3BXSA

Crystal structures of highly constrained substrate and hydrolysis products bound to hiv-1 protease. implications for catalytic mechanism
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structures of Highly Constrained Substrate and Hydrolysis Products Bound to HIV-1 Protease. Implications for the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
total genus 17
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bxsA00
4LP9A 5P5QA 2ZHRA 4B77A 1AIDA 3ZKMA 3NSHA 1BV9A 1HPXA 5P3WA 5HDXA 4DI2A 3VSWA 3DOXA 3PWRA 2F80A 4EYRA 3SQFA 2WL0A 1FFIC 3LZVA 1YM4A 2B7ZA 5TOLA 2OHMA 2NTRA 3HAWA 2AZBA 3Q3TA 5HE4A 3S2OA 1KZKA 4B1DA 2PK5A 5P4UA 4Y43A 5P0CA 1C6ZA 4Y44A 3JVYA 5OZBA 5P7VA 1EPLE 5P2UA 3UQXA 3BGBA 1F34A 3EM4A 5AH8A 3L5EA 3VCMA 2CEMA 4CKUA 2G24A 1QRPE 5P08A 2V12C 5P5SA 3NWQA 1MRXA 4J55A 4Y5KA 5P4SA 5P8PA 2AVOA 2CENA 2I0DA 3MSJA 4ZPFA 5P3VA 4ZSQA 3ER5E 4Y57A 3IA9A 3K5CA 5OZ5A 4J1CA 4LBTA 3ECGA 4Y4JA 1A8GA 5P6OA 2QU3A 3LNKA 3EM6A 4EJ8A 4D89A 3CKRA 5COOA 4CMSA 3U7SA 2RKGA 3RTMA 4Q1XA 2G94A 3OQKA 1EC0A 4Y5AA 3NU3A 4Y39A 4XXSA 4K4RA 1TQFA 1D4SA 2H6SA 1APVE 3UQUA 3OADB 3DUYA 4I8WA 5P15A 4JPCA 1PFZA 1ODXA 4Y3QA 5P48A 4J1KA 2FNTA 1YTIA 2I4DA 2I4WA 3I6OA 1F7AA 5OZAA 2WF2A 5P8TA 5P1QA 2BBBA 5P0AA 3L5FA 3QVCA 3VSXA 4R95A 5EZZA 4Y3SA 4NKKA 5P72A 5P2RA 5P0EA 3OADA 5P58A 3PM4A 4WY1A 5KQFA 1B6KA 3IAWA 3EL0A 5P0YA 3EBZA 2WEDA 2Q11A 2ANLA 3WB5A 4L1AA 1BXQA 5DR7A 1MTBA 3OXVA 1MSNA 2QNNA 2ZHUA 3NU9A 4Y3LA 1EC1A 2MIPA 3ER3E 2I4VA 1A8KA 2Z54A 5P7MA 4S1GA 2QU2A 3OUDB 5OZGA 4EP2A 2PMAA 3U6AA 3SPKA 2F3EA 2NXLA 4GJAA 3CKPA 2WEAA 5P6YA 2ZGAA 3EKWA 1DAZC 5OZOA 3UF3A 3FSMA 2WHHA 3IVIA 2ZE1A 2ER7E 5ENMA 3S85A 2AQUA 1LZQA 3LINA 5P56A 3OUDA 3S7MA 4F73A 4E43A 4LL3A 3H5BA 2WF3A 1YM2A 1T6EX 5F00A 1UH7A 1VIKA 3GGVA 1KJFA 3L3AA 5P8IA 1FMBA 2VIJA 5P2KA 3HW1A 2H6TA 5P4DA 1CZIE 2Q54A 5P6CA 1A94A 5P7DA 4Y41A 5P2IA 5P7GA 5P6GA 1MT7A 3NXEA 2NMZA 4DUSA 3ZL7A 1APTE 3VFAA 1BVEA 2F3FA 5P7LA 4D88A 4QJ9A 1HIVA 2HPEA 3TOFA 