3BC4A

I84v hiv-1 protease in complex with a pyrrolidine diester
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease
publication title Targeting the open-flap conformation of HIV-1 protease with pyrrolidine-based inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bc4A00
3SM1A 1Z1RA 4NPUA 2ZJNA 3QS1A 2OHNA 5P6YA 3SM2A 2PWCA 3UDJA 3N3IA 1MERA 2R5QA 5P6UA 2FXEA 3OADB 2QZKA 1T7KA 3K4VA 4AA8A 1K2BA 5IVSA 5P2WA 3KFRA 2HS1A 4GIDA 3S53A 3KDBA 1FQ8A 3UQUA 2FNSA 4EJKA 5P78A 4GJ8A 5P1IA 1EPNE 3PCWA 5P3QA 3L5EA 1BBSA 5P3UA 2JJJA 5P37A 3KT2A 5P09A 2RKFA 3D91A 1FFIC 3ER3E 2ZJLA 4DH6A 5P6VA 1K6CA 4FRKA 5P3EA 5P3FA 3PSYA 5E5KA 5SXNA 3H5BA 4TVHA 5P4YA 4YD6A 5P7GA 5P22A 4Q1NA 4DVFA 4YE3A 5P5RA 4Y5KA 5P5BA 5AGZA 4Y47A 3QIHA 1LEEA 3WSJA 3IVIA 1QDMA 5I3VA 2QU3A 3LNKA 3GW5A 3QROA 2APRA 5P6XA 4Y3QA 2F80A 2G21A 2QHZA 2VA5A 5ER2E 4EXGA 5P7LA 5P0DA 5P8HA 4RYGA 1GVXA 3BGBA 2OHKA 4HEGA 4GJAA 5P49A 3FSMA 2NXDA 5P8VA 3Q70A 5P57A 1W6HA 3KMYA 2ZJJA 5P5MA 5HCOA 1APUE 4RCFA 2ZHUA 1BDLA 3ZPSA 5P6LA 4A4QA 5P7YA 2CENA 2QMGA 3S7MA 2QMDA 1SMEA 5P70A 2Q3KA 5KQFA 4FS4A 4ZSMA 5P2QA 3KDCA 3NDXA 3UDHA 3T7XA 5P62A 2FDEA 5OZTA 3VF7A 5P7FA 3VF3A 4DJRA 2HS2A 5I3XA 2B60A 5DR4A 5JFUA 2AOGA 2QMFA 5P53A 5P7VA 2V10C 1HTFA 5P5KA 4L1AB 1KZKA 3QN8A 5P1AA 1YG9A 4ACXA 2H6TA 4I0GA 1LF4A 3BUGA 3LPIA 1QS8A 1HSGA 5DR0A 5P45A 1XE6A 2AVSA 1FFFC 4RGHA 1D4IA 2G26A 5P2KA 2AOCA 5HDXA 5OZOA 1MTBA 5P47A 4OC6B 4QJ2A 2G20A 2BPYA 4Y4UA 1OEXA 5P7KA 4Y50A 1EBKC 5P8DA 3SFCA 4CPQA 2I4XA 1PPKE 3NU3A 3PRSA 5BRYA 3OQFA 5P1TA 5P8GA 1HVRA 4Y48A 4COEA 3OAGA 4Y3NA 1GNOA 1LV1A 3VYEA 5KQZA 3LIXA 3KYRA 1KJFA 5P3XA 4FL8A 2PSGA 4B72A 3CMSA 5COOA 3TPLA 1WKRA 5P11A 1UH9A 1IDAA 4RCEA 2QI3A 4RLDA 5KR8A 5P3IA 1PSAA 3BVAA 2R5PA 3GI4A 4LP9A 3TKGA 1B6LA 1D4HA 1GVUA 1PSNA 2NMYA 3IVHA 5DR3A 1SBGA 1M0BA 4CPSA 5P4NA 3APPA 3OU4A 2QNNA 3VFBA 3OHFA 3PLLA 2V16C 4Y4AA 2QD7A 3Q4BA 1SMRA 4H3JA 2PYNA 2BPWA 1PPME 5P3SA 1D4KA 1OHRA 3IXKA 5C9BA 5P2NA 