3AVKA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avkA00
1S6PA 3G0ZA 3HVTA 5KGXA 4ELTA 1LW0A 2QXFA 3BGRA 4J2BA 2F8TA 3DRPA 1NK4A 2P5GA 3TI0A 2F8SA 5HLFA 3DLKA 3L2RA 3HL8A 4CGIA 1J53A 3LP1A 4DTUA 3UIQA 1ITGA 1YT3A 3ZSRA 4HUFA 3OYAA 2BGGA 4CGFA 3EZ5A 3DI6A 4DMNA 2B6AA 4E1NA 1SL0A 1BQMA 1HPZA 4AILC 3SUNA 1KFDA 3OYLA 3DYAA 1RBVA 1EETA 4KHWA 2ETJA 4Z4EA 3LAMA 4CIGA 2X78A 4KO0A 3ZT1A 4MFBA 2YHBA 3KKRA 3NDKA 4FLTA 3V1RA 1S1TA 1Z25A 4DU4A 4DSEA 2IOCA 1C6VA 5KRTA 4DTRA 3P5JA 3DM2A 3PX4A 3F9KA 1VK0A 1T05A 4C8KA 2HNZA 5HROA 3AA3A 2E4LA 3NAEA 2IDOA 4DQRA 1XI1A 1NKBA 2ZQBA 3LP2A 4G1QA 4LSNA 4O0JA 3VQPA 1L3SA 1VSIA 1BISA 4FM0A 3V9UA 3ZSXA 4DTMA 2FBXA 3C95A 5KGWA 2FBVA 4KFBA 3TR8A 3KTQA 5CZ1A 1QSYA 1XWLA 4KB1A 1BI4B 1JLAA 1VSKA 5HRSA 3NGZA 4IKFA 4E89A 1VRUA 4HUEA 4FJ8A 1N6QA 1Q9XA 4M3TA 3NF7A 5DMRA 4CJUA 4B9UA 1JKHA 3VQ4A 4IDKA 4I7FA 4W5RA 4DFKA 3RMBA 3T1AA 4PUOA 2HHWA 3OYHA 2A1SA 1J5OA 3NCIA 3KLHA 4FJXA 1TGOA 1HRHA 3K59A 4KI4A 5SZTA 1D5AA 2DTUA 1KLNA 3OJUA 3ALYA 3S9HA 1X9MA 4DFJA 1IKVA 3DMJA 1T03A 4CHZA 3HJFA 4M45A 4AH9A 2RPIA 4O5BA 4J2AA 1WN7A 3QIOA 4KV8A 3S3MA 3LZJA 1RT2A 3ZSOA 3AA2A 3SQ0A 1L3VA 2HVHA 3V1QA 3F73A 2OPSA 4ID5A 4BACA 1KCFA 3PV8A 1NJYA 4CEZA 4KB0A 1FKPA 4KI6A 1HYVA 1KVBA 3M8RA 4E7JA 1DLOA 2D0CA 3QEPA 5J2QA 4Z4CA 4CF9A 4FJHA 3HXMA 4FJMA 3HO1A 3RMCA 4F4KA 1WAFA 2HW3A 3LP0A 2HNDA 3IG1A 4AHRA 4CE9A 3ZSVA 4CK1A 4O0IA 3HPHA 4NCBA 4CJLA 2QKKA 4DTNA 3S3NA 1ZYQA 2PZSA 3SZ2A 2X74A 1HYZA 4M3WA 4CK2A 3CFPA 1C1BA 2YNHA 3TAQA 1KRPA 4FJJA 1FK9A 4Z4GA 5DK5A 1REVA 2JGUA 5HRNA 3HP9A 3SQ4A 2Z1JA 5C24A 4CGGA 1SKWA 3RWUA 1N5YA 1VSJA 1TKZA 4CFCA 4E0DA 5SWMA 1QS4A 4FJGA 3B6PA 3O3HA 1NOYA 2FBYA 1BI4A 3H08A 4KTZA 3QEXA 2RF2A 4CF8A 3SQ1A 1BHLA 1TK0A 3OYCA 1VSMA 4DWIA 4J2EA 1D9FA 3U3GA 1U04A 4FLXA 1L5UA 2G8HA 4PY5A 2YKMA 1QSSA 3SI6A 3NBPA 3O3FA 2F96A 4CEQA 1VSHA 4LH5A 2A1RA 4E7LA 1UAXA 3K5LA 3AA5X 3M8QA 4CF0A 4N5SA 1XHZA 3VQDA 4B9LA 3NHGA 3MXMA 1TKXA 2O4GA 3ZT0A 4CJEA 4M42A 3L2QA 4CEDA 1UOCA 1YTAA 4CJPA 4KKOA 3AVGA 5C42A 3SUOA 2NUBA 3LAKA 4M3UA 