3BOAA

Crystal structure of yeast protein disulfide isomerase.
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
QEAVAPEDSAVVKLATDSFNEYIQSHDLVLAEFFAPWCGHCKNMAPEYVKAAETLVEKNITLAQIDCTENQDLCMEHNIPGFPSLKIFKNSDVNNSIDYEGPRTAEAIVQFMIKQSQPAVAVVADLPAYLANETFVTPVIVQSGKIDADFNATFYSMANKHFNDYDFVSAENADDDFKLSIYLPSAMDEPVVYNGKKADIADADVFEKWLQVEALPYFGEIDGSVFAQYVESGLPLGYLFYNDEEELEEYKPLFTELAKKNRGLMNFVSIDARKFGRHAGNLNMKEQFPLFAIHDMTEDLKYGLPQLSEEAFDELSDKIVLESKAIESLVKDFLKGDASPIVKSQEIFENQDSSVFQLVGKNHDEIVNDPKKDVLVLYYAPWCGHCKRLAPTYQELADTYANATSDVLIAKLDHTENDVRGVVIEGYPTIVLYPGGKKSESVVYQGSRSLDSLFDFIKENGHFDVDGKALYEEAQEKAAEEADADAELAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Catalytic Activity of Protein-disulfide Isomerase Requires a Conformationally Flexible Molecule.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Isomerase
total genus 94
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2007-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA02
3QD9A 1ST9A 2WJUA 5ECKB 1NHYA 3HDCA 18GSA 3KEBA 4NPBA 1O85A 22GSA 3TKSC 3D22A 3ZVJA 2HT9A 4D73A 4Q5RA 2IFQB 2R37A 4OCEA 4WBRD 3GKMA 9GSSA 1SU9A 3P8WA 5HFIA 5IMDA 3US3A 2AJQB 1DBYA 2ZUPA 2NTOA 3ZYWA 1TU8A 3UVTA 4LL4B 3KMNA 3Q18A 4TOPA 5JCGA 5A4UA 5CREA 5J41A 13GSA 4NMUA 3H93A 4J56E 3LEFA 2H8LA 5G31A 2B3SA 1JZOA 4HI7A 1YEPA 2GT5A 1PKWA 4HQSA 5A4WA 2GSSA 4G10A 1OE8A 2KHPA 1SYRA 3UJ1A 3ERGA 1OC9B 1THXA 4TR4A 2ON5A 2ON7A 3GNJA 3PINA 3ZIJA 1USBA 1X9WB 2YV7A 3VWVA 2V41A 3VI5A 1TW9A 2YOIA 4G19A 3M9JA 3GURA 3H8QA 3VPQA 3L9UA 2REMA 2GDRA 4NV5A 1JZDA 5EY6A 2GSTA 3TJGA 3TKSA 3P90A 5DBQA 1PX7A 2I81A 3F4RA 4TR0A 2YWIA 4V2NA 1ZGNA 5IMFA 4ECJA 2K9FA 2MMZA 1PL2A 3I69A 4F0CA 3APOA 2JSYA 2VLVA 1LBKA 2DJ1A 3CTGA 4RI6A 3BCIA 2O7KA 