5P4KA 1FQ5A 4Y4TA 4ZSMA 4A6CA 3HVPA 5ISKA 3QRVA 3PI0A 3BXSA 5P33A 3O9CA 5P3KA 5P3UA 5P0DA 5P03A 1RQ9A 3KFSA 1HHPA 1FIVA 5P2LA 2WF4A 4X7IA 5P8FA 1Z1HA 3NUJA 4I0HA 1BIMA 5P2NA 3MXEA 5P83A 4PZWA 6UPJA 5P4OA 5P53A 5P0ZA 2ZHTA 3NU4A 4B1EA 2Z4OA 4LAPA 3ZPUA 4H1EA 2R3WA 5P12A 4QLHA 3K4VA 1ZPKA 2G1RA 2G1SA 5P41A 3K5FA 1KJ4A 5P5DA 3SKGA 5BS4A 3PLDA 3PHVA 4D83A 5P5GA 2O4PA 3KMYA 3DV1A 8HVPA 1WBMA 3OTYA 1B11A 2FGVA 2RMPA 2PYNA 1IZIA 4Y53A 2G27A 3VLBA 5P32A 3NDXA 4K4QA 9HVPA 1UH9A 3VF7A 4EJKA 5IVSA 3FKTA 3UQRA 2XFIA 5OZMA 5KR0A 4K9HA 5P1KA 1XL2A 5BRYA 3RVIA 3PEPA 4ACXA 1BAIA 4LC7A 4FCOA 5I70A 3TTPA 1GVVA 5P3TA 5P54A 3ZMGA 5DR3A 3HDKA 2I4UA 3DM6A 5HVPA 4Y3YA 5P5IA 2WEZA 1EEDP 1DMPA 4I0EA 4J5JA 3K4VC 4I1CA 5OZHA 4KB9A 4QJ6A 5P86A 5P1JA 2FGUA 1BDLA 4H3GA 4ZPGA 1TW7A 2VIYA 4I10A 4JECA 3INFA 2HS1A 2VJ6A 3FIVA 5OYWA 4YD3A 4HDBA 4L7GA 3VV7A 5P3JA 1TSQA 4Q5MA 2OHSA 1HVCA 3PMYA 5P62A 4DVFA 1AJVA 4L6BA 4DJQA 1HPOA 3TKWA 5KQYA 1APWE 4Y4EA 3G6ZA 1HVJA 5P79A 5P8LA 2FXEA 5P1BA 5ER1E 2I4XA 4A4QA 6FIVA 5P2SA 4YBIA 2Q5KA 4Y9WA 3ST5A 1KJGA 1PSAA 2B60A 4J0TA 1ER8E 5DGWA 4GJDA 1NPVA 2XFJA 2IKOA 3QP0A 3QIHA 3UFLA 2BPVA 2BQVA 1VIJA 2HC0A 1HVKA 4WTUA 2ASIA 1YT9A 2JXRA 5P7ZA 3NU5A 1HRNA 1UPJA 4UPJA 1N49A 1BDQA 2QZXA 4FM8A 3NDUA 2V0ZC 1SIVA 5P5CA 4EP3A 4Y36A 2RKFA 4NJVA 4B1CA 3GW5A 3SLZA 1FFFC 5P1VA 4J0YA 4N00A 5P1YA 3IXJA 3O9AA 5HE5A 5IVRA 1K6VA 2APRA 3ZKGA 2Q55A 2PH6A 5P2TA 5P2MA 3S43B 7HVPA 5P5JA 2PWCA 1OHRA 3L38A 3VYFA 3UCBA 4GZFA 5P22A 4BEKA 3WZ8A 1FGCC 3O9GA 4Y3DA 3BUGA 5OYYA 5OYZA 2HPFA 1HVSA 4A6BA 5P0MA 5P2CA 3S43A 2EWYA 5P81A 3SA4A 2AOHA 5P6AA 4Y37A 2CEJA 3OU3A 5P6SA 1MEUA 2QMDA 4H3FA 5P16A 1HXWA 5P76A 4GB2A 5KQZA 3SA5A 2FXDA 5HDVA 4K8SA 4DQCA 5P2YA 1QDMA 1HEFE 5P2OA 1YTHA 4Y48A 4YOBA 4KE1A 2P3DA 3WSJA 2BB9A 5P6NA 2QI6A 1K2CA 3KFNA 4PPHA 2AVQA 2Q63A 4PYVA 5ENKA 1IDAA 1PPKE 3PBDA 1ZSRA 2G1OA 3R0YA 4ER1E 1D4IA 3OGQA 1EPRE 1T3RA 3SA9A 5P3QA 3OY4A 1PSNA 5P35A 5OZ3A 3EL5A 5P4PA 5P7CA 3UDRA 4RYCA 5KQXA 1PROA 5P5RA 