3BVAA

Cystal structure of hiv-1 active site mutant d25n and p2-nc analog inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease (Retropepsin)
publication title Effect of the Active Site D25N Mutation on the Structure, Stability, and Ligand Binding of the Mature HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bvaA00
2UXZA 2ZHTA 3D1ZA 3GI0A 2UY0A 1FGCC 1ZLFA 5P4JA 5P5PA 2J9JA 2RSPA 5P0RA 5P3SA 5OZJA 3BXRA 1D4SA 3QVIA 4Y41A 1K6PA 5P30A 2QI6A 2V0ZC 1MERA 2AZ8A 4Y4JA 2ZJLA 1MRXA 3BGCA 3LZVA 1FQ4A 2O4KA 4DQCA 5SY2A 3OXVA 1UH9A 2QCIA 3MWSA 4WY1A 3SA6A 4Y3HA 5P15A 1AIDA 3EM6A 2AOEA 4DPFA 3VLAA 3UPJA 3NUOA 4B70A 3PWMA 5P5MA 4OBZA 2H6TA 2JYSA 5P0OA 3VF5A 2HAHA 2QHCA 5P89A 3Q3TA 5HD0A 2QI1A 2VIYA 4J1KA 3OU1B 4A4QA 5P6QA 3EKPA 4CPTA 5P7OA 3PBDA 5OYQA 5P6ZA 2Q63A 3MXDA 3KFPA 1MSMA 2HIZA 4J1FA 5KOQA 4XXSA 3SM1A 5OZBA 5P07A 4Y3PA 4Y47A 5DR3A 2IQGA 4QLHA 5P5WA 1FLHA 2NMZA 2R3WA 5P6OA 1IBQA 5P41A 5P8FA 1HBVA 3T6IA 5P7WA 3ZPSA 3S2OA 1EPME 4J0PA 5P8CA 1VIKA 5OZTA 2F81A 4PPHA 1EPQE 1LYWB 3CYWA 2O40A 4RGHA 3WB5A 2NPHA 5OZ4A 2G1YA 2OF0A 2VIEA 1T7KA 2F80A 4LP9A 5OZ9A 4APRE 3DV1A 2P4JA 4DV9A 1SDVA 2QI7A 3NU5A 4Y3JA 4Y4AA 5P23A 3EM4A 3HW1A 5P0SA 5P88A 3S54A 3B7VA 2AZ9A 3QRSA 1ZPKA 3O9LB 1SP5A 3U6AA 4I8ZA 5P1NA 4R5NA 3ZPTA 5P0ZA 4E43A 4RYCA 1MTBA 4ZSRA 5P5TA 3U7SA 2FDEA 3RSXA 3LZUA 5P6HA 3VCMA 5P83A 3LIYA 5P6GA 3FIVA 1TCWA 5APRE 2R5QA 3ZOVA 4GJ8A 3GGAA 4AZYA 4Y44A 5P0CA 2ZHSA 5P5LA 5P2RA 4MC1A 5DGUA 2B8VA 5AHCA 4Y3TA 5OZQA 1GVUA 3PI0A 4FRKA 1SIPA 2BPVA 5P5NA 1B6PA 1AXAA 1LF3A 3KF0A 3VYEA 3ZKNA 4Y5BA 2IGXA 4RCDA 5P74A 4QJAA 4U7VA 3VF3A 5OZSA 5P2NA 3O9CA 5OYRA 4Y3LA 1KJHA 1HRNA 2Q11A 2VA6A 4GB2A 2R8NA 3HDKA 3ZKIA 5P7YA 1ZBGA 5DQ5A 5P8RA 2RKGA 4J17A 4Y4WA 1HEFE 2PQZA 1HTEA 4B0QA 3CKPA 5P5FA 5P43A 1K6VA 1XN3A 1HHPA 2ZGAA 2XYFA 5P2BA 4QGIA 4EPJA 3RU1A 5P1OA 4RLDA 5P84A 5P3UA 3O9DA 3G70A 1ZJ7A 5P5ZA 4GIDA 1HSGA 4L1AB 5P8JA 2VKMA 5P8KA 2AOIA 4TVGA 1SDUA 2QD7A 1TSQA 3ST5A 3NU3A 3OAGB 2ER0E 