3AVCA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Recombination/inhibitor
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avcA00
1MU2A 1WLJA 3AVJA 3NBPA 3C6UA 1WAFA 3O3FA 1Q8IA 2HHVA 1EKEA 4NCGA 3ZT1A 3K2PA 3HM9A 2OA8A 3OYIA 5FDLA 5FRNA 2KZMA 4BWJA 4FJGA 4CGGA 3NF6A 5C42A 3MEEA 4BDYA 1QSSA 3OVNA 3NH1A 1NKCA 4J2BA 3VQ8A 1ASWA 3CG7A 4CK2A 1U04A 4CFCA 3QEWA 3OYKA 5HLFA 1LWEA 3ZSXA 1QS4A 3AO2A 2WONA 5JS2A 4CHYA 5HRNA 3V9XA 3S9HA 5JS1A 3HO1A 3LWLA 4DMNA 3RMCA 1KLNA 1S1WA 2E6MA 4CJKA 3PX6A 3T19A 1NK7A 3OS0A 4K8ZA 4KKOA 2B5JA 3MAQA 3LWMA 2BANA 1FK9A 1NKBA 4JS5A 1TV6A 3HPHA 1RTHA 3TAMA 4DU3A 4FLWA 3TAEA 4CJEA 2PYLA 1ITGA 3CM5A 4DTXA 3PO4A 3K59A 4E3SA 2IOCA 4DQSA 3D45A 3M8PA 2Z1HA 4GVMA 4FW2A 3T1AA 1C0UA 1JXEA 3OYLA 1KFDA 3DRRA 3FFIA 4CFAA 4DQRA 1KRPA 5CY4A 2DFFA 4PQUA 2FC0A 4DTRA 4OGEA 3KKSA 3E01A 4CK1A 4E1MA 3AVNA 1L3SA 5SZTA 4DFJA 3L8BA 3AO1A 3V9ZA 2OPPA 1RBSA 1TVRA 1LAWA 5HRPA 2A1SA 3IG1A 1NK4A 4DU1A 4CF1A 4DF8A 1VSHA 1A5XA 1NKEA 4DSJA 2JGUA 3CFOA 4RW7A 1ASVA 3ZSRA 4KB0A 2E6LA 1K6YA 4ZTJA 1BHLA 1JLEA 3NH2A 3ULDA 3CQ8A 1LAVA 2WOMA 3NDKA 4DTJA 2PYJA 3I0SA 4LH5A 4LD0A 4OLBA 3V1QA 4Q0BA 2HHQA 1JXBA 1DTQA 4HTUA 3B6PA 4Z4CA 3KLGA 2ITGA 1B92A 3I0RA 4I2QA 3KTQA 3HL8A 1B9FA 4CJ5A 1NJZA 4KB1A 2YNGA 3QIPA 4F3TA 3L3UA 1C1BA 3TANA 4MQ3A 1XHZA 5CZ1A 2YKMA 2HW3A 1T03A 3TI0A 4DQPA 1IKVA 4F2SA 4DWIA 3SV4A 4K8XA 4Z4FA 4YFUA 2PZSA 3K5MA 2HNDA 2G8HA 1Z25A 1NOYA 4CGJA 4CF2A 4KHQA 2RF2A 5J2QA 3MXMA 4FJHA 1WSEA 3O4QA 4O5BA 1NJXA 4AHUA 3OYBA 4CJLA 1S1UA 3K57A 4HUGA 4AILC 4DF4A 4PUOA 2OZMA 2IGIA 4FZXC 1ZBHA 1IKXA 1IG9A 1C0TA 4DLGA 2KFNA 1VK0A 3DMJA 4Z0UA 3CFPA 1JLAA 4FJ5A 4DFMA 4ELTA 1VSLA 4N41A 4E19A 2D0CA 3KKRA 4M3RA 3EZ5A 1L3VA 4FJMA 3ZT3A 4Y1CA 1LWFA 4IG0A 1EX4A 3AA3A 3VQ7A 3L2UA 1WSHA 3QEPA 1QTMA 4FK2A 3AVKA 1TAUA 2FBYA 1QQCA 4PA1A 3P83D 3QIOA 3LZIA 1KFSA 1TL1A 3HVTA 4PWDA 2P1JA 1FKOA 4OGCA 1S1XA 4ID5A 4HHTA 1REVA 1VSJA 4Q5VA 2IDOA 2RN2A 4CE9A 3HSTB 5J2MA 2D5RA 4CIGA 3QLHA 4Z4HA 3O4NA 3KLFA 4NCAA 5DMRA 3LP0A 1Y97A 3ZT0A 2GUIA 4DTOA 2YV0X 4RW4A 4UQGA 2XO7A 