The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
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sequence length |
153
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structure length |
151
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Chain Sequence |
PPATPQEVQFVQHMLQHHAQALDLAAPMLERSQQRTVRSLALDIQLSQREQMRQMEAMLGRWGQPPGEPISPEHARMMGMASEAEVAGLSTLPVEQAERQFLRLMIRHHQGAVAMTLPMLDARPEVERLARQIVVTQRGEIRTMEGVLGRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of DUF305 fragment from Deinococcus radiodurans.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Deinococcus radiodurans r1
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| molecule keywords |
Uncharacterized protein DUF305
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| total genus |
71
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| structure length |
151
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03713 | DUF305 | Domain of unknown function (DUF305) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ZL5 A; 4Z5S A; 3H7G A; 1DPS A; 3AJQ A; 4XGS A; 4ETR A; 3BVF A; 1QYB A; 2JD6 0; 1B71 A; 3WVU A; 1R03 A; 3AF8 X; 5D8X A; 3QHB A; 3WNW A; 1TJO A; 1SQ3 A; 1DAT A; 4II4 A; 2C41 A; 3AJO A; 2IU2 A; 3KA3 A; 2D5K A; 2V2L A; 2GYQ A; 4LQJ A; 1Z6O A; 2WLU A; 1JKU A; 3OGH A; 1O9I A; 5D8R A; 5JKL A; 2XKQ A; 3ES3 A; 2CEI A; 4ZMC A; 1YUZ A; 4TOH A; 3EGM A; 3E1M A; 1IES A; 2C2U A; 1XZ3 A; 2CLU A; 4DYY A; 2V2J A; 3F33 A; 2FL0 A; 4ZJK A; 4TOD A; 3IS8 A; 3EZU A; 5J9V A; 1NFV A; 2W0O A; 5E2D A; 3TA8 A; 3KA4 A; 2VZB A; 4TOC A; 1S30 A; 3PWQ C; 3R2O A; 4RC7 B; 3UOI A; 2FFX J; 4ITT A; 4ZKH A; 3F38 A; 4CVS A; 4A25 A; 3BT5 A; 1MFR A; 3E1Q A; 3PW1 A; 1Z4A A; 3E2C A; 3PVR B; 3Q4R A; 5GN8 A; 4XKU A; 2WTL A; 2V2S A; 5J8W A; 4ZKX A; 4TOG A; 1KRQ A; 4IWK A; 2XJM A; 1ZS3 A; 1IER A; 4AM4 A; 2C6R A; 3O7S A; 1O9R A; 2XJO A; 4ITW A; 3HL1 A; 4XKS A; 5K52 A; 2YW7 A; 3WVV A; 4ISM A; 3KWO A; 2CHP A; 1OTK A; 4DZ0 A; 3QD8 A; 3PVT A; 4TOE A; 5GU3 X; 1XZ1 A; 2V2I A; 1VJX A; 1F33 A; 4M32 A; 5LG2 A; 2IB0 A; 2OC5 A; 