3BUHA

Bace-1 complexed with compound 4
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
391
structure length
370
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-secretase 1
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 370
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3buhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3buhA02
4J1FA 3K4VC 2WKZA 5P8RA 1W5WA 4J1CA 2VS2A 1AVFA 3IVHA 5P1YA 3O9HA 3PCWA 5P8MA 1B5FA 3PWWA 2QI1A 2Q3KA 2I0DA 3LITA 3RSVA 4H3JA 5P7RA 5P6MA 1FFIC 4EQJA 2WHHA 5P18A 5P3JA 4YBFA 4MC1A 2ZHRA 4K9HA 2VNNA 3WZ6A 1SDTA 3PGIA 3NDUA 4Y37A 3ZKIA 3QBHA 5B18A 1FKNA 2PSGA 1LYAA 3KMXA 4B05A 4CPWA 3KDCA 1YG9A 2G27A 2IL2A 5P1VA 3FV3A 1EC2A 5OZHA 3UQWA 1T7IA 2PYNA 4ZPEA 1IZDA 3TKGA 3IN4A 3VFBA 2BKTA 2HC0A 3T3CA 2F81A 5P4NA 5CLMA 5P7TA 1K6CA 3VYFA 3EBZA 2VJ6A 1IZIA 2G1SA 1PPLE 4YA8A 1HIVA 1VIKA 5P1HA 5P8EA 3OQAA 1G2KA 2WF4A 4HZTA 1N49A 4FRSA 4LHHA 5HVPA 5P6DA 2QZWA 1D4KA 3MSLA 2RSPA 2ZJMA 1SGUA 3O99A 5AHBA 3BVAA 5AHAA 4RVJA 1BBSA 4LXKA 1K1TA 4NPUA 3UDHA 3WZ7A 5P60A 5ISKA 3LZVA 4L1AB 8HVPA 4Y48A 2ER6E 3IXOA 5P7CA 5P2MA 4FLGA 2EWYA 5IVSA 4Y4WA 1TQFA 3VFAA 3N3IA 5P3RA 4APEA 5P6ZA 4K4QA 1RV7A 3OAGA 5P40A 4Y36A 2OHUA 2HS2A 2ZHTA 1XL5A 5OZNA 4U8WA 2PMAA 4A4QA 1FG8C 2QD6A 5P14A 3UFLA 5P5TA 5UPJA 5P5VA 5SZ9A 3DK1A 3URLA 1LYWB 5I3YA 3O9GA 3SA9A 1ENTE 1CPIA 5P2NA 5BRYA 1GNNA 3OUDA 2HM1A 4TRZA 4TRWA 3CYWA 3EXOA 5P01A 1HVJA 4BFDA 5P42A 1KZKA 5P3XA 4F76A 1GVVA 5OZVA 3KF0A 1B6MA 1GNOA 5P5KA 1C70A 3OOZA 1ER8E 5P50A 4Y3YA 5P0DA 5AH6A 2P3AA 2QMGA 5P6YA 1FQ8A 1HTRB 4YCKA 5I3XA 5P79A 1W50A 2JJJA 1EBYA 3EKPA 4Y5GA 3KDDA 1D4HA 5I70A 4Y4EA 5P2UA 5IVTA 5C9DA 1FEJC 4CMSA 3WZ8A 5HD0A 1XE5A 1ZPAA 5ER1E 4QJAA 2PWCA 3NUOA 3VV8A 2IKOA 4H1EA 5DQ1A 5HDXA 1B11A 4EXHA 