3AO2A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
total genus 51
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao2A00
3SUNA 1NK7A 5KRTA 1Q9YA 3OYMA 1RT7A 2NUBA 3NH1A 2VG6A 1X1PA 3IAYA 2G8UA 1SUQA 4FW2A 3L2UA 4FK4A 2HHTA 3KLGA 4F2SA 4I9QA 1J9AA 1SL2A 3VA0A 2FBVA 3ISNC 3DRSA 3B6OA 5K14A 4CIEA 1HQUA 2D0CA 4FZYA 1N6QA 4Y1DA 4CJQA 3LWLA 3EZ5A 2X6SA 1SKRA 4DSEA 1U49A 4B9MA 3M8SA 2DFEA 2DFFA 4DU3A 1MU2A 4NCAA 1UWBA 5I42A 3OYDA 3SQ0A 1JLEA 4CHOA 4KI4A 1WSFA 3A2FA 3QINA 3QLHA 4CIFA 3C6TA 2ZQBA 1VRTA 3ZSRA 5FRMA 5CY4A 4Z4CA 3MECA 3BDPA 1WSEA 3DOKA 4UQGA 1WSJA 3F9KA 4KTQA 4J2EA 4M3WA 4I7FA 4CEFA 3RMDA 4O55A 4IG0A 1RDBA 4FJGA 4K8ZA 1U04A 3AO5A 4PA1A 4CE9A 2GBZA 2XY7A 3ALYA 4KTZA 2OA8A 3BGRA 1Z25A 3KKSA 4OKJA 3OJUA 5J2QA 4M3UA 1RT1A 4PUOA 2F8TA 3ZSVA 3AVMA 1RBUA 2YNIA 4CIGA 3NH0A 4EZ6A 2G8IA 1CZ9A 2DTUA 3MEGA 1JLQA 4OKKA 2BDPA 3VQPA 1S6QA 4JS5A 1VSKA 4CK3A 2ATQA 3OS2A 4CJEA 2QXFA 3CFOA 1HQEA 4CF2A 1RBVA 3VQEA 3U6FA 3V4IA 4L8RB 3ZSXA 4FJJA 3PX4A 3LDSA 1WLJA 2OPQA 1RTDA 2ITGA 1C6VA 5KI6A 2HHWA 3ITHA 1D9FA 4C8KA 4DFMA 2G8KA 4FJIA 4M45A 1BIZA 1NOZA 1RT5A 2P51A 4CJ3A 3RMBA 3AA4A 2G8VA 3WNHA 2HHUA 1TKTA 1Y97A 2VG7A 1Q8IA 4IDKA 3OYHA 3PV8A 3VQAA 4OGEA 1BI4A 3VQDA 3AVCA 1C0UA 3AO3A 3ZT0A 1SV5A 5FRNA 4IG3A 5C25A 3QIPA 3V9XA 4M3TA 1EXQA 1KVCA 1KVAA 4IFYA 2XRIA 3LAMA 1LW2A 3AVHA 3TAGA 4C8LA 5DMRA 4B8AB 1L3UA 1NJXA 3KD5E 3OYGA 3DLHA 3MXIA 3AO4A 4CK1A 4EP4A 1C0TA 1RTHA 4JRQA 1J53A 4ICLA 4Z4EA 4LSLA 1ZBHA 3HVTA 4O0IA 2IOCA 3ZT2A 3L2VA 3SZ2A 2HHQA 3TAMA 4AHVA 3KKRA 1TGOA 4KRFA 1S1VA 3VQCA 4CJLA 4Z0UA 3P5JA 4CF0A 4FLWA 3OYIA 1NKBA 4FW1A 2KFNA 3CQ8A 3RRGA 1CXQA 1ZBFA 2IGIA 4FLUA 5HBMA 2FBTA 2HHVA 1XHXA 3K2PA 4KO0A 2XHBA 1TKXA 4CHZA 4DTNA 2B6AA 3OYCA 3EY1A 3IRXA 3VN5A 2HNZA 4CEDA 1C1CA 3K5NA 2QKBA 4G1QA 3KK2A 3QO9A 4DF4A 3LP2A 1YTAA 2IC3A 4FJMA 1L3TA 1BISA 1FKPA 1S1WA 4B9TA 1QSYA 2WOMA 4CEQA 1RT2A 4DTRA 3SNNA 1X9WA 3L2WA 3O4QA 4CGGA 3DLBA 1WAFA 3TAFA 3MAQA 4CFCA 3O4NA 3QNNA 2QKKA 4KHWA 4DF8A 4FJKA 4DFPA 1O1WA 1SKSA 3RMCA 1CXUA 4DG1A 1BQMA 1DTTA 1GOAA 3NGYA 