3BKHA

Crystal structure of the bacteriophage phikz lytic transglycosylase, gp144
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
268
structure length
268
Chain Sequence
HHHHHGSIMKVLRKGDRGDEVCQLQTLLNLCGYDVGKPDGIFGNNTFNQVVKFQKDNCLDSDGIVGKNTWAELFSKYSPPIPYKTIPMPTANKSRAAATPVMNAVENATGVRSQLLLTFASIESAFDYEIKAKTSSATGWFQFLTGTWKTMIENYGMKYGVLTDPTGALRKDPRISALMGAELIKENMNILRPVLKREPTDTDLYLAHFFGPGAARRFLTTGQNELAATHFPKEAQANPSIFYNKDGSPKTIQEVYNLMDGKVAAHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords lytic transglycosylase
publication title Structure of the bacteriophage phi KZ lytic transglycosylase gp144.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas phage phikz
total genus 77
structure length 268
sequence length 268
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
A PF01471 PG_binding_1 Putative peptidoglycan binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.101.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 PGBD-like superfamily/PGBD 3bkhA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3bkhA02
4NGZA 1LHMA 1UIBA 2DQGY 3IJVA 4Z46A 4ZFPA 2C8OA 1UA6Y 1IWXA 1GAZA 1EL1A 1YROA 3LHMA 4NHTA 1LZEA 5FHWA 1C45A 4XJDA 3CB7A 2MEHA 4ZIXA 2MEFA 1JTOL 5DN4A 1LAAA 4NGWA 4N9RA 4YENA 2I25L 2YBMA 4AXTA 4WM3A 2EKSC 4J1AA 1C7PA 3A90A 4BXJA 3HBHA 3ZVQA 2MEGA 2Z37A 3AZ6A 4G49A 2YBJA 1LSEA 1LZ1A 1OUJA 4LPQA 1NWGA 1VDSA 4GCBA 1JISA 1HENA 2ZWBA 2ZNWY 1IC7Y 4GN4A 1HF4A 2BQEA 4R0FA 2XTHA 1JTPL 1GFTA 3B0IA 4CJ2A 4ETAA 1LSDA 1D6QA 1O23A 3FE0A 1QDRA 3AGIA 5APEA 2FYCA 1LMQA 1REYA 5M1YA 1B7OA 1DXJA 5L3HA 2BAAA 4NHSA 1WVVA 2G4PA 1LHLA 4H9IA 5D5FA 1GBYA 1GXV2 1LJIA 1GF7A 2BQGA 4WLYA 3WH1A 3EXDA 4BPAA 3B0KA 5LIOA 1IWZA 4DD2A 3A6CY 5HQ1A 133LA 5FSTA 3A95A 1GBSA 3RU5A 3WPJA 5B1GA 5DLAA 4NHQA 4R6CA 4N8ZA 1SLYA 3WU8A 4ANRA 4LT3A 5LVHA 2W1XA 1GB2A 2EPEA 1QUTA 1XGRC 4I8SA 