5IE1A 3UF3A 2ZJIA 1MPPA 1J71A 1TZSA 4Y54A 5P1SA 3ZPTA 1YT9A 4D85A 1HBVA 4J54A 3EBZA 2XYFA 1MT9A 5OZLA 1M4HA 5P7PA 1QBTA 2XFJA 1GVVA 3PGIA 1VIKA 5P7OA 1YTGA 5P3ZA 3CKPA 4A6BA 3EKVA 4Y4BA 5P1KA 2AOEA 2JE4A 5P5IA 3EKQA 4H1EA 5HD0A 3OGPA 5P75A 3BHEA 2PK6A 5P5HA 4MC9A 5P68A 5P5GA 5P82A 2G1NA 2A1EA 3OUDA 5FIVA 4Y9WA 5ENKA 2AVVA 4I0DA 4NJVA 1G0VA 3HAWA 5P6EA 2RMPA 3NU4A 3OU1A 2O4LA 4YOAA 3I8WA 4Y5EA 3K1WA 5DR1A 1MSNA 5I70A 1ER8E 4YBFA 2R3TA 2VA7A 3LHGA 1AJVA 5KAOA 4B0QA 3IAWA 4I0ZA 5P5WA 1XL2A 5OYVA 3L5DA 2IKUA 2OHPA 2H6SA 3SA4A 4ZLSA 3I25A 4PYVA 3EXOA 5E5JA 5HE7A 4DJXA 5OYTA 2OHTA 4GB2A 2QP8A 5HDVA 1B11A 3B7VA 4D89A 5P8EA 2QZLA 5P1QA 4J0VA 5P00A 3GGXA 3VSWA 4Y3WA 1HIHA 4TRWA 2QNQA 2FGUA 4DQFA 3NYGA 2OHMA 5P2XA 4PPHA 5AH6A 3Q6YA 5P05A 5P6OA 4J1KA 2V12C 5P55A 4XKXA 4HE9A 3O9CA 1LYAA 3H0BA 3L5CA 1DW6C 1ZPAA 4I0EA 4K9HA 3UCBA 4HDPA 3NDTA 1HVCA 4Y3LA 3LZSA 3GI5A 3G6ZA 3NXEA 3CKTA 2I4VA 4FM7A 5P1XA 2OAHA 5ISJA 3N4LA 2PMAA 2VA6A 3HD8A 5P3MA 5P07A 4APEA 2R38A 3WB4A 3RSXA 3MSJA 5P17A 1MSMA 3BXRA 3DV5A 3ZLQA 3ZKGA 3IXJA 4Y3TA 2O4PA 3O9LB 4EPJA 1BVEA 1LF2A 3LIZA 3TL9A 5DQ2A 4DJWA 5P2IA 3TPPA 4K4PA 5P6SA 2QZXA 5SY2A 3UQPA 4U7VA 2ZJKA 2MIPA 3O9FA 3QP0A 3DUYA 1EBYA 1B6KA 4FRSA 1B6MA 4IVSA 5OZDA 3OXWA 1TSQA 2AVOA 4QJ6A 4Y4WA 1HVKA 5P7SA 1MIQA 2J9JB 3NR6A 5P6ZA 5P4AA 2IDWA 3VCMA 4ER4E 1XS7D 3K5GA 4FM8A 3PLDA 5P7EA 2BPXA 4PZWA 1MESA 2HB3A 3QRVA 3O99A 5P7TA 3APRE 4DUSA 4J55A 5DQ4A 5TOLA 4J1CA 4D83A 3SA8A 2QCIA 3HLOA 3ZMGA 5P89A 1CPIA 5P2EA 5P3YA 3OOZA 1K2CA 3OADA 1IVQA 3HAUA 4YCYA 2PWRA 2EWYA 5UPJA 2NPHA 1TW7A 2QU2A 2F3EA 3OGQA 2VJ6A 5P1JA 5P6AA 2AQUA 4Y44A 5P4KA 4Y3RA 4D88A 4CP7A 5OZQA 3PWWA 2IL2A 1GVWA 4RVXA 4OBJA 3UQXA 2G24A 5P4UA 5OZMA 1G6LA 4B78A 3F9QA 5P6MA 4Z4XA 5P8IA 1BDRA 2I4DA 3DV1A 2JXRA 2QK5A 3SACA 1ZTZA 1CMSA 4Y3GA 3IN3A 4HLAA 5HU0A 4AA9A 3FIVA 3LZYA 5OZVA 3PHVA 2HC0A 4K8SA 5HU1A 3D1YA 1EAGA 3OXVA 3MWSA 4F75A 4Y43A 2ER6E 4LXAA 1K6TA 5P04A 1BILA 5P6BA 1GNMA 4EP3A 