4CF1A 3QIOA 4I2QA 3OYJA 4JLHA 5CYMA 1EKEA 3KLEA 2IS3A 4QOZB 2X6NA 3IS9A 5J1EA 1CLQA 1VSJA 4RW4A 4W5NA 1VRUA 3NF7A 1HJRA 4H8KA 3V1QA 3RTVA 4F8RA 1JKHA 3V1OA 4CEOA 3LANA 1U4BA 1RDAA 4DU1A 3DLGA 4PY5A 2Y1IA 4KB0A 4KV8A 2D0AA 3OVNA 2HMIA 2YNHA 1TL1A 3VQQA 4Z4GA 4LD0A 3NFAA 4F3TA 4FK2A 4AHCA 3ZT1A 4CGIA 5KGXA 1A5WA 1B92A 4CGFA 2W42A 3LZJA 4DTXA 4FJHA 3C94A 3HL8A 3MEEA 1HYSA 4OKEA 1G15A 1JLFA 2BGGA 4OLBA 5J2PA 3JSMA 2FBXA 2HHSA 3MXMA 2G8WA 4DWIA 3T19A 4EP5A 1U45A 3NE6A 2DFHA 4CCHA 5JS2A 3NF6A 2FBYA 3AVJA 3AV9A 4FXDA 5HRSA 3TWHA 1B9FA 3AVNA 4E3SA 4W5RA 1UOCA 4CFBA 4LSNA 1EP4A 3SQ2A 3SQ1A 1NKEA 2F8SA 4B9UA 3O3HA 3CG7A 4FYDA 4FM0A 1HNVA 4KI6A 2B5JA 1WSIA 3L3UA 2FC0A 3I8DA 1ASUA 3V9SA 1LV5A 3AVKA 1L5UA 4HCBA 3QETA 2YKMA 2YNFA 1VSFA 4DSFA 4W5TA 1T05A 1ITGA 2E6LA 3F73A 1N5YA 3CFPA 3DLRA 1X9MA 1RBRA 1WNSA 5FROA 3VQ9A 1TL3A 4CHPA 3LWMA 1NOYA 4RW8A 4DS4A 1UA0A 3K5OA 4FJ9A 4GMJB 4OPJA 1C1BA 1VSLA 4RW7A 1LAVA 5KGWA 4KTWA 3B6PA 3TR8A 3TAQA 1KLNA 3OYKA 1RTJA 4DTPA 1RCHA 3OS0A 3HP6A 4CGJA 4CHQA 1TVRA 1QSSA 4F2RA 1ZYQA 4I9LA 3THVA 1WSHA 1T03A 3HPGA 4AILC 4R5PA 1D9DA 3HK2A 3WNEA 3AO2A 1NK9A 3MEDA 1D5AA 3NGIA 2LSNA 1RT3A 1Q9XA 1RT6A 1WAJA 2Z1JA 3AA5X 1UA1A 4M3XA 1IH7A 2KTQA 3WNFA 3AA2A 4NYNA 1NJYA 2YKNA 1ZBUA 2Q3SA 4DSKA 3ASMA 3K58A 4HTUA 1UAXA 4CJPA 3V1RA 4CJWA 1S6PA 4CJTA 4CFDA 5E41A 3PX6A 3SUQA 3AVGA 4B9SA 1TV6A 5C24A 3K59A 1IO2A 2XY6A 3SPZA 2D5RA 1ZBLA 2DY4A 3CM6A 3H08A 2F96A 4M3RA 2R7YA 3CM5A 4DQIA 1IKXA 4NYFA 2Z1IA 2ZD1A 1QHTA 2Z1HA 1RILA 4CGDA 1YTUA 1W0HA 4N56A 3EYZA 4BDYA 4ZTFA 3U3YA 4KHQA 5T7BA 2PYJA 3S3MA 4AHRA 3SYZA 3LP3A 4YNQA 1NJZA 5HLFA 5D3GA 4CJ4A 4FJNA 4CJVA 1KCFA 3C95A 4FJ7A 1EETA 2JGUA 4HHTA 1S9EA 1SL0A 3LP0A 3IG1A 4H4MA 4IBNA 3OS1A 3AVFA 1TK5A 3K57A 2P5GA 2PZSA 3VQ4A 1C0MA 4IKFA 4J2BA 1KRPA 4N47A 1RDCA 4Q5VA 4M41A 3NDKA 1XHZA 2OPRA 4Q0BA 1GOCA 2XY8A 3DLKA 2P1JA 1K6YA 3O3GA 1S9GA 3PUFA 5EU7A 5J2NA 4FJLA 3LALA 1LAWA 4CECA 3OYEA 4IFVA 3G0ZA 2YHAA 1QS4A 1S5JA 3OYAA 4KREA 3M8PA 4LH5A 4DS5A 3PX0A 1A5VA 4WE1A 2RN2A 4O5BA 1I3AA 5SWMA 2ZE2A 3RR7A 3ZSQA 4OLAA 