3BKHA

Crystal structure of the bacteriophage phikz lytic transglycosylase, gp144
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
268
structure length
268
Chain Sequence
HHHHHGSIMKVLRKGDRGDEVCQLQTLLNLCGYDVGKPDGIFGNNTFNQVVKFQKDNCLDSDGIVGKNTWAELFSKYSPPIPYKTIPMPTANKSRAAATPVMNAVENATGVRSQLLLTFASIESAFDYEIKAKTSSATGWFQFLTGTWKTMIENYGMKYGVLTDPTGALRKDPRISALMGAELIKENMNILRPVLKREPTDTDLYLAHFFGPGAARRFLTTGQNELAATHFPKEAQANPSIFYNKDGSPKTIQEVYNLMDGKVAAHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the bacteriophage phi KZ lytic transglycosylase gp144.
pubmed doi rcsb
molecule keywords lytic transglycosylase
molecule tags Hydrolase
source organism Pseudomonas phage phikz
total genus 77
structure length 268
sequence length 268
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
A PF01471 PG_binding_1 Putative peptidoglycan binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.101.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 PGBD-like superfamily/PGBD 3bkhA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3bkhA02
4KPMA 1AT6A 6LYTA 3RNXA 4DWXA 3WMKA 135LA 2MEFA 5F16A 2YVBA 1BB7A 1C45A 3TXBA 2RSCA 1F10A 1QDRA 4WM6A 5IDDA 3VWOA 4TX7A 1RE2A 4WL7A 4WM3A 3TMVA 154LA 1D0KA 4DT3A 4KT3A 1IWXA 3W3EA 1B7MA 4HP0A 1BB5A 1QQYA 2MEAA 2CGIA 2MEEA 4H9HA 1FBIX 2F4AA 4XJHA 3W6EA 6LYZA 3M3UA 5KKJA 4G49A 5LA5A 1IWUA 3B72A 4H9CA 1ZMYL 5I54A 5HLLA 3B0KA 3KAMA 4OOOA 1JJ1A 3HFMY 1GB7A 1NBYC 3CT1A 2HUBA 1B7QA 1CJ8A 1LZ8A 4NG1A 1GEVA 3BKHA 1LZ5A 4LT3A 5DN5A 4H90A 4R0FA 1LKSA 1QSWA 1W08A 1GBYA 1OUAA 3TMXA 1GBWA 3W6DA 2ZIKA 4PJ2C 5KXKA 3TMWA 4GN5C 1XSFA 4WM1A 3M18B 1FDLY 1LBUA 1FLWA 4N0JA 1UBZA 4NGLA 1HF4A 1ZV5L 2Z38A 4NGVA 1GF8A 1IR8A 4KXIA 3CSZA 5KXXA 4RW1A 1KXXA 3FE0A 4NFVA 1BWJA 4RW2A 2MEGA 4HV2A 2XJWA 1LJEA 2IFFY 2DQJY 1VDQA 5B06A 2BQGA 3TXGA 5IELA 1HSXA 4HTNA 