3OXXA 2Z54A 5DQ5A 3INHA 3LPJA 5P2BA 2IENA 1XN2A 4JPCA 1MTRA 1G35A 4YDFA 4L7JA 1HVJA 3EKWA 5OZ4A 5I3WA 2PQZA 5DPZA 4Y3ZA 4KUPA 5OZRA 4Y4JA 5P16A 1M43A 2ER7E 4NKKA 5T4SA 3S56A 1HSHA 4HZTA 3NU6A 1IVPA 4I10A 3PWRA 3Q5HA 1HEGE 2OHLA 1DP5A 3L3AA 4L1AA 4Y58A 4Y53A 1YX9A 5P8TA 4R91A 4ZIPA 5P5NA 5P25A 1ME6A 4Y39A 2HM1A 5P38A 5P0SA 5P64A 1KJ4A 4Q5MA 4GJ5A 5P1RA 5P1HA 2O4NA 4FE6A 1C70A 3EC0A 2ZGAA 1FG6C 3UDQA 4DPFA 5P1YA 3QRSA 4OC6A 2JYSA 2BKTA 5OZXA 6FIVA 5P2RA 3OQKA 3MXEA 5P3RA 3QPJA 1FQ7A 5P10A 1FIVA 5P4XA 2HPFA 4DJVA 4H3GA 2AOFA 2I0AA 1UPJA 1K6PA 4UPJA 3I2LA 2HB4A 2I4UA 4WTUA 5HE4A 5P1BA 1B6JA 2G94A 4Q1YA 1MRWA 1C6YA 4LHHA 4I0JA 4F73A 2PH8A 5OZ7A 5CLMA 4DQHA 5OZEA 2WF4A 5P8NA 5P6GA 3L58A 1XL5A 4FIVA 5P31A 3VEUA 1EPME 3KT5A 3OK9A 2QAKA 2P3AA 5P5PA 5P0VA 2BPZA 1IDBA 1UH8A 5P36A 1B6PA 2Q54A 5P0IA 5P5VA 1E81E 5P72A 5DGUA 5P19A 3HBOA 4ZSRA 4RRNA 5OYUA 5P0HA 5OZBA 2AOHA 2I4WA 4RVJA 3ZOVA 5HDUA 2F8GA 5P6TA 2OF0A 4QJ9A 2VKMA 5P0ZA 3Q3TA 2AVMA 5P4GA 5P0UA 4I11A 5P6HA 3JVWA 4ZSPA 5P2VA 3GI6A 1TQFA 3TTPA 5P7RA 5AHCA 1HHPA 5AHAA 1Z1HA 1E82E 1XDHA 4M8YA 5P8AA 5OZIA 4GMIA 4YD3A 1HVHA 1BVGA 3I6OA 3UPJA 5P0TA 4Y4GA 4YHQA 5P23A 3MXDA 5OZNA 5P4CA 3RU1A 1PFZA 5P7XA 2FNTA 3KFPA 4X2LA 1APWE 1IZDA 3I7EA 5KR2A 3S8IA 3TLHA 4EP2A 4ZEAA 1SDTA 2Q11A 4DQBA 5P48A 5P6PA 5OYSA 6UPJA 5P12A 5P80A 1ODWA 3RTHA 1HXWA 3CYXA 1XN3A 5KR1A 5P1NA 1A8GA 5AH9A 4FCOA 4Y3FA 5P79A 3UDRA 3KFSA 4B1DA 3UFNA 3S2OA 4YCTA 3T3CA 3LINA 5HTZA 5P4VA 5P6NA 4FSEA 5P03A 2WEAA 1FGCC 5P3BA 4J0YA 8HVPA 3CIDA 3SKGA 3UDMA 4Y5CA 3O9BA 3EM6A 4NPTA 1LZQA 2BB9A 4YOBA 5P06A 3KDDA 4Y4TA 3DM6A 5P6JA 4Y45A 5P8UA 2WEDA 1HTEA 5P0EA 4FRIA 5AH7A 3HZCA 5P0OA 5P1VA 5P8SA 3UHLA 4I8WA 5P81A 3BUFA 1K1UA 1BXQA 3GI0A 1YM2A 2VNNA 3O9HA 4CMSA 3K5DA 2VIEA 4YD5A 3EL1A 5P4MA 2OHUA 2B8LA 4B70A 4AZYA 1FMXA 5P87A 3O9LA 2OHSA 1MEUA 3U71A 1HVLA 1FMBA 2BJUA 1A30A 5P4SA 3VSXA 5P27A 4CPUA 2AODA 2VNMA 3OQ7A 5P30A 5P4PA 1FQ4A 1NSOA 3BXSA 1LF3A 3BC4A 4LXKA 