2H1GA 4JE1A 4TR1B 4XS4B 5ELGA 1WPIA 3D21A 4POLA 2VCWA 5IQYA 4NV2A 1V9WA 3UVHA 1K3YA 4PNFA 1NSWA 1T1VA 2O87A 4MK3A 6GSSA 1GSEA 5CNWA 4ZL7A 3KH9A 5IO2A 3HD5A 2ES7A 3CRUA 2NDOA 2DIYA 4G9HA 2GZYA 4L8EA 3S9FA 3GIXA 3PR8A 4MF6A 2YP6A 3VURA 3IAM2 4L5OA 4JEDA 2B6MA 2OADA 3UAPA 2WFCA 1GULA 2M72A 1SL1B 1SJ6A 4NHZA 3J7Yk 5CRHA 3HJOA 3GX8A 4N30A 3FR9A 4MH2A 4EE0A 3ISOA 1ZYQB 6GSUA 3TRPA 2H1AA 1JLVA 3LORA 4EDZA 2XPDA 3QAWA 1EZKA 4XIHA 3ZMLA 3IBHA 3IK9A 3A2VA 1QGVA 3ZLPA 2LTKA 2MMNA 5EL8A 3FR6A 3CBUA 4MZWA 1B48A 1O6JA 3TDGA 4RUVA 1YF1A 1G7OA 1YJ6A 3FR3A 2DBCA 2IWTA 2YN1A 1UVZA 4XTSA 2LEGA 3LQ7A 2VD1A 5ECMB 3L78A 1NM3A 2GSRA 4XS4A 1T3BA 4ZBDA 2CZ3A 2AHEA 3TKQA 4FYUA 1AW9A 1RK4A 1ON4A 3BBYA 3TJJA 1EOHA 3SBCA 2V32A 3RBTA 4EDYA 1V2AA 2XBQA 4E8EA 2X99A 4GTUA 3ZRDA 1GSDA 5D9XA 2FY6A 1WE0A 3RAZA 3KD0A 2VLTA 1GTBA 4NWYA 4ULXA 1PD21 5DJLA 4IS0A 3GA4A 4OFMA 1F3AA 3A5WA 4ZL9A 1M9BA 1PKZA 1RW1A 1THOA 2H0IA 1R26A 1FVJA 4L0UA 2C3QA 3U5RE 2CVBA 3TJKA 1JLWA 2N5AA 4I97A 1K0CA 2PVQA 5ECRB 1URMA 1R5AA 3QAVA 1Y25A 2J9HA 2VL9A 2LSTA 3F4TA 3F0IA 1HNCA 2KOKA 4GF0A 3C1SA 4IJIA 3K8NA 5ECLB 5B7CA 5D96A 4QQ7A 3HY2A 5ABRA 4DEJA 2YANA 19GSA 2F3MA 3WD6A 1TKDB 4K1FA 3Q74A 1X5DA 1SYXA 2R6KA 1TRWA 4POMA 3VWXA 2JADA 2OE0A 4E8HA 3ZFLA 2VCZA 1TI1A 2YPMA 1W4VA 2R2JA 2LRNA 2PWJA 2YCDA 1WWJA 2GQLA 3EE2A 5ID2B 1Q98A 3IHQA 1PMTA 2B7KA 4TXOA 4Z7XA 5B8AA 2AYTA 5INYA 2D2ZA 5CRWA 2I4AA 2F51A 1C72A 5IPHA 5FHIA 2VCQA 3L4NA 1XW9A 2EIRA 1U3IA 4MCUA 1U6TA 1GTAA 5A4VA 1GLQA 2IPAA 1MDKA 2LKUA 2KP2A 4KCAA 2X8HA 1PSQA 3HVSA 2VL2C 4HJ2A 1EOGA 5CAXA 5IMZA 3FZAA 1NW2A 3HJMA 1BJXA 3PGTA 2RM6A 1QMVA 2WGRA 5ECSA 4I8BA 2YNXA 2AAWA 3FW2A 3G7IA 3A2WA 16GSA 4FYCA 12GSA 4K9ZA 3TUEA 5HQPA 4ISDA 2TRCP 3FY7A 3KGKA 3RDWA 