3AO3A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao3A00
1X9WA 3AO3A 5KRSA 1ASUA 4CEEA 1RTJA 3OJSA 1GOAA 1RDDA 1RT7A 4CJQA 4CF9A 4F3TA 2G8FA 4DTMA 1L5UA 4ICLA 4I2PA 3V9SA 1QTMA 3OYBA 2OYQA 4DQIA 1RTDA 3ZT3A 1KRPA 3DOKA 1KVCA 1WN7A 4J2DA 1WSIA 3DLKA 4DF4A 1S1WA 4DTPA 4DFPA 2HHQA 3DOLA 2QKKA 4ELVA 3RWUA 4N47A 4W5OA 4ID5A 3ZT4A 2X74A 4CK3A 4FM0A 3OYCA 4BWMA 1A5XA 1VRTA 2P1JA 3VQPA 4H8KA 3SJJA 4KHQA 1VSFA 3KLGA 4O55A 2Z1GA 3TABA 3MEDA 4R5PA 3T19A 4RW8A 3L2QA 4KHYA 4N5SA 4OVLA 3O4QA 3MECA 4C8OA 5E41A 1T03A 4TSXA 4EP5A 1X1PA 1TKZA 1UWBA 4RW4A 1ZBHA 3ALYA 4FJMA 2X78A 3ZSVA 4CJTA 3AVIA 3FFIA 5D3GA 3PV8A 1GOBA 1SKSA 1UAXA 3QEVA 3P5JA 4CECA 1A5WA 2A1SA 1NK8A 5FRMA 2FC0A 3AA3A 1TL1A 4O5BA 3KLFA 3NCIA 4AILC 3V4IA 1NK5A 2OZSA 1IH7A 4I9QA 3PX6A 3SUOA 1T8EA 4DLGA 3HT3A 2DFHA 4WE1A 4DTJA 1Q8IA 3H08A 5CZ2A 4KHNA 4FM2A 5HRRA 3NGYA 5HRNA 2XY7A 4PQUA 1C0TA 1O1WA 3L2WA 3V9XA 3LWMA 1RTHA 4IBNA 3KKSA 4EZ6A 4CF8A 4BE1A 1RT5A 2VWKA 3NGZA 3OYLA 2E6LA 3V81A 1VSEA 4FJKA 2X6SA 1BGXT 4NCGA 3QEWA 1RCHA 3RMBA 4PWDA 4B9MA 4CJFA 3OYHA 3RTVA 1VSLA 1RT1A 4OKKA 3M8SA 3SQ4A 3SQ2A 4M3ZA 1HQUA 2FBYA 1ZBIA 3IAYA 2F8SA 4AHTA 4OLAA 1RBTA 3ZSOA 4CHOA 4CJ4A 1ASVA 3ZCMA 1D9FA 4Q0BA 3OYJA 3ULDA 3SUQA 5C24A 3U3GA 3OJUA 1FKPA 1JLAA 1S1XA 4CK2A 3NE6A 2D0CA 1N5YA 1TL3A 1JLBA 1D5AA 1RBUA 5HRSA 5DMRA 4DFJA 3LZIA 4BWJA 1YVUA 2EHGA 3IG1A 3L3VA 3MXJA 4B3OA 4K8ZA 2KW4A 4E7HA 2BDPA 3OYGA 4CGJA 1WSEA 3LAMA 1G15A 3MXIA 2OA8A 4DQPA 2QKBA 3P83D 1NK9A 1RT6A 3M8PA 3NFAA 3QLHA 3U3YA 2G8KA 2PYLA 2YNGA 4LSLA 2RKIA 2ZD1A 4B9UA 2YHAA 1VSDA 3G10A 3DM2A 3VQ8A 1Z26A 3RR7A 4C8NA 3LWLA 1U4BA 1SL2A 3OYKA 2QK9A 4IDKA 3NGIA 2WOMA 2G8HA 2D5RA 4CHQA 4NYNA 3HP6A 3KTQA 2VG5A 1JLQA 4J2AA 3M8QA 4Y1CA 4IG0A 3OS0A 1WSGA 3SQ1A 1TKTA 4CFBA 3DRSA 4Q5VA 5KRTA 5I3UA 5FROA 4DU1A 5CZ1A 3VA0A 1HNVA 4M45A 1EKEA 4O4GA 3TANA 5HP1A 4FLYA 1NJZA 4FJJA 2RPIA 3OVNA 3WNHA 2GUIA 5SZTA 1NJWA 4NYFA 4Z4CA 1TV6A 1N6QA 4DSJA 1HQEA 1NOYA 3VQBA 3SUPA 3L8BA 3DLEA 3DLRA 4AHCA 4DG1A 1WNSA 4E1NA 5J1EA 3L2VA 1BCMA 2OPRA 4HTUA 1IKXA 