3BXRA

Crystal structures of highly constrained substrate and hydrolysis products bound to hiv-1 protease. implications for catalytic mechanism
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structures of Highly Constrained Substrate and Hydrolysis Products Bound to HIV-1 Protease. Implications for the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bxrA00
4U8WA 5OZ5A 4B05A 5P7FA 3PLLA 3TL9A 2BKSA 2QZWA 2R5PA 4LL3A 5P50A 1B6LA 4Y3XA 3LIVA 2V00A 1MERA 5P0IA 4AUCA 3KMYA 1EC0A 3HDKA 3MXDA 4Y3AA 5P8TA 2RMPA 5P5JA 2ZJLA 3ZLQA 1Q9PA 2I4XA 2QNQA 5P8NA 4Y5CA 3O9HA 5P0XA 1LYBB 4PHVA 4HDFA 2JXRA 4DQCA 3L3AA 5P5ZA 3T6IA 1E80E 5P2CA 5P75A 4Y57A 5P5EA 5OZ7A 5P4MA 4I0GA 3R0WA 3SM1A 2QI6A 2G26A 2P3DA 1OEXA 4ZEAA 5AGZA 3MWSA 5DR8A 5P8OA 2WHHA 5P6KA 4LHHA 5P4KA 2CENA 3O9LA 2OHRA 5P7CA 4D8CA 5BS4A 5DQ1A 5P38A 2QHCA 6APRE 2MIPA 5P6GA 1HIVA 5P42A 2G21A 2PWRA 4Y3EA 5P6EA 3AIDA 4GJCA 2QMPA 1KJ7A 4R8YA 2QMFA 1HEGE 4CPSA 5AHAA 5P36A 1ZPAA 1HTEA 3OU1A 4Y5BA 5IVQA 1WKRA 2HC0A 3K4VC 1EPPE 4DJUA 4NJUA 1WBKA 4Y3LA 4Y4WA 5P5IA 5DQ5A 2J9JA 3LZSA 5P44A 1VIKA 4ZPGA 2ZHRA 3TNEA 1MIQA 5P4OA 5P8PA 3UFLA 4RCFA 5P5AA 3IGBA 5P22A 5OZHA 2Q5KA 5P8IA 2BBBA 4FAEA 3NU9A 8HVPA 1QBRA 1W5XA 2P3BA 1IIQA 4QJ6A 1GVUA 4ZSQA 1T7KA 3GI4A 1NH0A 3OGQA 2QD6A 3C9XA 4I0ZA 5P2LA 2ZJHA 1BWBA 2HS2A 3LZUA 4WTUA 3SAAA 5P8SA 4FRIA 2G69A 2VIJA 3QP0A 2Q63A 3OQ7A 5P4PA 1TZSA 3RVIA 3CIDA 5ENMA 3ZPUA 4RYGA 1META 4B1EA 1W51A 2BKTA 5P0HA 5P54A 3D1ZA 4EQ0A 2ZHSA 2ER7E 2UY0A 3UDKA 2NMZA 3A2OA 4S1GA 5P0BA 5P8JA 2QMDA 3KFPA 5OYTA 3SA9A 3ER5E 5P2FA 2VJ7A 3DCKA 4OBKA 5P3VA 3VSXA 4Y4UA 1GNNA 5HDUA 1YTHA 1BVGA 5JFUA 4Y3MA 2PMAA 5P86A 4L1AA 5HDZA 5OZ6A 5P3BA 3SA4A 4FRJA 1CPIA 1F7AA 5P8BA 5P4BA 3ZPTA 1B11A 4B77A 5P09A 2IDWA 4DI2A 3UF3A 5BWYA 4Y45A 3SM2A 1BV9A 3GW5A 4RRSA 3B7VA 4J1FA 5P10A 4B72A 3OU4A 