3C4UA

Structure of class ii fructose-biphosphate aldolase from helicobacter pylori
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
307
structure length
292
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Helicobacter pylori
publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 109
structure length 292
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c4uA00
3UWWA 1PL9A 4LVAA 2A0NA 4O50A 3NGJA 2BSLA 3STGA 3CIXA 3QMSA 1AL8A 1EUNA 1VS1A 4Z1CA 5LHFA 2OZ0A 3M1ZA 4JR5A 4BWLA 1NF7A 1BWLA 4JX4A 1XBZA 2B7PA 4LUJA 4Z1DA 1QR7A 5CGQA 5CPOA 1UCWA 4ZQNA 1XUZA 1OX6A 2A7PA 2VOMA 4RV8A 3PSWA 4PL1A 4UMCA 2QJHA 3GR7A 2DZTA 1LZOA 1QPOA 3WJYA 3L65A 1GG0A 2ATMA 5HMSA 4K38A 1WBJA 3CQ0A 2C18A 4MZ8A 2Y7FA 3L68A 3S5ZA 3TAOA 1VYPX 1TTQA 4WJEA 5CZTA 3SFKA 1XL9A 3IVSA 3GDTA 5A8GA 3LBCA 1TPFA 3H54A 3KX6A 3W7IA 4UTJA 5FF0A 1WV2A 1IGSA 5E1QA 3LHVA 3SECA 3HIJA 4N6FA 3CT7A 2ZZ3A 2E6FA 4RZ5A 3GDMA 1IXPA 4N4PA 4PFMA 2ZZ6A 3HGOA 3A23A 4AH7A 4DF2A 2VFHA 1J2WA 3R2GA 1OFEA 2C3ZA 5I3GA 3C56A 2EPHA 3UXAA 3WJZA 3PM6A 5HNRA 2R94A 2V5LA 3O63A 2B7QA 1R2TA 3ABSA 1QO5A 3PBUA 5G5IA 3VE9A 4E38A 3W7LA 1DQXA 5DELA 3GLCA 2I1OA 1P0NA 2WPBA 3PR2A 2ZA2A 3ABQA 1RR2A 1OX4B 3DH7A 1DKWA 4PEKA 4QAIA 3W85A 5DY2A 4FNPA 3ABRA 3LGEA 1G7VA 3W1MA 2Y7EA 1TPEA 5HINA 1VQTA 2WOQA 1H61A 4XKYA 5K4ZA 1L6WA 1W5PA 2A6NA 1UUOA 2YYUA 2EKCA 4IGHA 3UWZA 3QH2A 2J9YA 2RHGA 5LNUA 5FESA 1HG3A 2NXHA 5U7SA 2CWNA 1OFOA 3D0CA 2D73A 4ZMGA 3S9YA 2PRMA 3TXVA 1G69A 1OABA 1Z44A 2PURA 3W7EA 4Y6GA 4O57A 4QNEA 5G4EA 3VE7A 2NXIA 4TO8A 5AYYA 2BWGA 3PB2A 3PBYA 5EBUA 1KV8A 5F4SA 2Y89A 1GOXA 2DZWA 4LC6A 1YXYA 1LROA 4AHPA 1LYXA 4GUHA 3NQ2A 2QF7A 1ME7A 5TQLA 3IIVA 5CPLA 1SZNA 5K9CA 3B8DA 1F05A 1W5MA 1KW1A 1OHLA 2WNQA 1TQJA 3ZWSA 1P1XA 2RDTA 2PRHA 2CFFA 4JDBA 4K36A 1XKYA 3W7MA 5AB3A 3HG5A 5H91A 1A50A 2VFDA 3I68A 3TMLA 1X8FA 3NPUA 3P84A 1OYCA 3V1PA 5LNVA 2CLLA 1ML1A 4GJ1A 3G1SA 4JEQA 3TDFA 1XBVA 5G4WA 4ONVA 2CU0A 3NM1A 3TJLA 3EX6A 