3AO2A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 51
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao2A00
5CYQA 2JGUA 5C24A 3QESA 4DQSA 1QSYA 3P83D 4CJ4A 1TL3A 4PA1A 3SUNA 2KZZA 3L2UA 4Y1DA 4C8MA 4DTOA 1ASWA 2YNIA 1RT2A 2KFZA 4DFMA 4RG8A 3P5JA 2RF2A 3U3GA 4CJ3A 4TSXA 3HP6A 2FBTA 1ZBFA 4NCGA 4W5QA 4DQQA 2DY4A 2QK9A 4CHNA 4BWJA 4FK0A 4DFKA 1S1UA 1VRTA 1J53A 4KB0A 1UAXA 4CJEA 3VA0A 4KB1A 4J2BA 3KJVA 4ELUA 4CJPA 4ELVA 2D5RA 1ZYQA 3LDSA 3TWHA 4O0IA 1RTIA 3T19A 2PY5A 1IKWA 3KLEA 1UA0A 3V1RA 3SZ2A 4DSFA 4PWDA 4CFDA 3OYEA 4LH4A 3O3GA 1NKCA 2G8UA 4K8ZA 4NCBA 1RBSA 4F3TA 4RW4A 4M41A 5KTQA 3KIOA 3QEPA 4FJKA 2XY5A 4LSNA 4AHUA 4AHVA 2OPRA 3OYNA 5I42A 3FFIA 4J2EA 1QSLA 1LWCA 2X78A 3O4QA 2R7YA 4BE1A 4FJJA 3KLFA 1A5XA 4HUGA 4Z4IA 5J2PA 1RDBA 2P51A 3P1GA 4FLTA 2HVIA 1UA1A 3ZT4A 4KHQA 1O1WA 4G1QA 3OYAA 4AHTA 1IO2A 1RBRA 4FZZA 1XWLA 4ID1A 4DU3A 1HQUA 4E19A 1JL1A 2G8KA 4N41A 1BIZA 3ZCMA 2B4JA 3TAPA 4PQUA 2HNZA 4F4KA 1JXEA 3F9KA 3QLHA 4DU1A 2Y1IA 4DMNA 1S6PA 1RBTA 1JXBA 2OPPA 4CJLA 2F8SA 3TAQA 2KZMA 1KTQA 3RR7A 1WAFA 4CEOA 2ITGA 3KK3A 2VG5A 2XRIA 3NF7A 3AO4A 2QKKA 1BQMA 4DLEA 3AO5A 3HVTA 3CM5A 4HTUA 3HXMA 1Q8IA 4RW6A 4JS4A 1R0AA 1JLQA 1VSFA 3TR8A 3ZT3A 5I3UA 4B3OA 1IKYA 4H8KA 4CEAA 4BWMA 1T8EA 3RTVA 3VQ4A 1S1WA 1KRPA 3C6UA 4ZTFA 4IFVA 3DRSA 3CYMA 4FJGA 4GVMA 3LZIA 5J2NA 1BGXT 1U45A 4KHSA 2D0CA 4RW8A 3ZSWA 3ISNC 3NF9A 2X6NA 1VSJA 3ZT0A 1KFDA 4W5RA 3ITHA 4O0JA 3NGIA 4EZ6A 3E01A 5KGXA 3DI6A 4WE1A 4DTUA 5KGWA 2I5JA 2KQ2A 2OPSA 4JLHA 2OA8A 4M3RA 1SUQA 2F8TA 1QQCA 3DLBA 3HO1A 1IH7A 4LY7A 1HNIA 4HVJA 5T7BA 1N5YA 4KPYA 1HNVA 3CFPA 1CXQA 3T3FA 1DTTA 3ASMA 4QAGA 4BE0A 4Q5VA 1J5OA 4OKJA 2G8WA 2BDPA 4KRFA 1KVAA 3SQ2A 2IOCA 5J2MA 3AA5X 1NKEA 5DMRA 2Z1GA 3OYFA 3VQQA 1G15A 3SUOA 1LW0A 4ID5A 1VSKA 3QINA 1D9DA 3LP3A 1VSMA 4FJ5A 4OPJA 3CFOA 3DLRA 2VG6A 3T1AA 4DTNA 1EETA 2OZSA 3O3FA 4CHQA 2Z1JA 3V9UA 4F3OA 4FM0A 1WAJA 2PYLA 1SV5A 3K5MA 4KREA 1FKOA 1CZBA 4IBNA 1HPZA 1JLCA 1BIUA 5CZ1A 5FRMA 4DG1A 1QHTA 1KLMA 1KLNA 1ZBLA 1NK4A 1T7PA 4FK2A 1TK0A 3PUFA 1Z26A 1HYZA 4CGIA 