4II4 B; 4MN9 A; 3SH6 A; 3HIU A; 1QGH A; 4R42 A; 4P18 A; 4DAS A; 3QZ3 A; 2YJK A; 2Z6M A; 2QQY A; 1TK6 A; 1JIG A; 4MUD A; 4Y08 A; 2CIH A; 4MJY A; 2Z5Q A; 4AM5 A; 1GWG A; 3PZA A; 5JKM G; 1AEW A; 1RCD A; 3KA6 A; 2GYD A; 1RYT A; 3O7R A; 2CN6 A; 3A68 A; 4PG0 A; 4REU A; 3E1P A; 1YV1 A; 1S2Z A; 2CF7 A; 1Z6O M; 4RC8 A; 3AK9 A; 1JI5 A; 4EVD A; 4M34 A; 2VXX A; 4PGK A; 5J8S A; 3R2M A; 1HRS A; 4E6K A; 1TKP A; 2Y3Q A; 4TOA A; 2ZG8 X; 3FSE A; 3QB9 A; 3SID A; 5ERJ A; 2Z5P A; 3E1J A; 3Q4N A; 3PW1 B; 4DE6 A; 5I4J A; 1RCI A; 2XJN A; 4YKH A; 4CY9 A; 3Q4O A; 2Z90 A; 5LS9 A; 1RCE A; 5GN8 B; 5GU1 X; 4IWJ A; 3T9J A; 5D8Q A; 3R2S A; 5HJF A; 3F36 A; 5D8O A; 5FFC A; 3GE4 A; 3PWQ A; 3RAV A; 1VEQ A; 2CN7 A; 5CMR A; 3BVI A; 4Z3B A; 2ZA8 A; 2QF9 A; 2FKZ A; 1VEI A; 3GVY A; 2F7N A; 2ITB A; 3PVT B; 1J30 A; 4LPN A; 3AF9 X; 5GOU A; 2UX1 A; 3MPS A; 5D8S A; 1L8H A; 4LPM A; 4RC6 A; 2WLA A; 5J93 A; 3PW8 C; 3FVB A; 3IQ1 A; 3IS7 A; 3EZ0 A; 3R2H A; 4KVS A; 1NNQ A; 4LQV A; 3RGD A; 4TO9 A; 1N1Q A; 3R2R A; 5CZU A; 4MY7 A; 1BG7 A; 1TKO A; 3SHX A; 3E6S A; 5JKM A; 2X17 0; 4M35 A; 3RD0 A; 1VEL A; 2FG4 A; 3F32 A; 3E6R A; 3E1L A; 4EVB A; 1ZUJ A; 1JKV A; 1LKO A; 4PG1 A; 4KVQ A; 4AM2 A; 5JKL G; 4DYX A; 4RC5 A; 1NF4 A; 2HTN A; 1MOJ A; 3AJP A; 3QVD A; 4ISP A; 3NP0 X; 4LYX A; 4DI0 A; 2BW1 A; 2HR5 A; 1DVB A; 2V2M A; 1JRE A; 5C6F A; 3F35 A; 4CYA A; 3FI6 A; 1L8I A; 3NP2 X; 3A9Q A; 4CYB A; 3KXU A; 4DYU A; 3F34 A; 4MKU A; 2G4H A; 5FFA A; 1JGC A; 3ERZ A; 1LKP A; 2BK6 A; 4PGI A; 2V2R A; 5D8P A; 3BVE A; 3GHQ A; 3KA8 A; 3ISE A; 4M33 A; 4EVC A; 4TOF A; 3RBC A; 5GU2 X; 5LG8 A; 3WVW A; 5HQO A; 4ZLW A; 2XGW A; 4LQH A; 4RC6 B; 1RCC A; 2FG8 A; 4QUW A; 3KA9 A; 4CVP A; 2FHA A; 1H96 A; 5FFE A; 2YJJ A; 3PVY A; 5FEJ A; 1BCF A; 1YUX A; 5JAC A; 3BVL A; 1UMN A; 2ZG7 X; 2GS4 A; 1RCG A; 3RE7 A; 2V15 A; 2V2O A; 3UOF A; 3PW8 A; 3SE1 A; 5HJH A; 2IY4 A; 1SOF A; 1JYB A; 2CHI A; 4RC5 B; 3VNX A; 3KX9 A; 4ZL6 A; 4EVE A; 1UVH A; 2C2J A; 2FZF A; 2V2N A; 3Q4Q A; 2VXI A; 2ZG9 X; 5LBH A; 3F37 A; 5K53 A; 3E1O A; 4KVR A; 2JD7 0; 4U3G A; 5ERK A; 4DYZ A; 2V2P A; 3QHC