1T0OA 2E6AA 3PB0A 1TPB1 5AHLA 1JCMP 2NV2A 2DZUA 4KWVA 5U4NA 1JUBA 2QAFA 2ATSA 1SO3A 4LV9A 5C55A 1FDYA 1H60A 1D3HA 1OX5A 3NQVA 4PC8A 4O19A 3WJXA 3TSDA 2V30A 4AWTA 1PVNA 2FB2A 5C54A 3THAA 2J24A 1GVQA 1OX4A 2A7NA 1ONRA 3K30A 3HJZA 3GK0A 2TSYA 3HOJA 3Q37A 2X16A 4FEZA 3KRZA 3B4UA 2KZHA 2Z0IA 3S1UA 4HPJA 3W9ZA 1N55A 5CZJA 3UZ5A 3QSTA 5DCDA 4JTFA 3BO9A 2VFIA 4CQAA 2X1TA 3NL3A 4I7WA 3F1QA 2AAMA 2C13A 3BW3A 1H7PA 1B3OA 4FIQA 2NX3A 3E02A 4O1DA 1U83A 2CZDA 2DZXA 4UFJA 5F2MA 3SGUA 5BRBA 4CCDA 4LS2A 1HFBA 4M7TA 5H2ZA 1KFEA 4MZYA 2QCLA 2YW3A 4M6QA 3W2NA 2V2HA 3NQGA 1JR1A 3EXSA 5A5WA 3P61A 3W88A 1EA0A 3QMTA 5C5YA 1D3GA 4O15A 2TMDA 1VCGA 3LLFA 1H7RA 3FEMA 1F6PA 1Q45A 1DV7A 4BI5A 1H63A 5AHEA 2NX9A 1OVDA 1W37A 1CX9A 4KFOA 4J9JA 1W3TA 4KFPA 3NZ1A 4K8EA 5FEPA 5D2VA 2DORA 4Z0SA 1ZALA 1KBIA 2FPYA 2ZZ2A 2YGYA 4OBTA 3W1QA 3LTYA 1YTEA 2PE4A 5DLCA 3IIZA 3TC6A 3GZ3A 3W70A 5DBTA 1LRQA 4L4MA 3N73A 1ME9A 2A1YA 1Q6LA 2XN2A 3A21A 2VEIA 4GUFA 4DXVA 3M5ZA 3BLIA 3HQ1A 3G1XA 1KM0A 1LTDA 3MP5A 1TTIA 1KM1A 1K03A 3CEPA 1XXXA 3E49A 3G3DA 3DI0A 4LTSA 4AWUA 1X7FA 3GR8A 3P82A 1V7YA 2BZNA 3KVJA 4FX7A 3L0GA 1DQWA 4BFAA 4U28A 2J9XA 5D09A 5HR7A 1TO3A 1K8XA 1TJRA 2O7SA 2ZZ1A 3DFTA 2FPVA 2FPTA 3O16A 4E2BA 1RPXA 1G67A 4GWEA 4JX5A 1NSJA 2H8XA 1TPUA 1KM6A 5ABTA 3LX9A 3W2KA 3TU9A 3S6DA 2Y62A 4GC4A 3LCLA 2WNNA 3EWXA 5F4WA 2ISVA 2B7OA 1SR9A 3ZS4A 3GKFA 3QMRA 3TIMA 4RJEA 4AHOA 1JQVA 3NM3A 1KFCA 3HB9A 1QNVA 3L9CA 3LRMA 1TJPA 4JIQA 3A22A 4QM1A 5CPNA 4GFSA 1Q6RA 3U2OA 5LGZA 3C8FA 3TFXA 3TSBA 2G96A 4HSOA 2JKAA 2Y6ZA 2YSWA 3UQNA 3UPBA 3LCHA 4NT0A 4EVZA 5FEWA 1YDNA 3CB8A 5LKYA 4DELA 3M5VA 4NU7A 1OK4A 2CLEA 2G5WA 3I7SA 3NPVA 2ZRVA 3PF3A 2NX1A 1TRIA 4UUIA 3F4NA 5AHMA 4N9BA 5G1YA 1Q3NA 4C1LA 3M47A 2E5CA 1GWJA 3EWBX 5EKYA 4A2RA 4OV9A 4HNVA 5L9FA 1DORA 2PCQA 2TYSA 5T26A 3P5ZA 3GKAA 2C6QA 1JUKA 3BG9A 1IF2A 4NNAA 4JYFA 3KVLA 3C4UA 1LP6A 1LLZA 4HN4A 4UMAA 5D38A 3W1XA 4FNRA 4K37A 4NVTA 3FLUA 3PG8A 4RCXA 3TH6A 2YFNA 4DO6A 