The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SU0 A; 2XNI A; 3SU6 A; 1TSP A; 4A1T A; 1RTL A; 4A1X A; 1QA2 A; 2OIN A; 5T1V A; 4TYD A; 3L6P A; 3SZE A; 4WH6 A; 3LON A; 2XCF A; 5GPI B; 1DXW A; 1N1L A; 3TH0 A; 5B6L A; 3O8B A; 5FPY A; 1WXR A; 5EPN A; 3SV7 A; 1DXP A; 3KN2 A; 1QQ1 A; 1JXP A; 4I32 A; 4K8B A; 3PV2 A; 2VFP A; 4B76 A; 4OM9 A; 5EQS A; 3E90 B; 1QRC A; 3O8R A; 1BT7 A; 2VFO A; 3RC4 A; 5EQQ A; 2IJO B; 1DY9 A; 2P59 A; 3EYD A; 1DAB A; 3SUF A; 4B6F A; 2A4Q A; 2VFM A; 4NWK A; 3M5N A; 5FPS A; 3RC5 A; 2WV9 A; 3P8N A; 1CLW A; 4B73 A; 3LKW A; 2QV1 A; 5GJ4 B; 3RC6 A; 3SU1 A; 4B74 A; 1TYU A; 5H4I B; 3H09 A; 5EPY A; 4JMY A; 3O8C A; 3SU3 A; 2A4R A; 2OBQ A; 1TYW A; 4M9F A; 2XCN A; 2FM2 A; 2A4G A; 2GVF A; 2IJD 1; 3M5O A; 2VBC A; 2OBO A; 3P8O A; 1TYX A; 5FPT A; 3ML3 A; 2XC1 A; 2OC7 A; 1A1R A; 3SV8 A; 3SUG A; 3OTP A; 1QA3 A; 2OC0 A; 3PV5 A; 4A92 A; 1QRB A; 3SUE A; 2F9V A; 2OC8 A; 2WZQ A; 3U1J B; 3SU5 A; 2K1Q A; 4I31 A; 1RGQ A; 2GGV B; 5ETX A; 4A1V A; 4B71 A; 3M5M A; 4KTC A; 4I33 A; 1NS3 A; 3SU4 A; 2VFN A; 4KH3 A; 1DY8 A; 3SV9 A; 1TYV A; 4U01 A; 3RIQ A; 2FP7 B; 3AK5 A; 3KEE A; 3O8D A; 4B6E A; 3M5L A; 3U1I B; 2FOM B; 2YOL A; 2V5I A; 4WH8 A; 2O8M A; 4B75 A; 3SU2 A; 3KNX A; 5ESB A; 2WHX A; 1CU1 A; 5EQR A; 3SUD A; 3LOX A; 5IDK A; 1QA1 A; 3SYJ A; 3OYP A; 4NWL A; 4R8T B; 2OK5 A; 2VFQ A; 2F9U A; 2F4L A; 4WF8 A; 5GND A; 2OC1 A; 3KF2 A; 1W3C A; 2IOU G; 4RI0 A; 3SV6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y7Z A; 1S6H A; 1O3D A; 2P3T B; 3VXF H; 3K6Y A; 5FHT A; 2J98 A; 1KTS B; 1K1M A; 1EFR D; 2PYH A; 1C2D A; 3OY6 U; 3TVJ B; 2J9N A; 3SZE A; 3DHK H; 1AE8 H; 1MKX H; 4AG2 A; 2O6W A; 1O3N A; 4AYY B; 5G4B A; 2PTN A; 5A0A E; 4TSF D; 5JBC S; 3A7X A; 2QF0 A; 1PQ8 A; 1LO6 A; 2V3M A; 1QJ7 B; 1DIC A; 1EZU C; 1FI8 A; 5JPM H; 2EA3 A; 2M5T A; 2AGI X; 1QCX A; 2KX4 A; 1XG2 A; 1VCQ A; 3E90 B; 1QY6 A; 5EJL A; 2XWA A; 1WDI A; 1LQE A; 1HAY B; 5EOD A; 5FX5 A; 3RXH A; 1KXE A; 2P59 A; 2QAA A; 2BD4 A; 4OS5 A; 2C8Z B; 1EAU A; 1DT2 A; 3A87 A; 2RFK C; 5EJZ A; 5FCR A; 1P06 A; 2H1U A; 2SFA A; 3QZR A; 4BAQ B; 3ODF A; 1PJP A; 1Q2W