The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Terminase large subunit
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| total genus |
66
|
| structure length |
198
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C12 A; 5C2F A; 3CPE A; 5M1F A; 4IEE A; 3C6H A; 4IDH A; 5M1N A; 4IFE A; 5M1O A; 4IEI A; 5C10 A; 5M1Q A; 5C15 A; 5M1K A; 5C2D A; 3C6A A; 5M1P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HHV A; 2YCH A; 1YIT N; 1RBT A; 2X78 A; 4ZHR A; 3K57 A; 5JVG L; 3HST B; 4CHN A; 1EXQ A; 3ISN C; 4JS5 A; 3L6Q A; 5JMV A; 3CC2 N; 3EL2 A; 1X9M A; 3DOL A; 4F8R A; 4DTO A; 2IVN A; 3O6W A; 3NF9 A; 3S9H A; 4IJN A; 2W42 A; 2KFZ A; 3CJ9 A; 1SQK A; 4NLC A; 1VQO N; 1JLA A; 4DHY A; 3ZEU B; 4CHZ A; 3CI5 A; 3UB5 A; 4ELT A; 4K42 A; 4JKG A; 1NGA A; 3A0I X; 4BRP A; 4PWD A; 3H1Q A; 4KAZ A; 4F2S A; 3UKU B; 2P5O A; 4KHY A; 3OVN A; 3D6R A; 3ZCM A; 4BGA A; 4DSL A; 5TKY A; 4BWJ A; 4E7H A; 3QIN A; 2ZQB A; 2YHB A; 4JV5 K; 5M1K A; 2D4W A; 4DTX A; 1XWL A; 4N41 A; 4KHS A; 4CVN E; 5DM6 L; 4JKH A; 2QXF A; 2A3Z A; 3TAB A; 5DK5 A; 4F3T A; 3M6G A; 4BQZ A; 1TV6 A; 2HHQ A; 2D0B A; 4BR5 A; 3P39 A; 2WTU A; 2HMP A; 2P9I A; 3HSC A; 3DRR A; 4FWN A; 2FXU A; 1WUA A; 4LY7 A; 4DSK A; 4IEE A; 3L2U A; 3I33 A; 5SWM A; 4IG0 A; 3NH0 A; 1S72 N; 2HNY A; 1DKG D; 5AQT A; 4BRE A; 4KI4 A; 4CJR A; 4BRH A; 3K2P A; 2YJE A; 4KBO A; 4DS4 A; 4C8K A; 4FJ8 A; 4CD1 A; 3L4Q A; 1VQ9 N; 2UUC K; 1RT7 A; 3LDL A; 4BRL A; 3HVR A; 4ILG B; 4FJH A; 5ADX H; 2YHA A; 4B8C A; 1K73 O; 4FJL A; 1KVC A; 3M8S A; 1BIS A; 4Z4H A; 5LJW A; 3WQU A; 2AJQ A; 1T6C A; 3EZ5 A; 4CZM A; 1XHX A; 3VF6 A; 1Q86 O; 2GX9 A; 3TSQ A; 4Y0W A; 2G8K A; 4RW9 A; 3L3V A; 2ATQ A; 3OYG A; 1KD1 O; 4L8R B; 1NJI O; 5C10 A; 3EN9 A; 4CZK A; 5I9E B; 2V51 B; 2I7N A; 4FM1 A; 3O9R A; 1X3M A; 1IJJ A; 1Z25 A; 2YV0 X; 4R5P A; 2O8C A; 2X6S A; 2D1K A; 3EE9 A; 2IIR A; 4N47 A; 1QTM A; 5F1X A; 4H0Y B; 4V19 S; 3MN7 A; 1QSY A; 1NBW A; 