5P68A 5DGWA 1YTIA 1Z1RA 1XDHA 5P30A 4HE9A 4LXMA 3FNTA 4FM8A 1M43A 5F01A 5I70A 4RVXA 5P4UA 4HEGA 4PPHA 4I0FA 3SQFA 4QJAA 1MUIA 3HW1A 3UQUA 2BB9A 5P17A 3D1XA 5P2ZA 5OYZA 3S45A 4B1DA 4ZSPA 5OZ0A 5OZSA 1FKNA 2WEBA 5P3CA 2AZ8A 2BPXA 4I0JA 5P3WA 1BIMA 3L59A 4DJWA 3VCMA 1HEFE 2R5QA 2HB4A 4OBJA 4ZE6A 3I7EA 2OHSA 2Q3KA 4DJRA 5HE7A 2V11C 3B80A 3HAUA 3KA2A 1D4HA 4Y4ZA 2V0ZC 2F3KA 5P56A 1GNMA 1MTBA 2Q15A 2QK5A 4I12A 1EC1A 1HSHA 4FM7A 4CPRA 1BXQA 4B70A 4Y3SA 5P25A 4Y3GA 2VIEA 3NDTA 2FLEA 5COKA 5P71A 1QBTA 3S56A 5P0TA 4J1HA 5P2HA 1K6CA 3UDNA 4PYVA 3EBZA 3L5FA 5P13A 2OHKA 1KJHA 2R3WA 5P7DA 2NXMA 2VA6A 5P1DA 3EXOA 2B7FA 3SO9A 4XKXA 3NU5A 3RTMA 5P1MA 1FFFC 5AH9A 5P5QA 5P02A 1TCWA 5AH8A 5P0GA 3RSXA 1XE5A 4ER4E 1FMXA 5P5SA 1FQXA 2O4KA 4K8SA 4WY1A 1J71A 2QCIA 4Y6MA 5KOSA 5SZ9A 4APEA 3OQKA 3JVYA 5P4WA 1XE6A 2FMBA 5P0DA 4H3JA 5P5CA 3D3TA 3QRMA 4Y53A 3F9QA 3IVIA 2R43A 5I3VA 5P1UA 4EP3A 2QNPA 3CKTA 3PLDA 4GJDA 2AIDA 3O9IA 1K1TA 5P1ZA 5KQFA 3O9EA 3QIHA 5P64A 3HBOA 4GIDA 4RZ1A 3BHEA 4JPEA 1U8GA 3TOGA 1GNOA 1ODYA 2NR6A 1OHRA 5P6JA 5P88A 3SFCA 3MSJA 1EBWA 3BXSA 3LIZA 2QZXA 5F00A 3URLA 3BUFA 5ER2E 2O4PA 1SIPA 4YE3A 3KM4A 1EBYA 2SAMA 5P7ZA 5P48A 3BVAA 1FIVA 4Y44A 1ZSRA 4YOAA 1EPNE 3KMXA 2PK6A 2PSUA 5DR1A 3NUJA 1MVPA 1HIHA 5P59A 4DJQA 5KR1A 5P4ZA 3UDJA 2OHLA 2ER6E 2FDPA 1EEDP 4F75A 7UPJA 2QZLA 2VA5A 4D85A 3NU4A 4GJ9A 4NKKA 2UPJA 4H3IA 4R93A 4TVHA 3Q6YA 5P33A 4DJYA 5P0OA 5P0CA 5HTZA 1MRWA 3WSJA 1RV7A 5HDXA 3FSMA 5DPZA 4Y36A 5AH7A 2HAHA 1BDRA 4FE6A 4YCYA 2XYEA 3VFBA 5P5FA 5SY3A 3EM3A 2QMGA 3TPPA 2O4SA 3O9BA 5P4JA 5P43A 3VSWA 5P7SA 1BWAA 4EHCA 4NJTA 1AM5A 5P1YA 3K1WA 3KFSA 4YA8A 2V16C 5SXNA 2F80A 5P2WA 3EC0A 4Y3RA 5P8MA 2PC0A 5DR0A 4FGXA 5P06A 2WF0A 1FQ5A 5P3KA 1ENTE 3LIXA 4FRSA 1VIJA 1SP5A 3PJ6A 4RVIA 5DR7A 5P7NA 3PSGA 2Z54A 3ZL7A 3DK1A 5P7PA 5KOQA 2R38A 5P0UA 