2AUBA 1GB2A 5C6LA 2LZTA 3ZVQA 1P2CC 1OUBA 1LOZA 4I8SA 2HU1A 1PZYA 3ZEKA 2MEDA 1LSDA 3W6BA 1CJ6A 1GFHA 4R6CA 1GFUA 1LSAA 1TEWA 4XENA 3TXEA 3CB7A 3T6UA 4Z3MA 3WPKA 1LYSA 133LA 5KXLA 1LJ4A 1DPWA 1IC4Y 3WUMA 1LZEA 1JIYA 1LMAA 1TCYA 1ZVYB 4NY5A 1GXXA 1QIOA 3A8ZA 1WQOA 2W1XA 1V7TA 1YKYX 4II8A 1AZFA 3AW6A 3W6AA 2Z18A 3A91A 2MEIA 3ATOA 1OUHA 2BQEA 1XEIA 5DL9A 5M1YA 1AKIA 4H8ZA 1JWRA 2C8OA 1A4VA 1GFJA 4N5RA 4N1EI 5B1GA 2HEFA 1J1XY 3A92A 4HPEA 1LZ1A 4H8YA 4W94A 5DN4A 1HEQA 1UUZC 1HNLA 1GB9A 1B7OA 2BQJA 1GAZA 2CDSA 3G3AB 1IOCA 3LYTA 1NWGA 4NGIA 2H9KA 3ZVQB 1WQPA 3WXUA 1LJGA 1REMA 1GBOA 2BQKA 4HPIA 8LYZA 5IHGA 2YBJA 5HQ1A 4J1AA 4EOFA 4LYTA 5KXSA 5KXYA 4ANRA 1QDTA 1LJIA 3WL2A 4H9EA 5LIOA 1LZRA 132LA 2HEAA 3TMUA 1VATA 2F30A 2H5ZA 1GFAA 1IX0A 1KXYA 1B5XA 2BAAA 1GPQC 5FEKA 3RU5A 4YENA 5F81A 5LVGA 3CSRA 3OJPA 3A3QA 1YAOA 7LYZA 1JKDA 1LJHA 1YQVY 4FDYA 4UWNA 3QY4A 5C6JA 5II3A 1NDMC 1TDYA 4LYMA 1LHMA 1XGTC 1UC0A 1GF4A 1RFPA 4LFXA 4G9SA 1GEZA 5KXRA 194LA 3CSQA 3WVXA 1IOTA 2WKXA 3D3DA 5LINA 2G4NA 2VB1A 1NBZC 4HTQA 5KXMA 1LHLA 3EBAB 1GF7A 2BLXA 5KKIA 4LYZA 3A67Y 1YILA 4NHTA 4BXEA 1JKBA 1JEFA 1G7HC 4DD9A 1IORA 1IP3A 1XGUC 2D6BA 3AGHA 3P66A 4HJZA 1HFZA 4H9IA 3AZ6A 4PRUA 4X3BA 5DLAA 1LMQA 5LAFA 4O34A 3EO5A 5HMVA 1GE0A 4DDBA 2BQFA 1IOSA 1XFPL 2A7DA 1QSAA 2D4IA 3SP3A 2BQOA 2HTXA 1DI3A 4H8XA 1HENA 5I4YA 2IHLA 4LPQA 1GB0A 1GB8A 3LYZA 1CJ7A 1GDXA 3P64A 2G4PA 4TWSA 5LXWA 5F14A 1IP4A 1FKQA 2HEEA 1LZNA 4MCKA 1G7LC 2HU3A 2FBDA 2XBSA 3AYQA 2I25L 4H93A 1LZSA 2D4KA 3P68A 3E3DA 2BPUA 2FYDA 4NGJA 1BB3A 1D0LA 1GB6A 1GXV2 1HMLA 1XEJA 2D91A 4OWAA 2N5ZA 3HBHA 1LZBA 4GLAA 4DD3A 2BLYA 1G7MC 1I20A 1IIZA 1HEOA 1A2YC 1KIPC 1LJFA 1JSEA 1YL1X 2Z2FA 2I26L 1DPXA 5ILCA 1JUGA 1HFYA 4DYGA 5L3IA 4NGKA 5E4PA 4ET8A 1IP1A 1HEPA 1I56A 1GFRA 1GF5A 1DI5A 4ZFPA 1EQ4A 4HV1A 1LHIA 4NHSA 1TBYA 1LJNA 4ETDA 1LMOA 