3APRE

Binding of a reduced peptide inhibitor to the aspartic proteinase from rhizopus chinensis. implications for a mechanism of action
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
AGVGTVPMTDYGNDIEYYGQVTIGTPGKKFNLDFDTGSSDLWIASTLCTNCGSGQTKYDPNQSSTYQADGRTWSISYGDGSSASGILAKDNVNLGGLLIKGQTIELAKREAASFASGPNDGLLGLGFDTITTVRGVKTPMDNLISQGLISRPIFGVYLGKAKNGGGGEYIFGGYDSTKFKGSLTTVPIDNSRGWWGITVDRATVGTSTVASSFDGILDTGTTLLILPNNIAASVARAYGASDNGDGTYTISCDTSAFKPLVFSINGASFQVSPDSLVFEEFQGQCIAGFGYGNWGFAIIGDTFLKNNYVVFNQGVPEVQIAPVAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RHIZOPUSPEPSIN
publication title Binding of a reduced peptide inhibitor to the aspartic proteinase from Rhizopus chinensis: implications for a mechanism of action.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizopus microsporus var. chinensis
total genus 89
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 3.4.23.21: Rhizopuspepsin.
pdb deposition date 1987-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3aprE01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3aprE02
5P5YA 3RSVA 3D20A 1B5FB 5P5DA 2F80A 2IL2A 5P6MA 3PLLA 4J1FA 5FIVA 2JE4A 5P6SA 4I0JA 4X2LA 2RSPA 2PYMA 4Y48A 1IZIA 4TVHA 1RQ9A 2ZDZA 3PSGA 1LZQA 5P6XA 3QS1A 3BXRA 1SGZA 2QP8A 5HE7A 5P33A 5DQ2A 3UHLA 4ZSRA 4CPTA 1YM2A 5P1QA 5OZCA 1MESA 1PPLE 3FNSA 5P4NA 3KMXA 5P1HA 2VS2A 2ZJIA 4Y3EA 5EZXA 3FKTA 4Y5EA 3ST5A 5UPJA 4DJQA 3DOXA 5P62A 2BQVA 1KZKA 3RSXA 1NPAA 1T7KA 5TOLA 1HIHA 3VLBA 2V16C 4RROA 4FSLA 5P8SA 3L38A 3L5BA 2PSUA 5P7MA 3T3CA 5C9BA 1K1UA 5KAOA 2FNTA 5DR3A 1KJGA 3VG1A 5P2YA 5P6QA 5HE4A 5OZYA 5P4CA 4I0EA 1C6YA 3GGAA 3PSUA 5P82A 4DJYA 3NU6A 3WZ7A 4AUCA 4D85A 5JFPA 4Y4EA 4J1CA 2BKSA 5PEPA 3PMYA 2QHCA 4J1IA 4HLAA 3PJ6A 4QGIA 1DW6C 5P6NA 5P12A 3ZKMA 5OZUA 5P2JA 2WHHA 2WECA 1W50A 1TSQA 5HDVA 2G94A 3OUAA 5P66A 4R91A 5P2WA 5P5QA 4OBFA 1LYAA 4HVPA 5HCOA 5OZKA 1BDLA 5P7LA 3WSJA 