3B05A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with reduced fmn and ipp at 2.2a resolution.
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 144
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b05A00
1XCFA 4G1KA 1LCOA 1TPUA 1H60A 1ME9A 4FF7A 4TIMA 2Y7GA 4RK8A 3W2MA 1AK5A 3HGSA 3LXBA 3HG4A 4MYAA 5HWMA 3B03A 2DORA 1A50A 3ATYA 4JTTA 4RXFA 1W56A 4IX0A 4OWGA 2W6RA 2EGZA 5G1YA 5LNSA 3UWWA 4BI6A 1N7KA 3EWZA 4NUWA 4EF9A 4ALDA 3G0UA 2NX9A 2X16A 2A5HA 3G1FA 1TO3A 4NZFA 3GAYA 3FYPA 4W9TA 2I9EA 3OVPA 1QR7A 4MKNA 4PL1A 3GIYA 3SIZA 1XFBA 1SO4A 4LC6A 4GUFA 3GX9A 1TPFA 2EAWA 4RV8A 4UTJA 2C13A 1THFD 1QFEA 2Y7FA 1EB3A 4OBTA 1SPQA 4Z1CA 1B4KA 3QQ1A 3NQ8A 2YXGA 4U4MA 1KBIA 1L2UA 2QCDA 4WXZA 4K37A 3MP3A 2P0OA 2ZTJA 5AFDA 4Y9AA 2Z1BA 1G4EA 1TPEA 4TO8A 4YCOA 1LORA 1L9WA 3CIWA 4DPPA 3W85A 1MXSA 4AB4A 3NZ1A 4JYDA 3NQMA 3WJSA 1XL9A 4I7WA 1LROA 4QISA 2YSWA 4K7YA 1X6UA 2FB3A 3LCGA 1ZNNA 3ZWTA 4I7VA 3S42A 1GQNA 1FY6A 1H7NA 2I1OA 2OJPA 1E51A 3PUDA 4GUGA 3LCFA 4NX0A 1XM3A 4X2RA 1ZENA 4Y6GA 4O8RA 1KTBA 1M7PA 3CTLA 4DELA 3ZS4A 2Y6ZA 5BOOA 2A21A 5A5WA 3SECA 3PWAA 4MJZA 4ZVJA 4UFJA 3N2XA 1KW1A 4Q4KA 3TAOA 3PBUA 3GNNA 5EYWA 2A1YA 3OG3A 1W8SA 1SO6A 2CZFA 1S3HA 2E6FA 3L66A 4RZ6A 4Z0SA 3WJXA 3W9ZA 2YYUA 4NVTA 4JY9A 5K3VA 2VXNA 3L9CA 4MFEA 3E02A 3FA5A 3S6DA 3IIPA 1SW0A 2RH9A 3NA8A 2BWGA 2X1RA 1GWJA 5G2HA 1QPRA 3KFTA 4K6AA 5HMSA 2YGYA 1VQTA 4CQ9A 3MP5A 2J9YA 1TYGA 2CLEA 1SW3A 2YDAA 4UTWA 4JX6A 3INPA 2E5BA 1BKSA 1Z41A 3W76A 1LBMA 4QQ3A 3TSMA 1VLWA 2ZYFA 2IQTA 3EB2A 4MUZA 3W1XA 5C2XA 2QCLA 1QOQA 3C52A 3LRKA 2ALDA 4AH7A 2QJGA 2VFGA 3W7JA 4JTFA 4H6KA 1OJXA 3FJLA 1O5XA 3LGEA 3C3NA 5D2VA 1Y0EA 2FFCA 4LC8A 4OE7A 3EEGA 1KTCA 4LS1A 3IVTA 2ZFAA 5EA9A 1FWSA 3CU2A 3ZWSA 5L6UA 3AO0A 4ZQRA 3T40A 2ATMA 5KSWA 1FXQA 3NZRA 5GVJA 4IMFA 1AMKA 2NZLA 2BXVA 2GQAA 4IJBA 4UTMA 2B0MA 3G8RA 3BG3A 3EX3A 1N55A 4JTEA 2DZSA 3BGJA 3QMRA 2GVGA 