4ML7A 1GE3A 1LZAA 1LZ9A 1MELL 1OUIA 2HEDA 2LYMA 1W6ZA 3IWRA 3LHMA 1LMPA 4NIJA 2BQMA 2BH7A 5L9JA 2W1YA 4TUNA 1J1OY 4BOLA 1IWWA 1SLYA 1JTOL 3D9AC 1OUEA 4WO6A 5FHWA 3WUAA 4Z41A 4LT1A 3B6LA 4YOPA 4AGAA 1LSCA 5T3FA 4NSJA 4BAPA 1GF0A 1LJJA 1LZCA 1B5UA 3N9EA 4NHIA 5KXPA 3WU8A 1ZVHL 2BQAA 1FLQA 2YBNA 1UCOA 1EQ5A 4H91A 2DKVA 3AB6A 3AGIA 4LZTA 5LYTA 1FKVA 4GCCA 5D5CA 4BJ4A 2DQAA 1B7NA 4B4IA 1OQMA 1LSEA 3OK0A 2YBMA 1HHLA 4H92A 1J1PY 1UIGA 1EL1A 3WULA 1GE1A 4XN6A 1IR9A 2MEHA 1IP2A 3AW7A 4ZIXA 1B5VA 2XBRA 4WO9A 5LVJA 4WG1A 1GF3A 1NF5A 9LYZA 1GFTA 1MLCE 3A96A 4AXTA 1DKKA 1F6SA 1GB3A 1GE2A 4XADA 3EXDA 5LVIA 2EIZC 1VDTA 5APDA 5FELA 1JSFA 3D2ZA 1UIHA 4NGWA 4J1BA 5C6IA 4QY9A 4DDAA 1AT5A 4WLYA 2EQLA 2DQEY 3A93A 2BQDA 5LVKA 4ZEEA 1LSZA 3WW5A 4B4JA 2C8PA 3W6FA 5F9UA 4DD2A 1VEDA 1B7LA 1V7SA 4CFPA 1UIBA 4GCBA 3WPLA 1HFXA 3F6ZA 4A7DA 4PHIA 1UIEA 2A7FA 2LYOA 207LA 4NHQA 3WU9A 1LSGA 4WM4A 1GFGA 2XTHA 3TXJA 3P65A 4E3UA 4IATA 5I5QA 4WMGA 1D0MA 1HEMA 1JTTL 3TXDA 4FJRA 1E8LA 1UACY 5I4WA 3AGGG 1GFKA 4LT0A 2Z2EA 1LSMA 1TAYA 4ETEA 4G54A 1EQEA 1B5YA 2DQDY 3AJNA 1B2KA 4MSTA 5LAGA 4TSBA 4U3XB 4PPOA 2FYCA 2ZQ4A 3RZ4A 1DZBX 1B7PA 1RJCB 1H87A 1LHJA 1GBXA 1O23A 5LVHA 5B07A 2MECA 1IP6A 1LCNA 4WM5A 1IWYA 3D2YA 1OUCA 4NGYA 1C43A 1IP5A 3A90A 1IEEA 2DQIY 1OP9B 1YANA 3HBDA 2BQCA 1HEWA 4DD7A 1F6RA 1LHHA 4GCEA 3N9AA 4HJYA 4CHXA 1FN5A 1NMMA 1LYZA 5K7OA 2EPEA 1T6VL 1REZA 3LN2A 5APFA 1QUSA 2ZNXY 1VDSA 5ILFA 5FDJA 3EMSA 2H9JA 2G4QA 1GHLA 1LSFA 1LSYA 1BWIA 4PRQA 1YROA 2ZYCA 4NHPA 3CQLA 4WM2A 5EBHA 1LSNA 4XYYA 4XJGA 4B4EA 4YEMA 4IJ4A 1PS5A 1UA6Y 1LZGA 4BS7A 1KXWA 4B0DA 1DKJA 2DQHY 4ETBA 2F2NA 2PC2A 3A6BY 4MR1A 3WYHA 1GD6A 3GXKA 1IP7A 1B9OA 3J4GA 5L3HA 5LYMA 3IJUA 1JTPL 1CJ9A 3B0OA 4ETCA 1IC7Y 1JJ3A 1CKFA 2Q0MX 1CKCA 5APEA 3WU7A 2BQIA 1IR7A 1HSWA 2DQGY 2LYZA 1HMKA 4NGOA 1GWDA 4OOTA 1D6QA 1C08C 2ZIJA 