3LZJA 2KTQA 2ZQBA 2HHXA 1FK9A 1B9FA 4B8AB 4AILC 3ALYA 2IDOA 4JS5A 2X6SA 4FLWA 4HUFA 3TARA 3SV4A 1TVRA 1VK0A 4CEBA 3QNNA 2HMIA 1RT3A 4E89A 1WSEA 2JLEA 3KD1E 4W5OA 4FJ8A 1ZBIA 1JKHA 4FLUA 5DK5A 3LP2A 1FKPA 3ZSYA 3V9SA 2DTUA 3VQ6A 1BL3A 1IKVA 1S5JA 3OYJA 3DLKA 3SQ0A 1UOCA 1N6QA 1MU2A 1EP4A 1HMVA 4CJSA 2IC3A 1TK5A 4CFCA 4CGGA 3MEEA 4FLXA 1U4BA 4DS4A 4ELTA 3QEXA 3IRXA 2FBYA 5C25A 3C95A 3KLIA 2Z1IA 3DMJA 3I0SA 1SL2A 3RR8A 1D5AA 2NUBA 1B9DA 1HJRA 2IS3A 5CYMA 2EHGA 4H4OA 4CIEA 4HHTA 2HB5A 1CZ9A 3OYBA 1ASVA 4FJNA 4CEQA 3I8DA 3AVFA 3NH0A 4KTZA 1QS4A 2IGIA 3IS9A 3HPGA 3VA3A 4DTJA 1EX4A 1HYSA 1SL0A 4CK1A 4CJRA 3S9HA 2HHVA 1LW2A 3SYZA 3QEWA 3L2VA 4M3WA 3NF8A 3OY9A 1GOBA 3LPTA 1NK7A 2GV9A 2WOMA 3AVHA 3B6PA 5HRRA 1WSJA 5KRTA 2XO7A 1SKSA 1NK6A 3DLGA 3KLGA 3S3NA 5HRNA 3MECA 2HHWA 3VQAA 3F73A 2YKMA 3LAMA 3AA2A 5KI6A 2ETJA 3ZSOA 3EZ5A 4Z4FA 3TABA 4B9VA 4F8RA 1YT3A 5D3GA 5FROA 4YFUA 3HVRA 4IKFA 2DFFA 3C94A 4BACA 1RT4A 1WNSA 3TAEA 3G0ZA 2VWJA 4NYNA 2BE2A 3QEVA 3HM9A 1U49A 2BGGA 4CCHA 4J2DA 3L2WA 4CHPA 2G8HA 3TAMA 5JS2A 1SL1A 2OPQA 4KKOA 3CFRA 4DSIA 3KK1A 3VQ8A 3SV3A 4EP4A 1RTDA 3M8SA 3V81A 1KSPA 1QTMA 3KKRA 3ZSZA 2HHUA 1RT1A 3L8BA 4CHOA 2GUIA 4W5TA 1L3VA 3V4IA 3V9ZA 3SJJA 4NYFA 1RNHA 2LSNA 4ZTJA 2G8IA 2KW4A 3AO2A 2YNHA 4CESA 3QNOA 1I3AA 1WSGA 3HSTB 4N56A 1NJZA 1WSFA 2HNYA 1RDCA 3OYMA 3NFAA 1JL2A 1HQEA 1I39A 3CM6A 1TAUA 3NDKA 3HK2A 2XY8A 3AV9A 3NH1A 5C42A 1SKWA 3SNNA 1SKRA 4KHUA 2EX3A 4GMJB 3RMDA 1NK9A 5JS1A 4Z4GA 4Z4CA 2QXFA 4F2SA 4Q0BA 1RCHA 1F21A 1NJWA 1C1AA 3WNHA 3OS2A 4B9NA 4DWIA 3RMCA 1A5WA 1JLAA 3DOKA 1LWFA 1VSDA 1TK8A 2ZD1A 5E41A 4B9TA 4EZ9A 5FRNA 3TI0A 4CE9A 1IKXA 4M3ZA 4QCLA 1KCFA 4M42A 4R5PA 1EKEA 1ITGA 4OKEA 1RT6A 3ZSRA 3OYHA 1X9SA 4CJFA 4FJMA 4O55A 4MQ3A 4E1MA 3SI6A 3WNEA 3NBPA 1QE1A 4CJ5A 3OJUA 4FLZA 4E3SA 1BHLA 1RDAA 5FDLA 4M3YA 4BDPA 1HRHA 1EXQA 3LWMA 1WN7A 3SCXA 5EU7A 4IG0A 3VQBA 2A1SA 3ZSXA 3HL8A 3VQCA 5SWMA 2BANA 4MFBA 4FLYA 1NK0A 2O4IA 2Q3SA 3OYKA 1NOYA 3AVIA 4DS5A 2OZMA 3SUQA 4GW6A 3ZSVA 1NK8A 4FJ9A 4OKKA 3QEIA 1TGOA 4FW2A 3SUPA 5CY4A 1LWEA 