3AO2A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao2A00
1QQCA 4CECA 1KCFA 3C6UA 2HHVA 4KTZA 3LALA 2YV0X 1VSJA 3D0PA 4FK4A 2NUBA 1RT1A 1NJWA 4PUOA 1KVCA 1SUQA 3VQQA 2VWJA 4W5TA 1REVA 3DLEA 4FJ7A 4E1MA 1NJZA 3E01A 4DTMA 3U6FA 1QSYA 1CLQA 3V1OA 4IDKA 4ICLA 4CEEA 1JLBA 5CYMA 2A1SA 1CZBA 1LW2A 4KREA 1BL3A 2VG6A 5I42A 1C0MA 4JS5A 2OZMA 1ZYQA 4KI4A 3FFIA 1WSEA 1TK5A 4K8XA 4LH5A 3HXMA 1C1AA 3L3UA 3PX4A 3OJSA 4DTSA 1XWLA 4CERA 4DQSA 2BANA 1WAFA 4DTXA 3NGYA 2G8IA 3LPUA 3KTQA 4DSFA 4B9TA 1O1WA 4CESA 1BCMA 4JRPA 4FJLA 4KI6A 1UWBA 1ZBIA 4L8RB 4FJ5A 4OLAA 3O3GA 4B9SA 5J2QA 2ITGA 4W5OA 3BGRA 3LANA 1DLOA 3TWHA 3QLHA 5K14A 2XY7A 1QTMA 3NBPA 4CEZA 1Z26A 3AVKA 2WONA 3AA5X 4ZTJA 3I0SA 4H4OA 3HVTA 4KFBA 1ASUA 3VQ4A 3C6TA 1HNIA 3NGZA 3OYLA 3VN5A 4AHSA 4OPJA 2PZSA 1BCOA 2D0AA 3AVLA 4DFJA 1KLMA 1JXEA 4B8AB 3V4IA 4CFBA 3QESA 4KPYA 3SI6A 2QK9A 2OPSA 3IG1A 3ZSYA 3ISNC 3L2VA 1NJYA 3OYBA 3ZSVA 3AV9A 3QNNA 4FZXC 4CEQA 3HP9A 1LWFA 2ATQA 1S6PA 2XY8A 3QNOA 2IS3A 4KAZA 3QERA 4BE2A 2ZD1A 4GW6A 4I2QA 3DLHA 5FRNA 4Z4GA 3H08A 3CFOA 1VRTA 3QINA 5JS2A 4CGIA 2Y1IA 1W0HA 2RN2A 4LD0A 4NYFA 5I3UA 4F4KA 3AA4A 1B92A 4C8MA 1J54A 2XRIA 3LP3A 4CHQA 2KW4A 2KQ2A 4RW4A 3RRGA 3V9ZA 4AHRA 1WNSA 3I0RA 4BWMA 2Z1JA 2D0CA 4M45A 4CF2A 3LP1A 1RTHA 3T19A 4Y1CA 4IKFA 1NK8A 3V6DA 3SYZA 2QKBA 1RBTA 1RTDA 4CFCA 4DFPA 1J5OA 3CG7A 4C8NA 3AVCA 1YVUA 4YNQA 3NH1A 1TKDA 3SV3A 2B4JA 4GVMA 5KRSA 4J2DA 3TAMA 4FJMA 3K58A 4CJTA 2B5JA 3CM5A 2G8VA 1HYZA 4CHZA 2E6MA 4O0IA 4Q5VA 2P51A 4FZYA 2BE2A 3KLEA 1JL1A 1X9WA 1QE1A 1FXXA 3KK3A 2A1RA 2Q3SA 2D0BA 3KK2A 4FLUA 4FLYA 4FYDA 1VK0A 3KKRA 4KB1A 3QIOA 1JLGA 1BQNA 4CJUA 3SUQA 1S1UA 3NFAA 1RDBA 1RT4A 3G0ZA 1N5YA 1TVRA 3K5OA 4OGEA 2E6LA 1X9SA 2OA8A 1FKOA 1IKYA 4RG8A 3AVGA 1S1VA 3QIPA 4AILC 3RWUA 1S5JA 1EKEA 3OYGA 5FRMA 4QOZB 3AVHA 4FLZA 4M3YA 1SL0A 2HHXA 4FJNA 4FXDA 2ZQBA 2IGIA 3P83D 5HRRA 1A5WA 3NH0A 1QSLA 3U3YA 4I9QA 5D3GA 1KRPA 4CGDA 2G8UA 1WSFA 4YFUA 3V9SA 1D8YA 4AHVA 1HYVA 4I9LA 4FLTA 4ELUA 4C8KA 2OPRA 2RF2A 2OZSA 4DSJA 4ID1A 4O5BA 2YNIA 4CFDA 3OS1A 