4H9BA 1LZDA 5HNCA 1B5ZA 4NG8A 5KXTA 4TSCA 1UIAA 4YF2A 4CGEA 1OUJA 4H1PA 3GXRA 3TXHA 1BVKC 1QUTA 2DQCY 1CNSA 2YDGA 2ZQ3A 3FI7A 2W1MA 3LZTA 4IASA 3J6KA 3WXTA 1F0WA 4QGZA 4WLXA 1HERA 1LJKA 1JITA 2DQFC 4ETAA 4HSFA 1GFVA 4LYOA 4CJ2A 4C3WA 1LZTA 1BVXA 2EKSC 1C7PA 2NWDX 1CKGA 3LYOA 3P4ZA 3TXIA 1REXA 4OWHA 4UWUA 1LMCA 4Z46A 1WTNA 2D4JA 2X0AA 3QE8A 3LZ2A 4J0LA 2YSSC 4NSHA 1AM7A 5LYZA 3WH1A 4WL6A 4EMNA 1GBSA 4NWHA 3WW6A 1BB4A 3MGWA 1N4FA 1NDGC 4ET9A 4HJVA 2CJLA 5FSTA 1L6JA 3TXFA 4GN4A 1OUDA 2B5ZA 5KXZA 3BKVA 1YKZX 3T36A 2YBLA 1WQNA 4N9RA 4WLDA 2CWIA 4QDNA 1BHZA 5KY1A 4GCFA 1XGRC 1IVMA 4D9ZA 3WPJA 2HEBA 1LTMA 4BPAA 193LA 1QTKA 2LZ2A 4LYBA 4GN3A 5F9XA 5B1FA 4LYCA 1OUGA 4P2EA 1D9UA 4RDSA 4M6DA 4HTKA 2Z19A 1T3PA 4XJIA 5AMYA 1DQJC 5JENB 4XJBA 1LHKA 1ALCA 1B7SA 4OW1A 1B5WA 1Z55A 1IO5A 4W96A 1HC0A 3AZ7A 4OWBA 1IWVA 1LSPA 134LA 1B0DA 1UIDA 3A95A 3RW8A 2MEBA 4YM8A 5I4XA 2F4GA 1D6PA 1BWHA 2YBHA 1BB6A 3A34A 4YEOA 1JKAA 2W1LA 2ZYPA 4B49A 5DM9A 1JJ0A 1H6MA 1LSBA 1GBZA 1UIFA 1IC5Y 4NSIA 1JHLA 1G7JC 1WVUA 4XJDA 1INUA 4DDCA 1BQLY 4G4BA 1IY3A 2YBIA 1C10A 4UWVA 1YKXX 5J7CA 1DXJA 1WVVA 4LFPA 4DD0A 4LGKA 4DD1A 1RI8B 1GB5A 1GF6A 1FLYA 1LYOA 4LT2A 4CFOA 5KXOA 1IWTA 3B0IA 5KXWA 1B7RA 1WQRA 1VFBC 3WUNA 2WARA 1KIRC 1GDWA 4L41A 153LA 1IOQA 5A3EA 1GF9A 4GCDA 4H94A 1LKRA 5LA8A 3IJVA 4C5FA 1LZ6A 4H9FA 5B59A 1GE4A 1VDPA 5HMJA 1G7IC 1NKHA 1WQMA 5A3ZA 4WLTA 4N1CC 3A94A 1RCMA 1IY4A 2ZNWY 5I53A 1CKDA 1NHEA 1YAMA 2Y8PA 4OWEA 2BQNA 3QNGA 4RLMA 3RT5X 5KJ9A 4RLNA 1KIQC 4G4CA 4BXJA 1LMTA 2LHMA 3ATNA 5B05A 3TXKA 1BGIA 1YAPA 1NQIA 1GAYA 4KL7A 1EAKA 4XJFA 1LJ3A 1LPIA 1LZ4A 1JPOA 3HBEX 3W6CA 2BQLA 5E9RA 5D5FA 1YIKA 3A3RX 2BQBA 4NSGA 4NWEA 3AZ4A 1UICA 1VAUA 3K3TA 3N9CA 1WQQA 2BQHA 4H9AA 5APCA 5HNLA 1XGQC 4OWCA 1I1ZA 4J7VA 4BXDA 5FCPA 4N8ZA 2FBBA 4BADA 1JISA 3G3BB 1LAAA 2Z12A 4NEBA 2GV0A 4WG7A 1HELA 