2Z0IA 1JCNA 3NNTA 4M6QA 2B7OA 1LRQA 3M16A 5BW6A 2Q3OA 3SSJA 1W5OA 3CLMA 1ICSA 2RDUA 4HNUA 1SZFA 3MJYA 1ZHAA 1OYBA 4FNPA 3T78A 3O07A 5DY3A 5G1TA 3DHDA 2QJIA 4IX2A 4CQ8A 3AJXA 3T55A 4DQWA 3TC7A 5D2XA 1R2RA 2R14A 3NM3A 5LNUA 2ZZ6A 3W2UA 4EOUA 2HMCA 1WAUA 3UXAA 4ZMGA 4ZQCA 4R53A 2WOQA 1Q45A 1HL2A 3M5VA 3S5ZA 4HIBA 1VGAA 3UYCA 1TQXA 2NXGA 3NQAA 3UZJA 4GC4A 2H6RA 4TX9A 3QSRA 5AC6A 2V5BA 4FXSA 4GWEA 2HS8A 1TJRA 3P61A 2NV2A 4OT7A 5I3JA 1KLZA 1QO2A 3M9YA 4MOZA 4H4IA 3P60A 2E77A 1T8XA 1WA3A 3TQKA 2C14A 3MW7A 4BI5A 2NUWA 1GG1A 4MY9A 2CZDA 3FKRA 3LLFA 3HBLA 1GZGA 1DBTA 5F4WA 4AWUA 3LHWA 3PG9A 3S1UA 3LXCA 3NYZA 1YXDA 3I65A 5FEPA 1VHNA 3L0KA 3LV6A 1RZMA 3BLFA 3NQVA 1UB3A 3DAQA 4XTDA 4WOQA 3G1YA 4GBUA 1W54A 1ICPA 3G0SA 3IGSA 3M41A 3UWQA 4O53A 2HS6A 1ZAHA 4YWIA 4AHQA 5CGQA 3STGA 4N02A 1TMHA 4O13A 4GUJA 3LCWA 1SUXA 4WY0F 3PG8A 5D2YA 3NDOA 1KV8A 4ZQNA 3PULA 4UTHA 4HNNA 1SO5A 1SO3A 1X1ZA 1G67A 3IIOA 3WFAA 1VYRA 1WXJA 3R12A 4XWUA 1HO4A 1OFBA 1TTQA 2YFOA 4ZZ9A 4MLJA 1FDYA 3V75A 1YLVA 3N34A 4AEOA 2G5WA 4WJEA 4FXRA 1S5WA 3I7QA 1GEQA 1Q6RA 2V2CA 2X2GA 4E2DA 1VLIA 3W84A 3TUUA 4UIOA 3CWOX 2XN2A 5KMYA 3O6CA 4IOTA 1Q6OA 4XBKA 3LDVA 4LRSA 3TMQA 4S2BA 2TMDA 2NXHA 2A2IA 3GDTA 1OF8A 1F7BA 2E5DA 5LHFA 4QM1A 4UC5A 2ZDRA 3GDMA 3W7DA 3OIXA 4CCCA 3MMTA 1EP1A 1R2SA 1P4CA 2H8ZA 5D05A 3DI1A 1FCQA 4NT0A 1KA9F 3S5NA 2GQ9A 4PEKA 4P61A 1M6JA 1B9BA 4S2CA 4AHPA 3A24A 1F05A 1KLYA 4JTJA 3ANYA 1LTDA 2QCFA 3B4UA 3E49A 2GQ8A 4LVFA 1R2TA 4QITA 4AWTA 1IXQA 2ZRYA 3TDFA 2GOUA 3LTPA 4JXCA 3B06A 5C5YA 3VE7A 4ADUA 2RKXA 4GJ1A 2H90A 1VS1A 4ICNA 4O28A 5J5RA 1G7VA 1QOPA 4I9AA 3PS7A 3TJXA 1OX5A 1FWRA 5EBUA 3VE9A 4HPJA 3BLIA 4N9CA 1YYAA 2G95A 2UV8G 1SQ7A 5AHNA 3FYOA 2H3DA 2QUVA 1VYSX 3GXNA 3W1RA 5EY5A 2E6YA 3W75A 3MBDA 2GVJA 3MO7A 4UFHA 1NVMA 3NL2A 4JICA 4MYXA 3S8HA 1DKWA 1KFJA 2NX1A 3LHUA 3G1AA 4KWWA 1K3UA 1LBFA 4GRSA 3N9RA 4UTTC 3W1PA 3I7RA 1JR1A 1L6SA 