3C7WA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRKCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c7wA00
181LA 1L20A 1QUOA 1KW7A 1G1WA 102LA 164LA 1EPYA 1G07A 1L85A 1LYJA 4I7LA 4W51A 1D3JA 142LA 1L62A 4W59A 4OO9A 3V2YA 4ARMA 3D4SA 1C69A 3DN1A 1L29A 1B6IA 3L2XA 1L37A 1QUDA 1SSWA 1LYIA 262LA 3C7YA 1C6TA 1C6FA 1OWZA 241LA 1C6DA 3HH6A 148LE 1G0QA 1L00A 198LA 1L74A 212LA 1L68A 2HULA 3DMXA 1CV3A 232LA 112LA 183LA 2IGCA 1SWZA 1LYEA 4LDOA 1DYDA 3SB6A 150LA 1LI6A 161LA 4EJ4A 1L35A 3GUPA 1P64A 1ZWNA 4YXAC 1C6IA 2RBNA 1OVHA 200LA 4LDLA 259LA 1C6BA 251LA 170LA 1L18A 225LA 4W55A 3HU8A 1L57A 2B6WA 1L63A 1LW9A 1SX2A 1NHBA 1C61A 1DYAA 1L69A 5LZMA 248LA 130LA 2RH1A 229LA 1L89A 1C60A 3C8RA 3CDVA 3GUKA 131LA 4W52A 1L92A 1L41A 1DYBA 1L27A 4ZPUA 1PQOA 1LYFA 4I7TA 3DN6A 3CDTA 3CDQA 140LA 1ZURA 1L53A 1P37A 3SB9A 1QUHA 213LA 1L40A 1L94A 201LA 1P2LA 1PQMA 4EPIA 3HH4A 157LA 1L24A 1OVJA 3OE0A 3SBBC 1XJTA 144LA 1L10A 7LZMA 1K28A 3DKEX 1CX6A 242LA 3DN0A 4S0WA 4W58A 1CV0A 4I7PA 125LA 1ZYTA 261LA 6LZMA 3HT7A 109LA 4EKPA 1JQUA 1CV1A 2Z6BA 2RBQA 1L23A 162LA 4ARMB 1SSYA 3SB8A 104LA 3C7WA 1L0KA 257LA 110LA 2B6YA 3HDEA 1L22A 108LA 253LA 3C80A 1L82A 1WTHA 113LA 1L44A 2B7XA 3CDOA 185LA 1P7SA 177LA 1QT6A 3G3VA 224LA 1QT7A 3SB5A 192LA 1C64A 171LA 2CUUA 3F9LA 1L64A 128LA 3C81A 1P2RA 3DNAA 1L66A 2OE7X 1QS9A 5I14A 1LGWA 2Q9DA 1P56A 3GULA 1G0LA 1L07A 2A4TA 2HUKA 2RAYX 1G0JA 196LA 2RB2X 1L11A 3HTDA 3FI5A 114LA 1L79A 1C6PA 1XEPA 1C6NA 4W57A 2L78A 3HH5A 1G0MA 4DAJA 2RBSA 1P5CA 260LA 3GUJA 145LA 4EKQA 1C62A 1L59A 199LA 1KW5A 1L03A 1OYUA 236LA 4ARJA 4I7QA 2B74A 1L86A 2QB0B 1L60A 1QTHA 2OTZX 3JR6A 231LA 4GBRB 1T97A 1L61A 1C6HA 1CTWA 237LA 1L30A 1L33A 2LZMA 4I7OA 1KNIA 2HUMA 2NTGA 1L47A 188LA 129LA 1XJUA 3DMZA 166LA 1L12A 182LA 3HTGA 1QTDA 215LA 158LA 1C68A 3HWLA 3DN4A 3NYAA 1L50A 1CV5A 3HUKA 4EPFA 1CU3A 1KS3A 2F32A 159LA 1L80A 3HDFA 3DN3A 2O4WA 3HTFA 1C66A 3UONA 1L98A 156LA 3K2RA 4W56A 1L39A 1QT3A 3HT9A 1L91A 4YX7C 233LA 1L76A 3GUMA 240LA 1LWKA 1QT8A 3HTBA 4PK0A 238LA 230LA 1CU2A 165LA 1L49A 