1VSIA 1TKDA 3RWUA 1JLFA 3PX6A 3QETA 1C0UA 2FC0A 4KHWA 4CK2A 3MAQA 1U48A 1S1TA 1S9EA 3DRPA 2HVHA 2YHBA 4E7IA 3V9XA 4B8CA 2VWKA 4FW1A 4EP5A 4C8LA 4KHNA 1BI4B 2ZE2A 3AO3A 3V1QA 4CJVA 3EYZA 4DF8A 3LWLA 1TKTA 3ZSQA 4KTWA 5HROA 1S9GA 4H4MA 4I9QA 1J9AA 1RTJA 3HPOA 2P5OA 1RBVA 4CECA 3VQ5A 2B6AA 3VQ7A 1NKBA 1GOCA 1C1CA 3AA3A 3ZT1A 1K6YA 1DLOA 4KV8A 3NH2A 2VG7A 3LANA 3K58A 4PY5A 1FXXA 3LALA 4C8NA 4KO0A 2W42A 3QIPA 4DFJA 1X9WA 1D9FA 4KHYA 1TAQA 1RILA 2OYQA 1C0MA 4JRQA 2G8VA 2X74A 3AVCA 5SZTA 4DQRA 3SQ4A 1QSSA 4DQIA 1W9HA 3AA4A 3JYTA 1LV5A 2E6MA 3AVNA 3AO1A 1C0TA 3M8RA 4FVMA 3ULDA 3G10A 4BDYA 4FM1A 1WLJA 4CF0A 4CK3A 4DSEA 4KAZA 4OVLA 2QKBA 2F96A 4OLAA 2ATQA 4CJQA 2PZSA 2HNDA 2D0AA 3HPHA 3K59A 3M8QA 5HRSA 3UIQA 1W0HA 1VSLA 3AVLA 3DLHA 3OS1A 4CF9A 5HP1A 1L3TA 3OYIA 1HYVA 4W5NA 4CF2A 4LSLA 3DYAA 4I9LA 3RMAA 1CLQA 4AHCA 2XY6A 3VQPA 3WNFA 3V9WA 2FBXA 3MEGA 4CJUA 4CEZA 1Q9YA 1BQNA 2E6LA 4C8KA 3QIOA 4OPKA 3DOLA 3OYDA 4BE2A 3RRHA 3NGYA 1CXUA 3SQ1A 1T05A 1YVUA 4M3XA 1TKXA 2RKIA 4CGDA 4CHZA 4J2AA 3NGZA 3K2PA 4FK4A 3M8PA 3L3UA 4CIFA 3O3HA 4E0DA 3K5NA 4QOZB 3VQDA 3OYCA 3NHGA 2HW3A 2HHSA 4OGEA 3WNGA 2YHAA 1VSHA 3K5LA 1JLGA 4CEEA 2HHTA 1KVCA 1LAWA 1BCMA 3LPUA 4I2PA 1NOZA 3D45A 3KD5E 1L3SA 4AHSA 1REVA 3VQEA 3NF6A 3B6OA 4KTQA 4FJXA 4Y1CA 4BDZA 4E7KA 4NCAA 3L2RA 3D0PA 1XHXA 4CJKA 4C8OA 4FJ7A 1VRUA 1Z25A 4AH9A 1ZBUA 5HBMA 4DSLA 1NK5A 2DFEA 3OYLA 3NE6A 3LP0A 1TV6A 4CERA 2GBZA 4FYDA 4DF4A 1NJYA 2XY7A 2YKNA 3RMBA 2YNGA 1IG9A 4KFBA 3AVJA 1XC9A 3VQ9A 1RT5A 4CF8A 3JSMA 1XI1A 2PYJA 4FJIA 4OGCA 3HYFA 5HRPA 2IAJA 1RDDA 3O4NA 3CQ8A 4CGJA 1RT7A 2WONA 3HJFA 4Z4EA 3PX0A 4B9UA 2B5JA 4RW7A 1ASUA 4DSKA 4FXDA 3L2QA 1S1VA 4FZYA 1YTAA 3KKSA 3AVKA 2AJQA 4AHRA 4N76A 3SPZA 1JLBA 3AVAA 3VN5A 3PV8A 4O4GA 3PX4A 3AVMA 1X9MA 1WSIA 1NJXA 4HUEA 4DU4A 5CZ2A 1T03A 4DTMA 3MXJA 4CJWA 4E7JA 1ZBHA 4B08A 4IFYA 5HLFA 4B9MA 1KFSA 4M3UA 4PUOA 2E4LA 3V1OA 4CEDA 1YTUA 3QO9A 4DTRA 4CGFA 1BISA 4KI4A 1C6VA 4CGHA 2DFHA 4LH5A 1KVBA 5K14A 3HT3A 2YNFA 4OJRA 1JLEA 2O4GA 4E1NA 3BGRA 4K8XA 1VSEA 2G8FA 3LAKA 4UQGA 3EY1A 