3ER5E 1HIVA 1HVHA 2VNNA 5P2OA 3QIHA 5OYVA 4CPUA 3TPJA 1UH9A 2AOIA 4R93A 5P23A 3NYGA 1OEWA 3SM2A 2XFIA 5P3CA 2AOGA 3QN8A 4YE3A 5IVQA 2I4XA 2G21A 3EKVA 3L5DA 3S45A 1XDHA 1LF2A 4AA8A 4HDBA 2V12C 5ISJA 1FQ7A 2ZE1A 4Y3ZA 4RGHA 2F81A 2G24A 2QAKA 1EBWA 3K1WA 1LF4A 5P5FA 3APRE 4EPJA 3HVPA 5P1YA 4EXHA 3PEPA 5P8BA 5P1FA 3QRSA 4FM7A 2NNPA 1E82E 3EL1A 4FRSA 2FS4A 2O4LA 5HCTA 5P7WA 3FIVA 4Y4WA 1HXWA 5P7XA 1ZSRA 2VIYA 2O4PA 5P22A 3TNEA 5P01A 1JLDA 2WEAA 3TPPA 5P42A 5COOA 4Y6MA 1ODYA 3SACA 2G22A 5P5ZA 2B8LA 3S85A 2UPJA 2BPZA 2BPWA 3TPRA 4RVJA 1NSOA 3OUDB 4GJ6A 3SA5A 3LZVA 5P3EA 5P6LA 1MUIA 3O9EA 4DI2A 1RNEA 4YBFA 3HAWA 3KFNA 5HD0A 2PMAA 4EXGA 4Y3AA 5AGZA 5OZNA 3OTSA 4I0DA 5P1EA 5IVRA 2AOHA 3ZKQA 2QD8A 1EC3A 5DQ1A 3HAUA 2QMDA 5P6BA 3VV7A 3UDMA 4DPFA 5P4FA 4ZSMA 4DJVA 4ZIPA 3O9LA 5P5IA 5P6CA 3DM6A 4B1CA 5KOQA 5P19A 3VV8A 4OBHA 5P5XA 4Y58A 3I25A 4J17A 5P8GA 2BBBA 5HDZA 2AZ8A 4ZPGA 5P3TA 1FG6C 2V10C 2VA5A 1YTIA 4CKUA 3DUYA 5P0XA 3KA2A 5P0KA 4CPQA 5OZGA 1D4HA 2ANLA 1HEFE 4B0QA 5P0PA 4GJBA 3BC4A 1C6ZA 5P3KA 2PC0A 2F3KA 2P3DA 2CENA 2HM1A 1A8GA 4YD7A 5P54A 4GJAA 1FQ4A 4Y5CA 5P4WA 3LINA 1IVPA 2G1NA 3PHVA 5P5PA 2WF1A 3ZPUA 2APRA 1QBRA 1FMUA 3SA4A 5P4KA 2HIZA 1MSMA 1VIJA 4PPHA 3WB4A 2O4NA 2G20A 5P6YA 1G2KA 2Q15A 5P8EA 3R1GB 3ER3E 4XX3A 5P1LA 4FCOA 3O9AA 3INFA 5P04A 2QMGA 3OU4A 5P4JA 1YTHA 4DQGA 3KDCA 2G1SA 3PI5A 5P69A 5P03A 4CMSA 2IQGA 4KE0A 3QI1A 2ZJMA 3ZKGA 5BWYA 3JVWA 3RTHA 4YBIA 2NR6A 1SIVA 4DH6A 3EKQA 5P1SA 5P18A 3IVHA 1EPRE 4Y5LA 3OOTA 1SP5A 1HPOA 3LPKA 2R5PA 4QJ2A 5P7DA 4AZYA 1UPJA 4TRWA 5P38A 4Y54A 3Q70A 2ZHVA 4QJ8A 2HS1A 4DQFA 2V11C 1BAIA 1RL8A 1NPVA 3D1YA 2HAHA 3NU3A 5OZOA 5P0JA 5P5SA 4HDPA 5OZJA 2I0AA 4FAEA 4Y3XA 3CMSA 5P7ZA 5CLMA 2QI0A 4RLDA 1LV1A 3EMYA 4Z22A 4EP2A 1M43A 4E43A 2I4WA 4LXKA 4DUSA 4YD3A 5HTZA 3H5BA 5OYWA 3UDHA 5P2VA 5P52A 3WZ6A 4NPUA 1HPXA 5P0RA 4B72A 3LIXA 1KJ7A 2IGYA 3GI5A 1T7JA 3APPA 3DJKA 3SAAA 5P7PA 