3BKVA

X-ray structure of the bacteriophage phikz lytic transglycosylase, gp144, in complex with chitotetraose, (nag)4
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
268
structure length
268
Chain Sequence
HHHHHGSIMKVLRKGDRGDEVCQLQTLLNLCGYDVGKPDGIFGNNTFNQVVKFQKDNCLDSDGIVGKNTWAELFSKYSPPIPYKTIPMPTANKSRAAATPVMNAVENATGVRSQLLLTFASIESAFDYEIKAKTSSATGWFQFLTGTWKTMIENYGMKYGVLTDPTGALRKDPRISALMGAELIKENMNILRPVLKREPTDTDLYLAHFFGPGAARRFLTTGQNELAATHFPKEAQANPSIFYNKDGSPKTIQEVYNLMDGKVAAHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Pseudomonas phage phikz
publication title Structure of the bacteriophage phi KZ lytic transglycosylase gp144.
pubmed doi rcsb
molecule keywords lytic transglycosylase
total genus 79
structure length 268
sequence length 268
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
A PF01471 PG_binding_1 Putative peptidoglycan binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.101.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 PGBD-like superfamily/PGBD 3bkvA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3bkvA02
2YSSC 5F16A 1IR8A 4ETCA 2BPUA 1G7JC 1LYSA 1CJ6A 3AB6A 4WOAA 4B1AA 1LJGA 2MEAA 3WMKA 4XENA 3W3EA 2RSCA 1LSYA 1O23A 1LZCA 1WVUA 1YAQA 3EBAB 4DDBA 1HC0A 3T36A 1LCNA 1ALCA 3A6CY 2BLYA 1GB6A 1G7MC 1H87A 4G54A 5DN4A 3WYHA 1HERA 2BQKA 4LYMA 4B49A 1BB3A 1JJ1A 1QSWA 2W1YA 1IC5Y 4GCBA 4NGYA 1UCOA 5I53A 1FLWA 5LYZA 3ZVQB 4ANRA 1IVMA 2IFFY 2DQJY 4GCDA 4H93A 1JITA 1PZYA 2WKXA 1NBYC 4KXIA 5LA8A 1LKRA 4HJZA 4B4EA 1LHLA 1GPQC 5B1GA 2BQEA 2FBBA 4HPEA 1MLCE 4NGZA 5LINA 2XJWA 3W6DA 1GFRA 4HTNA 3B6LA 1HELA 1ZVYB 4G49A 3W6AA 2NWDX 1D6QA 2YBIA 5DLAA 4BJ4A 1HSXA 4H9AA 1LKSA 1GFVA 4IJ4A 3A3QA 1QDTA 2CDSA 3QY4A 1ZVHL 3CSQA 4DWXA 3WULA 1LHMA 4OW1A 4WM3A 2A7DA 2MECA 2YBMA 2EQLA 4NGOA 5HMVA 3CT0A 4LT0A 5FSTA 5C6IA 1DKJA 1LZAA 1XGUC 5C6JA 4G4HA 4L41A 1SLYA 3CB7A 2DQIY 3ZEKA 2Z18A 1GE3A 4WM4A 3AW6A 1GBWA 1LSMA 5LVIA 1LMTA 4WG7A 4NEBA 4I0CA 3AJNA 2Q0MX 2W1XA 4MCKA 1J1PY 3TXHA 4ETEA 