1FLQA 4LGKA 3LZ2A 4DDBA 3ATNA 4LYCA 1KXYA 3WVXA 1GFHA 4G4BA 1XGPC 2ZIKA 4P2EA 3QE8A 1C10A 3AJNA 5FDJA 1GFAA 1DKJA 1LZBA 1OUFA 1REMA 1QTEA 1QSAA 1B7MA 1LYZA 2FYDA 2Z2FA 5F9UA 5B07A 2Z2EA 1VAUA 3G3AB 4H9HA 1JKAA 1GFGA 1B5XA 2C8PA 1IEEA 4HP0A 1IOSA 1G7JC 3A67Y 3J4GA 4WM2A 2BH7A 2H9JA 1LOZA 2DQEY 2WARA 4FJRA 4GLAA 4MCKA 3TMUA 1D9UA 5KXNA 1ZVYB 5KXKA 1LZCA 1YQVY 2XBSA 1C08C 1MELL 4HTKA 2AUBA 2FBDA 3ATOA 4LT1A 153LA 1DI3A 1BGIA 3RT5X 1YANA 1GE0A 1UIGA 2XJWA 1LYSA 4NWHA 2XBRA 3BKVA 1LZTA 1GB9A 1GEVA 4UWVA 3P4ZA 5I54A 1MLCE 5I53A 1OUDA 1BQLY 1NBYC 2BQMA 2MECA 3CQLA 4PRQA 3RNXA 1IR9A 5LVKA 4ETCA 2VB1A 4G54A 3EBAB 3A6BY 1GF3A 1HEOA 3N9EA 1GBXA 1IC5Y 4BAFA 1GFEA 3FI7A 2HEEA 5ILFA 3WU7A 2YBLA 2W1YA 6LYTA 1UICA 2HEFA 1C46A 4OWEA 2BPUA 4HTNA 1LZ9A 1YAPA 1CKHA 4WMGA 2D6BA 2DQCY 193LA 1J1PY 1HEPA 2ZNXY 3A92A 1J1XY 1BWJA 1YILA 2N5ZA 1DI5A 3GXRA 1BB4A 4RLMA 5B1FA 3W6EA 1JJ1A 3G3BB 1LKSA 1HHLA 1OUHA 2BQIA 1UIFA 4EOFA 2Z39A 1XEJA 3AZ7A 4LZTA 4WG1A 3WYHA 3BKHA 5ILCA 1VDPA 3WULA 4L41A 2Y8PA 1GE3A 3B0OA 1LZ5A 4FDYA 2HEDA 1LZRA 1GF4A 1WQMA 1TBYA 1XEIA 3TXFA 2X0AA 4DC4A 1XSFA 1HELA 1IWWA 4XN6A 4KL7A 4TX7A 4WM1A 1OP9B 4WM5A 1HEMA 4LYTA 5KXPA 1AT6A 4W96A 4BS7A 3WU9A 2CJLA 1XGTC 5KXZA 5F14A 1VFBC 3LZTA 1IC4Y 1E8LA 1NBZC 3P65A 4YEOA 4MSTA 5KXWA 3TMWA 2RSCA 4NGJA 1G7LC 4BJ4A 2BQKA 1UIHA 4OWBA 1WTMA 4H8YA 1BB3A 3A93A 1AKIA 1LSGA 1EAKA 1D0MA 1IX0A 1WTNA 2BQAA 3QNGA 5KXLA 1CKGA 2HEAA 2YDGA 1LMTA 2HECA 4NGKA 4ETBA 1EQEA 3AZ5A 1QDTA 2LYZA 1B7QA 4GCEA 2BQNA 4CFPA 1QUSA 4ETDA 5K7OA 5APDA 5J7CA 1GDWA 1A4VA 4YOPA 1DQJC 2DQIY 5FEKA 5KKIA 1QSWA 1IP4A 5KJ9A 4NG8A 1LBUA 2MEEA 2YBIA 1B7LA 3P68A 4CFOA 3WVYA 1LZNA 1JWRA 1GB0A 4PJ2C 1IWYA 2Z19A 4GCCA 1CJ7A 4HPEA 3AB6A 5DM9A 2DQJY 4XJHA 1D6PA 4H93A 5IHGA 5DN5A 4HJVA 4IATA 1LJ3A 7LYZA 1LSPA 1BWHA 1B5VA 1EQ5A 1HFXA 1IP3A 1YAQA 1GF0A 4GCDA 2Z38A 1ALCA 