2UY0A 5OZ0A 5P2TA 4LL3A 1E5OE 5P6OA 4Y50A 3L5FA 4D83A 5HE5A 3SA9A 2PWRA 1D4YA 4Y53A 1EPOE 2NNKA 5AHAA 3NDXA 5AHBA 1IVQA 3PBZA 2BKTA 1EC2A 2EWYA 2AIDA 1LYBA 4BELA 5P5JA 4ZSPA 2B7FA 3ECGA 3EKYA 1A9MA 4FRKA 1BV7A 5C9DA 4APEA 1OEXA 5P7KA 5P4UA 1FIVA 4L1AB 4YOAA 2AQUA 3UPJA 3PLDA 1HVRA 3KN0A 3LIZA 3GGVA 2QHYA 3FNUA 1D4IA 5P8HA 5P1NA 3OY4A 3VYDA 1AXAA 4XXSA 4J0PA 5P4QA 4L1AA 5P1JA 4U8WA 1SDTA 3DCRA 1GVUA 4CPSA 3T6IA 2B60A 2VJ9A 2Q5KA 1GNNA 7HVPA 4H3JA 3KT2A 3PVKA 3UDYA 2R38A 1IZHA 3NWXA 4ACXA 4APRE 4DJXA 4KE1A 3M9FA 1D4JA 1LEEA 5P1RA 4GIDA 4DPIA 2WL0A 5P5OA 3EL9A 1K1TA 3PI0A 2QZWA 3IGBA 5P85A 5P02A 2NXDA 5P27A 5P6PA 4F73A 5P0GA 3L3AA 3UDKA 1BXQA 1PSNA 5DR8A 5P39A 3TOFA 3O9HA 1HVKA 5P74A 5IVSA 4EQJA 5P79A 5P4OA 1B6LA 3LZYA 5P15A 2VIEA 2NXMA 3VF3A 2OHMA 5P8NA 5C9FA 1SH9A 2OAHA 5P1UA 2O40A 3KFPA 4RCEA 5P86A 4OD9B 4Y3MA 2I4DA 4ZE6A 1F7AA 2IKOA 1APTE 5P78A 3Q5HA 3UQRA 4A6BA 5P1CA 3AUPA 4Y3LA 5IE1A 3OXCA 5KQZA 1QBUA 4Y51A 3EL4A 4L6BA 2FMBA 4B78A 4XKXA 3VFAA 1ZPKA 1ME6A 3K5DA 5P45A 4M8YA 5P0BA 1EPQE 5P1AA 5P5VA 3OGQA 5KQXA 1FEJC 5P2KA 2PH6A 2WEBA 3MSKA 5P36A 3QBFA 3TLHA 4Z2ZA 3PCWA 5P14A 4PEPA 4Y5PA 3KYRA 1MTRA 5OYZA 5OYTA 1W5WA 4NJTA 5P2AA 5P60A 5P3QA 2ZHRA 1Z1HA 1HVCA 5P8LA 3PSYA 3UQXA 1FMXA 1HPVA 5DQCA 5OZFA 1KJ4A 3S7LA 5OZHA 3IXKA 5P6GA 2H6SA 3LZSA 3NU4A 1HBVA 2FDPA 1MPPA 4I1CA 2I0DA 2ER6E 1ZAPA 5P0FA 1ZSFA 1AVFA 4Y5MA 4NJVA 5P7UA 2FXDA 3I7EA 4WTUA 3IAWA 1T3RA 3DCKA 2Q11A 2A4FA 2HB2A 4FM8A 3OAGB 4Y4AA 3ZOVA 1SMEA 3HD8A 5P1XA 1DMPA 1MVPA 1YTGA 2OF0A 2Z54A 1LF3A 3S43A 4LXAA 5P5BA 4FS4A 3VV6A 1WBKA 1MTBA 5I3WA 5P5EA 5P81A 3OAGA 4I0HA 3VSXA 2QI5A 2G26A 5P5RA 2R8NA 5P7JA 2UXZA 2NTRA 5P4TA 3AIDA 3GGXA 4RRNA 5OZ1A 1HRNA 1LYAB 4I12A 4OBZA 4I0GA 3SQFA 1Z8CA 1K2BA 3ZKXA 2P3CA 1XE6A 5P0WA 1HSIA 5P2BA 5BRYA 3R2FA 4Y44A 3SA8A 2FIVA 1GKTA 2ZJKA 4X7IA 1AJXA 2Q3KA 3NUOA 1IZEA 1AZ5A 2IEOA 3C9XA 4OC6A 2WF0A 4Q1YA 3K5FA 5ER1E 1T6GA 