3AZVA

Crystal structure of the receptor binding domain
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
427
structure length
418
Chain Sequence
NEYFNSINDSKILSLQNKKNTLMDTSGYNAEVRVEGNVQLNPIFPFDFKLGSSGDDRGKVIVTQNENIVYNAMYESFSISFWIRINKWVSNLPGYTIIDSVKNNSGWSIGIISNFLVFTLKQNENSEQDINFSYDISKNAAGYNKWFFVTITTNMMGNMMIYINGKLIDTIKVKELTGINFSKTITFQMNKIPNNINMWIRDFYIFAKELDDKDINILFNSLQYTNVVKDYWGNDLRYDKEYYMINVNYMNRYMSKKGNGIVFNTRKNNNDFNEGYKIIIKRIRGNTNDTRVRGENVLYFNTTIDNKQYSLGMYKPSRNLGTDLVPLGALDQPMDEIRKYGSFIIQPCNTFDYYASQLFLSSNATTNRLGILSIGSYSFKLGDDYWFNHEYLIPVIKIEHYASLLESTSTHWVFVPAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and mutational analyses of the receptor binding domain of botulinum D/C mosaic neurotoxin: insight into the ganglioside binding mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords D/C mosaic neurotoxin
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 79
structure length 418
sequence length 427
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3azvA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3azvA02
3WCRA 5DUWA 5DSSB 4F83A 3R05A 4XXAA 4R9BA 2CY6A 4QBVA 2DWRA 2ZGLA 4ATEA 3NBEA 5BXTA 2GMMA 3LSEA 2L5XA 2A71A 1AXYA 3DUIA 4GWNA 3WOGA 2UURA 3MALA 1CR7A 4ZGRB 2P3IA 1DQ2A 3OYWA 2AGSA 3M1HA 4L8QA 3D6EA 5F8YA 3W9TA 1LOGA 1GV9A 2P3JA 3RTIB 2PHUA 2A6XA 1IT0A 3USUA 1G9BA 2RQ9A 2ARBA 1W6OA 4DPNA 3POSA 1N1VA 4SLIA 3ZSLA 4Q8KA 3WO4A 4ZA3B 4YM1A 3OJMA 2ZGKA 2JE7A 5BOWA 5H9SA 1V6WA 1UZZA 1Q1UA 4WV8A 3CAHA 5EXOA 1FN0A 3SISA 2JE9A 3MEPA 3FUQA 1FV2A 1ISVA 3NBCA 1HKNA 1CQ9A 5G00A 3PMEA 1F5FA 4YW5A 1ULGA 3BRFA 3CRGA 3WNXA 2VUAA 5D61A 3MW3A 1UN1A 3FJ8A 4LO2A 2K8RA 1BXHA 4ZXKA 3IMNA 2A3XA 8I1BA 3WV6A 3WVJA 1JYIA 1DYKA 3T1MA 3F1RA 5F8WA 3ZYRA 4Q26A 4UW3A 