3PBDA 4J0VA 1APWE 2QI1A 4K4PA 5P0PA 1FB7A 1G2KA 3LPJA 1FEJC 5P5YA 3SKFA 2B42A 3NXEA 1LYAA 4OBGA 5P81A 1E5OE 3K5CA 2VJ9A 4Y41A 3QRSA 2A4FA 4CMSA 2FDEA 2XYFA 4NPUA 1B5FA 4I1CA 4OBZA 4Y35A 1FG6C 1EC2A 4NJVA 1A8KA 5P1RA 3K5DA 5P1XA 3U71A 5KQZA 1ZTZA 3BUHA 4YHQA 5P39A 4GZFA 3D91A 4Y5KA 3NDUA 4EJKA 4DQHA 2ZJMA 1HPVA 1E81E 1LEEA 3OUCA 3LHGA 5P8VA 5P6YA 5P11A 1TSQA 3CMSA 4DQFA 1NPAA 4XX3A 5P1QA 2PYMA 2WF3A 4FS4A 2I4VA 3SA8A 3R4BA 3QRVA 5P2QA 3CYXA 1CMSA 1EAGA 3QVCA 5P3EA 3I6OA 1QBUA 2QU2A 2H6TA 1UH8A 3TOHA 5OYWA 3O9CA 3CIBA 4L7JA 1K6PA 5P27A 3HVPA 5P51A 3O9FA 5P1TA 5P6RA 1OD1A 4YD6A 3NR6A 3UTLA 1BDLA 4DJPA 5P0NA 2VNMA 4Y4EA 7HVPA 4Y3FA 5P5VA 2P3BB 4FIVA 2WF1A 3L5BA 4J54A 3UQPA 1HPXA 5P67A 2XFJA 1SGZA 2XFIA 4JOOA 4D88A 4AZYA 4CP7A 4M8YA 3EMYA 4RLDA 3IAWA 4Y3WA 2RKGA 3UFNA 3D20A 1BXOA 4A6BA 1ZLFA 3ZKQA 1IZDA 4Q1NA 3T7PA 4RVJA 1HVIA 5P2EA 4RCEA 5P2YA 1JLDA 5P3JA 1HVSA 2FS4A 2PH8A 3I2LA 3WB4A 1ZBGA 3DV1A 4LAPA 2AVVA 3OTSA 5OZRA 2WEDA 5P6WA 5P8UA 3IXKA 1IZIA 4YDFA 2G1YA 4L1AB 3WZ6A 2AVMA 1G0VA 3VLBA 4BELA 5OZ2A 4ACXA 2G1NA 4HVPA 4APRE 5HE4A 3LIQA 5P70A 5P6HA 2AZBA 2QP8A 1LF2A 4MC6A 2AVSA 3L5DA 4H3GA 5E5JA 5OZLA 5C9DA 3VYEA 2OHMA 5P7JA 4E43A 3OU4B 5P14A 1DW6C 2G94A 5P1IA 5P6QA 2P4JA 5P3SA 5P1CA 2IKOA 1PSNA 3BUGA 2ZGAA 4COEA 1PSAA 1EPME 3DOXA 3BGCA 3VV7A 3VYFA 2PH6A 4LXKA 2ZHVA 5P7OA 3GI6A 4B00A 2P3AA 5OZ3A 1RL8A 5OZKA 4Y58A 1NPWA 3KDDA 4Y5AA 5UPJA 5P5PA 5P5KA 1PROA 1MPPA 1LYWA 3UCBA 1YT9A 3FIVA 4NJSA 5P19A 5P4RA 5P37A 1FQ6A 5P4EA 2VNNA 4DJOA 4F76A 2V10C 3IVHA 4YD7A 5P6UA 3G72A 1MT7A 3KT5A 2O4NA 2VJ6A 3SACA 1FQ8A 5ER1E 2IRZA 2QAKA 3T7XA 5P7UA 4F74A 1HVLA 3U6AA 1QDMA 3APPA 1YM2A 3CKRA 3URJA 4YD5A 5P5OA 5P3NA 1WBMA 5HCTA 4ZIPA 1EBZA 4I8ZA 1AJXA 5P79A 5P8LA 5P7AA 3S2OA 5P5DA 4FM6A 4N00A 2QD7A 5P3TA 2HS1A 2HB2A 4HDBA 1FMUA 5HCOA 2ZJJA 3PI5A 5P18A 4EJLA 