3UARA 1H4OA 1XVWA 1M0UA 1S3CA 4DSQA 1YQ1A 14GSA 2WB9A 3I9V2 4DSRA 4WETA 3OR5A 3QFBC 4MJBA 5G1LA 2V2GA 2OE1A 1X5CA 3EWLA 2FWFA 4MDCA 5LCZA 1HD2A 3E9JB 4RI7A 2AB6A 4WKWA 4BWSA 1VF4A 3P2AA 1I5GA 2H0GA 2G0FA 1T7PB 1ZYEA 2WDUA 2P31A 3TB2A 2P5QA 5ID2A 5IPGA 2F9SA 4WF4A 2WS2A 4V2MA 5C04A 1U3AA 5F8BA 2HLSA 3KZQA 2YWMA 3FYGA 3KIJA 4WR5A 4PUFC 4TN8A 3ZZXA 4TW5A 4J57E 5COHA 3V1WA 3IOSA 2MMAA 5D9TA 1G6WA 1GNWA 2H72A 2LJAA 4KDXA 1DSBA 1GTIA 3FZ4A 1I9DA 2L59A 4KNDA 5F06A 1CQGA 5ELAA 3QOUA 5DALB 3GTUB 3LYKA 3CRTA 3CMIA 1FW1A 3BD2A 1TK5B 1TK0B 4HEA2 4RQRA 2LV3A 5CRGA 5AIVA 1BEDA 2HFDA 5GSTA 4IGJA 4L5LA 5F07A 1VRSD 3EC3A 1GSFA 2DIZA 1M7TA 2VUPA 2LRTA 2CX4A 2RIIA 2MBSA 4XRDA 4F9ZA 4O5RA 4YQMA 4KSOA 1GL8A 5E59A 4HDEA 1MD4A 3P7XA 2K8SA 1FVKA 7GSSA 1SD8A 5AN1A 1EP8A 2LRCA 4TR3A 4F03A 2PERA 4MPGA 4I6XA 2FGXA 4MJCA 1AUCA 1BQ7A 1GLPA 3IAS2 2VO4A 2FA4A 4TRXA 2H6ZA 1U87A 2LJKA 1AIUA 1GSQA 1YF0A 4I2TA 3HZ8A 2OE3A 1KBNA 1MDIA 3UMAA 2MYGA 4XS1A 1V40A 2H76A 1J0FA 5DDLA 3KMOA 3HYPA 1XXUA 2KLXA 5J5NA 3MNGA 4I5QA 4V1Ap 2OKAA 3KCMA 1RQMA 3VWWA 4GQFA 2DMMA 1O8XA 1X5EA 4AJ6A 5J3RA 4JU5A 1O73A 4MZBA 1GUHA 3D5JA 2GZZA 2FLSA 1TK8B 1EEMA 1VF3A 4KDYA 3H1NA 3VLNA 5CYYA 3IR4A 4AGSA 3FZ5A 3UIWA 1KTEA 3MWHA 3F9UA 4EXJA 3HKRA 1GSUA 1K0DA 1XIYA 1IYHA 2R5GA 4IKHA 2C0FA 5KN3A 2GSQA 5DQYA 3E3EA 4KDUA 3GL3A 5J9CA 2A2RA 1JZWA 5HR2A 2I9HA 2RUEA 3BOAA 3GN3A 5IO0A 2WULA 6GSXA 1TOFA 3C71A 3M3MA 2WCIA 2HE3A 3VI7A 3VWUA 2IFQA 1EV4A 3CYNA 3CSJA 2BJXA 3IRAA 1K3LA 1E6BA 3ME8A 3BCKA 2C0EA 3EU3A 2X64A 1BX9A 3E0UA 2EC4A 1ERTA 3EINA 2OACA 3F6DA 4ACSA 1O7UA 3O76A 1SL2B 1PRXA 2NVLA 4HU9A 3MSZA 3MDKA 4KW6A 2C3NA 2CZ2A 1F3BA 2V6KA 3ZFBA 1A23A 3ERFA 2GT6A 2C3TA 4LMVA 3EVIA 5E4WA 2IMIA 2IL3A 1VF2A 5DJMA 5EVOA 4YQVA 