3AO3A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao3A00
2B6AA 1BIUA 1S1WA 3HK2A 4I2QA 3OS1A 1J9AA 4FJHA 3V9UA 3RR7A 1YVUA 2P5GA 4DQQA 1S9GA 2GV9A 2VWJA 3QNOA 2F8SA 1TL1A 5J2QA 1KSPA 4E89A 4XIUA 1VSHA 3OYHA 4AHSA 4CJRA 4HHTA 2OYQA 4WE1A 2HHTA 1LWFA 4FJGA 3P1GA 2KFZA 3O3GA 4CESA 1VSMA 3AO4A 3VA0A 3QEXA 3PX0A 4J2EA 2W42A 1RDAA 2P51A 4B08A 4FYDA 4DU3A 1B9DA 3L2UA 3HPOA 1Y97A 4CEFA 2Y1IA 3OY9A 3TANA 4CGDA 2ITGA 4H4OA 2YHAA 3AA2A 2R7YA 4KHSA 1WN7A 4M3YA 3L2VA 4DMNA 4HUFA 3B6OA 4CJ5A 4CHNA 4CFDA 3JSMA 4FLTA 3AO5A 1SL2A 2XRIA 3ULDA 4E1NA 1JLQA 3CFPA 1W0HA 2PY5A 3OYJA 1NK6A 1BISA 1BCOA 1VSLA 3RMAA 5HLFA 3NFAA 3OS0A 3T3FA 4O44A 5HBMA 1JL2A 4RW7A 1T7PA 2HNZA 3M8PA 3SUNA 4B9TA 4PY5A 4NCAA 2G8KA 4CF2A 4E7KA 3OYDA 3LPUA 3VQ5A 3AA5X 1BI4A 3SI6A 4E7HA 1HYVA 2DFEA 1CXUA 2PZSA 4O4GA 1VSJA 3DLRA 3AVIA 3O4QA 1C1BA 1L3UA 2B5JA 3AO1A 2Z1JA 2G8FA 4OLBA 4HCBA 3A2FA 2Z1IA 4GVMA 3IG1A 4LH4A 1WNSA 1IKYA 1HJRA 1B92A 1WSHA 3SV3A 1HNVA 4DS4A 5C24A 3ZT3A 1ZYQA 4RW8A 4CEAA 4J2DA 4CIGA 3MEDA 5CYQA 2JGUA 5DMRA 4I2PA 4CJUA 3TI0A 1SKRA 4UQGA 3DYAA 2E6MA 3QESA 3IAYA 4R5PA 1RT3A 4AHUA 3SQ0A 3TARA 1FXXA 4LSNA 1VK0A 3G0ZA 4CJQA 3OYBA 4CGJA 1HMVA 1WSGA 1QS4A 4FK2A 4PWDA 4O55A 4FJ5A 3QLHA 1O1WA 1J53A 3IS9A 4FVMA 3HP6A 3KLEA 3RTVA 5J2MA 4B9MA 4FXDA 1BL3A 4O0IA 1D8YA 1WSFA 1UA0A 1ZBUA 3TABA 1S1VA 3TAPA 4FW1A 3L3VA 1TL3A 1X9WA 4NYFA 5KRSA 4CJWA 3OYGA 3KTQA 1NK5A 1EX4A 1ITGA 1JLBA 1RBRA 3V1QA 1N6QA 1RT5A 1QE1A 4CIFA 1KLNA 1TAUA 5T7BA 4E0DA 4FJMA 4MQ3A 1C0MA 1JXEA 4TSXA 3CM5A 4CK3A 1NK4A 1XC9A 1FK9A 1HPZA 4Y1DA 4IFYA 3CQ8A 1N5YA 2RN2A 2ATQA 3OYNA 4F8RA 3NBPA 1U49A 4Z4CA 4Q0BA 3O3FA 3D45A 4AHCA 4BE1A 1JLEA 4KI4A 2JLEA 1ZBIA 4FW2A 4CJVA 1QSSA 3SUOA 1L5UA 3ZSXA 2HHSA 3ZSWA 3F73A 1A5XA 1BQNA 1J54A 4CECA 4E3SA 3PX6A 3RMBA 1C1CA 3OYKA 1NK7A 1KRPA 4OKJA 2RF2A 4CGFA 4C8KA 4NCBA 1BCMA 1UWBA 3AVKA 3IRXA 4DFKA 1U04A 4BDZA 1NOYA 3MXJA 4DLGA 4Y1CA 4JRQA 1A5WA 3C94A 4BE0A 2E6LA 1EETA 4Z4FA 3PX4A 4FM2A 4OLAA 3D0PA 1QSYA 2IAJA 2I5JA 4DSJA 3VQ7A 1BQMA 3OYCA 1C0UA 3NGIA 1BIZA 3NE6A 