3BOAA

Crystal structure of yeast protein disulfide isomerase.
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
QEAVAPEDSAVVKLATDSFNEYIQSHDLVLAEFFAPWCGHCKNMAPEYVKAAETLVEKNITLAQIDCTENQDLCMEHNIPGFPSLKIFKNSDVNNSIDYEGPRTAEAIVQFMIKQSQPAVAVVADLPAYLANETFVTPVIVQSGKIDADFNATFYSMANKHFNDYDFVSAENADDDFKLSIYLPSAMDEPVVYNGKKADIADADVFEKWLQVEALPYFGEIDGSVFAQYVESGLPLGYLFYNDEEELEEYKPLFTELAKKNRGLMNFVSIDARKFGRHAGNLNMKEQFPLFAIHDMTEDLKYGLPQLSEEAFDELSDKIVLESKAIESLVKDFLKGDASPIVKSQEIFENQDSSVFQLVGKNHDEIVNDPKKDVLVLYYAPWCGHCKRLAPTYQELADTYANATSDVLIAKLDHTENDVRGVVIEGYPTIVLYPGGKKSESVVYQGSRSLDSLFDFIKENGHFDVDGKALYEEAQEKAAEEADADAELAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Catalytic Activity of Protein-disulfide Isomerase Requires a Conformationally Flexible Molecule.
pubmed doi rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
total genus 94
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2007-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3boaA02
5IMDA 4K7NA 3M8NA 2ON5A 1UC7A 2L6DA 1PSQA 3HVXA 2L5LA 3CYNA 2YWMA 1EZKA 1ERWA 1RQMA 3A3TA 3AY8A 1Z6MA 5J9CA 2B5EA 2H19A 2B3SA 1ML6A 7GSSA 3ZYWA 3ZLPA 1W89A 1BX9A 6GSSA 4QL7A 1OYJA 4X43A 6GSTA 3FR9A 3KTBA 3GX0A 1V98A 5ECNB 3VPQA 4ZL9A 5D9VA 4DSSB 5CYYA 3LEFA 3EMXA 2YOIA 2L59A 4POLA 4G10A 1JFUA 1B8XA 2B1KA 4ZB8A 1WMJA 3EU4A 1TK8B 2HZEA 2I4AA 3HY2A 4AGSA 2OBIA 5KN3A 2C4JA 4K9ZA 3TKSC 4BPYA 1SKSB 4ZBAA 3ZIVA 3GKKA 4J2FA 3G7IA 3QFBC 4L8EA 5G5FA 1TP9A 2KUCA 2CQ9A 5FHIA 3CSIA 3UAPA 2CAQA 2VLTA 2DIYA 3UVHA 4WF4A 2IMKA 3U5RE 5JWRB 2DJ1A 1R5PA 3C7MA 5D93A 4K0NA 4IQ1A 5IOXA 2RUEA 2CVKA 4Q5NA 3J7Yb 3BCKA 2O85A 4XS1A 1B48A 2IMDA 4K7IA 3CXGA 1F3AA 1O8XA 3ZITA 1K3OA 2XC2A 3FEUA 2TIRA 2HZFA 1GUHA 2H30A 3G7JA 3TUEA 1G7EA 