4O44A 2KW4A 4DMNA 3NH2A 4JS4A 1XC9A 2BANA 1NK6A 4ELUA 2I5JA 1TK8A 3T3FA 4O4GA 3C6UA 4E7LA 4CK2A 4DTJA 3LPTA 3K5LA 1TAQA 1L3SA 3VA3A 4ELTA 1Z26A 1BI4B 2HNDA 3SPYA 3KK3A 4F3OA 3AVAA 3O3FA 2A1RA 3ULDA 1J5OA 2RKIA 2VG5A 3HSTB 3VQ6A 4KB1A 4AHUA 3L3VA 5SZTA 4FZZA 4CEEA 2AJQA 4DQRA 3SJJA 4B9NA 5HRPA 4YFUA 4GW6A 4DTUA 1BCMA 4B8CA 4M42A 2IAJA 1S1XA 3NGZA 4DU4A 3ZSWA 1RTIA 4Y1CA 2OZMA 3JYTA 1DTQA 4I2PA 3HVRA 4MQ3A 5CZ1A 5HRRA 4KHUA 2PY5A 1U48A 2EHGA 3LPUA 1NK0A 1KVBA 4BDZA 3HM9A 4AHTA 1I39A 4FLYA 3SUPA 1ZBIA 4C8MA 3QESA 4DQQA 4FLTA 1TKDA 4FJXA 3ZT3A 1NKCA 3HYFA 3ZT4A 4PWDA 3DM2A 5CYQA 1U47A 2P5OA 4K8XA 1VSEA 4Z4HA 3TABA 3UIQA 3QEXA 2YV0X 3U3GA 3L2QA 3AA3A 3PO5A 3E01A 1NK4A 4OPKA 1B9DA 2GV9A 4KFBA 4CESA 3HPHA 1YVUA 3TI0A 3DI6A 3L2RA 1BHLA 1BGXT 4MFBA 4E1NA 3V6DA 3S9HA 1IG9A 1T7PA 1HYVA 4CJRA 1QSLA 4B3OA 3K5MA 4M3YA 1TK0A 4BE2A 1KLMA 4AHSA 4E7KA 3TARA 2G8HA 4DTMA 2HNYA 3DLEA 4KKOA 2VWJA 2BE2A 4FLXA 3RR8A 4QCLA 4LY7A 4N41A 3DRRA 3V81A 5HRNA 3SCXA 1RNHA 3LP1A 4E1MA 4FLZA 4E0DA 2GUIA 4PQUA 4J2AA 2KFZA 1RT4A 2O4GA 1JXBA 3M8RA 1QQCA 3OJSA 4CEBA 4B08A 3RRHA 4BWMA 2O4IA 3HXMA 4DSIA 1VSHA 4GVMA 3G10A 4CJFA 4CEZA 3CYMA 4EZ9A 4E19A 3HT3A 1RBSA 2IDOA 1KTQA 1LWEA 1LWFA 2HB5A 4LH4A 4OGCA 4BACA 3NF8A 2YHBA 1IKYA 1GOBA 4XIUA 2EX3A 4CERA 3PO4A 2X78A 4DTSA 4NCBA 3CFRA 1TKZA 5KRSA 4W5OA 2ETJA 1IKVA 2D0BA 4ZTJA 4KHYA 2HHXA 1TAUA 2HW3A 3M8QA 4RG8A 5J2MA 2HVHA 3ZCMA 1ASVA 1F21A 2E4LA 5HROA 3HPOA 1JL1A 4DQSA 3S3NA 1JL2A 4FJ8A 1IKWA 3DYAA 3NHGA 5HP1A 3NF9A 4KAZA 1BCOA 2OPPA 3T1AA 1CZBA 2KQ2A 3KLIA 2OZSA 5C42A 3VQ7A 3L8BA 4DSJA 3OYNA 3WNGA 4FM1A 4JRPA 1JLAA 5KTQA 3AO1A 4H4OA 4FCYA 2HVIA 3ZSYA 3V9ZA 1LWCA 3I0SA 1S1TA 3DRPA 4N5SA 4DLGA 3TAPA 1QTMA 2KZZA 1L3VA 1C1AA 3DOLA 1WSGA 4ZHRA 3FFIA 3AVLA 2A1SA 3OYBA 4FM2A 3I0RA 2XY5A 1XI1A 4FVMA 4DLEA 4C8OA 4CHNA 1VSIA 1JLBA 5CZ2A 2VWKA 2XO7A 1HYZA 3P1GA 4ID5A 4ID1A 1EX4A 2JLEA 4CJSA 2B4JA 3KLFA 3KTQA 1WN7A 5DK5A 1KFSA 2X74A 4HUFA 4HCCA 2QK9A 1HRHA 1KSPA 4O0JA 3VQ5A 4CJKA 4HUGA 3HJFA 3HO1A 4NCGA 4BWJA 4HVJA 1S1UA 3P83D 4W5QA 3SQ4A 3RWUA 