2IGYA 4R93A 3PB5A 5IS4A 3PVKA 2UPJA 2J9JA 3VV8A 4R8YA 3VYDA 5SZ9A 4CKUA 5P63A 4WY1A 2V11C 3QVCA 2WEZA 3HDKA 5P18A 3URIA 2NNPA 5P69A 3VUCA 4U7QA 4DQGA 2B42A 1A94A 5P4JA 3L5BA 5DQ1A 4Y5AA 4DQCA 3KMXA 4ZE6A 1OD1A 3VLBA 5P58A 5P1WA 1BWAA 3O9AA 5P2MA 4R5NA 5P2TA 4EXHA 5P5AA 5IVTA 5P0XA 4LBTA 1A8KA 5P5ZA 4Y51A 4EQJA 1W51A 4J1EA 4WY6A 2AOJA 4BEKA 3T7QA 5OZ0A 4DI2A 4KB9A 1FMUA 5OYRA 4RROA 2B8VA 2R8NA 4QJAA 4Z22A 2OHRA 3PSUA 2WL0A 2QI6A 5P86A 2IGXA 3OQDA 1HSIA 5P0LA 4M8XA 1UH7A 3BGCA 1KJ7A 2RENA 4OBZB 4DJYA 2Q64A 2BBBA 4X7IA 1RL8A 5P3KA 4Z50A 1EC3A 4N00A 4NJTA 1EC0A 3D1ZA 1K6VA 2UY0A 4EJ8A 5P24A 3S43B 2OHQA 1ZAPA 4TRZA 5P46A 3UDYA 4DV9A 2B7FA 3LIVA 2P3DA 5P0RA 3UDNA 4QLHA 5J25A 4MC1A 5P4TA 5P3GA 2CEMA 4DQEA 1BAIA 3BRAA 5P2YA 3EKPA 2VIJA 1Q9PA 4DJOA 5P29A 3EMYA 3ZKSA 5P7WA 3EKTA 4L7HA 5P7HA 3ZKNA 1IZHA 1EPLE 2VJ7A 5P60A 4K4QA 3PMUA 5JG1A 3URJA 5P3CA 5P52A 3DJKA 1LYBA 1SDVA 5P28A 1ZJ7A 2A4FA 1SDUA 2AOIA 5P1CA 4Y36A 2FDPA 2WF2A 5P2DA 4CPRA 1PSOE 3LIQA 3PJ6A 3WZ6A 5P1MA 5P43A 3KF0A 5P6CA 1MT7A 1LYWB 5P1GA 4J5JA 5P5XA 3SKFA 2VIYA 4Y41A 4H3FA 4XXSA 3VG1A 1FQ5A 4I0IA 3B80A 1LS5A 1A9MA 2QI4A 5P4DA 4QJ7A 3NSHA 4JOOA 4DJQA 5P3WA 5P5OA 2NNKA 2ASIA 3A2OA 5I3YA 4L6BA 1NPVA 3NDWA 5P42A 1MVPA 2FIVA 3CIBA 5P5YA 1EBWA 3PI0A 3UDPA 5P8JA 3VF5A 5P4HA 3TKWA 1W5WA 1RPIA 4NJSA 5P56A 4B1CA 2J9KA 4Z2ZA 3O9GA 1W6IA 4Y35A 3OQAA 2G1YA 2WHHA 4B00A 2V0ZC 3OTSA 2F3KA 3DK1A 5P4BA 5P3AA 2PC0A 5P3DA 4Y5MA 3WZ7A 3S85A 3OHHA 4JPEA 3TOGA 5P0NA 3L59A 2RKGA 5IVRA 4Y37A 5P0QA 1RNEA 1HPOA 3PBZA 4ZPEA 1QBRA 4HA5A 3GGAA 4LC7A 4F76A 5P50A 2F81A 2G69A 5P20A 5P4WA 4E43A 5ISKA 5P6DA 5P4FA 5P0KA 5P4IA 2I1AA 4I8ZA 4Y3YA 2QHYA 1W5XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SM1 A;  1Z1R A;  4NPU A;  2ZJN A;  3QS1 A;  2OHN A;  5P6Y A;  3SM2 A;  2PWC A;  3UDJ A;  3N3I A;  1MER A;  2R5Q A;  5P6U A;  2FXE A;  3OAD B;  2QZK A;  1T7K A;  3K4V A;  4AA8 A;  1K2B A;  5IVS A;  5P2W A;  3KFR A;  2HS1 A;  4GID A;  