3PCWA 5I3XA 5P6TA 4Y4XA 4EPJA 2ER9E 4Y58A 4NPTA 3PSUA 4H3IA 4Y3EA 1KJHA 1AAQA 1SH9A 5P1CA 5OZSA 3L5BA 1MTRA 5OYRA 2AOGA 5P4GA 4Y3HA 2VS2A 2IS0A 3A2OA 2B42A 5P2ZA 3T11A 4I12A 5P3OA 4NJUA 4I0GA 4HVPA 5OZQA 3SM1A 2JJJA 5OZNA 1W6HA 4EJLA 3D1XA 4F76A 3OQFA 5DR4A 1GKTA 3TH9A 3CYWA 1IZDA 3PCZA 2VNMA 1K1UA 1HSIA 5P40A 1GNOA 4BELA 5P27A 5P4FA 4Y56A 4Y5PA 4NPUA 5P31A 5P6JA 5AH6A 3N4LA 3CIDA 2G1YA 5P8OA 3MSKA 4EQJA 4Y4UA 5AHCA 5P7WA 4I0JA 5P6RA 1XS7D 2B7FA 2QD7A 3OK9A 5P87A 4EQ0A 5P0TA 4J1IA 2F8GA 5OZKA 5P8JA 3KM4A 5P0IA 4DJRA 5P46A 1A9MA 5SY3A 5KR1A 3TPJA 2RENA 3BVBA 1HOSA 4EJDA 2QI5A 5P6FA 5HE7A 5OZWA 3RU1A 3K5DA 3MSLA 3S53A 2HB3A 3OXWA 3KFRA 4K4PA 3EKYA 3PSGA 3C9XA 4Y3XA 3NWXA 5HDZA 5COPA 5DQ1A 2FIVA 4J17A 5P02A 4XX4A 4OBZB 3SO9A 3Q5HA 6APRE 2AIDA 3HBOA 1OD1A 3EL1A 5ISJA 3IXKA 1MSMA 2OHUA 5I3YA 3F9QA 4J54A 3SA8A 4YD6A 5P2AA 4HE9A 5P88A 4DJYA 3EL4A 1MERA 3GI0A 3NDWA 1M43A 5P4VA 2FDEA 1D4LA 3PWWA 5P10A 4QJ8A 2QMGA 5OYTA 5P0WA 1HTFA 3BXRA 1SGZA 3S8IA 3OAGB 2A1EA 5AHBA 5P74A 5P5PA 2O4SA 1HPVA 4L7HA 4RROA 1W5XA 5I3VA 5AH9A 2HM1A 1T7JA 3VV6A 5P5XA 5P8HA 5P0KA 2HS2A 2ZJLA 1SDVA 4Y51A 2I0AA 4FSEA 1XN3A 3OAGA 5P6VA 3RTHA 2WF0A 4FAFA 3SACA 1IDBA 5P29A 1HWRA 3LPKA 5P6KA 3TPPA 3LITA 3INDA 5P20A 5P50A 5P7PA 2NR6A 5P3YA 5P0SA 5P0LA 5P8UA 2BKTA 5JODA 4YE3A 5P4IA 4B78A 3LIXA 2FDPA 2G22A 4Y50A 3T3CA 5P5WA 3OOTA 5FIVA 4ZEAA 1FG8C 1E82E 1DPJA 3BUFA 3RTNA 5P8MA 3BUHA 5P6BA 5P1OA 3S56A 2VA7A 3L58A 1DW6C 5P7UA 5P39A 1FB7A 2QMFA 4FIVA 4Y3RA 4Z22A 1BBSA 3KMXA 1XE6A 3SABA 1D4YA 3SFCA 3UDKA 3NXNA 4FGXA 3H0BA 5OZ6A 5P3NA 5P11A 5P0NA 5P1HA 1K1TA 3HZCA 4Y5CA 5P5UA 4Y5BA 4AUCA 3LIZA 5P6ZA 2QI4A 4HA5A 3IN4A 2OHLA 3IVHA 1HEGE 5P4YA 3EKXA 4FRKA 5P6UA 5P0RA 4YCKA 3LIQA 3TLHA 2Q64A 1BV7A 2ZYEA 3D1YA 4YDGA 5P49A 5P5FA 4Z4XA 5P6XA 1BWBA 1CPIA 5P8RA 5P2WA 1EAGA 4L7JA 2QP8A 4APRE 5P2XA 4ACUA 2Q15A 5OZUA 3APPA 1W50A 1MT8A 3BHEA 1C6YA 2AODA 3PJ6A 5P4LA 1XL5A 1A30A 2AOIA 5C9BA 4MC1A 1U8GA 2V00A 3GI5A 4WY6A 1AJXA 4I0DA 2IRZA 4GIDA 3UHLA 