The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
206
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structure length |
198
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Chain Sequence |
GTLIRATTLSRLSFIDVVNDNGFYQFEKPKEGRKYVATLDCSEGRGQDYHALQIIDITEFPYKQVAVYHSNTTSHFILPDIVFKYLMMYNECPVYIELNSTGVSIAKSLAMDLEYDNIICDSFIDLGMKQSKRSKAMGCSALKDLIEKDKLIINHKGTIQELRTFSEKGFHDDLVMSLVIFGWLTTQEKFAEYAGKDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Terminase large subunit
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| publication title |
The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Enterobacteria phage rb49
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| molecule tags |
Viral protein
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| total genus |
66
|
| structure length |
198
|
| sequence length |
206
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M1N A; 3C6A A; 3CPE A; 5M1K A; 4IEE A; 4IDH A; 5M1Q A; 5C10 A; 5C12 A; 5M1O A; 4IFE A; 5C2D A; 5C2F A; 5M1F A; 3C6H A; 5M1P A; 4IEI A; 5C15 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MWP A; 1FKP A; 4MQ3 A; 4FYD A; 3ZX3 A; 1CXQ A; 1WSH A; 3CG7 A; 3LDN A; 3V1Q A; 2EWS A; 4LY7 A; 3DLR A; 1EKE A; 3V1O A; 2GWK A; 3BEX A; 2A41 A; 5AQQ A; 1CZA N; 3MED A; 4O8K A; 4H8K A; 4MO5 A; 3LWL A; 3V6D A; 3CYM A; 4M45 A; 2VG6 A; 5IWA K; 3CPE A; 3RVC A; 5BRF A; 2HHU A; 3LL3 A; 4CFA A; 2KFN A; 2Q0R A; 1T05 A; 4H0V B; 4CHQ A; 1YTA A; 3KK3 A; 3LPU A; 5KPT A; 3FGU A; 3LP2 A; 2E4L A; 2KHO A; 2WC9 A; 3RTV A; 1J9A A; 1QHT A; 3AY9 A; 3DLK A; 5J1E A; 3L2R A; 3HST B; 1RTJ A; 2KZM A; 3SUO A; 1RT3 A; 3OYJ A; 1C1A A; 2YKN A; 3NE6 A; 3C95 A; 4RW4 A; 3VF4 A; 1S9E A; 3CHW A; 3KVG A; 5F2R A; 2AA4 A; 1X9S A; 4B1W B; 2YCH A; 4FL9 A; 2ZGY A; 1LW0 A; 3ZYY X; 5HP1 A; 2D0A A; 4IZ9 A; 4KHU A; 1A5V A; 3G71 N; 4DSK A; 2HB5 A; 4FLW A; 3QNN A; 4NCG A; 4C23 A; 3AA3 A; 5HL7 L; 4CD1 A; 2NZT A; 4BRM A; 5BPN A; 4KHW A; 4ZHR A; 1YIT N; 4NXM K; 1C0M A; 4CGI A; 3QO9 A; 1HNI A; 4CZH A; 3ZCM A; 4OKE A; 3VTI A; 1L5U A; 