The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SU0 A; 4I32 A; 3KF2 A; 2FP7 B; 3LON A; 2OBO A; 2WV9 A; 3KNX A; 3SV7 A; 4B75 A; 2XCF A; 1W3C A; 2V5I A; 3U1I B; 5B6L A; 4OM9 A; 2F4L A; 3H09 A; 2XCN A; 1CU1 A; 4R8T B; 4WH8 A; 1DXW A; 2WZQ A; 3M5O A; 4I33 A; 5EQQ A; 3O8R A; 2VFM A; 3SUE A; 3AK5 A; 4I31 A; 3KN2 A; 3M5N A; 3P8O A; 3RIQ A; 1QQ1 A; 1TYW A; 5T1V A; 1QA3 A; 3O8D A; 2OIN A; 4NWL A; 4NWK A; 3SU4 A; 1TYV A; 2P59 A; 2OC0 A; 2VFN A; 3RC6 A; 5IDK A; 5GPI B; 2IOU G; 1TYX A; 2A4Q A; 5EPN A; 3E90 B; 3SU1 A; 4B6F A; 3P8N A; 1DAB A; 1A1R A; 3PV2 A; 2A4G A; 3ML3 A; 3SU6 A; 2K1Q A; 3EYD A; 3L6P A; 3RC5 A; 1CLW A; 1QA1 A; 3LOX A; 4KH3 A; 4M9F A; 3SU2 A; 3M5L A; 2GGV B; 3SUG A; 1RTL A; 2QV1 A; 4RI0 A; 3KEE A; 1QRC A; 5EPY A; 3SU3 A; 3SU5 A; 2VFO A; 2OBQ A; 4TYD A; 5ETX A; 5GJ4 B; 3U1J B; 1DY9 A; 4B6E A; 4A1X A; 1QA2 A; 4JMY A; 4WF8 A; 1WXR A; 3O8B A; 3SUF A; 3LKW A; 4B76 A; 3SZE A; 2FOM B; 3SUD A; 2YOL A; 2IJO B; 3TH0 A; 5EQR A; 5ESB A; 3SYJ A; 5FPS A; 4A92 A; 2GVF A; 1QRB A; 1N1L A; 5FPT A; 3SV8 A; 3OTP A; 3OYP A; 1NS3 A; 4KTC A; 3RC4 A; 2OC1 A; 1TSP A; 2F9U A; 5H4I B; 4B74 A; 4WH6 A; 4U01 A; 1DXP A; 2VFP A; 4A1T A; 1TYU A; 2FM2 A; 5EQS A; 2OC8 A; 1JXP A; 1DY8 A; 3O8C A; 3SV6 A; 2VFQ A; 4A1V A; 2IJD 1; 5GND A; 3SV9 A; 2O8M A; 5FPY A; 2OK5 A; 4B73 A; 4K8B A; 1RGQ A; 3PV5 A; 1BT7 A; 2F9V A; 2OC7 A; 2XNI A; 2WHX A; 3M5M A; 2VBC A; 2XC1 A; 2A4R A; 4B71 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J95 A; 4ZHA A; 2AHM E; 2HVY B; 1XUH A; 1UHB B; 2QYI A; 1FMG A; 1P12 E; 4O3U A; 3MWI U; 1JBU H; 3GCH C; 5E8E H; 2EY4 C; 3UTU H; 4X6N A; 2WV4 A; 1TPO A; 3HGN A; 4Z06 A; 5FBE A; 1C1P A; 2F4L A; 3ZVA A; 1BTU A; 1GBJ A; 1OGM X; 4AFQ A; 4IC5 A; 5EW1 H; 2KZ4 A; 1S85 A; 3M5O A; 4DT7 B; 1HIA B; 4NG9 H; 3P4G A; 4TSF D; 4HGC A; 1YWU A; 1C5S A; 2FLR H; 1SQT A; 1D9I A; 1O3G A; 2GJG A; 2OIN A; 4AB8 