The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Terminase large subunit
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| total genus |
66
|
| structure length |
198
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| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IDH A; 5C10 A; 5C15 A; 4IEE A; 5M1Q A; 5M1F A; 5C2D A; 5M1K A; 3C6H A; 5M1O A; 4IFE A; 5C12 A; 5C2F A; 3CPE A; 4IEI A; 3C6A A; 5M1P A; 5M1N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3N4Q A; 1UWB A; 1YJN N; 5EOY A; 3OYC A; 1KSP A; 4QAG A; 3KLH A; 1LOT B; 3ZSV A; 4FWQ A; 3SBG A; 1K8K A; 3U9Z A; 1NK4 A; 4CK2 A; 5JLF A; 1ASW A; 3E01 A; 4JKG B; 1KFD A; 2IGI A; 2P9N A; 1XNQ K; 1W97 L; 3RMD A; 4JS5 A; 4CIF A; 2HBJ A; 3DM2 A; 3D2F A; 1NJX A; 3PSI A; 3AVJ A; 1JL1 A; 4JN4 A; 3V4I A; 2P9K A; 1QZ5 A; 4DQI A; 2P9N B; 4CHP A; 2OPR A; 3OS1 A; 2OAN A; 3NBP A; 3HM8 A; 2W6K A; 4EAH D; 5C42 A; 3I56 N; 4CHZ A; 3S9H A; 1KCF A; 3I8B A; 4CFD A; 3DMJ A; 3HPG A; 5C15 A; 1IV0 A; 2P9K B; 4H5N A; 4PKG A; 2UXB K; 4LC9 B; 3L2R A; 3SQ0 A; 2PY5 A; 4KHQ A; 3HO1 A; 1W0H A; 3H3O B; 3DXM B; 4FJ8 A; 2KHO A; 2O8B B; 2YKM A; 2QKB A; 4BDZ A; 4CES A; 4W5T A; 3OYD A; 4DTS A; 4IEI A; 3VEZ A; 4CIE A; 5M1F A; 3MEC A; 5KGX A; 1S72 N; 3I8D A; 3PLA A; 2VG7 A; 4H5R A; 2WBN A; 1Z25 A; 4CBX A; 1JCE A; 1JXE A; 5AFU A; 3FE1 A; 4YDU C; 4CJK A; 2GWK A; 3DAW A; 3UIQ A; 3MXJ A; 2G8I A; 2OA8 A; 3BP8 A; 3HZ6 A; 4DQP A; 2KQ2 A; 5FPE A; 3VEV A; 3O9T A; 3TSP A; 1F21 A; 4CEE A; 4JI4 K; 2P9U A; 4H5W A; 4ICL A; 4DTX A; 4KFB A; 3KKS A; 2AJQ A; 5GIO A; 1HJO A; 3TAF A; 1K9M O; 1UA0 A; 2D5R A; 1HKC A; 1KFS A; 2IIR A; 3QET A; 1JLC A; 4JI1 K; 2VG6 A; 3SQ2 A; 3AGR A; 3KTQ A; 4DFJ A; 3EO3 A; 4FJX A; 1SUQ A; 4YOY A; 1S1U A; 4RWT A; 4HUG A; 2JLE A; 4V19 S; 4DQS A; 4JK7 A; 1QS4 A; 5AQH A; 1RDC A; 5JS2 A; 3K59 A; 4FJN A; 1NG9 A; 3H08 A; 3HST B; 1RIL A; 3IRX A; 3VGK A; 1A5W A; 1TK5 A; 4HTL A; 4B9V A; 3CQ8 A; 2P9S B; 4DV6 K; 3ZX3 A; 3PO4 A; 2ETJ A; 1KVC A; 2E20 A; 3LDN A; 4CJL A; 1BQN A; 4KI4 A; 5F0X A; 4LSN A; 3VQB A; 3IKM A; 1VSH A; 1U2V B; 3NCI A; 2KTQ A; 4JKE A; 1VQ9 N; 1RTJ A; 2X6N A; 1GOB A; 3OJS A; 3HPH