3JW2A 2ER0E 5P5LA 1KZKA 3Q5HA 3GI0A 5OZPA 4DUSA 4DFGA 1SDTA 2PWCA 1W50A 5P5MA 4DVFA 2G27A 5P35A 2IL2A 2FXDA 3OK9A 2I1AA 1HTGA 3LZYA 3VUCA 3S54A 4K4QA 5P1SA 2QNNA 1D4JA 3PCZA 1FF0C 1DP5A 5P82A 3K4VA 4NPTA 5P45A 3PI0A 3ZKIA 5P4YA 4LP9A 5P7LA 3OGPA 2BPZA 2Q11A 4GMIA 2QZKA 1EPRE 2QI0A 1YG9A 1B6MA 5P6TA 5P8CA 3ZKSA 3OHFA 1PFZA 5OZGA 5P8KA 2B8VA 3FKTA 2JJJA 4Y56A 1APUE 5P1FA 1NPVA 4ACUA 4BEKA 1C6YA 3Q3TA 4B1CA 2QI7A 5TOLA 4Y3JA 4I10A 1XL5A 3VV8A 4DPFA 3SA7A 1IDAA 1QBSA 5P0SA 1UH9A 4DJXA 4CPQA 1UH7A 4XX4A 5KR0A 2IGXA 2PSVA 3ZKNA 5P8HA 4OC6A 3R0YA 5P77A 1M0BA 3VYDA 2PQZA 3UHLA 3EM4A 1DAZC 3WB5A 3PM4A 5P4HA 3WZ7A 4MC1A 1T3RA 5P49A 1QRPE 5P3ZA 5P04A 2FGVA 2VIYA 5P34A 5P4GA 3QBHA 4YCKA 3KYRA 1ZSFA 4DPIA 4HZTA 2F81A 3TOFA 1A9MA 5OZBA 1D4IA 5P4IA 3WZ8A 1YM4A 5P4AA 3S43B 5I3WA 1LV1A 5HE5A 1SBGA 5OZ1A 2PK5A 2I0DA 4K9HA 1PSOE 4FRKA 1T7JA 2P83A 2IKUA 1IVQA 4WY6A 1MT8A 5P4CA 4TVGA 4ZPEA 2OHTA 1YX9A 4Y9WA 3PMUA 3VEUA 2BJUA 4ZSMA 4L6BA 2WECA 1Z1HA 3EL0A 5P1HA 5P29A 1B6PA 3OUDA 3T3CA 5P4QA 3H0BA 3Q4BA 3ZOVA 3TKGA 3SKGA 3NUOA 5HU0A 1IDBA 5P2AA 5P8AA 4Q5MA 2B7ZA 6FIVA 1HIIA 5P5RA 5AHCA 1A94A 5OZOA 4TRWA 1EPQE 1W6HA 2QI4A 4Y50A 1M4HA 1LF4A 3S7LA 1LYAB 3OTYA 4Y4TA 3TLHA 2JJIA 1HVHA 4L7GA 1HHPA 3LITA 5P6CA 3HVGA 5P0AA 4X7IA 1B5FB 4EYRA 4OBZB 1DIFA 5P0EA 2AZCA 3EM6A 2ZE1A 1HSIA 4X2LA 3BC4A 1EBKC 4DJVA 1N49A 1OEWA 3GGVA 5P6NA 3TH9A 5P8GA 5P23A 1B6KA 4JP9A 3VF5A 3H5BA 5P74A 3EKPA 3DJKA 5P0ZA 1AZ5A 4YOBA 1NSOA 2G1RA 3IXOA 3CKPA 5EZZA 1B6JA 1D4YA 3S43A 2AOHA 5KAOA 2ASIA 1EC3A 4JECA 5P1VA 5P89A 2ER9E 3ZMGA 4AA9A 5P2BA 4J55A 4Y3DA 5P2TA 3GI5A 3OQAA 1LS5A 5P3PA 2G1OA 5T4SA 4J0ZA 5OYRA 2OHQA 1Z8CA 5P5NA 3QVIA 3DV5A 3VF3A 4JPCA 3TPJA 5P4XA 2VS2A 2P3CA 1TW7A 3SPKA 1ER8E 3S53A 5P4TA 4Y47A 3NU6A 2Z4OA 3QN8A 2B8LA 3PWRA 2HPFA 4B0QA 4OD9A 3KN0A 1QS8A 4J0PA 5OYYA 3OY4A 