The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
190
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structure length |
188
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Chain Sequence |
b'DIGQVIHPDDFDKAAADDYVLHEDGEKIYFLIKSKTDEYCFTNLALVHLDGESASKRVLYRYPYAHYPIRHVMFETAGTVDLDVEIKFEIGGKHYSIDVDKKQLEHVKDLYKALLAIAEKQYEGQKMLEFANSSLNHSVTILGGLRQGDMNVPQTFKDLSQESFDWLQGHYYKWNQKDFGSFYEKYIN'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Bacterial pleckstrin homology domains: a prokaryotic origin for the PH domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
|
| source organism |
Exiguobacterium sibiricum
|
| molecule tags |
Unknown function
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| total genus |
56
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| structure length |
188
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| sequence length |
190
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11724 | YvbH_ext | YvbH-like oligomerisation region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Bacterial Pleckstrin homology domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2X7R B; 3H01 A; 4N21 A; 5H9C A; 3CYO A; 5KA6 A; 1MG1 A; 4FK5 C; 3M99 B; 4E2L A; 2EZO A; 1Y4M A; 1I5X A; 1JPX A; 1JQ0 A; 1QR9 A; 1DF5 A; 1EBO A; 1SZT A; 5HFM A; 4FJC C; 3HSA A; 2M7W A; 3GWO A; 1K33 A; 4JPR A; 1MOF A; 3CP1 A; 1K34 A; 3B8M A; 5CN0 A; 3K9A A; 1QCE A; 4G2K A; 1QR8 A; 3B8N A; 3MHS C; 2P6J A; 4JGS A; 2EBO A; 4FIP C; 3WFV A; 1DLB A; 1I5Y A; 4JF3 A; 2MK3 A; 1ENV A; 1F23 A; 5CMU A; 5KA5 A; 3DCX A; 3P30 A; 4N23 A; 2EZP A; 1Y66 A; 5HFL A; 2LP7 A; 1DF4 A; 2OT5 A; 1QBZ A; 3MHH C; 3B77 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQL V; 1K92 A; 2L1C A; 2F1M A; 1PNM A; 3LSU A; 4A6H A; 3DXR B; 2HVJ C; 4J9Z B; 4B3T B; 2OTX A; 5CA0 B; 2HEP A; 2M7W A; 4FFK A; 2LW1 A; 5LP6 B; 3SYC A; 3RN4 A; 1JJ2 U; 5LOP B; 4DV3 O; 4MTO A; 1GH6 A; 2DYS C; 2XAG A; 1N32 O; 1XQ8 A; 2ADP A; 2D10 A; 1NQT A; 5LA6 B; 4MS2 A; 3E2E A; 1FD9 A; 2GHY A; 2Q7H A; 4DR6 B; 3OMN B; 2E76 B; 1VP7 A; 1BZK A; 1AR5 A; 4IIJ B; 1VMG A; 2Y8G A; 3FYE B; 2OQB A; 4O4I A; 2LGW A; 2Q68 A; 3C3T A; 5EC1 C; 3VOU A; 4IFS A; 2QGN A; 4KXR A; 5KMG B; 1S72 V; 1ZL8 B; 3H1L H; 3LUT B; 3OR7 C; 5JCO C; 2VQE B; 5IYB O; 1DF4 A; 5JQG B; 3RYH A; 2DA0 A; 4JYA B; 1G1X B; 1BQ0 A; 2RSG A; 1JJO A; 2BTO A; 