4DC4A 3ULRA 1OUFA 1YL0X 4Z98A 3WVYA 5KXNA 1REYA 1IWZA 2I6ZA 1FLUA 1DI4A 4QEQA 1XGPC 2ZWBA 2HECA 4M4OA 1GFEA 2Z39A 4PGJB 3CT5A 4B1AA 4G4HA 4GLVA 4TTDA 1C46A 208LA 1LZYA 4BAFA 4I0CA 3AZ5A 1QTEA 1JKCA 1WTMA 1LYYA 1XEKA 1YAQA 2DBTA 2Z37A 1SQ2L 2ZILA 3A6CY 3CT0A 3LYMA 4NGZA 4WOAA 1LMNA 1CKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPMA 6LYTA 2B6ZA 4DWXA 1C6MA 2YVBA 1LI2A 3TXBA 2OE7X 1QDRA 1QT5A 3NYAA 1L62A 1G0LA 3M3UA 1D3JA 3B72A 1L02A 3ODUA 1L93A 4OOOA 156LA 3CT1A 3DMZA 3DNAA 4LT3A 4R0FA 2RBSA 3HWLA 3C8QA 1L88A 3TMWA 1FDLY 146LA 3SB9A 4NGLA 214LA 1GF8A 246LA 232LA 4RW1A 3FE0A 4HV2A 2XJWA 2IFFY 5B06A 3CDOA 1XJUA 3ZVQA 1P2CC 1PZYA 2MEDA 1GFUA 3T6UA 1CV0A 5KXLA 133LA 1L44A 3GUKA 1IC4Y 3A8ZA 1V7TA 102LA 4II8A 1AZFA 1LW9A 5M1YA 1OUHA 1SWZA 1A4VA 4H8YA 1L19A 5DN4A 1C6NA 1GB9A 3ZVQB 1GAZA 2H9KA 3WXUA 2YBJA 4J1AA 4EOFA 4ANRA 4H9EA 1VATA 1GFAA 1KXYA 2HULA 5FEKA 3RU5A 3OJPA 1JKDA 1LJHA 225LA 141LA 248LA 1QTZA 3OE6A 3WVXA 226LA 1IOTA 2WKXA 3D3DA 2VB1A 1OYUA 5KXMA 1LHLA 4EKPA 1JKBA 1JEFA 1XGUC 1IP3A 3AGHA 4E97A 4H9IA 4X3BA 1L38A 2A7DA 1QSAA 1QS5A 4H8XA 1HENA 5I4YA 4PJZA 1QTCA 1L75A 186LA 2D4KA 3P68A 1L97A 1GXV2 1CU3A 1L21A 1G1VA 262LA 1G7MC 5I14A 1LJFA 253LA 5L3IA 4ET8A 3G3VA 3C7WA 1IP1A 1EQ4A 1L85A 1LHIA 1TBYA 1LJNA 1GE3A 1MELL 122LA 183LA 1OUIA 2HEDA 3IWRA 1W6ZA 3HT6A 1L89A 4TUNA 4ARLA 4LT1A 4YOPA 4AGAA 2B72A 1L47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KPM A;  1AT6 A;  6LYT A;  3RNX A;  4DWX A;  3WMK A;  135L A;  2MEF A;  5F16 A;  2YVB A;  1BB7 A;  1C45 A;  3TXB A;  2RSC A;  1F10 A;  1QDR A;  4WM6 A;  5IDD A;  3VWO A;  4TX7 A;  1RE2 A;  4WL7 A;  4WM3 A;  3TMV A;  154L A;  1D0K A;  4DT3 A;  4KT3 A;  1IWX A;  3W3E A;  1B7M A;  4HP0 A;  1BB5 A;  1QQY A;  2MEA A;  2CGI A;  2MEE A;  4H9H A;  1FBI X;  2F4A A;  4XJH A;  3W6E A;  6LYZ A;  3M3U A;  