4BE1A 3SV4A 2G8FA 1REVA 2YNGA 3D0PA 4CGHA 3VQBA 3OYFA 4FZXC 1A5XA 1HNIA 4DQPA 4ELVA 5FDLA 3LAKA 4QAGA 3ZSOA 1NK8A 4CEAA 3TANA 1J54A 1VSDA 1RBTA 1LW0A 4FK0A 1JXEA 2Y1JA 1FXXA 2OPSA 3QEIA 3TAEA 4CF9A 1HPZA 3VQ8A 4F4KA 3SUOA 4B9VA 3QEVA 3NBPA 4OJRA 4J2DA 3AVIA 3D45A 3OY9A 4AH9A 3V9UA 3RMAA 4DFKA 2OYQA 4DTOA 3S3OA 3QNOA 3KD1E 4BDPA 1FKOA 4OVLA 3AVBA 2WONA 1JLCA 4RW6A 4FLVA 4E7JA 3NAEA 2RF2A 1QE1A 3SI6A 2RPIA 4CHYA 3PY8A 1JLGA 3OYLA 5I3UA 1VSMA 4E89A 4CJ5A 3QEWA 3NCIA 3KLHA 4KPYA 4CF8A 2E6MA 4DSLA 5JS1A 4HUEA 1DLOA 4Z4FA 4KHSA 4KHNA 1XWLA 4RW9A 1BQNA 4Z4IA 2KZMA 3V9WA 1T8EA 1SKWA 1ASWA 4CJUA 1X9SA 1RDDA 3MXJA 4M3ZA 1R0AA 3ZSZA 3DMJA 4N76A 1D8YA 1SL1A 3KIOA 4FJ5A 3LZIA 2PYLA 1FK9A 3KJVA 4B9LA 1KFDA 1W9HA 4TSXA 4E7IA 1NJWA 1HMVA 4E7HA 3QEPA 1BL3A 1VK0A 4C8NA 1BIUA 4CFAA 1YT3A 3HP9A 3SV3A 1NK5A 3QERA 4BE0A 2Z1GA 4DFJA 3KK1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUNA 3OYMA 2NUBA 3NH1A 5BR9A 1YI2N 5KPZA 2HHTA 1ATNA 4DHYA 2E2OA 4WQ4C 2JWKA 3DJCA 3ATVA 5K14A 4JEPA 3EZ5A 2X6SA 4IJNA 2P9KA 1U49A 4JI3K 2DFEA 3K9KA 3IFRA 1MWMA 1MU2A 1UWBA 5I42A 3SQ0A 1NGAA 5LY3A 3QLHA 4CIFA 3C6TA 1K8KA 3WEEA 1T44A 3MECA 3I33A 1WSJA 3F9KA 3RMDA 4O55A 3T1YK 1Q81O 4CE9A 3H1QA 2XY7A 4CBXA 4LFAK 3T1HK 3E66A 3J81O 4M3UA 1RT1A 3VTIA 1RBUA 4CIGA 4EZ6A 2G8IA 4DR4K 1CZ9A 1JLQA 3SJHA 3THWB 1S6QA 4JS5A 1VSKA 2A42A 4CK3A 1HQEA 3VQEA 3ZSXA 2DPNA 1GLFO 1T6CA 4FJJA 3LDSA 1WLJA 2OPQA 1RTDA 2WFBA 5LL6Z 2UUCK 4JI2K 2GEMA 4LF8K 4YHHK 4DFMA 4M45A 2P9LB 1NOZA 1RT5A 3RMBA 2G8VA 2O8FB 2J4RA 1Y97A 2VG7A 3OYHA 3VQAA 3VQDA 2W6LA 1C0UA 3ZT0A 3UKUA 4KH4A 5C25A 5DMRA 4B8AB 4H0OA 5AR0A 1NJXA 4JRQA 4M7YA 3UE5A 4KRFA 1S1VA 3VQCA 4CJLA 4Z0UA 3P5JA 4CF0A 4BRMA 3ZETB 4DR3K 4FLUA 1QZ5A 4CHZA 2B6AA 3CCSN 1C1CA 4DF4A 3ULEB 4WFAL 1YTAA 4H03B 1BISA 4DTRA 3SNNA 3L2WA 2QXLA 3O4NA 4H0YB 4DF8A 4DFPA 1O1WA 4QS7A 1CXUA 2PAVA 4DG1A 1S22A 5GAGP 3NGYA 3VF6A 1EWQA 5AQSA 4BQLA 5AFUH 3EL2A 5CYMA 4FO0A 1XC3A 5JLFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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