A; 1C1Q A; 3RXM A; 1OPH B; 5E0J A; 3SGA E; 1TA6 A; 2BY8 X; 2ZGX H; 4OJL A; 1C1T A; 2KAI B; 1DST A; 2YNA A; 1GI0 A; 1VGC B; 1E36 B; 2QGR A; 4E05 H; 5C0U A; 3BH6 B; 2Z3C A; 5EPN A; 1EPT B; 3BH7 B; 3BTT E; 1EJN A; 4KTS A; 1H9I E; 1F5K U; 1RRK A; 2G5V A; 1O30 A; 4YFO A; 2BVS H; 1GG6 C; 2AER H; 5FHT A; 1AHT H; 2XWA A; 1EUF A; 2A2Q H; 2ZPS A; 2FI4 E; 2SGP E; 1AZ8 A; 4XLC A; 3BG4 C; 4NIW A; 2AMP A; 3MU4 A; 2J4I A; 2JH0 D; 2GGV B; 2EI8 A; 2VVC A; 3KEE A; 4I8J A; 1H8D H; 2O0W A; 1MTS A; 4M7G A; 3NUM A; 3NKK A; 1K21 H; 1ETS H; 1LHF H; 1ABI H; 1Y59 T; 2F43 B; 4MQA A; 3A7V A; 3ZZ8 A; 4BAH B; 3KQD A; 4AYY B; 2O8T A; 3NWU A; 3JX8 A; 2ANW A; 4INL A; 5C94 A; 1QZ8 A; 4XKV A; 1L1N A; 2XT2 A; 1SGT A; 2XBY A; 1GBA A; 1UK4 A; 1TWX B; 3SUD A; 1F0T A; 3BG8 A; 1PLU A; 2FIR H; 1W2K H; 2QXZ A; 3P17 H; 1GBI A; 2GX4 A; 2ZGB H; 1VIT H; 4YC5 A; 1G3E A; 4DT4 A; 2HPQ H; 1AIX H; 2J97 A; 4MPV A; 1ZYO A; 1NBM D; 2NTB A; 1S0Q A; 3D62 A; 5EQS A; 3RXL A; 1LDT T; 3ZVB A; 1DY8 A; 4P00 A; 3SV9 A; 1RGQ A; 1CA0 B; 5LGO A; 1W0J D; 1K1P A; 3NZI A; 4BAN B; 1OS8 A; 1ACB E; 5IYT A; 2A2X H; 4BTI B; 1P2Q A; 1O2J A; 2DE8 A; 1OHH D; 2JKH A; 4AFS A; 3SBK A; 1ZHR A; 4LXB H; 4IC6 A; 1O88 A; 4YLU A; 3PMB B; 3A87 A; 3BIU H; 1W3C A; 2CMY A; 1EJA A; 3TH2 H; 1MU8 B; 2QAA A; 6CHA C; 2SGD E; 1WQS A; 4XBB A; 1MTN B; 1MQ6 A; 1ETT H; 3EA9 A; 1HAV A; 2H5C A; 2WPJ S; 3KN2 A; 2ANY A; 5GCH G; 4BTU B; 1HF2 A; 4ABB A; 3E3T A; 1E37 B; 2G55 A; 3MO9 A; 2G8T A; 2SGQ E; 5FXL A; 5HM2 A; 1Y3V A; 1Z6E A; 3RXI A; 4CR5 A; 2W7Z A; 1KSN A; 2PUX B; 3S69 A; 3TK6 A; 5C1E A; 2BY9 X; 2AH4 X; 2TPI Z; 2Y5G A; 1V2L T; 5EST E; 3AW1 A; 3M3T A; 2Q6G A; 5SGA E; 2F3L A; 3STJ A; 1T8L A; 3PLP A; 3T27 A; 1IQL A; 3A83 A; 1YCP M; 2A0Q B; 1LPZ B; 2RG3 A; 5CDF E; 2NSP A; 4YTA A; 3P70 B; 3KYF A; 3V13 A; 1OX1 A; 3BSQ A; 3F9H A; 2J2U A; 2ZWL H; 1W11 U; 2O1D A; 1Z8J B; 3M5L A; 1ESA