4LT2A 1SQ2L 2G4NA 1C10A 4WM5A 4WLTA 5HMJA 4H9CA 1C45A 2HU3A 1JTTL 3TXEA 5ILCA 1UA6Y 4EOFA 4Z41A 3A95A 1GB9A 1RI8B 1FKVA 1DKKA 2EIZC 1T6VL 1GXV2 4LFPA 4W94A 5KXWA 1JJ0A 5I4YA 1YQVY 3P65A 4BXEA 1B7OA 1IR9A 1XFPL 2ZQ3A 3P64A 1YANA 2BQNA 3HBDA 4CFOA 4DD3A 5II3A 5LVHA 4HTQA 1OP9B 5FCPA 3D2ZA 1GBZA 5F9XA 2MEDA 154LA 2DQDY 4NSIA 3LZ2A 4IATA 1INUA 1YROA 3OJPA 1F6SA 1GEZA 1REYA 5APEA 1D6PA 1QTEA 2Z2EA 4AXTA 4WO6A 1UACY 1A2YC 4G4BA 1VDQA 4H8XA 3RNXA 5B06A 1JKAA 4HTKA 4R6CA 3TXDA 4ZIXA 3A8ZA 1WTNA 1IEEA 4G4CA 1CNSA 2ZWBA 2XBSA 2BAAA 4LZTA 4P2EA 3ZVQA 1UUZC 5K7OA 3EXDA 1UBZA 2HEFA 5I4WA 1B7NA 2XTHA 1LZ4A 1TDYA 2ZNWY 3WU9A 4HP0A 5E9RA 3LYOA 1LZ1A 5E4PA 3W6EA 4EMNA 4II8A 5I4XA 4TSBA 3CSZA 193LA 4ML7A 4HJYA 1AT6A 1XEIA 1IY3A 2BQCA 5C6LA 1LAAA 4QGZA 5APFA 1YKYX 2H5ZA 4I8SA 5LAGA 5KXNA 3ATOA 4HPIA 1LZRA 1AM7A 1QUTA 1JKDA 4TX7A 1IIZA 1OUGA 2HUBA 1GF6A 4H9BA 2BQHA 133LA 2DQCY 1GB5A 1VDSA 3A96A 5KXSA 1WQOA 1D0MA 4D9ZA 1EQEA 1LZEA 1GF3A 4LYZA 1B5UA 1N4FA 1B9OA 1F0WA 1LJFA 5L3HA 4WM6A 1GB8A 2Y8PA 4ZEEA 1GF0A 1FLUA 1IWUA 1YAMA 4W96A 1IWXA 4N1EI 1FBIX 2MEBA 7LYZA 2DBTA 4WO9A 1YKZX 1LMNA 4YEOA 5B07A 1YAOA 3TXJA 5JENB 1HENA 3IJVA 4BAPA 1JUGA 2Z2FA 3WVYA 1LTMA 3GXKA 4WM1A 5IELA 3TXGA 5IDDA 1D0KA 1GE4A 1LJ3A 1NQIA 1REXA 1IWWA 2MEGA 3AGIA 4N9RA 5HNLA 3WW6A 3P68A 1RE2A 1GHLA 1D0LA 4DC4A 3F6ZA 1C08C 3TMXA 2N5ZA 2A7FA 2PC2A 4WLXA 1VDTA 1BB5A 2BQOA 2MEFA 1REZA 1LYOA 5KKIA 5LYMA 2MEHA 4LT3A 1LSZA 1LOZA 4N8ZA 3LN2A 4Z98A 1GE0A 1LSAA 3N9EA 3RU5A 1A4VA 2C8OA 1TAYA 4H9FA 4OWEA 4WL6A 4YOPA 4CHXA 2H9JA 132LA 1YIKA 4DD0A 5KXLA 1DXJA 4KPMA 4UWUA 2D4KA 1C43A 1JISA 1DI5A 5KXMA 1LJIA 1FN5A 1NDMC 5F9UA 2WARA 4NY5A 1IORA 1DI4A 1NMMA 1LZDA 2HEBA 1LSGA 4OOTA 3WXUA 4B4IA 4NHPA 1NBZC 1GE1A 1LPIA 1VATA 3WUMA 5L9JA 1LZ8A 4HV2A 4XJFA 1HFXA 1GF8A 4QEQA 4GCCA 5KXYA 1BVKC 4TTDA 3B0OA 1BHZA 4NHTA 3A91A 3HFMY 4GLVA 153LA 2YVBA 2LHMA 1GDWA 3WUAA 1LZ5A 2DQGY 1IP1A 3CT5A 4H9IA 1J1XY 1BGIA 5DL9A 3A67Y 3D9AC 4M4OA 3AYQA 1UC0A 4G9SA 1B7PA 4NHSA 4FJRA 