3O4Q A; 3AA5 X; 1S5J A; 2P9S B; 5HRR A; 1TK0 A; 1C6V A; 2DTU A; 1MWK A; 4O5F A; 3CXC M; 4AF1 A; 2HBL A; 4ELV A; 2XHB A; 3VQP A; 3M3Z A; 3H45 C; 3T69 A; 4DB3 A; 1WSJ A; 4W5O A; 1VQ4 N; 3VQ7 A; 2HHW A; 1QHT A; 1NNE A; 5BPM A; 4J2B A; 1RDA A; 4DFJ A; 3CMA N; 5AQH A; 3VQB A; 3THY A; 4CES A; 1YVN A; 1C1C A; 1CZ9 A; 1ZBS A; 3OY9 A; 1KVA A; 1T3V A; 3P1G A; 4CHQ A; 1OH5 A; 5AZJ B; 3CG7 A; 1BIU A; 4FWK A; 3E66 A; 4ISF A; 3C6A A; 1JLF A; 4B9N A; 3SLC A; 5E26 A; 2V7Z A; 3DM2 A; 2ITG A; 3VER A; 4DQS A; 5JIC A; 4IBN A; 3QEX A; 4DG1 A; 3VTH A; 3DLL L; 2P9L A; 4JD2 B; 1VAZ A; 4CBW A; 2QWN A; 3HRG A; 3W0L A; 3V9U A; 5BN9 A; 4NYN A; 3V1Q A; 4IFE A; 4OVL A; 1N36 K; 1BA1 A; 4E19 A; 1D9D A; 2Q31 A; 1G99 A; 1SL1 A; 3IMX A; 2G8F A; 4UQG A; 1J5E K; 4KTZ A; 5KGW A; 1D4X A; 5M1Q A; 4WFN L; 1P8Z A; 3I0R A; 2HNZ A; 4MO5 A; 1ILY A; 5M1F A; 4HVJ A; 1QSL A; 5JS2 A; 1G15 A; 3OYE A; 4E7L A; 1NK6 A; 3F9M A; 3QB0 A; 5AFU A; 5E41 A; 2ZGY A; 1BUP A; 5BPN A; 2WOM A; 3VQA A; 1YVU A; 5HOO A; 2E2N A; 3KLI A; 3O5B A; 1VSM A; 4YDU A; 5KPT A; 1VSE A; 1WSI A; 4RW8 A; 1NK4 A; 4M3Z A; 2D0P A; 4CHP A; 1S9E A; 3IG1 A; 4A5A A; 1RT4 A; 1RBU A; 1RTI A; 4CF0 A; 5GIN A; 1XMQ K; 4CER A; 3ATU A; 2X6N A; 3V6D A; 2IVP A; 1JXB A; 3C7N A; 1T6D A; 3VF2 A; 2E88 A; 3AA2 A; 3CQX A; 5E84 A; 1NMN A; 3DI6 A; 2PAV A; 3U4L A; 4XIU A; 3OS0 A; 5FRN A; 4Y1C A; 1HKG A; 1M1K O; 4BC3 A; 2YKN A; 2XY7 A; 4F2R A; 2OPP A; 1RIL A; 4YOW A; 3ZT4 A; 4H0V B; 4DSF A; 1U45 A; 4DR7 K; 2Q36 A; 4DV5 K; 4JKA A; 4FZX C; 4QS7 A; 1OKJ A; 4H5T A; 4H8K A; 1KFS A; 1VSL A; 4FOE A; 4WCE L; 4DF4 A; 1XHZ A; 4DV4 K; 4K8Z A; 4A2B A; 1NGC A; 1CXQ A; 3J7A P; 1Q18 A; 4IOA L; 1NG9 A; 3TWH A; 1O1W A; 2JWL A; 4IFY A; 3ZSY A; 4EHT A; 4Z0U A; 3SJH A; 3K58 A; 5SZT A; 3OJS A; 4CFC A; 1WAF A; 1KLN A; 1C0M A; 3KD1 E; 4M63 C; 5AQM A; 3SZ2 A; 3KKS A; 4JI4 K; 1FW6 A; 4B9T A; 1N32 K; 3LM9 A; 3CFP A; 1V4T A; 5C2F A; 4RWT A; 3C65 A; 3KLH A; 