1HYSA 3O4NA 5CZ2A 3KK2A 2XY6A 1B92A 1KTQA 1VSFA 3PX6A 1SUQA 4EZ9A 4W5TA 1NOZA 5KI6A 1S9GA 1NK5A 2VWJA 5J2PA 3ZCMA 5J2NA 1KVAA 4FLWA 2XY5A 1IKXA 4IFYA 1DTTA 3IS9A 1EX4A 3PX0A 1NK9A 2D0AA 2B4JA 3U6FA 4PA1A 3TAGA 4B9SA 3RMDA 3SCXA 2EHGA 4FVMA 1I39A 1NJWA 4DQQA 3QO9A 4KRFA 3MECA 4UQGA 4GVMA 1LAWA 3WNFA 3O3GA 4W5NA 5C25A 3V4IA 5KRSA 4KREA 2JLEA 4CHNA 4DTXA 4F8RA 4N47A 2KFZA 2GBZA 4KTWA 4JS5A 4B8CA 4N56A 4DTPA 1TK5A 4CHQA 3M8PA 4OPKA 1SKRA 1T7PA 4DU3A 4F2SA 4QCLA 3T19A 3AVLA 3MEEA 1UA0A 4KHSA 2BANA 4EP5A 1B9DA 3TABA 2G8VA 4Q5VA 4CF1A 3AVJA 3OYGA 3VA0A 4DQPA 1R0AA 3VQAA 1LWCA 3V6DA 1BIUA 3KD5E 3DRRA 1U4BA 4DS5A 1BCMA 1QHTA 3ASMA 5J1EA 3SNNA 4FZZA 1CXUA 2ZE2A 2DY4A 3CG7A 4HTUA 4Z4FA 1X9WA 1LV5A 3NE6A 1U48A 1C0MA 3AVNA 4QOZB 3VQ9A 3NH1A 4F3TA 3AA4A 1KVCA 4E3SA 4B9NA 1RBTA 1VSLA 4DSLA 4KHNA 5FRMA 2HVIA 2BDPA 5JS1A 4OJRA 2YV0X 3LWLA 5FDLA 1JXBA 4CF2A 4CEFA 4BDPA 4FYDA 3KLGA 3VQ5A 1JLFA 4CJQA 4DG1A 1LWEA 3VQ8A 2YHAA 4ZTJA 1X1PA 2G8UA 4DFPA 1C0UA 2Y1JA 5CYQA 3K2PA 2KZZA 5I42A 3QNNA 4DSIA 1U47A 4DQSA 5JS2A 3OS0A 1QSLA 1CXQA 4FLZA 3IAYA 4K8XA 3NFAA 3QETA 4CHPA 2BE2A 1ZBHA 5KTQA 2WOMA 2OPPA 1BL3A 4H8KA 2ZD1A 2G8WA 3ZSZA 1JLCA 1VSDA 2IC3A 3LP3A 4CESA 3MXJA 2VG7A 1RDDA 3G10A 3AV9A 4FK0A 4M3YA 5FRNA 4JRPA 3DLGA 1QTMA 4M3ZA 1BGXT 4CFBA 1YTUA 1MU2A 1JLBA 1TKTA 1RTHA 1L3UA 3HM9A 3QIPA 5CYMA 1UA1A 3RR7A 4E7IA 2HHVA 4DTOA 3TAFA 4FW1A 4J2DA 4Z0UA 2PY5A 1RDAA 4CK3A 2B5JA 1Y97A 3M8SA 1NKCA 4KHUA 4HVJA 4CGJA 3OS2A 1RT6A 3HP6A 4CFAA 4DLEA 1HNVA 2D5RA 3DOKA 3ZT3A 4Z4IA 3CM6A 2XY7A 4C8MA 4WE1A 3OYJA 3V9WA 2P5OA 3QLHA 4K8ZA 1O1WA 3I8DA 3AO2A 3KKSA 1LW2A 3DLBA 3LZIA 4KHYA 3VQ6A 2FBTA 3ZSWA 4OKEA 1SL1A 3QEVA 1B9FA 4OVLA 4R5PA 1IKYA 3QINA 3ZSQA 3KD1E 4BWJA 1RDBA 1TL1A 2DFFA 3DLRA 3VQQA 4CIFA 3L3VA 3LANA 3LWMA 4CIEA 4OKJA 4E7KA 3K5OA 1EP4A 4ELVA 3K5NA 1Q8IA 3D45A 1U45A 2HHSA 4HCBA 3ZSYA 2P1JA 4RW6A 1X9SA 4ELUA 4FJ9A 1D9DA 3NH2A 3HPOA 3EY1A 4KTQA 3SV4A 3WNEA 4I2PA 1QE1A 5E41A 4TSXA 1A5VA 3AVAA 3E01A 3O4QA 4FJ5A 4FJNA 3HT3A 3RMAA 2QK9A 3HYFA 4KAZA 4OLAA 4DF4A 