5KKJ A;  4G49 A;  5LA5 A;  1IWU A;  3B72 A;  4H9C A;  1ZMY L;  5I54 A;  5HLL A;  3B0K A;  3KAM A;  4OOO A;  1JJ1 A;  3HFM Y;  1GB7 A;  1NBY C;  3CT1 A;  2HUB A;  1B7Q A;  1CJ8 A;  1LZ8 A;  4NG1 A;  1GEV A;  3BKH A;  1LZ5 A;  4LT3 A;  5DN5 A;  4H90 A;  4R0F A;  1LKS A;  1QSW A;  1W08 A;  1GBY A;  1OUA A;  3TMX A;  1GBW A;  3W6D A;  2ZIK A;  4PJ2 C;  5KXK A;  3TMW A;  4GN5 C;  1XSF A;  4WM1 A;  3M18 B;  1FDL Y;  1LBU A;  1FLW A;  4N0J A;  1UBZ A;  4NGL A;  1HF4 A;  1ZV5 L;  2Z38 A;  4NGV A;  1GF8 A;  1IR8 A;  4KXI A;  3CSZ A;  5KXX A;  4RW1 A;  1KXX A;  3FE0 A;  4NFV A;  1BWJ A;  4RW2 A;  2MEG A;  4HV2 A; 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 4LGK A;  4DD1 A;  1RI8 B;  1GB5 A;  1GF6 A;  1FLY A;  1LYO A;  4LT2 A;  4CFO A;  5KXO A;  1IWT A;  3B0I A;  5KXW A;  1B7R A;  1WQR A;  1VFB C;  3WUN A;  2WAR A;  1KIR C;  1GDW A;  4L41 A;  153L A;  1IOQ A;  5A3E A;  1GF9 A;  4GCD A;  4H94 A;  1LKR A;  5LA8 A;  3IJV A;  4C5F A;  1LZ6 A;  4H9F A;  5B59 A;  1GE4 A;  1VDP A;  5HMJ A;  1G7I C;  1NKH A;  1WQM A;  5A3Z A;  4WLT A;  4N1C C;  3A94 A;  1RCM A;  1IY4 A;  2ZNW Y;  5I53 A;  1CKD A;  1NHE A;  1YAM A;  2Y8P A;  4OWE A;  2BQN A;  3QNG A;  4RLM A;  3RT5 X;  5KJ9 A;  4RLN A;  1KIQ C;  4G4C A;  4BXJ A;  1LMT A;  2LHM A;  3ATN A;  5B05 A;  3TXK A;  1BGI A;  1YAP A;  1NQI A;  1GAY A;  4KL7 A;  1EAK A;  4XJF A;  1LJ3 A;  1LPI A;  1LZ4 A;  1JPO A;  3HBE X;  3W6C A;  2BQL A;  5E9R A;  5D5F A;  1YIK A;  3A3R X;  2BQB A;  4NSG A;  4NWE A;  3AZ4 A;  1UIC A;  1VAU A;  3K3T A;  3N9C A;  1WQQ A;  2BQH A;  4H9A A;  5APC A;  5HNL A;  1XGQ C;  4OWC A;  1I1Z A;  4J7V A;  4BXD A;  5FCP A;  4N8Z A;  2FBB A;  4BAD A;  1JIS A;  3G3B B;  1LAA A;  2Z12 A;  4NEB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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