2HS2A 3UDPA 3OQDA 5P27A 2ZJIA 5P42A 1MT7A 4Y3EA 5P2KA 3OUDA 2G1SA 1QBTA 4PZXA 1QBUA 4J5JA 1K6TA 4YCKA 4EJLA 3NWXA 3ZKQA 1RL8A 1TCXA 3TOFA 5ENKA 1YT9A 3UHLA 3LIXA 4U8WA 3RTHA 5P0XA 4X2LA 4Y5KA 1T3RA 5OZIA 1A8KA 4DJYA 2Q54A 3JVYA 4K4PA 4EXGA 5P2HA 1W51A 5P3AA 1JLDA 2XFKA 3KFRA 5P0KA 1DP5A 3APPA 4GJCA 5P1XA 1W5VA 4GJDA 5AH9A 5OZEA 5P69A 5P2YA 3WZ6A 1NPWA 1K2BA 1RV7A 3NR6A 2VNMA 2FIVA 4Y6MA 4DJOA 1TQFA 5OYZA 4L7JA 1FEJC 3OUCA 3ZKXA 2PSUA 2UPJA 4EYRA 1U8GA 4Y5LA 4Y5PA 2WF4A 4I0GA 3CKTA 5OZNA 5SY3A 1FFIC 5P4TA 3C9XA 1HPSA 4EP2A 5P3MA 3GI6A 3OUAA 1Z1RA 4COEA 1EEDP 3T7PA 4OBDA 2APRA 4OBKA 2G69A 3BVAA 1EBZA 4HDPA 1YX9A 3KYRA 5P5UA 2RMPA 2A4FA 5OZ1A 3QAAA 4J1IA 4ER1E 1HVLA 2V16C 1BXOA 3OXXA 5P7SA 2OHLA 5P11A 2QZWA 3QN8A 5P04A 5P5OA 2PK5A 2IKUA 5JG1A 5P1VA 2WF1A 3A2OA 4GJ5A 5OZZA 5P17A 3KMXA 1WKRA 3M9FA 1YM2A 2NNPA 3ER5E 4I0FA 3S43B 2PWRA 3R1GB 2AVSA 1SBGA 4M8XA 5OZWA 5P8GA 2PH8A 3PWRA 2FXEA 5P05A 3PWWA 1HWRA 2V12C 5P6RA 2BBBA 1W6HA 2ZHUA 4CPSA 5DGWA 5P4ZA 2AQUA 2QI0A 2VNNA 1HXWA 1SMRA 2NR6A 4AA9A 4RVJA 5P01A 1MSNA 4Y38A 4I1CA 1RPIA 1EPRE 5P6XA 2FLEA 4Y5GA 4RCEA 4Y57A 5P8SA 2ZJMA 1LYAB 3VUCA 5PEPA 4MC6A 2FNTA 2VJ6A 2G1RA 4DJXA 3OXWA 5P0UA 1YTGA 4AUCA 1M0BA 4OBFA 3SKFA 5OZDA 2I4DA 4K9HA 4BFDA 4EJ8A 4GJ7A 5OYUA 4QJ2A 2AOHA 4YCTA 5HU0A 3OY4A 3UCBA 3DV5A 3SLZA 3O9BA 1DPJA 4YDGA 5P3CA 3BUGA 3VYFA 1ZSFA 3LZYA 5P8MA 4Y4UA 2CEMA 4ER2E 5P3YA 3O9FA 4OD9B 4D89A 5P25A 4NKKA 4GJAA 4DH6A 3S8IA 3EM3A 1K2CA 2PYMA 5P36A 3UDJA 5P4OA 3FX5A 5P7DA 4KUPA 3QIHA 2P3BB 1MTRA 5P26A 2R38A 3SA7A 4XKXA 5P51A 3FV3A 4Y5MA 1W5WA 3PLDA 1PFZA 5P64A 3NSHA 3PM4A 2AVQA 2BPZA 4H3FA 3AUPA 3FKTA 4FIVA 3PB5A 4HDBA 5P1BA 5P72A 5P7XA 4H3JA 3OTYA 5P2IA 3I7EA 4OC6A 5P1PA 4I0HA 3OU1A 1SH9A 2O4NA 3HD8A 3PI5A 4Y3NA 5P49A 2P3DA 4JOOA 5OZ2A 2QK5A 4FGXA 3D1XA 4FAFA 2IRZA 4HDFA 3KDBA 5P5SA 5P1SA 1OHRA 3K5FA 5P8PA 5OZKA 4LL3A 1W5YA 5P3IA 2FGUA 4FM7A 2PMAA 5HDVA 5P8EA 2CENA 1KJ7A 5TOLA 4Q1XA 1T7JA 5OZVA 1SGUA 3TNEA 1HVSA 5P3GA 2P3CA 4I0DA 