5P7BA 5P7OA 4DJUA 2Z4OA 2G1YA 5P40A 1CMSA 5P7FA 1U8GA 5P3MA 4JPCA 1FFFC 4I0FA 5P51A 2Q54A 4Y57A 1EPNE 5P87A 3SKGA 4FAFA 3URLA 1QBTA 1MT9A 2R3WA 1XE5A 3OWNA 4Y3GA 5CONA 5P0AA 4YCKA 1FQ6A 4HDFA 4Y5BA 5OZ8A 5P6RA 4CPXA 2FXEA 5P7TA 5JODA 3O9DA 5P6DA 1CZIE 3NWQA 5P8PA 3T7QA 3GI4A 4PZWA 3T11A 4Y4GA 4A4QA 3KM4A 3URIA 2XYFA 1M0BA 4JP9A 5OZZA 4DQEA 5AH7A 2OHNA 5P2HA 3SLZA 1HTGA 3F9QA 4Y3WA 1DIFA 1Q9PA 4MC2A 5P3OA 3DV5A 3Q4BA 1TW7A 5P3WA 3L5EA 5P77A 5P08A 5P7YA 1YM4A 2CEJA 4OBGA 4EJKA 3LNKA 3A2OA 5P1WA 1K6TA 2QZLA 4IVSA 1WBMA 1DAZC 1QDMA 4H3FA 5P7HA 5P09A 4GYEA 3G6ZA 2IENA 1A94A 1PPKE 1E81E 3U7SA 1E80E 2JJIA 5P72A 2P8HA 3O9FA 3L59A 4Y35A 2AOCA 5P3DA 3IXOA 2AVSA 3O9LB 1G6LA 5KQYA 2J9JA 5EZZA 4GJ8A 1TCXA 1J71A 1PFZA 1W5XA 4B05A 3VUCA 3SM1A 2QD7A 2VJ6A 3MXEA 4ZSQA 1HHPA 4TRYA 3EXOA 1F34A 5P71A 4EHCA 4Y5GA 4Y3DA 4CPRA 5P8QA 2WEDA 4K4PA 3H0BA 4GB2A 1HSHA 5I3VA 4KUPA 5P7SA 5P7IA 3OHHA 1BDRA 2OHKA 2ZJHA 1BV9A 2B7ZA 3JW2A 4FSEA 2IS0A 4Y3FA 2QMPA 5P3GA 1BVEA 2XFKA 3UDPA 5P2CA 3LZUA 5P8VA 3FV3A 2VIJA 1T6EX 3OADA 4L7HA 4HA5A 5J25A 3HDKA 3QRVA 1GVXA 4J0VA 3L5CA 4XX4A 3R0YA 3PB5A 4FRJA 3D1ZA 3OU4B 2OHRA 5P4LA 3HW1A 3UQUA 1ZPAA 5P7EA 3O9IA 1FQXA 5P48A 5P64A 1ODWA 3CIBA 1AJVA 4Y3PA 4Y47A 5P4GA 5I3YA 5P3BA 5SY3A 3GI0A 2J9KA 5P3HA 2V13A 1W6IA 3ZKSA 3EKXA 5P4RA 2JXRA 1HEGE 1ZTZA 2QMFA 4ZEAA 3MXDA 5P2SA 2ASIA 3I2LA 5P3UA 3QPJA 5P8CA 3ZL7A 2HPFA 5P76A 1GNMA 3OXVA 2P4JA 5P44A 3RVIA 1EC0A 4LHHA 3QROA 1W6HA 2MIPA 2RKFA 1GVWA 2RMPA 4ER2E 2R5QA 4NJSA 3KDDA 4YOBA 4YDFA 5OZ5A 5P0HA 1NH0A 3O9BA 4RZ1A 5DR1A 5P8FA 1PPME 4Q1NA 3IN4A 4KB9A 2QU2A 2A1EA 4FRIA 5P30A 3UDQA 3HZCA 1BWAA 3OQDA 1BWBA 5P8IA 1EBYA 2IDWA 1IZDA 3PWMA 4Y39A 1HTFA 4PHVA 2HB4A 5COPA 3QP0A 5OYUA 4Y4XA 3GW5A 5P3LA 5P4ZA 1EPME 1LYBB 5P24A 3MWSA 2AOJA 2R9BA 4I10A 3INDA 3NSHA 5P4YA 5P07A 1A30A 5OZ9A 5P57A 3INHA 2VA6A 4L7JA 5P7CA 5P13A 4RVXA 4H3GA 5P8MA 4AA9A 4Y4ZA 3T7XA 5DGWA 5P49A 1RPIA 