1FYJ A; 2W2X D; 1KKC A; 2G35 A; 2A3Q A; 1EFR G; 2CAZ C; 2X6B A; 5B1A C; 5IWA B; 1H38 A; 4TT3 G; 2OCC B; 1H2K A; 2IBZ H; 5DHF B; 3B8N A; 4ASU G; 4CS2 A; 2XAQ A; 4J7Z A; 4GX5 A; 5CBH A; 2H7E A; 5D3W A; 1W0K G; 3GB7 C; 1XNQ B; 1WJ1 A; 4YJ3 A; 1A32 A; 5H6Q A; 4MVM A; 5BMV A; 2PGG A; 2COF A; 1J5E O; 4MY6 A; 2IJK A; 3OUS A; 3TVV A; 3JD0 A; 3D8C A; 1JR9 A; 4WFG A; 2LOZ A; 4PA9 A; 2KUP A; 3BJI A; 1US6 A; 3JAL A; 2OYQ A; 1FXK C; 2GUZ A; 2LW7 A; 2OIG A; 4JI0 B; 3CCM V; 1ISN A; 5KHJ A; 2GUM A; 4FZ0 A; 1O9G A; 2WLI B; 3F7Y C; 3RVY A; 3LDC A; 5IE9 A; 3IGA C; 5LYJ B; 3OMA B; 1JMK C; 2P0F A; 1SES A; 5LMN B; 1QC6 A; 3P7Z A; 4JI6 O; 3PP2 A; 2YSU B; 4RUF A; 1VQ9 V; 2Z0P A; 1DRO A; 1IZ3 A; 1FXV A; 2KR0 A; 3J81 N; 1P49 A; 3EXA A; 2Z0Q A; 1LB1 A; 3ABL C; 1YI2 V; 3SPG A; 1XNR B; 1SA0 A; 5E1A C; 4B7E A; 2ZD9 A; 5D5Q A; 3B77 A; 3TK1 A; 1XD4 A; 1M57 C; 4WCE V; 4PA4 A; 2HHH B; 1RRP B; 4X62 B; 4IAP A; 4DK0 A; 2ZR3 A; 4DR2 O; 2EIK B; 1QNM A; 4DV0 B; 2PTM A; 1S77 D; 3K5N A; 4TV9 A; 3APO A; 3SJQ C; 1WB8 A; 1W1D A; 4Z2N A; 4FM0 A; 3E22 B; 4JI8 B; 5CBF A; 1ENV A; 1L1F A; 5EYP A; 1Q3E A; 4H44 B; 4EFE A; 4EFB A; 2HG5 C; 4B3M B; 2K8E A; 3ABU A; 2F4V B; 1N36 O; 2UXB B; 2E5L O; 4WVF B; 4U7N A; 3CCR V; 2JGD A; 2CH7 B; 3OMI B; 1XRE A; 2NZ8 B; 3JAK A; 3HIE A; 1Y67 A; 3JYC A; 2F43 G; 3KCX A; 3ULB A; 1XHX A; 3KZ1 A; 3HKE A; 1T77 A; 4FLU A; 2QSA A; 4MVO A; 4C0A A; 3K0D A; 2I1K A; 1Y74 B; 2ZM6 O; 3CSX A; 1HNZ B; 4LF7 B; 1KB9 F; 1N33 B; 3BPZ A; 4PEL A; 4ZHQ B; 2EZP A; 2QWR B; 4U3J A; 2LGQ A; 1BSM A; 3ETD A; 3FB8 C; 2ZT9 B; 2XND G; 2LFR A; 5LG4 B; 3WB0 A; 2UUA O; 4KFM A; 4KHB A; 4Z1M G; 3BA8 A; 4H0L B; 4NXM B; 3QWM A; 1BL8 A; 3QO5 A; 2W6J G; 2QM4 A; 3LSS A; 1NTV A; 2Q8V A; 4DYL A; 4FLV A; 3BEH A; 3ZRW A; 1CXZ B; 4DUZ O; 1NI2 A; 1YIJ V; 3D8E A; 4GYC B; 3BHP A; 1K73 W; 3TCA A; 4BIO A; 4DV2 O; 1XR0 B; 3M1I B; 5L81 A; 3H1K H; 4RO2 A; 3CXC U; 2Q13 A; 5CBG A; 4YY3 B; 3ZHT A; 3NSU A; 5GTH Z; 5LMU B; 3KCY A; 4LF4 B; 2XOK G; 2COA A; 2P8V A; 2Q5Z A; 2YDE A; 3I5D A; 3NXS A; 2LG1 A; 2D9V A; 4B3R B; 3ETE A; 3FSS A; 5KHI A; 4K0K O; 5EIB C; 1RSO A; 2K2J A; 2XAH A; 5KX5 A; 3QO7 A; 3ODO A; 2CGO A; 3HQC A; 4ZIB A; 4TWK A; 2Q73 A; 1Q6H A; 4C7U A; 4MVS A; 4G27 B; 3DXR A; 1MSD A; 1HNX O; 5CA0 A; 1VQ7 V; 1YIT V; 5LP6 A; 1BCC H; 1XL4 A; 3T1C A; 2KIE A; 3K79 A; 4O4H B; 4F6R A; 2OTL V; 1BMF G; 2ADZ A; 4DV7 O; 2LJ2 A; 2RUK B; 