2YXSA 1URXA 5FNWA 2DUPA 1LOFC 4H55A 4OWLA 1BYHA 1PZ9A 3BX1C 3JUTA 3WINC 2HZ9A 3W59A 2OW4A 4LBQB 4QKRA 4XBNA 1ENSA 4QD2B 3BADA 2C9AA 1JHNA 2H0BA 2NTDA 1CVNA 4JRAA 2GO2A 4FPYA 2NM1A 3UD9A 3AP4A 1MVQA 2GDFA 1QOSA 4KC3A 1W6QA 4Y1VA 3DGTA 1S0LA 2E53A 3A0NA 4P9XA 2AFGA 2EXHA 2ZAAA 1KRIA 2JJ6A 1IOAA 3PHZA 2D22A 1W6MA 2E7TA 4Q1RA 2OUJA 3WG1A 5BQUA 3HMYA 2D3PA 1JLYA 1IS3A 3CQAA 3IM6A 1FQ9A 3IM0A 1LHOA 2VSEA 1MZ5A 1AXMA 2D3RA 1ENQA 2PHFA 1KNMA 3FJEA 2E4MC 5JOWA 3FJCA 3ZSKA 3FJDA 3I2XA 1YYNA 1IRAX 1BLAA 3AP7A 4EB2B 5HCFA 1SCRA 3ZYPA 1A8DA 4TZDA 1GZ9A 1WBAA 1WLDA 2KI6B 2Z48A 4XXPA 5T5OA 2D6PA 4WZFA 4OW4A 3FLRA 2D44A 3BAGA 3ENRA 1JN2P 2ZQOA 21BIA 1SBDA 2KH2A 5BVPI 4LBQA 3VKLA 1TFMB 4A7KA 4KEKA 3FJJA 3S8KA 4DRVA 5GM0A 1ABRB 4KEJA 2DUOA 1LEMA 5EHAA 5GALA 4GAIA 4HR6C 5F9TA 1PC8B 3AYEA 2A6YA 2RSTA 3AKGA 4I30A 1VIWB 4GOYA 1XYFA 5FRAA 3UJOA 1R8NA 3UL2A 5JOYA 2WJSA 2DUQA 1H30A 3AP5A 1N3OA 3C9ZA 3HN1A 3KM5A 1YTOA 1WW6A 2W39A 3FJAA 2GALA 4YZ2A 3CA1A 3KMVA 2A3YA 2VLCA 3AKFA 2DU0A 4UW5A 2M49A 1HKDA 2YZ4A 4YGBA 4G1RA 2A3WA 4XIKA 4U36A 1KJLA 1D0HA 4HANA 2DTYA 1C4RA 2AYHA 3WCSA 2A75A 4G9MA 3POKA 1XZZA 2DYCA 1JLXA 1QDCA 1YRZA 3BAHA 5D63A 1A3KA 4YM2A 2GNTA 4I4QA 4Y1XA 4P0LA 3RRDA 4TYSA 2ERFA 2A6VA 1SLCA 5DUUA 3CRIA 1NUNA 3UJ4A 2R16A 4LBMA 2P37A 2R0FA 3TC2A 1CN1A 3WA1A 3VKOA 4ASMB 2D6LX 4ITCA 3UJ0A 1AVWB 3SNVA 3M3CA 5IUQA 3PG0A 4P0KA 4J2SA 3MW4A 3CA4A 4XILA 5GZEA 2DVAA 2EF6A 5T55A 4I3NA 3LSDA 2EIGA 3AH4A 4P6AA 3CA5A 2SBAA 4D8HA 4DFSA 1KITA 3BODA 5T5LA 1WUVA 4M3CB 2DTWA 2ZGPA 5IK7A 1LOAA 4UW4A 1LU1A 5DUVA 3N7LA 3Q9OA 1SFYA 4YFZA 3B9CA 4KEIA 4DEPA 3O4OA 2E6VA 4LO1A 1BQPA 1GSLA 2BFHA 4GP0A 5GLTA 1GANA 4Q1PA 1QQLA 1GBGA 3H6QA 4YW4A 2VW2A 1G7YA 1MS1A 4EFRA 1N3PA 2EAKA 1C1LA 2DV9A 4XFSA 1FGAA 