3CKPA 4J1HA 3OGPA 4DV9A 5HVPA 5P70A 1IDAA 5P2FA 4R5NA 5P5LA 6UPJA 2IKUA 4COEA 5DR7A 3S8IA 3OU1A 1AIDA 4EWOA 1BILA 1TCWA 5P4PA 1D4KA 3D91A 2NXLA 5P3RA 4PYVA 5P4HA 3O99A 3S53A 3I8WA 5HDUA 5P3NA 1FF0C 3NUJA 2AZCA 5P16A 2IRZA 2JJJA 4Y4UA 5P2ZA 3L58A 2V00A 1B6KA 2BPYA 1FQ8A 5P3IA 4TRZA 4J0TA 5P29A 3EBZA 5SY2A 2AVOA 5OZSA 4QJ6A 3OTYA 5COKA 1K6CA 2RKGA 5P4IA 3T7PA 1YTJA 3U6AA 5OZEA 4DVFA 5P7RA 3UDJA 5P0EA 4Y56A 3QAAA 5OZIA 1META 1BXOA 5P75A 2ZGAA 3SKFA 1HOSA 5P6UA 2QCIA 4Y3QA 4BFDA 5P0UA 4K4RA 4MC6A 5P0IA 3VYEA 5P1VA 5APRE 1B6PA 2OHUA 4BFBA 5P2QA 5P6HA 4FGXA 4HEGA 1YT9A 5P2RA 5E5JA 2PSVA 5P0MA 5SZ9A 1W5YA 2NMYA 5P73A 5OZBA 3OUCA 5P58A 4Y5AA 2ZJLA 4LC7A 5P28A 3URJA 3NDUA 4NJUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5Y A;  3RSV A;  3D20 A;  1B5F B;  5P5D A;  2F80 A;  2IL2 A;  5P6M A;  3PLL A;  4J1F A;  5FIV A;  2JE4 A;  5P6S A;  4I0J A;  4X2L A;  2RSP A;  2PYM A;  4Y48 A;  1IZI A;  4TVH A;  1RQ9 A;  2ZDZ A;  3PSG A;  1LZQ A;  5P6X A;  3QS1 A;  3BXR A;  1SGZ A;  2QP8 A;  5HE7 A;  5P33 A;  5DQ2 A;  3UHL A;  4ZSR A;  4CPT A;  1YM2 A;  5P1Q A;  5OZC A;  1MES A;  1PPL E;  3FNS A;  5P4N A;  3KMX A;  5P1H A;  2VS2 A;  2ZJI A;  4Y3E A;  5EZX A;  3FKT A;  4Y5E A;  3ST5 A;  5UPJ A;  4DJQ A;  3DOX A;  5P62 A;  2BQV A;  1KZK A;  3RSX A;  1NPA A;  1T7K A;  5TOL A;  1HIH A;  3VLB A;  2V16 C;  4RRO A;  4FSL A;  5P8S A;  3L38 A;  3L5B A;  2PSU A;  5P7M A;  3T3C A;  5C9B A;  1K1U A;  5KAO A;  2FNT A;  5DR3 A;  1KJG A;  3VG1 A;  5P2Y A;  5P6Q A;  5HE4 A;  5OZY A;  5P4C A;  4I0E A;  1C6Y A;  3GGA A;  3PSU A;  5P82 A;  4DJY A;  3NU6 A;  3WZ7 A;  4AUC A;  4D85 A;  5JFP A;  4Y4E A;  4J1C A;  2BKS A;  5PEP A;  3PMY A;  2QHC A;  4J1I A;  4HLA A;  3PJ6 A;  4QGI A;  1DW6 C;  5P6N A;  5P12 A;  3ZKM A;  5OZU A;  5P2J A;  2WHH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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