4KHQA 4CHOA 1IG9A 1NK9A 3M8RA 3VQQA 1IKWA 5KTQA 3K57A 1S6PA 3ZCMA 5DK5A 1Z25A 3L2QA 4YFUA 1BGXT 3LP0A 4OKEA 3G10A 2RKIA 1LV5A 3NF9A 4CJTA 1U45A 3VA3A 1VSDA 3LP1A 4AILC 4CEZA 4KRFA 1WLJA 4AH9A 1C0TA 3LP2A 1RNHA 5KI6A 2G8UA 4CJKA 4F4KA 4QCLA 1CLQA 3NDKA 4F3TA 4DTJA 4FK0A 3C95A 3CFOA 3V1OA 4N5SA 3QEWA 4JS5A 1U4BA 1QSLA 3RR8A 4FLWA 3NAEA 1IH7A 4CHPA 4C8NA 4FZXC 1TAQA 4H4MA 3V9WA 3ZSYA 3MEEA 3EZ5A 4O5BA 2ETJA 4KFBA 1X1PA 4OJRA 2P1JA 1Q9YA 2F96A 4KTWA 1WSIA 2KW4A 2IGIA 1Q8IA 4DG1A 4E7JA 1SKSA 4KI6A 4CF8A 1JXBA 2BE2A 4W5QA 4CEOA 4OGCA 4ELVA 3RWUA 1KCFA 4ELUA 1LWCA 2YHBA 3DOKA 4N41A 1JLFA 4FJNA 2HNDA 1HYSA 3HSTB 3C6TA 3OJSA 1FKPA 1UOCA 1VSFA 3DLKA 3QEPA 1HQEA 4CIEA 4W5OA 3QNNA 3I0RA 1ZBHA 1WSEA 2YNGA 3LWLA 3SUQA 3KK1A 1XHZA 3SYZA 4CJFA 2DFFA 2KTQA 1A5VA 4H8KA 3OYEA 1RT2A 4DQRA 4CCHA 3ZT4A 3S3OA 2NUBA 4Z0UA 4OPJA 2AJQA 3ZT1A 4DTSA 2QXFA 4PA1A 1JLAA 3VQ8A 4CEEA 5HRSA 3SPZA 4ZTFA 3KKRA 1U48A 2P5OA 1VRUA 1XI1A 2OPQA 3AV9A 4RW6A 1KFSA 1TGOA 5HROA 3KLGA 2EHGA 5CZ1A 4FJ8A 1BHLA 1LAVA 4Z4IA 1X9MA 1S6QA 1REVA 4IG3A 4HVJA 2G8HA 3V6DA 1RT6A 1TVRA 1EXQA 4OGEA 4CHQA 4DTOA 1U47A 2X78A 2GBZA 4DTUA 1NKBA 1SKWA 1D9FA 4M3TA 1RTDA 4CF0A 1TK0A 2D0BA 3KKSA 3TR8A 4ELTA 3NH2A 4M3UA 3AVHA 4DTPA 1X9SA 1HQUA 4PUOA 3MXMA 3DI6A 3SPYA 5CY4A 4B8AB 5CYMA 3VQCA 4FJKA 2QKBA 3OJUA 4CGGA 3AVJA 1B9FA 1ASVA 1D9DA 2BANA 4LH5A 3ZT0A 4KB0A 4Z4EA 1RBVA 4IBNA 1RTIA 1L3VA 4FJLA 1ASWA 4OPKA 4Z4HA 1QHTA 3MECA 1TV6A 1RDCA 4RW9A 1RBTA 3JYTA 3UIQA 3PUFA 2A1RA 4ZHRA 1J5OA 2QKKA 3LAMA 4LY7A 1NOZA 1WAFA 4KPYA 5J2PA 3PV8A 3S9HA 3LZIA 2WOMA 1TK8A 2OPPA 1S1TA 3WNEA 3SV4A 4DS5A 5E41A 3NF8A 1T03A 4N76A 3K5MA 1RT7A 2B4JA 2E4LA 2VG6A 2Z1HA 4FM0A 1JLCA 1ASUA 1D5AA 4N56A 4DFPA 3OVNA 2ZD1A 1DTTA 4CFAA 3RRGA 4NCGA 4FJJA 1KTQA 2PYLA 4Z4GA 3DLHA 4FCYA 5HRPA 3RRHA 3V81A 3HJFA 4DU1A 3RMCA 3ITHA 3NGYA 3TWHA 1KLMA 3ZSQA 3CYMA 2EX3A 3V9XA 4FZYA 1T8EA 3CG7A 4M3WA 2YKMA 3P83D 3HT3A 2PYJA 4C8OA 2YKNA 2HVHA 3K5NA 3L3UA 4FJIA 1RCHA 3VQAA 4CHZA 4FJ7A 3CM6A 3T19A 4F2SA 3HL8A 4AHRA 3V9SA 4F3OA 3AVGA 1TKDA 