5B59A 1GFGA 1LHIA 1HEMA 1NDGC 1WQPA 1W08A 2DQAA 4CJ2A 2G4PA 1GF4A 5KXTA 1FKQA 3AZ4A 4NGJA 1VAUA 5D5CA 3HBHA 4DDAA 1TEWA 4C5FA 1DQJC 1LZ6A 1YKXX 2FBDA 1IWZA 1LZ9A 2LZTA 1LSBA 4NHIA 1XGRC 5KXXA 1DI3A 3LYZA 4XJGA 1IP2A 3B0KA 4RW2A 3QNGA 3FE0A 1HEPA 2BQIA 1UIAA 2ZNXY 1LJ4A 4NSJA 4ZFPA 1LMQA 1EQ5A 1LZYA 4NGKA 1BWIA 1RFPA 1FLQA 1TCYA 2F4AA 3WPJA 5I5QA 1JPOA 5F81A 3E3DA 1VEDA 1XGQC 3FI7A 5KY1A 1LHKA 1XSFA 2FYDA 5F14A 1OUHA 3CSRA 1WVVA 1UIBA 1WQRA 4LPQA 4H91A 5ILFA 4AGAA 1OUCA 1OUDA 3WPKA 1KIRC 4LT1A 1OUJA 5APCA 4PHIA 1GFHA 1HHLA 1CKCA 1YILA 4PJ2C 2Z38A 4CGEA 4NIJA 4N5RA 1NKHA 3T6UA 3WPLA 1Z55A 4YM8A 4WM2A 3W6BA 4WMGA 3TXBA 1IR7A 1BB6A 1OQMA 1UIHA 1ZMYL 3SP3A 3WVXA 1YAPA 4XJDA 1GFEA 1UIFA 4GLAA 1LSCA 3IJUA 4NWHA 1E8LA 4BXJA 2HEDA 3M3UA 2B5ZA 1JIYA 4QY9A 1DZBX 1GFKA 2BQAA 3EO5A 2FYCA 5KXZA 1IWVA 3LHMA 1WQQA 2ZQ4A 134LA 3LYMA 1B0DA 1HMKA 1BVXA 1BWHA 1HF4A 4H8YA 4GCEA 3G3AB 5APDA 1IY4A 1GXXA 3ATNA 4GN3A 194LA 1LBUA 2BQBA 2D4JA 3B0IA 1F6RA 2BQLA 5KXKA 3D3DA 2W1LA 4KL7A 1B5YA 1OUIA 4DYGA 5J7CA 2DQHY 4RLNA 1JSFA 1B5XA 2BQGA 3IWRA 3M18B 4OWAA 4H9EA 3TMUA 5LVJA 1GF5A 4RW1A 4KT3A 5FELA 3TXFA 2ZILA 2IHLA 1KXYA 4DD9A 1RCMA 5LVKA 1IOQA 2ZYCA 2MEEA 5A3EA 4MR1A 5KJ9A 3K3TA 1V7TA 3A92A 1GFJA 2EPEA 3A90A 1NWGA 4DDCA 4YENA 4J1AA 2BQMA 3CT1A 1CKFA 2VB1A 1IC7Y 1G7LC 1FDLY 1B5ZA 1XEJA 4R0FA 2H9KA 1F10A 5DN5A 1B5WA 1D9UA 1LMPA 1LMOA 1LMCA 2EKSC 2YBJA 3A34A 1LZTA 4H92A 4PRQA 4X3BA 1KIQC 4TSCA 1IOCA 5HLLA 5LA5A 1CKHA 4H94A 1WQMA 1LJEA 3GXRA 2F30A 4HV1A 3TXKA 5LVGA 1JTPL 5KKJA 1I20A 1LJKA 4YF2A 5D5FA 2BQJA 1EQ4A 1UIDA 2W1MA 4GCFA 4YEMA 5M1YA 5KXRA 4NHQA 3QE8A 4ETDA 1LZSA 4NGWA 1YL1X 1LSEA 2I26L 5FHWA 1DPWA 3ULRA 3W6FA 2DQFC 1GAYA 1J1OY 1B5VA 1OUAA 1QTKA 3RT5X 2AUBA 1GBXA 1L6JA 1GF9A 2BLXA 3WXTA 3AZ7A 5FDJA 1JKCA 2BH7A 1P2CC 1GB3A 4M6DA 1OUEA 1GAZA 4RDSA 3J6KA 1IP6A 1B7SA 1LZGA 2CGIA 1HEOA 2Z39A 1YL0X 3WU7A 5KXPA 1UICA 1LYYA 2I6ZA 3AZ6A 1XGPC 2G4QA 3A3RX 5LYTA 1XEKA 1I1ZA 4NWEA 1KXWA 1LMAA 1IOTA 2D4IA 3HBEX 4WLYA 3WUNA 1B2KA 