1HVKA 3SA5A 5PEPA 2WJOA 3VV6A 4RCDA 2I0AA 3KT2A 4FSEA 4GB2A 3QROA 5OYQA 4DQBA 4Y51A 3TTPA 5P16A 3LPIA 3K5FA 3OOZA 3NU3A 1AIDA 3IXJA 5P7IA 3INHA 1G35A 5P6LA 5AHBA 2NXLA 4GJAA 1EPLE 1RPIA 5P65A 2O40A 3NWXA 5P0JA 5P7MA 3S7MA 5KR8A 2R8NA 4MC2A 5P4VA 3VLAA 3FV3A 5P3GA 1BV7A 5HDVA 5P3AA 1IVPA 1CZIE 5P58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U8W A;  5OZ5 A;  4B05 A;  5P7F A;  3PLL A;  3TL9 A;  2BKS A;  2QZW A;  2R5P A;  4LL3 A;  5P50 A;  1B6L A;  4Y3X A;  3LIV A;  2V00 A;  1MER A;  5P0I A;  4AUC A;  3KMY A;  1EC0 A;  3HDK A;  3MXD A;  4Y3A A;  5P8T A;  2RMP A;  5P5J A;  2ZJL A;  3ZLQ A;  1Q9P A;  2I4X A;  2QNQ A;  5P8N A;  4Y5C A;  3O9H A;  5P0X A;  1LYB B;  4PHV A;  4HDF A;  2JXR A;  4DQC A;  3L3A A;  5P5Z A;  3T6I A;  1E80 E;  5P2C A;  5P75 A;  4Y57 A;  5P5E A;  5OZ7 A;  5P4M A;  4I0G A;  3R0W A;  3SM1 A;  2QI6 A;  2G26 A;  2P3D A;  1OEX A;  4ZEA A;  5AGZ A;  3MWS A;  5DR8 A;  5P8O A;  2WHH A;  5P6K A;  4LHH A;  5P4K A;  2CEN A;  3O9L A;  2OHR A;  5P7C A;  4D8C A;  5BS4 A;  5DQ1 A;  5P38 A;  2QHC A;  6APR E;  2MIP A;  5P6G A;  1HIV A;  5P42 A;  2G21 A;  2PWR A;  4Y3E A;  5P6E A;  3AID A;  4GJC A;  2QMP A;  1KJ7 A;  4R8Y A;  2QMF A;  1HEG E;  4CPS A;  5AHA A;  5P36 A;  1ZPA A;  1HTE A;  3OU1 A;  4Y5B A;  5IVQ A;  1WKR A;  2HC0 A;  3K4V C;  1EPP E;  4DJU A;  4NJU A;  1WBK A;  4Y3L A;  4Y4W A;  5P5I A;  5DQ5 A;  2J9J A;  3LZS A;  5P44 A;  1VIK A;  4ZPG A;  2ZHR A;  3TNE A;  1MIQ A;  5P4O A;  5P8P A;  3UFL A;  4RCF A;  5P5A A;  3IGB A;  5P22 A;  5OZH A;  2Q5K A;  5P8I A;  2BBB A;  4FAE A;  3NU9 A;  8HVP A;  1QBR A;  1W5X A;  2P3B A;  1IIQ A;  4QJ6 A;  1GVU A;  4ZSQ A;  1T7K A;  3GI4 A;  1NH0 A;  3OGQ A;  2QD6 A;  3C9X A;  4I0Z A;  5P2L A;  2ZJH A;  1BWB A;  2HS2 A;  3LZU A;  4WTU A;  3SAA A;  5P8S A;  4FRI A;  2G69 A;  2VIJ A;  