3APQA 3FZ9A 3QAGA 3TKPA 3WGDA 1XWGA 2AB6A 4FYUA 1SD9A 4ZBDA 5HR0A 1SK0A 3BCIA 4WEYA 16GSA 1ERTA 3H8QA 2MBTA 2QGVA 2FD3A 4MJEA 2VD0A 4NHZA 3BBYA 3EE2A 2YNXA 5C00A 4XS6A 5L71A 4KGIA 1FVJA 3O6TA 2KP2A 1GUMA 5A4WA 4TR1A 5DQSA 4JRRA 2ZCTA 2JSZA 3RPNA 3LSZA 1KTEA 4AF2A 3CTGA 3E9JB 1GSQA 1MD3A 1FAAA 3KJYA 1EGOA 4EF0A 1N8JA 2FWFA 2C0FA 1Z5YE 2JACA 1TRSA 1K0AA 4ZXGA 4AJ6A 5LD0A 1PL2A 2IIYA 1GNWA 3HVVA 1YDKA 1GP1A 3PINA 4BA7A 2YN1A 4E8EA 2VD1A 3UVTA 4WBJA 3FZ4A 1GTBA 4LMVA 5IQYA 3HZ4A 5IMFA 4HQZA 2HZEB 1GTAA 1O6JA 1SL1B 4KH7A 2PUKC 2WULA 3D4MA 4GTUA 4PXOA 2V6KA 2LSTA 2H72A 3OR5A 3BJ5A 2L4QA 4YQMA 5GAPD 3DYRA 4HI7A 2V1MA 4KDYA 3F6DA 2C0GA 1G6WA 5DAKA 2VCTA 1Q4JA 1XZOA 4IQAA 2GZPA 4PUFC 4ZBBA 4WF5A 3CRUA 3N5OA 3P90A 2V41A 1V9WA 3MNGA 4ACSA 1ZOFA 3P7XA 1EP7A 4MPGA 6GSYA 2DJ0A 5DJLA 1GSUA 2CVBA 2H6YA 4JR4A 2D2ZA 3FHKA 4OO4A 4XS4A 5DVBA 5ECRB 3TCOA 4POKA 3VWWA 2H6XA 1J08A 4ML1A 3PGTA 5J4UA 5HFIA 2AHEA 2IWTA 1ZYEA 1YY7A 2O7KA 1QXHA 4MF6A 1Z9HA 3L9UA 4G9HA 3TB2A 1PD21 4OD7A 2V32A 4MF5A 3FYGA 2PWJA 2H1AA 3WD6A 3KEBA 5B6MA 3KM6A 3M0FA 3D4TA 2F8FA 3C73A 4TR1B 4I2UA 3KTLA 1OE8A 2PU9C 3A2XA 3LYKA 2VIMA 3D22A 3ZRDA 1ZCPA 5H5SA 3IXRA 3TKSE 1K3YA 4MF7A 2H01A 5D8IA 4AJ8A 4WR4A 3W8JA 2XBIA 1THOA 1DE1A 4LL1B 3HJPA 2H73A 3UBKA 3VWVA 1U3IA 1M9AA 4F9ZA 1X5CA 1FB0A 3TJGA 1M9BA 1PKZA 2KP1A 3IBHA 1TU7A 3IRAA 2GS3A 3QPMA 4ZL8A 5ECQB 2F51A 2VCXA 1PA3A 3UIWA 5AN1A 3N9JA 3DGQA 4L0UA 4HZ2A 4D73A 4MZBA 2LRTA 4XHMA 19GSA 3ZZXA 5DAKB 2DJ2A 1EEMA 1DSBA 1NHYA 5AIVA 3IE3A 4IS0A 5CP1A 2C3QA 3GKNA 1OKTA 4TR3A 5F06A 4N0VA 1GULA 2H1DA 4XS4B 3QFAC 4V1Ag 4YAVA 4PX1A 4ECCA 1FOVA 2LJKA 1PL1A 2C3TA 2AYTA 4HOJA 3TJKA 3ISOA 3GTUA 3A2VA 2OA7A 3KH9A 2K6VA 3O3TA 4FIWA 2O87A 1MTCA 1YJ6A 4X1UA 3RAZA 4N30A 