4NFVA 4NHIA 2EIZC 1J1OY 5HMJA 3WUNA 2BQFA 5KXSA 2DQDY 1B7NA 1BB7A 2MEDA 1RJCB 1SQ2L 1BB5A 1VDTA 4NSJA 3A96A 2BQLA 132LA 1LHJA 4B4IA 2LHMA 4OWCA 4DD7A 4PGJB 1T3PA 2YVBA 1ZMYL 4O34A 4NSGA 2B5ZA 3W6FA 1GBWA 1C43A 2LZ2A 1JITA 1BB6A 3P66A 1IP1A 1LZ8A 3B6LA 5L3IA 4PPOA 4N0JA 1NMMA 1HMKA 1CJ6A 5HMVA 1GF9A 4XJFA 1OUEA 3A3RX 1LJNA 3WW6A 1P2CC 1LZ6A 1IO5A 4CGEA 1TDYA 2F4GA 1DI4A 1HNLA 1LJJA 2DQAA 1FN5A 1GB6A 3A3QA 3CT1A 4XJBA 3HFMY 5KKJA 1JJ0A 1OQMA 1I1ZA 2DQHY 135LA 4OWAA 1LSBA 1LZAA 5L9JA 1FLUA 3MGWA 1TEWA 3AYQA 4W94A 5HLLA 6LYZA 5FELA 4B49A 4OOOA 1IP2A 1LZSA 1FBIX 3P64A 5F16A 1D0KA 4WG7A 1HFYA 2PC2A 4ZEEA 5I4WA 4GCFA 1G7MC 1YKYX 2LYMA 3M3UA 4E3UA 1IY3A 3LYMA 4TTDA 1FLWA 1BVKC 3CSRA 3E3DA 4UWNA 4RW1A 4BOLA 1KIPC 1DKKA 1ZVHL 3QY4A 4DT3A 5LYZA 1UIDA 5EBHA 4LFPA 3W6BA 1LJHA 1JSFA 1GB8A 1I56A 2HU1A 1IP6A 4ET8A 2GV0A 3HBDA 1ZV5L 3RW8A 1IOTA 1LJKA 1QQYA 1JSEA 4H9AA 4QGZA 5JENB 3K3TA 4WO9A 3IJUA 1G7HC 2LYOA 5F9XA 1JTTL 1NDMC 1YAMA 1NKHA 4TUNA 3AW7A 2HTXA 4ET9A 4NGYA 1LCNA 1LSFA 2D4IA 3WUAA 5KXOA 1LYOA 1HMLA 5LAFA 2CGIA 4YM8A 1JUGA 4H9BA 3WW5A 4NGIA 3T36A 154LA 2W1LA 2BLYA 4HTQA 1B5ZA 4ETEA 3GXKA 4WL7A 1V7SA 4BXDA 1LHIA 2MEAA 4B1AA 4B4JA 1LJFA 4RLNA 4WM6A 5FCPA 1IP5A 4BADA 4M4OA 1IORA 1F10A 1UBZA 4OOTA 3TXKA 1YL0X 4G9SA 4LYMA 4NIJA 5LVJA 1LTMA 1CJ9A 1GE4A 5KXMA 1LSMA 1HSXA 5KXRA 1IOQA 3J6KA 4H8XA 3A94A 2IHLA 1HERA 2FBBA 1WQNA 4N5RA 5LYTA 1LZYA 2A7DA 3B72A 4DDAA 4H8ZA 1KIRC 1AM7A 1B5WA 3AGGG 1GB5A 4GN5C 4KXIA 4TSBA 5LA8A 3ULRA 4NGOA 5A3EA 2H9KA 1A2YC 4A7DA 5LINA 4HJZA 5IELA 5B06A 5KY1A 1D0LA 2MEIA 1GB3A 1KXXA 1LMPA 1B2KA 1QTKA 4HJYA 3LYZA 4LT0A 2F4AA 4N1CC 4Z41A 3W6AA 2BQJA 1KXWA 1B9OA 3D2ZA 2DKVA 1T6VL 2I6ZA 1UCOA 4H91A 4H9EA 4QEQA 1B0DA 1RI8B 1KIQC 3IWRA 2BLXA 1GF5A 1LZDA 1IVMA 4IASA 1CKDA 1QIOA 2W1MA 5E9RA 4J1BA 4C3WA 5LA5A 1PS5A 5T3FA 4N1EI 1YKXX 1REZA 2ZQ3A 4QDNA 4RW2A 