3FA0A 1LWGA 1L73A 1G06A 2B72A 1C6GA 1L56A 243LA 1OV7A 178LA 1L93A 126LA 3NY8A 1P6YA 4K5YA 4DKLA 256LA 152LA 1L17A 1L09A 4DJHA 1L43A 210LA 1OV5A 1L48A 155LA 2QARC 118LA 228LA 1CU0A 2B6XA 1DYEA 1G0PA 2LCBA 115LA 1L04A 4ARQA 1L15A 1CV6A 1C67A 1L54A 3C8QA 1KY0A 1LLHA 119LA 3G3WA 1L31A 3HT8A 1C6JA 1CU6A 1D2YA 1CX7A 1T6HA 246LA 218LA 205LA 2NTHA 1L46A 2B75A 4I7KA 252LA 3HH3A 4I7JA 235LA 1JTNA 3L64A 172LA 1L38A 3C82A 1L28A 1D3MA 1G1VA 4PJZA 3DN8A 2RAZX 245LA 3G3XA 4EKRA 3C8SA 190LA 4YXCA 111LA 1PQIA 1C6AA 3F8VA 1L32A 2RBOA 1QSBA 4AQNA 3HUQA 1PQJA 3RZEA 1L13A 1QT5A 1CUQA 1L88A 1SX7A 1LGXA 1LYHA 3EMLA 1L77A 1DYGA 1L97A 3HT6A 1QUGA 4E97A 2OE4X 175LA 187LA 2OTYX 258LA 1P46A 122LA 1L67A 3C83A 1L96A 3LZMA 211LA 2O7AA 1LPYA 189LA 1OVKA 2OU0X 1C6LA 1PQDA 2RBPA 3OE6A 219LA 4EKSA 138LA 1L25A 1C63A 1L45A 1L26A 1C6EA 1L72A 3VW7A 1D9WA 1L83A 1L02A 2OU8A 3OE9A 1QTCA 4LDEA 3DMVA 1JTMA 1QTVA 1C65A 1L08A 2OE9X 1T8GA 3PDSA 4ARQB 1C6CA 2RB1X 1L14A 1QS5A 1LGUA 1C6KA 250LA 3PBLA 3QAKA 1CVKA 239LA 103LA 3GUOA 255LA 1L36A 1L65A 1L90A 137LA 1QT4A 3DN2A 226LA 1DYFA 217LA 1TLAA 147LA 4IAPA 1CU5A 146LA 169LA 180LA 1L0JA 176LA 4I7NA 216LA 249LA 1L84A 244LA 3RUNA 3SN6R 4W53A 1C6QA 4I7RA 120LA 167LA 173LA 197LA 2Q9EA 2LC9A 2OEAX 3GUIA 141LA 214LA 222LA 1D2WA 2OU9A 1L75A 1QSQA 163LA 1L06A 149LA 1L71A 1LI3A 4I7MA 160LA 3SB7A 1L19A 1L99A 1G0GA 1D3NA 3FADA 1CV4A 1LYDA 220LA 151LA 3HU9A 1D3FA 3ODUA 191LA 2B6ZA 4LZMA 227LA 4I7SA 195LA 1LI2A 2F47A 1KY1A 4EXMA 2B73A 1L42A 1L81A 1L95A 3NY9A 1L52A 139LA 4W54A 2RB0X 1OWYA 4ARLA 168LA 1T8AA 3GUNA 3C7ZA 1G0KA 2B6TA 254LA 2ANVA 1L34A 1L58A 2O79A 184LA 186LA 4GRVA 1T8FA 234LA 1LYGA 1L16A 1P3NA 3CDRA 209LA 1CUPA 1L70A 3OE8A 143LA 1PQKA 223LA 3V2WA 1L05A 123LA 1SWYA 1I6SA 2ANXA 3HUAA 1L87A 3SBAA 107LA 1QTZA 127LA 206LA 247LA 1L51A 1L55A 1L01A 1DYCA 221LA 1P36A 1QTBA 1L21A 2F2QA 2B70A 174LA 1C6MA 4ARPA 2RBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKHA 4J1BA 1JPOA 2W1LA 4G4BA 207LA 4PRQA 4W51A 1D3JA 1CKCA 1D0LA 3D4SA 1C69A 4LGKA 3CQLA 4Z46A 4LT1A 1B6IA 