3LXZA 3C1SA 1TW9A 12GSA 1K0NA 5CRDA 2PN8A 1F6MC 2WCIA 1TK0B 4JU5A 4MK3A 4ULXA 3FRCA 1ERUA 1XVQA 4KSMA 1AXDA 2Z9SA 4MJBA 4HU7A 3TOUA 2HLSA 2ON7A 3DIEA 1FG4A 2WZ9A 5DBQA 1T8EB 2VL9A 2C1YA 1DUGA 1JZOA 2GLRA 4MZCA 3HCZA 1SJ6A 3Q6OA 3TRQA 3ME7A 2DIZA 3PR8A 5IPGA 1MDKA 2B5YA 1JLWA 2R37A 2YWNA 2LNSA 2E2GA 1SL2B 4ZB6A 1IYIA 2ALBA 1FO5A 5G5EA 2XBQA 5FT3A 4D73B 1TXXA 4MZWA 2CT6A 1R4WA 2L4CA 2H0GA 4WETA 1EV9A 4GRFA 4EVMA 3ZFBA 4YQUA 4WXTA 4PUAA 3RPPA 1O73A 2AJQB 5ECHB 1H75A 2REMA 4EC0A 1YKAA 5GZZB 3QMXA 4HDEA 2ZNMA 1M99A 4KX4A 4K1FA 3EURA 3QR6A 1U6TA 2DJJA 4E8HA 2FWGA 2H1GA 2WDUA 4TW5A 2MBSA 2PMTA 3L9SA 1SL0B 5A4UA 1SYRA 2J23A 5ELGA 2K9FA 3GTUB 3VFIA 3GH6A 4F2IA 3F6FA 2IFQA 4IHUA 3GX8A 2GQLA 2FA8A 3ERWA 3ME8A 2P5QA 3BOAA 3F0IA 1E6BA 5ECIB 1PRXA 1OE7A 4PGTA 5IO0A 1R7HA 2KHPA 1Y25A 4PNGA 5IO2A 4I97A 2E2MA 1X5DA 5F8BA 2CX4A 3GUSA 4DEJA 3QAWA 4HJ2A 1GSDA 5B8BA 1GSSA 1XWAA 1OVNA 4HEA2 13GSA 3RHBA 3ZVJD 4DSRA 3HJMA 1OKDA 2MMZA 2G0FA 1TRVA 3US3A 1ST9A 1UVZA 4N11A 1GWCA 4ML6A 2WRTA 2J9HA 1HYUA 3IPZA 2R5GA 4F0BA 3VPTA 4V2NA 3VWUA 3O76A 2X64A 4TRXA 2OE0A 5KEJA 1FHEA 1K0MA 4LL4B 5HFKA 5B8AA 4ECJA 4RUVA 3F63A 3PH9A 3FY7A 3IAM2 2GT5A 3FZ5A 2VL3A 4YAPA 1TRUA 10GSA 4IP1A 3CRTA 3CBUA 3ZFLA 5F05A 3NOFA 3ZL5A 1O85A 1UN2A 4V1Ap 2DJ3A 1YKCA 3TDGA 4IW9A 1V2AA 1GSEA 2GSQA 1T1VA 1FW1A 2NVLA 2YV7A 2H71A 2IPAA 4I2TA 2CA8A 3UJ1A 3HYPA 3VLNA 3EU3A 3HDCA 2V6OA 3ZIJA 4HJMA 1FVKA 4EXJA 4KUNA 1SJZA 5HQPA 2DMMA 1F9MA 3QCPA 3BD2A 3RHCA 6GSUA 1BYEA 2C8UA 2FCHA 2I9HA 2JZTA 4H86A 1QGVA 3DWVA 1WJKA 1XPVA 3A2WA 4IN0A 4N0ZA 2CZ2A 1T4YA 2EC4A 2IFQB 1EOHA 4EDZA 5ID2A 2HYXA 1C72A 1VF1A 2XPEA 2I3YA 4X0XA 4TXOA 2B1LA 3GA4A 4TR0A 4JZQA 4RQRA 1K0BA 3GNJA 2VL2A 3GL3A 5CO3A 1GNEA 2P31A 4WBRD 1JLVA 