3AVCA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avcA00
2VG6A 1QE1A 4DWIA 1JLAA 1RTJA 4CEBA 4OKKA 1CXQA 2P1JA 2YKMA 5HROA 4FK2A 2R7YA 1TAQA 4W5QA 2D0CA 4DQIA 4KO0A 4CJEA 1MU2A 1SL0A 4OVLA 4JLHA 1Z25A 5J2QA 2Q3SA 4ID5A 1VSIA 4F8RA 4C8NA 1RT6A 1VSMA 3ITHA 4LSNA 1SV5A 5FDLA 4AHVA 4DLGA 4DU1A 3QEXA 1NJYA 1A5WA 4KHYA 1TKXA 2EX3A 3O4QA 3NGZA 3KLHA 4OPKA 4KTWA 3ZSYA 3IS9A 3CM5A 3AVJA 1X9WA 4RW4A 1QS4A 4B9NA 5HRPA 4BE1A 1ZBUA 2E4LA 4FM2A 2XRIA 2Z1JA 4DSEA 1UA1A 1EP4A 4CHNA 2OPQA 2ATQA 4FK4A 4CJFA 1RT3A 1C0UA 3DM2A 2EHGA 3WNHA 3HXMA 4DSFA 3SNNA 1XI1A 2QKBA 3OS1A 1NK0A 2G8WA 4IDKA 4K8ZA 4KHSA 4M3RA 1TL3A 3TR8A 4DMNA 3QEIA 1RBVA 3B6PA 4CJSA 4FW2A 3CM6A 4CJVA 1QSLA 1RDCA 1ZBIA 3NF8A 4DTJA 2E6MA 2WONA 1WSEA 5J1EA 4HUFA 4B9SA 4KTQA 4JRPA 4BDPA 2GBZA 1U47A 2G8HA 3ZT3A 1A5XA 3F9KA 4F2RA 2HHQA 4QCLA 3AO1A 1Y97A 2G8UA 4Q0BA 5SWMA 2OPRA 3HP6A 3QEPA 3PUFA 3DLGA 3IRXA 4IG3A 3ZT2A 1RDBA 2HVHA 4CK3A 1HQEA 1TVRA 4CJWA 1CLQA 3V1OA 3ZSOA 3VA0A 1C0MA 3NBPA 1S9EA 1Z26A 4AHUA 3HVRA 4AILC 1KVCA 1QTMA 3DRPA 2JGUA 4GMJB 4O55A 4CEAA 4CIGA 4IFVA 4B9LA 4KB0A 3O3GA 2G8FA 3AO2A 1T8EA 3K5OA 3JSMA 2Z1GA 2NUBA 3MECA 3BDPA 2OZSA 3LP1A 1BCMA 4FLVA 1S9GA 3OYIA 4FZZA 5JS2A 4CHOA 1G15A 3AVMA 2ETJA 4LSLA 1JLGA 4CGGA 3AVKA 5C42A 3SUNA 1HYSA 2HHVA 1N5YA 1J9AA 1BQMA 3OYMA 2VWJA 1O1WA 3V6DA 1KFSA 4LY7A 4CE9A 1JLEA 1IO2A 1FKPA 5CY4A 1R0AA 4CCHA 1QSSA 2ZD1A 4FCYA 3ZSZA 3ZSRA 3FFIA 1EXQA 2W42A 4HUGA 4M42A 2HHUA 3OYJA 3KTQA 4W5RA 1RBRA 1VSDA 1ZBLA 3PV8A 2VG7A 4FJ7A 1FK9A 4NCAA 3V9UA 5HP1A 1RTDA 4CEEA 1BIZA 3SQ1A 3OYCA 1JLQA 1QQCA 4YFUA 3NHGA 4DSKA 3L2RA 4FK0A 3M8SA 5HLFA 3NGYA 4LH4A 2FBXA 4AHSA 3SQ4A 4CECA 2BDPA 4CK2A 1VSHA 3T19A 4N56A 4DTNA 3KK3A 3THVA 2F8SA 1KLMA 1LAWA 2RKIA 1QHTA 2BGGA 2DFHA 1HRHA 4DS5A 2PY5A 1HYVA 4DTOA 3OYEA 3OYHA 1DTQA 2HB5A 3PO4A 4FJ8A 4M3WA 1F21A 3I0SA 4F3TA 1HQUA 2GUIA 4CF1A 2B6AA 3CQ8A 3LPUA 4C8OA 1LW0A 4DTUA 1VSKA 4B9UA 3M8RA 3ZT1A 2Y1JA 1NK7A 2PYJA 3ZCMA 4C8MA 2KFZA 4Y1DA 1RBTA 3ZSVA 4PQUA 3OYLA 3AA5X 1S6QA 3L8BA 3S9HA 3LP3A 4E7HA 4ID1A 4CJQA 