A; 1EO1 A; 1NGC A; 4CJ3 A; 3DYA A; 4CK3 A; 5BN9 A; 2ASM A; 1LCU A; 2PFU A; 4O44 A; 4BRF A; 3TAM A; 1IBL K; 1OVQ A; 4EFH A; 1NK9 A; 2B4J A; 2OZS A; 2YX6 A; 5M1P A; 4ISE A; 4H4M A; 1DTQ A; 3K5L A; 3LZJ A; 1Q82 O; 1FJG K; 4CEA A; 5JVH L; 4JLH A; 2QK9 A; 2Q0R A; 2GEL A; 1ZBS A; 3AV9 A; 4CIG A; 2BUP A; 3GL1 A; 4E1J A; 3SAH A; 4PY5 A; 4FJ9 A; 4FWO A; 2O8F B; 2IVN A; 1NK8 A; 1EWR A; 4OPH A; 3RR7 A; 4JI8 K; 3T69 A; 2E2O A; 3VQQ A; 2CGJ A; 3QO9 A; 1OH6 A; 3K9K A; 5LY3 A; 5AQZ A; 5AQK A; 1RT1 A; 1YIT N; 3ENB A; 1L3T A; 3DLG A; 1X9M A; 3U8X A; 2RHK A; 3VF4 A; 3ID8 A; 3J7A P; 1SKS A; 3P38 A; 3D2E A; 1XNR K; 3WXI A; 4CGG A; 5AZJ A; 4B1X B; 2X78 A; 3LM9 A; 4G1Q A; 4FO0 A; 4M7X A; 3VA0 A; 2HHX A; 4WCE L; 3ZSQ A; 4JI2 K; 4BG8 A; 2HHU A; 4O0J A; 1NK5 A; 5AQV A; 4RTF D; 3LPT A; 2FC0 A; 1CXQ A; 3RMA A; 3D2E B; 4BE2 A; 5M1K A; 3TAQ A; 3SQ1 A; 4BVO A; 3K57 A; 4Y1C A; 3WXK A; 3SAG A; 2QKK A; 1VAZ A; 4CGI A; 1DLO A; 1KLN A; 3QNN A; 4Z4G A; 2E2P A; 3O08 A; 3OYL A; 5KQD A; 4MDA A; 4DSE A; 1S9G A; 4BQZ A; 2A6A A; 2FSK A; 1NKE A; 2RE2 A; 5F1X A; 4CZM A; 3HP6 A; 2Q2R A; 5FRN A; 4YOW A; 4BRM A; 2E2Q A; 3L2Q A; 4JI6 K; 1OH5 A; 3V81 A; 3IG1 A; 3ZT1 A; 4E7L A; 3P83 D; 2RKI A; 4Z4H A; 4J2A A; 4A61 A; 4FWR A; 1S6P A; 4FWK A; 2NRW A; 3C6H A; 1LV5 A; 3SYZ A; 3E66 A; 4BRC A; 1JL2 A; 1C0T A; 2HMP A; 3F2K A; 2W42 A; 2FSJ A; 2CGL A; 4H0P A; 4DV2 K; 4CJ5 A; 3ZYY X; 4ISG A; 1HNV A; 3JSM A; 1WSI A; 3D45 A; 3VQE A; 1DGK N; 4JKA A; 4CVN E; 3O4W A; 1YIJ N; 1LWC A; 2P9L B; 4LD0 A; 1I39 A; 3HXM A; 5AQS A; 3OYB A; 3THY A; 4WQ4 A; 4DB3 A; 1C1C A; 2QWQ A; 1VHX A; 4N76 A; 3BY5 A; 4CF8 A; 1CZB A; 4YOU A; 3ZSR A; 5IWA K; 4XH5 A; 5H1S Q; 1VSI A; 1ZBF A; 1MU2 A; 1NMN A; 2NLX A; 4JKG A; 1BWF O; 1RT3 A; 5AQQ A; 3R9P A; 3LP1 A; 1KAZ A; 3KJV A; 5I42 A; 3I55 N; 1ASU A; 3AVN A; 4DV5 K; 3WNH A; 3H3N O; 1QSL A; 4HWI A; 3KLE A; 3LP0 A; 4KB0 A; 1BI4 A; 1TV6 A; 5GIP A; 4Z4C A; 2JWK A; 2E4L A; 4DCH A; 2Q3S A; 5AJ3 K; 3L3U A; 1BIZ A; 4F4K A; 5CY4 A; 4FXD A; 3SK3 A; 2HF4 A; 4BC4 A; 3VQD A; 1LWE A; 4CHY A; 4CZF A; 3A5M C; 4E0D A; 3DOK A; 4DLE A; 3TTC A; 1T7P A; 2XO7 A; 3NF9 A; 4L3Q A; 5HRP