4JKQA 3O0WA 1ULCA 1LHNA 4CRQA 2NYYA 2Y9GA 3FJFA 1GKBA 2LIQA 1HQLA 4JAWA 2D7IA 4G6JA 4XMAA 5B2HA 3N36A 4I4RA 1N1TA 3M3QA 5EG6C 1TIEA 1MD6A 3V0AB 5DZFA 2R9KB 3D4KA 2A6WA 1XHBA 2Q5TA 4I7IA 2A70A 2VXRA 1FX5A 3WDVA 3OYWB 3O3QA 3WMVA 5GAQA 2VH9A 1GNZA 3H6RA 1N1SA 2V73A 4Y22B 3O4CA 2RHPA 4ISRA 2E4MA 1MS9A 3ZC8A 3USUB 4K20A 1KQRA 4K1YA 5CA6A 4EKXB 1C1FA 5DZGA 1JT7A 4OEFA 5L73A 4A7ZA 1IJTA 2BQPA 2IHOA 1GZCA 5GLVA 4XHXA 3WG4A 3O0XA 1LJ7A 1YBIA 2ZQNA 1LTEA 4M3CA 1HLCA 1RIRA 4P9WA 2FO1A 3ZSJA 2VSAA 3ZXJA 4I1BA 1U0AA 3AH2A 3Q7WA 5D62A 1JUIA 1ZM1A 3PJQA 2P3KA 4G9NA 3CNAA 4I6IA 4ISQA 1A78A 3JRRA 4I4UA 3RMXA 3CA6A 2F2FA 2MLLB 1KJRA 3UD7A 1LULA 1Q8PA 4PBOA 5KXBA 5DVHA 3VWCA 3ZX7A 3O12A 4FQZA 4WVWA 1N1YA 1BZWA 1DLLA 3N7KA 4R9CA 4JC1A 1VAMA 4OZXA 1IHKA 4D0TA 1FV3A 2CYFA 4PBPA 1W0PA 3BA5A 1W3AA 3QCWA 3V0AA 3HOMA 1RY7A 4GP3A 1V6MA 1SLTA 4GKYA 4IONA 2I2SA 1Q56A 3OJVA 1LHWA 1W6PB 3OBTA 5DUYA 1ENRA 4YZ4A 4Y22A 2PHTA 2JKBA 2NP0A 2PHRA 2XOAA 3C2UA 3NJ5A 4LO0A 3OBRA 7I1BA 3AXEA 3AKIA 2BEAA 4A7YA 4CZSA 3VKNA 4J2XA 3BRGC 1I1EA 3I2AA 1Y7BA 4M01A 3BOPA 2EXJA 5KXEA 1W6QB 3P53A 1SLAA 1BFGA 3RMYA 2WT0A 5JLVA 4IY9A 1B09A 1G9FA 3AYDA 3ZXLA 1PUMB 2ZKNA 1AFCA 4AVSA 1MC9A 3HALA 1HWOB 2DURA 1MS8A 1W6MB 5EWSA 1SR4C 5JOXA 3L2YA 5JVVA 5JDBA 3BIWE 6I1BA 1FMMS 5IK4A 1AXZA 4DRRA 3VT2A 5F90A 4L4HA 3AYAA 5GJ6A 1BFCA 4I4VA 4FQ4A 4XMIA 2RG9B 4LO3A 4USOA 4ZFUB 4FPKA 4YW2A 2X2SA 1UL9A 4FPGA 3PVOA 1MS3A 1O4YA 4ZFYB 4K21A 4NO4A 1S0BA 1MVEA 3ATGA 1Q03A 4CJMA 3AZVA 3V65A 1W0OA 4JKXB 4QKSA 5DG2A 3VSFA 5EYXA 4LO7B 4Y1UA 3PUBA 4J2KA 2AQZA 1RITA 3NBNA 4L4IA 4AVTA 3WDUA 2FFUA 5BP5C 3GNEA 2D24A 2PHWA 1W6PA 2NMOA 2WNEA 2KM2A 1IS5A 1I1BA 1PWAA 3BAOA 5BXSA 1YXWA 4I1EA 3JUUA 1WW5A 1UZYA 3SITA 2DRYA 3VV1A 4XJAA 1DZCA 