A; 3FOA A; 1CA8 B; 2NT6 A; 4TYD A; 2XRC A; 1V2T T; 1THS H; 4YT6 H; 2ZGH A; 3Q77 A; 3FAO A; 2AGG X; 4A1X A; 1AGJ A; 5C2Z A; 1BBR H; 2FX6 A; 1IA5 A; 1NFY A; 1WAY B; 4OJ6 A; 4YZX A; 2GCH F; 1B5G H; 4O97 A; 3DU1 X; 2FOM B; 4X1P U; 2BXT H; 2IJO B; 3GOV B; 1FY3 A; 1SGP E; 5CHA C; 3LGV A; 1T8N A; 1WDI A; 1GG6 B; 1GHW H; 2BM5 A; 3T2N A; 1E0F D; 3TJO A; 4THN H; 1DE7 H; 3BG4 B; 1S6H A; 2BDI A; 2VFP A; 1DWB H; 5EJL A; 1O3F A; 2AEI H; 5AVD A; 4CR9 A; 1Q31 A; 1SLX B; 1NRS H; 1ELE E; 1MH0 A; 1BQY A; 1QHR B; 2ZDV H; 2VFQ A; 2Z9J A; 1K9O E; 3C27 B; 4FUJ A; 4CRF A; 2F9V A; 4Y79 A; 2FOG A; 2W3K A; 3VPK A; 1LM1 A; 1W14 U; 4H42 U; 2BB4 A; 1MAX A; 1KY9 A; 2ZP0 H; 3GY6 A; 3FY3 A; 5HYO A; 4LK4 A; 3ZSC A; 3LON A; 1C2H A; 2PP6 A; 1SSX A; 1O2X A; 2HRV A; 1C2L A; 2V35 A; 1UTN A; 4K2Y A; 1LPK B; 1QA0 A; 3URD A; 1GJ7 B; 2EQN A; 4Y8Z A; 5EQQ A; 3O8R A; 1O3H A; 1OOK B; 5DKM A; 4ABJ A; 4FVB A; 1MZA A; 1QB6 A; 1GBL A; 2PGQ B; 4O9V A; 4OJO A; 3UW0 A; 2G5N A; 4YEI A; 2FDA A; 3NXP A; 5HIY A; 1XX9 A; 1DFP A; 1AI8 H; 2ZU1 A; 1T32 A; 1HGT H; 2VIQ A; 4Y71 A; 5FX5 A; 1Q3X A; 3ZZ4 A; 1EE6 A; 3N7D A; 4OGX A; 2FS8 A; 4GSO A; 1HAH H; 4NCY A; 2A4Q A; 2RDE A; 2SGF E; 1TRM A; 2XYA A; 1FV9 A; 4JYU H; 1GBH A; 3QN7 A; 6GCH F; 5JBT A; 4B6F A; 4D9R A; 3MO6 A; 1P0S H; 1H4W A; 1MBQ A; 6CHA B; 5E0G A; 3E16 B; 4R0I A; 2OTV A; 3VXF H; 1GHA F; 4XE4 A; 2KCO A; 5F6M A; 1GI1 A; 3MI4 A; 2PKA A; 4GLY A; 1LLW A; 3SW2 B; 1V2U T; 2QV1 A; 4DIH H; 2BMG B; 1QB9 A; 1GMC F; 1UCY H; 1HDT H; 4SGB E; 4BXS A; 1COW D; 2Z9K A; 2ZFQ H; 3SJ8 A; 3VB5 A; 5GJ4 B; 1GL0 E; 1FZZ A; 4CRG A; 1Z6J H; 2HNT F; 3ATI A; 3GY7 A; 3RXV A; 2ZU4 A; 5FL7 D; 1QA2 A; 1MD8 A; 3NPS A; 4UFD H; 1JRG A; 1NO9 H; 2LNC A; 1TNJ A; 4OJ5 A; 1HB0 B; 3VSV A; 1RJX B; 4AYV B; 1FI8 A; 3I29 A; 3UR6 A; 3TLO A; 2QF5 A; 1O38 A; 2JH6 D; 4IGD A; 2YOL A; 2VB0 A; 2ZQ2 A; 1VIT F; 5ESB A; 4KEL A; 2HLD D; 