3C80A

T4 lysozyme mutant r96y at room temperature
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRYCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c80A00
3NY8A 1DYFA 4EXMA 1EPYA 1T8FA 206LA 226LA 143LA 3SB8A 140LA 252LA 1NHBA 2B6ZA 2IGCA 1L17A 126LA 212LA 2L78A 1L74A 1L86A 1L31A 4EJ4A 1OVJA 1OWZA 2A4TA 1L53A 1G0LA 147LA 3DN2A 4W53A 2OE9X 128LA 2OU8A 2LZMA 2RB0X 3RZEA 2OE7X 2HUKA 4GRVA 2OTYX 1C6NA 157LA 4E97A 213LA 2ANVA 1L62A 197LA 224LA 2OE4X 177LA 3HT7A 1D3NA 156LA 218LA 7LZMA 1LI3A 1C6IA 1K28A 181LA 4PK0A 4YXCA 1JTNA 259LA 225LA 3HTBA 4EKQA 2RB2X 3C7ZA 102LA 122LA 1KW5A 1L80A 1L36A 3L64A 3F8VA 1C6DA 1L34A 1QT8A 3SB7A 255LA 110LA 217LA 3SB6A 4ARPA 1LYHA 1D3FA 1C6HA 3ODUA 4DKLA 1SWZA 1C67A 2B70A 1T8AA 3EMLA 1QT3A 2Q9DA 3HTFA 1XJUA 3VW7A 162LA 1I6SA 1L56A 2B6YA 1DYCA 238LA 1QUHA 1G0PA 1D3JA 1XJTA 1G0KA 182LA 1WTHA 141LA 3GUNA 201LA 1OWYA 4W59A 1L10A 175LA 1C6TA 1CU2A 2NTGA 1L46A 3RUNA 1L91A 2QB0B 1DYEA 3UONA 200LA 1JTMA 1L27A 1QTBA 4ARMA 2RBOA 4LDOA 2RAZX 1L88A 3F9LA 1DYAA 1C6GA 1L35A 1LGXA 227LA 3DMVA 195LA 4YX7C 1C66A 1QS9A 112LA 1L02A 2F2QA 3PBLA 2RBRA 1TLAA 4AQNA 196LA 5LZMA 4ARQA 1QUDA 1LWGA 1D3MA 1L07A 1L61A 3DKEX 4DJHA 1CX7A 4I7SA 3HH4A 1L96A 1L54A 245LA 3QAKA 260LA 2B75A 3HH5A 123LA 1QTHA 2B72A 2O4WA 240LA 1CU5A 1L66A 216LA 1P2LA 1L85A 1QT4A 1L04A 3K2RA 1G0MA 1LI2A 3GUIA 1T8GA 3SB9A 3SN6R 3D4SA 2B73A 1G0QA 107LA 1QTZA 236LA 1CU0A 3PDSA 234LA 4I7MA 160LA 256LA 257LA 3CDOA 1L37A 1CU6A 1G1VA 1L42A 198LA 1L83A 1C63A 1L16A 3HUKA 1P46A 1P7SA 125LA 2O7AA 3HU9A 1CTWA 222LA 3GULA 1P5CA 3DN3A 111LA 1L03A 2OU0X 137LA 1L43A 3C82A 1D2YA 1L05A 1C6QA 1PQOA 241LA 3DN6A 158LA 185LA 1PQIA 4I7OA 149LA 1L33A 1L69A 1L63A 2B6TA 1CV4A 1C64A 1P36A 228LA 115LA 1QTCA 210LA 3NYAA 190LA 1PQMA 1L0JA 192LA 3DMZA 1QT7A 127LA 186LA 4IAPA 1C69A 1L25A 1P3NA 4GBRB 1L15A 169LA 2QARC 188LA 1L14A 4LZMA 4W57A 1LWKA 1C61A 1L84A 2CUUA 2RBSA 3CDQA 4EPIA 3SB5A 1SX2A 1LYFA 1P6YA 174LA 219LA 215LA 152LA 2B6WA 171LA 1L57A 1SSYA 2B74A 1XEPA 221LA 1L45A 1L81A 3DN0A 120LA 1L23A 251LA 220LA 4ARMB 104LA 1DYGA 