3S53 A;  3KDB A;  1FQ8 A;  3UQU A;  2FNS A;  4EJK A;  5P78 A;  4GJ8 A;  5P1I A;  1EPN E;  3PCW A;  5P3Q A;  3L5E A;  1BBS A;  5P3U A;  2JJJ A;  5P37 A;  3KT2 A;  5P09 A;  2RKF A;  3D91 A;  1FFI C;  3ER3 E;  2ZJL A;  4DH6 A;  5P6V A;  1K6C A;  4FRK A;  5P3E A;  5P3F A;  3PSY A;  5E5K A;  5SXN A;  3H5B A;  4TVH A;  5P4Y A;  4YD6 A;  5P7G A;  5P22 A;  4Q1N A;  4DVF A;  4YE3 A;  5P5R A;  4Y5K A;  5P5B A;  5AGZ A;  4Y47 A;  3QIH A;  1LEE A;  3WSJ A;  3IVI A;  1QDM A;  5I3V A;  2QU3 A;  3LNK A;  3GW5 A;  3QRO A;  2APR A;  5P6X A;  4Y3Q A;  2F80 A;  2G21 A;  2QHZ A;  2VA5 A;  5ER2 E;  4EXG A;  5P7L A;  5P0D A;  5P8H A;  4RYG A;  1GVX A;  3BGB A;  2OHK A;  4HEG A;  4GJA A;  5P49 A;  3FSM A;  2NXD A;  5P8V A;  3Q70 A;  5P57 A;  1W6H A;  3KMY A;  2ZJJ A;  5P5M A;  5HCO A;  1APU E;  4RCF A;  2ZHU A;  1BDL A;  3ZPS A;  5P6L A;  4A4Q A;  5P7Y A;  2CEN A;  2QMG A;  3S7M A;  2QMD A;  1SME A;  5P70 A;  2Q3K A;  5KQF A;  4FS4 A;  4ZSM A;  5P2Q A;  3KDC A;  3NDX A;  3UDH A;  3T7X A;  5P62 A;  2FDE A;  5OZT A;  3VF7 A;  5P7F A;  3VF3 A;  4DJR A;  2HS2 A;  5I3X A;  2B60 A;  5DR4 A;  5JFU A;  2AOG A;  2QMF A;  5P53 A;  5P7V A;  2V10 C;  1HTF A;  5P5K A;  4L1A B;  1KZK A;  3QN8 A;  5P1A A;  1YG9 A;  4ACX A;  2H6T A;  4I0G A;  1LF4 A;  3BUG A;  3LPI A;  1QS8 A;  1HSG A;  5DR0 A;  5P45 A;  1XE6 A;  2AVS A;  1FFF C;  4RGH A;  1D4I A;  2G26 A;  5P2K A;  2AOC A;  5HDX A;  5OZO A;  1MTB A;  5P47 A;  4OC6 B;  4QJ2 A;  2G20 A;  2BPY A;  4Y4U A;  1OEX A;  5P7K A;  4Y50 A;  1EBK C;  5P8D A;  3SFC A;  4CPQ A;  2I4X A;  1PPK E;  3NU3 A;  3PRS A;  5BRY A;  3OQF A;  5P1T A;  5P8G A;  1HVR A;  4Y48 A;  4COE A;  3OAG A;  4Y3N A;  1GNO A;  1LV1 A;  3VYE A;  5KQZ A;  3LIX A;  3KYR A;  1KJF A;  5P3X A;  4FL8 A;  2PSG A;  4B72 A;  3CMS A;  5COO A;  3TPL A;  1WKR A;  5P11 A;  1UH9 A;  1IDA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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