4RCDA 4AMTA 3LIQA 2VA6A 4PYVA 3O9BA 2OF0A 4H3IA 3PI0A 3NSHA 1AAQA 4JECA 5P1SA 5P00A 3GI6A 3PWMA 9HVPA 1A8KA 3BVBA 2P8HA 4Y54A 3AUPA 5P2SA 1D4LA 4LAPA 5P32A 3FKTA 4FRJA 5ENKA 4FS4A 3TH9A 4RGHA 1RQ9A 2AIDA 3OY4A 3VLAA 2PK6A 4YD3A 2ZHSA 1IZHA 3NWQA 5P2WA 3R4BA 1CMSA 2IENA 1SGZA 5P4TA 3DOXA 3K5DA 3T7QA 3VF7A 2G26A 3PLLA 4Y3GA 5OZXA 5P2KA 3H0BA 1HXWA 2B7FA 4DJVA 5P3QA 1K2CA 5KR1A 5P17A 5P5IA 4Y5LA 5P2BA 5P39A 1B6KA 1KJ7A 3O9CA 2QI3A 5P6LA 3OUAA 3OQ7A 4TVGA 4J0TA 1BIMA 3IXKA 1HTEA 3KA2A 4Z22A 5P3AA 5P1BA 2OHQA 2Z54A 1MRWA 2G1NA 3TPPA 1HSIA 1IDBA 3HAUA 5KQYA 3FNTA 5OZJA 1HEFE 4Y3PA 5P8SA 2PH8A 5P1DA 3OU3A 5OZ2A 2FMBA 2VJ9A 3CKPA 5P8HA 3PRSA 4J54A 3EL5A 2G94A 3I8WA 2NR6A 2AOEA 2F80A 4DQCA 1PSOE 5P1LA 1IVPA 4Y57A 4ZEAA 4GJBA 4I0ZA 2VIEA 4JPCA 4Y58A 3QVIA 4PHVA 5P04A 3CKTA 3OXXA 2AVQA 5P3VA 3UQRA 2UY0A 5HE5A 2IQGA 4YOAA 3VF3A 4Y4DA 5P46A 1NPAA 2AOIA 4RROA 3NYGA 4BELA 1YTHA 2A4FA 2WEBA 4Y3XA 5OZLA 1F34A 5SY2A 5P73A 5OZCA 4WTUA 3WSJA 3UDKA 4K8SA 5P2LA 5APRE 5P8TA 2ANLA 5P2YA 5P5DA 1FQ7A 2AVVA 3INHA 3MXDA 5P6XA 2QZLA 5P8LA 5OZPA 4APRE 1TSQA 5OZAA 3ZKGA 5P5AA 1FMXA 1FQXA 1EPPE 5P7YA 1IBQA 4B00A 2QI5A 5P4EA 2QK5A 5P5QA 5P5CA 2G69A 5OZUA 5SXNA 2RMPA 5P1ZA 5P4QA 3DM6A 1HPSA 3T11A 5P8QA 5P81A 2ZJKA 2RKGA 4BEKA 4KUPA 5P09A 3R0YA 4ZIPA 5P5YA 5P4VA 4NJTA 3HVGA 5OZIA 4YDFA 1K1UA 1HTFA 2QD7A 2QI6A 4CPTA 4EJKA 5IVRA 2FXDA 4CPXA 3VUCA 5P63A 5P5LA 3QS1A 5P57A 5P4ZA 2Q15A 1XS7D 4QLHA 5P07A 2NMZA 2BPXA 5P3TA 1BWBA 5P4CA 5I3WA 3GI0A 3HLOA 5P7MA 2VIZA 2A1EA 5P85A 1B5FB 4EP2A 4EJDA 1GKTA 5OZ4A 2B42A 3GGUA 5OYRA 4IVSA 3G70A 3PWRA 5OZ6A 1GNMA 3T6IA 1XL2A 3OGPA 1HVSA 3LZUA 1ZTZA 3FSMA 1HPXA 5P6TA 3K4VA 4MC2A 3EKXA 5P71A 4XKXA 4Y4BA 1QBRA 1WBKA 5P7LA 4KE0A 4Q5MA 3UCBA 3OGQA 1LYAB 4U7QA 4HA5A 1LF4A 1TCWA 