1G06A 1L40A 4I7TA 138LA 3C7WA 155LA 1L39A 4ARJA 1QUGA 1LYDA 3HUQA 1L01A 1L68A 214LA 103LA 2OEAX 1L93A 1D2WA 4ARQB 1L51A 1G1WA 1L49A 2F32A 1CVKA 3GUKA 3HH6A 1L00A 4I7NA 3V2WA 1L97A 1CV3A 1QT6A 4W52A 118LA 258LA 176LA 1OYUA 151LA 1C6EA 2O79A 1C68A 180LA 1C60A 1C62A 114LA 4LDEA 1QT5A 1KY0A 1QSQA 1CUPA 6LZMA 1L73A 1L06A 1T6HA 1DYBA 3GUJA 3FADA 1SSWA 1C6FA 1LLHA 3C8SA 3HWLA 3C80A 167LA 2RAYX 173LA 3C81A 131LA 1C6KA 191LA 1OVKA 1C6AA 3CDVA 1CV6A 3SBBC 1QSBA 1SX7A 2LC9A 1ZYTA 239LA 235LA 1L13A 1T97A 2LCBA 2RB1X 2RBQA 170LA 1P56A 262LA 2B6XA 1L48A 4I7KA 119LA 1D9WA 2ANXA 1L77A 3HTDA 1DYDA 1L70A 1L60A 1PQDA 146LA 1L71A 3C83A 1LGWA 159LA 1CV1A 1LYIA 2HUMA 3GUMA 1SWYA 2Z6BA 3GUOA 1B6IA 243LA 3LZMA 1JQUA 1L98A 1CU3A 1L30A 1OV7A 1L11A 3OE9A 1P64A 3HDFA 3V2YA 1L41A 1KW7A 1L52A 3HTGA 1L67A 4W54A 150LA 1L55A 108LA 1L38A 2OU9A 3CDTA 4ARLA 223LA 1OV5A 3DNAA 1L89A 3HT9A 2Q9EA 1L29A 4LDLA 1QTDA 3OE0A 3HT6A 1QS5A 1P2RA 199LA 229LA 1L18A 246LA 2F47A 183LA 249LA 142LA 184LA 253LA 1KNIA 1L99A 3C8RA 1G0GA 3FA0A 211LA 1L09A 161LA 1ZWNA 1G0JA 3JR6A 2HULA 3DMXA 2OTZX 205LA 3OE8A 3HT8A 4I7QA 2RH1A 1PQKA 237LA 129LA 4K5YA 1KY1A 1CV5A 1G07A 247LA 4W51A 254LA 209LA 231LA 1L82A 261LA 178LA 1LPYA 1L26A 232LA 1L79A 1LW9A 189LA 145LA 1L19A 1C65A 3HU8A 1L28A 4W56A 1L59A 1L32A 4EKRA 1L87A 139LA 4I7LA 3DN4A 1L21A 3G3VA 1L24A 1L64A 1L0KA 233LA 1L90A 3L2XA 1LGUA 3FI5A 4YXAC 1CX6A 1C6LA 3DN8A 1L94A 1ZURA 1L65A 1L92A 1L75A 1L20A 3G3XA 230LA 1L22A 3NY9A 4I7PA 1L95A 1L12A 1PQJA 3SBAA 1QUOA 1L50A 2RBNA 4PJZA 1CV0A 109LA 1C6PA 1L08A 248LA 4ZPUA 1LYGA 3HDEA 130LA 3HH3A 1L58A 1C6BA 1OVHA 3GUPA 3C8QA 250LA 4EKPA 148LE 1CUQA 113LA 4EKSA 2B7XA 4S0WA 172LA 4OO9A 1C6MA 1LYJA 2NTHA 1LYEA 1P37A 4DAJA 163LA 242LA 1KS3A 164LA 165LA 1L44A 3C7YA 144LA 3DN1A 2RBPA 3HUAA 1LI6A 1C6JA 3OE6A 4I7JA 4I7RA 187LA 3CDRA 3G3WA 1QTVA 4W55A 1L47A 1L72A 5I14A 1L76A 244LA 168LA 166LA 4EPFA 1C6CA 4W58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EMSA 2MEBA 1DYFA 4EXMA 206LA 4WL7A 3SB8A 4NHSA 252LA 2B6ZA 4OWCA 4XJDA 1L74A 4EJ4A 4BAFA 2A4TA 1L53A 1NHEA 