5ELZ A; 3DMJ A; 3FZK A; 5HRR A; 3E9L A; 4A57 A; 5JS1 A; 1NM1 A; 3QER A; 1NGA A; 1U6Z A; 3MN6 A; 4JAX A; 2P5G A; 4FW1 A; 4CK3 A; 4BRH A; 5ADX A; 2IIR A; 4NYF A; 3SMP A; 1MDU B; 4PKG A; 5BR8 K; 5BPM A; 2B4J A; 4C8K A; 1Z05 A; 2Q1N A; 4IKF A; 4BRK A; 4TSX A; 2YHB A; 2E88 A; 4JKH A; 3M1F A; 4FXD A; 2RPI A; 3AVL A; 3TTF A; 3ULE B; 2D4W A; 2F4V K; 3AVH A; 3EO3 A; 2W6K A; 3OYK A; 2D1K A; 3CJ7 A; 3LM2 A; 4QAG A; 3D45 A; 3TAM A; 1HUX A; 3ZX0 A; 4W5Q A; 1VQN N; 3NGZ A; 3OYA A; 3DLG A; 2HHH K; 3VOV A; 1KAX A; 2OTJ N; 3V9Z A; 4JLH A; 3VEZ A; 4BDZ A; 2P1J A; 2O8E B; 1WSJ A; 3HL8 A; 1OVQ A; 1NK0 A; 1QSS A; 3I8B A; 3WNH A; 4AIL C; 3OYG A; 1DTQ A; 5HRS A; 5HBM A; 4JI1 K; 2RF2 A; 2QKK A; 5AQF A; 5AQG A; 5AQP A; 1CLQ A; 4WE1 A; 4Y0W A; 5AQK A; 2LSN A; 4XH1 A; 1TV6 A; 1C0F A; 4RWT A; 5FPN A; 1E4G T; 4CGJ A; 4K8Z A; 3KJV A; 4FVU A; 1U48 A; 5E26 A; 4W5O A; 3AVM A; 4XH4 A; 3AO2 A; 2NNW A; 1P90 A; 3HT3 A; 1Q18 A; 2YNG A; 4WQ5 A; 3T7Z A; 4JKA A; 2KKZ A; 4JK8 A; 1QVF M; 3UKR A; 1NGI A; 1RTH A; 1RCH A; 4YY3 K; 4KRF A; 1SKS A; 1WSG A; 1S9G A; 3VET A; 3GOI A; 1N5Y A; 1VQ9 N; 1JL2 A; 3HVR A; 2E2Q A; 3SZ2 A; 2D0C A; 4H5R A; 5KTQ A; 2IVO A; 3G25 A; 1RT5 A; 4X64 K; 4JI5 K; 3AAP A; 2H3G X; 4KHN A; 2EX3 A; 3ENB A; 4HVJ A; 3MXI A; 5FLX O; 1RBR A; 1HRH A; 3AGR A; 4F2R A; 3SCX A; 3VEO A; 4KRE A; 3DAW A; 4DR7 K; 3RR7 A; 3M6G A; 1TAU A; 1O13 A; 3A5N C; 1Q7Y O; 3TAN A; 4YOR A; 5CZ1 A; 1GLA G; 4CGF A; 4CJ7 A; 3IAY A; 1UA1 A; 2QWQ A; 1NOZ A; 1ATS A; 1F21 A; 4Q5V A; 2DY4 A; 3VF6 A; 3JXU A; 4J2E A; 3AGK A; 4B9M A; 1ITG A; 1YUW A; 4IJA A; 3U9Z A; 1Z25 A; 4FJM A; 3KKS A; 4B3O A; 5JS2 A; 1U47 A; 5AQJ A; 3DXM B; 5HLF A; 4DV6 K; 4KHP K; 1C6V A; 1S1U A; 4M3W A; 4BE0 A; 3SNN A; 3FZM A; 3CME N; 1W2B M; 3KD1 E; 2E8A A; 4EHU A; 1GLD G; 2XY7 A; 1D4X A; 1V4S A; 2FSJ A; 4HCC A; 3OBW A; 2PY5 A; 2IS3 A; 3N4P A; 2RE2 A; 3O3F A; 4CEC A; 3S3N A; 4WYB A; 2O8F B; 3RMC A; 3PIO L; 5JVH L; 3NH2 A; 2RN2 A; 4FWK A; 1EWQ A; 1X9J A; 2J4R A; 2B5J A; 4KKO A; 3VEY A; 1KSP A; 3VGK A; 1IKW A; 1KRP A; 1NGB A; 2OZS A; 3AO5 A; 1X9M A; 