2P9P A; 2FSJ A; 3NH2 A; 2ASO A; 5IWA K; 2DPN A; 3B6P A; 3ZEU A; 2E5L K; 3VN5 A; 1J54 A; 3QIC A; 3CJ1 A; 5EVZ A; 4B3S K; 4CK2 A; 1ZBL A; 2E6L A; 5F2R A; 1TYQ B; 1HKB A; 4FWQ A; 3UKU A; 4EZ9 A; 3PX4 A; 4B1V A; 2YNG A; 1NK8 A; 2ITM A; 4KPY A; 1MU2 A; 2YNH A; 5GAE P; 3KLE A; 2BUP A; 2LSN A; 3L4I A; 1QVF M; 4B08 A; 3OYM A; 1RTD A; 4Z4F A; 1VQN N; 4XEI A; 4HTL A; 2E1Z A; 1C0G A; 3MAQ A; 1RT2 A; 1WSE A; 4B9L A; 1Q81 O; 4HHT A; 3WNG A; 4CJF A; 3HBT A; 3CPW M; 4OO1 J; 5JVH L; 5AQY A; 1U6Z A; 5J2P A; 1VQK N; 1KTQ A; 3MXM A; 4BDY A; 1NKB A; 2PFU A; 1ESV A; 2XO7 A; 1YI2 N; 4CK3 A; 2OZS A; 3AO1 A; 1BI4 B; 3C6U A; 2CH5 A; 3DLG A; 2Q3S A; 5BRD A; 3VES A; 3VEV A; 1BG3 A; 5EOY A; 4Z4I A; 1D5A A; 1L5U A; 4LF5 K; 2G8V A; 3EY1 A; 3WXI A; 4DQI A; 3OYB A; 1XNQ K; 5AQV A; 4YDU C; 3JS6 A; 4R79 A; 4X66 K; 4H5V A; 3QEP A; 1YUW A; 3VGL A; 3AVC A; 1TVR A; 4KV8 A; 1Q8I A; 5FPE A; 1NK9 A; 1BHL A; 4LSL A; 4E1M A; 1OH6 A; 3ASM A; 2ZJR L; 1YTU A; 2WFB A; 3P4I A; 3PLA A; 3QEW A; 3HO1 A; 1JLE A; 4CEO A; 3AO4 A; 3MDQ A; 3G71 N; 3KLF A; 3HOS A; 4CZJ A; 5LMN K; 4GV6 A; 3AVG A; 3ULD A; 1T05 A; 2D0C A; 2JWK A; 4BG8 A; 3C94 A; 4YY3 K; 3J7Y P; 4DTS A; 2NRT A; 4JAX A; 3SYZ A; 3P83 D; 4QCL A; 3HP6 A; 1NOZ A; 3CCM N; 4H0T B; 3SUP A; 4A62 A; 1ZXO A; 3LAN A; 3E9L A; 5KPZ A; 2P9S A; 2ETJ A; 2KZM A; 3AVI A; 1S1T A; 4FWM A; 4AHU A; 4H4M A; 3SQ2 A; 4PKG A; 1YTA A; 3C6H A; 4CIG A; 1NJZ A; 1TKZ A; 4RW7 A; 2CGK A; 1MA9 B; 3D7E O; 1TL3 A; 4JRP A; 3KLG A; 3SI6 A; 3MCP A; 2KQ2 A; 1GLL O; 4FJX A; 3ZSO A; 2HVI A; 1C0U A; 4DV7 K; 5AZJ A; 3HJF A; 2R7Y A; 5AQX A; 3VQ5 A; 2NLX A; 1QSS A; 3OYA A; 4CD3 A; 1SZ2 A; 3HVT A; 4MFB A; 4AM7 A; 1KFD A; 4WQ5 C; 5BR8 K; 4JD2 A; 4ID1 A; 2QEX N; 3SUN A; 4BRC A; 3BP8 A; 4CGI A; 1EX4 A; 3NGY A; 1BDG A; 2GBZ A; 4BAC A; 3ENB A; 4KHU A; 1Z26 A; 4QS9 A; 4EAH D; 1B9D A; 2KHO A; 2VWB A; 4CW7 B; 3DXK A; 4L3Q A; 4OPH A; 4ID5 A; 1R0A A; 3KD5 E; 4BRO A; 2HBJ A; 