5OZ9A 5P75A 2V10C 5P1CA 1ZAPA 4GJCA 3TOHA 4DJOA 3L3AA 3VV6A 5P2ZA 2RKFA 2VIYA 5P61A 3ZL7A 4FM6A 3GGXA 4COEA 5P66A 3NU4A 1IIQA 4Y9WA 4HVPA 2WL0A 1M4HA 1BV9A 4WY6A 3EMYA 3C9XA 5ENMA 1XN2A 5P4BA 3NDXA 2OHNA 3T7XA 2HB3A 2VNMA 1SBGA 1FQ5A 5P28A 1HVHA 3PSYA 4B1EA 1IZEA 5OYZA 3SA7A 2NNPA 5OZTA 3VSXA 4ZSQA 2O4KA 2P3CA 4CPSA 4RYGA 3I7EA 4Y6MA 5P7AA 5BWYA 1BILA 4Y5NA 1EPRE 2OHTA 3VYEA 5OZBA 3OHFA 3NDWA 5P7KA 1SDVA 3IA9A 4D89A 1Q9PA 1T7JA 3TKWA 5DR8A 2R5QA 3CIBA 1W5XA 2QNNA 4J0PA 2AOHA 2CEJA 1XN3A 1U8GA 2QU3A 3DCKA 1UH8A 4I0GA 5DGUA 3DJKA 2QD8A 2R9BA 5HDUA 3I25A 4GJAA 1A9MA 3MWSA 3GGVA 5P1TA 1MERA 4PPHA 4EXGA 3OAGB 2RENA 4I11A 1W51A 2P3BA 3R1GB 2BB9A 3TLHA 1OHRA 2I4VA 1BDQA 4ZPFA 5P64A 4ZE6A 5DQ2A 4DVFA 3PBZA 3VLBA 2BJUA 2ZJJA 5P35A 3U6AA 4ACUA 5P5PA 2AVMA 3OUDB 4B0QA 3HZCA 5OZYA 3B7VA 2APRA 5P3IA 2QZKA 3O9LA 5OZ1A 1EBWA 2Q5KA 4XX4A 5P3CA 4DJYA 5P6BA 4FRIA 2I4WA 5DQ5A 2ER7E 3D20A 2HAHA 3EL9A 4DQGA 3KFNA 4NJUA 3TOGA 4MC6A 2R5PA 5OZEA 5P67A 4JPEA 3HBOA 5P13A 4RVXA 1TZSA 2AQUA 2F3KA 4K4RA 3QP0A 5OZQA 4OD9A 2SAMA 3EM4A 1T3RA 5P38A 5IS4A 3D1YA 5OYTA 5P0LA 2QHZA 2WEDA 4B77A 5P12A 2QI0A 2FGVA 4FAEA 5P3FA 4ER2E 3D3TA 3AIDA 3HAWA 3SA6A 1A30A 3EKQA 5HU0A 2Q54A 4DJQA 3VEUA 3KN0A 3OUCA 5P2GA 5P4IA 5JODA 3PMYA 5P31A 3BUHA 5OZ3A 5P5ZA 2BPZA 3HD8A 4Z50A 1RNEA 5OZ7A 1KJ4A 5P0UA 2PSVA 3TPJA 3ZKQA 1G35A 3I2LA 4FSEA 5IVQA 5P4WA 4I8ZA 4B78A 2NPHA 5P06A 4YE3A 2R8NA 5P6QA 5P69A 5P6AA 4H3GA 4S1GA 4FCOA 3TTPA 5KR2A 5P1RA 3O9AA 1WBMA 5P4FA 4R95A 3OQFA 6FIVA 3SA4A 5P8JA 1FF0C 3ZLQA 3UF3A 5P6UA 3SM2A 3KMYA 1PFZA 4I8WA 1ZP8A 3ER5E 2CENA 5DR0A 2QNPA 3WB5A 2QI7A 3WB4A 1CZIE 1M43A 1PROA 5P8NA 3DUYA 3UDMA 4Z2ZA 3PM4A 2WEZA 4HLAA 2IDWA 3EKTA 5T4SA 5P0OA 3SFCA 4Y38A 3NU5A 2NXMA 4D8CA 1PPME 3PJ6A 3LNKA 5P0BA 5P4KA 