5D9TA 5E4WA 4NV2A 1RW1A 1W4VA 5KN2A 1V57A 1T00A 3KMNA 2M80A 1A8YA 2DSAA 2PERA 2H70A 4OFTA 2M46A 1VRSD 2FHEA 1GSYA 1A0RP 1UA5A 2X8CA 2LRNA 4KAEA 1J0FA 4XRDA 2PBJA 3GURA 3HZ8A 2LS5A 1TK5B 5B6NA 1ILOA 1WE0A 3QDNA 3C71A 4WKWA 4LA1A 1PX7A 2LNTA 1XW5A 2K8SA 4PQIA 1KEBA 20GSA 3NZNA 2VCZA 1LJRA 3KMOA 2L57A 1BQ7A 2H75A 2WGRA 2C3NA 2E0QA 2M72A 4L5OA 1BG5A 3KP9A 1TI1A 2QC7A 1ON4A 2OADA 5EVOA 1A23A 4FH8A 1Z6NA 1VF2A 3KGKA 3GSSA 3ED3A 2C0EA 5IMCA 4IGJA 3LXTA 1JHBA 2VAFA 3CMIA 4GSSA 1EV4A 3I43A 1GLQA 5DJMA 3TJFA 1M2BA 4K7OA 5INYA 3FW2A 5G31A 1XFLA 1YF0A 4O7HA 1SYXA 1JZDA 2R4VA 5LNKe 4JBBA 5H5RA 3WYWA 1Y6EA 1SD8A 3L9VA 2YJHA 5A4VA 2YZHA 4CHSA 2QKEA 2IMEA 3M3MA 1CQGA 1JZWA 4ZILA 2YCDA 3ZREA 2OE1A 3G7YA 2EIOA 5D9WA 2HI7A 2GZYA 3IC4A 2FGXA 4OCEA 3LGCA 5ID2B 2GQKA 4NAXA 4TN8A 1Q98A 2GT6A 4TXOB 1T4ZA 2OKAA 4GSNA 1QK8A 1H4OA 2LJAA 1IYHA 1A2LA 2H74A 2OACA 2IN3A 3TGZA 2LEGA 1ZL9A 2MMOA 4ZB9A 3VK9A 4DVCA 3LJRA 1J9BA 3EVIA 1OAZA 5J9BA 4NWYA 6GSWA 2BTOT 1M0UA 2HSHA 2DC5A 3DRNA 5ECMB 3ERFA 3Q18A 2OBKA 1M7TA 3F4SA 4KA0A 1Z7PA 1URMA 2AAWA 4P3YB 1PX6A 2AV4A 5G1LA 2OJLA 1U88A 2PPTA 1SK2A 3A5WA 2H1BA 1S3AA 3F3QA 1KBNA 3P8WA 1DBYA 2MYGA 3M1GA 1QQ2A 1EOGA 2TRCP 3F4RA 1DE2A 3UOMA 1B4PA 3H4KA 2X8HA 2HFDA 5A5KA 2VUPA 4GQCA 1XBSA 3I69A 5CREA 3L78A 2X8GA 18GSA 4JR6A 2N5BA 1OC9A 3M9JA 3FR3A 2FWEA 5JCWA 1WP0A 3IA1A 4GCIA 1SENA 2FLSA 4EDYA 3D6IA 2LKUA 1SKRB 2LUSA 1XW9A 1BEDA 2QSIA 3LYPA 4RI6A 1SKWB 2JADA 3M9KA 2A4VA 4TOPA 3GMFA 3VWXA 5DDLA 5GSTA 5HR3A 1O7UA 3DMLA 5HFGA 1AUCA 2YP6A 3IK7A 5JCUA 2NBSA 5J41A 3TJBA 2YWIA 4KCEA 3D0ZA 4HS1A 1O8WA 3U6VA 3TRPA 1WWJA 1MDJA 1XOBA 3TKRA 3WGXA 5IM9A 3TRXA 1A24A 1GUKA 1VF4A 4GXZA 4FYBA 3P2AA 4V2LA 3L0HA 3DEXA 1BAYA 5G1KA 5IMAA 3UL3A 2GQMA 4I8BA 