3R8E A; 4HWI A; 2YNH A; 2G8I A; 3MAQ A; 3CF5 L; 1T44 A; 3LWM A; 3H3O B; 4HTU A; 3VER A; 4B9V A; 4DV4 K; 3KHY A; 3KD5 E; 3KTQ A; 5JLF A; 1NGG A; 1KC8 O; 3MN7 A; 4KTW A; 3EE9 A; 3A2F A; 3SJJ A; 4CZF A; 5DMR A; 2V51 B; 3NH1 A; 3JAM O; 3QEI A; 4KB1 A; 4ILH A; 1SL2 A; 3NF8 A; 5HRO A; 2OPQ A; 1FK9 A; 1VQP N; 3MMV A; 1I39 A; 5FRM A; 2O8B A; 4BDY A; 5LY3 A; 4GW6 A; 4GNI A; 4B1Z A; 3HSC A; 2BGG A; 5CR4 A; 4M3R A; 4EIA A; 4DWI A; 5AZI B; 1GLE G; 3LAL A; 5KQ8 A; 2DFE A; 4CJ4 A; 4WQ4 C; 2P9U B; 4WFB L; 2XO7 A; 2OPR A; 1LOT B; 5AQN A; 2G8U A; 1P8Z A; 4GVM A; 2OAN A; 3HZ6 A; 2Q0U A; 5GIO A; 4CZJ A; 4B9S A; 3OY9 A; 4CZG A; 2JWL A; 1V4T A; 3O6W A; 2P9L A; 5AZJ B; 1K6Y A; 3ZT1 A; 2GWJ A; 2XRI A; 4JI8 K; 4OPA A; 5AZI A; 4Z4C A; 3RSE B; 3HBT A; 1IKV A; 4CFD A; 2GUI A; 2P9U A; 1MWK A; 1M1K O; 4LFB K; 4CEE A; 4CJF A; 4DTJ A; 1K8K B; 3HM9 A; 4FJJ A; 3TAE A; 1HNZ K; 5BN9 A; 3J7A P; 1BIZ A; 2KTQ A; 1ZYQ A; 4CZK A; 1RDC A; 3CM5 A; 5EOY A; 4H4O A; 1JLF A; 4OGC A; 3RMA A; 3CC2 N; 3L2W A; 4CK2 A; 2PZS A; 4CW7 B; 4IOC L; 4OX9 K; 2D5R A; 4DR5 K; 2PYL A; 3NF9 A; 1D8Y A; 4GY2 B; 4B9Q A; 2FSK A; 4CZI A; 2VCP A; 1K8K A; 4YOW A; 4BRN A; 5LMN K; 3NVM A; 5AQR A; 3K5L A; 3AVF A; 1BCO A; 5E84 A; 3ZSY A; 5C12 A; 2F9T A; 5GIN A; 1J54 A; 3QNO A; 3O4W A; 3K5N A; 4FJH A; 2ASP A; 1RBU A; 2YHW A; 4XH5 A; 3MXM A; 5J2Q A; 3T19 A; 3QIC A; 4E89 A; 2QWR A; 3VQB A; 1HPM A; 3NGY A; 2NUB A; 1NG9 A; 2I5J A; 1WNS A; 2FBY A; 4BC5 A; 4ZTF A; 4CZL A; 2HND A; 3ZET A; 1G15 A; 2IAJ A; 3SK3 A; 1Q8I A; 1ATR A; 3MK6 A; 4CFC A; 4DQQ A; 2HMP A; 4KB0 A; 3O3G A; 1VSD A; 2E6M A; 3CET A; 4IDH A; 2FF3 B; 3D7E O; 1NOY A; 4BG8 A; 3BZK A; 1N36 K; 4CJQ A; 3TSU A; 2A5X A; 3IMX A; 3OYI A; 1WBB A; 3HPO A; 4CJP A; 1U4B A; 4K25 A; 2V7Y A; 4F9O A; 1KVC A; 5HRP A; 4Y1C A; 3CCL N; 2QXL A; 4B08 A; 4K43 A; 2EHG A; 4JI0 K; 1XC3 A; 5BRE A; 3I56 N; 3Q7C A; 4LSL A; 3VA0 A; 4Q0B A; 1RTD A; 1GLB G; 1QVG M; 2FXU A; 1XNR K; 4IEE A; 2BDP A; 4MDB A; 1XI1 A; 2CGL A; 4FWR A; 4FWL A; 3V1R A; 2ZWH A; 3V9W A; 1ZBI A; 2W42 A; 4G1Q A; 3DI6 A; 4K41 A; 1HLU