2XHBA 1IKVA 4DSEA 3OJUA 2HMIA 4ELVA 1ASWA 2LSNA 3DRSA 3OYDA 2IC3A 3KK1A 3MXJA 1NK6A 2PYJA 2HHUA 5HRNA 1L3SA 4EZ6A 2GBZA 1RNHA 3AA3A 1NJXA 4OJRA 4HCBA 4RW7A 4O0JA 1RTIA 4LSLA 4FLVA 1C0TA 4H4MA 3M8SA 1RT7A 4JS4A 3PX6A 1YTUA 4W5NA 3DM2A 4PWDA 4DWIA 3L2QA 3MEDA 2KTQA 2I5JA 4M3TA 1TKXA 5HRPA 5T7BA 2DY4A 2FBVA 1U47A 4KHUA 3K59A 4BDZA 1UA0A 2P5OA 5HROA 2OYQA 3KLGA 4FJXA 1ZBUA 3CM6A 1NK9A 1QHTA 1LWEA 3SQ2A 3DLGA 3TAQA 4DU4A 4B9VA 4E7HA 4OGCA 3I8DA 3AVBA 1CXUA 3KLIA 4KV8A 5FDLA 4O55A 1LW0A 4DU3A 3PX0A 2BDPA 1FKPA 2OPQA 4DTUA 3F9KA 3ZT4A 3CQ8A 1U48A 1VSIA 3KKSA 4LY7A 4KO0A 3OYJA 3OYNA 1YT3A 3VQ8A 3HO1A 4M42A 3VQCA 4HUEA 1HPZA 1CZ9A 2Z1HA 4AH9A 3U3GA 3OS2A 2G8HA 4JLHA 1WAJA 4OKKA 2YNGA 4O4GA 4B9NA 3HK2A 3MEGA 1J53A 2X6NA 2DFHA 1CXQA 3DOKA 4CCHA 3CFRA 2Z1GA 4HUFA 4CGGA 1WSHA 1NOYA 2VWKA 1D9FA 4E89A 4FJJA 1I3AA 1IO2A 3SCXA 1ZBFA 4BWJA 3ASMA 1MU2A 3LZIA 1EX4A 3OYAA 3AA2A 4FJKA 1TGOA 3LZJA 3PO5A 3V81A 1GOCA 1NKCA 1WSGA 1U4BA 4HUGA 4CEFA 1S1WA 2JGUA 3VQ9A 1DTQA 1GOBA 3OY9A 1LV5A 3NF7A 2YHAA 2RPIA 3TAGA 3LPTA 4HHTA 1VSEA 2Z1IA 3O3HA 1DTTA 1BI4A 1RTJA 3QO9A 4CHPA 4XIUA 2XO7A 4F2RA 5CY4A 1HRHA 4CJ3A 4CGFA 3SUNA 3TARA 1KFSA 1KFDA 4DTNA 3PV8A 4QAGA 4CEDA 2F8TA 2G8FA 1IG9A 1Z25A 1Q8IA 1W9HA 1XI1A 4G1QA 4FZZA 4DSIA 1LAWA 5C25A 4ZHRA 1VSMA 3MAQA 4BE1A 1HYSA 1RT2A 1WLJA 3A2FA 3ZT1A 3G10A 4DF8A 2X74A 3MEEA 2P1JA 3S3MA 1T03A 3NGIA 4KHQA 1RT6A 1NKBA 4KHSA 2XY5A 1U45A 4KHWA 3S9HA 5J2PA 4CIFA 3ZSRA 1TK8A 4CK3A 1KTQA 4WE1A 2IDOA 3NHGA 4JRQA 2F96A 3ZSXA 4PY5A 1BGXT 1RDCA 1VSDA 1JKHA 3PUFA 3SQ4A 2HNZA 2QKKA 3CFPA 2YNFA 4DLGA 2G8WA 1T05A 3K5MA 3NE6A 4KHYA 4E7IA 3IS9A 4IFVA 1EXQA 2KFNA 1KSPA 4M3RA 1SKRA 3AO1A 5C42A 1QSSA 3ITHA 5KGWA 1UA1A 3NDKA 2KZMA 3V9XA 1K6YA 4CJ5A 3OYHA 5HLFA 4HCCA 3VQAA 1ZBHA 2FBTA 4RW9A 1G15A 4CJ4A 3THVA 1NK7A 1TK0A 2HHQA 4KHNA 1WN7A 4Z4CA 4OVLA 3OYCA 4J2BA 3ZCMA 1JLCA 3QEWA 1JLAA 4FW2A 3ZT3A 5EU7A 2HHTA 3OYFA 1TAUA 2HW3A 1ITGA 2DFFA 4CGJA 2HVIA 3P5JA 3AVMA 4FLXA 3RMCA 3LP0A 1TAQA 1LWCA 4DU1A 5HP1A 4FJHA 4NCAA 1L5UA 4E7KA 4E3SA 1C0UA 