1QRB A; 5LPE A; 1WUN H; 1N1L A; 1SQO A; 2ZDA H; 3EA8 A; 3PV4 A; 1HAO H; 4XDE A; 1ZSL A; 1TX6 A; 3F9E A; 2Z3D A; 3NAW A; 3GRH A; 1O34 A; 2YNB A; 1GI7 B; 3ATW A; 1EKB B; 8EST E; 2TGP Z; 3RXA A; 4AN7 A; 1BTW A; 4HI3 A; 2J34 A; 1F0U A; 5EOK A; 1GMH G; 1QNJ A; 5FPY A; 4B73 A; 3QO6 A; 1BT7 A; 2BX4 A; 1QTF A; 2OC7 A; 2B8O H; 2BQ7 B; 3TH3 H; 2B0F A; 1HJA B; 1L1G A; 3MTY A; 5I25 A; 1EA0 A; 2VIO A; 1O5E H; 1TBR H; 3KHV A; 1YPG H; 2A32 A; 3KRG A; 1QJ7 B; 4YEJ A; 3SV7 A; 1TE0 A; 3VGC C; 5T6D A; 3FFG A; 4NGA H; 5DNS A; 1IB4 A; 1UTJ A; 1W8B H; 4XN0 A; 4KKD A; 1F5L A; 3RXJ A; 4NIV A; 5DJ7 A; 2WZQ A; 3L33 A; 1SGI B; 1ELG A; 1V2R T; 2NU0 E; 2WPH S; 4NFE A; 1YPL H; 2GP9 B; 3RM0 H; 3B9F H; 5DP8 A; 2BY7 X; 2FI5 E; 3RML H; 1UVP A; 2IQ7 A; 2ZGJ A; 2CGA A; 1XUF A; 4JZD H; 1DT2 A; 2WYJ A; 1EST A; 4KTU A; 1ZPC A; 2XC4 A; 4OS5 A; 3AVZ A; 1GCT C; 4E06 H; 1HAX B; 1E38 B; 1E1R D; 5HGG A; 3VMW A; 3E90 B; 3SU1 A; 1ARC A; 3ZZ3 A; 2AIQ A; 2EA3 A; 1SI5 H; 5EOD A; 1TOC B; 3F9G A; 1NU9 A; 1DS2 E; 1L0Z A; 3MH7 A; 1ZSK A; 3EYD A; 4MNY A; 1QGF A; 2YUH A; 5EG4 A; 1EB2 A; 1BRB E; 3GQ8 A; 2P3F H; 1F2S E; 3BIV H; 1GJD B; 3P6Z B; 2BVR H; 1FLE E; 1SHH B; 3A7Z A; 3SUG A; 1P3C A; 2JJ1 D; 2B7D H; 1TAL A; 5GIB A; 4QT8 C; 1G37 A; 1A5H A; 3PTB A; 1A2C H; 1J9C H; 4CRC A; 3ZVE A; 2PTC E; 5JBB S; 1BHX F; 1TYN A; 1OWK A; 3LGT A; 1LKA A; 1O31 A; 2HLC A; 1GPZ A; 1AFQ C; 4SGA E; 1KTW A; 1MTW A; 2J98 B; 1SFI A; 3M36 A; 3F3B A; 4F55 A; 1CGI E; 1NBM E; 1SG8 B; 3B4N A; 3K6Y A; 3O8B A; 1TLD A; 4WJG 2; 2VJ1 A; 5EXM A; 2ULL A; 1VBL A; 1TIO A; 2ZU2 A; 5LH8 A; 3VSU A; 1O2Y A; 4BAM B; 1C1V H; 1OOC A; 1HJ9 A; 2ZCK P; 3RXO A; 2XOK D; 4FUC A; 4JK6 A; 3SHC H; 3KQB A; 4H4F A; 3DFJ A; 3V3M A; 2GT7 A; 4YEL A; 3H7O A; 2GCT C; 1C1R A; 1C2M A; 2G81 E; 2R2W U; 2BLW A; 1G9I E; 1WYK A; 2CN0 H; 5DK1 A; 5DP6 A; 1AE8 H; 2QA9 E; 2VGC C; 2CF8 H; 1SLV B; 5DP9 A; 