4DPIA 1OEXA 1LYBB 3URIA 1WBKA 1LYWA 4F73A 1BV7A 3OWNA 4YA8A 3EL9A 4RVIA 3JW2A 5OZOA 1DAZC 1XS7D 2NMYA 1QDMA 1LS5A 1APUE 4Y5CA 3UFLA 1B5FB 2IEOA 4Y58A 1HVRA 4QJ9A 1BVEA 3GGUA 5P4DA 5P4WA 4DFGA 3WB4A 4IVSA 3CIBA 3FNSA 2QU3A 3UQWA 4BELA 4TRWA 2VA7A 5COPA 3I8WA 1OD1A 4YCYA 2P8HA 2PC0A 4MC2A 1F7AA 5OYSA 5P3FA 2I1AA 3BHEA 3BUFA 1IZIA 4CPQA 3EMYA 1BXQA 5P2OA 4BEKA 4CPUA 1DIFA 5EZZA 3UQRA 5P7BA 2OHMA 5P5EA 2IGYA 4Y54A 3MSLA 5P1KA 5P85A 3CKRA 5P7HA 4OBGA 4H1EA 4J0TA 3RTMA 2XFIA 5P7VA 5P82A 2WEAA 1VIJA 4FRJA 4Y4GA 3INEA 2JJJA 3H5BA 2WEZA 1YTJA 3O9HA 1FG6C 4Y43A 5P2VA 4R92A 5IVTA 3BVBA 3UDNA 3VV7A 1G35A 5KQFA 2V10C 5P1EA 4ZLSA 4Y3AA 3EKWA 5P20A 3PCZA 5KAOA 5JFPA 4LXMA 5OZGA 4HZTA 3L5BA 3OOZA 1D4HA 5P7EA 3S45A 3SA3A 4TVHA 5P0BA 5P76A 1D4IA 2G1NA 5P5VA 4PHVA 2ZHVA 4HLAA 5P3VA 3IN3A 3OU4A 4Y4TA 3LPIA 4Y45A 5P2XA 3EKVA 4UPJA 2QI4A 3HLOA 3AIDA 3QPJA 3G72A 3T11A 5P7JA 4RRNA 3IGBA 5C9BA 5DQ2A 1EAGA 1MVPA 2Q15A 4YD5A 4I12A 4L1AA 4Y39A 4FE6A 2PK6A 5P2SA 2Q55A 5OZ0A 7UPJA 1GNOA 5P4NA 3KA2A 5P4AA 2SAMA 2ZJKA 3TPRA 4NJSA 4Y51A 5I3XA 1GVWA 3UF3A 5P6YA 5P1LA 1ODYA 5OYTA 4Y53A 5P3KA 3CICA 4CMSA 4AA8A 5P70A 3VV8A 4Q1YA 1HTRB 5P81A 1TZSA 5P0AA 1ZTZA 1APVE 4Y3SA 4DI2A 5P4IA 3VFAA 5P8IA 1KJFA 5OZ8A 5KQZA 1F34A 7HVPA 2O4LA 1BDLA 2PH6A 5I3WA 2G94A 1FKNA 1ZSRA 4K8SA 2O4SA 3HVPA 5P4SA 5P8OA 4Y56A 4EP3A 5OYWA 2FMBA 4R95A 1KJGA 2JE4A 1N49A 4JECA 4NPUA 5ER1E 4YHQA 3K1WA 3KM4A 5P8AA 3U71A 3LPKA 4FM8A 5P7TA 2QMGA 2FS4A 3UQUA 4J1HA 2ZJNA 4J1EA 5HE5A 1NPVA 3LIZA 3QP0A 2AOCA 3L3AA 5P6TA 4DJUA 5P2EA 5KR2A 2Q3KA 2WJOA 5DQ4A 1EC2A 2VIJA 3ECGA 4Z2ZA 4ZPFA 1C6YA 1B6JA 5P4GA 4PYVA 3NWQA 3OQ7A 3GI4A 4JPEA 5DPZA 5P4HA 3O9AA 5P58A 2OHTA 2ER9E 5P31A 4Y35A 1E80E 5T4SA 4Y3MA 1SIVA 1HIIA 3GGXA 1KJ4A 4YOBA 1PPLE 4U7QA 5P8DA 4Y3FA 4Y5AA 1KZKA 5BWYA 4XX3A 5C9FA 4Y3DA 2ER7E 3NYGA 5P3QA 3ZKMA 1PPME 5P5QA 1ME6A 5P2GA 4Q5MA 5P5IA 3I25A 3DCKA 3PMUA 5P66A 3ER3E 2AZCA 2V00A 5P7GA 4I0JA 1A94A 5KR8A 5OZFA 1FQ5A 5P7IA 1WBMA 3UFNA 1EPLE 