A; 2W41 A; 4GV6 A; 4CEQ A; 2EWS A; 2Q36 A; 3RMC A; 1YAG A; 4K0K K; 1VQ4 N; 1GLF O; 3SMS A; 3KD1 E; 1C0F A; 1VQ8 N; 2BDP A; 3P1G A; 1HNX K; 3OBW A; 4B3M K; 4NYN A; 1TKD A; 1NK0 A; 2ZJQ L; 1VQK N; 3S3N A; 4B9M A; 1GLJ O; 4ILJ A; 4PKI A; 4FK4 A; 3U3G A; 1N34 K; 3KLI A; 3K58 A; 2OYQ A; 1T03 A; 1KD1 O; 3CCQ N; 1V4T A; 1BO5 O; 4RG8 A; 4IFV A; 2O8C B; 4AF1 A; 4JYA K; 1CZ9 A; 2GUP A; 1VQO N; 3R6M A; 1O1W A; 3OYE A; 1REV A; 3VQP A; 3AA5 X; 4KRE A; 3BZC A; 1QE1 A; 3WQU A; 3MN9 A; 3HVT A; 5GAG P; 4YDU A; 4JHD A; 4CER A; 5KRT A; 2FXU A; 5LMU K; 3LWM A; 1X9W A; 4XH1 A; 4NXM K; 3QEV A; 3MCA B; 1GLD G; 3MN7 A; 1T6D A; 4CJV A; 5K14 A; 3ZSW A; 5HL7 L; 1Q86 O; 4J2E A; 3M5R A; 4FJJ A; 3KD5 E; 3C7N B; 3F5T A; 4YNQ A; 3EKU A; 3CCR N; 3KK2 A; 1X9J A; 3OBY A; 1VSE A; 2D4W A; 5AQW A; 4QOZ B; 5CZ2 A; 2Q1N A; 4KKO A; 4E1M A; 1A5V A; 3AAP A; 5AQT A; 3QB0 A; 2E8A A; 3QIC A; 3VQC A; 3IAY A; 5E26 A; 2P9L A; 4RCH A; 3CET A; 1NGI A; 4I9Q A; 5BPN A; 4CJE A; 3FFK B; 1YI2 N; 3ID6 A; 1S3X A; 2HNZ A; 3SPY A; 3R1X A; 4BR7 A; 2F9T A; 3G25 A; 5FPM A; 3QIO A; 3LP2 A; 3NE6 A; 3VEY A; 4JD2 B; 1A5X A; 4IJN A; 3MEG A; 2GEM A; 4FPA A; 2W40 A; 3AO5 A; 3BF1 A; 4NXN K; 4OPA A; 3VQ9 A; 5GAH P; 4HHT A; 2D0B A; 4I7F A; 4CK1 A; 2OPS A; 3EE8 A; 3EL2 A; 2NUB A; 4RW4 A; 4M3T A; 2HB5 A; 3MXM A; 4DTR A; 2UXC K; 1IJJ A; 3SAF A; 2JWL A; 4C8M A; 3CJ1 A; 2XY7 A; 1OKJ A; 2NRT A; 4FVU A; 1HJR A; 4ELU A; 4DSL A; 3CHW A; 3TAR A; 1L3U A; 1EX4 A; 3AVK A; 4DS5 A; 4M3X A; 4N41 A; 1J5O A; 1BQM A; 3M1F A; 4K41 A; 1NM1 A; 2O4G A; 1UA1 A; 4FWS A; 4KTZ A; 3O5B A; 1Q81 O; 3CC7 N; 2NRV A; 2KLA A; 2NRR A; 1BG3 A; 3LPU A; 2JGU A; 4LFA K; 4IFE A; 4OKK A; 2QWO A; 2D0C A; 1BU6 O; 3CFR A; 3DI6 A; 4BRK A; 4DTJ A; 1BIU A; 4R5P A; 4E3S A; 3J8A A; 3WT0 A; 4B9N A; 3L2U A; 3WUH A; 1XC9 A; 4CFB A; 2HHQ A; 3T7Z A; 4CEC A; 3OYI A; 4E7K A; 4KH5 A; 4DSF A; 1HLU A; 4RW9 A; 5FDL A; 4EIA A; 3SQ4 A; 1D8Y A; 2E6M A; 3WQT A; 1YTU A; 5JVG L; 1HKG A; 3V1R A; 3NVM A; 1TAQ A; 1OH8 A; 3KLG A; 1SS6 A; 5FPD A; 1BUP A; 1HX1 A; 2DY4 A; 3QDK A; 1XUP O; 1YF5 L; 4KHW A; 4FSV A; 4DU1 A; 3GBT A; 4CZK A; 4DU4 A; 5AFU H; 4W5O A; 1RBT