3ZT2A 3O3FA 4FVMA 1XHXA 5HRPA 3HXMA 3CQ8A 4M3WA 1SV5A 4E3SA 4W5TA 4M3TA 3RMDA 4DSKA 4FJGA 1RILA 1SL0A 1T05A 4M3YA 3HPOA 4JRPA 3DI6A 3QESA 2KFNA 4AHUA 1RDCA 3V9WA 3KK2A 3HM9A 4OGEA 4AHRA 1BQNA 1JLFA 4FW1A 4B9LA 1U49A 1RBRA 4IFYA 1RT2A 1LWFA 4HUGA 2HHVA 3S9HA 1ZYQA 3AV9A 1ASWA 3TI0A 4CGDA 1T7PA 5DK5A 1S6QA 1NK4A 2Q3SA 2B5JA 1CXUA 1TAQA 3AA5X 5FRNA 5J2PA 3L3UA 1WSJA 4CJKA 3V1RA 5KGWA 3K5NA 4JS4A 4BDYA 1U48A 2G8IA 4I9LA 4CF2A 1Y97A 4OKEA 3O4NA 3UIQA 3K5LA 5HROA 1EXQA 4CJVA 3NF9A 3QINA 1YT3A 4DU4A 1LAWA 4K8XA 3EYZA 4YFUA 4E7JA 3NH1A 4PUOA 4CHZA 4DF8A 1TGOA 3KLIA 1I39A 3BDPA 4FLVA 1ZBFA 5C42A 5J2NA 1NK6A 4KPYA 4KB0A 2D0BA 4CJ5A 3ASMA 3F73A 1VSJA 3HYFA 3AVKA 4BE2A 4M42A 3S3NA 2Z1IA 5JS1A 3P1GA 3V9UA 4HCCA 2DY4A 3IS9A 5FDLA 4Y1DA 1KVBA 4E7IA 1TK0A 1J9AA 3DMJA 1RNHA 4CEFA 4CJSA 5J2MA 3KD1E 4N41A 2HNYA 3D0PA 3VQDA 3T3FA 3SYZA 3NHGA 2XO7A 5KI6A 3QIPA 1TKDA 3KIOA 4FJNA 3VN5A 1HPZA 1QHTA 1KLMA 4CJ3A 3U6FA 2Y1JA 1KFDA 1BQMA 2P5GA 4FZXC 1HMVA 4FJ8A 3HO1A 2HW3A 2VWJA 4MQ3A 5EU7A 3AO4A 1WLJA 4CIFA 1FKOA 3TAEA 3AO1A 1JLCA 4MFBA 2VG6A 1IKVA 1HYSA 3NBPA 3ZSXA 1L3VA 3RRGA 3SNNA 2HHSA 3ZSRA 4FJ9A 2HNZA 4ZTJA 2E4LA 1JLGA 4CFDA 4OPJA 2GV9A 4B9NA 1HYVA 2HHUA 2NUBA 3AO2A 3MEEA 3LANA 1HJRA 4JS5A 2D0AA 4DLEA 4KTQA 3KK3A 1IO2A 3VQAA 3AVNA 2JLEA 4N76A 1C1AA 4YNQA 1R0AA 2PYJA 1BCOA 2P5OA 1VRUA 4CFAA 4CF0A 2KQ2A 3HVRA 1UA0A 4FK2A 4E19A 2IS3A 3SZ2A 4C8KA 1B9FA 4RW7A 3VQ5A 3AVFA 3T1AA 1IKYA 3EY1A 3CYMA 4EP4A 3SV3A 4O0JA 3NF6A 3NF8A 3TAMA 1LW2A 2XHBA 2G8UA 4Z4HA 5C25A 4H4OA 4FCYA 1C1CA 3ISNC 3JSMA 1XI1A 4LD0A 1S1TA 3HK2A 1SKWA 1CZBA 3OYNA 1BHLA 4I2QA 4BACA 1DLOA 2LSNA 3ZSQA 4CIEA 3CM5A 2VG7A 1VSHA 4DTNA 4EZ9A 3RMAA 1L3TA 4KO0A 3S3OA 3D45A 3OYAA 1TK5A 4DTSA 4OPKA 1KLNA 3HJFA 1QQCA 4HHTA 3MAQA 2FBXA 1SKRA 1QSSA 4B8CA 1J54A 4AHVA 1JKHA 3V6DA 4GVMA 1EX4A 1C0MA 5CYQA 4CJWA 3NDKA 1TKXA 3CFRA 3KD5E 4FJLA 1W0HA 3ZSYA 1K6YA 1QSYA 4PA1A 2R7YA 4CHPA 4KB1A 3PX0A 3SPYA 4FYDA 2G8WA 4RW9A 4FJ5A 4E7LA 3QNNA 2Z1JA 2YHBA 4F3OA 3C6TA 2BE2A 5SWMA 3LDSA 4FJIA 3LPTA 1DTTA 4FK4A 