3VQ6A 4CF8A 3OYKA 4PQUA 2HHSA 3AVJA 3KLHA 3LWLA 1BI4B 4H8KA 4B8CA 1S1XA 3K2PA 4DLEA 3K5NA 3SQ0A 3DYAA 3VQ5A 1L3TA 2FBXA 5FROA 1JLFA 3HM9A 4MFBA 1D5AA 1R0AA 3AVIA 4RW6A 5HBMA 1KVAA 3TI0A 3C95A 1B9FA 4CEAA 1SV5A 3DLKA 1BIUA 2X78A 3VA0A 4DTPA 1BIZA 4CE9A 2IOCA 5KTQA 4IFYA 3DLBA 4F2SA 1XHXA 3SNNA 1TKTA 4DSLA 4KKOA 3L8BA 3VQPA 4FW1A 4B08A 2F8SA 1IKXA 4CF9A 2PY5A 1C1CA 1NOZA 4J2EA 4CJSA 4FJGA 3TAPA 2JLEA 4B9LA 2HHWA 3LAMA 3KD1E 1Q9XA 1TKZA 4E0DA 4KTWA 3M8QA 2ETJA 3TABA 1EP4A 3AO3A 4N41A 4Z0UA 3V1RA 3RR8A 2YNHA 1TL1A 3MXIA 4CJVA 2YHBA 3NH2A 4QCLA 2O4IA 4CJLA 1FK9A 4KTQA 4O44A 3QEIA 3CYMA 2QXFA 1EETA 3RR7A 1RT3A 3WNEA 1QS4A 4FJIA 1VSHA 3JYTA 2X6SA 4CIEA 3SJJA 5E41A 5KGXA 1D9DA 3HVRA 4OLBA 3NCIA 3QEVA 4BACA 1SL1A 3L2UA 4EP4A 4IBNA 4BDPA 1TV6A 2GV9A 3O4QA 1JXBA 2IAJA 3T1AA 4UQGA 5J1EA 3SZ2A 4CJPA 2Y1JA 3RMAA 1JLQA 4Z4IA 2DTUA 4CJEA 3OYEA 1NK4A 4NYNA 4E19A 3IRXA 3M8PA 4OKJA 2W42A 4M3UA 3LWMA 3HYFA 1JL2A 1VRUA 3KIOA 3ZSWA 1NKEA 4NCBA 1SKSA 1JLEA 1L3UA 1KLNA 1U04A 3AO5A 4CF0A 3EZ5A 3KD5E 3RTVA 1C1BA 3LP2A 3P1GA 4DFMA 1S1TA 1RILA 3SPZA 3OVNA 1UAXA 3UIQA 4M41A 1Y97A 2B6AA 3M8RA 4ELTA 1VSLA 4F3OA 4J2AA 1RDAA 4FK2A 1I39A 4ZTFA 1BHLA 4I7FA 4DTJA 5J2MA 5KI6A 3ZSQA 4HVJA 4CFAA 3HP6A 4IG0A 3S3OA 4ID5A 2HB5A 2VG5A 3DRPA 4Z4FA 1J9AA 2GUIA 4MQ3A 4CIGA 3QEPA 3LAKA 4Z4EA 5SWMA 4Y1DA 3HT3A 5HRSA 3RMBA 1U49A 5JS1A 1NK5A 3WNHA 1IH7A 1X1PA 1RDDA 3EYZA 2R7YA 3DOLA 3ALYA 3AO2A 4CEBA 4DQIA 3DLRA 2EHGA 2RKIA 3F73A 5KRTA 4M3ZA 4KRFA 2D5RA 3TAEA 3HPOA 3RRHA 1XC9A 3PY8A 4M3XA 4RW8A 4I2PA 4AHTA 1IKWA 3K5LA 4N76A 3O4NA 3AVNA 4AHUA 4F3TA 5SZTA 4OKEA 3NF9A 3V9UA 3TAFA 4Z4HA 3JSMA 2WOMA 4DFKA 3MECA 4DMNA 3HPGA 3VQ7A 4EZ9A 4FJ9A 2HNDA 3HPHA 1NK0A 3DI6A 3IAYA 4CK2A 3SUOA 2YKMA 3L2RA 1GOAA 3KJVA 4CK1A 5C24A 4CJKA 2ZE2A 4F8RA 4DG1A 1S9EA 1RBSA 3O3FA 3SPYA 4GMJB 2E4LA 2YKNA 4N5SA 2HVHA 4HTUA 4FK0A 4TSXA 3S3NA 4CHNA 3K57A 3RMDA 4W5QA 1LAVA 3OYMA 1HMVA 4W5RA 2XY6A 4FJ8A 2EX3A 4B3OA 3HSTB 1RBUA 4PA1A 3NF6A 1RBRA 4LSNA 2FBYA 3QEXA 3DMJA 1VSFA 3NAEA 3VQEA 3ULDA 4DQRA 1WSIA 2O4GA 