A; 2VIQ A; 2BHG A; 4H42 U; 4P00 A; 1UO6 A; 4KKD A; 4ABG A; 4B2C A; 3DSG A; 1A0J A; 3TH4 H; 3JUR A; 1ZJK A; 2A4R A; 3ELA H; 4XON A; 3WWF A; 2GP9 B; 1LQD B; 1WCZ A; 3SHC H; 1OHH D; 3GY5 A; 1NFU A; 3URE A; 1RWR A; 3ML3 A; 5DNS A; 1GL1 A; 2VBE A; 3MTY A; 1SGR E; 2OUA A; 2ZCL P; 1O8J A; 1SHY A; 1O33 A; 1P3C A; 3ZV8 A; 5A8Z A; 5IYT A; 4NIW A; 3TJU A; 3LGW A; 3UQO A; 1GVZ A; 6CHA B; 4X6O A; 1E34 B; 2O8L A; 3AAV A; 3I29 A; 2UUK B; 5JBB S; 1AIR A; 3QK1 A; 1KTT B; 3UUZ A; 3STI A; 3SU4 A; 3GDU A; 2VFN A; 1ZTL A; 4MPW A; 1W11 U; 1UTQ A; 4RT0 A; 2Z94 A; 1HAO H; 1GCT B; 3S69 A; 5LPR A; 1W13 U; 1LDT T; 2WPJ S; 1P57 B; 3GQ8 A; 2EY4 C; 1F0S A; 1TQ7 B; 5E0J A; 4OZY A; 2A4O A; 1Z7K A; 2G5N A; 1EZG A; 1NC6 A; 2INV A; 3RXB A; 2VIO A; 4I8G A; 4GUX A; 4ISI H; 3M35 A; 1CGJ E; 1TPS A; 3UIR A; 3ZVA A; 4Z1M D; 1KMH B; 1HBT H; 2IN2 A; 1MMJ N; 3SI4 H; 3P8F A; 1KLI H; 3BIU H; 2XND D; 1BMA A; 4AOQ A; 1DX5 M; 1HAP H; 1IHT H; 2KM0 A; 3LGT A; 3W1E A; 3TNT A; 4B1T A; 2FPZ A; 1DPO A; 1YCP M; 5EGM A; 1O5A B; 1OFD A; 2K8I A; 3UOP A; 3AAU A; 4D7F A; 5KED A; 1WTG H; 3F3B A; 1DST A; 1TBR H; 2HLD D; 3LC5 A; 3ZZ4 A; 1ZRK A; 4Y6D A; 2CV3 A; 3KQ5 A; 2XC5 A; 3GY8 A; 1GJA B; 4YEJ A; 2ANY A; 2XW9 A; 3RXR A; 2P3U B; 4FU9 A; 3UR6 A; 3ENS B; 3UOU A; 4OM9 A; 4D9Q A; 1FAX A; 2WPK S; 1PPC E; 1QQU A; 1ZGI A; 4Y8Z A; 1KQ5 A; 2G51 A; 4XN3 A; 1P12 E; 2V0B A; 1AKS A; 2PKA A; 1IHS H; 2VVV A; 2Y82 A; 5GDS H; 4UFF H; 3A82 A; 1BUI A; 3MOC A; 2QY1 A; 1GBM A; 3PRD A; 3RP2 A; 1W8B H; 2HNT C; 3M7Q A; 2WPI S; 4UEH H; 3QLP H; 1K8F A; 2PTC E; 2XRC A; 1AO5 A; 2R2M B; 1EAW A; 1V2P T; 4JMY A; 3MH7 A; 2Z9G A; 4NG9 H; 1SFI A; 3VB5 A; 1HAV A; 2H5D A; 2AEI H; 3T27 A; 1EAS A; 1GJ6 A; 2TGT A; 2JJ2 D; 3HAT H; 1THS H; 2WUB A; 3WY8 A; 3F1S B; 1GMD G; 1SGE E; 1TFX A; 2FOG A; 3FKS D; 3M5O A; 1UJ1 A; 2VBC A; 3GY2 A; 4ABD A; 2FS8 A; 2PP6 A; 2BDA A; 4CRG A; 3BTG E; 1P2M A; 2AH4 X; 3SZN A; 5JBT A; 3RLY H; 1YWU A; 2XC1 A; 3E0P B; 1NRP H; 3GCO A; 1O88 A; 1BHX F; 1O3K A; 1O34 A; 1ARB A; 1QB6 A; 1LVO A; 2BM7 A; 3N7O A; 1W0Z U; 4JZ1 A; 2JDI D; 2QCY A; 1P03 A; 4I33 A; 5E2O A; 4KH3 