3KJVA 1CXUA 2E4LA 5DK5A 4KAZA 4KHWA 2DY4A 3CM6A 3ISNC 4MFBA 1JKHA 2YNHA 3KLEA 1A5WA 4CJ4A 3OYNA 1S5JA 4KO0A 1R0AA 1G15A 4CF0A 4WE1A 3DLHA 3HP6A 5C25A 4DU4A 1CZ9A 3HT3A 3SCXA 2HHSA 4FJIA 3WNEA 1DTTA 2ATQA 2OPQA 3TAQA 1UAXA 4B08A 2QKBA 3ALYA 3KK1A 4FJJA 3AO5A 4I9LA 5KI6A 1GOAA 4FJNA 1TL3A 1X9MA 3WNFA 4CJQA 3KK2A 3RMBA 4RW9A 1SL0A 4DTMA 4J2EA 4BWMA 3G10A 4GW6A 3HXMA 1UA0A 3NF7A 3OS2A 3DM2A 2Y1JA 1RDCA 1WAJA 1YTUA 4KTZA 4DFPA 1YVUA 3ZSYA 3C95A 3ITHA 3V1RA 2LSNA 1VSFA 4FJKA 1HJRA 4FLYA 1L3TA 3KD5E 4M3TA 4CHQA 1WSFA 1TKTA 3L2QA 4BE1A 2G8KA 3VQCA 4FJ9A 1W0HA 2XHBA 1F21A 1JLCA 3L3VA 3O3HA 1VSMA 4CEFA 4E7IA 4OPJA 3K5NA 1X1PA 2HNZA 2P5OA 1HPZA 4CFDA 4KFBA 1SKSA 3SQ0A 4KHUA 2O4GA 3NH0A 3NFAA 3OJSA 4BDPA 3TR8A 4OVLA 2O4IA 1C6VA 5D3GA 4B9LA 3OYHA 4CEBA 4I2PA 3NE6A 1D9FA 4FLUA 2QKKA 2X6SA 3ASMA 3AV9A 2OYQA 1KVCA 1CLQA 4DSEA 2IC3A 5T7BA 3O3GA 1RNHA 3OYGA 2AJQA 4AHVA 4R5PA 4J2DA 3SQ2A 4C8LA 4DSLA 1Q9YA 4DFKA 1I3AA 4FLXA 2VG6A 3NF9A 3F73A 1BIUA 5J2NA 3EY1A 4CIFA 2ZE2A 4DG1A 3RMAA 1BQNA 4B9NA 4B9UA 2F96A 5E41A 4EP5A 1IKYA 3NGZA 2G8IA 4CGHA 1ZYQA 4I7FA 1RT3A 5KRSA 1SKRA 4IDKA 3VQQA 4IKFA 3ZSQA 4DQQA 4B9TA 4L8RB 3SUOA 4NCBA 4M3WA 3DOLA 4KTQA 2BE2A 4KTWA 1J53A 2HVIA 3L2RA 5HRSA 4CERA 1HMVA 3MXJA 3LALA 1TKXA 4DS5A 3SNNA 1Z26A 3QESA 2DTUA 4LSLA 2PY5A 3RRHA 3V6DA 4CF8A 2A1RA 2YHAA 4AHCA 5HROA 1JL1A 4KREA 2KQ2A 4IFVA 3BDPA 1IH7A 2W42A 3ZSWA 1U47A 3ZSZA 4DLEA 4DTNA 1LWCA 3AVGA 3QETA 4DTUA 1S9GA 4W5TA 5KRTA 3V81A 1X9SA 4FM1A 1RBVA 4H4OA 3QEXA 1Q9XA 4AHSA 2OPSA 1TK0A 3TAFA 3QO9A 3DLGA 3M8SA 1XHXA 1HYVA 3AVFA 3TWHA 3V9UA 3LPUA 2XY5A 3DRSA 4JRQA 1HNVA 3DOKA 5I42A 1JLFA 2VWKA 4IFYA 4O44A 4LH4A 4B8CA 1BIZA 1J9AA 4CJVA 4O0IA 1ASUA 1D8YA 2ZQBA 4E7LA 1KTQA 3OY9A 1IO2A 1WSGA 4ID1A 1U45A 1NK5A 3V4IA 4FJ7A 1RT7A 3AO4A 4W5QA 3SV3A 3G0ZA 4FK0A 1SKWA 3MEDA 3OYMA 4C8KA 1L5UA 1XWLA 1VSIA 4C8MA 1VRUA 2JLEA 1RDDA 2IAJA 1U48A 2B4JA 4DQIA 4CGDA 5HP1A 2HHTA 3HJFA 1RDBA 2X78A 2Z1IA 1VRTA 3OJUA 4BE0A 3TARA 2P51A 4CEEA 3AVAA 3SPYA 4B3OA 4M3UA 3P1GA 4DSKA 3QEVA 3U3GA 5I3UA 3VQ5A 4FK4A 4M3XA 3HP9A 