3H08A 3O4NA 4FJIA 3VQ7A 3NH0A 3CYMA 1RT4A 3RMCA 3L2UA 4CF0A 3L2WA 3K5NA 1N6QA 1ZBHA 5CZ2A 2ITGA 4FZXC 3VQ9A 4Q5VA 4M3UA 1NOYA 1UWBA 3TAPA 2X6NA 1BQNA 1WSHA 3VQAA 4EP4A 1KSPA 4DSJA 3WNEA 4KPYA 4F2SA 2KQ2A 3DRSA 4FLWA 1TGOA 5KGXA 4FJGA 1VRTA 1S1VA 2HVIA 5FRMA 3OYBA 3KLIA 1T05A 4M45A 1JXBA 1B9DA 1W0HA 3MEDA 3LZJA 3SPYA 1Q9XA 3TAQA 4UQGA 3JYTA 4M3YA 4DTMA 1U04A 4JS4A 3KK1A 1BGXT 1REVA 2FBVA 3DLEA 3RMBA 3PX6A 5DMRA 4OGEA 3SJJA 3LP2A 1NK4A 4DLEA 4O5BA 5SZTA 2OYQA 4AH9A 1ZBFA 3OYNA 1B92A 3OYDA 3QESA 4CFCA 1NKBA 1RT2A 4CHPA 1S5JA 1RTIA 1EETA 4MFBA 2YHBA 1EX4A 4CJPA 4F3OA 3CFPA 3DMJA 4DFPA 3HP9A 2X78A 2Z1IA 3VN5A 4CGHA 5KTQA 5C24A 1XHXA 1XWLA 3NE6A 4FLYA 3V9SA 2HNZA 3HSTB 3T3FA 4E1NA 1L5UA 1LW2A 2F96A 4J2AA 3ZSQA 2QK9A 5JS1A 4DTXA 1TKZA 1HJRA 1LV5A 1ITGA 1SKRA 3BGRA 4KKOA 2Y1IA 3MXIA 3IAYA 4M3TA 4RG8A 4JRQA 1TKDA 1KCFA 3PO5A 3QETA 4BDZA 4OKEA 3I0RA 1C1CA 1JLCA 5CZ1A 4CGDA 3TANA 3KLFA 3MEGA 2ZQBA 4CFBA 1JLFA 2OPPA 3I8DA 4NCBA 4M3XA 3HJFA 3LAKA 2XY5A 1WSGA 3AVLA 3KKSA 2D0AA 4ELTA 1GOAA 2HNYA 3AA4A 3IG1A 3OJUA 1D8YA 3V4IA 3U3GA 2DY4A 4CFAA 3OYAA 1NKEA 3V1QA 2BE2A 3D0PA 1KLNA 2QKKA 3RMAA 3LAMA 1BCOA 4CESA 1KVAA 3OYFA 3U6FA 1I39A 4PWDA 2HHTA 1Q8IA 1FXXA 3DLRA 3HM9A 1ZYQA 4Z4HA 5J2PA 4HVJA 3QIOA 3C6UA 5I3UA 2RF2A 1BL3A 1RT1A 1IKXA 3AVHA 3L2QA 3L3VA 4LH5A 3NH1A 4DF8A 2E6LA 1U4BA 3WNGA 2RPIA 3MXJA 4CEQA 2OZMA 2B5JA 3SUPA 4KRFA 4N47A 3C95A 1XC9A 1JLBA 1SKSA 4DTRA 5KGWA 2ZE2A 3TAGA 3AO3A 1NOZA 3OYKA 4HCCA 1NK9A 3TARA 5HBMA 1S1TA 1ASUA 1C6VA 1I3AA 3DRRA 3VQ6A 3EYZA 1TV6A 2B4JA 4FM1A 4R5PA 3KKRA 4H4MA 1VSFA 1YTUA 3B6OA 4CF8A 1X9SA 3RWUA 4DQPA 4E7JA 1VSLA 1WSIA 2XY7A 4FW1A 4AHCA 3QNNA 1BI4A 1RDDA 3LPTA 4OKJA 3HPHA 5KRSA 3ZT4A 1SL1A 4Z4CA 1L3UA 5J2MA 5FRNA 4NCGA 2DFEA 4QOZB 4FJJA 4B3OA 2KTQA 3QLHA 4BWMA 3M8PA 5I42A 2LSNA 4KTZA 4FJLA 4BACA 3K57A 2YKNA 1S1WA 5KI6A 2XY8A 3K5LA 3TWHA 2G8VA 4K8XA 4KB1A 4BDYA 4DQQA 4HUEA 4O44A 1IKVA 3AVCA 4I2QA 4DF4A 3RRGA 1VSEA 3HO1A 1L3SA 1U45A 1GOCA 2D0BA 4DU3A 1JXEA 1HYZA 2FBTA 3L3UA 1ASVA 3E01A 1L3TA 4CHZA 2Z1HA 