3CT0A 5AMYA 5C6JA 2F30A 2HEBA 4U3XB 3RZ4A 1GHLA 1IWTA 3EO5A 1GFRA 2MEBA 5HNLA 4WL6A 1LZGA 208LA 1IIZA 1W08A 4J0LA 1DPXA 2DBTA 2D4KA 1JHLA 1LHKA 4NHPA 1WQQA 2ZILA 2EQLA 3W3EA 4RDSA 4YEMA 3D2YA 1PZYA 5LAGA 1LMCA 1LYYA 3WMKA 1GE2A 3LYOA 1B7RA 1FKVA 3M18B 4IJ4A 1YAOA 5LXWA 3TXJA 1UUZC 3CSZA 4GN3A 5I4XA 3WL2A 4UWUA 5B05A 3OK0A 4H94A 1LSAA 5APCA 4TSCA 2HU3A 5C6IA 9LYZA 1GFKA 1HEQA 1RE2A 1OUGA 1GF6A 4H92A 1IWVA 1CKFA 4LYOA 4WOAA 5KXYA 1Z55A 4G4CA 4H9FA 1GFUA 1LJ4A 2CWIA 4WLTA 3TMVA 4DD1A 1NF5A 3D9AC 3D3DA 3SP3A 4II8A 5II3A 3ZVQB 4YF2A 1GXXA 1OUAA 4NG1A 5LYMA 4WLXA 1JKCA 3A91A 4BXEA 1UIEA 1IWUA 1DZBX 2ZYPA 4LYZA 4MR1A 4TWSA 4NGVA 1H87A 1F6SA 1NDGC 2G4QA 2YBHA 4HSFA 4OW1A 1JEFA 4NSIA 4XADA 1LJGA 1WQRA 2HUBA 1YKZX 1IR7A 4CHXA 207LA 1XGQC 1JKDA 4NY5A 4D9ZA 1RFPA 4X3BA 5APFA 1GEZA 1LPIA 2WKXA 4BAPA 4DD3A 3KAMA 3CT5A 1V7TA 2BQDA 3HBEX 3T6UA 1AZFA 1LMNA 1N4FA 1NQIA 1LZ4A 1UIAA 1LSZA 2BQHA 1GFJA 1LHHA 4PRUA 1TAYA 4KPMA 4XYYA 4DD9A 1BVXA 1XFPL 1IR8A 4DWXA 3F6ZA 2CDSA 4QY9A 4HV1A 1LMAA 1GBOA 1IOCA 5I5QA 1AT5A 3TMXA 1GPQC 3AGHA 1F0WA 4PHIA 1GB7A 2Z18A 4H1PA 3WXTA 1IY4A 5KXXA 1CNSA 1RCMA 4XJIA 2F2NA 4NGLA 3AW6A 3OJPA 1EQ4A 1OUBA 4WO6A 5HNCA 3CSQA 4H90A 3TXGA 2H5ZA 2ZIJA 1BWIA 1NHEA 1OUCA 2D91A 1IP7A 1FKQA 2LZTA 1INUA 1CKCA 2I26L 5DL9A 4Z3MA 1DPWA 4I0CA 3EMSA 2ZQ4A 3W6DA 3WXUA 1GAYA 2YBNA 1BHZA 3WPLA 2NWDX 4GLVA 5B59A 1B5YA 2Q0MX 4NEBA 1UC0A 1W6ZA 1B5UA 4WLDA 4J7VA 5D5CA 4M6DA 4XENA 5C6LA 4NSHA 3LN2A 1H6MA 1HEWA 1REXA 1LMOA 3TXDA 1LKRA 3TXEA 2BQCA 8LYZA 4NWEA 5I4YA 5KXTA 1YL1X 134LA 2IFFY 1TCYA 3AZ4A 1GF8A 1XEKA 3WUMA 1OUIA 1VATA 4LT2A 1GFVA 4B0DA 1LSCA 2A7FA 3TXHA 1FLYA 4DYGA 3ZEKA 1I20A 1GWDA 3W6CA 3A8ZA 1JJ3A 3TXIA 4EMNA 3A34A 4Z98A 1XGUC 4LYBA 3VWOA 3N9CA 4G4HA 1JIYA 5LVGA 4OWHA 5LVIA 2G4NA 4KT3A 1HC0A 1GD6A 4AGAA 1JKBA 2BQBA 1FDLY 1WVUA 4DDCA 4HV2A 1YIKA 1L6JA 2ZYCA 1WQPA 