4OWHA 2YBLA 3CQLA 2GV0A 2I25L 4N1CC 1NHEA 4NSGA 4BXDA 1GFAA 1HNLA 9LYZA 4LYOA 3RW8A 1GEVA 3G3BB 1HEWA 2Z37A 3VWOA 4BAFA 2F2NA 3P4ZA 4UWNA 1AKIA 3AGGG 1GB2A 1C7PA 4XN6A 4GN5C 3EMSA 3BKVA 1I56A 1VFBC 4B4JA 4H90A 4WLDA 2LYZA 5B05A 2DQEY 1GD6A 3B72A 4OWCA 1BQLY 4NGVA 1BB7A 1EAKA 4B0DA 4XJBA 4A7DA 3J4GA 3LZTA 4OWBA 4U3XB 1GFUA 3P66A 1LHJA 6LYTA 135LA 4H8ZA 5I54A 4DT3A 4Z3MA 2ZYPA 1JJ3A 1GB0A 1LHHA 4H1PA 1IP7A 1GF7A 5KXOA 3LYTA 1FLYA 4XYYA 5FEKA 1LSPA 2BQDA 1LSFA 4NG1A 4WG1A 1GBYA 2YBNA 4XADA 5EBHA 5HQ1A 1VDPA 1IC4Y 207LA 3MGWA 4LGKA 1CKGA 4J0LA 4LYTA 1DPXA 1T3PA 2YBHA 3WW5A 3D2YA 1XGTC 1ZV5L 1AT5A 2BQFA 2HECA 1IP3A 1JEFA 1REMA 2HTXA 2Z12A 1IWYA 1QIOA 1IWTA 4BPAA 2CJLA 4ETBA 3A93A 4NFVA 1BB4A 4MSTA 1GE2A 4BADA 2HU1A 1JSEA 5LXWA 2MEIA 1QDRA 1UIGA 4DD1A 1GBOA 1OUBA 1GFTA 1QSAA 4BS7A 1JKBA 4RLMA 4N0JA 3TMWA 1CJ8A 1LZNA 3N9CA 4LYCA 3TXIA 1UIEA 4ET9A 1GB7A 2YDGA 1JWRA 2ZIJA 4PGJB 4XJHA 4DD7A 1LZBA 4NSHA 4H9HA 1LJNA 1IOSA 1V7SA 4FDYA 4NGIA 5T3FA 4CFPA 4GN4A 1EL1A 1AZFA 1WQNA 1MELL 2D91A 4ETAA 4WL7A 4DD2A 4NG8A 1RJCB 2D6BA 2LZ2A 1LJHA 8LYZA 2XBRA 1GDXA 1GBSA 1LJJA 4HJVA 4QDNA 4TWSA 3TMVA 1IO5A 1CJ9A 1GWDA 4BOLA 1PS5A 5A3ZA 1OUFA 3WH1A 1W6ZA 1CJ7A 1B7MA 4IASA 4J7VA 3BKHA 1KXXA 4J1BA 3WL2A 5LIOA 4E3UA 1HFYA 1QUSA 1G7HC 4XJIA 1JTOL 1HFZA 1IP5A 3AW7A 5LAFA 1KIPC 4ET8A 1HMLA 3N9AA 1NF5A 3AZ5A 1HSWA 1IP4A 1B7RA 3RZ4A 2LYOA 2HEEA 5B1FA 1JHLA 1QQYA 2DKVA 1IX0A 2ZIKA 3AGHA 208LA 1BWJA 1LYZA 2C8PA 3OK0A 1LSDA 4OOOA 4O34A 4LYBA 5HNCA 4Z46A 3W6CA 1WTMA 1B7LA 5L3IA 1LSNA 5IHGA 2F4GA 2Z19A 4TUNA 1G7IC 4PPOA 4UWVA 1CKDA 4C3WA 1HEQA 5AMYA 5DM9A 1H6MA 1B7QA 4HSFA 6LYZA 4LFXA 2HEAA 3A94A 2LYMA 2X0AA 4PRUA 1TBYA 1C46A 4NGLA 3KAMA 2CWIA 3WU8A 3A6BY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F16A 1G7JC 4WOAA 1QT7A 3HH3A 3W3EA 140LA 1LZCA 1YAQA 3EBAB 4DDBA 1HC0A 3T36A 1LCNA 1ALCA 3A6CY 1G7MC 4G54A 3DNAA 1CV5A 1QSWA 1IC5Y 4GCBA 248LA 4IAPA 2IFFY 1C60A 1L32A 2WKXA 4B4EA 1LHLA 5B1GA 2BQEA 4HPEA 2A4TA 1L93A 3W6DA 110LA 