3BRAA

Bace-1 complexed with compound 1
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
391
structure length
370
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 370
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3braA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3braA02
5SY2A 2AOGA 3HD8A 5P1UA 5P50A 5DR7A 4QJAA 3PVKA 5P3PA 1MUIA 5P03A 1HIIA 1J71A 2BJUA 3CKRA 3KFRA 3RSVA 5OYSA 3TL9A 3PM4A 2WF1A 2XFIA 4I1CA 5P73A 2HB2A 3OK9A 3ZPSA 5P3TA 1K6CA 1LF3A 5P81A 1IIQA 3GGVA 2QU3A 2ASIA 2PSVA 5P6SA 3TPPA 1D4HA 1T6GA 5P5XA 4K8SA 3EM3A 2AVOA 5P4JA 5P8SA 2HPEA 3O9FA 1EC3A 2Q15A 4RVIA 3KYRA 5P5RA 5P17A 5DGWA 4RRSA 5P5AA 4ZEAA 5P8TA 5OZ1A 2QI0A 1HVJA 5P7PA 3ZKNA 3IXJA 2WEBA 3EC0A 3ER3E 4Y3EA 3BUGA 5EZZA 2IGXA 2V12C 5P1YA 4Y5EA 2VNMA 5P6PA 1FMXA 4I0ZA 1HVCA 3VV7A 5OZGA 5P4UA 5P78A 2APRA 4DV9A 2OHTA 5P2BA 3EL9A 2V10C 5OZUA 5P7DA 5HTZA 3KFSA 2VIYA 4EHCA 5P8QA 3UHLA 2HC0A 5P40A 2AOIA 1WBKA 4N00A 5HE7A 1BDQA 1EC1A 3EBZA 4AUCA 3D1XA 4I0DA 2WEZA 3OQKA 1NPAA 5P4ZA 3EKPA 1D4IA 5P2EA 2O4SA 4Y3MA 1T7JA 2G94A 3UF3A 2G1NA 3FKTA 5OZBA 2J9JA 3L58A 5P4KA 2OHQA 1ZAPA 2IKUA 5P3SA 1ME6A 4I0FA 4J55A 4MC9A 4FSEA 3KDBA 2XFJA 1QS8A 2F3KA 4H3GA 4Y5GA 1HTRB 2Q63A 3JVYA 5ENKA 3KF0A 3L5CA 5OYRA 5I3YA 1MRWA 1C6ZA 2F81A 5P27A 5P2FA 3IN3A 3I7EA 5OZSA 5P7CA 1OEWA 4EXGA 2QHCA 5P7FA 4JP9A 1DP5A 9HVPA 4HA5A 5P1LA 3KM4A 3UQRA 3D1YA 4J1IA 4J1EA 2QMPA 5P6OA 3TOGA 1YTGA 4J1CA 5P8DA 1TSQA 3UPJA 3VF7A 2BPYA 5P04A 3EKVA 4S1GA 1EAGA 5P87A 5OYUA 2ZJNA 5F00A 1HIHA 4Y3FA 4Y5PA 2MIPA 3IN4A 5P2ZA 1AM5A 4ACUA 3VV6A 1OHRA 5P56A 5P7NA 3OTYA 3OU4B 2OHUA 1GNOA 4X7IA 3PMYA 1FG8C 2F3EA 5HDUA 4RYCA 2UPJA 3OUCA 1BV9A 5KR2A 3UQPA 5IS4A 4LAPA 3S53A 1OEXA 3INDA 1APVE 4RCFA 5DQ2A 5COPA 1ODXA 1LYWB 3K5GA 2QI1A 