5HJLA 1JUEA 5F2MA 1WOAA 3G3MA 1QPOA 4N2YA 1KV5A 1F2JA 2YW3A 1I2NA 4OV4A 4Z1AA 2CLIA 4MZYA 3DXIA 1SR9A 3DKLA 4NJIA 2Y88A 4RCXA 3W22A 4RR4A 3QRHA 5CKSA 2NWRA 2VOMA 3ELFA 4O50A 3TV8A 2PRLA 4A21A 1YTEA 1W31A 4QNEA 5TIMA 2A7NA 1JQVA 3I7SA 4HT3A 3B0PA 1K03A 3C2OA 1ONRA 1XDMA 4QAIA 5IBXC 4AF0B 1AG1O 2J27A 1JUBA 1RQEA 4LUIA 3W7OA 4JD4A 3O16A 2ABBA 2TYSA 3NOEA 2QUTA 1EWDA 2P10A 3FOKA 1X1OA 2FLIA 1I2QA 3NGJA 4UXDA 3M5ZA 2RFGA 3PUEA 2NX3A 3MWAA 2WSRA 3LTSA 2NWSA 1G4TA 3LI0A 3VFLA 3GVGA 3KRUA 4LOCA 2V82A 4HSOA 4IWWA 4JTKA 5EL1A 2ZZ1A 2Q8LA 4JN6A 1A5CA 4M6VA 4JR5A 4ZQPA 2QF7A 1EA0A 1NEYA 3LCLA 4IPIA 3TR2A 3NL3A 1GOXA 1XI3A 2J24A 2B7PA 2V5LA 5D09A 4AAJA 8TIMA 4FIQA 2BLEA 4CNNA 3OA3A 1DV7A 2WV8A 2V9DA 5HWNA 1LOQA 4JDBA 1AL7A 3DFQA 1U83A 3W7GA 5DBUA 2WNZA 3BARA 1EP3A 2Z6IA 1Z44A 3G18A 1IIHA 3NPXA 4UMAA 5K9DA 4LVGA 3CEPA 1OFDA 3BLEA 3KRZA 2J6XA 2FQIA 3TFXA 3W70A 4EF8A 2DZTA 3MHFA 2Q8ZA 4PL2A 3FS2A 2OCZA 3LBMA 4H3DA 2ZZ7A 1B57A 4WUIA 3PC0A 3P84A 5CPOA 3IVSA 5G2WA 4JNMA 3NM1A 1P5BA 1W5QA 3U2OA 5LZLA 2R8WA 4LVBA 4ADSA 2QEZA 3HGOA 5EKYA 2VFDA 1YDNA 4ML9A 1IXNA 4FNTA 5AC7A 4M5PA 3G1DA 3R13A 2JKAA 4JEQA 1WBHA 3LHZA 3ABSA 2F84A 4O18A 4YMZA 3P62A 4QJ1A 3NQ7A 3C2FA 2VFHA 3F4WA 3W88A 3GDKA 4MY1A 2ATSA 5SWUA 5G5IA 3NQ6A 3C2VA 2ZZ4A 2ZRZA 3TCEA 4E0CA 1FBAA 1KM0A 4X9SA 3QPYA 3TW7A 3H55A 3EXRA 1DQWA 1EWEA 2JGQA 3QM3A 1WYIA 2XN0A 4FB7A 3TROA 1UASA 4TMBA 1OHLA 3PBVA 4NNAA 3WK2A 4UTWC 2WJZA 2RDTA 5BRBA 6ALDA 4O10A 1MEWA 4BWLA 5F4SA 2A85A 5AHEA 3NQDA 3UPWA 4E38A 3UPBA 1FDJA 3P81A 3IV3A 1TTPA 5LSMA 1FDZA 5F4XA 2BTMA 5G4WA 2OMAA 3FLUA 5F2LA 4TU1A 3W2NA 1VC4A 2QR6A 5U7SA 2E1DA 1PCKA 4NXSA 5K4ZA 2QDGA 5CZ0A 1PV8A 1QNVA 2J88A 4PH6A 4AF0A 4CNPA 5LHEA 3JS3A 5T26A 3MI3A 2C18A 4C1LA 3O15A 3DU0A 2A6LA 4O1BA 1ME7A 5AHMA 5HR6A 3DH7A 3W7KA 4OQVA 1XUZA 1OYCA 3TKFA 1H7RA 1AL8A 2VENA 1GJPA 3QMSA 2YPIA 1TIMA 3RLUA 4JS3A 5IM51 4LTSA 2DZVA 4PCFA 