4EJN A; 3WG7 C; 5D3V A; 3U11 A; 1P84 F; 4JI3 O; 3X23 A; 3SNH A; 4CS4 A; 1NKD A; 5CA1 B; 2P4V A; 1AP5 A; 1QHT A; 3NWF A; 1VQ4 V; 2EMT A; 3L75 H; 4IIJ A; 3BAA A; 1SQQ H; 3OTO O; 1KQS U; 4PDR A; 4TKN A; 5C6R A; 4YJ2 A; 4HSI A; 3IC7 A; 3O65 A; 5KMG A; 3HW2 B; 1ZL8 A; 5B3S C; 3KZI Z; 4B3S B; 1JPX A; 1GAX A; 3JCZ A; 5JQG A; 1Q6U A; 1W1H A; 2E3C A; 3G67 A; 2H3O A; 3TET A; 2NNU A; 1K34 A; 1WP7 A; 3AG3 B; 2K9P A; 4LFA O; 3CRA A; 3SJC C; 3T06 A; 3JSL A; 1IBL B; 1R3L C; 4NY0 A; 2AHY A; 2AZ0 A; 1VQ5 V; 2Z3Y A; 3G80 A; 2HVK C; 5K1P A; 3RYF B; 2D11 A; 3FKS G; 2PYJ A; 1AB3 A; 2Q69 A; 4PDV A; 1AI7 A; 3LJU X; 3QNE A; 1PNL A; 2ZE6 A; 1W0J G; 4K8X A; 1WNS A; 2ITD C; 2UXX A; 1QQG A; 3D36 A; 1IVS A; 2COC A; 3QO8 A; 3AG2 C; 3CB2 A; 4UCO A; 5K1X A; 1F4N A; 4B7K A; 2WLI A; 4X66 O; 1GO3 F; 1FXH A; 2IJJ A; 2RCV A; 3ZMZ A; 4JI5 O; 3SUZ A; 3OGI B; 1U27 A; 1SQP H; 5LYJ A; 2RQ6 A; 3HK0 A; 1K33 A; 1MMM A; 1MOF A; 4HB3 B; 4MTG A; 3ZRV A; 4DV1 O; 4GNK B; 1S3J A; 1H2N A; 1Q6I A; 3SYQ A; 4LR3 A; 4K35 A; 2A9H A; 2N05 A; 2P90 A; 3HKD B; 2D9W A; 3ABM B; 4FM1 A; 3T2M A; 4DR7 B; 2FTK A; 1IUR A; 5C5B B; 1LUV A; 2V4D A; 2X7R B; 3WYF B; 3H01 A; 3FYI B; 1SZX A; 2G38 A; 2CTW A; 3C90 A; 1Q43 A; 3R65 A; 1VAR A; 2AEH A; 1AQC A; 5CA3 A; 2Q7G A; 3DXC A; 2Q7E A; 1SC5 B; 1HP8 A; 4JAU A; 3K06 A; 3Q4H B; 4TQF A; 1K97 A; 1YJN V; 4W4L A; 2COD A; 5KAF Z; 3MD0 A; 1MSW D; 2JRI A; 4BBK A; 3K3W A; 3E22 A; 4OX9 O; 2ZKO A; 2HE7 A; 1JX9 A; 3RW0 A; 4FMT A; 3CCV V; 1TAE A; 2GV9 A; 2KIG A; 1Y4M A; 4YIP A; 2MDX A; 3HKB B; 1ZSP A; 1EM1 A; 1V61 A; 1V88 A; 2CH7 A; 1N34 B; 3ML0 A; 4NB5 A; 1H8H G; 2WLM A; 1N8R W; 1FHO A; 3ETQ A; 1YJW V; 4JTA B; 5IJ0 B; 1KZG A; 2DQ3 A; 1IXB A; 4LP8 A; 3MPX A; 3ETG A; 3K04 A; 4JI2 O; 1TVK B; 1Y74 A; 1R73 A; 4MVZ A; 4O2A A; 1TUE B; 1FAO A; 1E5W A; 1NR1 A; 2HJF C; 4ZHQ A; 3N27 A; 4EMO A; 4LF5 O; 3QBV B; 3G6E V; 4GMX B; 4RQF A; 1IBM O; 5C93 A; 1GM8 A; 1VF5 B; 4DV5 B; 1JOY A; 1PMS A; 2GCL A; 4UB8 Z; 2N04 A; 1G6U A; 4JI4 B; 2EIJ B; 2ZCE A; 3ZMV A; 2DHI A; 5BR8 B; 5L3D A; 4LF6 O; 1WB7 A; 1VF6 A; 3ZBH A; 2UUC B; 2PI5 A; 1E1Q G; 2OTJ V; 3FB5 C; 4MVR A; 3FVC A; 3IVF A; 1MIX A; 2WLL B; 3GYO A; 3W7T A; 2FKX A; 3D3I A; 1NBM G; 5H6R A; 1I7A A; 1DYN A; 2R9I A; 1PNK A; 3VQV A; 3GYP A; 1YXB A; 3TO1 A; 4PDL A; 3G4S V; 2UVM A; 4I50 B; 4NXN B; 3MHH C; 1OCR B; 4I7Z B; 4D7T A; 1SQF A; 4X65 B; 3NW8 A; 1P7B A; 4D0N B; 