2DQFC 1F6RA 4XJGA 5F81A 1GBZA 4B4EA 4DD0A 1LSYA 5E4PA 5A3ZA 1VDQA 1GDXA 1VEDA 1JPOA 194LA 3LYTA 4WM4A 1B7PA 3WPKA 1CJ8A 2YSSC 1LSNA 4LFXA 4H9CA 3TXBA 1UACY 1WQOA 2Z12A 2BQOA 1LJEA 2D4JA 3N9AA 5IDDA 4HPIA 1G7IC 1B7SA 4C5FA 1HFZA 4ML7A 1GE1A 1HSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DKLA 1C6GA 2C8OA 3LHMA 1LZEA 1C45A 4XJDA 2MEHA 4YENA 2I25L 4WM3A 1WTHA 1NWGA 4GCBA 1C6KA 3DKEX 2ZWBA 1G0LA 211LA 4ETAA 1L12A 1D6QA 3C8SA 3FE0A 1QDRA 1L49A 4GRVA 3CDOA 1GBYA 1GXV2 3OE6A 1IWZA 133LA 1L59A 5FSTA 3RU5A 3WPJA 5DLAA 4R6CA 5LVHA 4ANRA 1FLQA 1PQJA 1KXYA 3AJNA 1LZBA 1QTEA 192LA 1OUFA 1QSAA 3C7WA 1LYZA 3G3AB 4H9HA 1JKAA 1B5XA 2C8PA 1C6CA 5LZMA 4HP0A 1IOSA 1P7SA 4WM2A 2BH7A 1ZURA 2RB2X 4FJRA 4MCKA 1D9UA 1L44A 1YQVY 2XBSA 1L07A 2IGCA 1MELL 4HTKA 1L76A 1C63A 3RT5X 1UIGA 2XJWA 1LYSA 1PQDA 4UWVA 1GB9A 1LGUA 1L17A 3P4ZA 1NBYC 4PRQA 1LYEA 3N9EA 3FI7A 1UICA 2HEFA 1C46A 4HTNA 1YAPA 2D6BA 225LA 2ZNXY 3FA0A 3GXRA 3W6EA 197LA 1HHLA 2Z39A 3WYHA 5ILCA 1VDPA 3WULA 1KNIA 1LZ5A 1LWKA 1D3MA 1G0QA 1WQMA 4DC4A 178LA 1XSFA 4KL7A 2L78A 4WM5A 3FI5A 4LYTA 1AT6A 1XGTC 4DQJA 1L15A 1IC4Y 4EKPA 1NBZC 1L74A 2RSCA 1UIHA 3DMZA 5KXLA 1WTNA 2YDGA 2HEAA 1LMTA 1QDTA 2LYZA 1C61A 4CFPA 5K7OA 4W57A 1A4VA 1DQJC 2DQIY 1IP4A 1C6JA 254LA 1NHBA 1LBUA 2YBIA 3P68A 1B7LA 4W52A 1IWYA 4GCCA 1BWHA 1EQ5A 1IP3A 2RBRA 3WUNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NGZ A;  1LHM A;  1UIB A;  2DQG Y;  3IJV A;  4Z46 A;  4ZFP A;  2C8O A;  1UA6 Y;  1IWX A;  1GAZ A;  1EL1 A;  1YRO A;  3LHM A;  4NHT A;  1LZE A;  5FHW A;  1C45 A;  4XJD A;  3CB7 A;  2MEH A;  4ZIX A;  2MEF A;  1JTO L;  5DN4 A;  1LAA A;  4NGW A;  4N9R A;  4YEN A;  2I25 L;  2YBM A;  4AXT A;  4WM3 A;  2EKS C;  4J1A A;  1C7P A;  3A90 A;  4BXJ A;  3HBH A;  3ZVQ A;  2MEG A;  2Z37 A;  3AZ6 A;  4G49 A;  2YBJ A;  1LSE A;  1LZ1 A;  1OUJ A;  4LPQ A;  1NWG