1ERWA 3C8EA 2E0QA 4ILFA 1OC9A 3O6TA 1ACVA 2DC5A 2E2GA 1E2YA 1AC1A 3KTBA 3W8JA 3CTFA 3HVVA 4OO4A 2VIMA 4MMMA 2F8FA 4NXIA 1O8WA 5D9WA 4Q5QA 2OBIA 3FEUA 3EYTA 2QKEA 2HSYA 1GP1A 4IW9A 5AGYA 1Q4JA 3IXRA 3TKRA 3LGCA 2CAIA 1XW6A 4IP1A 4POKA 1R5PA 3N5OA 5JCWA 4ZILA 2OJLA 1ILOA 2O89A 2M80A 1BAYA 1SK2A 3GV1A 3M0FA 4JR4A 3DRNA 4TR1A 2TIRA 4X0XA 5JWQB 5D8IA 2FCHA 2OA7A 2XHFA 3GUSA 1MD3A 3KXOA 4MF7A 3R2QA 3U6VA 1KNGA 3GKKA 1QUWA 2I3YA 1K0NA 2C4JA 3Q6OA 1OAZA 2CT6A 5KN1A 2CVDA 4F2IA 6GSYA 2VM1A 4XS6A 5KEJA 4L0WA 4H86A 5GZZB 1A0FA 2H1BA 1F37A 3TKPA 1GTUA 2PMTA 1MEKA 2FHEA 3F3QA 1TRSA 1KEBA 3ME7A 2V1MA 5CP1A 1CQHA 1ERVA 2H30A 3L9VA 2L6CA 4P3YB 1V57A 1HNBA 4MABA 1R4WA 4DVCA 2VOCA 1VF1A 1XCCA 4PNGA 3N9JA 4GLTA 4WBJA 3EU4A 2JU5A 2JZSA 2VCTA 1PA3A 3W6GA 5JWRB 1MTCA 3FHKA 4MJEA 2CV4A 2B5EA 5IMCA 1B8XA 3FRCA 4HZ2A 1SL0B 1JFUA 5LD0A 3VFIA 4ID0A 5G5FA 4IN0A 2HYXA 1M99A 2LJRA 3APQA 2RUFA 4Q5NA 3KP9A 5B8BA 5IOXA 3KM6A 1XWBA 2H6YA 1MDJA 2H19A 3IE3A 2B1LA 5ECHB 4IVFA 5DAKB 3DD3A 2HRNA 2VM2A 2JZTA 17GSA 4YH2A 3VPTA 2GZPA 3TKSE 1JZRA 3LXTA 1T4ZA 1M2BA 5CRDA 2NBSA 3NOFA 1GRXA 4K8MA 1V58A 3QDNA 4F82A 4MJAA 4K0GA 4MA9A 4PUAA 5FWGA 3ZIVA 4V1Ag 4YQUA 3DWVA 2VD0A 2IMFA 2FWHA 3WGEA 1EWXA 3QFAC 4XHMA 1F6MC 4N0ZA 2H75A 4GCIA 5G5EA 1X9SB 3GKXA 2FA8A 5G1KA 4AJ7A 1Z3EA 1OC8A 1XW5A 3HA9A 1WIKA 5IM9A 1A2MA 5D93A 1Z5YE 3H79A 4FIWA 4NAXA 3QR6A 2H70A 1A8LA 3D6IA 1B4QA 2DJ2A 2ALBA 1FB6A 2GS3A 2YWNA 3TRQA 1ML6A 2CA8A 1TRVA 4OD7A 5CO3A 5DCHA 3GSSA 4KUNA 4GRFA 1XWAA 3TOTA 20GSA 4OO5A 1PL1A 1XWKA 1A24A 4X43A 2LS5A 3I6AA 4PQHA 3GH9A 1ERUA 2KUCA 2FNOA 1PGTA 4HU7A 4PURA 2B5YA 4EC0A 3QCPA 5IOWA 4LLRA 3RPPA 2HZEB 4EO3A 4XRAA 4DSSB 4V2LA 4FO5A 3GL5A 4HS1A 4O92A 1XWGA 3QMXA 1N2AA 1A8YA 1A0RP 2VL2A 