1RL8A 2FNSA 4QJ2A 1HVHA 4M8YA 5OZ4A 5P7BA 1EBYA 4Y3GA 2OHNA 5P1GA 4J0PA 1MESA 5P38A 3DCKA 1HVIA 5P5YA 1Z8CA 4JP9A 2QK5A 3N3IA 2NXDA 5P0XA 5P60A 1NPAA 3D20A 4CPRA 5P2FA 5P0HA 5P3IA 5P3PA 1YX9A 3ZOVA 5OZFA 4H3JA 3TL9A 2ZJNA 1K6CA 5KR8A 2JE4A 4TRWA 3FNTA 4Y3NA 2PSGA 4Z50A 2QNQA 3HLOA 3KFPA 4Y4ZA 1BXOA 1DIFA 4I0FA 5P17A 5AH7A 5P3ZA 5P8EA 2R5QA 3UQWA 1MUIA 3TOHA 5CONA 3NLSA 4CPXA 5P7XA 4CPTA 2O4LA 5P52A 5P7IA 4FE6A 1QS8A 5P8NA 2NNPA 3JW2A 1DP5A 4Y5EA 1HIIA 1FQXA 4GJ8A 5HTZA 4OBHA 5P1UA 4DJVA 3LPIA 4IVSA 5P1FA 4Y4BA 1HTEA 3ZKQA 3VYEA 4U8WA 5P6HA 2PSVA 2JJIA 4DJWA 4Y47A 4B05A 1B6PA 2VKMA 3UDHA 3L5DA 4D85A 2QZKA 5P7TA 3CICA 4DQHA 2AOJA 1EPQE 5P4RA 4Y4GA 1PPME 1GVTA 5P1EA 4MC2A 3WZ7A 3AUPA 5P2VA 3PSYA 3PBZA 1ZLFA 5P57A 1OEWA 3URJA 4HEGA 4RVIA 2BPZA 5P55A 5IE1A 5P66A 1NPWA 5P4XA 1SBGA 2O40A 5P13A 5PEPA 5KAOA 4JOOA 3PMUA 2UPJA 1G0VA 1C6XA 2VA5A 3UPJA 1GNNA 5CLMA 5P7JA 5P6EA 5OZLA 5P4MA 2HB4A 5P6IA 5F01A 5C9FA 4GJ5A 4YA8A 1META 2ZJIA 2QD8A 4EXHA 4ZSPA 2J9JB 2P3AA 5P25A 2QI0A 3QAAA 1RV7A 5P09A 4BFDA 4DH6A 2VNNA 5P8CA 5OZZA 3UDMA 4YCTA 4Q1YA 3UDNA 4LXAA 2AVMA 1ME6A 2QD6A 3KYRA 2QNPA 4FRSA 3QI1A 4RCFA 1B5FB 2HIZA 1ZBGA 5OZEA 2J9JA 3PVKA 1TZSA 2BPWA 4B0QA 2NXMA 5P2BA 1GVXA 4TRZA 1FKNA 4ZIPA 5OZ8A 4Y4DA 3FNUA 4R5NA 3T7PA 5OYQA 1PSOE 1FMUA 4YHQA 3DV5A 3L59A 3L5CA 3SA6A 5P2DA 3QS1A 1EC3A 3AIDA 3GI4A 1GNMA 2VJ7A 4KUPA 1RNEA 5P77A 5P7OA 5SXNA 3O9LB 5P8KA 3EXOA 5P6QA 5B18A 1K2BA 1MVPA 3LIVA 1SMRA 3KDDA 5E5JA 4FRJA 1LF2A 1ODYA 5P8GA 5P1WA 5P4NA 5DR1A 3Q6YA 5E5KA 4XX3A 3LIYA 4Y4WA 3HVGA 2AZ8A 3QRSA 5P0UA 5OZ2A 4J0ZA 2OHRA 1QBSA 5P51A 5P8BA 2IENA 5P4ZA 3LHGA 1M4HA 5P07A 4XKXA 4DQGA 4F75A 2HAHA 5P78A 3EKTA 2QAKA 1MT9A 3SA3A 3OWNA 5P4CA 5SZ9A 3OU4B 4APEA 5P1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LP9 A;  5P5Q A;  2ZHR A;  4B77 A;  1AID A;  3ZKM A;  3NSH A;  1BV9 A;  1HPX A;  5P3W A;  5HDX A;  4DI2 A;  3VSW A;  3DOX A;  3PWR A;  2F80 A;  4EYR A;  3SQF A;  2WL0 A;  1FFI C;  3LZV A;  1YM4 A;  2B7Z