5P3ZA 3T7QA 3EL4A 3LPJA 2OHPA 2AOFA 3CMSA 3D91A 2G21A 3HAWA 2HB2A 3PVKA 4R93A 3EL5A 1D4YA 2F3FA 3KFSA 2OAHA 2AODA 1RQ9A 2BKTA 5DR7A 4LBTA 3APRE 5OZRA 2QMPA 4Y4BA 5P60A 5P0VA 4ZPGA 3UDKA 1HPXA 2CEJA 2FXDA 5JODA 1BWBA 5P86A 4PZWA 3BUHA 4J0YA 2R3TA 3SKGA 2G22A 5HE7A 2BJUA 2ZDZA 1FIVA 2P3BA 3CYXA 5P5BA 3R4BA 1APWE 5P3EA 1M43A 2VJ7A 1EBYA 5P34A 5P7RA 5HVPA 5P77A 1AAQA 5P4XA 4Y3RA 3VF7A 1META 3IAWA 1B11A 3GGVA 5P7LA 2AZBA 1FF0C 4FS4A 1HTGA 2P3AA 5HTZA 3OHHA 5COOA 3NUJA 5P7CA 4J0ZA 5P08A 4DQGA 2AIDA 1HIHA 5P87A 5CONA 3SA5A 3WZ8A 1PPKE 4Y3GA 4NPTA 5P18A 5DR1A 5EZXA 1AVFA 4IVTA 5KQYA 1XN2A 2IDWA 3SA4A 1A8GA 4L7HA 4CPWA 5IVSA 3PLLA 2WF3A 5P0FA 2RENA 5P3TA 3G6ZA 1AJXA 1RNEA 5P55A 5P2DA 1LF2A 4EJDA 5P1WA 5P0YA 2I4QA 1HPVA 1AZ5A 5P1HA 5J25A 2OHQA 2IS0A 4D85A 5P4KA 5P1AA 2QMDA 3INHA 2QD6A 5P46A 4Y3WA 4ZSPA 4HA5A 5P4BA 3Q70A 2WF0A 5IVQA 5P6FA 3OADB 3IXKA 2R5PA 5P00A 4A6CA 1BDRA 1B5FA 5P3HA 2FNSA 5P7UA 5P71A 2AVMA 3S56A 3KMYA 4NJUA 2VJ9A 5P29A 5OZ5A 4Y3ZA 3BGBA 3FNTA 3NU6A 4FRIA 6UPJA 3D1YA 5OZ7A 1C70A 5P32A 5P0WA 5P4EA 4X7IA 3KFNA 4L6BA 5DR4A 3TOGA 5P5YA 3RVIA 5P47A 5P2LA 5P52A 2B7FA 1FQ7A 5P09A 3UDYA 2WHHA 2QI5A 5OZPA 5P7ZA 4B77A 5P2UA 2I0AA 5OZ6A 5P59A 1EPNE 1B6MA 2ASIA 5P6DA 4J54A 4TRZA 4B1CA 5P7QA 5P2JA 5P03A 3TL9A 2OHSA 1EPPE 2I4WA 5P2MA 2NXLA 1FFFC 5FIVA 4APEA 5P6KA 1BAIA 4Y4DA 3SFCA 5AH6A 4YBIA 2WKZA 2EWYA 4DJRA 3ZL7A 1E5OE 5P5DA 4YD6A 5P4YA 2FGVA 3S7MA 1SGZA 3OHFA 4HE9A 5P57A 4D8CA 3ZMGA 1LF4A 5I70A 4F74A 5KR0A 3OQKA 3TOHA 2AVVA 5OYVA 4B00A 1EC1A 3R0WA 3FNUA 6FIVA 1YTHA 3TLHA 1D4JA 2WF2A 3HBOA 1E82E 4DQBA 3Q4BA 5P4UA 3VG1A 4EQ0A 5P63A 4YD4A 8HVPA 1MIQA 5SXNA 3PSUA 4Y5EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2UXZ A;  2ZHT A;  3D1Z A;  3GI0 A;  2UY0 A;  1FGC C;  1ZLF A;  5P4J A;  5P5P A;  2J9J A;  2RSP A;  5P0R A;  5P3S A;  5OZJ A;  3BXR A;  1D4S A;  3QVI A;  4Y41 A;  1K6P A;  5P30 A;  2QI6 A;  2V0Z C;  1MER A;  2AZ8 A;  4Y4J A;  2ZJL A;  1MRX A;  3BGC A;  3LZV A;  