3SYZA 1W9HA 3KIOA 3AVIA 1RTJA 3MAQA 4AHUA 3C94A 4CJTA 4OPJA 3K58A 3PY8A 3VQ7A 3TWHA 4PQUA 5J2MA 3JYTA 3ULDA 1LWFA 4B9VA 2HHTA 1YVUA 3L2UA 4F3OA 1ZBFA 5HBMA 2G8KA 4RW7A 4GMJB 1FKOA 3L3UA 2Z1GA 1GOAA 3KLEA 2PYJA 1TAQA 4BE2A 4FZXC 1BQNA 1WSIA 3C6TA 4RW9A 4HUGA 1JLEA 1JLQA 3ZT2A 4I2QA 1JL1A 3AVFA 4LH4A 3SUQA 1TAUA 1DTQA 4CJ5A 3CQ8A 3QNOA 1KLMA 1RCHA 4E7HA 1XHXA 4B08A 4CJWA 4FM2A 2Z1IA 3OVNA 1ASWA 3HSTB 4CGDA 1ASVA 4CEBA 2YKNA 3OYFA 3T3FA 1NKEA 2FC0A 3VA3A 4DSFA 1RT5A 1RDCA 2DFHA 1FXXA 2YNGA 3KLIA 3B6OA 1S1XA 4XIUA 1C0TA 4IBNA 4OGEA 4CECA 1G15A 2YNIA 3OYBA 2RKIA 4OLBA 4GW6A 2QKBA 1CLQA 2XY8A 3QESA 1SKSA 4W5OA 3OYEA 3L2WA 3S3OA 1WNSA 3V81A 4AHVA 3CM5A 5HRRA 3SQ2A 2IAJA 2PYLA 3CFOA 4Y1CA 1TV6A 4ICLA 3HVRA 3QEIA 3HK2A 3P83D 1RBSA 1ZBUA 1WAJA 3HPGA 1EKEA 1S9EA 4E19A 3ITHA 1GOBA 2VG6A 4RG8A 4OGCA 4NCAA 3VQCA 4DF8A 3PO4A 4IG3A 2XO7A 3KK1A 1RTIA 3NF6A 1NK8A 4HCCA 2HB5A 3LALA 1JLGA 4M41A 4CJFA 3RRGA 2IS3A 2DFEA 4CEAA 4FLUA 2I5JA 1Q9YA 3TARA 1F21A 1RBUA 4ZHRA 2YNFA 1HNIA 4C8LA 1ZBIA 1VRTA 3MEGA 3PUFA 1QQCA 2EX3A 2KW4A 3LPTA 4CJSA 3TAMA 4FCYA 3KJVA 4DTJA 4CJKA 3SUPA 3MEDA 1A5WA 3KLFA 1T8EA 5T7BA 2WONA 3SPZA 5I3UA 1SL2A 4CJ4A 3RR8A 4IFVA 4O4GA 4I9QA 1BCOA 3KK3A 4BE1A 3OYDA 1S6QA 4E1MA 2Z1HA 2HHXA 3I0RA 1LAVA 2ATQA 3VN5A 4I9LA 3OYNA 1NJZA 5K14A 4B9MA 4FJ7A 1D8YA 4L8RB 1WLJA 1JXEA 4Z4HA 4CERA 4RW4A 2AJQA 3TAEA 1RT7A 5CY4A 2G8FA 2LSNA 4CFDA 1NJXA 3L8BA 4CEEA 4O44A 3IRXA 4BWMA 3AO4A 4H4OA 4DQIA 4EZ6A 3WNHA 1J54A 1KFSA 4M3XA 4N76A 1KSPA 3BDPA 3AVMA 3C6UA 4FM1A 3V9XA 1IG9A 4FZYA 4FK2A 4AHSA 2OA8A 2HHUA 4CJVA 1HJRA 1WSEA 3EYZA 2R7YA 1JL2A 2OZSA 1RT3A 3AVBA 4C8NA 4CHYA 2OPQA 4FLYA 3SV3A 4JLHA 3OYKA 1NK6A 2OYQA 4FJKA 2X6SA 5EU7A 1WSGA 3AVCA 3PO5A 4NYFA 3RTVA 2OZMA 4EP4A 3D0PA 3THVA 1CZBA 2HHQA 2G8IA 4JS4A 4DTSA 3OYIA 3MXIA 5FROA 4DLGA 1HQEA 2D0BA 2HNYA 2Y1IA 3RRHA 1RNHA 2KZMA 2HMIA 3V1OA 1ZBLA 2ITGA 3FFIA 3V9SA 4AHTA 3VQBA 3LPUA 4LY7A 4DSJA 3AO5A 1WSFA 3VQEA 3U3YA 3OS1A 3NGIA 4BDZA 4ZTFA 3WNGA 3TANA 2P51A 1CZ9A 4CJ3A 4DU1A 3NGYA 4DS4A 2KFNA 3K5MA 2X6NA 