1YVUA 3SUOA 3TI0A 1XHZA 4W5NA 4Y1CA 1RNHA 1BHLA 1U48A 2FBYA 1YTAA 1CZ9A 3AVNA 5K14A 4RW6A 3LALA 4I9QA 3TAEA 4Z4GA 3TAMA 2YNFA 3KIOA 4N76A 2I5JA 1U49A 3DOLA 1TAUA 4B8CA 4E7IA 4CJ4A 1FKOA 3LWLA 2X6SA 4FLZA 3P1GA 1ASWA 1RILA 3AVBA 1EKEA 3QNOA 1Q9YA 4KREA 4Z4IA 3CFOA 3HT3A 3RRHA 4EZ9A 2XY6A 5HRNA 4E7KA 4DSLA 4O0IA 1C1BA 4FYDA 1LWEA 3O3FA 3LP0A 4FXDA 4JS5A 2KW4A 1IKYA 1WNSA 4GVMA 1VK0A 3HL8A 4OGCA 4AHTA 3SI6A 4KI4A 1T03A 1S1UA 4DQRA 3OY9A 3LZIA 2KZZA 1RTHA 1TL1A 4CGIA 3S3NA 3SYZA 3HPOA 3V81A 1T7PA 4CJKA 5KRTA 2P5GA 3VQDA 4I9LA 5CYQA 3VQQA 3VQCA 3AVAA 3ALYA 4EP5A 3EZ5A 3V9XA 4N41A 5CYMA 4DFJA 2HW3A 4B9VA 2YNIA 3G10A 1D9FA 3AV9A 4N5SA 1D5AA 1JKHA 4DTSA 3VQ4A 4DQSA 1JL2A 3SV4A 3HK2A 3AO5A 3LANA 2PYLA 3OS2A 3VQ8A 4FZYA 3RMDA 1HNVA 2YNGA 4DTPA 3PY8A 1JL1A 4MQ3A 1VRUA 3QINA 3AVGA 3SQ2A 3QERA 2OA8A 3L2VA 2HHSA 5EU7A 1RCHA 3VQBA 3MXMA 4KHUA 3NF9A 1BI4B 3V9WA 1UOCA 2OPSA 4PA1A 3NAEA 3NF6A 4DG1A 3NFAA 3S3MA 2YNHA 4E7LA 4HCBA 2O4IA 1WAJA 3F73A 4B9TA 2HHXA 4WE1A 3KJVA 4EZ6A 3VQ5A 1SUQA 2IC3A 2YV0X 5T7BA 1RDAA 3PX4A 1S1XA 3SV3A 4DU4A 1NJWA 4GW6A 4E0DA 3DLKA 4W5TA 4M3ZA 3OYGA 3VA3A 3QEWA 4G1QA 4C8LA 2KZMA 4M41A 4B08A 4H4OA 3K5MA 1RT7A 3QEVA 5D3GA 3ULDA 1TK0A 1CZBA 3AVFA 3ZSXA 4CJLA 4J2BA 1TK5A 3TAFA 4KHNA 2BANA 2IGIA 4OLAA 4L8RB 3NF7A 3DOKA 4QAGA 4OJRA 4CHYA 4HHTA 1C1AA 3DI6A 4ZTJA 1J5OA 4FLXA 4IKFA 1TK8A 4IFYA 3O3HA 5FROA 2DFFA 2YHAA 4HTUA 4AHRA 4ZHRA 3EY1A 3WNFA 3RR8A 4OPJA 3K58A 4DS4A 1NJXA 4FJHA 2KFNA 4KV8A 5C25A 1C0TA 2AJQA 4CF2A 3SQ0A 2QXFA 4CIEA 4J2EA 5DK5A 4CGFA 1KRPA 4IG0A 1J53A 5HRSA 1WSFA 1L3VA 1RBSA 4E89A 2GV9A 1HMVA 4NYNA 4H8KA 2VG5A 3LWMA 3P83D 4DFMA 4J2DA 4CF9A 4CJRA 3LDSA 3RTVA 3DYAA 3CG7A 4KI6A 1IG9A 4CEDA 3SUQA 3C94A 4CGJA 1IH7A 1B9FA 3MAQA 3T1AA 3AO4A 4XIUA 1IKWA 2RN2A 1W9HA 1HNIA 4ELVA 4CJ3A 1D9DA 4RW7A 4E1MA 3V1RA 4CJUA 3SZ2A 2X74A 1LWFA 4I2PA 1NK5A 1X9MA 3U3YA 1NKCA 3AA3A 1KTQA 4KFBA 2XO7A 3QO9A 2HNDA 3ISNC 1RT5A 4W5OA 1WN7A 4BE0A 4I7FA 3S3OA 2FC0A 1A5VA 2G8IA 4TSXA 3V9ZA 1TKTA 1KFDA 4CJ5A 3HVTA 4RW8A 2XHBA 3QIPA 4O4GA 1QSYA 