4BWLC 1MSSA 1SW0A 4ORMA 3BLEA 4JTJA 3SGZA 3MWAA 1PCWA 1XC4A 3QW4B 3GIYA 2NWRA 2V82A 1VJIA 4AHQA 4D2JA 1MEHA 4IJBA 3HMJG 4O18A 3IGSA 4RXGA 3W7DA 2GOUA 2C14A 5I3IA 1TPDA 2BTMA 4PTNA 2YXGA 5BOOA 5FF3A 1P0KA 1F73A 5K3VA 4LV4A 4NJIA 1A53A 2ZCGA 4MIMA 1W54A 2A7RA 3LCFA 5D32A 1FCBA 3C52A 1QPRA 3C2RA 3L5AA 4O13A 3B04A 1GTEA 2JKPA 5D37A 1TTPA 1K7XA 1FY6A 1ZAIA 4HKPA 1G6CA 3LI1A 1YPIA 1AW1A 2TRSA 1W5QA 1GVFA 4OQVA 3SY5A 3TV8A 1PHQA 1VRDA 1JCNA 1RD5A 3W7JA 1XFBA 1B57A 1PS9A 2YW4A 4LT9A 3NR0A 1EP1A 3EWUA 3O6YX 4JY9A 3S5OA 2FJKA 1SZEA 2FQIA 5CKSA 1SSGA 3LV6A 1BTMA 3SIZA 3MHGA 1TIMA 3GB6A 4FX8A 1N8FA 4LVDA 2HMCA 1LM1A 3PS7A 3A5FA 4JTEA 2QAPA 2YR1A 3DU0A 4LWWA 3KHJA 4UTWC 4R53A 3B05A 3TNOA 3KVMA 2E5DA 5D02A 2W6RA 2CLFA 3QRHA 3N14A 5HR6A 1TTJA 3C2FA 3O05A 3M5YA 1TMHA 4XKYB 1DJQA 3FIGA 5EYWA 2Z6JA 3RK8A 1S5WA 5EL1A 1DVJA 4NUWA 4PH6A 4R34A 4UTLA 1WOBA 3GDRA 2A5HA 4QNWA 1JULA 2Q3OA 5LNSA 2V0TA 3HG3A 1FWRA 1EUAA 4MY9A 4DF1A 1SW7A 4FXSA 3ZWTA 5AFDA 5CZ0A 5AC8A 3KVKA 4KFNA 3SSJA 7TIMA 1Y0EA 3PAJA 4K7VA 3O6DA 3G22A 3KXQA 1PIIA 2RH9A 1G4TA 3NQAA 2JK2A 1GVRA 1KLZA 4JTLA 3WK2A 3LDVA 5BMXA 4RLIA 4NX0A 5DN1A 3OVPA 1FWSA 2WSRA 5D03A 3STFA 3HGRA 2YYTA 4WXZA 1ICQA 4K6AA 3M16A 1F7BA 3MJYA 4MZ1A 4MY1A 4WXYA 3NG3A 3NO5A 5HWMA 3TMQA 3IV3A 2YX0A 4JN6A 3QPYA 3FYPA 4QJ1A 4K8HA 3RF9A 3NYZA 2LLEA 4NNBA 3UXDA 2I14A 4CQ9A 2A6LA 1AW5A 2NV1A 4POCA 1HTIA 3PVFA 1WDWA 4AXKA 2QKFA 3NQEA 1OFAA 1F5ZA 3DFQA 3SZ8A 4JTSA 5F4XA 3LXBA 5CG7A 3W2UA 1GG1A 3NQMA 5J5DA 5J5RA 3LTSA 2DP3A 3T78A 3LCXA 2G97A 3H53A 4YLWA 4JXCA 3RLUA 3TE9A 5LGXA 5AOUA 5DCBA 1G7UA 3OIXA 3N3MA 1QOQA 1V5XA 5BMWA 1GYNA 3WK3A 2QCNA 5G1TA 3CEUA 5D05A 4CNOA 2ZZ5A 4A22A 3G1FA 3NDOA 4LRTA 2C1HA 3TX9A 1WQ5A 5BNKA 4IMCA 1TPVA 5C6MA 1OFBA 4UTWA 3DKJA 3Q2DA 4R33A 1RQEA 4FNUA 5IBXC 5KINA 2QCFA 3E12A 4JTKA 5CSSA 3LM7A 3O1NA 4O28A 3G1DA 3L66A 1SO4A 3OEXA 4MVAA 4DEFA 3C0JA 1EWEA 3CPRA 3O07A 2YZRA 4DBDA 2VFGA 4OV4A 1KA9F 3HGJA 4KWWA 4EF9A 1C8VA 