1S0FA 3WLUA 4ZKTB 1CE7B 4YOLA 2ZGNA 1IS4A 3IKWA 1T9FA 1BFBA 5LK5A 2YY1A 5KXDA 3AZWA 5AVAA 3WDTA 1DGLA 2NMNA 1CPNA 1DQ0A 3B01A 4XJUA 4IQPA 4R9AA 1QOTA 4BQ1A 4YGCA 3O5WB 1BLDA 1LU2A 1UMZA 2YV8A 3FJBA 4Y1ZA 2I1BA 4AYUA 2ZR1B 1LCLA 2C5DA 2ZZJA 2Y9WC 2P34A 5T52A 4YZ5A 2X2TA 3ZXDA 2WSVA 4XYXA 2VW0A 3F62B 4YZ3A 2JDZA 4PF5A 3ZXEA 2AXMA 3B00A 3WDXA 3VUOA 1QXMA 1DJSB 1AZDA 3KQRA 4YFWA 1G9DA 4AWDA 1R8OA 3B3QE 3HR9A 1LHUA 4I37A 3O4BA 3R4SA 3T2TA 4MYEA 1EPWA 4XTMA 1V6UA 4R9DA 4JQ0A 1QGLA 4IZXA 3OY8B 3T1LA 4GOVA 3AJYA 2UWAA 2FFVA 3V0BB 2ZGSA 2ES3A 5H9PA 4EFQA 1SLBA 1QKQA 2P23A 1SACA 2ZGRA 4QBCA 3T8SA 4YGDA 1E0OA 1MS4A 1PUUB 2UU8A 1DHKB 4D69A 1IILA 3P6JA 3O5SA 3VEQA 1AVUA 1DQ4A 5IK5A 4LBOA 1RG8A 4PC4A 1QDOA 1TEIA 4FPFA 4FOVA 1BARA 3M2MA 2D20A 4FPJA 2JECA 3AX4A 1YIFA 1O4ZA 4YG0A 2ESUA 2D6MA 2EXKA 1S1AA 2WBCA 4P0JA 4GA9A 4LBQD 4FOYA 3OGGA 4FPCA 3A22A 1DQOA 4OEEA 1V00A 2GNBA 4Z8BA 3O49A 1AJOA 4II0A 3VT1A 1G9AA 1AVAC 1T4QA 3BRDA 1V6KA 1WLCA 3BAVA 3AZXA 4FPEA 3VSZA 1OQLB 3ZC9A 2DVGA 5BYNA 3WG3A 3H6RB 4XOGA 2WLQA 2ZA9A 4BOWA 1WD4A 3RQ0A 3AXDA 2Z49A 3BA4A 1F9KA 4BLIA 3OY8A 1LECA 3AZYA 2OUHA 1IRPA 1KDKA 1LOBA 5GZDA 4QALA 1LOFA 4OEGA 3WO2A 4YM0A 3PVEA 1Q04A 4I96A 2SLIA 3V0BA 1AX2A 5E24E 1CVSA 1LHVA 3LLPA 4AGRA 3WINA 2ZMLA 2AUYA 3INAA 2R49A 2WSUA 4IZEA 4ZLBB 4YW3A 5IT6A 1V6IA 1Q8VA 1Z78A 1OKQA 4Q91A 1QQKA 4LO2C 3FFZA 5GLUA 2W08A 3O4AA 4I4XA 1EVTA 4ZBVB 1YF8B 1V6NA 3PVNA 5FZZA 1J0SA 5F5QA 3ZSMA 5BXPA 3AH1A 3JU9A 2P39A 4LBNA 1HCEA 2ZMNA 3WUDA 3OJBA 2ARXA 2WT1A 1L2HA 4EFPA 9ILBA 4U2AA 2VY0A 4D0ZA 1FNYA 1MZ6A 3K1XA 1ZA4A 3RSJA 1UKGA 3Q7YA 1BFFA 5FZYA 4Q27A 3BB2A 2IWTB 2FMDA 1EV2A 1S0EA 3RS6A 1HDKA 4C1WA 4EEEB 2NZ9A 2LIEA 1HQWA 2VU9A 1PZ7A 4DS0A 3O44A 2DU1A 4XBQA 4XZPA 3FJ9A 3NV1A 1XG6A 