2DFEA 4NCAA 4JRQA 4FLUA 3CG7A 1JLEA 1QE1A 3NH0A 3VQ4A 1IKWA 1QS4A 3TAFA 2PY5A 2IC3A 4M3RA 3VQQA 1XHZA 3AVMA 4GW6A 4B08A 4CJPA 3TAPA 3RRHA 3VQEA 4OJRA 4OGCA 3VQ7A 3OYIA 3HL8A 2Y1IA 3QNOA 3K59A 2G8VA 4DS5A 3F9KA 1RBVA 4DQQA 2XY6A 4Z4EA 3K2PA 2BANA 3QEIA 4F2RA 1S1VA 4DSIA 4HUFA 2JGUA 2HB5A 4OKJA 3OS2A 2I5JA 1NJYA 1U45A 4CEQA 1S9EA 4CEDA 1SUQA 3LAKA 4CEBA 2YKNA 2RN2A 1BISA 3L2RA 4CEZA 1B9DA 3AVCA 4RG8A 4RW6A 1X9MA 1Q9XA 3QEXA 2F8TA 2OPPA 1HRHA 2F96A 3K5OA 4LH5A 1LAVA 2HVHA 3RR8A 4FJHA 4KAZA 3QIOA 1S5JA 4CJEA 2O4GA 3THVA 1NKBA 4J2BA 3V1OA 3AVLA 4DTXA 1RTIA 3AVJA 2YNFA 1LV5A 3DLHA 1EETA 4KFBA 4Z4GA 3ZSZA 4B9VA 4W5NA 1LW0A 1BI4B 4L8RB 3C94A 3DYAA 4I7FA 1TK8A 3LP0A 3CM6A 1RBSA 1UOCA 4CESA 4KHSA 2KTQA 1S1UA 3WNFA 4W5RA 2OPQA 1B92A 2DFFA 3HP9A 4E89A 1I3AA 1WAFA 3MEGA 3L2UA 1ITGA 1C1BA 2FBVA 1NKCA 4CF1A 4B8AB 3NF7A 1WSHA 4LY7A 1CZ9A 2P51A 1XWLA 5CY4A 1RT3A 4CGGA 3HVTA 3SI6A 3NAEA 3C95A 3TR8A 4CEAA 3K58A 3VA3A 4FJXA 4OLBA 1LWEA 2A1RA 4FLTA 3AVHA 3LZJA 4B9TA 3LP2A 3SCXA 3OYEA 4CERA 3VQ9A 2X6NA 4FW2A 1F21A 4IG3A 4BDPA 5CYMA 4W5QA 4HVJA 4KKOA 4ELTA 4DSLA 1YTUA 4KHUA 3EZ5A 4FLZA 1MU2A 3G0ZA 5HBMA 2WONA 1JXBA 5JS2A 5HLFA 4Z4IA 1VSKA 3CFOA 4ELUA 1CLQA 3S3MA 3B6PA 2ETJA 1X9SA 1HYZA 3TAQA 4FZYA 4KV8A 1VK0A 4F8RA 4DS4A 3SV4A 1SL1A 4KRFA 4H4MA 3B6OA 3V9ZA 4Z4FA 4CJUA 1BL3A 4FLWA 3M8RA 3HPHA 3OYDA 1YTAA 3WNGA 4DWIA 1WSFA 2Z1HA 1FXXA 1C0UA 3K57A 1D9DA 1RT4A 4O44A 3VQ6A 2EX3A 4E1MA 1BI4A 4QOZB 2ATQA 4QCLA 5KGXA 2XY5A 3SUNA 4CGHA 4CGFA 4HUEA 1VSMA 3ITHA 1KFSA 4NCBA 1JL1A 3HSTB 4DMNA 2KFZA 2XRIA 1BIZA 4KREA 4DTUA 3ZSWA 3HPGA 4GMJB 2QXFA 3DLBA 3KJVA 1NJXA 3AA2A 3ZT1A 5I42A 3MXMA 1C6VA 4FK0A 3SPZA 4DQRA 1J53A 1CXQA 2W42A 3KLHA 1NK0A 3QEPA 1J5OA 4PY5A 1TVRA 4FLXA 1VSIA 3PUFA 1ZBLA 4IKFA 2E6MA 3CFPA 4DFMA 3SQ0A 2KZMA 4IFVA 5K14A 3ZT0A 3PO4A 1EP4A 3QO9A 3AVAA 4FM1A 1GOCA 3AVBA 1Q9YA 2DTUA 4UQGA 1IG9A 1S6PA 2IOCA 2PZSA 4M3UA 3PX4A 4DSEA 3I8DA 3A2FA 1DTQA 3BGRA 4AHSA 4DFKA 2ITGA 3NH2A 2HHWA 4CJLA 3RMCA 4DTOA 3VQCA 1XC9A 4FZZA 2YNIA 3KKRA 5KTQA 2OPSA 1D8YA 1KSPA 