2LZ2A 2GV0A 4YEOA 5KKJA 4W53A 2OE9X 3FI7A 2LZMA 1XGUC 1CKCA 1G7LC 3RZEA 4GRVA 5KXNA 3D3DA 2OTYX 2EKSC 4E97A 1BB5A 2ANVA 2CJLA 1L62A 1AT5A 2OE4X 5KKIA 4GN3A 1GBSA 1D3NA 156LA 7LZMA 4LT1A 3HTBA 3WULA 3N9CA 5LA8A 4PRUA 1IP3A 4NGYA 1QT8A 3SB7A 6LYZA 3M18B 1GEVA 2C8OA 1D3FA 5FELA 2DQDY 4OW1A 1UIDA 1T8AA 1BB4A 2DQCY 162LA 4CGEA 1F10A 2D4JA 1DYCA 1OQMA 1XJTA 1WTHA 1WVUA 1ZMYL 1JTTL 175LA 1C6TA 1CU2A 4HJZA 1L46A 2XJWA 1UIAA 4OWAA 4DC4A 4KPMA 1FKQA 1XGTC 4GCEA 1QTBA 4ARMA 2RBOA 5L9JA 5C6LA 1AT6A 1IP1A 1DYAA 4ZFPA 1HEQA 1YILA 1C66A 2D4IA 2FBDA 2F2QA 3QE8A 3AW7A 4AQNA 1CJ8A 1LZAA 2F30A 4XN6A 1D3MA 5FCPA 4I7SA 3HH4A 2MECA 1L54A 2B75A 3HH5A 2AUBA 1IC7Y 1NBZC 2F4GA 5KJ9A 4OOOA 4NHTA 1OP9B 4KL7A 1T8GA 3SN6R 1XEKA 3TMWA 1G0QA 2XQOA 107LA 236LA 4DD0A 1FBIX 4OWBA 1LSEA 256LA 2BAAA 1DZBX 3AGHA 1UACY 3CDOA 5LIOA 4RW1A 3A92A 1GBWA 1L37A 1LJIA 3WVXA 198LA 1L83A 1TCYA 3HUKA 3HU9A 4TUNA 1P5CA 4WM6A 111LA 2OU0X 1J1XY 4G9SA 1UBZA 4LYTA 1IWZA 2G4NA 1HEOA 4CJ2A 158LA 1W6ZA 1WQPA 1L63A 2B6TA 3W6CA 1HFYA 4WLDA 1P36A 2A7FA 1YAMA 4NGZA 190LA 5KXTA 1PQMA 1L0JA 5KXMA 192LA 5HNLA 1GBYA 186LA 4IAPA 5KXLA 4LYBA 4MR1A 3WU8A 1P3NA 1D6PA 169LA 2A7DA 4LZMA 5APDA 1UCOA 2BQOA 3F6ZA 3CT5A 1HEMA 1KXYA 2CUUA 2Z37A 174LA 215LA 3AB6A 152LA 4PHIA 2B6WA 1O23A 1SSYA 1XEPA 1A2YC 1L81A 1L23A 1GE4A 1QDTA 2EPEA 3B0KA 4N0JA 3ZVQA 138LA 3C7WA 1QUGA 3ULRA 2N5ZA 1L51A 1BWHA 1B9OA 1XGPC 4I0CA 1DI4A 1HSXA 1PZYA 1CV3A 118LA 5HQ1A 1OUHA 1XEJA 1DPWA 1IR7A 1LZRA 1LHKA 4LDEA 1QT5A 2MEHA 1LYSA 2BQMA 2XBSA 2ZYPA 6LZMA 1L73A 3A3RX 3B6LA 4NSIA 1DYBA 4QGZA 3FADA 1LMNA 3C8SA 1BB3A 2RAYX 3WXTA 3TXKA 1D0LA 191LA 1JTOL 2XTHA 1BQLY 4XADA 2LC9A 1C7PA 1DQJC 1ZYTA 1B7SA 1F6RA 3E3DA 1T97A 2RBQA 3TXFA 1GFEA 1LTMA 1D0KA 4ETBA 1IP5A 1XEIA 1L70A 1L60A 1PQDA 1QSAA 3TXDA 1IP6A 1LYIA 3WPLA 3GUMA 4AGAA 1VDTA 1L30A 1GFAA 1P64A 3V2YA 4ZIXA 1L41A 4W96A 1JIYA 4II8A 1C45A 1GFKA 1LZGA 1L38A 3A96A 1GFRA 223LA 1L89A 1C46A 3HT9A 2Q9EA 199LA 1P2RA 2YBJA 246LA 1JWRA 4A7DA 1IWUA 1L99A 4BAPA 3TMXA 1JKBA 1ZWNA 1LMOA 1KIQC 2OTZX 3OE8A 2W1YA 3AZ4A 3CT0A 4I7QA 2RH1A 3LHMA 4NHIA 129LA 1KY1A 