4FK4A 3SCXA 3K5LA 4DLEA 3ZT2A 1C1AA 1SUQA 3KJVA 4IKFA 3KIOA 4KTZA 4N47A 4CERA 1RT4A 4CFCA 1W9HA 2KFNA 3OYAA 2XO7A 5D3GA 3LWMA 2G8VA 4DF4A 3ZSRA 3AA3A 5EU7A 5FDLA 5HRRA 4C8LA 2IDOA 3QEVA 2HHUA 3QIPA 1IKXA 3LDSA 2OPSA 4CJPA 1KVCA 4EP4A 4HUEA 3DM2A 4B9UA 4ZTJA 1S1UA 3HPGA 3O3HA 3K58A 2QK9A 4BWJA 1NKEA 3HO1A 1RTJA 4CJEA 3BDPA 2O4IA 3HP9A 3DLEA 1GOCA 1VSIA 3VQDA 1RBUA 4CEDA 4GW6A 2Y1JA 4BWMA 3M8SA 2F8TA 1I3AA 4ICLA 2D5RA 5SZTA 1QQCA 4CJ3A 4JS4A 1LAWA 3HVTA 3K59A 4DF8A 5FRNA 3H08A 3C6UA 2XY8A 3LALA 5K14A 1BI4B 4CGIA 3NH0A 4C8MA 2FBXA 3CFRA 2DTUA 4B9LA 1MU2A 3LAKA 3LP3A 4KREA 1SL0A 2X74A 4CK1A 3V4IA 3RMDA 4ID1A 1ZBLA 1SL1A 3NH1A 2FBTA 4EZ9A 3NGZA 3DRRA 3FFIA 5FRMA 3U3YA 3NCIA 2Z1GA 4RW4A 3ASMA 3KD5E 3ALYA 1TKXA 4GMJB 4ID5A 4KV8A 3ZSZA 3EY1A 3AVCA 4LD0A 4CE9A 2VG7A 1RTHA 3TAFA 3SNNA 3HPHA 1NJYA 3AVAA 3L8BA 3K5OA 3S3NA 1XWLA 4FJXA 3KK3A 3AVFA 1C6VA 4J2AA 4HCCA 2ZE2A 3AVLA 4M41A 4AHTA 4DSKA 3KLHA 2X6NA 1KVBA 4CK2A 4W5RA 4FLZA 1WSJA 3ISNC 3KLIA 3VQBA 4DQSA 5J2NA 3E01A 1NK8A 4KAZA 2BGGA 1VSKA 5KGWA 3L2WA 3SQ2A 1YT3A 4YNQA 1QTMA 2HB5A 5HP1A 3SJJA 1Z26A 4BDYA 3DLBA 4OKKA 2G8IA 1RILA 3U3GA 1EKEA 4BACA 3SUPA 3WNHA 2HNYA 4PQUA 4DWIA 4NYNA 2HVIA 2KZMA 1CZ9A 3AVBA 4DFMA 4FM1A 2GUIA 2HHXA 2O4GA 2IC3A 3QEIA 3QERA 1RDBA 1WAJA 4KHNA 2KQ2A 4DSIA 1I39A 2XY5A 4CJLA 4CF9A 3VQ4A 4CJ4A 3THVA 3HYFA 4KHWA 3WNFA 4JRPA 4DTXA 5I3UA 4IFVA 3KK2A 4M3ZA 3U6FA 3O4NA 1LW0A 4K8ZA 5C25A 4IDKA 3TAEA 3PO4A 4DTRA 1HNIA 5FROA 3PY8A 4M3XA 2HW3A 3TAQA 3LPTA 2OPRA 4JLHA 4DSFA 4F2RA 1GOAA 1LWEA 5CZ2A 4M3RA 4KTQA 1CXQA 3VQ9A 3OYLA 4B9NA 2A1SA 2IOCA 1UAXA 1TKTA 1VSEA 5JS1A 1RDDA 2XY6A 2D0CA 1R0AA 1S5JA 4DSEA 3L2RA 3T1AA 3DMJA 3QINA 1KVAA 3VQEA 2LSNA 3QIOA 3DOLA 3F9KA 3QO9A 5SWMA 3HVRA 5KGXA 4BE2A 3I8DA 2XHBA 4IG0A 3SQ4A 5I42A 2G8WA 4EP5A 1EP4A 4CF1A 3BGRA 4DSLA 4CEQA 3KD1E 3DLGA 1XHXA 5KRTA 2ZQBA 3DRPA 3AVMA 4LSLA 1RBSA 4I9LA 3V1RA 1DLOA 2VG5A 2D0AA 3VQ6A 4CHYA 1HYZA 3V9ZA 1JL1A 3PO5A 2OZSA 4OVLA 1IO2A 1LW2A 1YTUA 4E19A 1KFDA 3SQ1A 4L8RB 2HHVA 1HRHA 1FKOA 1NK0A 3OYFA 4HTUA 5C42A 