2YNHA 3E01A 4DTRA 2HHXA 5T7BA 4JLHA 3LPUA 4E0DA 3AVGA 4CCHA 4ZHRA 2HVIA 4N56A 3KK1A 4XIUA 2ZQBA 1NKEA 1BIUA 4DSFA 4CEOA 3PY8A 1NK7A 1S9GA 4C8LA 2IDOA 4J2EA 2GBZA 3OY9A 1RDAA 4ZTFA 1L3UA 4M3XA 1KVAA 4HCBA 5J2QA 4FJ7A 1HNIA 2HNDA 2IAJA 2O4IA 3KLEA 4FXDA 3O3HA 4AH9A 2HHTA 1A5VA 3TWHA 2KZZA 3LP3A 3AA4A 3DLGA 4B9SA 4F4KA 1ZBUA 1QSLA 1Z25A 3QERA 2RF2A 4CE9A 3PO5A 4F2SA 2BGGA 4KI4A 2IGIA 4O0IA 3K5MA 1U04A 3V1QA 4G1QA 3JYTA 1U47A 3OYFA 4KHWA 1NOZA 3C6UA 4CGIA 1RDBA 4LH4A 1FK9A 4CJRA 4CFCA 1UA1A 4BE0A 3DRPA 4DU3A 3IRXA 3QETA 4ID1A 1L3SA 1KTQA 2OZMA 3I0SA 1REVA 4C8MA 1LWCA 2B4JA 3O3GA 3TARA 1TAUA 2FBTA 4E7KA 1W9HA 3I0RA 4QAGA 4CIGA 4LSNA 1WAJA 3DRRA 4M41A 2ZE2A 4BDZA 4DQSA 2HMIA 4CHYA 3AO5A 4Z0UA 3LALA 1JL2A 4KTZA 1KCFA 3OYMA 4KTWA 2AJQA 1JXEA 4KI6A 3OS1A 2YV0X 3LP1A 2B6AA 4CHNA 4CK1A 2XY8A 3TAGA 2YKMA 3WNEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z05A 3RSEB 2E2QA 3AO3A 4FWLA 4CEEA 1GOAA 1RT7A 4CF9A 2G8FA 4DTMA 1K8KB 5LL6Z 5C2DA 3DOKA 4OX9K 4DTPA 2HHQA 2FSNA 3DOLA 1YI2N 2QKKA 5AFUA 2HBJA 3ZT4A 3KK7A 2X74A 4H0PA 1N32K 2A3ZA 1A5XA 1VRTA 3SJJA 1EO1A 1T44A 4QS9A 3TTCA 4O55A 3TABA 5GAGP 3VPZA 4KHYA 1XMQK 1NGGA 4BY9C 5E41A 1T03A 4EP5A 1ZBHA 1SZ2A 3EO3A 4DQ8A 2A41A 3R9PA 5LJWA 3EE9A 3G6EN 5AQIA 3VEXA 3P31A 4IFEA 1UAXA 3KVGA 4JI1K 4CECA 1A5WA 4GNIA 3U9DA 5FRMA 4O5BA 3V4IA 1X3MA 4BRCA 1IH7A 1QVGM 3RSEA 3NVKA 3H08A 4FM2A 5HRRA 4X62K 5HRNA 1C0TA 3LWMA 1RTHA 3MCAB 4IBNA 1K8KA 3KKSA 4CZMA 2FLOA 3J7YP 1FW6A 4FJKA 5DM6L 1VSEA 4DR3K 2X6SA 3QEWA 4NCGA 4PWDA 1RCHA 1LCUA 4CJFA 4X66K 1YUWA 3OYHA 1HKCA 4LC9B 4JI8K 1RBTA 4CHOA 1D9FA 2YJEA 2NNWA 4Q0BA 3ULDA 2D0CA 4J8FA 4FWKA 4BWJA 4K8ZA 4E7HA 1NLVA 4FWSA 4YDUA 2ASPA 3FGUA 4DQPA 5BN8A 3QLHA 1HNXK 4LSLA 2ZD1A 2YHAA 3J80O 3RR7A 2CH6A 3O1BA 1JLQA 4J2AA 3M8QA 4PKIA 4IG0A 3OS0A 1WSGA 1J6ZA 4JKAA 3QFUA 4CFBA 2E8AA 3WQTA 1NJZA 2ZM6K 4BQZA 3WNHA 1NJWA 4IOXA 4Z4CA 4CD1A 1NOYA 3SUPA 3TSQA 5ELZA 1WNSA 3WUHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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