5A3ZA 4H9FA 247LA 209LA 4UWNA 3HBHA 2HEDA 1G7MC 4ETCA 232LA 4ETDA 8LYZA 1LCNA 4B0DA 3HU8A 1UIFA 4W56A 2VB1A 1L87A 1KXXA 4I7LA 3G3VA 1L24A 5C6IA 4DQ5A 233LA 1L90A 4GCDA 1LMCA 4H8XA 3WUMA 1ZURA 1L65A 3G3XA 1L75A 2BQGA 4TSCA 1JITA 1L22A 1DPXA 1PQJA 1QUOA 1L50A 2DQIY 2RBNA 4R0FA 1I56A 248LA 1C6PA 154LA 1Z55A 3AGIA 1LSNA 3GUPA 1GPQC 2I25L 2MEFA 3GXRA 5EBHA 2B7XA 3HBDA 1D6QA 1C6MA 1LYJA 1LYZA 1CNSA 1XGRC 1IIZA 3P4ZA 1JPOA 3RZ4A 4DAJA 1CKDA 4NG1A 3N9AA 1L44A 1GE1A 2RBPA 4WOAA 5KY1A 3OE6A 1A4VA 1IWXA 3CDRA 1LSBA 3G3WA 1QTVA 4W55A 3ATOA 2ZNWY 5I14A 2BQBA 5DL9A 3KAMA 4AXTA 226LA 143LA 140LA 1NHBA 2IGCA 4B4JA 1LSMA 1L86A 1OVJA 208LA 4DD7A 4WLTA 3DN2A 4NHQA 2G4QA 1NDMC 1D0MA 1CJ9A 157LA 213LA 1HENA 4H94A 4HTKA 224LA 3D9AC 1FLUA 1B7MA 218LA 4HPEA 1LI3A 2D91A 1C6IA 181LA 4YXCA 225LA 5C6JA 1LZDA 1KW5A 4HV2A 1NBYC 1L36A 3L64A 3F8VA 2D6BA 5L3HA 217LA 3EO5A 3SB6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EMS A;  2MEB A;  1DYF A;  4EXM A;  206L A;  4WL7 A;  3SB8 A;  4NHS A;  252L A;  2B6Z A;  4OWC A;  4XJD A;  1L74 A;  4EJ4 A;  4BAF A;  2A4T A;  1L53 A;  1NHE A;  2LZ2 A;  2GV0 A;  4YEO A;  5KKJ A;  4W53 A;  2OE9 X;  3FI7 A;  2LZM A;  1XGU C;  1CKC A;  1G7L C;  3RZE A;  4GRV A;  5KXN A;  3D3D A;  2OTY X;  2EKS C;  4E97 A;  1BB5 A;  2ANV A;  2CJL A;  1L62 A;  1AT5 A;  2OE4 X;  5KKI A;  4GN3 A;  1GBS A;  1D3N A;  156L A;  7LZM A;  4LT1 A;  3HTB A;  3WUL A;  3N9C A;  5LA8 A;  4PRU A;  1IP3 A;  4NGY A;  1QT8 A;  3SB7 A;  6LYZ A;  3M18 B;  1GEV A;  2C8O A;  1D3F A;  5FEL A;  2DQD Y;  4OW1 A;  1UID A;  1T8A A;  1BB4 A;  2DQC Y;  162L A;  4CGE A;  1F10 A;  2D4J A;  1DYC A;  1OQM A;  1XJT A;  1WTH A;  1WVU A;  1ZMY L;  1JTT L;  175L A;  1C6T A;  1CU2 A;  4HJZ A;  1L46 A;  2XJW A;  1UIA A;  4OWA A;  4DC4 A;  4KPM A;  1FKQ A;  1XGT C;  4GCE A;  1QTB A;  4ARM A;  2RBO A;  5L9J A;  5C6L A;  1AT6 A;  1IP1 A;  1DYA A;  4ZFP A;  1HEQ A;  1YIL A;  1C66 A;  2D4I A;  2FBD A;  2F2Q A;  3QE8 A;  3AW7 A;  4AQN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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