2VS2A 2AZCA 5P54A 5COKA 2XFKA 5C9DA 5P8BA 4Y51A 1XN2A 3MWSA 5P61A 5P0SA 4F73A 1FFIC 3LZSA 1GVTA 3HBOA 4Q1XA 2FLEA 2RSPA 1LYBA 1SGZA 1FMBA 5P7VA 2G22A 4KB9A 4AA8A 1M4HA 1FF0C 3UDJA 5P7QA 4LHHA 5P1AA 1B6LA 5P24A 1EPQE 1FLHA 3OUBA 4I0EA 5P32A 3APPA 3TTPA 5P75A 3OXVA 5OZOA 1TCXA 4DI2A 1AXAA 5P1NA 5P6YA 4GZFA 1BIMA 2QZLA 4DQHA 5P18A 4B00A 5P3GA 1KJ4A 3QI1A 4J0ZA 2CEMA 3MSKA 2BPZA 4EWOA 5JFUA 4K4QA 7UPJA 5P6FA 5P44A 3NUJA 5P3IA 3VCMA 2IEOA 1BDLA 4DQBA 1W5XA 5OZRA 2V16C 2EWYA 3WZ8A 3K5FA 4D88A 1CZIE 4Y4AA 5P5SA 5P83A 3LPJA 3WZ7A 1SH9A 3O9AA 5P3AA 1ZPAA 2NXLA 4ER1E 4RRNA 3RU1A 2OHSA 4Y38A 5P6NA 3R4BA 2HB4A 2P8HA 5P4MA 3PCZA 5P26A 4I8WA 4CPWA 5P13A 3EKQA 4FE6A 5OYVA 5P6GA 5P14A 1HPXA 3KDCA 1SIVA 3LNKA 1HHPA 3DCKA 3HZCA 1AAQA 2FDPA 4RZ1A 5KQXA 5P72A 5P3JA 5P0HA 3KA2A 2QI7A 1MT8A 4DQFA 2QAKA 4LXMA 5CONA 3IXKA 5P58A 3K5CA 1MSNA 5P3XA 5P8FA 2QMFA 5P1EA 3SABA 3ZKMA 2CEJA 4DQGA 3JW2A 3MSJA 5P57A 5P41A 5HU1A 4FGXA 2BPVA 5DQ4A 4DQEA 4ZIPA 4L7JA 1SMEA 4Y53A 2P4JA 4LXKA 3SO9A 2IGYA 4GJ7A 3FX5A 5P7UA 1HWRA 2VA7A 3NU4A 4Y56A 5P4OA 4YDFA 1PPME 1HOSA 2P3BA 3KMYA 4GJ5A 1FB7A 5P22A 4YOBA 1LZQA 3NYGA 5P8CA 2IDWA 3ZOVA 2F3FA 3NXEA 5P2JA 1DAZC 4GYEA 3SA7A 2G21A 3B7VA 3OGQA 4J17A 3EKWA 4MC6A 5P6AA 1EPNE 5P3DA 4D8CA 2ZJLA 1VIJA 5P09A 4QJ9A 4Y5CA 4FM8A 5HE5A 4I11A 1ODYA 2VA6A 1GKTA 1D4YA 5BS4A 1FKNA 5P85A 5P6MA 2AQUA 4Y54A 3IVHA 5P43A 5P59A 1RQ9A 3O9IA 1APTE 4TRYA 5KR8A 4I8ZA 4J1HA 3O9LA 2QMDA 3D20A 1MTRA 2H6TA 5P3KA 1MRXA 5P7YA 4CKUA 5P2HA 3OOTA 4CPUA 2NPHA 1K6PA 4Y3YA 1B11A 1GVUA 2PK6A 2I4QA 3L5DA 4YOAA 2AVSA 4EJDA 3HVGA 3SQFA 3DOXA 3PMUA 4WY6A 5I70A 5I3XA 4JPEA 3SA9A 5P53A 3OAGA 3BXRA 1EPME 1LV1A 5P36A 4OBJA 2VIJA 2FNSA 1EC2A 3UDPA 4HLAA 1SP5A 4J5JA 1XS7D 2ZJIA 2OHLA 3Q4BA 4APRE 