4DFJA 4AHVA 4FLVA 1JLGA 2WONA 3KLFA 3LZJA 4I7FA 4FJ9A 3TAGA 1S1XA 2FBVA 4E1MA 4E7LA 4E7IA 1RT1A 1GOBA 3AO2A 3ZSVA 4CEBA 4O0JA 4Q5VA 4DTMA 3AA4A 4W5NA 4MFBA 2HHQA 3B6PA 4RG8A 2BDPA 2YNHA 1YTAA 4CFBA 4FLXA 1L3TA 4DU4A 1VRTA 2VWKA 4B3OA 3K2PA 1IKVA 2DY4A 4W5TA 3EYZA 4FLUA 4HUGA 4I9QA 3M8QA 4DTNA 1S9EA 4QOZB 3QETA 3OS2A 3HM9A 1T05A 2IS3A 3MAQA 4FLYA 3ZSOA 4B9VA 4QAGA 4KO0A 1TKZA 2OA8A 1ZBFA 3LANA 4KKOA 2YNFA 4BDPA 2OZMA 4FZZA 1SV5A 5JS2A 3VN5A 3AVNA 3NHGA 1K6YA 3WNGA 1CZBA 2YNIA 4CGHA 4K8XA 1NKCA 3I0SA 4B8CA 5HRNA 4KB1A 1UA1A 3P5JA 1DTQA 1F21A 2XY7A 2KZZA 2YV0X 3SZ2A 3MXIA 2X6SA 3DRSA 3S3MA 4DQIA 1NJXA 1JKHA 4CJSA 1L3SA 2DFHA 1NJZA 3OYMA 1NJWA 4J2BA 4KHYA 2FC0A 3NF6A 4B9SA 4DQPA 1TK5A 4KHUA 5J1EA 3MEGA 2FBYA 4G1QA 4M42A 2RPIA 1Q9XA 2HMIA 4EZ6A 3VQPA 1G15A 2HHWA 2Q3SA 3TAMA 3NF7A 3HXMA 3AO3A 4M45A 3OYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1WA 3RSEB 3OS1A 3V9UA 3SMPA 1O13A 1S9GA 2F8SA 4IO8A 5J2QA 3JAMO 5AQZA 2HBMA 3WXMB 4HHTA 2OYQA 3MN9A 4CESA 4FYDA 2QEXN 2Y1IA 3TANA 3I33A 4H4OA 2YHAA 3AA2A 3CCRN 1IG8A 1XC3A 4HUFA 4FLTA 3AO5A 1SL2A 3Q7CA 2UXCK 2Q0RA 4JI4K 3OBYA 4DR1K 3H1VX 3OS0A 3T3FA 3HRGA 3M8PA 3SUNA 1HNXK 4E7KA 2A5XA 3LPUA 1BI4A 3U4LA 2DFEA 3DLRA 3AVIA 3A2FA 4FWOA 4LH4A 4JI1K 1WNSA 4GV6A 4XH5A 1B92A 5C24A 3ZT3A 3R1XA 4BC5A 1SKRA 4UQGA 2E6MA 3IAYA 3O9UA 1RFQA 4AHUA 3TARA 1FXXA 4FWLA 3G0ZA 3TSPA 3OYBA 4CGJA 1HMVA 2O8BB 5AQTA 3OTOK 3J7YP 3QLHA 3HP6A 3IS9A 3RTVA 4AQYK 1W7AA 3O08A 1WSFA 1ZBUA 1S1VA 3L3VA 2F9WA 1X9WA 1VQ8N 3KTQA 5I9EB 1ITGA 1JLBA 1RBRA 1N6QA 1RT5A 2HF4A 4CJ7A 1TAUA 5T7BA 4E0DA 3QFPA 5TKWA 1JXEA 4PL7A 4TSXA 1NK4A 4IO9L 2Q0UA 1FK9A 2ATQA 1NGIA 3OYNA 4BE1A 4KI4A 1ZBIA 3CJBA 1QSSA 3SUOA 1EQYA 1Q7YO 1J54A 1NK7A 4CECA 1KRPA 1UWBA 3O1WA 4DCHA 4DFKA 5LMNK 1EWRA 3D7EO 2E6LA 4Z4FA 3VQ7A 1BQMA 5BPNA 1KAXA 1BIZA 2CH5A 3NE6A 1IG9A 5FPEA 1NK9A 3THXB 1IKWA 1S6PA 4EHTA 5DK5A 4HWIA 4OKEA 4WFAL 2RKIA 2VGNA 1LV5A 3NF9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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