A; 3QIP A; 4OGE A; 1XMO K; 2VGN A; 4FLY A; 3DWL A; 4LH5 A; 1MA9 B; 1HYV A; 4F9O A; 2VYP A; 3M6G A; 1S1T A; 3THX B; 1HNW K; 3BDP A; 1U04 A; 1S1X A; 4DTN A; 2YV0 X; 4CED A; 3ASM A; 1MDU B; 1GLB G; 3AA2 A; 5DMR A; 2OPP A; 2KZM A; 4YFU A; 3L2W A; 4O8U A; 3DLL L; 5JMV A; 4CZE A; 4B1W B; 4DV7 K; 2A1S A; 3NGI A; 4LFB K; 3F9K A; 2F8S A; 3HOS A; 4IO9 L; 3OYK A; 3Q7C A; 2Y1J A; 4KTQ A; 3AVM A; 1HPZ A; 1S5J A; 3T1Y K; 2RF2 A; 3DXM A; 1GLA G; 3G6E N; 3GDQ A; 2ZQB A; 4A57 A; 3F73 A; 2X74 A; 3CME N; 3MWT A; 3HSC A; 1Q8I A; 1WLJ A; 4OX9 K; 3BZK A; 5BN8 A; 1R59 O; 3QBW A; 2CH6 A; 5AZJ B; 4C8O A; 1ZXO A; 4GV3 A; 2Q97 A; 1ILY A; 1J53 A; 2ITM A; 1RDB A; 4OPK A; 1BGX T; 1QSS A; 3TWH A; 3CC4 N; 3U3Y A; 4M3U A; 2FBX A; 4EZ6 A; 3AAR A; 4E1N A; 1VSF A; 5C0Y A; 3IS9 A; 2A3Z A; 3VPZ A; 4G9Z A; 2HF3 A; 1XC3 A; 5AQF A; 1BOT O; 3UKU B; 4BWM A; 2BGG A; 1ZBU A; 3LAK A; 4B3S K; 2D1K A; 2Z1I A; 3AVF A; 3BGR A; 5B8H A; 3MXI A; 3QFU A; 4FYD A; 3O9S A; 2F4V K; 1UOC A; 3CCM N; 3QBX A; 1QHA A; 4GVM A; 1VQP N; 3ZSZ A; 4C1N I; 3WXJ A; 1MWK A; 4DR5 K; 1BA0 A; 5EU7 A; 1NKC A; 2FBT A; 4CFA A; 2E2N A; 4HVJ A; 3QEW A; 2W6L A; 4CW7 B; 1WAF A; 4H5T A; 3UB5 A; 2VWJ A; 2AP1 A; 2HMI A; 4CBU A; 4IBN A; 1RT2 A; 1WB9 A; 1J6Z A; 4A59 A; 1LW2 A; 3ZEU B; 2D0A A; 3O1W A; 2V52 B; 4OPJ A; 3KK1 A; 5CZ1 A; 4CGD A; 3DRR A; 3HP9 A; 4WF9 L; 4WYB A; 3RR8 A; 4O4G A; 1XWL A; 2HVI A; 3J80 O; 3FZF A; 1OH7 A; 1WNS A; 3L0Q A; 4DHY A; 2BH1 A; 5AZI A; 4CZG A; 5LMN K; 3T1H K; 2UUC K; 1EET A; 3EE9 A; 3RMB A; 5HRN A; 3A5O C; 4AHU A; 2FF3 B; 4IEE A; 4JKH A; 4AHR A; 5I3U A; 2F9W A; 3I0R A; 5AZI B; 4KBO A; 3NF6 A; 4AHT A; 4DR1 K; 4HCB A; 3D6R A; 4YOX A; 1DKG D; 3LDO A; 4JI7 K; 3OHR A; 5EY4 A; 2YNH A; 2HBM A; 1BL3 A; 4NLB A; 3OYN A; 2ZGZ A; 5BRE A; 3VEN A; 4YOV A; 4ELV A; 4XIU A; 2RN2 A; 1K73 O; 1IBK K; 2YKN A; 5BPM A; 3TSU A; 4FLZ A; 3E9L A; 4CZH A; 5KPT A; 2PYJ A; 4NCB A; 2KW4 A; 1MWM A; 3ZX0 A; 3J7Z O; 3QES A; 3CFO A; 1S1V A; 4O55 A; 3CXC M; 1FKO A; 4DLG A; 1TKT A; 4FLT A; 4BGB A; 1LWF A; 3AO3 A; 3DRS A; 4KH6 A; 3PV8 A; 2Z1H A; 1NOZ A; 3MN5 A; 4BR2 A; 4Z4F A; 3GOI A; 5A2Q O; 3SJJ A; 2V7Y A; 1Q7Y