A; 3OHR A; 1T3V A; 2UXB K; 1A5X A; 3MN9 A; 3U8X A; 3CCM N; 1N33 K; 1D9D A; 3CCJ N; 1JLE A; 3VPZ A; 1Z6R A; 3V9X A; 1G99 A; 1HYV A; 1ZBS A; 4LH4 A; 1OVY A; 4BRE A; 3AVI A; 4AH9 A; 4FJ7 A; 3SUQ A; 4IO9 L; 1IG9 A; 5EVZ A; 3CFR A; 1UA0 A; 2VGM A; 4CBW A; 4IXC A; 1TK5 A; 2G8F A; 3AAQ A; 2P9S A; 4IDK A; 3WNF A; 4M42 A; 3ZSV A; 3O8M A; 2OZM A; 4CJK A; 5AQI A; 3QIP A; 3NDK A; 3WXL A; 4BG9 A; 4UY8 O; 4N56 A; 1OH8 A; 4BAC A; 3ZT4 A; 3QB0 A; 2GBZ A; 3K58 A; 3TTC A; 4C1N K; 4CER A; 4CEZ A; 4ZTJ A; 3KZB A; 3OYB A; 1T03 A; 5LJW A; 4EP4 A; 1VSI A; 4QS9 A; 4FK0 A; 1WOQ A; 4Z0U A; 2HVI A; 3C6T A; 4M7Y A; 3OBY A; 1NGJ A; 1NMD A; 3L4I A; 1U04 A; 1ASW A; 4CES A; 1IV0 A; 3DRP A; 3OYL A; 3KWI A; 2UUC K; 1KQS M; 3TR8 A; 4HUE A; 5FRO A; 1Y97 A; 2V7Z A; 3TAP A; 3OYM A; 3O4Q A; 5KI6 A; 4DG1 A; 4H5N A; 2P9K A; 3LP3 A; 1RDB A; 3TSQ A; 5M1P A; 2UXD K; 5M1N A; 4FOE A; 1JLB A; 1JXE A; 4DB3 A; 2XHB A; 3P39 A; 3FR0 A; 2B6A A; 4HUF A; 4CEQ A; 4WF9 L; 1WSI A; 3H45 C; 3LDL A; 3H1Q A; 1IJJ A; 3D2F A; 1TUU A; 3CCE N; 2BH1 A; 1BHL A; 2F96 A; 4LF7 K; 1NGH A; 4Z4I A; 1RFQ A; 5F1X A; 1SKR A; 3OJS A; 3M3Z A; 1BCM A; 1BIS A; 2Y1J A; 4F3T A; 4IEI A; 4E7J A; 1BG3 A; 3PLA A; 2WOM A; 2DFF A; 4M3Z A; 1XNQ K; 5BRD A; 1CZ9 A; 1RDW X; 3GBT A; 3IG1 A; 1WSF A; 2O8C B; 2ATQ A; 3ALY A; 3NH0 A; 4H5V A; 4DR2 K; 4JI6 K; 4BRL A; 4IO8 A; 2XY8 A; 3CCS N; 4CEB A; 4BC3 A; 4LSN A; 1QE1 A; 3K2P A; 4BR2 A; 4CEA A; 3C65 A; 1L3S A; 1MA9 B; 1BIU A; 3CJC A; 4J2B A; 3CQX A; 5F0X A; 4B3T K; 3QEW A; 3S3O A; 1JL1 A; 2HMI A; 2BAN A; 2CH5 A; 1FXX A; 3QIO A; 4DTM A; 1OH5 A; 2O8C A; 4DR6 K; 1H1V A; 3SUN A; 4C8M A; 4QOZ B; 4BY9 C; 3B8A X; 4AHT A; 1VQ5 N; 3O3H A; 3DLL L; 1XQS C; 2D0P A; 3L3V A; 1IBM K; 3Q7B A; 3D2E B; 1SUQ A; 4DUY K; 2E20 A; 1KTQ A; 5LJV A; 4A2B A; 3MXJ A; 1NJI O; 2UXC K; 4CI6 A; 4GV6 A; 3WT0 A; 3CC4 N; 2P9P B; 3KWG A; 5AQS A; 3H08 A; 3J80 O; 2CGJ A; 4B1Y B; 4WQ5 C; 1KD1 O; 1VQO N; 2IOC A; 2RHK A; 3O5B A; 3LAN A; 4JI7 K; 2PFU A; 4KI4 A; 1HJO A; 2GTD A; 4JN4 A; 3VEV A; 4DU1 A; 1QSY A; 3VQ7 A; 3VGM A; 1T6D A; 1S22 A; 5C25 