3QAGA 4N11A 3EMPA 1UA5A 2G2QA 1QQ2A 1K0OA 3DVWA 3UOMA 4O32A 1QFNA 1OYJA 2QGVA 4D73B 4IQ1A 4J2FA 5F0GA 1BYEA 5HR0A 2Z9SA 2L6DA 3TGZA 3GKNA 5HR1A 3MAKA 4RQXA 3IV4A 2H66A 4Q5FA 4WXTA 1JHBA 1TDIA 4ECCA 1GSYA 1SD9A 3PH9A 2XC2A 4GSSA 4ZBBA 2L5OA 1X9MB 2NPBA 2HNLA 5GAPD 3ZVJD 6GSWA 1YKCA 2PU9C 4FH8A 3C1RA 4G2EA 2VAFA 1DE1A 2FD3A 1A2JA 3IA1A 4XCSA 1GNEA 3A2XA 4BA7A 4BL7A 2GQKA 3Q19A 3HHVA 4OFTA 3HZ4A 3G7YA 5C00A 3D4TA 2P0GA 4KA0A 2AV4A 4DSSA 5D73A 5IMVA 4GSTA 3M8NA 3G7JA 3HXSA 4MF5A 3UL3A 4EL1A 3GHAA 4LA1A 1OVNA 5ECOB 2MMOA 1XWCA 3F4SA 2J23A 4GSNA 4AF2A 1PX6A 4JZQA 1T4YA 5DALA 3APSA 3GTUA 4N0VA 3RHCA 2JZRA 1YKAA 2HZFA 2DJKA 3TJFA 1UN2A 4ML1A 2XPEA 2H1DA 3HJPA 4K7IA 4K0NA 3ZREA 4KB3A 2IJYA 4IJ3A 4KSMA 4JBBA 5AISA 2EIOA 2TRXA 3ZL5A 3GH6A 2IMEA 3DVXA 2WZ9A 1FHEA 1GH2A 1YEXA 5JCUA 3W8SA 2DJJA 2VCVA 3RHBA 1YDKA 5AIXA 5D9VA 3IK7A 1M2AA 1VGLA 1WRYA 1XOBA 2KP1A 2C1YA 2GTUA 2IMDA 1HQOA 1G0TA 4PGTA 4PXOA 1Y6EA 1FAAA 2DJ0A 1PN9A 2RM5A 1XVQA 2ZCTA 1NHOA 3J7Yb 2B5XA 2GQMA 1ABAA 1K0BA 1XOAA 1SK0A 1U88A 1G6YA 1AAZA 2B1KA 4X1UA 2PN8A 4ZB6A 3NIVA 1ZCPA 4K6XA 4EUYA 5HFKA 4PQIA 2DLXA 5B6MA 5GSSA 10GSA 4ML6A 2WRTA 1FO5A 1LJRA 1TTZA 3F3RA 3IDVA 1B9YC 3DXBA 1SKSB 2K8VA 2JSZA 1ZZYA 2B7JA 2FUG2 4YAPA 5G30A 4IELA 1TRUA 3IC4A 2A4VA 4KX4A 1Z7RA 2HI7A 2HXKA 2JACA 2L4QA 4POBA 1V98A 4HQZA 2YZHA 3DKSA 3WT2A 3L0HA 3GRXA 3HVXA 5ENUA 2E2MA 2FWGA 4WR4A 4WF5A 3WGDA 1EGRA 2HSHA 2N5FA 3LFLA 2H01A 4KH7A 5DQSA 4CDOA 2JL4A 3ERWA 1YZXA 5ECPB 3DEXA 11GSA 3KTLA 5KN2A 3UBLA 1J9BA 2H73A 4O7HA 1S3AA 2H6XA 5HR3A 2C80A 1OC3A 3TJBA 2K6VA 2A2SA 1SJZA 4GQCA 1OKDA 4CHSA 4ZXGA 2YWOA 1WMJA 1Z7PA 3F6FA 2MZCA 4IP6A 5B6NA 3LG6A 2CQ9A 1EV9A 1O81A 2OBKA 1LU4A 1X0RA 4ZB9A 1HNAA 5ECIB 1DE2A 3HCZA 1FB0A 4WEYA 