3CRC A; 3M99 B; 4F7U P; 3IAY A; 2V76 A; 2P5O A; 3SYX A; 5FNV B; 2J0M A; 2UXC O; 3BAB A; 2RVB B; 3ASO C; 3OAA G; 1VF7 A; 4UXN A; 4L8J A; 1AI4 A; 4NSW A; 3PJS K; 2QR4 A; 2YIB D; 3CRQ A; 3KG2 A; 4K8Z A; 3KSY A; 5JHH A; 2Y69 C; 2HJD A; 4EB6 B; 5HE2 A; 2XAS A; 2QKA A; 4O4H A; 1O9H A; 4QE9 A; 2PZS A; 1SRY A; 4D6W A; 3A0H Z; 2GDS A; 1NU1 H; 1S5J A; 3SYP A; 1QLN A; 1QLE C; 4HDO A; 4QJF B; 2L6L A; 2QKM A; 2H94 A; 3RFR A; 4PA6 A; 1LW3 A; 3CWB H; 1J0W A; 3PVL A; 2IFS A; 4UV8 A; 2W2X C; 2XT9 A; 3E8H A; 4KHP O; 1KI1 B; 2JK5 C; 4LBE C; 1YCI A; 5JH7 B; 3F5T A; 1R3J C; 3K0G A; 4WBN B; 2UUB O; 3ASN B; 4DV3 B; 4WFA V; 1F7Y A; 2NR5 A; 2K2U A; 2JS3 A; 3AJ4 A; 5C8Y B; 2FML A; 2KG7 B; 1N32 B; 3MHS C; 1PV0 A; 3SDL A; 1WPX A; 2ZIN A; 1FJG B; 2CUG A; 2VS0 A; 4F7H A; 1NR7 A; 5AG2 A; 1Z5W A; 3APQ A; 5IYD O; 3DXE A; 2VWJ A; 3P32 A; 2DYQ A; 4QJ5 B; 1EGX A; 1EBO A; 5DEC A; 1WG7 A; 3RCP A; 1EF1 A; 2A0L A; 5E79 Z; 3OUF A; 3RYF A; 4EEQ A; 2NBV A; 2QEX V; 1XKE A; 1SHC A; 2IH1 C; 1AI6 A; 2WAM A; 3SJB C; 4DR4 B; 2VRZ A; 2Q4P A; 5B66 Z; 3T4D A; 1JVM A; 3PVU A; 2BTQ B; 4UVC A; 4DR5 B; 1NI8 A; 1K5G B; 4GN1 A; 2R70 A; 3OR6 C; 2EUL A; 1GMG A; 1GN4 A; 1FHW A; 4GT1 A; 3FFQ A; 4OXS A; 2ZE8 A; 2CRF A; 3OW2 U; 5LXT A; 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1FB8 A; 1KU9 A; 2RGN B; 5BXZ A; 1VF6 C; 2EX3 A; 1XMQ B; 2Y8F A; 5I2S A; 1Q67 A; 1M93 A; 3EHB B; 1SZT A; 1D5N A; 3UO3 A; 4BR6 A; 4XWX A; 3A2F A; 2YVC A; 2AL6 A; 2KSD A; 3W7W A; 5IJ9 B; 2BCJ A; 4DUY B; 2LO1 A; 4ZRI A; 3CXH F; 3JAR B; 2P06 A; 2N0Y A; 3ODW A; 4IOY X; 4JI1 B; 5KQ4 A; 5B1A B; 4DR1 B; 4X20 B; 2UUA B; 4I50 A; 4I9W A; 2HKO A; 3OE7 G; 5LMN O; 3OHM B; 3TXS A; 1PFJ A; 3THO A; 2YIB A; 3VQX A; 3KRX A; 1HNW O; 1X1F A; 3RYC B; 5FNV A; 1AVM A; 3AK2 A; 1D5A A; 3W7S A; 2ILM A; 3UM7 A; 2E74 B; 2ELA A; 1ZVR A; 4ABM A; 2DFK A; 1EZJ A; 3BA9 A; 4DUZ B; 1JA8 A; 2ATK C; 5L3E A; 1XNR O; 1XMO B; 1Q90 D; 3U10 A; 4DV6 B; 1K9M W; 3ZHQ A; 5IYZ A; 1FXK B; 4EB6 A; 4LF9 O; 3LDE A; 1ZLZ A; 2HHH O; 4X62 O; 2DHK A; 1PL0 A; 2ELB A; 1K8A W; 2I1J A; 1K5D B; 2MFQ A; 2CK3 G; 2UXD B; 4DV0 O; 3QIJ A; 4DX9 0; 1KP2 A; 3UKM A; 4L6E A; 1AI5 A; 3ZRX A; 5JWP A; 3MAQ A; 4DO2 A; 1V9P A; 3JAW B; 4LC1 A; 4GCZ A; 5J2T B; 3H9V A; 2R9A A; 3K5O A; 4B3M O; 5IY5 C; 2UXB O; 4U3F H; 5KHG A; 2NMB A; 1V5P A; 1DF5 A; 3JCU Z; 5ITZ B; 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