A; 4RW6 A; 3TTD A; 4GVE A; 3FZF A; 2CH6 A; 4O5B A; 2P9P A; 4QS7 A; 5KPZ A; 1JCE A; 4DTS A; 1JLG A; 1NGC A; 2KFZ A; 5CZ2 A; 1XUP O; 3WNG A; 5AQU A; 4E19 A; 4CED A; 1JLQ A; 4CIF A; 1MU2 A; 4B9N A; 3VQD A; 3PX4 A; 3E9O A; 3AVJ A; 3T3F A; 2PYJ A; 3QML A; 3BF1 A; 1W97 L; 4JRQ A; 2ZJP L; 3PIP L; 4CEF A; 1HKC A; 5C15 A; 5LMU K; 4PA1 A; 1K73 O; 2HF3 A; 2YHY A; 2IVP A; 2JWK A; 5C42 A; 4LF8 K; 4KBO A; 1NKB A; 1K8A O; 3IDH A; 2WBN A; 5M1F A; 5C2D A; 3IUC A; 1LAV A; 4JKD A; 3HI0 A; 4DTU A; 1WB9 A; 4RTF D; 5C2F A; 4BRA A; 3NAE A; 3R3L A; 2FBX A; 1OH6 A; 3VQ9 A; 3UB5 A; 3ULE A; 3KLH A; 1RT6 A; 1S6Q A; 2DFH A; 1TVR A; 3OYN A; 4YOV A; 4V19 S; 4ILG B; 3P31 A; 3K59 A; 3P1G A; 1HX1 A; 1KFD A; 4H0Y B; 1SL0 A; 1NJY A; 1NGE A; 4I9L A; 1QQC A; 4DF8 A; 2BTF A; 2O8E A; 3VES A; 1N8R O; 2UUA K; 4FJK A; 4CJL A; 2A42 A; 3NVK A; 3SAG A; 3K0S A; 3BDP A; 3JSM A; 2HW3 A; 1CXU A; 3BZC A; 3LDO A; 1O1W A; 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3LDS A; 4DQP A; 4EZ6 A; 3J81 O; 4BRI A; 4JKG B; 5AFU H; 4JHD A; 4BRC A; 3F9M A; 2A6A A; 3CMA N; 4YHH K; 3THW A; 2HNY A; 3OS0 A; 5AJ3 K; 1J5E K; 1BL3 A; 3OVN A; 4BR4 A; 1JCG A; 1FW6 A; 4N76 A; 4J8F A; 3CJA A; 4R79 A; 3CC7 N; 2O8F A; 4I9Q A; 4MLH A; 4DFK A; 2ITG A; 3J8A A; 3PX6 A; 3WQU A; 2F9W A; 4JKG A; 3DOK A; 1KLN A; 1W9H A; 2Z1H A; 1IO2 A; 4CBU A; 3HYF A; 4PKH A; 3PUF A; 2HBJ A; 1Q81 O; 1HR0 K; 3CJ1 A; 1NJW A; 1R0A A; 4CK1 A; 2VGN A; 3O9U A; 3D6R A; 5GIP A; 3SPZ A; 1ZBH A; 4MLE A; 4JD2 B; 3KLF A; 2QTD A; 1U45 A; 4BRQ A; 3L8B A; 4Z4E A; 4OO1 J; 4FO0 A; 3J7Y P; 1BOT O; 1BGX T; 1YIJ N; 1S1W A; 3WEE B; 5CE3 A; 4BRD A; 4HTL A; 3A5L C; 4ELT A; 4M3U A; 1GOB A; 3CQ8 A; 2Z1J A; 1TKT A; 1VK0 A; 4DV7 K; 4B3M K; 1QQN A; 1BQM A; 3ATV A; 4FWO A; 3HXM A; 3DXK B; 4JD2 A; 4JK7 A; 4CE9 A; 2X6S A; 4O4G A; 5GAE P; 4DU3 A; 4FWS A; 3SV4 A; 4B9T A; 3DYA A; 5JMV A; 2GUP A; 3IFR A; 3WEE A; 2IDO A; 1KXP A; 4YDU A; 2G8W A; 1YJN N; 3TAB A; 1ZXO A; 5KQD A; 4FM1 A; 4JI4 K; 2F8T A; 3V9S A; 3MX5 A; 1ZBF A; 4YOU A; 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