5P8JA 4YCTA 5P1XA 3KFPA 3D3TA 4I0GA 4QJ8A 3RTMA 4WTUA 4JECA 2P83A 1TQFA 4Y36A 3OADA 5P3WA 1PSNA 1FQ4A 1FMUA 2IENA 3VSWA 4DFGA 4DJVA 2HB3A 4YD7A 4Y4DA 1B6JA 5DPZA 4RROA 8HVPA 2OHKA 4GJ9A 5DGUA 3CKPA 3OXWA 2B42A 5P48A 5P0KA 1B5FA 5P4PA 5P0UA 5OZIA 4B1CA 1FGCC 5P5KA 2B7FA 3NSHA 1G6LA 3TH9A 4YD6A 5P0MA 5P1RA 2NNPA 2G1RA 4EPJA 3TPRA 1PSAA 2G26A 5OZPA 5P1KA 3WZ6A 2WJOA 5P2YA 4ZE6A 3GW5A 1META 5P4LA 3EMYA 3Q5HA 3SA8A 5P8PA 5P06A 2NTRA 5BRYA 4YBFA 1BILA 5P6WA 3LIVA 5P1IA 1YT9A 3EL5A 3GGXA 5P3QA 3URLA 4R95A 5P35A 5P1GA 1TZSA 4GB2A 3PWWA 2ZJJA 3ZKXA 1BBSA 5HE4A 2FXEA 5P34A 3QBFA 1IBQA 3KFNA 4XKXA 4TRWA 1YX9A 2O4PA 5P4YA 1K1UA 3OUDA 5P2VA 4KUPA 5P62A 5P0AA 4Z50A 4YA8A 5P12A 4BFBA 5DQ5A 5P6QA 3PBZA 3G70A 3VF5A 4FSLA 2R5QA 1T6EX 4IVTA 3OXCA 1M43A 2V13A 4RVXA 5P7BA 3PLDA 5P4NA 1IVPA 3OTSA 3NU9A 4Y4UA 2I4WA 4DUSA 3R1GB 2OHNA 5P0RA 5ER2E 1DMPA 2PMAA 3ZKQA 3NDWA 5J25A 2VA5A 5DR8A 5P3OA 2AOHA 2AZ8A 5AH7A 3QROA 2FGUA 3T7XA 3UDMA 2RKFA 2O4KA 1U8GA 4OD9B 4XX4A 1LF4A 1QBSA 4I0IA 1TSUA 1HTEA 1WBMA 3ZMGA 2QCIA 4Y3XA 2RKGA 4RGHA 5P84A 5P68A 5P7KA 5P55A 1BWAA 4I0HA 3A2OA 2JJIA 2RENA 1NSOA 3U71A 1ER8E 4D85A 4Y57A 5P10A 3TPLA 2Q64A 2AOEA 2AVMA 4Z2ZA 5P7XA 4PHVA 5P3LA 5OZTA 1EBZA 1QBUA 5P2NA 2OHPA 3N3IA 2QI5A 5P39A 1B6MA 1K2BA 4RYGA 5P4FA 5P6ZA 2FNTA 2H6SA 5P66A 2P3DA 5P08A 1KJ7A 4OC6B 3B80A 4AA9A 2O40A 5P63A 1ZLFA 3GGUA 3UQWA 4TRZA 5P2MA 3LPIA 4CPSA 2WEDA 5P5CA 1TCWA 2O4LA 3BGBA 1FQ8A 4DPIA 4YD3A 2I4XA 3SACA 5P0FA 1EBYA 3S7LA 1W5YA 4Y41A 3FNTA 4F74A 2PK5A 2IKOA 4PZXA 2ZHSA 4IVSA 5OZXA 4LP9A 2P3CA 4OBKA 5P64A 5DR1A 5P4TA 2G1OA 1RNEA 4R5NA 4CP7A 5OZAA 3SA3A 5P5UA 5AHBA 4FRJA 5P5DA 3VYEA 4GIDA 5P0YA 3BVBA 2I4VA 5OYYA 5P0DA 3PBDA 4Y39A 3NWQA 1T7KA 1M0BA 3K5DA 2FGVA 5HCTA 5P2KA 3UDKA 4BEKA 