1FQ4 A;  2O4K A;  4DQC A;  5SY2 A;  3OXV A;  1UH9 A;  2QCI A;  3MWS A;  4WY1 A;  3SA6 A;  4Y3H A;  5P15 A;  1AID A;  3EM6 A;  2AOE A;  4DPF A;  3VLA A;  3UPJ A;  3NUO A;  4B70 A;  3PWM A;  5P5M A;  4OBZ A;  2H6T A;  2JYS A;  5P0O A;  3VF5 A;  2HAH A;  2QHC A;  5P89 A;  3Q3T A;  5HD0 A;  2QI1 A;  2VIY A;  4J1K A;  3OU1 B;  4A4Q A;  5P6Q A;  3EKP A;  4CPT A;  5P7O A;  3PBD A;  5OYQ A;  5P6Z A;  2Q63 A;  3MXD A;  3KFP A;  1MSM A;  2HIZ A;  4J1F A;  5KOQ A;  4XXS A;  3SM1 A;  5OZB A;  5P07 A;  4Y3P A;  4Y47 A;  5DR3 A;  2IQG A;  4QLH A;  5P5W A;  1FLH A;  2NMZ A;  2R3W A;  5P6O A;  1IBQ A;  5P41 A;  5P8F A;  1HBV A;  3T6I A;  5P7W A;  3ZPS A;  3S2O A;  1EPM E;  4J0P A;  5P8C A;  1VIK A;  5OZT A;  2F81 A;  4PPH A;  1EPQ E;  1LYW B;  3CYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4MC9 A;  2NNK A;  1FMB A;  3L5E A;  3SM2 A;  3NXE A;  5P3X A;  4D88 A;  2Z54 A;  5IS4 A;  5KOS A;  5OZC A;  1IDA A;  3PSG A;  5P7P A;  5P5R A;  4WTU A;  5P56 A;  3DUY A;  4LXK A;  2QZX A;  2QNQ A;  3L5D A;  5P7F A;  1A9M A;  3VEU A;  3R2F A;  4KE1 A;  3H0B A;  3T3C A;  1FQ6 A;  1PSA A;  1YG9 A;  3PSY A;  1HIV A;  5P35 A;  3DK1 A;  4FLG A;  5P79 A;  2HS1 A;  5ISK A;  1QBR A;  1AM5 A;  4CP7 A;  1IZH A;  3LNK A;  5OZX A;  3SAB A;  3OGP A;  1YM4 A;  2ANL A;  3KDC A;  1C6X A;  5OYX A;  1MT9 A;  3O9E A;  1CPI A;  2ER6 E;  5HE4 A;  1B6L A;  5ER2 E;  4Q1N A;  3URL A;  4B1D A;  3QRO A;  5I3V A;  5P1G A;  5P3D A;  4ER4 E;  4F76 A;  2QZK A;  1HOS A;  5HCT A;  1MRW A;  3T7X A;  1W50 A;  3PBZ A;  3SAC A;  3VV6 A;  2AOG A;  5B18 A;  1T6G A;  1LYB A;  5UPJ A;  4YD7 A;  5P6V A;  3K5D A;  1MUI A;  3UTL A;  4M8Y A;  3QI1 A;  4Y3X A;  3L38 A;  3OUD B;  4LXA A;  3O99 A;  4RVX A;  4LC7 A;  5P1C A;  4QJ6 A;  5P0N A;  2QMF A;  3DJK A;  4XX4 A;  4FAE A;  1NSO A;  3PRS A;  1IZD A;  1HVC A;  4Y37 A;  3Q5H A;  2IL2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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