3QP0 A;  2Q63 A;  3OQ7 A;  5P4P A;  1TZS A;  3RVI A;  3CID A;  5ENM A;  3ZPU A;  4RYG A;  1MET A;  4B1E A;  1W51 A;  2BKT A;  5P0H A;  5P54 A;  3D1Z A;  4EQ0 A;  2ZHS A;  2ER7 E;  2UY0 A;  3UDK A;  2NMZ A;  3A2O A;  4S1G A;  5P0B A;  5P8J A;  2QMD A;  3KFP A;  5OYT A;  3SA9 A;  3ER5 E;  5P2F A;  2VJ7 A;  3DCK A;  4OBK A;  5P3V A;  3VSX A;  4Y4U A;  1GNN A;  5HDU A;  1YTH A;  1BVG A;  5JFU A;  4Y3M A;  2PMA A;  5P86 A;  4L1A A;  5HDZ A;  5OZ6 A;  5P3B A;  3SA4 A;  4FRJ A;  1CPI A;  1F7A A;  5P8B A;  5P4B A;  3ZPT A;  1B11 A;  4B77 A;  5P09 A;  2IDW A;  4DI2 A;  3UF3 A;  5BWY A;  4Y45 A;  3SM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2IEN A;  2AZ9 A;  5P1J A;  1W5W A;  5P2X A;  5P6V A;  5DQ2 A;  4FAF A;  5P8F A;  1HTF A;  3INF A;  3I8W A;  5OZM A;  1BIL A;  5P03 A;  3LNK A;  3PSY A;  3PBZ A;  5P2J A;  5P83 A;  3EKY A;  5JOD A;  5OYS A;  2APR A;  5P6P A;  3OHH A;  5OZ4 A;  1IBQ A;  5P72 A;  1A30 A;  4HA5 A;  4AA8 A;  4Y3Z A;  4R95 A;  5P6Z A;  3APR E;  1FQ4 A;  5BRY A;  1HVR A;  4Z22 A;  2AQU A;  4B78 A;  5P0L A;  9HVP A;  4OBH A;  4M8X A;  5P2O A;  3SA6 A;  4EP2 A;  2G22 A;  5P4D A;  3S85 A;  4I0I A;  5J25 A;  1UPJ A;  3UDQ A;  1T7I A;  1KJ4 A;  5P5B A;  3PWW A;  1K6T A;  2WL0 A;  4H1E A;  1XN2 A;  3CYW A;  5P0Y A;  5P7H A;  5P41 A;  5FIV A;  4Z2Z A;  2CEM A;  5OZA A;  5DQC A;  1K2B A;  3G6Z A;  5P5G A;  4IVT A;  1G6L A;  4RYC A;  5P6M A;  3L38 A;  5P07 A;  3OQF A;  5P0R A;  2FNS A;  3PB5 A;  1ODW A;  3ST5 A;  2NNP A;  5P31 A;  4Y39 A;  3LZV A;  2F3E A;  5P24 A;  3PGI A;  4EWO A;  1EPO E;  5P46 A;  2Q54 A;  1XN3 A;  4K4R A;  5C9F A;  1E82 E;  5P6S A;  1D4S A;  2HB3 A;  5P4N A;  5P3X A;  5P0Q A;  5ENK A;  2ZJK A;  5P1G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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