4DS5A 1F21A 3TR8A 4OPKA 4LH4A 3MXMA 1B9DA 1RBVA 4C8LA 4E7JA 3C94A 1WSJA 3B6PA 2DFEA 3OS0A 4DQPA 1SKWA 1S9GA 4FLWA 3B6OA 3TANA 1A5XA 2OPPA 3ZT0A 4CF1A 4FM0A 4FVMA 4CGHA 4E7LA 5J2NA 3V1QA 3SQ1A 3ZSZA 2HNYA 4CJWA 1N6QA 3LDSA 1VSKA 2FC0A 4IG3A 3VQDA 4DQQA 4N47A 3AVAA 4B9MA 4M3WA 1BQMA 3V9WA 3OYIA 3HL8A 4BDYA 3KLFA 3T3FA 1X9MA 2VG7A 4FM1A 1KVBA 1A5VA 1SL2A 1BISA 3D45A 1L3VA 4CJFA 4AHCA 4K8ZA 4DSKA 4CEOA 3AVFA 2G8KA 5CZ2A 4EP5A 4DTOA 2KFZA 4FM2A 3DRRA 4NCGA 2P5GA 1XHZA 4N56A 1RT5A 3L3VA 2AJQA 1Q9YA 5CYQA 3WNGA 4B9UA 2PYLA 2BGGA 4BE0A 1HJRA 4C8OA 4R5PA 1HQEA 1T7PA 3VA3A 5DMRA 1HNVA 4DS4A 1HQUA 1YTAA 4DTRA 3ZSOA 3SUPA 3PO4A 3VQBA 3ZT2A 4Q0BA 3BDPA 1C6VA 1ASVA 4FCYA 4CHYA 3EY1A 3SV4A 4DF4A 4CJRA 1TL3A 5DK5A 3L2WA 1ZBLA 4CJQA 2KZZA 4KB0A 1UOCA 3AO4A 4CHOA 3QETA 4E1NA 3WNFA 1T8EA 3HJFA 1RCHA 3NF8A 5CZ1A 1S6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CECA 3UB5A 3C6UA 3H1QA 3R9PA 3WQUA 1KVCA 2VWJA 4WQ4C 3EKUA 1NJZA 3E01A 1K8AO 5KQDA 3V1OA 3J81O 5CYMA 2QM1A 2Q31A 1SS6A 4JS5A 3AGRA 2OZMA 1S72N 5IT9O 4KI4A 3TSQA 3HXMA 4MLEA 4OPAA 4DTSA 3MMVA 1HJOA 5FPNA 3NGYA 3LPUA 1HNXK 1O1WA 5AQUA 4CESA 4FJLA 4KI6A 4L8RB 4FJ5A 3O3GA 2YHYA 5BRFA 3BGRA 2UU9K 3CCEN 5K14A 4OX9K 3THWA 2ZWHA 1QTMA 4Z94A 4ZTJA 4LFCK 3D2FA 3HVTA 3OYLA 2PZSA 1NGJA 3V4IA 3T1YK 3GOIA 3CCMN 4DV6K 4CFBA 3C6AA 4DR5K 4JI1K 3SI6A 4ILHA 2KLAA 3ZSYA 4PKIA 3G25A 3G71N 3AV9A 3LM2A 3HP9A 1S6PA 5AQLA 3DLHA 4O8KA 2RN2A 4F4KA 2WUSA 4JI0K 1LCUA 3LP3A 4CHQA 2KQ2A 4RW4A 3HTVA 4AHRA 1NGBA 1RTHA 4IKFA 4CFCA 3NH1A 4J2DA 1GLLO 3M6GA 3TAMA 2QXLA 5C2DA 4CHZA 3CIPA 4CD3A 2P51A 3OTOK 2D0BA 4FYDA 3THWB 3QIOA 2UUAK 3SUQA 1S1UA 1RT4A 3D2FB 3G0ZA 4HWIA 1N5YA 5E84A 2E6LA 1FKOA 3O80A 1S3XA 1S5JA 1XQSC 3FR0A 3AVHA 4FLZA 3MK6A 1SAZA 5EVZA 4FLTA 4DR1K 4C8KA 1I94K 2RF2A 3CJ1A 1RDUA 1U2VB 4ID1A 1IKVA 2HSTA 4GNIA 3OYDA 3KK1A 5BPLA 3DJCA 3KWIA 1L3SA 4OJRA 2IVOA 2A5XA 1C0TA 4JS4A 4UY8O 2IIRA 5FPEA 1ATRA 4PWDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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