5C9FA 2G69A 3PLLA 4GJDA 2NMZA 4Q1WA 4Y3WA 5P0PA 2B8VA 4DJPA 3C9XA 4Y5BA 2ZDZA 4GJ8A 4J1FA 1T7IA 1BWBA 4Y3LA 4EQ0A 4XXSA 2I4UA 5P0JA 3LITA 1BVGA 1YM4A 1A94A 4Y45A 5P1SA 5P4QA 2PYNA 5P5OA 4OD9A 2F80A 2QNNA 3UDRA 5OZZA 1K6TA 2PSGA 1K1TA 5OZ3A 5UPJA 5P7AA 1BAIA 5P2UA 5P4WA 5P70A 1HPOA 5OZ9A 5P4GA 5IVRA 1IVQA 3WSJA 4EXHA 1F7AA 4CPXA 1GVVA 1SDUA 5P49A 5KQZA 1ZSFA 1BVEA 1YTIA 5P5IA 3INHA 1CPIA 3Q6YA 2A1EA 1MEUA 5P7WA 5P4IA 1SMRA 2F8GA 5P0LA 4OC6A 5P0VA 2VKMA 4ZSMA 4J0YA 5P4DA 4YD4A 5E5KA 7HVPA 4QJ7A 3K1WA 1XL5A 1BV7A 1F34A 2NXMA 6FIVA 3UQUA 5P28A 5DR3A 3LZUA 2HAHA 1HPVA 5HDZA 1ZBGA 4CPTA 3DJKA 2WEAA 4FRIA 4JOOA 1XDHA 3MXEA 5P7IA 5P5PA 2I4DA 3PGIA 1D4KA 3ZLQA 4Z4XA 4Y4GA 3QRVA 5DR0A 5P3ZA 5P5GA 4QGIA 3NXNA 4HE9A 3PSYA 4Y35A 2UY0A 5P1BA 1GNMA 1FQ6A 3INEA 5OZNA 1WKRA 3PCWA 1EC0A 3OY4A 3BUFA 2QHYA 3QAAA 3ST5A 1SBGA 3WB4A 5IVQA 1FIVA 5DQ1A 4PEPA 3ZKIA 5P7GA 3GGAA 5AHAA 5P6BA 5P65A 5P5HA 3FV3A 2AOCA 3O9GA 2UXZA 3S7MA 4MC1A 2ER9E 2OAHA 4Y47A 3HW1A 3HAWA 1IZIA 3DM6A 1C70A 2FDDA 3PWMA 3VSXA 1K6VA 4LXAA 2OHRA 5P23A 1MERA 4Y4XA 1LF2A 1GNNA 3OU4A 5P5FA 5P3UA 4EYRA 5P8NA 3SFCA 3UQXA 5P02A 3CYWA 3NU3A 4Y6MA 1AZ5A 4EJLA 1SGUA 3HAUA 2VNNA 1Z1RA 2NXDA 2G1SA 1D4JA 5JODA 4RVJA 4YE3A 1VIKA 2QD6A 5P8HA 2ZHUA 4ZSQA 3DCRA 2WHHA 5KOSA 1UH8A 5I3WA 5P6LA 1EBKC 3QS1A 4L1AB 1LYWA 2BPXA 1PROA 2B7ZA 4PZWA 5CLMA 1A30A 4KE0A 3O9BA 5OZ0A 1CMSA 3NUOA 3PWRA 5FIVA 4FRSA 3UDNA 5P80A 3PI0A 1UH9A 4AMTA 4Y48A 5OZ4A 5P1CA 4LC7A 3NDXA 1PFZA 3CIBA 3SPKA 3GI5A 1GVWA 4Y3ZA 5P6TA 4Y4JA 5KR1A 4Y3AA 4Y4BA 4I10A 5JFPA 3NDUA 2PC0A 3PJ6A 2R3WA 3SA4A 5P46A 5P3RA 5P76A 4I12A 4HDPA 5P2OA 2PYMA 3H0BA 4Y5AA 5P6JA 1HSGA 6UPJA 3G72A 4Y9WA 2Z54A 5OZDA 3CICA 3QRSA 1AIDA 5P7SA 4B78A 1LEEA 1EPRE 2G27A 3F9QA 4OBGA 2ZGAA 4YDGA 