5D73A 1V40A 14GSA 3D21A 4OFMA 5GSSA 1PMTA 1TOFA 3F8UA 4Q5RA 2WS2A 4OWYA 3IDVA 5D96A 1ZYQB 3R2QA 4ZIJA 4LLRA 5D9XA 4N10A 2HRFA 2LJRA 2FA4A 1X0RA 2GZZA 2FWHA 5JCGA 2HNLA 1TTZA 3F3RA 1WOUA 2X99A 1NW2A 4TR4A 4GQFA 3GSTA 4O92A 1PGTA 5CRHA 2C0DA 3DD3A 3HXSA 2K18A 1HD2A 1RK4A 2B7JA 1G7OA 2HE3A 5IMVA 5IOWA 3WGEA 1LU4A 1EEJA 4MH3A 3FK8A 4EUYA 2CV4A 4MH2A 9GSSA 3KCMA 6GSVA 1X9MB 1OC9B 2FNOA 2F9SA 4F82A 4IP6A 2DLXA 2YWOA 1XWCA 2FUG2 2R2JA 4I5QA 1AW9A 3ERGA 4TVEA 3EC3A 5KN1A 1X9WB 1QUWA 3IHQA 4POMA 2IL3A 1EP8A 1XCCA 3TOTA 5EY6A 2BMXA 8GSSA 3HJOA 3APOA 4MJCA 3IV4A 1ERVA 1HNAA 4QQ7A 3GL5A 3E0UA 4NXIA 3RDWA 1HQOA 2XHFA 4EL1A 3TKQA 1T7PB 4O5RA 1T3BA 3VI7A 3GRXA 2G2QA 1VF3A 3LG6A 4XTSA 1F3BA 4TKYA 3LQ7A 2H0HA 1NSWA 2VM1A 2BJXA 4K0GA 3DKSA 3KP8A 2GVPA 4DSQA 3KXOA 4G2EA 1PQNA 2H76A 1G0TA 1BJXA 2VLVA 3DVXA 4L5LA 1V58A 4K2DA 4KW6A 3H1NA 2EIRA 1SJIA 1M2DA 1LBKA 3CSHA 5G30A 1A8LA 3J7Yk 4TXVA 1PN9A 3IAS2 3K8NA 3ZTLA 4GSTA 3C8EA 2NDOA 4IBPA 1X5EA 5ECLB 3GN3A 5J3RA 3I6AA 2RLIA 1AIUA 5LCZA 1THXA 3NIVA 2V2GA 2ES7A 1EWXA 2VL2C 5JWQB 2GGTA 4PNFA 1X9SB 1VGLA 3CSJA 5H5QA 2GSRA 2OE3A 1K0CA 4HZ4A 1MEKA 2VCVA 4MA9A 3I9V2 2YV9A 4ISDA 4NHWA 4OMVA 3Q74A 2JSYA 3KZQA 4XRAA 1N2AA 5DALA 2VOCA 4IELA 3TKSA 3EYTA 2JL4A 2YPMA 3GFKA 2B7KA 4IJIA 2CZ3A 2GSSA 2AUVA 4ID0A 5DQYA 4GWRA 4YQVA 3MDKA 3MAKA 2VLUA 2HRNA 3LFLA 5CAXA 1EGRA 1QFNA 6GSXA 2L6CA 3IK9A 5JWOB 2B6MA 1PKWA 2WJUA 1U87A 2HSYA 2RUFA 3QAVA 2DJKA 3MSZA 2H6ZA 1QMVA 4K8MA 3KD0A 4O32A 1JZRA 5ECPB 5ECKB 5ECSA 4FO5A 3UBLA 5KN0A 2MZCA 2DBCA 3HHVA 3ZMKA 1ZGNA 1A2JA 3Q19A 2R6KA 1F37A 4WR5A 2HT9A 4V2MA 1S3DA 5J5NA 1MDIA 1HNCA 3GHAA 4MMMA 5ECOB 1XW6A 3DVWA 1GLPA 5AISA 4XCSA 2IMIA 4RI7A 2B5XA 1M2AA 1TJDA 1I5GA 4JE1A 2VO4A 2LTKA 1KNGA 2A2RA 2PVOC 