5P3SA 1FB7A 2BPWA 4GZFA 5P2IA 2FIVA 4Q1NA 3JVWA 5P8VA 2B60A 4J1HA 3RTMA 2JE4A 5P4OA 2Q64A 3S7MA 1EBZA 2ZHVA 4Y39A 4BFBA 3IN3A 1W6HA 2G24A 5P22A 2NMYA 2IEOA 2AZBA 1FFFC 5EZXA 5P77A 5P8UA 4YD7A 3D91A 4L6BA 5P7JA 5AGZA 4DV9A 2FDPA 3OHHA 5P0TA 3LZSA 5P4JA 5P6NA 4TVHA 3UHLA 1BXOA 4KE1A 1AIDA 3GW5A 5P24A 3I6OA 3EM6A 5P0VA 1RL8A 3MXEA 4HDFA 4DPIA 5HDZA 2JJIA 4Y3SA 5P0PA 3FX5A 2G1OA 2VIJA 5P2OA 1HIIA 5P4DA 5P0HA 4CKUA 3PHVA 1YTJA 5P6WA 5P6SA 1SH9A 2JXRA 4I0JA 4GJ8A 5P3UA 5P65A 1QBUA 5JFUA 5P2QA 3QVCA 5P3DA 5P45A 5P7FA 4L1AA 2AZ9A 4QJ8A 4Y5CA 3LZYA 3BGBA 5P3WA 2VJ7A 5P70A 2B8LA 5P6JA 1SMRA 5OZ8A 1IDAA 5P7EA 4X7IA 1PPKE 3LIZA 3K1WA 3L58A 4FRKA 1OEWA 4Y45A 1GVUA 2XYEA 3GI5A 2NNKA 3EL1A 3CICA 2WECA 3O9FA 4EP3A 5P0FA 5P3GA 3SQFA 3QBFA 3Q6YA 2BQVA 5OYUA 4Y41A 5OZZA 4EHCA 2FDEA 5P5XA 2QMFA 5P7WA 3IAWA 5DR1A 1DAZC 1E5OE 3RU1A 5HE4A 5P1PA 1MT7A 1MESA 5P27A 5P2VA 3EL4A 1TW7A 5P3PA 5P2HA 2WF3A 1BAIA 3OU4A 3OADA 5P7DA 3PSUA 1GVWA 1VIJA 4CPUA 1HHPA 5P1KA 4J0VA 5P4PA 5KOQA 3L59A 1LV1A 5P54A 5P5UA 4Y3HA 2QNQA 5P6HA 3PLDA 4Q1YA 1BVEA 2V11C 3BXRA 3OTSA 4Y50A 4J1IA 4DJRA 5OYYA 3S56A 1SP5A 3OXWA 5TOLA 4R91A 1PSAA 5P6RA 3NDTA 5P3EA 5P82A 3ECGA 3SKFA 3UDNA 3PSGA 5P29A 3SAAA 3NXNA 3VV7A 5P8BA 2XFJA 4EQ0A 5P1MA 1AXAA 1YM2A 1ZSRA 5HU1A 2AOGA 4Y3EA 2O4LA 2J9JA 3K5CA 4Q1WA 3RTNA 2Q55A 3URJA 3SPKA 3O9DA 1SIPA 5P6EA 3ZOVA 1HRNA 5P0QA 1NPWA 2OHKA 1A94A 4HDPA 3T7PA 2B7ZA 4Y53A 5HTZA 3QIHA 4RLDA 4EYRA 2XFKA 4J0ZA 1HBVA 1T6EX 5P37A 4ER4E 3OU1B 1AJXA 4DQEA 3GI4A 4Y56A 4Y5AA 4B1CA 4Y3MA 4I12A 5P33A 5P23A 1Z1RA 4R92A 4RVIA 3QPJA 5P0SA 2I1AA 5P5NA 1AZ5A 1BV7A 1QBTA 1HTGA 4N00A 3PB5A 4R8YA 4H3FA 4DPFA 4GJ7A 1FQ6A 3LPKA 4IVTA 3VF5A 4U7VA 2AOFA 3NU9A 3EL0A 3KT2A 1RPIA 1UPJA 4NKKA 4RCFA 5COPA 4J0YA 1APUE 3GGAA 3CYXA 