4B8AB 1L3TA 1RT4A 3DOLA 1A5XA 4RW8A 2XHBA 3ZT4A 3AVKA 4W5QA 3L2VA 1I3AA 1C1AA 3TAPA 2O4IA 2GV9A 4ID1A 4FW2A 2W42A 3AVHA 4PWDA 1RILA 4M3RA 3P1GA 4FK4A 5D3GA 2GUIA 2VWKA 3A2FA 3AO1A 3ISNC 4Y1DA 4LD0A 1S1WA 3NF9A 3OJSA 1XC9A 4KPYA 1TVRA 5HRPA 1RTDA 2OPRA 1WSHA 1NK7A 4IG0A 1RBRA 1Z26A 4CGHA 3QEWA 4B9TA 1S1VA 4Q0BA 1UWBA 3SPYA 3DLHA 3CYMA 1ASUA 3K57A 1TL3A 3JSMA 4FLVA 3AO3A 2E6LA 4FXDA 1TK8A 4KHQA 2VG5A 1VSEA 4YNQA 4BDYA 1J9AA 2KQ2A 1HMVA 3I0SA 3NH0A 1IH7A 2E6MA 1RT1A 4F2RA 1BIZA 4H4MA 3CFRA 1IO2A 1C1CA 3DLEA 4MQ3A 4B3OA 2KTQA 4LSLA 4CEOA 1S1UA 2RN2A 1S5JA 4O55A 4AHCA 2Q3SA 3OY9A 3QERA 1WSJA 4JRQA 4CCHA 3SJJA 4DFMA 1TKDA 2IGIA 5HP1A 3LDSA 1U49A 4HHTA 4FJIA 4YFUA 4NYNA 4DSKA 4CHOA 3DRSA 4OKKA 2XRIA 1W0HA 3V9ZA 3NF8A 1K6YA 4BE0A 1HQUA 4CJRA 1GOCA 4C8OA 1NK0A 4NCGA 1IKWA 1EXQA 1SV5A 4FJLA 4N41A 3OYMA 4QAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G0ZA 5KGXA 3WXKA 3CJBA 2QWMA 5AQIA 4LFCK 1EWQA 5HLFA 4XH4A 3HL8A 1M90O 4G9ZA 4HUFA 2BGGA 4B1ZA 4E1NA 4AILC 3SUNA 4BY9C 3G71N 2NRVA 2HSTA 4KHWA 2ETJA 4Z4EA 2CH5A 3LAMA 2ZGZA 1YITN 3KKRA 1S1TA 4CJ7A 4DSEA 5FPEA 3KZBA 4FSVA 2IVOA 2P9NA 3F9KA 1T05A 5AQLA 2HNZA 5HROA 1XI1A 4BRIA 3VQPA 3CC2N 1NMDA 2GTDA 1BISA 4WF9L 2FBXA 3KTQA 4OPHA 1JLAA 3H1VX 1VSKA 5HRSA 3MX5A 5DMRA 3I33A 2V7YA 2A1SA 1NLVA 2AP1A 3THWA 3KLHA 3JS6A 4FWQA 3K59A 3KVGA 2UXCK 4ILHA 3S9HA 4CZJA 1T03A 1T6CA 5CE3A 3HJFA 4O5BA 1E4FT 1P8ZA 3C7NB 4KV8A 3SQ0A 3ZSOA 3AA2A 4EIAA 3V1QA 4ID5A 4KB0A 1HYVA 3M8RA 2D0CA 2FSJA 1TYQB 4JI2K 4CF9A 3HXMA 2HNDA 2ZJQL 4O0IA 1MWKA 3ATVA 1KD1O 2QKKA 2A6AA 2X74A 4CK2A 3CFPA 4FJJA 1REVA 3HP9A 4EAHD 3SQ4A 2Z1JA 4CGGA 1SKWA 3RWUA 2GELA 1TKZA 3CJCA 4WYBA 1N34K 1NOYA 1BI4A 3R9PA 4CF8A 1GLFO 2HBMA 3WXMB 1TK0A 4K42A 1VSMA 1D9FA 1L5UA 5HOOA 2YKMA 3ZEUA 4DR4K 4U7BA 3K5LA 3AA5X 1XHZA 4B9LA 3MXMA 2CGKA 2O4GA 4DV3K 2UUCK 4CEDA 1UOCA 1YTAA 3AVGA 1JCGA 3O4NA 1QVFM 1SUQA 4LC9B 1NOZA 1S9GA 1NK5A 2HMPA 2NRWA 1G99A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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