1RT6A 3MECA 5EU7A 1SV5A 1JLQA 1RTJA 4W5NA 1RT2A 4JLHA 4QOZB 1VSKA 1QSLA 4CHPA 1HQEA 2FBVA 4NYFA 1JLBA 3QNOA 3K5OA 3OYEA 4M45A 3SI6A 4C8NA 3SPZA 3NGYA 4KI4A 4CJTA 4CEDA 3VA3A 3RR7A 5KTQA 1SL2A 2Q3SA 1T8EA 1KSPA 1LW0A 3RR8A 3UIQA 4TSXA 2EHGA 1D5AA 4CHOA 4GMJB 1EETA 3TAGA 3LAKA 3HPGA 3C6TA 3F9KA 3OS1A 2YHBA 4HCCA 1TGOA 4CEQA 3NAEA 5J2PA 1KCFA 4F2RA 4ZTFA 4NYNA 1RCHA 2XRIA 2YKNA 1RDAA 4FJ8A 1WN7A 2RKIA 1FKPA 3AVIA 1ZBIA 2G8WA 3B6OA 4ICLA 4AHTA 4XIUA 3LP3A 3P5JA 3KK3A 2HHXA 1BI4A 5KGWA 3TABA 4FXDA 3KLHA 3KLIA 1C0MA 1KLMA 2YNFA 5SWMA 3OYAA 3SQ4A 3EYZA 1T7PA 5C24A 1C1CA 2XY7A 3HVRA 4FJLA 2GV9A 2HNYA 4ELUA 4FZYA 3LAMA 4E7HA 3PX0A 1CXQA 3CFRA 2Y1IA 5CYMA 1TKDA 4Z4GA 1RBTA 4CGFA 2R7YA 4CJFA 1WSIA 3C94A 3VN5A 3VQ6A 5KGXA 4E1NA 1W9HA 3VQDA 4AH9A 1S6QA 3S3OA 1NJYA 3A2FA 3PUFA 3SJJA 1SUQA 3WNGA 1YTAA 3LPTA 3LZJA 4BE2A 3M8QA 3AVMA 2VWJA 4JRPA 4N5SA 4FVMA 1RTDA 1NJWA 4CK3A 3I8DA 1EP4A 1TKZA 3DLRA 3S3MA 1NK6A 1U4BA 1BCOA 3KIOA 3ZT4A 4FM2A 3PY8A 5FRMA 1VSEA 2XY8A 3NF8A 2F8TA 2F8SA 4M41A 1FXXA 3OYDA 1RTIA 3NHGA 4Z4EA 3MEGA 3PX4A 1XI1A 4LSNA 3K58A 4FLZA 1U49A 1BISA 2FBTA 1ZBUA 4HUEA 4CECA 1UOCA 3ZT2A 4CHZA 4M3YA 4DSIA 4KHYA 3VA0A 4G1QA 3ZSVA 4CEOA 4KI6A 3U3YA 4Z4IA 4CJUA 4CESA 1HNIA 2D0BA 4KHNA 4C8OA 1YT3A 4OKEA 1JLGA 1RBUA 4HUFA 2BDPA 3SUQA 3JSMA 3LP2A 1KVAA 2HVHA 2FBXA 1D9DA 2QK9A 1BQMA 3QNNA 3RRGA 3V9WA 3DYAA 3THVA 1BI4B 4QAGA 2Z1JA 1S6PA 1RT4A 4E7KA 2GBZA 4CIEA 4IBNA 4OPKA 2ZD1A 3AVBA 4FLTA 2VG7A 4FYDA 1VSDA 4W5RA 2HHWA 4O55A 1X9WA 4CF9A 4FCYA 4N56A 2I5JA 3LDSA 1ZBLA 4H4MA 1RBRA 1L3UA 3AVCA 4EP4A 4ELVA 4PY5A 4Y1DA 2NUBA 4W5OA 2OPRA 3NGIA 1TAQA 3V1OA 3SYZA 3U6FA 1N6QA 2G8FA 3KD1E 3L2VA 3QINA 5HRRA 4KHSA 3VQ9A 4DSFA 1I39A 4DTPA 1LV5A 3AA4A 4CJSA 2X74A 4CJ3A 4DS4A 4CCHA 4B8AB 4BACA 4RW6A 4FLVA 3RWUA 3DRPA 3AA2A 2KTQA 4EZ9A 4CJRA 2HMIA 1JL2A 3IAYA 4OKKA 3M8RA 5CYQA 3IS9A 1T05A 4CFBA 4ZHRA 3LANA 2IS3A 5HBMA 4FM0A 2P5GA 3SZ2A 1S9EA 2YNIA 1NK0A 3MXIA 3T3FA 3QERA 4F3OA 3AVHA 3D0PA 1TK5A 1LW2A 3HYFA 2VG5A 4CEAA 4LY7A 1CZBA 4BDZA 3IRXA 4B9MA 1NK9A 3VQEA 4CJWA 4EZ6A 4CHNA 