3A2FA 3KTQA 3ZT2A 3MXIA 4DTSA 1L5UA 1J54A 1X1PA 2RPIA 4RW9A 2YV0X 3MXMA 1L3UA 2XHBA 4DSJA 4HCCA 2Z1HA 1TL1A 4M45A 3NAEA 1DTQA 1LAVA 3S3OA 4DTXA 1C1BA 1BCOA 3C6TA 4CF1A 3TAGA 4KI6A 1UWBA 1U47A 4I7FA 3AVBA 3U3YA 1S1XA 1A5VA 1Y97A 4CEFA 3THVA 1Q9XA 4E7HA 4F2RA 1BI4A 3PY8A 3K57A 2A1RA 2P5GA 1B92A 4FZXC 3DRRA 1TKZA 4LD0A 3AVGA 3OJSA 3CG7A 2RN2A 3KK2A 3PO4A 1RBUA 2D0BA 4FCYA 4DTPA 4XIUA 4M3TA 3SPYA 3S3MA 4FJHA 3L3VA 3I0RA 4N5SA 4DQPA 3BDPA 3MEDA 4CJTA 3IG1A 4CHYA 3V6DA 1GOAA 2HHQA 5J1EA 3K5OA 4ICLA 4Z4HA 3OYGA 3NCIA 1S6QA 3OVNA 4CFAA 4B9SA 3DLEA 1D8YA 3QERA 3TAFA 4B9LA 3IAYA 3H08A 3HP9A 3LP1A 2FBVA 4DFPA 1XHZA 4OLBA 4O44A 4E7LA 4YNQA 4N47A 4IG3A 3PO5A 1U04A 4CIGA 5KRSA 4JRPA 2KFNA 4Z0UA 2P1JA 4IDKA 4DLGA 4FM2A 4FJLA 3OS0A 4I2QA 4O5BA 4CFBA 2Y1JA 5J2QA 3TANA 4HCBA 3U6FA 3RRGA 4FLVA 1WSHA 4L8RB 3KLHA 3DM2A 1RTHA 4ZHRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M63C 3QESA 4DQSA 4DR6K 4FWSA 3C7NB 2KZZA 3L2UA 3ENBA 4BQZA 4Y1DA 4IXCA 1VQKN 1RT2A 2QTDA 3TTCA 3C6HA 5GADP 4BWJA 4BRDA 1XQSC 1VRTA 4JI3K 2HBJA 1SZ2A 1UAXA 2Q97A 2CH5A 5EOYA 1Q7YO 4CJPA 4ELVA 2D5RA 3LDPA 1QQMA 3W3DA 4R79A 4DV3K 1QZ6A 3T19A 3H1QA 4ILHA 3KLEA 3UB5A 2ZJRL 2G8UA 4C23A 4F3TA 2F9TA 4M41A 5KTQA 2NRWA 1SS6A 1LWCA 4BE1A 3CCUN 4FJJA 4B1WB 3P1GA 3ZT4A 4A2AA 4AHTA 1IO2A 1RBRA 3KHYA 4FZZA 1XWLA 1YUWA 3VGLA 2ZF5O 3EE9A 4N41A 4F4KA 1JXEA 3F9KA 2AP1A 2OPPA 1RBTA 3J7AP 3RR7A 1WAFA 2QKKA 2VG5A 1BQMA 1IKYA 4B1YB 4BWMA 1WBBA 1KRPA 3C6UA 4ZTFA 5BRDA 3CYMA 3PIOL 4GVMA 3LZIA 3ISNC 2X6NA 3ITHA 1VQ7N 3AAPA 5BREA 4BVOA 1P90A 4EHUA 3VENA 5TKYA 4BRQA 4QAGA 4DV1K 3MCPA 2BDPA 4JKBA 4KRFA 1KVAA 1MA9B 2IOCA 2A40A 5EVZA 3SUOA 1JCEA 1D9DA 4M7YA 2HBMA 4OPJA 3TSQA 4DTNA 2VG6A 3LDNA 3T1AA 3ZYYX 4F3OA 3K9KA 3MN5A 4FPAA 4FM0A 1WAJA 4KREA 1FKOA 1CZBA 1JLCA 1BIUA 3CJ1A 5FRMA 4GKJK 2QWMA 1KLNA 1NK4A 3FZHA 1HYZA 1J6ZA 2HHXA 5GIOA 4AILC 2X6SA 4HUFA 5KQDA 1TVRA 3N4PA 1VK0A 4FVUA 2HMIA 1RT3A 4FWPA 1WSEA 2JLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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