1FAYA 3VKMA 2ZGQA 4PQ9A 1JBCA 2ZHLA 4IY8A 4I0YA 1XQNA 1IKPA 3A07A 4DCKC 3ZXGA 1PZ8A 4FPOB 2TEPA 3HBWA 4GALA 4M3CE 4H04A 2UWCA 5HCAA 3ILNA 5F8SA 4GKXA 2W68A 4FPLA 1LOEA 1N3QA 2AR6A 1JOJA 4FGFA 3O4DA 4Q8LA 2WRYA 5BQUC 4AN7B 2A6ZA 4DENA 3H0OA 4I2SA 1LOCA 1HWNB 1G82A 2D6NA 4BLJA 4K1ZA 1Q8SA 3SH4A 3CA3A 3AJ6A 1DQ5A 4XE9A 2PHXA 1ONAA 1DBNA 3WDWA 2DVBA 3TAYA 2D7RA 1CIWA 1LESA 5CB7A 3BA7A 2YMZA 1FYUA 3OGFA 1WW4A 3WG2A 4J23B 1Q8QA 4XIOA 3P6IA 2XB6C 4NOTA 3HSMA 5T5JA 4FPHA 3A4UA 3VT0A 3S8JA 4YZ1A 1W3GA 1TWEA 3UJQA 2D1ZA 2CTVA 2KKIA 3IIRA 1VCLA 4QD2C 1QMJA 4XFUA 1C57A 1GZWA 1M16A 4LO8B 3IN9A 4XJ9A 4ATFA 4Y1YA 1N47A 5GZFA 2CNAA 2ZABA 2Y9XE 1CJPA 1DQGA 4LBLA 3NV3A 2DVDA 1R1ZA 1GYKA 2UWBA 4RL7A 1IOBA 1Z4SA 3BAUA 1J1TA 1VAVA 3B9UA 4X38A 1HIBA 4WVVA 4AVVA 3ZXKA 5T5PA 1JY0A 2FDBM 2K43A 5IK8A 2ZMKA 4BM8A 2Y9FA 3BTAA 1V6VA 4W65A 4XBLA 2AENA 4PCRA 4IHZA 5FNXA 1V6XA 1JQZA 1ONKB 4KBBA 3BAQA 3RTJB 1DZDA 4P14A 1BASA 3NBDA 1KDMA 3FJHA 5SV8A 4IYBA 4BPZA 2K4AB 1DFCA 4TLPA 2MC2A 4JP0A 1HCDA 5T54A 1AF9A 1K5VA 4Q9GA 2ENRA 1OFSA 5FZUA 4XFTA 1LGBA 3LTQA 3GALA 3CU1B 2DS0A 1DQ1A 1LEDA 3A21A 3I29B 2R1DA 5E88A 4G6MA 3POWA 4ENDA 1QF3A 1WD3A 1RMLA 1ULFA 2AREA 4QO3A 2NVHA 1AX1A 4FOQA 5EYYA 2HYKA 2ERMA 41BIA 4Z8SB 2D6OX 3M3OA 1AXKA 3OPZA 3H6SE 1DYPA 5GLWA 2ZHMA 2Z42A 1BKZA 1Q8OA 3FBYA 2MIBA 3UK9A 3WHTA 4XJZA 1DFQA 4OWJA 4Y20B 3ILFA 3AJ5A 4LO1C 31BIA 5HPZA 1V6JA 1LENA 4HL0A 2D23A 3A0KA 1GNHA 1YO8A 3ASIA 3B69A 5EC5A 1UPSA 2CWMA 2FGFA 1ULEA 4YLZA 3FLTA 1JXNA 1M2TB 4J2YA 3CRHA 3D5OA 2VXTI 5DZUA 3TB0A 1ISWA 3N7MA 2KLLA 2V5YA 1P63A 2D6KA 4YGEA 2YUGA 4F34A 3FJKA 1II4A 5FREA 1EYLA 1G9CA 3CA0A 4H9WA 2GNMA 4FP2A 2E51A 1GLHA 3QYDA 1GICA 2GN3A 2CL2A 3APBA 3WO3A 2GMPA 1VALA 1LODA 1MS0A 1QU0A 5H9QA 2XG3A 1ISXA 