2PZSA 1KVBA 3NDKA 1LAVA 4DFKA 1BIUA 1NJZA 2D5RA 3RR7A 2WOMA 4NYFA 4CEOA 3G0ZA 3SPZA 4FLUA 4Z4FA 3HYFA 4IBNA 1WLJA 4O0JA 3OS0A 1UA0A 4BE2A 3P5JA 4LD0A 2VWKA 5E41A 2A1RA 3KD1E 3PX0A 4DSIA 3KLEA 4CHQA 2IS3A 4CFDA 4Z4EA 4B9MA 4FJXA 1UAXA 1VSJA 1SKWA 4Z0UA 4KHQA 3HPGA 1DLOA 1BISA 1NK8A 4FJMA 3OJSA 3K59A 4CEZA 1HPZA 3A2FA 2G8KA 1CXUA 1GOBA 3MEEA 4OLBA 1J54A 4CJTA 4BWJA 4FVMA 3VQPA 3C6TA 2IAJA 3ZT0A 4CK1A 3NH2A 3M8QA 3DLHA 2P51A 2F8TA 4FM0A 5HRRA 2A1SA 3KLGA 4KHWA 2DTUA 1K6YA 3KD5E 3ASMA 3DLBA 1RBUA 3SCXA 3OVNA 3NCIA 1YT3A 1WAFA 3NGIA 3AA2A 2P5OA 4ELUA 1WSJA 4KAZA 4E19A 4FLTA 4FJ9A 1DTTA 4F4KA 4FJNA 3K2PA 4ICLA 4CEFA 2IDOA 1NK6A 2JLEA 4B8AB 4CERA 4CIFA 3AVIA 4E3SA 1S6PA 4RW9A 2O4GA 3ZSWA 4YNQA 1X1PA 2HMIA 2HHWA 2IOCA 3KK2A 1SL2A 5J2NA 3UIQA 4PUOA 3CFRA 4FJ5A 4PY5A 4C8KA 3D45A 3VQEA 1LWCA 3TABA 4FJKA 4ZTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DWIA 1QE1A 1JLAA 1RTJA 4WFNL 1OVYA 1CXQA 4OKKA 1P90A 1K8KA 2R7YA 2DPNA 1MU2A 4WQ4C 2Q3SA 4C8NA 1RT6A 4LSNA 3KWGA 1SV5A 4DLGA 3QEXA 4DU1A 4BC4A 5M1PA 2NRTA 3KLHA 3ID6A 3AVJA 4JD2B 5HRPA 4FM2A 2RHKA 2ATQA 3LM2A 4CJFA 1C0UA 3WNHA 3HXMA 4PKHA 1NK0A 4IDKA 3GBTA 1RBVA 3UKUB 1RDCA 1YJNN 4G9ZA 1OVQA 2E6MA 2WONA 1VQ4N 4BVOA 3F9KA 3AO1A 1Y97A 4A5BA 1NGCA 1E4GT 2OPRA 3HP6A 3QEPA 3ATUA 1RDBA 3P38A 1TVRA 3BZCA 3CC7N 3FZMA 3V1OA 1NGJA 1S3XA 5AQLA 2ZJQL 3VA0A 1S9EA 1KVCA 2JGUA 4GMJB 2FLOA 3O3GA 3K5OA 3QB0A 2NUBA 3MECA 4NLBA 3CXCM 1WBBA 3BDPA 3SAHA 2OZSA 1T6DA 4QS8A 4FZZA 5JS2A 2HHUA 1HYSA 4JI4K 1R0AA 1JLEA 1FKPA 1MWKA 3CC2N 3H1QA 1K8KB 2W42A 5M1QA 4HUGA 5AQJA 2D0PA 2QTDA 3PV8A 3ZLJA 5M1NA 1KAYA 5CR4A 1RTDA 5JVHL 3SQ1A 4YFUA 3NHGA 4DSKA 5FPNA 4JI7K 5AQPA 4FK0A 4DHYA 1JCEA 4K41A 4LH4A 2BDPA 3KK3A 2E2PA 4K42A 1QHTA 2DFHA 2PY5A 3KVGA 1Q81O 3HOTA 2E1ZA 4FJ8A 4F3TA 1HQUA 2GUIA 3CERA 3ZCMA 4Y1DA 3MN9A 1ATNA 3VMFB 4ID1A 4CJQA 1IV0A 3VQ7A 3CYMA 1VQKN 4BVPA 2ITGA 3MMVA 3VQ9A 4Q5VA 4M3UA 3TAPA 4QS9A 3FR0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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