MXN A; 7EST E; 1TMT H; 2BLV A; 2OBQ A; 2GGV B; 3M5O A; 2BLW A; 4WH8 A; 2XC5 A; 4Y8X A; 2P8O C; 3QTV H; 2BY7 X; 2FTM A; 4GHQ A; 2HNT F; 1EZU C; 2Z7F E; 4GUX A; 5C1X A; 4OS1 A; 2C93 B; 1HJ8 A; 4F4O C; 3RLY H; 3F1S B; 3OY6 U; 1SOZ A; 1L1N A; 3KQD A; 2W7U A; 4MVN A; 3JZ1 B; 3RDZ A; 3T2N A; 1EB2 A; 2P3F H; 1GJA B; 4YC5 A; 1LCY A; 5EOD A; 3TK9 A; 3GIC B; 4JYV H; 1P01 A; 2BQW B; 5KED A; 4CBN A; 1O2O A; 1UCY E; 1ID5 H; 3SUE A; 1P04 A; 4OS5 A; 1CGJ E; 5L2Y H; 2OC1 A; 2P59 A; 1WMR A; 1ZTL A; 3ENS B; 1MCT A; 2QCY A; 5C94 A; 4OPW A; 3GQ9 A; 2PSX A; 5FL7 D; 5EU8 A; 4AFS A; 1GBD A; 2A4Q A; 4SGB E; 3DSO A; 2P16 A; 1GHW H; 1P57 B; 2JKH A; 3RP2 A; 1O3L A; 3F68 H; 3R3G B; 2SGQ E; 1SGE E; 2FOM B; 4CRF A; 2HPP H; 1KCD A; 3UUZ A; 1TNG A; 2J8I A; 3A88 A; 3SV6 A; 2DUC A; 2NT6 A; 2H9T H; 2XBW A; 1OWI A; 3W95 A; 4AB9 A; 2XC0 A; 3N7O A; 2O8W A; 4U2W A; 2YNB A; 2PUX B; 2J9N A; 2X6X A; 2D2D A; 3FAO A; 3NPS A; 1MQ5 A; 5IDK A; 1DM4 B; 2BLQ A; 4X8V H; 2RDL A; 4Y11 E; 4ZUH A; 1GI6 A; 1TB6 H; 1THS H; 2J34 A; 1CT0 E; 2XC1 A; 1O5C B; 4FUC A; 2RCE A; 2R2W U; 5F8T A; 4K3J A; 1C5V A; 2JH6 D; 2QF3 A; 1RU4 A; 3FP6 E; 1MZD A; 3A8D A; 3MU5 A; 3PLB A; 3SZN A; 3K65 B; 2BYA X; 1EOJ A; 5FPY A; 1LDT T; 2ILN A; 2XT4 A; 3BTG E; 4MTB A; 1TGC A; 5A0C A; 1P06 A; 1GMC G; 2ZFT A; 1FZZ A; 5ABW A; 3T26 A; 3LJY A; 2ZDK A; 1QIX B; 2BMG B; 3S7H B; 1SLW B; 1QB9 A; 2ZGH A; 4XKV A; 2A4G A; 2BQ7 B; 2VGC B; 3ZPP A; 1GG6 C; 1N6X A; 1SBW A; 1TSP A; 5EJL A; 1JBU H; 1OWK A; 2XNI A; 3UPE A; 3U1J B; 1H1B A; 3EDX B; 2BZ6 H; 3PRO A; 1TQ0 B; 3TJV A; 2FEQ H; 1LVO A; 2V35 A; 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2H9E H; 5GJ4 B; 3SGA E; 1ELB A; 4YM9 A; 1UW7 A; 5JB9 S; 1FI8 A; 3UW0 A; 1LMW B; 1OSS A; 1W13 U; 4KKD A; 1P0S H; 3BTQ E; 2L74 A; 3URD A; 1LLW A; 3KQ5 A; 3LJO A; 2J4I A; 3T27 A; 4DIH H; 2BD5 A; 1DIT H; 4PRO A; 1SGT A; 2FZZ A; 1EAT A; 1PPF E; 3VB3 A; 3ZZC A; 1GBA A; 4CH2 B; 2ZCL P; 1E34 B; 2F9O A; 3DFJ A; 4NK6 A; 3UB0 A; 5C1C A; 2YNA A; 4ZXY H; 1SGD E; 3BEU A; 1V2O T; 3M61 U; 6LPR A; 1C4U 2; 1ARC A; 2INU A; 4TSF D; 1GBF A; 2VFP A; 1C5Y B; 2VFQ A; 2GTB A; 2XYA A; 3OEH D; 3NAW A; 1QR3 E; 4U01 A; 2AIP A; 1V2K T; 1MAY A; 3RXU A; 1BBR E; 1CQQ A; 4DT4 A; 1Z6E A; 3O8C A; 2HLC A; 3A7X A; 5AMV A; 1IQI A; 1FXY A; 3JUR A; 3SND A; 3PV2 A; 1A2C H; 2PP6 A; 4H6S B; 1K8F A; 4W8S A; 4KTU A; 2XTW A; 2WPM S; 3LIW A; 1DWE H; 3W1E A; 4ABA A; 1AVW A; 2AER H; 2BY6 X; 1PXZ A; 1OXG A; 2QY1 A; 5C3N A; 4JCN A; 3RXR A; 4MG3 A; 3B23 B; 1Y3V A; 1ELD E; 5K7R A; 2P3U B; 1AE8 H; 1H4W A; 9EST A; 2A5K A; 2G4T A; 1D4P B; 1ESA A; 3ELA H; 1GHA F; 1CGI E; 4KTS A; 2FOC A; 1QJV A; 1B5G H; 1RGQ A; 1O8K A; 5E0G A; 4CHA C; 3GDU A; 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