3L2XA 1L37A 3IWRA 4OOTA 1REZA 5KXZA 2EPEA 262LA 5FSTA 1G7HC 2YBJA 1GBYA 1IR7A 1HENA 3M3UA 1L74A 3LZTA 1L68A 3DMXA 3QE8A 4UWUA 1RCMA 4LDOA 1DYDA 4H8YA 150LA 3SB6A 1L35A 3GUPA 4NGIA 2BQDA 1ZWNA 4NHSA 1QIOA 1D6PA 4LDLA 1L18A 1IWVA 225LA 3LZ2A 1QTKA 1L57A 1ALCA 1IX0A 4NGJA 5LZMA 1OUBA 3TXEA 229LA 5HQ1A 1BWIA 1IP4A 1L41A 1JUGA 2Z39A 1BQLY 1PQOA 4I7TA 1CJ6A 3CDTA 1C45A 1D0MA 1L94A 201LA 1P2LA 3HH4A 3OE0A 3SBBC 2Z12A 1LJIA 1LMPA 1JKDA 1NHEA 4G4CA 4XADA 5LVJA 2G4PA 5LVIA 2A7DA 2X0AA 1FKQA 1ZVYB 4S0WA 5E9RA 1B7RA 5F16A 2BQJA 3P68A 261LA 2YSSC 4TSCA 4KL7A 1J1XY 1JQUA 3EBAB 1GFTA 1CNSA 1L23A 3A3RX 1IWUA 1XGRC 1SSYA 3SB8A 1IWYA 1GE4A 1IWZA 1L0KA 110LA 1LMTA 2B6YA 1AM7A 1LSBA 1VDSA 4QY9A 3KAMA 185LA 1A4VA 1HEOA 1P7SA 1LZCA 177LA 192LA 1C64A 171LA 4OOOA 1L66A 2OE7X 3J6KA 1LGWA 3GULA 2A4TA 196LA 194LA 114LA 1L79A 1C6PA 1XEPA 1QSAA 2AUBA 2H9KA 1GE0A 4DAJA 2DQEY 2LYZA 1LZAA 3GUJA 1B5WA 4EKQA 1QSWA 1B7PA 1KW5A 1L03A 1LSEA 4XJFA 1H87A 1LZ9A 1H6MA 2B74A 1GXXA 1DPWA 1L60A 5KXPA 4NSHA 2OTZX 5JENB 4B0DA 1CTWA 2LZMA 4J1AA 1IP5A 1MLCE 2I6ZA 1LJNA 2LZTA 1I20A 5I54A 1L12A 4R6CA 4D9ZA 1L50A 1GWDA 1JWRA 1A2YC 3ZEKA 1JKCA 2DQAA 4DD0A 2F32A 1JHLA 1L80A 5FDJA 2HECA 2O4WA 135LA 1GBWA 1L98A 1AKIA 4W56A 5KXMA 1QT3A 3FE0A 4YX7C 3W6DA 2YBLA 1LWKA 3HTBA 3AYQA 1FBIX 230LA 1LSFA 4LYTA 1WQMA 3FA0A 1LYZA 1NQIA 3ATNA 1L56A 1OV7A 1L17A 1IC4Y 3AJNA 1B5YA 3TXJA 2HEAA 2QARC 2Z2FA 1G0PA 2Z37A 1L04A 1L15A 2ZNXY 1CV6A 3RU5A 3C8QA 4EMNA 1KY0A 1LLHA 4G4HA 1L31A 3WH1A 1W6ZA 1CU6A 4C5FA 1LZ4A 1DI3A 1CX7A 5KXOA 3T36A 2W1XA 4XJGA 218LA 2DQDY 1NMMA 205LA 5LYZA 1GFUA 2B75A 1LJHA 4ZFPA 5B05A 3G3AB 1L28A 4PJZA 3G3XA 1IY3A 1LZBA 4YXCA 154LA 3OJPA 5LYMA 4GN4A 1JTOL 4PGJB 4OWCA 4LT2A 1HMLA 3EMLA 2YVBA 4PHIA 3CT0A 4ZEEA 1LZRA 1QUGA 4E97A 175LA 5A3ZA 1P46A 1L67A 3LZMA 1BB4A 4DQ7A 1O23A 4RLMA 2HU3A 1LMNA 1LPYA 2MEAA 2NWDX 1HELA 4DWXA 4TSBA 3OE6A 3RW8A 3G3BB 1L25A 1QTEA 4G9SA 3VW7A 1D9WA 1LSDA 1JSEA 1OUDA 1JTMA 4GCCA 4H93A 1C65A 4ETBA 3ZVQB 3PDSA 4OW1A 1WVUA 1C6CA 3TXFA 1LJ4A 4H9IA 3LYTA 1CVKA 3GUOA 255LA 4HP0A 1TAYA 1DYFA 1LJJA 