A; 4AFU A; 4FET A; 1QFK H; 2L74 A; 1AVW A; 2ANW A; 4XR6 A; 2ZTZ A; 2BM4 A; 1LHG H; 5AFY H; 1MAB B; 2G00 A; 2FOM B; 3SW2 B; 1EOL A; 1O3M A; 2ZTY A; 2YNA A; 3SNB A; 1T8L A; 3LJJ A; 3F2F A; 3PYH A; 5ESB A; 5HM2 A; 2IPH A; 3BTF E; 1GBF A; 4XLA A; 3QO6 A; 4H6T A; 1BML A; 4U2W A; 4CRB A; 4YZU A; 1HAI H; 1CT4 E; 1EJN A; 1O8M A; 1CBW C; 4RKJ B; 1O2T A; 2ZFS A; 1DS2 E; 1W3C A; 3MYW A; 2IOT A; 1HIA B; 3BEF B; 4YZA A; 1FV9 A; 4X6N A; 3M36 A; 4Y8Y A; 3PMH B; 2F9N A; 3DD2 H; 2ZGJ A; 1O31 A; 1C2E A; 1DBO A; 1CHG A; 1KLJ H; 2Z6B D; 4FXG H; 3ZVC A; 1BRU P; 5TCA A; 1T31 A; 1PLU A; 1IA5 A; 3BTH E; 2EC9 H; 5AMV A; 2Q6G A; 3AVZ A; 4K8B A; 2B8O H; 1OOK B; 1ZMJ A; 5FCK A; 2WV5 A; 4XKV A; 1HFD A; 5CHA B; 1QRC A; 1HF2 A; 1SBW A; 3ZZD A; 4DUR A; 2NU1 E; 2F3L A; 5C17 A; 2F43 B; 1GHA F; 1GI1 A; 3PWB A; 3FOA A; 4SGA E; 4B6F A; 2BY8 X; 3M3S A; 1PE9 A; 3NWU A; 4UDW H; 1DIT H; 1INC A; 2TGD A; 5GWZ A; 5C1U A; 4DY7 B; 1JRG A; 5CE1 A; 4XNF A; 1JWT A; 1RTF B; 2WV9 A; 1TPO A; 3RXE A; 5L2Y H; 3VXE H; 1CE5 A; 2OP9 A; 1COW D; 3BN9 A; 3SU3 A; 3MNB A; 2ZPR A; 3RXU A; 4XLF A; 2OBQ A; 1OFL A; 1TYW A; 1NU7 B; 2PFE A; 3F2H A; 2P8O C; 5LH8 A; 2UVE A; 1C5N H; 1AI8 H; 1D9I A; 1MTN C; 2R0K A; 3C27 B; 2VWL A; 3EST A; 1ZPC A; 1O2X A; 4JZF H; 2I6S A; 1TNJ A; 5FPT A; 2C8Y B; 1UVO A; 1BMF D; 2D26 C; 1D3P B; 1QL9 A; 1MQ6 A; 4D76 A; 2VIN A; 7GCH G; 3OTP A; 3ZZ8 A; 1A5H A; 2NTQ A; 2AMP A; 3A8C A; 1YPL H; 2P3F H; 3MWI U; 5T6F A; 2OXS A; 1O3O A; 1YLC A; 1SLW B; 5PTP A; 4I8H A; 1F2S E; 1ANE A; 2KAI B; 1AND A; 1Z8J B; 4XBD A; 2STB E; 5JB9 S; 3D49 H; 3RXL A; 1IDK A; 4AFS A; 1TAL A; 2O8M A; 3EA9 A; 1CBW B; 2P94 A; 2GMT C; 3ZZC A; 2ZGC A; 1BB0 B; 3A8A A; 1AFE H; 3SYJ A; 3NXP A; 1JOU B; 2J94 A; 2OK5 A; 2VFQ A; 2G4T A; 1L1G A; 1WOF A; 4E7R G; 3KYF A; 4MPX A; 4X8T H; 4Y79 A; 1HJ9 A; 1O0D H; 4CRA A; 2NTP A; 4NZQ A; 1O3A A; 4JK5 A; 1AMH A; 4INK A; 2O04 A; 2GX4 A; 4DVA U; 2OIN A; 1LKA A; 2LPR A; 1VKY A; 2XCF A; 3ITI A; 1EST A; 2P95 A; 3CEN A; 3HK3 B; 2VJJ A; 3JX8 A; 2AS9 A; 2VIV A; 3A7V A; 2YUH A; 1GBL A; 3B90 A; 4NSY A; 3F2G A; 1GMH G; 3E16 B; 4OGX A; 1K1I A; 