O; 2QTD A; 4PUO A; 2DPN A; 1Z6R A; 5AQO A; 3FZM A; 4IOX A; 3AO2 A; 3QML A; 1NGE A; 1QQN A; 5JLH A; 1QZ6 A; 3OYH A; 3SV3 A; 4FVM A; 2HVH A; 4X62 K; 1EP4 A; 3V9S A; 1JXB A; 2ZGY A; 1KLM A; 3K9J A; 3ZT0 A; 1CXU A; 3U9D A; 4MLE A; 1HUX A; 4CJ7 A; 3NH0 A; 4BG9 A; 2Y1I A; 5AQX A; 4M42 A; 5J1E A; 1BDG A; 4ILG B; 3NFA A; 1ZC6 A; 3O9R A; 3LM2 A; 3OYA A; 4OLA A; 1GLC G; 3DXK A; 3HRG A; 4M3Y A; 2E88 A; 3OJU A; 5D3G A; 1ITG A; 4IFY A; 4JEP A; 4AQY K; 5C24 A; 1C6V A; 3SUO A; 4WFB L; 4JK9 A; 4K8X A; 1EWQ A; 1Q9Y A; 1T6C A; 4OLB A; 3M8S A; 4DSK A; 5FRO A; 2WUS A; 3WEE B; 3VER A; 4BWJ A; 3FZL A; 2VQF K; 1NJW A; 1NGA A; 2BTF A; 4GVE A; 5JIC A; 3PIO L; 3L6Q A; 1ATS A; 3AVC A; 1HQE A; 3DJC A; 4PL7 A; 3RRG A; 3RVC A; 2P9S A; 3N4P A; 3M3Z A; 3SMP A; 1HNZ K; 3AVH A; 2A1R A; 4B08 A; 1QSY A; 4H0V B; 2QWL A; 4J2B A; 2FBY A; 4DFM A; 1XQS C; 4CI6 A; 1YT3 A; 1YVU A; 5AQP A; 4BY9 C; 3VET A; 4CEO A; 2GX9 A; 3VTI A; 3DLK A; 2ZD1 A; 3EZW A; 4B1V A; 1YTA A; 1S22 A; 1S1W A; 3TAN A; 1EKE A; 4FLX A; 2E6L A; 2P5G A; 2E5L K; 4BGA A; 4M45 A; 4I2P A; 4CJS A; 4LF6 K; 3S3O A; 4FJ7 A; 1T44 A; 1RT5 A; 4E19 A; 3B6O A; 2NRX A; 3C6T A; 3S3M A; 3ATU A; 4NO7 A; 3AGK A; 1NNE A; 3VGM A; 3MEE A; 1TK0 A; 1NJZ A; 4FZX C; 3CIP A; 4H03 B; 4FPB A; 5AQL A; 2G8U A; 3AA4 A; 3TI0 A; 4B1U B; 3CFP A; 1WAJ A; 2KFZ A; 1L5U A; 1VSD A; 2UU9 K; 3AVG A; 1RTI A; 4IKF A; 4XH4 A; 5AQI A; 4X64 K; 3O3H A; 5KQ8 A; 5LJW A; 3J7Y P; 5CYM A; 3ZT4 A; 3JXU A; 4DF8 A; 3KK3 A; 1E3M A; 2CH5 A; 4KAZ A; 4LY7 A; 5EX5 A; 5TKW A; 3EKS A; 1HNI A; 3A8Y A; 1NOY A; 2DFE A; 4WFN L; 3CJC A; 3TR8 A; 1U6Z A; 3KLF A; 1IBM K; 2ATQ A; 3LZI A; 2DFF A; 2XHB A; 1X1P A; 4Q0B A; 4CD3 A; 4HUF A; 3O4Q A; 3ZET B; 4BRP A; 3L8B A; 1ZBI A; 1G99 A; 3PY8 A; 2IS3 A; 4IZ9 A; 4EHU A; 3K2P A; 2IVO A; 2HHV A; 2BAN A; 2P9U B; 4JKB A; 2H3G X; 4HCC A; 1SKW A; 4EP4 A; 1V4S A; 2YJE A; 5FRM A; 4YY3 K; 2IAJ A; 4CZJ A; 4QS8 A; 1E4G T; 3VGL A; 5SWM A; 4H4O A; 3TTD A; 4CHO A; 1KXP A; 4JI3 K; 3OY9 A; 2I5J A; 2O4I A; 2PBD A; 3FGU A; 3VES A; 2V7Z A; 3CJ7 A; 3OYF A; 4JKD A; 2FBV A; 1TK8 A; 1TUU A; 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