3O3TA 1K0AA 5L71A 4TXOB 1A2LA 4EVMA 1W89A 2L4CA 2E7PA 1TJDA 2EIQA 3G9BA 1AXDA 2YJHA 2DSAA 2YJ7A 1K0MA 2PPTA 2YZUA 5LNKe 2PVOC 4LMWA 2LQOA 3WYWA 3AY8A 1GUKA 5JWOB 3A3TA 4QL7A 4GXZA 2L5LA 1N8JA 4HJMA 3M1GA 1F9MA 3ZTLA 3ED3A 2V6OA 4KGIA 1SKRB 2P5RA 1XZOA 4JRRA 4F0BA 4EF0A 4IBPA 4ZL8A 3LSZA 4MH3A 3GFKA 2CX3A 2QSIA 4ZB8A 1TXXA 4K2DA 2LNSA 2BTOT 2MBTA 1SKWB 3ZMKA 1QXHA 4OFNA 5ECQB 1XFLA 1EEJA 5DCGA 1M2DA 1GWCA 3H4KA 2FWEA 3M9KA 5IIZA 5F05A 4BVXA 2O85A 1T8EB 4ZIJA 1Z6MA 1GSSA 3GX0A 5J4UA 4MLYA 2PGTA 2QC7A 1SK1A 1OE7A 3DGQA 2LUSA 3BJ5A 4IQAA 3EURA 5EPFA 4NHWA 4GWRA 4OWYA 2VCXA 3CXGA 3RPNA 1ZOFA 4YAVA 2C0DA 2GLRA 1TU7A 3C7MA 4MZCA 5G2ZA 3I43A 3EMXA 3NZNA 3CSHA 2H0HA 2M46A 1WJKA 1BG5A 3ZITA 3DYRA 2IN3A 2RLIA 2VL3A 4QL9A 3TOUA 5HFGA 1EGOA 2AUVA 2K18A 5J9BA 5IMAA 2N5BA 1B4PA 3UBKA 1S3DA 4AJ8A 2VLUA 2H74A 3DIEA 3QPMA 3LJRA 2LQQA 4N10A 3LXZA 2GVPA 4OMVA 6GSVA 2DMLA 3F8UA 1AQXA 5GAND 3KH7A 4BWQA 4MPFA 2YV9A 2CAQA 2DJ3A 2IIYA 3LWAA 3C73A 2GGTA 5DAKA 2LNTA 4BVYA 3DMLA 2C8UA 3SWLA 3WGXA 1ZL9A 1G7EA 5DVBA 3KJYA 2IMKA 4K7OA 1ZMAA 4OCFA 5KN0A 1YY7A 3GYKA 3FZ9A 4KE3A 4ZBAA 2BMXA 1AQWA 4TVEA 1XPVA 2CVKA 1SJIA 3UEMA 8GSSA 3LYPA 4K7NA 2C0GA 4MP4A 5H5RA 1FG4A 4PQ1A 4FYBA 1PQNA 1K3OA 6GSTA 1AQVA 3IPZA 4TXVA 1EP7A 1J08A 1Z6NA 1T00A 3GMFA 5A5KA 2R3XA 4CW9A 1XBSA 4ECBA 3FK8A 1HYUA 3F63A 1WOUA 3D0ZA 3WT1A 2F8AA 1R7HA 2XBIA 2PBJA 2I1UA 2X8CA 4LL1B 4ECIA 3L9SA 1FOVA 2H71A 4HUAA 1UC7A 5H5QA 1DUGA 1WP0A 3GSTA 3TCOA 1TP9A 4I2UA 4HOJA 3VK9A 4JR6A 1Z9HA 4EKZA 3TRXA 4KAEA 2X8GA 1OKTA 2PUKC 3CSIA 1IYIA 3KP8A 1QK8A 4HZ4A 2ZNMA 1B9XC 5H5SA 5FT3A 4TKYA 2L57A 2O8VB 1GUMA 1F2EA 1SENA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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