4YFU A; 1EO1 A; 2HHH K; 3QML A; 3OYK A; 4AIL C; 3KWI A; 2A5X A; 1YJW N; 4CK1 A; 2NRR A; 3VET A; 1YHQ N; 1JLG A; 4GV3 A; 3SBT A; 4K41 A; 2QK9 A; 3NGI A; 2VG7 A; 1BL3 A; 3WXJ A; 4BRD A; 4K8X A; 1LCU A; 3A5N C; 2F8S A; 4B1X B; 2UXC K; 2OZM A; 2IC3 A; 4JI3 K; 3PY8 A; 5BR9 A; 4O8U A; 1VQM N; 1C1A A; 3PX6 A; 4BRG A; 2UYT A; 1T7P A; 5KQD A; 5BN8 A; 1NGF A; 3THX B; 4FLY A; 1X1P A; 2OAN A; 4GNI A; 5AQO A; 3MED A; 4KTQ A; 2VYP A; 4EFH A; 1HYS A; 3M8Q A; 2P9K B; 3N4P A; 2XRI A; 3LP3 A; 2BE2 A; 3KK7 A; 3CCL N; 4B3R K; 1RFQ A; 1KC8 O; 1EET A; 2NNW A; 4JI1 K; 4DF8 A; 3WT0 A; 4OGC A; 3S3M A; 2GEM A; 4C8L A; 4BRN A; 3O8M A; 1HQE A; 3CFR A; 3O9U A; 4CI6 A; 1X3N A; 3THW B; 3U3Y A; 3OTO K; 3IKM A; 4CEZ A; 2P9N B; 2NRV A; 4C1N I; 3VPZ A; 4CF8 A; 5C25 A; 1K8A O; 3MN6 A; 4I6M A; 4EP5 A; 2P9U B; 4DLE A; 1VRU A; 4HCC A; 5HRS A; 5CHI A; 4GV9 A; 2QM1 A; 5LMU K; 1CLQ A; 1VK0 A; 5FRO A; 4H03 B; 1JJ2 M; 1JLC A; 1XC3 A; 4CEC A; 5FRM A; 5FPM A; 2I7P A; 2OCE A; 2VG6 A; 1I39 A; 3CET A; 3MXI A; 1ZYQ A; 1U47 A; 1GLE G; 5AQL A; 3VEO A; 5FPN A; 4KI6 A; 3ZSV A; 2GUP A; 4DU3 A; 3DOK A; 1OVY A; 4CGF A; 1B92 A; 3BF3 A; 5DM7 L; 1VSJ A; 2A40 A; 1TYQ A; 1JCG A; 4EP4 A; 4BR0 A; 1VQL N; 3I0S A; 1NGJ A; 1U04 A; 2YNF A; 4YNQ A; 3K5M A; 3KHY A; 1IG9 A; 4CJV A; 1L3U A; 4X62 K; 4HTU A; 4Z4E A; 3R3L A; 4BE0 A; 5KRS A; 4CFB A; 3AO2 A; 2BTF A; 5GIP A; 4Z4G A; 3I55 N; 1IH7 A; 4M42 A; 1IKV A; 3VQ9 A; 1U49 A; 4M7X A; 1TKT A; 2B5J A; 1GLC G; 4JYA K; 4B9Q A; 3SUQ A; 1WN7 A; 1Y97 A; 2GWJ A; 4K43 A; 4AHR A; 4CJ4 A; 4FLT A; 2RPI A; 3ITH A; 3NF6 A; 5AQQ A; 1J9A A; 1LWE A; 3AO3 A; 1NGD A; 4DTN A; 2DY4 A; 4M3Y A; 2F9W A; 4DFM A; 3NVM A; 3ZYY X; 3OYC A; 3BY5 A; 4KO0 A; 3ID6 A; 1BO5 O; 4CCH A; 3TI0 A; 1TGO A; 3TTD A; 2FLO A; 4ISE A; 4M3U A; 1WOQ A; 4N5S A; 4J2A A; 4ISG A; 4C8O A; 1QS4 A; 2PY5 A; 2Y1I A; 3ULE A; 4BE1 A; 3IRX A; 1LW2 A; 3RMC A; 4NXM K; 3ZT0 A; 5C42 A; 4W5N A; 1RTH A; 4WFB L; 