A;  5TOL A;  2OHM A;  2NTR A;  3HAW A;  2AZB A;  3Q3T A;  5HE4 A;  3S2O A;  1KZK A;  4B1D A;  2PK5 A;  5P4U A;  4Y43 A;  5P0C A;  1C6Z A;  4Y44 A;  3JVY A;  5OZB A;  5P7V A;  1EPL E;  5P2U A;  3UQX A;  3BGB A;  1F34 A;  3EM4 A;  5AH8 A;  3L5E A;  3VCM A;  2CEM A;  4CKU A;  2G24 A;  1QRP E;  5P08 A;  2V12 C;  5P5S A;  3NWQ A;  1MRX A;  4J55 A;  4Y5K A;  5P4S A;  5P8P A;  2AVO A;  2CEN A;  2I0D A;  3MSJ A;  4ZPF A;  5P3V A;  4ZSQ A;  3ER5 E;  4Y57 A;  3IA9 A;  3K5C A;  5OZ5 A;  4J1C A;  4LBT A;  3ECG A;  4Y4J A;  1A8G A;  5P6O A;  2QU3 A;  3LNK A;  3EM6 A;  4EJ8 A;  4D89 A;  3CKR A;  5COO A;  4CMS A;  3U7S A;  2RKG A;  3RTM A;  4Q1X A;  2G94 A;  3OQK A;  1EC0 A;  4Y5A A;  3NU3 A;  4Y39 A;  4XXS A;  4K4R A;  1TQF A;  1D4S A;  2H6S A;  1APV E;  3UQU A;  3OAD B;  3DUY A;  4I8W A;  5P15 A;  4JPC A;  1PFZ A;  1ODX A;  4Y3Q A;  5P48 A;  4J1K A;  2FNT A;  1YTI A;  2I4D A;  2I4W A;  3I6O A;  1F7A A;  5OZA A;  2WF2 A;  5P8T A;  5P1Q A;  2BBB A;  5P0A A;  3L5F A;  3QVC A;  3VSX A;  4R95 A;  5EZZ A;  4Y3S A;  4NKK A;  5P72 A;  5P2R A;  5P0E A;  3OAD A;  5P58 A;  3PM4 A;  4WY1 A;  5KQF A;  1B6K A;  3IAW A;  3EL0 A;  5P0Y A;  3EBZ A;  2WED A;  2Q11 A;  2ANL A;  3WB5 A;  4L1A A;  1BXQ A;  5DR7 A;  1MTB A;  3OXV A;  1MSN A;  2QNN A;  2ZHU A;  3NU9 A;  4Y3L A;  1EC1 A;  2MIP A;  3ER3 E;  2I4V A;  1A8K A;  2Z54 A;  5P7M A;  4S1G A;  2QU2 A;  3OUD B;  5OZG A;  4EP2 A;  2PMA A;  3U6A A;  3SPK A;  2F3E A;  2NXL A;  4GJA A;  3CKP A;  2WEA A;  5P6Y A;  2ZGA A;  3EKW A;  1DAZ C;  5OZO A;  3UF3 A;  3FSM A;  2WHH A;  3IVI A;  2ZE1 A;  2ER7 E;  5ENM A;  3S85 A;  2AQU A;  1LZQ A;  3LIN A;  5P56 A;  3OUD A;  3S7M A;  4F73 A;  4E43 A;  4LL3 A;  3H5B A;  2WF3 A;  1YM2 A;  1T6E X;  5F00 A;  1UH7 A;  1VIK A;  3GGV A;  1KJF A;  3L3A A;  5P8I A;  1FMB A;  2VIJ A;  5P2K A;  3HW1 A;  2H6T A;  5P4D A;  1CZI E;  2Q54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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