3BXSA 4F75A 4RZ1A 4YOBA 4OBJA 1KJGA 1EC1A 1WKRA 1LZQA 1HWRA 5P4SA 5P4MA 2ZDZA 1EPLE 5P8FA 2AVSA 5P3KA 3EC0A 1B6LA 3FIVA 1MPPA 5P8KA 1HOSA 4I0HA 2F3FA 4OC6A 2H6SA 3LPJA 3KFRA 3CIDA 4D88A 4J1KA 3L5BA 1LYBA 1ZBGA 2OHMA 5P7VA 2ASIA 4OBZA 1TSUA 5JFPA 5P3OA 4Y3AA 5P55A 1QBSA 3NR6A 4LXMA 5OZFA 5P1QA 5HCOA 3DV1A 5P5OA 2I0AA 5OZKA 5P59A 4L7GA 2AOJA 1QDMA 3ZPTA 2IGYA 5P3YA 5P1WA 2Q11A 5P6KA 4EPJA 2P3BB 3QN8A 4QJ6A 1LS5A 5P0ZA 5P7GA 4I10A 4OBGA 1T7KA 5P8GA 1LEEA 3HVPA 3BUGA 4LP9A 6APRE 3ZPUA 4Y4JA 2H6TA 1FIVA 3S45A 5P0RA 5OZGA 3R2FA 1ODXA 5P5SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1F A;  3K4V C;  2WKZ A;  5P8R A;  1W5W A;  4J1C A;  2VS2 A;  1AVF A;  3IVH A;  5P1Y A;  3O9H A;  3PCW A;  5P8M A;  1B5F A;  3PWW A;  2QI1 A;  2Q3K A;  2I0D A;  3LIT A;  3RSV A;  4H3J A;  5P7R A;  5P6M A;  1FFI C;  4EQJ A;  2WHH A;  5P18 A;  5P3J A;  4YBF A;  4MC1 A;  2ZHR A;  4K9H A;  2VNN A;  3WZ6 A;  1SDT A;  3PGI A;  3NDU A;  4Y37 A;  3ZKI A;  3QBH A;  5B18 A;  1FKN A;  2PSG A;  1LYA A;  3KMX A;  4B05 A;  4CPW A;  3KDC A;  1YG9 A;  2G27 A;  2IL2 A;  5P1V A;  3FV3 A;  1EC2 A;  5OZH A;  3UQW A;  1T7I A;  2PYN A;  4ZPE A;  1IZD A;  3TKG A;  3IN4 A;  3VFB A;  2BKT A;  2HC0 A;  3T3C A;  2F81 A;  5P4N A;  5CLM A;  5P7T A;  1K6C A;  3VYF A;  3EBZ A;  2VJ6 A;  1IZI A;  2G1S A;  1PPL E;  4YA8 A;  1HIV A;  1VIK A;  5P1H A;  5P8E A;  3OQA A;  1G2K A;  2WF4 A;  4HZT A;  1N49 A;  4FRS A;  4LHH A;  5HVP A;  5P6D A;  2QZW A;  1D4K A;  3MSL A;  2RSP A;  2ZJM A;  1SGU A;  3O99 A;  5AHB A;  3BVA A;  5AHA A;  4RVJ A;  1BBS A;  4LXK A;  1K1T A;  4NPU A;  3UDH A;  3WZ7 A;  5P60 A;  5ISK A;  3LZV A;  4L1A B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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