A; 2BJY A; 2YW6 A; 1FHA A; 4LPJ A; 1S3Q A; 4OYN A; 1LKM A; 2RBD A; 3R2L A; 4CMY A; 4IXK A; 3E1N A; 2FJC A; 3PWF A; 4TOB A; 3BKN A; 1NF6 A; 1JTS A; 1VLG A; 1BFR A; 5FFB A; 5CMQ A; 3NOZ X; 4CMY V; 2ZA7 A; 4ERU A; 3ISF A; 1LB3 A; 5E1U A; 1JI4 A; 2CLB A; 3AF7 X; 1F30 A; 4LQN A; 3UNO A; 4LYU A; 2C2F A; 5IX6 A; 2BKC A; 2Z5R A; 3PVY B; 4ML5 A; 1EUM A; 4RC7 A; 4XKT A; 2ZA6 A; 5AXS A; 4ZKW A; 4CVT A; 5FFD A; 3R2K A; 2PYB A; 2ZUR X; 4ZTT A; 5GU0 X; 3PVR A; 2OH3 A; 4TW3 A; 3BVK A; 3AK8 A; 3F39 A; 3OJ5 A; 5D8Y A; 4CVR A; 2JD8 0; 3U90 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZL5 A; 4Z5S A; 3H7G A; 1DPS A; 3AJQ A; 4XGS A; 4ETR A; 3BVF A; 1QYB A; 3C1Z A; 2JD6 0; 1B71 A; 3WVU A; 1R03 A; 3AF8 X; 5D8X A; 3QHB A; 3WNW A; 1TJO A; 1SQ3 A; 1DAT A; 4II4 A; 2C41 A; 3AJO A; 2IU2 A; 3KA3 A; 2D5K A; 2V2L A; 2GYQ A; 2OKC A; 4LQJ A; 1Z6O A; 2WLU A; 1JKU A; 3OGH A; 1O9I A; 5D8R A; 5JKL A; 2XKQ A; 3D19 A; 3ES3 A; 3GGZ A; 2CEI A; 4ZMC A; 1YUZ A; 4TOH A; 3EGM A; 3E1M A; 1IES A; 2C2U A; 1XZ3 A; 2CLU A; 4DYY A; 2V2J A; 3F33 A; 2FL0 A; 4ZJK A; 4TOD A; 3IS8 A; 2V8U A; 3EZU A; 5J9V A; 1NFV A; 2W0O A; 5E2D A; 3TA8 A; 3KA4 A; 2VZB A; 4TOC A; 1S30 A; 3PWQ C; 3R2O A; 4RC7 B; 3UOI A; 2FFX J; 4ITT A; 4ZKH A; 3F38 A; 4CVS A; 4A25 A; 3BT5 A; 1MFR A; 3E1Q A; 3PW1 A; 1Z4A A; 3E2C A; 3PVR B; 3Q4R A; 5GN8 A; 4XKU A; 2WTL A; 2V2S A; 5J8W A; 4MXP A; 4ZKX A; 4TOG A; 1KRQ A; 4IWK A; 2XJM A; 1ZS3 A; 1IER A; 4AM4 A; 2C6R A; 3O7S A; 1O9R A; 2XJO A; 4ITW A; 3HL1 A; 4XKS A; 5K52 A; 2YW7 A; 3WVV A; 4ISM A; 3KWO A; 2CHP A; 1OTK A; 4DZ0 A; 3QD8 A; 3PVT A; 4TOE A; 5GU3 X; 1XZ1 A; 2V2I A; 1VJX A; 1F33 A; 4M32 A; 5LG2 A; 2IB0 A; 2OC5 A; 3VV9 A; 4II4 B; 4MN9 A; 3JZA B; 3SH6 A; 3HIU A; 4YXM A; 1QGH A; 4R42 A; 4P18 A; 4DAS A; 3QZ3 A; 2YJK A; 2Z6M A; 2QQY A; 1TK6 A; 1JIG A; 4MUD A; 3UFB A; 4Y08 A; 2CIH A; 4MJY A; 2Z5Q A; 3DBY A; 4AM5 A; 1GWG A; 3PZA A; 5JKM G; 1AEW A; 1RCD A; 3KA6 A; 2GYD A; 1RYT A; 3O7R A; 2CN6 A; 3A68 A; 4PG0 A; 4REU A; 3E1P A; 1YV1 A; 1S2Z A; 3V3K B; 2CF7 A; 1Z6O M; 4RC8 A; 3AK9 A; 1JI5 A; 4EVD A; 4M34 A; 