4E0DA 4E7JA 3CYMA 2G8UA 4F8RA 3BGRA 2QXFA 3AA5X 4KPYA 4CEZA 4O0JA 3OYCA 4B9VA 1DLOA 3LP1A 2Z1GA 2DFHA 4O4GA 2X6NA 1HYZA 3AVLA 3K5LA 4IG3A 3SUPA 4OKJA 3PO5A 3ZSOA 4KRFA 5J1EA 3OYFA 3TAPA 3S3NA 1KVBA 3OYJA 2KFZA 3QEIA 1RT5A 2OZSA 4DTSA 1ZBFA 1HRHA 1RT1A 3RMDA 1O1WA 3NCIA 4FZZA 1HQUA 1UWBA 3DI6A 3VQBA 4CGIA 3PV8A 4F4KA 4OLAA 4JS4A 3DLBA 1J54A 4J2AA 1GOBA 3H08A 4H8KA 3V9SA 1SL1A 4QCLA 3VQAA 5CZ2A 1NOZA 4RW8A 1IKWA 3SUNA 4M42A 3RTVA 1J5OA 4I9QA 3VQ4A 4N76A 1WNSA 4CJPA 4FJXA 4M3ZA 1HYSA 4AHRA 3JYTA 1XC9A 4RG8A 4HCBA 1BGXT 1UA1A 2HHUA 1TK8A 1QSYA 1GOCA 2D0AA 4OJRA 2EX3A 1A5VA 4B9SA 2BGGA 3HK2A 2KW4A 3WNHA 2B6AA 5FROA 1C1AA 4E89A 2HB5A 1BL3A 1S1TA 3ZCMA 4HVJA 3AO3A 2RPIA 1N5YA 3HPOA 3L2WA 4YNQA 3SQ1A 4N47A 1QHTA 1QE1A 1WSJA 3DLKA 5K14A 1RILA 3VQPA 4KV8A 1BCMA 1S1VA 1NK8A 1EXQA 2KZZA 3DLEA 2XY6A 2G8VA 1B9DA 2ETJA 4FW1A 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NBPA 3C6UA 4KHPK 1EKEA 4NCGA 3HM9A 1HNWK 4CGGA 4RWTA 3O5BA 3OVNA 3NH1A 3CCJN 4CFCA 3QEWA 3OYKA 4FPAA 2WONA 5JS1A 5BRHA 4BR9A 5EOYA 3T19A 4KKOA 3D2EB 4JK8A 1NKBA 4JS5A 1RTHA 4FLWA 2PYLA 3PO4A 1NMDA 2FF6A 4E3SA 1YJNN 4Z94A 4FW2A 3T1AA 4A5AA 3E9LA 4M7YA 4BRDA 4WFBL 1VQ4N 3KKSA 4E1MA 3AVNA 5SZTA 2E1YA 3HTVA 1Z05A 4EHUA 3CMAN 5HRPA 2DPNA 4DU1A 4DV4K 2WUSA 1XQSC 1BHLA 2PYJA 3CQ8A 2Q1NA 4DTJA 3I0SA 4LH5A 4LD0A 3DXKA 1IBKK 2ZJPL 4HTUA 1B92A 1B9FA 4KB1A 1NJZA 2ASPA 3QIPA 3L3UA 5CZ1A 2HW3A 1T03A 1IKVA 1Q86O 3CCRN 3WUHA 4Z4FA 4H5WA 4AM7A 3R1XA 1YJWN 5KQDA 2RF2A 3O4QA 1NJXA 4AHUA 4HUGA 3K57A 4YOVA 4AILC 2O8BB 5AQQA 1ZBHA 1E4GT 1IG9A 2KFNA 3DMJA 4Z0UA 1XUPO 1VSLA 4N41A 1FW6A 2D0CA 4M3RA 3EZ5A 4B1YB 3AA3A 4IO8A 1QTMA 1TAUA 1MWKA 4PA1A 3LZIA 2HBLA 1HUXA 2UUCK 3HVTA 3CCEN 1FKOA 1NBWA 1REVA 4JI5K 3JS6A 3OTOK 4CE9A 4CIGA 4Z4HA 1KC8O 3ZT0A 2GUIA 3FE1A 4BC4A 3L6QA 3KJVA 4LF6K 3OHRA 2P9IA 4MFBA 4A5BA 3CMEN 1JKHA 2YNHA 1A5WA 5F1XA 3OYNA 3QICA 5C25A 3U9DA 4DU4A 3SCXA 1E4FT 1TUYA 1DTTA 3Q7BA 4B3MK 4JD2B 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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