5ENUA 2P0GA 2H66A 1S3CA 3GV1A 4XIHA 5EL8A 3CTFA 4HUAA 3IOSA 1OC8A 1Z7RA 2XPDA 4BWQA 5ABRA 1CQHA 5FWGA 3LWAA 2GDRA 2IMFA 2RM5A 4MDCA 4ILFA 4EKZA 1GH2A 1YEXA 3FZAA 1F2EA 5AGYA 2O8VB 4ECIA 3GH9A 3H79A 1O81A 2N5FA 2LRCA 5DALB 3EWLA 3HA9A 1XXUA 2LV3A 4I6XA 2PGTA 3HVSA 2A2SA 4KDXA 4MABA 3UMAA 4KNDA 4NV5A 2F3MA 2CX3A 2R3XA 3RBTA 4KCAA 1K3LA 1YZXA 17GSA 2CVDA 2YANA 1SU9A 4Q5FA 2VCQA 2I1UA 4Z7XA 4BWSA 1GTUA 2JZRA 4MP4A 1B9XC 5CRGA 3VURA 1B4QA 3VI5A 4POBA 3E3EA 1AQVA 4J56E 4IJ3A 4MJAA 4KE3A 5EPFA 3G9BA 3ZMLA 3KH7A 4MLYA 3KIJA 3C1RA 1A0FA 4K6XA 3MWHA 4ECBA 1AAZA 2DMLA 4EO3A 2IJYA 4EE0A 5IIZA 4BVYA 2MMNA 2KOKA 4HU9A 5C04A 2JU5A 2VM2A 1SK1A 3EINA 3SBCA 4GLTA 1WIKA 3D5JA 4LMWA 1ABAA 22GSA 1USBA 4CDOA 3UEMA 3TJJA 2O89A 2E7PA 4ZL7A 5IMZA 2WFCA 1ZMAA 4Q5QA 2F8AA 5IPHA 4YH2A 3V1WA 4F03A 2KLXA 2WB9A 2JZSA 2ZUPA 5GAND 4BVXA 3GIXA 3FKFA 1GRXA 1TU8A 2LQOA 3QOUA 4MCUA 1WPIA 5COHA 1YEPA 3GYKA 5G2ZA 2N5AA 1ACVA 1GSFA 2K8VA 1XOAA 2NTOA 1U3AA 2L5OA 4OFNA 2C80A 4JEDA 3LORA 3L4NA 4PQ1A 3W6GA 1NM3A 3GKMA 1NHOA 2YJ7A 4BL7A 3S9FA 1GL8A 1I9DA 1TDIA 3JCML 1TI3A 5F0GA 4RQXA 1GTIA 4DSSA 1XVWA 1R5AA 5ELAA 1WRYA 2VCWA 3HKRA 5DCHA 1MD4A 2H8LA 1OC3A 3IR4A 1XWBA 2FY6A 2PVQA 1G6YA 4KB3A 1Z3EA 4KDUA 4IKHA 2I81A 1TKDB 1A2MA 1AQWA 1XWKA 2MMAA 3EMPA 3WT2A 4F0CA 3FR6A 4AJ7A 2GSTA 2TRXA 3SWLA 4MPFA 11GSA 5E59A 1R26A 3H93A 5B7CA 1AC1A 4FYCA 2H0IA 2GTUA 5AIXA 1FB6A 5CRWA 1B9YC 3GKXA 3UARA 1K0OA 5DCGA 4IVFA 3DXBA 1HNBA 3F9UA 2NPBA 3HD5A 2RIIA 4CW9A 1E2YA 4KSOA 1K0DA 4OO5A 1XIYA 5CNWA 5F07A 4L0WA 5HR2A 1YF1A 4NMUA 2HXKA 3W8SA 2P5RA 4G19A 4HQSA 3WT1A 4J57E 1TRWA 3ZVJA 1AQXA 2CAIA 2YZUA 2LQQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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