2ABAA 3PC0A 1AL7A 3NXFA 3QPZA 3P67A 3W1UA 4BF9A 3QJAA 4IWWA 1LBLA 4GUGA 5FEZA 3W7HA 2Q3RA 3B0PA 1O5KA 3LXAA 3UD6A 5E0KA 1W8SA 3L0NA 4EF8A 3TW7A 1P5BA 3W07A 5D33A 3CC1A 3NAVA 4Z08A 5DCEA 1W3NA 3GXTA 4JTTA 1VC4A 3MW7A 4UFLA 1NVMA 3EX2A 4IMFA 3UPWA 3P81A 2R91A 3TA6A 3NQ7A 5KSWA 5IM51 3CWOX 1OF6A 5KITA 3DFPA 3CTLA 2A21A 2Y7DA 1O5XA 3LBMA 1KTBA 3HO8A 4MOZA 3N19B 3LHTA 4O54A 1OYBA 4RZ6A 3M6YA 3NOEA 3FYOA 3CU2A 4UFHA 1UASA 3EWZA 3STCA 4IX0A 3DFOA 1SFLA 3FS2A 4XTDA 4WY0F 3HPZA 3NPXA 3MHFA 4JTGA 2UV8G 3GVGA 3I7QA 4CNPA 3NQ8A 4UXDA 2E09A 1CW2A 3IRDA 1HO4A 3DKLA 2WNZA 3GX9A 3AO0A 3W1LA 3KRUA 1I8JA 2WJZA 5DXXA 3P5YA 3PSVA 2F7FA 3STEA 1GEQA 3M43A 3MP3A 4RX0A 3ANYA 3LLDA 3W22A 3W75A 5AC6A 5LHEA 2PRLA 1KLYA 1QAPA 1TQXA 5EPDA 1ADOA 3W7RA 5FF2A 4W9TA 3V75A 2B0MA 4KKXA 4XWUA 2Y7GA 4ADSA 2Y63A 3CLMA 3KOFA 3W2LA 1MXSA 1T96A 4MJZA 5AC7A 4O12A 4AB4A 4GRSA 4DPPA 3C61A 4Z0JA 4XUGA 1K02A 3BVJA 1CI1A 1OFQA 5IBXA 4FF7A 1GQNA 1DBTA 3GAYA 4UTIA 2VXNA 3LERA 4LS1A 1RV8A 5F2GA 4O11A 4WUIA 3QF0A 1FDZA 1ZAJA 2ZRUA 3UWUA 3H55A 3DXIA 3P74A 1WX0A 4CLMA 2F84A 2GQ9A 4Y9AA 4MFEA 3QW3A 1LBMA 6ALDA 3QYQA 5EMUA 3N9RA 2B4GA 3LCGA 2A85A 4ICNA 1EP2A 1F2JA 1JCYA 1YPFA 3T40A 4E0CA 3L5MA 3S5NA 5KZMA 1IXQA 2TPSA 4LOCA 3S0CA 1K8ZA 1OJXA 2QCEA 1FWNA 5AN7A 1X1ZA 3TW6A 1Q6OA 1RVGA 1WYIA 1LRNA 3LTPA 3QC3A 4WY0A 1FUYA 2ZQ0A 4UFIA 3T7VA 2J88A 3NQDA 4FIRA 5L6UA 2RFGA 1I45A 4BI7A 2GPTA 4OE7A 4B5NA 3YPIA 1T8XA 1S5VA 1SZFA 2VFFA 1P4CA 4HT3A 4TU1A 1FCVA 5KTLA 3U8GA 3EWYA 5SWUA 1WAUA 4AF0A 1WA3A 1W0MA 1OFRA 4GUIA 3LCWA 1QWGA 2ZA3A 4WD0A 1ZHAA 2CLHA 3N2XA 3IVTA 3VFLA 5EY5A 1DJNA 4Q4KA 4O8RA 1NAL1 3L2IA 4XZ9A 1RZMA 4GNJA 2V2CA 1R47A 4RK8A 4O53A 3LOTA 4X22A 1JVNA 8TIMA 3BW2A 1TRDA 4Q33A 3JR2A 4O4VA 3DGRA 3N9SA 1X1OA 4LS0A 4EWND 1L6YA 3MBDA 4JX6A 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 3EB2 A;  3W1R A;  4LVF A;  3W1N A;  4A21 A;  3E0I A;  1EEP A;  3W71 A;  1S3H A;  5D2X A;  4H4I A;  2Y85 A;  3F4W A;  