1L26A 5DLAA 1GFVA 2NTGA 2CDSA 3WULA 4OW1A 148LE 2MECA 1QTDA 3CT0A 3GUNA 5C6IA 1DKJA 1XGUC 230LA 5LZMA 4G4HA 1SLYA 205LA 4W55A 1P2LA 4WM4A 3AW6A 3HDFA 5LVIA 4I0CA 3AJNA 1ZURA 3TXHA 4ETEA 4LT2A 1SQ2L 4WLTA 4I7TA 180LA 1C45A 2HU3A 4EOFA 234LA 254LA 1RI8B 1FKVA 1QUDA 1SWZA 5I4YA 1IR9A 3HUAA 4CFOA 2BQNA 5FCPA 1GBZA 1YROA 5APEA 1F6SA 1GEZA 219LA 1D6PA 1QTEA 4LDOA 4WO6A 3DN0A 1G07A 1PQIA 1L66A 2OE9X 1VDQA 4ARLA 4H8XA 1DYAA 4HTKA 4DD1A 1L65A 2BAAA 5K7OA 2XQOA 2HEFA 1B7NA 3RUNA 4HP0A 187LA 1L68A 3LYOA 3W6EA 193LA 1AT6A 1LWKA 249LA 3HH5A 1LAAA 4QGZA 1YKYX 3FI5A 4I8SA 4HPIA 1L06A 1JKDA 1LYGA 2OE7X 3CDOA 2BQHA 2RBOA 1L76A 2DQCY 3A96A 5KXSA 139LA 1L35A 4D9ZA 1QTHA 1C64A 1LJFA 5L3HA 1GB8A 4ZEEA 4ARPA 2B6YA 1YAMA 1LMNA 1YAOA 3TXJA 223LA 3IJVA 4BAPA 5IELA 1CV3A 1TLAA 1GE4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YSS C;  5F16 A;  1IR8 A;  4ETC A;  2BPU A;  1G7J C;  1LYS A;  1CJ6 A;  3AB6 A;  4WOA A;  4B1A A;  1LJG A;  2MEA A;  3WMK A;  4XEN A;  3W3E A;  2RSC A;  1LSY A;  1O23 A;  1LZC A;  1WVU A;  1YAQ A;  3EBA B;  4DDB A;  1HC0 A;  3T36 A;  1LCN A;  1ALC A;  3A6C Y;  2BLY A;  1GB6 A;  1G7M C;  1H87 A;  4G54 A;  5DN4 A;  3WYH A;  1HER A;  2BQK A;  4LYM A;  4B49 A;  1BB3 A;  1JJ1 A;  1QSW A;  2W1Y A;  1IC5 Y;  4GCB A;  4NGY A;  1UCO A;  5I53 A;  1FLW A;  5LYZ A;  3ZVQ B;  4ANR A;  1IVM A;  2IFF Y;  2DQJ Y;  4GCD A;  4H93 A;  1JIT A;  1PZY A;  2WKX A;  1NBY C;  4KXI A;  5LA8 A;  1LKR A;  4HJZ A;  4B4E A;  1LHL A;  1GPQ C;  5B1G A;  2BQE A;  2FBB A;  4HPE A;  1MLC E;  4NGZ A;  5LIN A;  2XJW A;  3W6D A;  1GFR A;  4HTN A;  3B6L A;  1HEL A;  1ZVY B;  4G49 A;  3W6A A;  2NWD X;  1D6Q A;  2YBI A;  5DLA A;  4BJ4 A;  1HSX A;  4H9A A;  1LKS A;  1GFV A;  4IJ4 A;  3A3Q A;  1QDT A;  2CDS A;  3QY4 A;  1ZVH L;  3CSQ A;  4DWX A;  3WUL A;  1LHM A;  4OW1 A;  4WM3 A;  2A7D A;  2MEC A;  2YBM A;  2EQL A;  4NGO A;  5HMV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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