A;  1VDS A;  4GCB A;  1JIS A;  1HEN A;  2ZWB A;  2ZNW Y;  1IC7 Y;  4GN4 A;  1HF4 A;  2BQE A;  4R0F A;  2XTH A;  1JTP L;  1GFT A;  3B0I A;  4CJ2 A;  4ETA A;  1LSD A;  1D6Q A;  1O23 A;  3FE0 A;  1QDR A;  3AGI A;  5APE A;  2FYC A;  1LMQ A;  1REY A;  5M1Y A;  1B7O A;  1DXJ A;  5L3H A;  2BAA A;  4NHS A;  1WVV A;  2G4P A;  1LHL A;  4H9I A;  5D5F A;  1GBY A;  1GXV 2;  1LJI A;  1GF7 A;  2BQG A;  4WLY A;  3WH1 A;  3EXD A;  4BPA A;  3B0K A;  5LIO A;  1IWZ A;  4DD2 A;  3A6C Y;  5HQ1 A;  133L A;  5FST A;  3A95 A;  1GBS A;  3RU5 A;  3WPJ A;  5B1G A;  5DLA A;  4NHQ A; 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 3WXT A;  1IY4 A;  5KXX A;  1CNS A;  1RCM A;  4XJI A;  2F2N A;  4NGL A;  3AW6 A;  3OJP A;  1EQ4 A;  1OUB A;  4WO6 A;  5HNC A;  3CSQ A;  4H90 A;  3TXG A;  2H5Z A;  2ZIJ A;  1BWI A;  1NHE A;  1OUC A;  2D91 A;  1IP7 A;  1FKQ A;  2LZT A;  1INU A;  1CKC A;  2I26 L;  5DL9 A;  4Z3M A;  1DPW A;  4I0C A;  3EMS A;  2ZQ4 A;  3W6D A;  3WXU A;  1GAY A;  2YBN A;  1BHZ A;  3WPL A;  2NWD X;  4GLV A;  5B59 A;  1B5Y A;  2Q0M X;  4NEB A;  1UC0 A;  1W6Z A;  1B5U A;  4WLD A;  4J7V A;  5D5C A;  4M6D A;  4XEN A;  5C6L A;  4NSH A;  3LN2 A;  1H6M A;  1HEW A;  1REX A;  1LMO A;  3TXD A;  1LKR A;  3TXE A;  2BQC A;  8LYZ A;  4NWE A;  5I4Y A;  5KXT A;  1YL1 X;  134L A;  2IFF Y;  1TCY A;  3AZ4 A;  1GF8 A;  1XEK A;  3WUM A;  1OUI A;  1VAT A;  4LT2 A;  1GFV A;  4B0D A;  1LSC A;  2A7F A;  3TXH A;  1FLY A;  4DYG A;  3ZEK A;  1I20 A;  1GWD A;  3W6C A;  3A8Z A;  1JJ3 A;  3TXI A;  4EMN A;  3A34 A;  4Z98 A;  1XGU C;  4LYB A;  3VWO A;  3N9C A;  4G4H A;  1JIY A;  5LVG A;  4OWH A;  5LVI A;  2G4N A;  4KT3 A;  1HC0 A;  1GD6 A;  4AGA A; 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 2OEA X; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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