2CLO A;  3QSR A;  3W83 A;  2ISS A;  1M7P A;  3QM3 A;  4Y96 A;  3VCR A;  1UB3 A;  3PBV A;  4Y8F A;  3GXP A;  1IXO A;  3FOK A;  4JYE A;  3HGS A;  1M7O A;  3DFS A;  2QCD B;  3BK0 A;  4LVG A;  3A5V A;  3W74 A;  4MYX A;  1AW2 A;  4E2D A;  1JCJ A;  2Y61 A;  3C2V A;  2GQA A;  2CZF A;  1LCO A;  3PG9 A;  3KFT A;  3FFS A;  1VLW A;  3G0U A;  3L5L A;  3WJS A;  2WKJ A;  3LXC A;  4Z1B A;  5AHF A;  1B9B A;  4MLJ A;  1ZJI A;  1GJP A;  2JGY A;  2XN1 A;  5CPM A;  1LOS A;  4XTI A;  3PUE A;  3CIW A;  3IIP A;  1PHW A;  4NJK A;  4LW7 A;  1LLW A;  2HTM A;  1EPX A;  1GPW A;  2VEM A;  1QML A;  3L21 A;  4RXF A;  3B0U X;  1TYG A;  2WQP A;  4M6V A;  4YMZ A;  3M9Y A;  1SU5 A;  1KM2 A;  3QFE A;  1SSD A;  2JBM A;  2XN0 A;  3TFC A;  2CLM A;  2GVG A;  1ZCO A;  3I7R A;  1HO1 A;  4JYD A;  4AWS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3U9I A;  4B2D D;  3UWW A;  1V03 A;  4KQN A;  1GPF A;  2A0N A;  3LNM A;  4TVU A;  2XPK A;  4LYK A;  3STG A;  4GQ0 A;  1V3J A;  1EKO A;  1KRC C;  3M1Z A;  4JR5 A;  2G3F A;  3V0S A;  3CWH A;  3VXG A;  2B7P A;  2AAA A;  5IXE A;  5CPO A;  1N82 A;  3FJN A;  1EJX C;  3UJR A;  4ZQN A;  1V93 A;  3EDE A;  3OGV A;  1OX6 A;  3PSW A;  1LZO A;  2WKL A;  9XIM A;  1WBJ A;  2C18 A;  1KCZ A;  1XL9 A;  2GJX A;  3GDT A;  3S6T A;  3BLO A;  5DMM A;  1XIC A;  3P0W A;  1TPF A;  1W3L A;  3KX6 A;  4U33 A;  2A3C A;  4BF5 A;  3H21 A;  1KKO A;  1IGS A;  1CYG A;  4HSH A;  5E1Q A;  4M6U A;  1GK8 A;  5EMM A;  4WDU A;  4RZ5 A;  4TVC A;  3HGO A;  4ZSU A;  3UG3 A;  1J2W A;  3M4H A;  4WK9 A;  3GU1 A;  3UXA A;  1OBA A;  4MAZ A;  3WJZ A;  3VMO A;  2R94 A;  4UB9 A;  1EZW A;  2POZ A;  2EG8 A;  3VAB A;  2CPU A;  4ICC X;  4WVX A;  3GLC A;  1Q2R A;  3PR2 A;  2VDG A;  2IW0 A;  3S9I A;  4HA4 A;  2VNC A;  3ABR A;  4M1R A;  3EOS A;  3W1M A;  3TC3 A;  2WOQ A;  4DX3 A;  5K4Z A;  1L6W A;  2A6N A;  3A9B A;  3TZF A;  4YJ5 A;  4IP7 A;  5LNU A; 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