2ZJMA 3QVIA 4RCEA 3O9HA 4EQJA 5OZ7A 5P2GA 5OZCA 3S45A 3DUYA 4EJ8A 5HDXA 4DJYA 5APRE 2HIZA 1DPJA 5KAOA 4YCYA 1A8GA 3EKXA 5P7EA 2QNQA 2WF4A 4AZYA 2I1AA 5P8UA 3DK1A 1UH7A 4Y3SA 4OBZB 5P6CA 5P45A 1XN3A 4GJCA 2I0DA 3PHVA 3JVWA 5P4EA 3QP0A 1RPIA 1EPLE 3NWXA 3PI5A 3D1ZA 1Z8CA 5HVPA 5F01A 5AGZA 4DJUA 5P86A 1W5VA 5P0CA 4FS4A 3FNUA 2IL2A 5P29A 3I2LA 3KN0A 5OZ8A 1IZHA 1Q9PA 5P71A 5P2DA 5P4SA 2R5PA 2JJJA 4Y44A 3VF3A 1A8KA 4DJXA 1SIPA 1T3RA 4Y3JA 5IVSA 3LIZA 5P5QA 5P3EA 5JG1A 4GJAA 4HEGA 4Y5LA 3KT5A 5PEPA 4B1EA 3R2FA 1ZP8A 2VIZA 3U7SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SY2 A;  2AOG A;  3HD8 A;  5P1U A;  5P50 A;  5DR7 A;  4QJA A;  3PVK A;  5P3P A;  1MUI A;  5P03 A;  1HII A;  1J71 A;  2BJU A;  3CKR A;  3KFR A;  3RSV A;  5OYS A;  3TL9 A;  3PM4 A;  2WF1 A;  2XFI A;  4I1C A;  5P73 A;  2HB2 A;  3OK9 A;  3ZPS A;  5P3T A;  1K6C A;  1LF3 A;  5P81 A;  1IIQ A;  3GGV A;  2QU3 A;  2ASI A;  2PSV A;  5P6S A;  3TPP A;  1D4H A;  1T6G A;  5P5X A;  4K8S A;  3EM3 A;  2AVO A;  5P4J A;  5P8S A;  2HPE A;  3O9F A;  1EC3 A;  2Q15 A;  4RVI A;  3KYR A;  5P5R A;  5P17 A;  5DGW A;  4RRS A;  5P5A A;  4ZEA A;  5P8T A;  5OZ1 A;  2QI0 A;  1HVJ A;  5P7P A;  3ZKN A;  3IXJ A;  2WEB A;  3EC0 A;  3ER3 E;  4Y3E A;  3BUG A;  5EZZ A;  2IGX A;  2V12 C;  5P1Y A;  4Y5E A;  2VNM A;  5P6P A;  1FMX A;  4I0Z A;  1HVC A;  3VV7 A;  5OZG A;  5P4U A;  5P78 A;  2APR A;  4DV9 A;  2OHT A;  5P2B A;  3EL9 A;  2V10 C;  5OZU A;  5P7D A;  5HTZ A;  3KFS A;  2VIY A;  4EHC A;  5P8Q A;  3UHL A;  2HC0 A;  5P40 A;  2AOI A;  1WBK A;  4N00 A;  5HE7 A;  1BDQ A;  1EC1 A;  3EBZ A;  4AUC A;  3D1X A;  4I0D A;  2WEZ A;  3OQK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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