2Q9XA 5GLZA 4ZOTA 1UX6A 3QR5A 1JTCA 1VLNA 3NWKA 2ZGUA 1IKQA 1S0JA 2EALA 2YROA 3QLQA 3RG0A 3AJZA 3AKHA 1DIWA 1H9WA 3AP6A 3WMUA 3N3HA 1HWPB 3AYCA 3IM7A 1K5UA 1H9PA 1APNA 4WBCA 3SH5A 1WLWA 1DQ6A 2D3SA 5DZEA 4YM3A 4X37A 1FWVA 1IS6A 3AZZA 1W6NB 1LGNA 3O0VA 4Q9PA 4Y24A 2CWSA 2WT2A 4P9YA 4I4PA 4Y20A 1X50A 4XJWA 1S0DA 4I8MA 3MW2A 3W58A 1Z0HA 2QYIB 1AVBA 1FMZA 3AFKA 3IPVB 5DXDA 1ISYA 1GGPB 2F2FC 2ZHKA 3UDAA 1W3FA 4BMBA 1DZQA 4YG6A 3D7WB 3WUCA 4AGGA 4OWKA 1QNWA 1F31A 2ZHNA 2R1BA 2D43A 5JOZA 1JW6A 4AN6A 4ZFWB 5T50A 1OQ1A 1RINA 1JT4A 2LTNA 1HWMB 1TTUA 5HCBA 4BMEA 2BEBA 2ZGTA 1N4KA 2E7QA 2JD4A 1ULDA 1TWMA 3A23A 3POYA 1WBLA 3SH3A 4AGVA 4M00A 4C1XA 1V6OA 1UAIA 1TOOA 1S0GA 3I4IA 5CBLA 1SR4A 5GZGA 4XDQA 2B7YA 1ILR1 2PELA 4LO0C 3NV4A 1D2SA 1RZOB 1Z2VA 2ZACA 1ISZA 1YI7A 1JT5A 2R0HA 4YG3A 2UUSA 3E8LC 5I1BA 3ZXFA 1FWUA 5KXCA 1MACA 4X3AA 3VKFC 4M3CF 1AJKA 1W6NA 5DG1A 4QC4A 1SLLA 3ILAA 5CAZA 4JPZA 5DUXA 5E89A 4OUJA 1BJQA 4FOWA 1SCSA 5BP5A 2VW1A 3IPVA 3ILRA 2AH2A 3N0KA 2ZGMA 2QN4A 2WKKA 1BA7A 2P2KA 2WQZC 3AP9A 3Q7XA 1CPMA 1SBEA 1CESA 4LO3C 3EF2A 2HWAA 1LGCA 2FHRA 4GAFA 2GNDA 1WCSA 1SZ6B 1G86A 4RA0A 2G4IA 5BXRA 4FP3A 5E8AA 2ZGOA 3IM5A 1SLIA 4XHBA 2A5ZA 4XKIA 1I3HA 4R6UB 3N35A 1WBFA 4LBJA 3V79C 3ZPYA 3U4XA 3I8TA 4GXLA 3OJ2A 4UW6A 2GMEA 4X39A 5JMCA 4GWMA 4XTPA 1NZKA 1S0CA 3NV2A 2Q3NB 2DVFA 4Q2FA 4Z9WB 3R4UA 2OVUA 3FLPA 3SNMA 1GZWB 3UD8A 1NXD1 3N7JA 1AX0A 4Y26A 2D7FA 2ET2A 1WBCA 3WZ1A 4JCKA 1JYCA 5CNAA 4CTEA 4I4OA 3WDYA 3FUOA 1SBFA 4I4SA 1NLSA 1FNZA 3ZVXA 2NN8A 4HJJA 4HA2A 1FATA 1W6OB 2HW9A 5GZCA 2F8XC 4DQAA 4LBKA 2ZBJA 2HWMA 4I4YA 3FJIA 4USPA 2EXIA 3IAGC 1PZZA 1AVXB 2GN7A 2A7AA 1WW7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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