3STCA 3KVLA 2D73A 3JRKA 4PA8A 5LGZA 5KZDA 5DXXA 1LZOA 2GJLA 1FCUA 1YXCA 4OV9A 1SSGA 2F7FA 4O54A 1BWLA 4NJKA 3A21A 4S1FA 3S1XA 3QH2A 4K8HA 3M5YA 3VKJA 1XBVA 2DZUA 5DLCA 5E93A 3W7NA 1H1ZA 2FJKA 4JYEA 3PF3A 3TJLA 1VCGA 3C2RA 1LYXA 2OT1A 5LNWA 5CPLA 4BK9A 5C54A 3KVMA 4QIUA 1H7WA 1YTDA 1EPXA 2GPTA 3IIZA 1D3GA 1PE1A 5AHFA 1KTNA 3UNDA 3HMJG 3WJZA 1R47A 4Z0JA 3QW3A 5I3FA 5H2ZA 4OGZA 3W7QA 2E68A 2JBMA 3PBWA 3KHJA 3EWWA 1FWNA 2C1HA 4K8EA 5HULA 4JTUA 5I3IA 3G3DA 2AAMA 5J5DA 1G4PA 3C6CA 3S1VA 3S9YA 3PSVA 2G96A 2OX1A 4KFOA 2CLMA 3B04A 2GUUA 1XKYA 5HNRA 1K7FA 1QPQA 3EKLA 3GR8A 3F03K 4LUJA 3P5YA 3N14A 3ZFHA 4O14A 3P74A 4X22A 3NQ2A 1RPXA 1D3HA 2QCMA 1KM6A 2QAFA 4EVZA 3CPRA 3UZ5A 3DFTA 1TTJA 4NNBA 5HUPA 1W0MA 3NPWA 5ABTA 4PFMA 1QPNA 1NAL1 1X7FA 2VFIA 4KKXA 3B0UX 2FPVA 3PB0A 4O4VA 3A5FA 2HTMA 3NO5A 4NJGA 2NXIA 1RQBA 1JQXA 3DFNA 3GYEA 1W5NA 3CQ0A 2H3BA 2C19A 1LOSA 2O7QA 4UTKA 3BV4A 4UNKA 4CLMA 2TRSA 1VHCA 3W6YA 4M7TA 1DOSA 3BG9A 3KOFA 2ZRVA 4C1KA 2Z2UA 1XXXA 3TC6A 6TIMA 4AWSA 4O12A 4P2VA 3DFSA 3W2JA 4LT9A 1VCFA 3W07A 3FKKA 3NPUA 1TPB1 2Q3RA 1OX4B 3UWZA 4CNOA 2PC4A 2C15A 4NXKA 4UMCA 3C0JA 5CSSA 1FQ0A 1TJPA 1MO0A 4GUIA 3FIGA 1LBLA 5LNVA 4JYFA 3STFA 4WD0A 3SZ8A 1O4UA 1ICQA 1M7OA 4JIPA 4CCEA 1WV2A 3EX1A 2JKEA 3P82A 3QMTA 1K8YA 2X30A 1I45A 3DGRA 1FWTA 4Q33A 5DY2A 5LKYA 2A4AA 3WK0A 1IGSA 1KFCA 1ZALA 5I3KA 4RLIA 3PY2A 2OZ0A 2CLLA 1SSDA 3ABRA 2EPHA 5BMXA 5EMUA 1OK4A 3R5EA 4WX2A 1AW5A 2LLEA 1YDOA 3L0NA 5HR7A 4FNUA 1J4EA 1X8FA 4NJJA 4IMCA 1P0KA 1FUYA 3NXFA 2FDSA 3HPZA 3LERA 3PBYA 4A2RA 2C3ZA 1F74A 2Y7EA 1ZY9A 3GXTA 3W7PA 4UFKA 1WQ5A 2QCNA 1ZJIA 4FX7A 1G69A 1K7XA 3HO8A 2VFEA 1J5TA 4XZ9A 3C2EA 1OFRA 1OFOA 1YPIA 2DU2A 1XBXA 4LS2A 4FNRA 1J2WA 1H63A 2HSAA 4HKPA 3SJ3A 1BEUA 4DO6A 3OBKA 2QCGA 2YZRA 4O57A 1QDSA 1UBSA 3G0XA 4FEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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