1TBYA 1TLAA 147LA 4DD3A 4I7NA 4WM4A 1L84A 1GBZA 5LAGA 3CSZA 3RUNA 4W53A 3TXGA 1C6QA 4WO6A 132LA 167LA 1PZYA 5I4XA 1B7LA 2BQCA 2LC9A 4ETAA 3T6UA 1IP1A 1D2WA 1LMCA 2XBRA 149LA 1L71A 3WUNA 1LI3A 3SB7A 1OUGA 1CV4A 1LYDA 4H94A 3ODUA 1GE1A 2B6ZA 4LZMA 3A3QA 1LI2A 1UIEA 1KY1A 1LZSA 4H1PA 3EO5A 1GF9A 2B73A 2H5ZA 1L52A 1OQMA 139LA 4HTNA 4W54A 1DZBX 2RB0X 5L3IA 1T8AA 3GUNA 2B6TA 254LA 1QUSA 1UA6Y 1L58A 4N9RA 4FDYA 2O79A 2D91A 153LA 2IHLA 4GRVA 4TWSA 4W96A 2DQIY 3CDRA 2LYOA 209LA 1L70A 5KXSA 2Z38A 223LA 1F6RA 3AW7A 4NWHA 1IY4A 1GAYA 3WUMA 4YM8A 1J1OY 1SWYA 5KKIA 3HUAA 1L87A 127LA 1V7SA 247LA 1IOTA 1LHHA 3QNGA 1L55A 1P36A 1QTBA 1F6SA 4HSFA 4ARPA 2MEDA 3TXHA 1L20A 2MEEA 1KW7A 1G1WA 4WM5A 5KKJA 164LA 1LSPA 1UC0A 1FKVA 1G07A 4I7LA 3P4ZA 1L62A 4W59A 4H8ZA 3DN1A 4N0JA 1G7LC 2B5ZA 1QUDA 1C6TA 2VB1A 1L00A 4ETCA 1JTPL 212LA 5HLLA 5HNLA 4XN6A 4GLVA 4GN3A 1LZYA 3GXKA 2IGCA 1SWZA 1LYEA 4J7VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CKH A;  4J1B A;  1JPO A;  2W1L A;  4G4B A;  207L A;  4PRQ A;  4W51 A;  1D3J A;  1CKC A;  1D0L A;  3D4S A;  1C69 A;  4LGK A;  3CQL A;  4Z46 A;  4LT1 A;  1B6I A;  3L2X A;  1L37 A;  3IWR A;  4OOT A;  1REZ A;  5KXZ A;  2EPE A;  262L A;  5FST A;  1G7H C;  2YBJ A;  1GBY A;  1IR7 A;  1HEN A;  3M3U A;  1L74 A;  3LZT A;  1L68 A;  3DMX A;  3QE8 A;  4UWU A;  1RCM A;  4LDO A;  1DYD A;  4H8Y A;  150L A;  3SB6 A;  1L35 A;  3GUP A;  4NGI A;  2BQD A;  1ZWN A;  4NHS A;  1QIO A;  1D6P A;  4LDL A;  1L18 A;  1IWV A;  225L A;  3LZ2 A;  1QTK A;  1L57 A;  1ALC A;  1IX0 A;  4NGJ A;  5LZM A;  1OUB A;  3TXE A;  229L A;  5HQ1 A;  1BWI A;  1IP4 A;  1L41 A;  1JUG A;  2Z39 A;  1BQL Y;  1PQO A;  4I7T A;  1CJ6 A;  3CDT A;  1C45 A;  1D0M A;  1L94 A;  201L A;  1P2L A;  3HH4 A;  3OE0 A;  3SBB C;  2Z12 A;  1LJI A;  1LMP A;  1JKD A;  1NHE A;  4G4C A;  4XAD A;  5LVJ A;  2G4P A;  5LVI A;  2A7D A;  2X0A A;  1FKQ A;  1ZVY B;  4S0W A;  5E9R A;  1B7R A;  5F16 A;  2BQJ A;  3P68 A;  261L A;  2YSS C;  4TSC A;  4KL7 A;  1J1X Y;  1JQU A; 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