2VXX A; 4PGK A; 5J8S A; 4E40 A; 3R2M A; 5HU6 D; 1HRS A; 4E6K A; 1TKP A; 2Y3Q A; 4TOA A; 2ZG8 X; 3KHK A; 3FSE A; 3QB9 A; 3SID A; 5ERJ A; 2Z5P A; 3E1J A; 3Q4N A; 3PW1 B; 4DE6 A; 5I4J A; 1RCI A; 2XJN A; 4YKH A; 4CY9 A; 3Q4O A; 2Z90 A; 5LS9 A; 1RCE A; 5GN8 B; 4KXR B; 4IWJ A; 5GU1 X; 3T9J A; 5D8Q A; 4W4L B; 3R2S A; 5HJF A; 3F36 A; 3L0M A; 5D8O A; 5FFC A; 3GE4 A; 3PWQ A; 3RAV A; 1VEQ A; 2CN7 A; 5CMR A; 3BVI A; 4Z3B A; 3C21 A; 2ZA8 A; 3W54 A; 5JDO A; 2CWL A; 2QF9 A; 2FKZ A; 2WWX B; 1VEI A; 3GVY A; 2F7N A; 2ITB A; 3PVT B; 1J30 A; 4LPN A; 3AF9 X; 5GOU A; 2UX1 A; 3MPS A; 5D8S A; 1L8H A; 4LPM A; 4RC6 A; 2WLA A; 5J93 A; 3PW8 C; 3FVB A; 3IQ1 A; 3IS7 A; 3EZ0 A; 3R2H A; 4KVS A; 1NNQ A; 4LQV A; 3RGD A; 4TO9 A; 1N1Q A; 3R2R A; 5CZU A; 4MY7 A; 1BG7 A; 1TKO A; 3SHX A; 3E6S A; 5JKM A; 2X17 0; 4M35 A; 3RD0 A; 1VEL A; 2FG4 A; 3F32 A; 3E6R A; 3E1L A; 4EVB A; 1ZUJ A; 1JKV A; 1LKO A; 4PG1 A; 4KVQ A; 4AM2 A; 5JKL G; 4DYX A; 4RC5 A; 1NF4 A; 3KDQ A; 2HTN A; 3VVA A; 2N02 A; 1MOJ A; 3AJP A; 3QVD A; 4ISP A; 3NP0 X; 4LYX A; 4DI0 A; 2BW1 A; 2HR5 A; 1DVB A; 2V2M A; 1JRE A; 5C6F A; 3F35 A; 4CYA A; 3FI6 A; 1L8I A; 3NP2 X; 3A9Q A; 4CYB A; 3KXU A; 4DYU A; 2Y44 A; 3F34 A; 4MKU A; 2G4H A; 5FFA A; 1JGC A; 3ERZ A; 5JDO B; 4X0J A; 1LKP A; 2BK6 A; 4PGI A; 2V2R A; 5D8P A; 3BVE A; 3GHQ A; 3KA8 A; 3ISE A; 4M33 A; 4EVC A; 4TOF A; 3RBC A; 5GU2 X; 5LG8 A; 3WVW A; 5HQO A; 4ZLW A; 2XGW A; 4LQH A; 4RC6 B; 1RCC A; 2FG8 A; 4QUW A; 3KA9 A; 4CVP A; 2FHA A; 3GGY A; 1H96 A; 5FFE A; 2YJJ A; 3PVY A; 4W4K B; 5FEJ A; 1BCF A; 1YUX A; 5JAC A; 4WJG 4; 3BVL A; 1UMN A; 2ZG7 X; 2GS4 A; 1RCG A; 3RE7 A; 2V15 A; 2V2O A; 2G38 B; 3LKD A; 3UOF A; 3PW8 A; 3SE1 A; 5HJH A; 2IY4 A; 1SOF A; 1JYB A; 2CHI A; 3FRS A; 4RC5 B; 3VNX A; 3KX9 A; 4ZL6 A; 4EVE A; 1UVH A; 2C2J A; 2FZF A; 2V2N A; 3Q4Q A; 2VXI A; 2ZG9 X; 5LBH A; 3F37 A; 2V8T A; 3FRR A; 5K53 A; 3E1O A; 2AR0 A; 4KVR A; 2JD7 0; 4U3G A; 5ERK A; 4DYZ A; 2V2P A; 3QHC A; 2BJY A; 3JZ9 A; 2YW6 A; 1FHA A; 4LPJ A; 1S3Q A; 4OYN A; 1LKM A; 2RBD A; 3R2L A; 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