4JZI A; 4A1V A; 1SGC A; 3BTQ E; 2Z7F E; 4TY7 A; 2CXV A; 3SGQ E; 1O8K A; 2P95 A; 1BTP A; 4VGC C; 1JIM A; 1HPG A; 1C2K A; 1KDQ B; 2P8O C; 1ZTK A; 2R3U A; 1VKY A; 3RXP A; 1DBG A; 1CT0 E; 2WV9 A; 1BA8 B; 1B7X B; 3DSP A; 4H6T A; 3H09 A; 1V2P T; 2RA0 A; 4JYT A; 1O8D A; 1OYT H; 3NB2 A; 2A45 B; 3M7Q A; 1V2Q T; 4UFG H; 3P8O A; 3RIQ A; 1Z8G A; 2RFK C; 1GJ8 B; 1AO5 A; 2AGE X; 1PJP A; 1E34 B; 2B9L A; 2KCY A; 2VH0 A; 3SNC A; 3UY9 A; 1AZZ A; 2FOH A; 1QQU A; 3SNE A; 3SNA A; 1EPT C; 1JRS A; 3AAS A; 1XUG A; 5JDU B; 4MG3 A; 2NU2 E; 2GV6 A; 3ATK A; 3OEE D; 4B1T A; 2H6M A; 2FXR A; 1DIC A; 3ZVD A; 4NSV A; 4XR6 A; 4XL9 A; 1OWH A; 4FVD A; 3IG6 B; 4Y0Y E; 4YZU A; 2THF B; 3PO1 C; 2FI3 E; 1W0Z U; 1VCQ A; 1ELC A; 4NA8 A; 3SU2 A; 1G3C A; 1TGS Z; 1ANC A; 2TGD A; 5E2O A; 4E7R G; 3RUO A; 3ZZ6 A; 1VJA U; 3A85 A; 2UVE A; 4XRN A; 5JYI A; 1V2V T; 2A1D B; 2QY0 B; 3R0F A; 1GCT B; 1TGB A; 1SGF A; 3QUM P; 2FMJ A; 1IQE A; 1Z7K A; 2RCE A; 1EAI A; 3EE7 A; 2FO9 A; 4AG2 A; 1OP0 A; 4Z05 A; 4OS2 A; 3SZE A; 2J92 A; 2B0R A; 3OTJ E; 4ABE A; 1ID5 H; 1WOF A; 2XBW A; 3AAV A; 1DWC H; 3PMA B; 4FOU C; 1O2G H; 2C4F H; 1ZZZ A; 3OTP A; 1RIW B; 1SLU B; 1O5B B; 1GHZ A; 1ZMJ A; 2OQ5 A; 5H4I B; 3RXF A; 4AB9 A; 4INK A; 3URE A; 1ANB A; 4U01 A; 3IWM A; 3DCL A; 2NWN A; 3A8A A; 1H8E D; 2C93 B; 5C1C A; 1A0H B; 1QB1 A; 4FU7 A; 1TOM H; 1PPZ A; 4ZUH A; 1GHY H; 5AFY H; 1AFQ B; 2BOK A; 2P3T B; 5TCA A; 2FOD A; 3MYW A; 2VIP A; 1TNI A; 1HBT H; 1UW7 A; 1P2O A; 1A46 H; 2FZZ A; 3QZR A; 3PRB A; 3BTF E; 5KGO A; 1SGY E; 1MTN C; 4UD9 H; 4BTT B; 1SOZ A; 4XLE A; 1DXW A; 5FCK A; 1C5T A; 1ESB A; 2GCT B; 3T25 A; 1BMN H; 4XLA A; 3M37 A; 3ZZ5 A; 3AK5 A; 3OE7 D; 4UE7 H; 3GY4 A; 3BTE E; 1EJM A; 3ELA H; 2VGC B; 2BD9 A; 2IN2 A; 3BTD E; 5K7R A; 1O5C B; 1QA3 A; 1TNG A; 3O8D A; 1CT2 E; 5A0B A; 3BTH E; 1TPS A; 3ODD A; 1GBB A; 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