3BEX A; 3TAR A; 3LWL A; 1O13 A; 3CJA A; 1IV0 A; 2CH6 A; 1W0H A; 3SQ0 A; 1T03 A; 1VSK A; 3A5O C; 4DTJ A; 1J53 A; 3QFU A; 2VWK A; 1QQN A; 1KAX A; 4FVM A; 3RR8 A; 4G9Z A; 4CEA A; 2G8W A; 1FXX A; 3MCA B; 3CCS N; 4CEQ A; 1S22 A; 3K59 A; 1DT9 A; 3T1H K; 4CIF A; 4N76 A; 2DFF A; 3O4N A; 2QI2 A; 3QER A; 1RNH A; 4J2E A; 3GG4 A; 4C1N K; 3T1A A; 3LDN A; 1IBM K; 3G6E N; 4YOU A; 3L2Q A; 3MK6 A; 4BRF A; 2VGM A; 1QHA A; 4OPJ A; 5EY4 A; 2HF4 A; 4M3T A; 3B8A X; 3V4I A; 1CZB A; 2YI1 A; 2FF3 B; 1SAZ A; 4M3X A; 4O4G A; 2FBX A; 4B9M A; 4JI5 K; 3O08 A; 1L3S A; 1VSF A; 3C0B A; 2O4G A; 3OYD A; 1LW0 A; 4BVO A; 4A61 A; 3IDH A; 1BWF O; 3O3G A; 3FZK A; 5HLF A; 4M7Y A; 1QZ5 A; 1BOT O; 3AV9 A; 2UUB K; 4FL9 A; 4LF4 K; 1RDC A; 3LAM A; 1A5W A; 1DGK N; 4CZI A; 3KK2 A; 3DJC A; 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3HOT A; 3RSE A; 1NK0 A; 3JSM A; 4F4K A; 3QDK A; 4YOY A; 2CGL A; 3BUZ B; 3ZX2 A; 2FSK A; 4FM2 A; 2JGU A; 1EWR A; 3CME N; 2Q97 A; 3A5L C; 4DV1 K; 4FW1 A; 4KHQ A; 3TPQ A; 3CC7 N; 3H08 A; 2VQE K; 1UA0 A; 1JLQ A; 4BR9 A; 4Q0B A; 4CFD A; 2BAN A; 4CJU A; 3MN5 A; 4FWO A; 4ICL A; 3E9O A; 4OKK A; 2BGG A; 4G1Q A; 4H0X B; 4DFK A; 4CIE A; 3SCX A; 3L2V A; 4M3W A; 1QQO A; 3NF8 A; 3AAR A; 5KI6 A; 1YAG A; 4CEF A; 3AGR A; 3SMS A; 2HND A; 1EKE A; 3FFI A; 4FYD A; 4JKB A; 4IDH A; 1XQS C; 1NKC A; 5I42 A; 3AVA A; 1FJG K; 4OJR A; 1GLB G; 3MMV A; 3G4S N; 1Q9Y A; 5JLH A; 4DTU A; 1JLB A; 1NWK A; 2YHX A; 4JNE A; 1NLV A; 4DR5 K; 2Y1J A; 1TK8 A; 3VQD A; 2PYJ A; 4GY2 B; 3CCJ N; 2ZJP L; 5CYQ A; 2Q2R A; 1SKR A; 3WQT A; 1GLA G; 3HK2 A; 1LWF A; 2Q1N A; 3S3N A; 4H4O A; 2AA4 A; 3EO3 A; 4A5B A; 1E4G T; 3LL3 A; 5K14 A; 3KK1 A; 2FBV A; 5GAD P; 5KGX A; 3HP9 A; 2BH1 A; 4CBX A; 3KZB A; 4LD0 A; 3M8P A; 3BGR A; 1NJX A; 3VQ8 A; 3OS1 A; 1W9H A; 4DFP A; 2RHK A; 1J6Z A; 3HM8 A; 1RCH A; 4BR4 A; 3UIQ A; 1ASV A; 4DQQ A; 1ZC6 A; 4JI0 K; 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