1TA6 A; 2YMS C; 2HNT E; 1LKB A; 1NT1 A; 3RM0 H; 4E05 H; 7EST E; 4GSO A; 2ZU4 A; 2TIO A; 1VZQ H; 3B4N A; 4JZD H; 4YOI A; 4KGA A; 1O8H A; 2V6N A; 2PV9 B; 1W2K H; 4ZHL U; 1AFQ C; 5EQQ A; 2NU0 E; 2IJO B; 4ABA A; 2A7C A; 1GWA A; 3SUF A; 1T8O A; 1PPE E; 3SY2 A; 4YM9 A; 1WQV H; 4Y7A A; 5L6N H; 1P02 A; 2J34 A; 1GJ8 B; 2P8O B; 2FES H; 1S85 A; 4B73 A; 1HLT H; 1O3P B; 2FDA A; 3LKW A; 3RXV A; 2GD4 B; 1A5G H; 3TJV A; 1FPC H; 4NGA H; 1CO7 E; 1UTL M; 3BTM E; 3KYG A; 1CZF A; 3KHV A; 5LGO A; 1HGT H; 3FP6 E; 4ZKO U; 3ZVB A; 4K5Z A; 1UTP A; 5DKM A; 1TPA E; 3U8T H; 1J14 A; 1GMC F; 1UVP A; 3E8L A; 3N7D A; 3BH6 B; 4X2X A; 4K60 A; 1TGT A; 3NCL A; 3Q3Y A; 2F91 A; 4J2Y B; 1OGM X; 2F83 A; 3RXT A; 4MNY A; 1Y3X A; 4ACB A; 3QUM P; 2PKS C; 3SU5 A; 1QA7 A; 4XOT A; 4GAW A; 3K65 B; 4F55 A; 2WV4 A; 5EW1 H; 3I77 A; 4Q7Z A; 1NS3 A; 2OLG A; 4ISN A; 1GQ8 A; 2AIQ A; 1QL7 A; 2GMT B; 1C5S A; 2XWB I; 2P16 A; 4M7G A; 3UR9 A; 2J97 A; 1S83 A; 5EG4 A; 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1BRB E; 3SNA A; 1LVB A; 1C5P A; 3BV9 B; 2G52 A; 3B23 B; 1MTU A; 1EAI A; 2XCN A; 4UD9 H; 4XSK U; 3TNS A; 1FXY A; 2BZA A; 4SGB E; 1V2V T; 1O2M A; 2W6J D; 2O9Q A; 4Q80 A; 4DT7 B; 2Z9I A; 4YZQ A; 4DIH H; 5KEC A; 2PKS B; 4WME A; 2J8K A; 3ZZ9 A; 1AWF H; 1VBL A; 2VVU A; 2R3Y A; 2ZDA H; 1IQL A; 3SUG A; 4OS6 A; 3AW1 A; 1NRS H; 4CRD A; 3UNQ A; 5C94 A; 2QX3 A; 1QJ6 B; 1V2R T; 3VFE A; 3GY4 A; 1WV7 H; 4X2W A; 1WMR A; 2BY7 X; 1UVU H; 2OQU A; 3GQ7 A; 2SGQ E; 1CHO G; 2AMQ A; 2FOC A; 2O8T A; 4YC5 A; 1QCP A; 1NRQ H; 4RN6 A; 3FFG A; 1BIO A; 2BDG A; 1TBZ H; 1VGC C; 4BOH A; 4IC6 A; 2ZCK P; 3WWB A; 1ZR0 A; 4OGY A; 3NKK A; 1PQ7 A; 3VGC B; 1OWD A; 3CS7 A; 1BTY A; 3L3T A; 1BN8 A; 1XM1 A; 2NWN A; 1KIG H; 5AVD A; 1ZHM A; 2BDC A; 2L6O A; 1HG8 A; 4ISL A; 1DWB H; 3RLW H; 4O97 A; 2ZPS A; 1ZGV A; 3SV6 A; 2FYQ A; 1BJU A; 1N8O C; 3QN7 A; 4XDE A; 4X6M A; 3UNS A; 1O30 A; 1FLE E; 1EJA A; 2HGT H; 2OCV B; 3VSU A; 1C1P A; 2ODY B; 1S6F A; 3KGP A; 3KID U; 3RXA A; 1O37 A; 5CDF E; 4Z6A H; 4X6P A; 4GVU A; 4J1Y A; 2XTX A; 4AN7 A; 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